IV.

Metode Praktikum
4.1. Alat dan Bahan
Alat yang digunakan pada praktikum ini adalah laptop, aplikasi Bioedit dan
aplikasi MEGA 6. Sedangkan bahan yang dibutuhkan pada praktikum data bakteri
yang di unduh pada Gen Bank.

4.2. Cara Kerja

4.2.1. Pencarian Sekuens Referensi dengan BLAST
Sampel yang digunakan adalah sekuens genetik bakteri yang belum
terindentifikasi, dengan nama “Bakteri”. Aplikasi BLAST nukelotida (nucleotide
BLAST) dibuka melalui situs NCBI (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi).
Sekuens bakteri dimasukkan pada kolom fastadan dijalankan proses BLAST.
Kemudian dipilih 10 sekuens spesies atau strain bakteri pembanding berbeda
dengan persentase identity tertinggi dan jenis gen yang sama dari hasil
BLAST. Mengunduh keseluruhan sekuens dalam format fasta.
Keseluruhan sekuens (1 sampel, 10pembanding) dimasukkan dalam 1
notepad dan disimpan dalam bentuk fasta (.fas).

4.2.2. Penyejajaran (Multiple Sequence Alignment) dan Pengeditan Sekuens

Dengan Bioedit
Aplikasi yang digunakan berupa BioEdit. Dokumen dalam bentuk fasta
yang telah dibuat sebelumnya dibuka dengan aplikasi BioEdit dan proses
penyejajaran sekuens dijalankan (Accesorry Application >ClustalW Multiple
alignment). Hasil penyejajaran sekuens dipotong bagian depan dan belakang
(blok dan klik backspace) dengan mengubah mode menjadi edit. Dokumen berisi
hasil penyejajaran sekuens yang telah diedit, disimpan dalam bentuk fasta.

4.2.3. Pembuatan Pohon Filogenetik dengan MEGA

Aplikasi yang digunakan berupa MEGA6. Dokumen yang telah diedit
sebelumnya dibuka dengan aplikasi MEGA (Align >Edit/ Build Alignment >
Retrieve sequences from a File) dan konfirmasi pembuatan pohon filogenetik
dilakukan (Data >Phylogenetic Analysis). Konstruksi pohon filogenetik dilakukan
dengan metode statistik Maximum Boostrap (Phylogeny >Construct/Test
boostrap). Digunakan tes filogeni berupa metode bootstrap (jumlah replikasi

Universitas Sriwijaya
sebanyak 500x) dan model substitusi Bacillus. Pohon filogenetik dievaluasi dan
disimpan dalam format gambar.

Universitas Sriwijaya