-------

ISSN 0853 - 2781

Akreditasi No: 345/Akred-LIPIIP2MBII07/2011

MOLECULAR DOCKING TURUNAN KALKON TERHADAP RESEPTOR

ESTROGEN fJ (ER- fJ) SEBAGAI ANTIKANKER PAYUDARA

»wi Koko Pratoko

Dosen Kimia Fannasi Fakultas Fannasi Universitas Jember

n Kalimantan 1 No.2 Kampus Tegal Boto Jember 68121
Email: dwikoko.farmasi@unej.ac.id

Diterima : 2 Maret 2012; Disetujui : 12 April 2012

ABSTRAK PENDAHULUAN

Reseptor estrogen-B (ER- P) merupakan Kanker payudara merupakan suatu penyakit

faktor penting dalam penghambatan dan invasi
terhadap sel kanker payudara. Reseptor estrogen-B
yang terkompleks dengan genistein seringkali
dijadikan model target terhadap aksi obat.
Penambatan (docking) molekul turunan kalkon
terhadap Reseptor estrogen-B telah dilakukan
untuk menguji energi docking yang seringkali
dihubungkan dengan afinitas ikatan antara ligan
dengan reseptor. Berdasarkan basil docking yang
telah dilakukan Kalkon XII memiliki energi
docking yang paling baik diantara turunan yang
lain, sehingga senyawa ini dapat dilakukan sintesis
dan diuji in vitro aktivitas sitotoksik
Kata kunci : Docking, kalkon, Reseptor estrogen-B, kanker
payudara.
ABSTRACT
Estrogen receptor-S (ER- ft) was also shown
to be the important factor to inhibits proliferation
and invasion of breast cancer cells. Estrogen
receptor-S complexed with genistein is taken as a
role model to target the drug action. Docking
molecule chalcone derivatives on Estrogen
receptor-S have been done to test the docking
energy that associated with binding affinity
between ligand and receptor. Based on docking
result, Kalkon XII has shown best docking energy
(MoIDockScore). Thus Kalkon XII can be
synthesized and usedfor in vitro cytotoxic activity.
. yang berbeda, mengatur gen yang terpisah yang
Keywords: Docking, chalcone, estrogen receptor-B. breast
cancer.
dirnana sel-sel ganas terbentuk pada jaringan
payudara. Kanker payudara umumnya terjadi pada
wanita, lebih dari 100 kali dibandingkan kanJrer
payudara pada pria'", Insiden kanker payudara di
dunia relatif tinggi, dilaporkan tabun 2008 sebesar
22,9 % dari seluruh keganasan kanker yang
menyerang wanita. Kanker payudara juga
menempati urutan pertama penyebab kematian
wanita di seluruh dunia dengan angka 13,7 % atm
458.503 kematian dari keseluruhan mortalitas pada
wanita di seluruh dunia'",
Beberapa kanker payudara sensitif terhadap
hermon seperti estrogen. Terjadinya ekspresi
berlebihan suatu reseptor estrogen pada sel - sel
tumor akan meningkatkan terjadinya proliferasi
yang berlebihan''", Penemuan reseptor estrogen,
selainbisa digunakan sebagai prediksi dan penanda
prognostik, tapi bisa juga sebagai target yang
efisien untuk pengobatan kanker payudara
hormone dependent dengan antiestrogen. Fungsi
utama dari reseptor estrogen disini adalah sebagai
faktor DNA-binding transcription yang mengatur
ekspresi gen(5).
Berdasarkan review artikel Bouker and
Hilakivi-Clarke, dilaporkan bahwa genistein
(Gambar 1)berpotensi kuat dalam pencegahan dan
pengobatan kanker payudara dikarenakan
kemampuan antiproliferasinya'", Genistein sendiri
berhubungan dengan reseptor estrogen baik
reseptor estrogen-a (ER-a) maupun reseptor
estrogen-S (ER-P). Keduanya terdistribusi pada sel
menyebabkan memiliki efek yang berbeda.

20 JKTI, Vol. 14, No.1, Juni 2012

Sebagai target terapetik, ER-a merupakan faktor obat. Rational Drug Design (ROD) memfasilitasi
yang penting untuk memprediksi prognosis kanker dan mempercepat proses rancangan obat, yang
payudara. Sedangkan ER-J3 dapat menghambat melibatkan berbagai metode untuk
proliferasi dan invasi sel kanker payudara'", Pada mengidentifikasi senyawa baru. Salah satu contoh
Bank Data Protein (www.pdb.org), genistein metode yang digunakan adalah penambatan
merupakan ligan dari reseptor estrogen antara lain molekul obat dengan reseptor yang sering disebut
ER-a (PDB ID : 2QA8 dan lX7R) serta ER- J3 molecular docking. Reseptor disini merupakan sisi
(PDB ID : lX7J dan lQKM) yang diidentifikasi aktif dari kerja obat yang berperan terhadap efek
dengan metode difraksi X-Ray dengan resolusi farmakologi. Penambatan (Docking) adalah
tertentu. proses dirnana dua molekul dicocokkan melalui
penambatan dalamruang 3D (11).
Kalkon (Gambar 1) merupakan struktur
umum yang banyak terdapat pada golongan Berdasarkan uraian di atas, untuk
flavonoid. Kalkon dan turunannya telah dilaporkan mendapatkan senyawa yang diperkirakan memiliki
memili.ki beberapa aktivitas biologis, seperti aktivitas antikanker payudara maka dilakukan
sitotoksik, antimalaria, antileismania, penelitian molecular docking terhadap turunan
antiinflamasi, antiHIY, antifungi aan sebagai kalkon menggunakan reseptor estrogen-B dengan
tyrosine kinase inhibitor. Karena memiliki aktivitas
PDB ID lQKM yang terkompleks dengan
farmakologiyang bervariasi, banyak peneliti kimia
medisinal tertarik untuk meneliti dan genistein. Diharapkan dari penelitian ini
mengembangkan serta mensintesisnya'", Dari didapatkan senyawa yang lebih poten berdasarkan
penelitian aktvitas antikanker payudara terhadap hasil docking terhadap reseptor 1QKM dan
CF-7 yang telah dilakukan didapatkan kalkon kemudian dapat disintesis dan dilakukan uji
dengan gugus trimetoksifenil (Gambar 1),senyawa aktivitas antikanker.
_ yang memiliki efek sitotoksik dengan ICso =
,21 nm, dan senyawa ini merupakan salah satu
~u<n:ItT<lI turunan kalkon yang telah disintesis't", BAHAN DAN METODA
- baru ini juga telah dilakukan penelitian
£:D~'JIa1 docking terhadap turunan kalkon dan Analisis Struktur Kristal Estrogen Recepto,....p
Is:::ogtm reseptor yang didapatkan basil senyawa (ER-fJ)
berpotensi memili.ki potensi memiliki Struktur 3D dari Estrogen Receptor-J3 yang
,.--;o"l'tSUI antikanker payudara seperti pada Gambar
digunakan pada penelitian ini didapat dari bank
_"""""'= B(IO).

0
data protein (PDB) (www.pdb.org). PDB
H3CO
I OH
merupakan satu-satunya arsip tunggal dunia data
?"" ?"" ~ struktur dari makromolekul biologis yang berisi
~
I I
~ # H3eo
/ OCHl informasi struktur pada makromolekul yang
~
OCH) Senyawa A ditentukan dengan X-Ray Kristalografi, metode
OH NMR dan lain lain.
Estrogen Receptor-J3 yang digunakan pada
~
penelitian ini yaitu reseptor denganPDB ID 1QKM
OH HO

Genisein
yangterkompleks dengan ligan genistein.

Desain Senyawa Turunan Kalkon

dan turunan kalkon yang telah diteliti
serta Genistein (IV) Berdasarkan beberapa penelitian yang
sudah dilakukan, maka didapatkan 17 desain
struktur molekul senyawa turunan kalkon yang
. komputasi dan bioinformatika dimungkinkan memiliki aktivitas antikanker. Pada
. dalam ilmukimia medisinal, tidak senyawa turunan ini dilakukan modifikasi pada
r.::::J::::::::lI:r:a:pat proses penemuan obat tetapi masing - masing molekul dengan gugus metoksi
:::::I::+=~cara penemuan dan perancangan danhidroksi (Gambar 2).

. Juni 2012 2
I~,II,~I"~
• Algorithm :MolDockSE
• Number ofrun algorithm :10
• Max iterations : 1500

1»fo·II-~,I~~1 • Max population size

• Energy treshold pose generation
:50
: 100

I-~I-~I-~I Senyawa turunan kalkon dilakukan docking

dengan reseptor estrogen 1QKM menggunakan

,m~cc:, 1"0
~M:::I parameter-parameter di atas.
::~":
A/ :",~ A/ :;'~ ,Af. '::~.

,::v0&. r:~II,:~1
txm r. xiv 0' A/ ,~".
BASIL DAN PEMBABASAN

Pada penelitian ini digunakan struktur

difraksi sinar X-Ray dari reseptor estrogen 1QKM
yang terkompleks dengan genistein yang
digunakan sebagai model pengembangan obat
Gambar 2. Desain 17 struktur senyawa turunan kalkon dalam menghambat proliferasi dan invasi sel
kanker payudara. Setelah dilakukan analisis sisi
aktif residu dati reseptor estrogen melalui
visualisasi molekul, didapatkan genistein memiliki
Molecular Docking interaksi berupa ikatan hidrogen dengan His 475
Dalam penelitian ini dilakukan molecular (panjangikatan2,56 A), Glu305 (3,15 A) , Leu 339
(3,23 A) serta dengan Arg 346 (2,79 A) yang
docking 17 senyawa turunan kalkon ke Estrogen
ditunjukkan dengan garis putus warna biru (gambar
Receptor-a menggunakan software Molegro
3a). Selain itu, didapatkan pula bahwa pada
Virtual Docker (MVD) 5.0.0
genistein juga terjadi interaksi sterik dengan Leu
(www.molegro.comj''", MVD merupakan program
476 dan Glu 305 yang ditunjukkan dengan garis
yang terintegrasi untuk memprediksi interaksi
putus warnamerah (Gambar 3b).
(pengikatan) antara ligan dengan reseptor
(protein). MVD dapat menangani semua aspek
dalam proses docking dari preparasi molekul guna
penentuan situs aktif pengikatan yang potensial
dari protein target serta prediksi model pengikatan
dari ligan. Molekul ligan berikatan dengan
reseptor, menghambat fungsi dati reseptor,
sehingga ligan tersebut bertindak sebagai obat.
Algoritma MVD memanfaatkan rongga
(cavity) untuk mendeteksi tempat ikatan protein
yang berpotensi sebagai sisi aktif untuk berikatan (a)
dengan ligan (obat). Penyaringan bentuk ligan
yang paling stabil dikombinasikan dengan MM2
dalam pencarian konformasi untuk menghasilkan
pose ligan yang stabil dengan sisi aktif dari protein
(Estrogen Receptor-p) diantara desain molekul
yang telah dipersiapkan.
Parameter yang digunakan pada proses
docking antara lain : (b)
• Score : MolDock Score Gambar 3. Sisi Aktif dari ER-~ yang terkompleks dengan
[GRID] genistein (a) interaksi ikatan bidrogen dan
• Grid resolution :0,30A (b) interaksi sterik

22 JKTI, Vol. 14, No.1, Juni 2012

 Dari reseptor 1QKM, ligan genistein Berdasarkan data analisis basil docking
diekstraksi dan dimasukkan ke tempat sisi aktif terhadap senyawa turunan kalkon dengan reseptor
yang sesuai dalam pengikatan untuk menentukan 1QKM (Tabel 1), didapatkan nilai MolDockScore
kemampuan ligan dalam mereproduksi orientasi terendah pada senyawa Kalkon XII. Energi yang
dan posisi inhibitor yang diamati pada struktur rendah pada Kalkon XII, mengakibatkan
kristal di dalam cavity. Setelah dilak:uk:an kestabilan dan keselarasan dalam pengikatan
pencarian, maka didapatkan cavity dengan volume dengan reseptor estrogen-B dibandingkan dengan
67,072 yang dalam penelitian ini digunakan turunan kalkon lainnya yang telah didesain. Energi
sebagai tempat senyawa turunan kalkon pada proses docking ini seringkali dikaitkan
ditambatkan padareseptor. dengan daya afinitas ikatan ligan terhadap reseptor.
Bila dibandingkan dengan "SenyawaA" yang telah
Genistein yang energinya telah
diketahui aktivitas sitotoksiknya, diketahui bahwa
diminjrnalkan dengan MM2, dimasukkan lagi
"Kalkon XII" memiliki energi yang lebih rendah,
dalam cavity kemudian dilakukan docking dengan
sehingga dimungkinkan memiliki efek sitotoksik
:eseptor. Adapun basil yang didapat meliputi
yang lebih tinggi daripada "Senyawa A".
~"lHneter MolDockScore dan RMSD (untuk
Kestabilan "Kalkon XII" dibandingkan "Senyawa
~). MolDockScore menunjukkan energi
A" dapat diakibatkan karena lebih rendahnya
digunakan selama proses docking serta
energi ikatan hidrogen dengan reseptor dan afinitas
.u....Llu. •.u.... yang merupakan deviasi antara molekul
ligan terhadap reseptor lebih tinggi.
dan ligan referensi. Hasil yang didapat adalah
~~I\"kScore -107,582 dengan RMSD (Root
Square Deviation) 0,430. Bila dilihat dari
~~ yang < 2,00 maka dapat dikatakan protokol
ca::ztn" :g ini sudah valid dan dapat diaplikasikan
men-docking senyawa lain pada reseptor
KM. Setelah dilakukan docking genistein
reseptor, kemudian dilanjutkan dengan
_ILUU. dan kalkon basil penelitian sebelumnya
17 desain struktur senyawa turunan kalkon
telah dibuat. Prosedur yang dilakukan sama
~e:rtl" melakukan docking pada genistein, hanya
docking turunan kalkon tidak dilakukan
--,,-.:;" RMSD. Pada penelitian ini dilakukan
t:i2D~denganreplikasi sebanyak 3 kali.
1. Data hasil Docking ligan dengan sisi aktif (a)
Reseptor Estrogen (1QKM)
Replikasi 1 Replikasi 2 Replikasi 3

MolDockScore MolDockScore MolDockScore

-107,581 -107,578 -107,587
-103,59 -107,615 -91,894
-128,668 -127,869 -126,786
-112,645 -112,461 -112,470
-110,456 -108,501 -110,594
-111,440 -114,607 -112,167
-112,823 -113,017 -107,704
-115,606 -116,250 -117,604
-116,649 -117,758 -117,729
-110,236 -111,114 -113,607
-120,818 -116,373 -121,010
-116,745 -118,206 -116,804
-118,670 -118,708 -118,676
-125,776 -125,793 -122,582
-127,942 -125,629 -125,152
-129,009 -129,370 -128,767
-1l7,001 -117,479 -118,834
(b)
-106,309 -108,113 -108,779
-114,433 -115,729
Gambar 4. Interaksi ikatan hidrogen reseptor dengan
-108,358
·118,147 -112,483 -112,059 senyawa turunan kalkon (a)Kalkonxn dan
-117,790 -115,842 -117,948 (b) Senyawa A

01.. 14, No.1, Juni 2012 23

 Pada Gambar 4, "Kalkon XJI" lebih banyak
berik:atan hidrogen dengan sisi aktif protein dari
reseptor daripada "Senyawa A". Ikatan hidrogen
dari "Kalkon XII" terdiri dari 2 ikatan H dengan His
475, masing - masing 1 ikatan H dengan Glu 305,
Leu 339 dan Arg 346 Sedangkan pada "Senyawa
A" terdiri dari 2 ikatan hidrogen dengan His 475
dan 1 ikatan hidrogen dengan Arg 346. Hal inilah
yang dimungkinkan menyebabkan lebih stabilnya
ikatan antara "Kalkon XII" dengan reseptor
estrogenjl,
(a)
(b)
Gambar 5. Tampilan permukaan (suifaces) residue dengan
ligan berdasarkan (a) hidrofobisitas dan
(b) elektrostatis
Gambar 5a menunjukkan permukaan
hidrofobisitas dari protein (residue), dirnana warna
biru pada permukaan menunjukkan residuebersifat
hidrofob sedangkan warna merah menunjukkan
residue bersifat hidrofil. Ligan yang terikat di
dalamnya harus memiliki sifat sama dengan
residue. Pada ligan "Kalkon XJI" yang terikat,
wama hijau menunjukkan sifat hidrofob,
24
sedangkan warna jingga menunjukkan sifat
hidrofil. Sehingga dapat disimpulkan kesesuaian
sifat hidrofobisitas antara ligan dan reseptor juga
menyumbangkan kestabilan ikatan antara ligan dan
reseptor.
Gambar 5b menunjukkan permukaan
elektrostatis yaitu berhubungan dengan muatan
parsial dari protein (residue), dirnana warna biru
menunjukkan residue bermuatan parsial postif
sehingga dengan adanya ligan yang bermuatan
negatif parsial akan menyebabkan kestabilan
ikatan ligan dan reseptor. Wama merah pada
permukaan menunjukkan residue bermuatan
negatif parsial sehingga dengan adanya ligan yang
bermuatan positif parsial akan menyebabkan
kestabilan ikatan ligan dan reseptor. Pada Gambar
Sb, pada ligan warna merah menunjukkan atom
bermuatan negatif parsial terutama pada atom O.
Atom 0 pada ujung memiliki interak:si dengan
muatan positif parsial pada residue yang
menyumbangkan kestabilan ikatan antara ligan dan
reseptor.
Berdasarkan hasil docking, ikatan hidrogen, sifat
hidrobisitas dan elektrostatis diatas dapat diambil
kesimpulan bahwa senyawa "Kalkon XJI"
merupakan ligan yang paling baik untuk reseptor
estrogen ~ (ER- ~) diantara senyawa yang telah
diteliti diatas sehingga dapat dilakukan analisis
lebih lanjut.
KESIMPULAN
Tujuan utama dalam studi molecular docking
dengan metode "Molegro Virtual Docker"
senyawa turunan kalkon terhadap reseptor estrogen
~ (ER- ~) adalah untuk inemilih inhibitor aktifyang
terbaik sebagai antikanker payudara. Dari hasil
docking, menunjukkan senyawa "Kalkon XJI"
memiliki energi yang paling rendah dibandingkan
senyawa turunan kalkon maupun ligan asli
(genistein) yang menunjukkan afinitas yang bagus
terhadap ikatan dengan reseptor. Berdasarkan
ikatan hidrogen, sifat hidrofobisitas maupun
elektrostatis, senyawa "Kalkon XJI" memiliki
kesesuaian yang menyebabkan kestabilan ikatan
dengan reseptor yang lebih baik. Sehingga
senyawa "Kalkon XII" dapat disintesis dan
dilakukan analisis lebih lanjut terutama uji in vitro
untuk membuktikan aktivitas penghambatan
proliferasi dari senyawa ini.
JKTI, Vol. 14, No.1, Juni 2012
 DAFfAR PUSTAKA
1. National Cancer Institute. 2009. Cancer of the
Breast (invasive) : Age-adjusted SEER
Incidence Rates by Year, Race and Sex.
http://seer.cancer.gov/csr, diakses tanggal 15
Maret 2012.
2. 1.Ferlay ., H. R Shin., F. Bray., D. Forman .,
C. Mathers ., D. M. Parkin Cancer Incidence
and Mortality Worldwide: IARC Cancer Base
No. 10, International Agency for Research on
CancerGLOBOCAN 2008, Lyon, 2010
3. J. D . Yager., N. E. Davidson. Estrogen
Carcinogenesis in Breast Cancer. N Engl J
Med. 354: 270- 282 (2006)
4. V. C. Jordan .,Antiestrogen and selective
estrogen receptor modulators as
multifunctional medicines. J Med Chern. 46 :
883-907 (2003)
5. E. R Levin., Integration of the extranuclear
and nuclear actions of estrogen. Mol.
Endrocinol. 19(8): 1951-1959(2005)
6. B. Kenie., Bouker and Leena, Hilakivi-
Clarke. Genistein : Does it Prevent or
Promote Breast Cancer ? Environ Health
Perspect 108(8): 701-708 (2000)
7. G. Lazennec., D. Bresson., A. Lucas., C.
Chauveau., F. Vignon . Erp Inhibits
KTI, Vol. 14, No.1, Juni 2012
proliferation and invasion of breast cancer
cells. Endocrinology 142 :4120 -4130 (200 I)
8. H,O. Saxena., U. Faridi., J.K. Kumar., S.
Luqman., M. P. Darokar., K. Shanker., C.S.
Chanotiya M. M Gupta.,A.S. Negi., Synthesis
of chalcone derivatives on steroidal
framework and their anticancer activities.
Steroids. 72 : 892-900 (2007)
9. N. J. Lawrence., D. Rennison., A. T.
McGown., J. A. Hadfield., The total synthesis
of an aurone isolated from Uvaria hamiltonii:
aurones and flavones as anticancer agents.
BioorgMed ChemLett 13 : 3759-3763 (2003)
10. V. Swamy., J. Dashpande., J.S. Pathageri.,
VKothekar ., S. Padhye., Molecular Docking
Studies on Estrogen Receptor - A and
Chalcone Derivatives. IJAPBSOnline 1 (3) :
87 - 93 (2011)
11. T. Ramya., V. Sri,. Sathyanathan, D. P.
Kumar., M. Chowdhari., Docking Studies on
Synthesizwd Quinazoline Compounds
Against Androgen Receptor. Int. J. Pharm &
Ind. Res 01 (04): 266-269 (2011)
12. R Thomsen., M. H. Christensen., MolDock: A
New Techniquefor High-Accuracy Molecular
Docking. J. Med. Chem., 49(11), pp 3315 -
3321 (2006)