Kris Cahyo Mulyatno

ITD UA

Teknik DNA Sequencing

Meskipun be gitu, t eknik l ama b erbasis chain-termination masih um um

digunakan, bahkan sangat efisien untuk menentukan sekuen DNA fragmen
pendek ( masih d alam h itungan k ilobasa). J adi d itemukannya t eknik D NA
Sequencing yang lebih canggih t idak serta m erta bakal m enggusur m esin-mesin
capillary sequencing yang s udah “ merajalela” d i berbagai l aboratorium bi ologi
molekuler di seluruh dunia.

Artikel i ni akan m embahas p rinsip d asar d an p rotokol DNA sequencing

berbasis m etode chain-termination menggunakan m esin automated capillary
sequencer.

Prinsip Dasar DNA Sequencing

DNA s equencing m enggunakan m etode P CR ( Polymerase Chain

Reaction) sebagai pijakannya. DNA yang akan ditentukan urutan basa ACGT-nya
dijadikan s ebagai c etakan ( template) un tuk k emudian d iamplifikasi
menggunakan e nzim d an b ahan-bahan y ang m irip d engan r eaksi P CR, n amun
ada p enambahan b eberapa p ereaksi t ertentu. P roses i ni d inamakan cycle
sequencing.

Jadi yang membedakan cycle sequencing dengan PCR biasa adalah:

• Primer y ang d igunakan hanya s atu u ntuk s atu ar ah p embacaan, t idak d ua

(sepasang) seperti PCR

• ddNTPs ( dideoxy-Nucleotide Triphosphate) a dalah m odifikasi d ari d NTPs

dengan menghilangkan gugus 3′-OH pada ribosa.

Struktur molekul dNTP dan ddNTP, perhatikan bedanya

Saat p roses ek stensi, en zim p olimerase a kan m embuat r antai b aru D NA

salinan dari template dengan m enambahkan dNTP-dNTP sesuai d engan urutan
pada DNA cetakannya. Nah, jika yang menempel adalah ddNTP, maka otomatis
proses p olimerisasi a kan t erhenti karena d dNTP t idak m emiliki g ugus′ 3 -OH
yang seharusnya bereaksi d engan g ugus 5′ -Posfat d NTP berikutnya m embentuk
ikatan posfodiester.
Kris Cahyo Mulyatno
ITD UA

Pada ak hir cycle sequencing, y ang d ihasilkan ad alah f ragmen-fragmen

DNA dengan panjang bervariasi. Jika fragmen-fragmen tersebut dipisahkan
dengan elektroforesis, maka akan terpisah-pisah dengan jarak antar fragmennya
satu basa-satu basa. Lalu bagaimana caranya menentukan urutan basa DNA dari
produk cycle sequencing ini?

Cara Klasik

Metode y ang pertama k ali dikembangkan oleh Frederick Sanger pada

tahun 1975, yaitu dengan melakukan reaksi cycle sequencing pada empat tabung
terpisah y ang m asing-masing b erisi s emua p ereaksi y ang d ibutuhkan. K husus
untuk d dNTP, y ang d itambahkan hanya 1 j enis u ntuk setiap t abung. S etiap
tabung d iberi t anda, A j ika y ang d itambahkan ad alah d dATP, G j ika d dGTP, C
jika ddCTP dan T jika ddTTP.

Setelah r eaksi cycle sequencing selesai, k eempat h asil r eaksi t ersebut

dilarikan p ada g el el ectrophoresis sehingga f ragmen-fragmen y ang d ihasilkan
dapat t erpisah. U rutan b asa D NA dapat d itentukan d engan m engurutkan
fragmen yang muncul dimulai dari yang paling bawah (paling pendek). Fragmen
DNA dapat divisualisasi karena primer yang digunakan dilabel dengan radioaktif
atau fluorescent. Pada teknik lain, bukan primer yang dilabel melainkan dNTP.

Prinsip Sanger Method dengan primer labelling

Dye Primers dengan Label Berbeda

Dengan teknik ini visualisasi dan penentuan urutan basa dapat dilakukan
dengan l ebih m udah k arena k eempat r eaksi d ipisahkan d alam s atu l ajur
electrophoresis dengan 4 warna berbeda. Coba bandingkan cara ini dengan cara
sebelumnya, lebih mudah mana membacanya?

Dye-Terminators Sequencing

Cara y ang l ebih s imple ak hirnya d itemukan j uga. P ara i lmuwan c erdas
menemukan cara untuk melabel ddNTP dengan 4 label fluorescent yang berbeda-
beda u ntuk ddA TP, ddC TP, ddG TP d an ddTTP. Dengan de mikian, r eaksi c ycle
sequencing dapat dilakukan dalam 1 t abung reaksi dan dirun pada satu lajur gel
electrophoresis saja. Sangat simple dan cepat.
Kris Cahyo Mulyatno
ITD UA

Dengan ditemukannya mesin Automated Capillary Sequencer, p roses

pemisahan f ragmen d an p embacaan u rutan ba sa D NA d apat d ilakukan d engan
lebih simple, cepat dan terotomatisasi. Jumlah kapiler pada mesin ini bervariasi,
mulai d ari 1, 4 , 16 , 4 8 h ingga 9 6 k apiler d alam s atu m esin, s emakin b anyak
jumlah k apiler, s emakin b anyak p ula j umlah sampel DNA y ang bi sa d itentukan
urutan basanya.

Hasil pembacaan mesin sequencer disebut electropherogram, yaitu peak-

peak berwarna yang menunjukkan urutan basa DNA-nya.

Teknik D NA S equencing y ang be rbasis f ragment an alysis s aat i ni t idak

hanya d igunakan u ntuk m enentukan u rutan bas a-basa D NA s emata, t api b isa
dikembangkan u ntuk berbagai a plikasi, s eperti p enentuan S NP (Single
Nucleotide P olymorphism), analisa keragaman g enetik s eperti DNA
Microsatellite d an A FLP ( Amplified F ragment L ength P olymorphism),
community a nalysis s eperti t RFLP ( Terminal R estriction F ragment L ength
Polymorphism) d an s egudang a plikasi l ainnya. B anyaknya aplikasi D NA
Sequencing kapiler ini menunjukkan bahwa metode ini –meskipun kini tergolong
“lambat” s etelah d itemukannya h igh-throughput s equencing– akan t etap j adi
primadona dan andalan para life-scientist di seluruh d unia. D an t ak heran p ula
jika Frederick Sanger menerima hadiah Nobel bidang kimia untuk kedua kalinya
di tahun 1980 atas penemuannya ini.

Faktor Penentu Keberhasilan Analisa DNA

sequencing

Ekstraksi DNA untuk DNA sequencing

Ekstraksi D NA ad alah l angkah p ertama y ang s angat p enting d alam

langkah-langkah k erja an alisis DNA sequencing. K ualitas s ecara k eseluruhan,
akurasi d an p anjang p embacaan u rutan bas a D NA d apat d ipengaruhi s ecara
signifikan ol eh k arakter sample i tu s endiri, d an m etode y ang d ipakai u ntuk
ekstraksi D NA. M engisolasi DNA d engan k ualitas t inggi d ari b erbagai j enis
sample memiliki t antangan t ersendiri, d an m etode yang ideal ak an be ragam
bergantung pada jenis jaringan/tissue (termasuk darah), bagaimana ia diperoleh
dari s umbernya, d an bagaimana sample d itangani at au disimpan s ebelum
diekstrak. M etode u ntuk i solasi a sam n ukleat s ering d ikerjakan m enggunakan
penghancuran m ekanik atau m etode kimiawi, y ang k adang-kadang j uga
terotomatisasi. Baik metode ekstraksi manual maupun otomatis yang digunakan,
Kris Cahyo Mulyatno
ITD UA

kita h arus berhati-hati untuk meminimalisir degradasi DNA, d engan

menghindari e kspos t erhadap p anas, c ahaya, freeze-thaw yang be rulang-ulang
dan vortex. Selanjutnya, l aboratorium harus d iatur sedemikian r upa u ntuk
meminimalisir kemungkinan kontaminasi silang diantara sample.

Desain Primer dan Amplifikasi

Urutan k erja DNA sequencing secara u mum m engharuskan k ita

mengamplifikasi h asil ekstraksi D NA s ample s ebelum d isekuen. Un tuk
mengamplifikasi DNA sample, kita m embutuhkan DNA polymerase, n ukleotida
(dNTP), buffer reaksi, primer dan sebuah thermal cycler.

Sequencing Chemistries

Cycle sequencing merupakan m etode s ederhana y ang m ana t erdiri a tas

proses d enaturasi, a nnealing d an ek stensi y ang b erulang-ulang d alam s ebuah
mesin thermal cycler, m enghasilkan a mplifikasi linear p roduk-produk e kstensi.
Produk in i k emudian d iinjeksikan k e d alam sebuah k apiler. Un tuk A pplied
Biosystems, a da 2 k ategori p endekatan s equencing c hemistry: Dye Primer
Chemistry dan Dye Terminator chemistry.

Sequencing menggunakan Dye Primers

Ketika m enggunakan s equencing c hemistry b erbasis dye primer,

dilakukan empat reaksi terpisah. Setiap reaksi dilabel pada ujung ′5 -nya dengan
menggunakan dye fluorescent y ang b erbeda. M asing-masing k eempat r eaksi i ni
akan m engandung ap akah p rimer y ang dilabel w arna biru, hijau, k uning at au
merah. W arna s etiap r eaksi berkorespondensi d engan A , C , G a tau T .
Dideoksiribonukleotida ( ddNTP) t erdapat d alam s etiap c ampuran r eaksi, d an
menterminasi s intesis DNA s ecara a cak, m enghasilkan f ragmen-fragmen D NA
dengan p anjang y ang be rvariasi. K arena d igunakan p rimer y ang d ilabel
fluorescent u ntuk ek stensi, s eluruh fragmen y ang d iterminasi t erlabel
fluorescent. Setelah b eberapa s iklus y ang c ukup u ntuk t erbentuknya p roduk
ekstensi yang optimal, keempat reaksi tersebut digabungkan dan dielektroforesis
menggunakan satu kapiler pada mesin Genetic Analyzer.

Sequencing menggunakan Dye Terminators

DNA sequencing fluorescent dapat j uga dilakukan m enggunakan s uatu

bahan kimia dimana pewarna (dye) terikat pada ddNTP, sehingga membutuhkan
Kris Cahyo Mulyatno
ITD UA

hanya satu tabung reaksi per sample, bukan empat. Karena hanya membutuhkan
satu t abung r eaksi u ntuk r eaksi dye terminator, b ahan k imia in i l ebih simple
untuk d igunakan d ibanding dye primer chemistry. Template DNA, p rimer t ak
dilabel, buffer, empat jenis d NTP, empat jenis ddNTP y ang t erlabel f luorescent,
dan D NA p olymerase d itambahkan k e d alam t abung r eaksi. F ragmen-fragmen
yang berfluorescent terbentuk karena inkorporasi ddNTP yang terlabel pewarna.
Masing-masing ddNTP yang berbeda (ddATP, ddCTP, ddGTP, atau ddTTP) akan
membawa s ebuah w arna dye yang be rbeda. D engan d emikian semua f ragmen
yang diterminasi (yang berujung sebuah ddNTP), mengandung sebuah dye pada
ujung 3′-nya.

BigDye® Cycle Sequencing Chemistries

BigDye® p rimers d an t erminators mengutilisasi m olekul-molekul

transfer en ergi t unggal, y ang m encakup s ebuah p ewarna ( dye) d onor dan
akseptor energi yang terhubung oleh sebuah penghubung (linker) transfer energi
yang s angat ef isien. D alam s truktur m olekul B igDye®, ak septornya ad alah
sebuah dye dichlororhodamine. Dye dichlororhodamine (dRhodamine)
merupakan s uatu p enyempurnaan a tas dye rhodamine k onvensional.
dRhodamine terpisah lebih baik secara spektral — terdapat overlap spektral yang
jauh l ebih s edikit p ada p anjang g elombang e ksitasi m aksimumnya, d an p roduk
sequencing y ang d ihasilkan m emperlihatkan background noise yang j auh
berkurang. S ehingga m enghasilkan s ignal y ang l ebih b ersih d an ak urasi base
calling yang l ebih besar p ada p embacaan y ang l ebih p anjang. S uatu linker
transfer en ergi m eng-couple fluorescein d onor d an dye dRhodamine a kseptor
untuk t ransfer en ergi y ang ef isien d alam s atu m olekul t unggal. Dye yang l ebih
terang d an b ersih i ni m enghasilkan s ebuah sequencing chemistry yang se suai
untuk kebanyakan aplikasi.

Pemurnian sample

Setelah r eaksi s equencing, s angat p enting u ntuk m embuang dye

terminators yang t idak m enempel d an g aram-garam y ang d apat be rkompetisi
saat i njeksi elektrophoresis kapiler. Terminator yang tidak menempel dapat
turut b ermigrasi b ersama template sequencing, m engakibatkan basecalling
errors dan kelebihan garam mengakibatkan rasio signal-to-noise menjadi buruk.

Elektroforesis

Pada p roses e lektroforesis k apiler, produk-produk reaksi cycle

sequencing diinjeksikan secara elektrokinetik ke dalam kapiler yang diisi dengan
polimer. D engan d iberikannya t egangan l istrik t inggi m aka fragmen D NA y ang
Kris Cahyo Mulyatno
ITD UA

bermuatan n egatif a kan bergerak m elalui p olimer d i d alam k apiler m enuju

elektroda p ositif. D engan d iberikannya t egangan l istrik t inggi m aka f ragmen
DNA y ang be rmuatan n egatif ak an bergerak m elalui p olimer di d alam k apiler
menuju el ektroda p ositif ( gambar 4 ). E lektroforesis k apiler d apat m emisahkan
molekul DNA yang memiliki perbedaan bobot molekul hanya satu nukleotida.

Beberapa saat sebelum mencapai elektroda positif, fragmen DNA terlabel

fluorescent yang t erpisah b erdasarkan u kuran, b ergerak m elalui lintasan s inar
laser. Sinar laser menyebabkan dye pada fragmen berpendar. Sebuah alat
pendeteksi op tis p ada m esin D NA a nalyzer m endeteksi fluorescent (gambar 5 ).
Software Data Collection mengkonversi s ignal f luorescent m enjadi d ata d igital,
kemudian merekam datanya dalam sebuah file *.ab1. Karena masing-masing dye
mengemisikan c ahaya p ada p anjang gelombang y ang b erbeda k etika t ereksitasi
oleh laser, sehingga keempat warna yang mewakili keempat basa dapat dideteksi
dan dibedakan dalam satu injeksi kapiler.

Analisa Data

Setelah e lektroforesis, software Data Collection membuat s ebuah f ile

sample d ari data m entah. D engan m enggunakan ap likasi software, an alisa d ata
selanjutnya diperlukan untuk menterjemahkan image data warna yang diperoleh
menjadi basa-basa nukleotida yang berhubungan.

Analisa Primer

Tool-tool ini m engkonversi g ambar yang d iperoleh s elama Data

Collection menjadi em pat w arna, y ang m erepresentasikan k eempat b asa
nukleotida y ang b erhubungan ( gambar 1 ). S ebagai c ontoh, Software Sequence
Analysis adalah p erangkat an alisa p rimer y ang h arus d igunakan setelah
pengumpulan data selesai. Aplikasi software Sequence Analysis memungkinkan
pengguna untuk m elakukan basecall dan basecall ulang, memotong ujung data,
menampilkan, m enyunting d an m encetak f ile-file s ample. Software analisa
primer m emproses d ata m entah p ada f ile * .ab1 m enggunakan algoritma d an
menerapkan pengaturan analisa berikut kepada hasil:

Basecalling
Kris Cahyo Mulyatno
ITD UA

Koreksi Pergeseran Mobility

File Mobility mengkompensasi perubahan dalam mobilitas fragmen DNA

yang d isebabkan o leh m olekul dye yang t erikat p ada f ragmen D NA d an
mengubah p enetapan w arna basa-basa bergantung p ada j enis chemistry yang
digunakan untuk melabel DNA.

Quality Value (QV)

Jika m enggunakan K B ba secaller u ntuk analisa, software memberikan

suatu Q V u ntuk s etiap bas a. Q V m emprediksi p robabilitas s uatu g alat basecall.
Contohnya, s uatu QV 2 0 m emprediksi t ingkat g alat 1 %. A lgoritma p emrediksi
kualitas d ikalibrasi u ntuk m emperoleh Q V y ang m emenuhi h ubungan standar-
industri y ang d itetapkan ol eh software Phred. J ika a lur k erja k ita m encakup
analisa m enggunakan software Phred u ntuk m emberikan Q V s etelah d ata di-
basecall, k ita d apat m enyederhanakan workflow dan m enggunakan K B
Basecaller saja. KB Basecaller dapat melakukan basecalling dan memberikan QV.
Kemudian, k ita d apat m embuat f ile * .phd.1 at au * .scf m enggunakan K B
Basecaller untuk diintegrasikan dengan workflow kita.

Analisa Sekunder

Tool-tool ini m emungkinkan kita u ntuk l ebih m enyempurnakan hasil.

Algoritma dalam produk-produk software analisa sekunder melakukan sejumlah
aplikasi p endukung f ungsi-fungsi s eperti d eteksi m utasi d an g enotyping, d an
menghasilkan output-output grafis.

Tanya Jawab Seputar Analisa DNA Sequencing

1. Apakah Sanger Dideoksi Sequencing itu dan apa bedanya dengan

Fluorescent Sequencing Applied Biosystems?

DNA p olymerase d apat b erinkorporasi j uga d engan b asa n ukleotida

analognya. M etode d ideoksi p ada DNA sequencing yanG d ikembangkan oleh
Sanger e t a l. ( 1977) m emanfaatkan k euntungan k emampuan i ni d engan
menggunakan 2′-3′-dideoksi sebagai substrat. Ketika sebuah dideoksinukleotida
berinkorporasi p ada ujung ′ 3rantai yang sedang memanjang, pemanjangan
rantai d ihentikan s ecara s elektif p ada A, C , G at au T , k arena r antai k ekurangan
gugus 3′-hidroksil (lihat gambar 8).
Kris Cahyo Mulyatno
ITD UA

2. Apakah Cycle Sequencing itu?

Cycle Sequencing adalah sebuah metode sederhana dimana pengulangan

denaturasi, an nealing d an ekstensi s ecara berturut-turut dalam t hermal c ycler
menghasilkan a mplifikasi l inear pr oduk-produk ek stensi ( lihat g ambar 9 ).
Produk i ni k emudian d i-load k edalam d el at au d iinjeksikan k e d alam k apiler.
Applied B iosystems m enggunakan p rotokol c ycle s equencing i ni d alam k it DNA
sequencingnya.

3. Apakah keuntungan dari cycle sequencing?

Keuntungannya adalah sebagai berikut:

• Protokolnya sangat baik dan mudah untuk dilakukan

• Cycle sequencing membutuhkan DNA template yang jauh lebih sedikit

dibandingkan metode ekstensi temperatur tunggal.

• Cycle s equencing l ebih s esuai d ibandingkan m etode p elabelan t emperatur

tunggal t radisional y ang m embutuhkan langkah d enaturasi k imiawi u ntuk
template utas ganda.

• Temperatur y ang tinggi mengurangi s truktur sekunder sehingga ekstensi

berjalan lebih sempurna

• Temperatur tinggi mengurangi annealing sekunder primer ke template

• Protokol yang sama digunakan untuk DNA utas ganda maupun utas tunggal

• Protokol ini bekerja dengan baik untuk sequencing langsung PCR produk

• Template-template y ang s ulit, s eperti bacterial artificial chromosomes

(BACs), dapat disekuen

4. Apakah Dye Terminator Cycle Sequencing itu?

Dengan p elabelan dye terminator, m asing-masing k eempat dideoxy

terminators (ddNTPs) d itandai d engan suatu fluorescent dye yang berbeda-
beda. R antai y ang t umbuh d iterminasi d an d ilabel s ecara s imultan d engan dye
yang b erkorespondensi d engan b asa t ersebut ( lihat g ambar 10 ). S uatu p rimer
yang tidak dilabel dapat d igunakan. R eaksi dye terminator dapat d ilakukan
Kris Cahyo Mulyatno
ITD UA

dalam sebuah tabung. Protokol ini membutuhkan langkah pemipetan yang lebih
sedikit d ibanding r eaksi dye primer. R eaksi y ang d ilabel d engan e mpat w arna
dye di-load dalam sebuah lajur gel tunggal atau satu injeksi kapiler. Jika terjadi
kesalahan t erminasi, y aitu f ragmen y ang t idak d iterminasi o leh
dideoksinukleotida, m aka t idak ak an t erdeteksi k arena t idak a da dye yang
menempel.

5. Apakah Dye Primer Cycle Sequencing itu?

Dengan p elabelan dye primer, p rimer d itandai d engan em pat p ewarna

fluorescent yang berbeda. Produk terlabel terbentuk dalam empat reaksi spesifik
basa y ang be rbeda. P roduk d ari k eempat r eaksi i ni l alu d icampur d an d i-load
kedalam s atu l ajur g el at au s atu i njeksi kapiler ( lihat g ambar 1 1). Dye primer
chemistries umumnya m enghasilkan intensitas sinyal y ang lebih b aik dibanding
dye terminator chemistries. Primer yang terlabel tersedia secara komersial untuk
situs-situs pr imer y ang u mum. K ita d apat j uga m elabel c ustom p rimer. R eaksi
yang d ilabel d engan e mpat w arna dye di-load k e d alam l ajur t unggal at au s atu
injeksi kapiler.

6. Apakah Matrix Standard itu?

Overlap s pektral y ang p resisi a ntara k eempat dye diukur d engan

menjalankan (running) fragmen DNA yang dilabel menggunakan masing-masing
dye dalam k alibrasi s pektral p ada m esin AB I P RISM® G enetic An alyzer.
Fragmen DNA yang dilabel dye ini dinamakan matrix standards. Software Data
Utility k emudian m enganalisa d ata d ari sample matrix s tandard d an m embuat
file m atrix. N omor-nomor i ni a dalah i nternetan f luorescent y ang d inormalisasi
dan merepresentasikan suatu deskripsi matematis overlap spektral yang teramati
diantara dye-dye. F ile-file m atrix d alam f ile i nstrumen d igunakan u ntuk j enis
chemistry ya ng s pesifik, d an me nyediakan i nformasi b agi software Sequence
Analysis sehingga memungkinkannya untuk mengkoreksi overlap spektral.

7. Apakah BAC End-Sequencing itu?

Bacterial artificial c lones a lias B AC ad alah segmen be sar D NA ( 100kb-

200kb) y ang d iklonkan k e d alam bakteri d ari spesies lain. Beberapa salinan
dapat dibuat setelah kloning. Sekuen dari ujung BAC menyediakan penanda yang
sangat s pesifik. S ekuen i ni k emudian d apat d ibandingkan d engan p ustaka B AC
untuk konformasi.

8. Apakah yang dimaks dengan “Checking Clone Constructs”?

Kris Cahyo Mulyatno
ITD UA

Ini merupakan cara untuk memverifikasi bahwa DNA yang kita inginkan
sudah diklon dengan baik kedalam vektor menggunakan DNA sequencing.

9. Apakah Multicomponent Analysis itu?

Multicomponent analysis merupakan p roses y ang m emisahkan k eempat

warna dye fluorescent m enjadi k omponen-komponen s pektral t ersendiri.
Meskipun s etiap dye mengemisikan f luoresensi m aksimumnya p ada p anjang
gelombang yang berbeda, terdapat beberapa overlap pada spektrum emisi antara
keempat dye (lihat g ambar 12) . T ujuan multicomponent analysis adalah
mengisolasi s ignal dari s etiap dye sehingga n oise pa da d ata m enjadi s esedikit
mungkin.

10. Apakah De Novo Sequencing itu?

Proses ek sperimental p enentuan u rutan basa n ukleotida s uatu d aerah

(region) D NA d engan m elabel setiap n ukleotida d engan p enanda f luorescent
untuk mengidentifikasinya.

11. Apakah yang dimaksud dengan Multi-Locus Sequence Typing

(MLST)?

MLST adalah suatu prosedur yang tidak ambigu untuk mengkarakterisasi

isolat b akteri m enggunakan s ekuen f ragmen i nternal d ari 7 g en housekeeping.
Prosedur i ni m enggunakan f ragmen internal (~450-500 bp) d ari s etiap g en,
sehingga mereka dapat disekuen pada kedua utasnya secara akurat dengan mesin
DNA s equencer t erotomatisasi. U ntuk s etiap g en h ousekeeping, s ekuen-sekuen
yang terdapat dalam suatu spesies bakteri dinyatakan sebagai alel yang jelas, dan
untuk setiap isolat, alel pada masing-masing ketujuh loci mendefinisikan profice
allelic atau jenis sekuen (IST)

12. Apakah yang dimaksud dengan Deteksi berbasis SNP atau

Resequencing?

Sebuah heterozygote mengandung alel-alel yang berbeda pada suatu

locus (posisi) pada kromosom homolog. Deteksi heterozygote dilakukan dengan
primer spesifik.

13. Apakah HLA Typing itu?

Pengujian human leukocyte antigen (HLA) m endeteksi a ntigen-antigen

(penanda g enetik) pada s el darah putih. T erdapat 4 jenis human leukocyte
antigens yaitu: H LAA, H LAB, H LAC, d an H LAD. Tes H LA me nguji
Kris Cahyo Mulyatno
ITD UA

kompatibilitas j aringan d an p enentuan j enis j aringan r eseptor/donor. T es i ni

juga d igunakan p ada k onseling g enetik d an p engujian p aternitas. ( hanya u ntuk
riset.)

14.apakah Deteksi Metilasi itu?

Metilasi DNA t erjadi p ada situs C pG, y ang m ana s ekuen DNA d engan
sitosin b erada d ekat d engan g uanin. M etilasi d imediasi o leh suatu e nzim ( DNA
methyltransferase). Situs CpG jarang terdapat pada genom eukariot, kecuali pada
wilayah y ang d ekat d engan p romoter s uatu g en eu kariotik. W ilayah i ni d ikenal
sebagai CpG islands, d an k eadaan metilasi pa da s itus-situs C pG pe nting b agi
aktifitas/ekspresi gen.

15. Apakah mtDNA sequencing itu?

mtDNA adalah k ependekan d ari m itokondria. M olekul m itokondrial

terdapat d alam j umlah 10 0-1000 salinan p er s el, l ain d engan D NA i nti y ang
terdapat h anya d ua s alinan p er s el. B anyaknya m tDNA m emungkinkan
diskriminasi a ntara in dividu-individu a tau s ampel-sampel b iologis, k hususnya
jika DNA inti rusak atau tidak tersedia.

16. Apakah yang dimaksud dengan Comparative Genomic

Resequencing?

Comparative Genomic Resequencing adalah p erbandingan g enom-

genom d an in dividu-individu d alam s uatu g enom. C omparative genomics
memungkinkan a plikasi i nformasi y ang d iperoleh d ari s uatu g enom s ampel
menjadi s uatu g enom y ang l ebih k ompleks. I ni m erupakan d asar u ntuk
memahami variasi genetik dalam suatu populasi.

17. Apakah Metode SAGE™ itu?

SAGE™ ad alah s ebuah m otede u ntuk analisa k uantitatif, p ola e kspresi

gen pada genome. Suatu tag sekuen pendek (10 – 25 bp) mengandung informasi
yang cukup untuk mengidentifikasi suatu transkrip.

18. Apakah yang dimaksud dengan profiling mutasi menggunakan

analisa, deteksi atau validasi SNP itu?

Sebuah single nucleotide polymorphism (SNP) adalah substitusi satu basa

atas y ang l ainnya. B eberapa m etode b erbasis s equencing t ersedia u ntuk
pencarian dan analisa SNP.
Kris Cahyo Mulyatno
ITD UA

DAFTAR PUSTAKA
http://sciencebiotech.net/faktor-penentu-keberhasilan-analisa-dna-

sequencing/

http://sciencebiotech.net/mengenal-teknik-dna-sequencing/

http://sciencebiotech.net/faktor-penentu-keberhasilan-analisa-dna-

sequencing/