Université Alger1 Ben Youcef BENKHEDDA

Faculté des Sciences

Département S.N.V.
Biochimie L3
Devoir de Bioinformatique
Numéro d’accession AFZ35623.1

Réalisé par :
Klaoua Sirine
Aouni Massilva
Bouhalla Zineb

Groupe : B2 Année universitaire : 2018/2019

Partie1 :
A-
La protéine est : D-lactate dehydrogenase

Organisme : [Stanieria cyanosphaera PCC 7437]

La protéine est composée de : 331 acides aminés

Son poids moléculaire est de : 36.986 KDa

Protéines homologues avec l’outil Blast :

Type d’Alignement : Global

Récupération de séquences :
N Séquence Organisme Pourcentage
d̊ ’accession d’identité
006104208.1 >WP_006104208.1 2-hydroxyacid [Coleofasciculus 67.48%
dehydrogenase
[Coleofasciculus chthonoplastes] chthonoplastes]
MKVAVFNTKSYDRNFL
ETTNANYNHDLVFFEPRLT
QETTALAVGFSAVCVFINDQLDKTTL
RVLAAQGTKLIATRSAGFN
HIDLNAAAEFGITVVRVPAYSPYA
VAEHTVGLILTL
NRKIHRAYNRVREGNFSL
DGFMGFDLHGRTVGIIGTGKIGFLVA
QILHGFGCQLLAYDLYPNPD
CEALGVKYVDLQEL
FATSDIISLHCPLTPQTRH
LINAQSLAQMKSGVMLINTSRGALIDT
QAVIDALKSRKIGYLGLD
VYEQESNLFFED
LSTEVIEDDVFQRLLTFPNVLI
TGHQAFFTEDALQNIAQTTLSNISDVES
GRPCPNEVSAQRVVATKSG

008177826.1 >WP_008177826.1 2-hydroxyacid [Moorea 68.90%

dehydrogenase [Moorea producens]
MKVAVFSTKVYDRQFLEAVNSQYGHE producens]
LTFFEPHLDTQTTILASGC
PAVCVFVNDSLNGQVLEKLAQQGTRLIALRCAGFN
NVDVTKATELDMIVVRVP
AYSPYAIAEHTIGLMLAL
NRKIHRAYSRVREGNFSLD
GLLGFDMHGRTVGIVGTGKIGVVVA
QILNGMGCQLVAYDPYPNP
DCQALGVKYVELAELFAISDIVT
LHCPLTTENYHLINSEALEQMKPGVMLINTSRGGLIDT
KAIIAALKSKKIGYLALDVY
EEESELFFEDLSNEVIQDDIFQRLLT
FPNVIITAHQAFLTENALHNIAETTLSNITNFEQ
GLPCPNKIINRE
017741852.1 >WP_008177826.1 2-hydroxyacid [Scytonema 67.99%
dehydrogenase [Moorea producens]
MKVAVFSTKVYDRQFLEAVNSQYGHELT hofmannii]
FFEPHLDTQTTILASGCPAVCVFV
NDSLNGQVLEKLAQQGTRLIALRCAGFN
NVDVTKATELDMIVVRVPAYSPY
AIAEHTIGLMLALNRKIHRAYSRV
REGNFSLDGLLGFDMHGRTVGIVGTGKIGVVVA
QILNGMGCQLVAYDPYPNPDCQALGV
KYVELAELFAISDIVTLHCPLTTENYH
LINSEALEQMKPGVMLINTSRGGLIDT
KAIIAALKSKKIGYLALDVYEEESELF
FEDLSNEVIQDDIFQRLLTFPNVIITAH
QAFLTENALHNIAETTLSNITNFEQ
GLPCPNKIINRE

AFZ35623.1 >AFZ35623.1 D-lactate dehydrogenase [Stanieria 100%

[Stanieria cyanosphaera PCC 7437]
MKVAVFNTKAYDQSFFNSSNEKYGHNLQ
cyanosphaera
FFEFALNPQSATLASDFPVVCVFVNDL PCC 7437]
INRKTIEILAQGKTR
LIALRCAGFNNVNLKAAQEFGIGVVRV
PAYSPYAVAEHTIALMLTLNRQIHRAYNRV
REGNFSLNGLLGF
DLHGCTVGIIGTGKIGRIVGQILTGFGCKIL
AYDLYPDQEFAQKYAQYVSLDELFAQANIISLHCPLTPE
TYHLINQEAITKMKSGVMLINTSRGGLIDTET
IIDGLKSQKIAYLALDVYEQEENLFFEDLSNEVIQDDT
FQRLLTFPNVIITGHQAFFTKNALENIA
DTTLANITDFEQGKSCPNEIKHF
Aligner les 4 séquences en utilisant le logiciel Mega :

Le type d’alignement : Local

L’arbre phylogénétique :
B-Identification des motifs fonctionnels de cette protéine :
C-
Elle est composé de :

Hélice α : 55

Feuillet β : 59

Partie 2 :
A-
Score Match =2

Score Mismatch= -1

Score Gap = -3

-L’alignement optimal possible : le score maximal ( à partir de la

matrice ) = 0

-En suivant le chemin de l’origine du score maximal ( sur la matrice on

obtient l’alignement optimal suivant :

CACGT

-A - GT

- C A C G T

- 0 -3 -6 -9 -12 -15

A -3 -1 -1 -4 -7 -10

G -6 -4 -2 -4 -2 -5

T -9 -7 -5 -3 -5 0

-Alignement Local de deux séquences ( CACGT ) et ( AGT ) :

- C A C G T

- 0 0 0 0 0 0

A 0 0 +2 0 0 0

G 0 0 0 +1 +2 0

T 0 0 0 0 0 +4

Score maximal = +4
L’Alignement Local :

GT

GT

 Conclusion pour les 2 Alignements :

L’alignement local ne tient que les scores positifs ( score Match )
et néglige tous les scores négatifs ( score Gap et score Mismatch ),
contrairement à l’Alignement global qui prend en compte tous les
scores que ça soit positifs ou négatifs.
Donc l’alignement local diffère du global car il prend en compte
uniquement les régions identiques et exclus tous les scores
négatifs.

B- cet Alignement présente :

12 Match
2 Mismatch
4 Gap
Donc le score maximal de cet Alignement est le suivant :
Score maximal = ( 12* score match ) + ( 2* score mismatch ) + (
4* score gap ) = ( 12*2 ) + ( 2*-1 ) + ( 4*-2 ) = +14