Anda di halaman 1dari 27

La comprensión del metabolismo

microbiano

Diana M. Downs
Departamento de Bacteriología, Colegio de Agricultura y Ciencias Biológicas, Universidad de Wisconsin-Madison,
Madison, Wisconsin 53706; correo electrónico: downs@bact.wisc.edu

Annu. Rev. Microbiol. 2006. 60: 533-59 Publicado por primera vez
Palabras clave
en línea como una revisión por adelantado el 13 de junio de
genética, la genómica, la bioquímica, los sistemas complejos
2006, la Revisión Anual de Microbiología está en línea en

micro.annualreviews.org
Resumen

Metabolismo abarca la base bioquímica de la vida y, como tal, abarca todas las disciplinas
doi de este artículo: biológicas. Muchas décadas de investigación básica, principalmente en los microbios, han
10.1146 / annurev.micro.60.080805.142308 Derechos de
dado lugar a una amplia caracterización de los componentes metabólicos y paradigmas
Autor c © 2006 por Annual Reviews. regulatorios. Con este conocimiento básico en la mano y las tecnologías disponibles en la
Todos los derechos reservados
actualidad, se ha hecho posible avanzar hacia una comprensión del metabolismo microbiano
0066-4227 / 06 / 1013-0533 $ 20,00 como un sistema y no como una colección de partes componentes. Insight en el sistema será
generado por esfuerzos continuos para rigurosamente componentes ne metabólicos de fi
combinados con renovados esfuerzos para descubrir los componentes y las conexiones que
utilizan en los enfoques in vivo impulsada. En la cola de un conocimiento detallado de los
componentes y conexiones que componen el metabolismo vendrá la capacidad de generar
un modelo matemático integral que describe el sistema. Mientras que los microbios
proporcionan el organismo lógico para este trabajo, el valor de un modelo de este tipo se
extendería disciplinas biológicas. Aquí descritos son enfoques que pueden proporcionar
información sobre el metabolismo y advertencias de su uso. El objetivo de esta revisión es
hacer hincapié en que in silico, in vitro, y en los enfoques in vivo debe ser utilizado en
combinación para lograr una comprensión completa de metabolismo microbiano.

533
Contenido

INTRODUCCIÓN. . . . . . . . . . . . . . . . . 534 Un modelo de éxito


La comprensión de microbiana Systemthat muestra los modelos de COMPLEJIDAD
Requiere el metabolismo Ciencia banco. . . . . . . . ENTENDIMIENTO metabólico. . . 540 Básico
. . . . . . . . . . . . . . . 535 organismo modelo (S) PARA biosintética Vía para

Los estudios metabólicos. . . . . . . . 535 Core


Metabolismo. . . . . . . . . . . . . . . . . 535 sistemas Tiamina. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 540 condicional
heterólogos Crecimiento Facilita
y procesos únicos metabólicos. . . . . . . . . . . . . . . Enfoque genético. . . . . . . . . . . . . 540 baja
. . . . . . 535 fortalezas y permeabilidad genera inestabilidad. . . . 541 conexiones
metabólicas Identi fi ed
Limitaciones de las herramientas para investigar el Las lesiones por Disrupting purF-Independiente
metabolismo. . . . . . . . . 536 / Bioinformática tiamina Síntesis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 541
Genómica Uso del análisis fenotípico de
Enfoques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 536 Enfoques
bioquímicas. . . . . . . . . . 537 Classical and Molecular Función de la sonda Desconocida ORF. . . . . . . . . . .
Genetic . . . . . . . . . . . . . . 546 Ampliación de nuestra
Enfoques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 537 comprensión de
ADVERTENCIAS en la interpretación A través de la Red de Análisis supresor. . . . . . . .
ESTUDIOS DE DATOS FROMMETABOLIC. . . . . . . . . . . . 548 identificación de nodos adicionales
. . . . . . . . . . . . . . 538 cepas de tipo salvaje No Son
La comprensión de Metabolismo. . . . . . . . . . . . . .
Metabólicamente estable. . . . . . . . . . . 538 enzimas . . . . . 549 EMERGENTES Y CONTINUA
pueden ser promiscuo. . . . 539 Pequeño-Flux cambios
se pueden Las áreas de enfoque en el metabolismo de la
Ampli ed fi. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 539 metabolitos comprensión. . . . . . . . . . . . . . . . . . 549
pueden ser necesarios para CONCLUSIONES. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 550
Nutrición y / o el Reglamento. . . 539

INTRODUCCIÓN ellos, comprenden metabolismo. La mayoría de los fisiólogos y


genetistas bacterianas bioquímicos de acuerdo en que lo que
Este artículo no está escrito como una “revisión” del
poseen no es un catálogo de libros de texto de estilo de hechos
metabolismo, sino como una presentación de los métodos,
metabólicos, sino más bien una capacidad de integrar diversos
enfoques y procesos de pensamiento que se puede utilizar de
resultados experimentales con las observaciones anteriores y
manera productiva para entender el metabolismo microbiano.
los datos publicados para generar una idea de la red
Este manuscrito ha sido escrito desde la perspectiva de que el
metabólica. En el pasado, esta capacidad se vio facilitada por
metabolismo es un sistema complejo y como tal es más que
observaciones acumuladas y cuentos anecdóticos negociados
simplemente la suma de sus partes. Por este criterio, todos los
entre los fisiólogos microbianas. La disminución de los
procesos bioquímicos ambos de fi ne y desconocidos, además
investigadores que se centran en el metabolismo se ha reducido
del regulador, metabólicas, y las interacciones cinéticas entre
por desgracia este recurso.

534 Downs
La comprensión de microbiana Por décadas Escherichia coli y su pariente cercano Salmonella

Requiere el metabolismo Ciencia Bench typhimurium se han utilizado como la bacteria modelo para
estudios metabólicos (95). paradigmas metabólicos difieren
Al igual que cualquier sistema complejo, el metabolismo es
suficientemente entre gram-positiva (es decir, Bacillus subtilis) y
mucho más que la suma de sus partes y la comprensión de
gramnegativos (es decir, E. coli, S. typhimurium) bacterias que un
este modo el metabolismo no se logra simplemente por de fi nir
modelo para cada uno es deseable (135). Además de los
y catalogación procesos metabólicos (25). Los recientes
sistemas bacterianos, es fundamental disponer de un sistema
avances tecnológicos han facilitado los esfuerzos para tener en
modelo para el metabolismo de eucariotas y archaeal. Saccharomyces
cuenta el metabolismo como un sistema. Los modelos
cerevisiae
matemáticos y mapas metabólicos generados a partir de
diversos análisis in silico permitir la visualización de las
está un eucariota con una larga historia de análisis genéticos
conexiones metabólicos conocidos y trata de predecir
(17), y los sistemas genéticos en especies archaeal están
comportamientos sobre la base de estos modelos (13, 39, 48,
avanzando rápidamente en su capacidad para apoyar los
118, 142). Es importante, sin embargo, reconocer que el
análisis in vivo (122). Con estos organismos modelo se puede
potencial de thesemodels es descriptiva es proporcional al
obtener una comprensión de cuatro sistemas de metabolismo
conocimiento de los componentes y conexiones beingmodeled.
microbiano, que sirve como una base sólida para el trabajo en
Para avanzar fi signi cativamente los modelos teóricos requiere
otros organismos.
datos adicionales acerca de la función de proteínas y las
interacciones metabólicas proporcionadas por la ciencia banco.
Así, el papel de la ciencia básica es la de componentes
metabólicos finas y las conexiones de forma rigurosa para
Metabolismo núcleo
permitir la construcción integral modelo con enfoques teóricos.
La necesidad de un número mínimo de sistemas modelo para
Se necesita un sólido conocimiento de los parámetros del
abordar el metabolismo se basa en la suposición de que el
sistema para minimizar los supuestos que se requieren para
metabolismo se ha desarrollado como un sistema a nivel celular.
construir un modelo útil (138). son susceptibles de ser
Como tal hay virtud en el estudio de un menor número de
obtenidos mediante la aplicación de enfoques técnicos clásicos
sistemas con más detalle de fi ne la integración de redes. Esta
y modernos a procesos understandmetabolic (por ejemplo, una
estrategia es defendible en particular con el metabolismo central
vía bioquímica) en aislamiento y que se extiende en vivo
altamente conservada que incluye componentes de la dogma
análisis para identificar y caracterizar las conexiones entre los
central, las vías para el catabolismo de carbono, la biosíntesis
procesos de los datos necesarios.
de aminoácidos, nucleótidos, vitaminas y cofactores.

Centrándose en unos organismos modelo para estos estudios

permite a los investigadores a desarrollar continuamente

técnicas para avanzar en el análisis in vivo se centraron

onmetabolismas un sistema. Es cierto que, al menos en las

etapas iniciales, este escenario es compatible con la

comprensión de un sistema a expensas de la diversidad del

organismo.
Organismo modelo (S) PARA estudios
metabólicos

Históricamente, los sistemas modelo andmodel organismos se


han utilizado para generar conocimiento de los paradigmas
Sistemas heterólogos y procesos únicos
biológicos generales. Este enfoque representante compensa el
metabólicos
hecho de que el número de organismos digno de estudio es
muy superior a los recursos disponibles. Un organismo ideal La caracterización de los procesos metabólicos únicos a un

para studyingmicrobial metabolismhas dos características subconjunto de organismos (por ejemplo, la fotosíntesis, la

esenciales: ( una) genoma secuenciado y ( segundo) rigurosa en oxidación de hierro, nitrógeno fi jación, methylotrophy)

capacidades genéticas in vivo. proporciona un desafío diferente. A menudo, los organismos

pertinentes no tienen in vivo

www.annualreviews.org • La comprensión microbiana Metabolismo 535


tecnologías que permiten a los análisis de sistemas es fundamental para la expansión de nuestro conocimiento del

integrados. Componentes de los procesos thesemetabolic a metabolismo allá de una simple descripción de las partes.

menudo pueden ser estudiados en sistemas heterólogos. No


es sorprendente, sin embargo, diversos procesos y vías están Una preocupación con las tecnologías emergentes es la
integrados en el metabolismo del huésped nativo de una percepción de que eliminan la necesidad de un sólido
manera que no puede ser imitado en huéspedes heterólogos conocimiento de los principios básicos. Un enfoque técnico
(53, 92, 109, 155). Aunque limitado en el suministro de sola no proporcionará comprensión del metabolismo a un
penetración en un metabolismo nativo, sistemas heterólogos nivel sofisticado; más bien hay que reconocer las fortalezas
pueden identificar diferencias betweenmetabolic redes y los y limitaciones de cada enfoque. Cualquier aproximación al
esfuerzos de apoyo para identificar cambios en la red metabolismo debe basarse en una sólida formación en los
requerida para permitir la incorporación de un componente principios básicos descritos en el dogma central.
heterólogo.

Genómica / Bioinformática Enfoques


fortalezas y
En los últimos años varias tecnologías para monitorear los
Limitaciones de las herramientas para
cambios globales de diversos parámetros han aumentado a
sondear METABOLISMO
un ritmo extraordinario. Varias técnicas específicas c caen
Incluso en el modelo bien estudiado Microorganismos nuestro bajo la rúbrica de omics y enfoques bioinformáticos. Como
conocimiento del metabolismo está lejos de ser completa. mínimo, estas técnicas resultan en la capacidad de
metabolismo comprensión requiere de fi nir la contribución monitorizar el “fenotipo” global de los transcritos (47),
funcional de componentes y sus conexiones en vivo, una meta proteínas (113, 114), y metabolitos (19, 101, 136).
que requiere grandes esfuerzos interdisciplinarios. La premisa Avanzando capacidades bioinformáticas proporciona los
fundamental en estos estudios es que cada componente / medios para agrupar estos datos de manera informativos y
conexión (es decir, producto del gen, metabolito) contribuye a la datos de la secuencia de minas para identificar homólogos /
función de todo el sistema; Por lo tanto, el seguimiento de la ortólogos / parálogos, promotores, sitios de unión
célula completa es la mejor manera de investigar la función. Los reguladoras probables, las redes de señalización, y motivos
avances técnicos de los últimos decenios han aumentado la enzimáticos (7, 67, 87, 140). enfoques globales son diversas,
viabilidad de utilizar un conjunto de células (es decir, los pero en general tienen fortalezas y debilidades similares con
sistemas) mentalidad de acercarse metabolismo. Estos avances respecto a la comprensión de metabolismo. La mayor fuerza
incluyen la capacidad de ( una) monitorizar diversos parámetros de tecnologías de alto rendimiento es la riqueza de los datos
en una escala global a través de diversas tecnologías “ómicas”, obtenidos en un único experimento, a menudo
proporcionando una instantánea de la actividad celular. Estas
( segundo) generar e identificar diversas mutaciones, y ( do) sobreexpresar
y purificar componentes. Los datos se pueden generar técnicas se benefician de herramientas computacionales
rápidamente con estas tecnologías, lo que reduce el tiempo de diseñados para procesar y presentar los datos de una
inactividad del intelectual dedicado superar los obstáculos manera que es manejable, lo que permite una cantidad de lo
técnicos para la obtención de los datos necesarios. Quizás el contrario abrumador de datos a ser vista como patrones
resultado más interesante de este progreso ha sido el aumento interpretables (30, 31, 64). Los patrones generados (por
de la viabilidad de sondear las zonas grises del metabolismo, es ejemplo, la definición de un regulón, un patrón de
decir, aquellas áreas dominadas por los efectos sutiles e metabolismo de reflujo, o un árbol evolutivo) proporcionan un
indirectos. De hecho, un mayor conocimiento de estas áreas nivel de detalle que de otro modo requeriría un gran número
de tradicionales

536 Downs
experimentos. Los datos de estudios ómicas son valiosos en la el entorno celular con respecto a la concentración de sal,
generación de hipótesis comprobables sobre los roles concentración de sustrato, el pH, los niveles de cofactor, y el
funcionales y las conexiones en el metabolismo. estado redox (141). Sin complementaria datos in vivo, los
resultados bioquímicos No de fi ne el papel celular de una
Lo que la genómica y la bioinformática tecnologías no proteína, ni tampoco detectan las reacciones laterales, los
proporcionan por sí mismas es fundamentalmente nueva controles reglamentarios, o componentes accesorios que
información funcional, o de fi nitivas datos sobre el podrían ser relevantes in vivo. Aunque crítico, los resultados
mecanismo. En general, estas tecnologías son estudios de bioquímicos sólo tiene que proporcionar una pieza de
amplio alcance en el que la relevancia es a menudo definida información que debe integrarse con los resultados de otros
por un parámetro técnico. Por ejemplo, la expresión de los enfoques para entender el metabolismo.
estudios de microarrays seguimiento de genes por mutación o
perturbación ambiental requiere un cambio en la expresión de
dos veces mayor para ser considerado relevante. Este punto
de corte refleja una técnica más que una biológica definición
de relevancia ya que los cambios en la expresión y / o Enfoques clásicos y genética molecular

actividad de menos del doble pueden tener consecuencias


significantes sobre el metabolismo (18, En los esfuerzos para comprender el metabolismo, un
enfoque genético bioquímica impulsado por el análisis
fenotípico permite al investigador a “escuchar” a la célula sin
35, 86, 125). ser forzado por los resultados anticipados o un dogma
anterior. In vivo cambios fenotípicos son un enlace directo con
el metabolismo de la célula, desde un fenotipo es una medida
Los enfoques bioquímicos
de la función del sistema. Cuando diseñado y rigurosamente
análisis bioquímicos rigurosos de los procesos celulares controlados, fenotipos son lo suficientemente sensibles que
seguirán siendo un aspecto crítico de los estudios los pequeños cambios metabólicos pueden significar la
onmetabolismfor el futuro previsible. El análisis bioquímico diferencia entre el crecimiento y no crecimiento. Las
de enzimas y otros procesos en un definido sistema in vitro propiedades generales de un enfoque genético son comunes
se ha considerado el sello distintivo de la comprensión de a análisis complejo sistema (38); lógica deductiva se utiliza
un proceso molecular. Por ejemplo, se considera una ruta para asignar la función a partes componentes y comprender
biosintética (o catabólico) de fi ne si se puede reconstituir in la integración de estas piezas. En este escenario, una parte
vitro con componentes purificados (21, 69). Una actitud componente se elimina o se altera (es decir, mutado), y se
similar es válido para de fi nir la función de las enzimas monitoriza cualquier cambio de comportamiento del sistema
individuales (70, 127, 139). como un todo (es decir, el fenotipo). El cambio de
comportamiento resultante se analiza en el contexto de la
información adicional a la hipótesis de una función para la
La fuerza de un enfoque bioquímico es que pone a prueba pieza eliminado. Genéticamente, hay dos enfoques
directamente la función de un componente y por lo tanto elimina principales para investigar el metabolismo: ( una) hacer
las complicaciones causadas por efectos indirectos presentes en mutaciones dirigidas y controlar el fenotipo resultante, y ( segundo)
el sistema natural. Sin embargo, un enfoque bioquímico tiene pantalla para un fenotipo deseado y definen las mutaciones
limitaciones que deben ser reconocidos en nuestro esfuerzo para causantes de la misma.
tener en cuenta el metabolismo de un sistema en lugar de una

colección de piezas componentes. In vitro análisis bioquímico

identificar lo que podría suceder en la célula. In vitro condiciones

se optimizan para detectar la actividad de interés; Es poco

probable que reflejar las condiciones de este modo implementadas Crítica para el último enfoque es el uso de pantallas
imparciales, que puede conducir a la identificación /
comprensión de proteínas y

www.annualreviews.org • La comprensión microbiana Metabolismo 537


procesos independientes de los precedentes. Debido a su enfoques experimentales rigurosos es un paso crítico en la
naturaleza objetiva, la jerga actual podría de fi ne este enfoque comprensión del metabolismo.
como “la ciencia del descubrimiento.” Sin embargo, la necesidad de

identificar (es decir, descubrir) fundamentalmente nuevos


Advertencias en los estudios de
paradigmas se destaca por la comprensión de que nuestras
interpretación DATOS FROMMETABOLIC
predicciones (o las de un ordenador) de la función o potencial

metabólico se basan en los precedentes. Es poco probable que los

precedentes para todos los paradigmas implicadas en el Estudios metabólicos pueden generar resultados que se di fi

metabolismo se han descrito. culto de interpretar si uno se adhiere a la vista simplificada de los

procesos celulares que impregna los libros de texto y

Fenotipos causados ​por la eliminación de los productos de commonpresentation de vías bioquímicas. Varios principios

genes se han caracterizado ampliamente por décadas de simplificadores deben ser reevaluados para interpretar de

análisis genéticos y los recientes esfuerzos más globales y manera más realista los resultados metabólicos.

están disponibles en el
E. coli recurso en línea (39a, 56), el B. subtilis Base de datos
del Genoma (8a), y el Saccharomyces base de datos del
Las cepas de tipo salvaje no son
genoma (122a). resultados colectivos de estos estudios han
metabólicamente estable
contribuido a nuestra comprensión actual de la estructura
básica de las vías bioquímicas centrales en la célula. Para Biología Experimental depende de la comparación con un
obtener una visión más allá de este marco básico requiere la estándar, típicamente llamada la de tipo salvaje. La suposición
explotación de los análisis genéticos más sofisticados. Un es que el tipo salvaje (cepa, la proteína) proporciona un fondo
componente fundamental de estos esfuerzos debe ser la estable con la que derivados mutantes pueden ser comparadas.
capacidad de generar y caracterizar mutaciones que alteran, no Con un componente aislado, esta suposición es válida en
eliminar, los componentes ofmetabolism. En esta tarea, las general. Sin embargo, cuando los experimentos implican el
tecnologías moleculares complementan, en lugar de análisis del metabolismo, esta suposición es fl impresionado.
reemplazar, los enfoques genéticos clásicos y los procesos de las tasas de mutación espontánea son tales que dos de las
pensamiento. Asignación de una mutación o purificar una culturas E. coli procedentes de la misma colonia individual será
proteína mutante ya no es una tarea técnica insuperable. genéticamente diferente después de la excrecencia (85, 89). La
Mientras que aquí se presenta como una noción simplista, un naturaleza integrada del metabolismo hace que sea probable
enfoque genético (en oposición a las técnicas genéticas) que un número de estas mutaciones espontáneas afecta el
requiere rigurosa, el pensamiento creativo y la integración de sistema de forma detectable. Esta realización tiene
los hechos conocidos para generar hipótesis comprobables. implicaciones no sólo para los experimentos en el laboratorio
mismo día a día, pero para la comparación y la reproducibilidad
de los resultados de diferentes laboratorios teóricamente
utilizando la misma cepa de antecedentes. Muchos ejemplos de
la divergencia no seleccionada de cepas que afectan los
Al igual que otros enfoques, cuando se utiliza de manera resultados experimentales han sido reportados (8, 54, 63, 88,
aislada, los análisis genéticos tienen debilidades significativas. 112).
Irónicamente, los puntos fuertes de un enfoque genético (es

decir, la amplitud resultados imparciales) son también su

genética weaknesses.While tiene el potencial para descubrir

nuevas funciones e interacciones sutiles, que no permite Dada la inevitabilidad de estas variantes genotípicas, una

conclusiones sobre el mecanismo ni diferenciar fácilmente entre cuestión crítica es si una población clonal es genéticamente

directos e indirectos efectos. Al igual que en los enfoques homogénea suficiente para permitir la interpretación de los

genómicos globales, el análisis genético abre un nuevo camino y resultados. La validez de las interpretaciones de los estudios

plantea preguntas. Búsqueda de estas preguntas con forma metabólicos (por ejemplo, los análisis de crecimiento) se puede

apropiada aumentar por ( una) la generación y uso de cepas isogénicas

538 Downs
y ( segundo) la aplicación de métodos estadísticos. Los timate de este potencial. Pocos, si alguno, los estudios se refieren

formerminimizes el tiempo desde las cepas relevantes han directamente a la posibilidad de múltiples actividades de las

divergido, disminuyendo de ese modo la probabilidad de que una enzimas. La prevalencia esperada de las enzimas en el

mutación que afecta surgirá el fenotipo correspondiente. Este metabolismo promiscuos tiene implicaciones para la interpretación

último punto se reconoce que el número de variables posibles de los experimentos genéticos. actividades menores pueden ser fi

exige análisis estadísticos para validar las conclusiones. El amplifica mediante la expresión de copias múltiples, regulación, o

aumento del uso de métodos estadísticos requiere que los mutaciones que afectan a la enzima directamente. Por lo tanto

resultados de los análisis de crecimiento se presentan en una actividades alternativas o múltiples de un producto génico deben

cuantitativa en lugar de una forma cualitativa (es decir, tasas de ser considerados cuando descifrar el mecanismo por el que una

crecimiento / fi densidades NAL frente signos más y menos). En mutación causa un fenotipo.

esta función metabolismo microbiano se puede equiparar a

disciplinas biológicas (es decir, la ecología, genética de

poblaciones, epidemiología) en los que no es posible controlar

todos los parámetros, y por lo tanto los análisis estadísticos se


De flujo de pequeños cambios pueden ser
informó de forma rutinaria.
amplificado

La naturaleza integrada de sistemas complejos permite


El potencial de variabilidad genética pone la perturbaciones en una zona a irradiar y posiblemente
responsabilidad en el investigador para controlar aspectos amplifican su efecto en otras zonas distantes del sitio de
críticos del experimento y utilizar métodos estadísticos para impacto inicial (66a). Pequeños cambios en la expresión
apoyar las conclusiones. Sin tal rigor, es poco probable que en génica, fl ux distribución, o de actividad enzimática cambios
los análisis genéticos in vivo será apreciado completamente ejercen largemagnitude en el fenotipo de crecimiento (es
por la comunidad científica. La presencia de cambios decir, el metabolismo) del organismo (35, 40, 58,
mutacionales incontrolados sugiere que los resultados de los
experimentos metabólicos de fi ne un potencial más que una 86, 125). Estos ejemplos ponen de relieve la necesidad de

función absoluta del sistema. Fromthis perspectiva, la investigar un fenotipo sin un sesgo de la magnitud del cambio

plasticidad de la red y su capacidad de adaptarse a las que causó el efecto. La comprensión actual del metabolismo no

perturbaciones (conocidos y desconocidos) se reflejan en las es su fi ciente para determinar de forma preventiva un punto de

conclusiones (138). Considerando que pronto será factible corte para determinar su relevancia.

para identificar los cambios de nucleótidos que se acumulan


en una escala genómica (68), atribuyendo un cambio funcional
de la red (es decir, propiedades de crecimiento) para cada
Metabolitos pueden ser necesarios para la
mutación todavía no es posible.
nutrición y / o el Reglamento

La regulación es un componente crítico del metabolismo.


Mientras que la prevalencia de la regulación transcripcional y
la significación de las regulons resultantes son ampliamente
apreciado, alostérico y metabólica regulación también
Las enzimas pueden promiscuo
impregnan el sistema. metabolitos celulares (es decir,
Las enzimas han sido descritos como máquinas fi cientes productos intermedios o subproductos de una vía bioquímica)
selectivos y EF (80). Desde una perspectiva bioquímica, e fi pueden afectar el metabolismo de manera positiva o negativa
ciencia puede ser proporcional a la selectividad, pero en el (55). Cuando una célula requiere un metabolito para el
contexto de una red metabólica, la selectividad relajado podría crecimiento, el compuesto se asume comúnmente para
resultar en la formación de bajo nivel de un producto que tiene satisfacer una necesidad nutricional. Sin embargo, los
un papel crítico en el sistema. Las muchas enzimas que metabolitos exógenos también pueden permitir el crecimiento
catalizan más de una reacción (81, 99, ejerciendo un efecto regulador. Por ejemplo aminoimidazol

110, 143, 156) son determinadas para ser un subesti-

www.annualreviews.org • La comprensión microbiana Metabolismo 539


ribótido carboxamida (AICAR) (6, 16, 133) y α- cetobutirato Básico biosintética Vía para la tiamina
(28, 29, 82, 83) producida endógenamente por las vías de
histidina e isoleucina, respectivamente, pueden tener un
El pirofosfato de tiamina (TPP), la forma coenzymic
efecto perjudicial sobre el crecimiento. La suplementación con
biológicamente activa de la vitamina, es generado por la
los aminoácidos pertinentes invierte el efecto inhibiendo
síntesis independiente y condensación final de un resto
alostéricamente la vía respectivo (6, 83). Cuando la
tiazol y pirimidina (14). Si bien se conserva el patrón general
suplementación exógena genera un fenotipo de crecimiento,
de síntesis, existen diferencias entre las vías c
es valioso tener en cuenta tanto los mecanismos de nutrición
especificaciones contenidas en bacterias y hongos (66,
y reglamentarios para explicarlo. Experimentos adicionales
157), y entre las especies bacterianas (94). El punto de vista
pueden distinguir entre las dos posibilidades mediante el uso
actual de la ruta biosintética en S. enterica se muestra en la Figura
de mutaciones que eliminan las interacciones alostéricas (es
1 a. Un diagrama que representa características significativas
decir, alelos resistentes a la retroalimentación).
de este sistema modelo se muestra en esta

Figura 1 segundo. En primer lugar, dos vías (B, C)


convergen para formar productos que se condensan para
generar el producto final (9, 146). enzimas de salvamento
Un sistema modelo exitoso que muestra los (E, F) proporcionan entradas adicionales en cada una de
modelos de estas vías (107, 117). Además, una de las vías
convergentes (B) es una rama de la vía bien caracterizado
ENTENDER LA COMPLEJIDAD METABOLICO purina biosintética (A) (45, 46, 96-98) que es inhibida por un
subproducto de la vía biosintética de histidina (D) (6) que se
alimenta directamente en la biosíntesis de purina (65, 154).
Como resultado de décadas de estudios bioquímicos y
Este diagrama ilustra varios problemas que deben ser
genéticos, metabólicos conexiones directas tales como vías
resueltos por la célula para integrar la regulación de genes y
ramificadas y regulons transcripcionales se han
distribución UX fl de lo que podría considerarse tres rutas
caracterizado ampliamente. Menos conexiones indirectas,
biosintéticas relativamente simples. La regulación de cada
tales como las definida por piscinas comunes metabólicos,
vía ha sido bien caracterizado (75, 76, 120, 121, 147, 148),
los requisitos de cofactor, o de reflujo distribuciones, se han
pero preguntas acerca de la integración de estos sistemas,
descrito cuidadosamente. En general, los programas de
investigación básica metabólica han seguido centrándose
en los componentes especí fi cos en el metabolismo.
Muchos de estos estudios tienen límites programáticos o
autoimpuestas que limitan el alcance de los experimentos.
Por el contrario, el trabajo en mi laboratorio ha tratado de
comprender las interacciones metabólicas sin restringir la
dirección de estos estudios podrían tomar. En los últimos
años esta approachhas genera y se re fi ne una red modelo
Crecimiento condicional Facilita el
que irradia de la ruta de biosíntesis de tiamina en Salmonella
enfoque genético
enterica. Sirviendo como un nodo en la red metabólica, la
biosíntesis de tiamina ha demostrado ser ventajoso para la La tiamina es un nutriente esencial, y por lo tanto el crecimiento

disección de conexiones metabólicas y de fi nir el papel celular depende de la capacidad de cualquiera de sintetizar la

general de las proteínas no en el contexto de esta red. vitamina u obtenerlo de forma exógena. El resultado relevante para

estudios metabólicos es que si las bacterias están creciendo en

ausencia de proporcionado exógenamente tiamina, la síntesis

debe estar ocurriendo de forma endógena. Esta característica

permite que el crecimiento sea un sensible

540 Downs
ensayo para reflujo a través de la ruta biosintética a la medio), y la cantidad de síntesis de tiamina se determina por
tiamina. la e fi ciencia de convertir el limitado fl ux disposición de
Contrariamente a lo esperado para una vía ramificada ( Figura
tiamina. Significativamente, la función del sistema (es decir,
ORF: marco de lectura abierto
1), el primer paso, amidotransferasa fosforribosilpirofosfato la capacidad de sintetizar tiamina) se controla fácilmente
(purF, EC 2.4.2.24), era prescindible para la tiamina, pero mediante análisis de crecimiento.
no la biosíntesis de purina (37) en algunas condiciones.
Bioquímico Análisis de cuencia del fenotípica
estudios de marcaje, cuencias de alterar fl ux distribución en el punto de
y el requisito de los genes de purina restantes, mostró que ramificación de purina / tiamina proporcionado información
este crecimiento thiamineindependent reflejada valiosa sobre el equilibrio del sistema.
fosforribosilamina (PRA) generación en ausencia de purF figura 3 resume los varios escenarios de reflujo creadas por
(43, 108). Tomados en conjunto estos resultados llevaron a la manipulación del medio ambiente y genética, y se indica
la conclusión de que purF mutantes eran auxótrofos tiamina el efecto resultante sobre la síntesis de tiamina. Los
condicionales, y predijeron que existen mecanismos estudios demostraron que en una purF purR doble ribótido
adicionales para generar PRAmust en la célula. La aminoimidazol mutante (AIR) se desvió de
auxotrofía condicional de purF mutantes es la característica 4-amino-5-hidroximetil-2methylpyrimidine formación (HMP)
que ha sido explotado genéticamente para identificar las hacia la biosíntesis de purina porque la expresión de la pur genes,
mutaciones que afectan a la síntesis de tiamina directa e espec camente fi puro ( 108), fue desreprimida (121) ( Figura
indirectamente. 3, escenario 2 frente a 3). Aunque el reflujo cambio
resultante no superar el requisito de purina, se eliminó la
capacidad de la célula para generar tiamina. Este resultado
Consideración del metabolismo como un sistema proporcionó una herramienta para diferenciar condiciones
permite la conclusión de que se encontró ningún proceso (medios o genéticos) en el que se requiere de tiamina
(por mutación) para afectar la síntesis de tiamina está debido a insu fi ciente fl ux de esas condiciones de no
integrado con esta vía y, como tal define un conexión reflujo (es decir, no PRA) (23). Por ejemplo, en algunas
metabólico. Figura 2 resume las condiciones utilizadas y los condiciones que son no permisiva para la síntesis de
loci conectado a la síntesis de tiamina sobre la base de este tiamina en una purF mutante (es decir, medio de glucosa), el
assumption.Characterizationof estos loci tiene no sólo de fi bloqueo de una salida de aire con una lesión en puro restaurado
conexiones nidas entre los procesos metabólicos pero el crecimiento de tiamina-independiente (108). Este
llevado a la identificación y caracterización de los marcos de concepto se ilustra en
lectura abierta (ORFs) de función desconocida.

Figura 3, escenario 4 frente a 5. Estos y otros estudios


Baja permeabilidad genera inestabilidad
metabólicos indican que la robustez del sistema puede ser
UNA purF mutante se encontró para reflejar la situación generado por el exceso de sustrato (o reflujo) de
general de bajo reflujo a través de la vía de purina / tiamina enmascaramiento ine fi ciencias en una vía.
debido al hecho de que el mecanismo alternativo (s) de la
formación de PRA era menos e fi ciente que la enzima purF
(108) ( Figura 3, los escenarios 1 y 2). La capacidad de
Conexiones metabólicos identificados por
reducir fl ux demostró ser crítico, ya que disminuye la
lesiones Disrupting purF-Independent tiamina
solidez natural del sistema y por lo tanto aumenta la
Síntesis
sensibilidad de la red a los cambios pequeños. Con bajas
reflujo la demanda de purines no se puede cumplir (por lo
tanto la adición estándar de la adenina a la Independiente de la distribución de reflujo, la e fi ciencia de
convertir limitada ARP a la tiamina puede verse afectada en un
número de maneras. Varios

www.annualreviews.org • La comprensión microbiana Metabolismo 541


H2N

en Letras
O norte
norte

PRPP purF PRA PurD Purn, T PurG Puri


+ O PURINAS
Gln
PAG

OH
HO
AIRE Thic
OOO

H2N
OP
OO

DXP OH O
HMP-P norte

OPO CH do
tHID
CH 2 CH CH 3
norte

HO O
O- -
O

OP
H2N
NH 2 O S

Esto, F Muslo norte


OO
CH CH 2 O C correos
C SH
THII, IscS Esta norte

SH OH OO

L-Cys H2N
THZ-P norte
HMP-PP
OPO 32-
H3C
CH
H2C
do

Thie
OH O

HO TMP
L-Tyr
Thil

norte O
H2C
H2N
OP

OO
S
norte correos

norte TPP OO

H3C

licenciado
5
-
sol
histidina
branchpoint
histidina re

- 1 2 3 4
PRA AIRE AICAR purina

UNA purina

pirimidina
segundo
6
-
HMP-P
F Pirimidina (de rescate)

8
7 HMP-PP
THZ-P

do tiazol

mi Tiazol (de
9
rescate) pirofosfato de
tiamina
(TPP)

542 Downs
mutaciones que impiden la síntesis de tiamina en una
Tensión GLCN / ade glu / ade glu / ADE / thi
purF antecedentes genéticos han sido identi fi ed lo largo de los
años (10, 11, 23, 36, 41, 106). En general, las lesiones purF + - +
indirectamente interrumpen uno o más de tres componentes de

la vía de tiamina, tales como ( una) la capacidad de generar PRA, cribado genético La selección genética
(Thi-) (Thi +)
( segundo) la e fi ciencia de conversión de aire-a-HMP y ( do)

la capacidad de generar tiazol. - +


Loci identificados: GND, ZWF, ISC, Loci identificado: pykF,
Loci implicados en la formación de PRA purF cristal, nuo, APBC, apbE, rseC, gshA trpDE, yjgF
...
independiente. Loci requerida directamente para la
formación de PurFindependent PRA Se identificaron por Figura 2

mutaciones que no fueron suprimidos mediante el bloqueo Representación de loci que puede afectar a la síntesis de tiamina. La capacidad de una
purF cepa mutante para crecer en condiciones diferentes se representa cualitativamente. Se han
puro ( Figura 3, escenario 5). Las mutaciones de esta clase
usado enfoques genéticos diferentes (es decir, de selección o de pantalla) como se indica. Las
no tuvieron efecto detectable sobre la síntesis de tiamina
lesiones en el loci indicado que resultó en el fenotipo deseado eran mutaciones nulas. Abreviaturas:
cuando una de tipo salvaje PurFwas presentes, consistentes Glu, glucosa; GLCN, gluconato; ade, adenina; Thi, tiamina.
con un papel directo en la formación de PRA y withPurF
tanto redundante. Esta clase de mutantes consistió
principalmente de mutaciones que bloquean la vía oxidativa Mutantes incapaces de generar ARP no han sido
de las pentosas fosfato (OPP) (41, 108). Estudios identificados en Salmonela. Althoughmutations que impiden
adicionales con estos mutantes dirigidos a la predicción de la formación de PRA bajo una o más condiciones se aíslan
una enzima celular capaz de generar PRA de ribosa-5-P fácilmente, cada uno de estos mutantes pueden crecer en
(41). Invertir enfoques genéticos tienen identi fi ed una ausencia de tiamina cambiando la condición de crecimiento
actividad en extractos crudos que utiliza ribosa-5-P y o antecedentes genéticos. En otras palabras, en cada
glutamina (o asparagina) para generar PRA (AI Ramos y DM mutante que es incapaz de generar PRA, una mutación
Downs, manuscrito presentado). La identificación de una adicional se puede seleccionar que restaura el crecimiento.
actividad de bajo nivel con el sustrato predicha a partir de Esta propiedad sugiere la presencia de una extensa red
análisis nutricionales apoyó el uso de análisis nutricionales metabólica que puede compensar perturbaciones
in vivo a la hipótesis de los procesos bioquímicos. específicas. Una explicación de estos resultados es que
múltiples enzimas celulares contribuyen a la formación PRA.

← -------------------------------------------------- -------------------

Figura 1

( una) Se muestra un diagrama de las rutas bioquímicas conocidas para la biosíntesis de tiamina en Salmonella enterica; metabolitos principales se
representan estructuralmente. Los productos génicos (cuando se conoce) se enumeran en la etapa que catalizan. Abreviaturas: AIR, ribótido
aminoimidazol; HMP-PP,
pirofosfato de 4-amino-5-hidroximetil-2-metilpirimidina; PRA, fosforribosilamina; THZ-P, fosfato de tiazol; TMP, monofosfato de tiamina; DXP,
desoxi-D-xilulosa-5-fosfato. ( segundo) Diagrama de sistema de modelo de tiamina utiliza para sondear el metabolismo. Representados son
las múltiples vías conectadas en el sistema modelo. regulación alostérica relevante se representa, y las características principales de cada
vía se describen en el texto y representados como sigue: A ( azul), vía de biosíntesis de purina; B ( naranja),

vía específica para el resto de pirimidina; C ( verde claro), tiazol ruta biosintética; D ( amarillo),
vía de biosíntesis de histidina; E ( verde oscuro), ruta de recuperación para tiazol; F ( rojo), salvar vía para la pirimidina; G ( púrpura), branchpoint
distribución fl ux para purina frente a la síntesis de tiamina. 1, PRA (fosforribosilamina); 2, el aire (ribótido aminoimidazol); 3, AICAR
(aminoimidazol carboxamida ribótido); 4, purina; 5, histidina; 6, HMP-P (hidroximetil fosfato de pirimidina); 7, THZ-P (tiazol fosfato); 8,
HMP-PP (hidroximetil pirimidina pirofosfato); 9, TPP (tiamina pirofosfato).

www.annualreviews.org • La comprensión microbiana Metabolismo 543


PRA AIRE Las purinas Tipo salvaje
ru F
P P ru
E
figura 3

Efecto de la distribución de La tiamina

reflujo en la síntesis de
tiamina independiente de
purF mutante
purF PRA puro Las purinas
purF. Cinco escenarios (permisiva)
Aire
diferentes de reflujo
distribución a través de la
La tiamina
vía de purina / tiamina se
muestran
purF desviación de flujo (no
esquemáticamente. En cada PRA puro Las purinas
Aire permisiva)
caso, el sombreado de las
flechas representa la ux fl
La tiamina
relativa. Sólo la síntesis
apoyo flechas más oscuro
del producto su fi ciente
purF
purF mutante (no
PRA puro Las purinas
para permitir el crecimiento. Aire permisiva)
La base para los escenarios
1 a 5 se describe en el La tiamina
texto.

acumulación Flux
purF PRA AIRE Puro
(permisiva)

La tiamina

flujo más alto flujo moderado flujo mínimo

Cuando los análisis mutacionales que examinados para resultado portante de este trabajo fue la identificación de una
la pérdida de función (es decir, incapacidad para generar actividad previamente desconocido inherente a la enzima
tiamina) no pudieron identificar todos los contribuyentes a la TrpDE nativo. Este resultado es significativo en el contexto
formación de PRA, se utilizó otra estrategia. Selecciones de potencial metabólico y es un ejemplo el apoyo a la idea de
para detectar catión amplificador, en lugar de la eliminación, que el análisis de mutantes puede conducir a una
de las funciones pertinentes identi fi ed componentes comprensión más profunda del estado natural del sistema.
adicionales implicados en la formación PRA. Una enzima ed
identi fi en estos estudios fue fosforribosiltransferasa
antranilato sintasa (AS-PRT), un complejo de enzima
multimérica (codificada por el trpDE genes) que cataliza la formación PRA proporciona un nodo del modelo
primera dos reacciones en la síntesis de triptófano (74, 150, metabólico. Como resultado del trabajo realizado con la
151). Una mutación en TrpD (TrpD P362L) se aisló, dando como síntesis de tiamina, múltiples entradas metabólica para PRA
resultado un mutante complejo AS-PRT que contribuyó a la han sido identi fi ed y están representadas
síntesis de triptófano y tiamina (115). La lesión por encima esquemáticamente en la Figura 4. La visión actual de la
mejorarse la capacidad PRA formador del complejo de complejidad se pone en contraste con la simple vista de la
mutante y condujo a la hallazgo de que cuando produce en vía presentado anteriormente ( Figura 4, recuadro). Las
exceso (por multicopia o desrepresión con una trpR mutación) entradas a PRA además de purF incluyen una enzima
de la enzima de tipo salvaje generado el mismo fenotipo (es promiscuo (115), un papel de ambiente metabólico de la
decir, la capacidad de generar PRA independiente de purF). actividad enzimática (BA Browne, AI Ramos y DM Downs,
un im- manuscrito presentado), y una nueva actividad (AI Ramos y
DM Downs, manuscrito presentado). Aunque ARP es una

544 Downs
vía simplificada

H2
norte
POH 2 do
vía del fosfato de pentosa PRPP
oxidativa + AIRE PUR
purF
Gln
correos
O
H OH OH

PRA La tiamina
OH

OH OH

Las purinas
R5P
proteína inhibidora

4 -
PRPP
purF
- correos
O NUEVA HAMPSHIRE 2
procesa O
+ HMP-PP THZ-P
glutamina
1 OH OH

glutamato PRA
PPi La tiamina

Trp X
3
-
(E)
triptófano D
Aminoácidos de cadena
? ramificada
NUEVA HAMPSHIRE 3
Y
2
YjgF
PRPP metabólicas centrales
?

Figura 4

Cuatro mecanismos diferentes con entradas reglamentarias pertinentes conocidos que generan en PRA Salmonela se describe y se muestra.
)D

Mecanismo 1: purF formación catalizada de PRA, alostéricamente inhibida por purinas. Mecanismo 2: formación PRA por el complejo de
Trp (E

enzima TrpDE, alostéricamente inhibida por triptófano. Mecanismo 3: Formación de PRA por el complejo de enzima TrpDE. Esta actividad es
distinta de la de 2, en que es insensible a triptófano y activa sólo en cepas que carecen de YjgF. Mecanismo de 4: Actividad bioquímica identi
fi ed en la célula extrae para catalizar la formación PRA de ribosa-5-P y asparagina, inhibida por un factor de proteína desconocida. El
recuadro muestra la vía ed simplifica antes de los análisis que describen entradas alternativas a la formación de PRA en la célula.

solo metabolito en una vía ramificada, al menos tres e fi ciencia de convertir AIR para HMP. Esta clase de
mecanismos de formación, independientemente de la vía de Ned mutantes requiere tiamina sólo cuando reflujo a través de la
clásicamente de fi, se han identificado fi. Estos resultados ponen vía común se reduce por medios genéticos o nutricionales.
de relieve las complejidades que impregnan el metabolismo y sin Análisis de mutantes de esta clase condujeron a las
embargo permanecen sin caracterizar. Al darse cuenta de que conclusiones que la biosíntesis de histidina (a través de la
potencialmente miles de tales nodos metabólicos existen purina intermedio AICAR) (128), los niveles de CoA, y Fe-S
inmetabolism, una cuestión relevante es la forma en que estos metabolismo de racimo fueron cada afectar la conversión de
nodos ser identificados y lo ensayos permitirán el análisis de las AIR para HMP (6, 35a). El largestmutant subclasswith este
entradas y salidas de cada uno para asegurarse de que la comportamiento consiste en loci que afectan el metabolismo
verdadera complejidad se descubre? de Fe-S clusters. Las mutaciones en gshA, rseC, apbE,

y APBC fueron aislados en las pantallas de genética para la

Loci de fi nir una conexión de la síntesis de tiamina y auxotrofia de tiamina en una purF de fondo (11, 12, 62, 106).

Fe-S metabolismo clúster. Después, ISC mutaciones se añaden a esta clase por los

Otras lesiones que impiden la síntesis de tiamina en una purF mutante,experimentos de reconstrucción (130). Este estudio ilustra el

lo hacen por la disminución de la uso

www.annualreviews.org • La comprensión microbiana Metabolismo 545


de tanto convergente y pensamiento divergente en el análisis (SAM) de la familia radical de las proteínas (134) que se
metabólico. Se reconoció que las lesiones en loci de función caracteriza por lábiles racimos Fe-S. En conjunto, estos
desconocida ( apbE, APBC, rseC) generado un fenotipo que resultados llevaron a la hipótesis simple thatmutants
SAM: S-
también podría ser causada por lesiones en loci de función comprometida síntesis clúster Infe-S, la reparación, o ambos
adenosilmetionina
conocida ( gshA, isc). acumulan ThiH menos activo debido a la oxidación de la
agrupación (61). Este modelo ha sido apoyado por
La hipótesis resultante que implican a la loci numerosos estudios genéticos, y la purificación de ThiH y
desconocido en el proceso general afectada por las sus diversas formas mutantes se dirigirá a las predicciones
funciones conocidas condujo a la predicción y la posterior bioquímicas del modelo (63, 92, 132). El efecto sinérgico de
demostración de que los loci previamente no estaban YggX en diversos procesos ha sido explotada para sondear
involucrados en Fe-S metabolismo cluster (lógica su función y la integración de múltiples productos de genes
convergente) (131, 132). La conclusión de que el involucrados en Fe-S metabolismo de clúster y el daño
metabolismo de clúster Fe-S está integrado con la síntesis oxidativo de reparación (26, 61, 111). Tenga en cuenta que
de tiamina predice que otros genes implicados metabolismo se iniciaron estudios sobre esta proteína interesante
clúster Infes también afectarán a la síntesis de tiamina. después de que se determinó que una mutación espontánea
Fenotípica análisis de ambos CyaY (71, 153) andYggX (26, en este gen se había alterado propiedades fenotípicas entre
61, 111) en el contexto de la síntesis de tiamina han cepas.
apoyado esta predicción (35a, 144) (lógica divergente). Los
resultados de estos enfoques de conexiones ne fi y
proporcionan una base importante para la función de los
productos génicos desconocidos de sondeo en el contexto
de la red metabólica.
Uso del análisis fenotípico investigará la función
de Desconocido ORF

Mutantes comprometidas en Fe-S metabolismo clúster Uno de los desafíos clave para entender el metabolismo es
tienen una disminución de la e fi ciencia de convertir AIR de fi nir la función y el papel de los ORF no caracterizados.
para HMP (35, 35a). Thic, la única enzima conocida por Aislamiento de mutantes para investigar cuestiones
estar involucrada en la conversión de AIR para HMP, es sin metabólicas puede identificar lesiones en ( una) genes
motivos de secuencia indicativos de un grupo (84). La conocidos, ( segundo) genes de función desconocida (pero
conversión de AIR para HMP es sensible al paraquat predecible), o ( do) genes sin función predecible.
compuesto generador de superóxido-, consistente con la Caracterización de cada gen en el contexto del fenotipo
participación de un clúster que puede ser oxidado (35a). En para el que fue aislado proporciona información sobre el
conjunto, varios resultados han indicado un papel para FeS metabolismo. Por ejemplo, el escenario primera puede
el metabolismo de clúster en la conversión de AIR para indicar una conexión previamente no reconocido entre los
HMP. La falta de un objetivo obvio para este efecto hace procesos en el metabolismo (22, 23, 42). En el segundo
hincapié en la di fi cultad que surge cuando los datos in vivo caso, los resultados fenotípicos pueden apoyar la función
sugieren una conclusión no soportado fácilmente por un predicha (34, 137) o sugerir una actividad diferente (149).
paradigma aceptado.

Particularmente desafiante son aquellas mutaciones que

Las mutaciones comprometidas en Fe-S metabolismo identifican loci para los cuales análisis computacional no pueden

clúster generan un defecto adicional en la síntesis de predecir una función general o específico. En cierto modo, estos

tiamina si el yggX gen no es funcional. En este caso el ORFs son los más emocionantes, ya que pueden representar

requisito es para el resto tiazol de tiamina (62, 92, 130). La fundamentalmente nuevos paradigmas funcionales en el

vía tiazol contiene la enzima ThiH, amember de la S- adenosilmetionina


metabolismo. La desventaja de esto es el resultado fi cultad DIF

en el diseño de los pasos subsiguientes

546 Downs
su análisis debido a la falta de una dirección obvio para tomar. la biosíntesis de tiamina, y el catabolismo de carbono. La

Una aproximación a ORFs no caracterizados fromthat distinta búsqueda de la conexión con los aminoácidos de cadena

anteriormente requiere lesiones en el gen relevante para ramificada, y los resultados del estudio estructural por Parsons

causar múltiples fenotipos. En este caso, variados fenotipos et al. (105), llevado a AMODEL inwhich YjgF unido a α- metabolitos

pueden considerarse juntos para proponer una función para el del ácido ceto, evitando que frommediating un efecto tóxico

producto del gen suponiendo que cada fenotipo tiene una putativo (124). Este modelo se centró en un papel de YjgF en la

base mecánica común. Este pensamiento está bien ilustrado biosíntesis de aminoácidos de cadena ramificada, sin embargo,

por la historia de describir reguladores transcripcionales (es los homólogos de YjgF están presentes en los organismos

decir, la PCR), cuyo rolewas mundial inicialmente sugerido por incapaces de sintetizar estos aminoácidos. Esta distribución

los múltiples requerimientos nutricionales producidos por una filogenética hecho hincapié en que YjgF tenía un papel más

mutación nula. general en el metabolismo. Además, un modelo para la función

YjgF tuvo que incorporar el hallazgo de que

YjgF: un modelo ORF sin caracterizar. Utilizando lesiones yjgF mutaciones restaurar la formación de ARP en una

que mejoraron formación PRA en ausencia de ambos purF y purF mutante.


una vía functionalOPP, hemos identificado ed el yjgF locus Un modelo general para la función YjgF consistente con
(44). Las proteínas homólogas tenían una fuerte presencia todo yjgF fenotipos mutantes descritos en S. enterica se
en la literatura eucariota, de haber sido atribuido una serie ilustra en la Figura 5
de características interesantes incluidos los patrones (38). Simplemente, este modelo sugiere que el papel de YjgF
provocativos de acumulación en diferentes tejidos y es para unir y eliminar una clase de
actividades definidas fi mal de in vitro (100, 104, 116, 119,
123). Con posterioridad a su aislamiento en el contexto de la
metabolismo
síntesis de tiamina, que andothers observado una conexión
central
entre el yjgF locus y la biosíntesis de ácidos de cadena
YjgF-X
ramificada amino en bacterias (60,

segundo
X

124) y levadura (78). Sorprendentemente, esta proteína


continúa siendo el objetivo de estudios estructurales 1 ° rxn
intensos, con la publicación de más de siete estructuras de X
Efecto sobre otros
alta resolución (20, 32, 33, 91, 93, 105, 129, 145). Mientras
Enz procesos
que las estructuras revelan consistentemente un
2 ° rxn
homotrímero, el único estudio que incorpora los resultados in
UNA
vivo en el diseño experimental proporcionado información
adicional. Un estudio realizado por Parsons et al. (105) con el Haemophilus pre-X
influenza proteína indicó que la proteína tenía una débil
afinidad para los productos intermedios de la ruta de cadena Figura 5

ramificada amino ácido. Este estudio ofrece un ejemplo de Esquema del modelo general para la función YjgF en la célula. Las
características de este modelo se describen en el texto. Metabolito X
una convergencia productiva de enfoques físicos y datos in
representa una clase de pequeñas moléculas predichas para ser un
vivo, proporcionando una visión de lo que los estudios futuros
producto de bajo rendimiento de varias enzimas metabólicas. Estos
pueden construir. metabolitos tienen uno de dos destinos: ( una) En presencia de YjgF que
son secuestradas / borrado o ( segundo) en ausencia de YjgF estos
metabolitos son la hipótesis de tener efectos en el metabolismo,
incluyendo en otro lugar, pero no limitado a, dañando enzimas y que
sirve como un sustrato para reacciones normalmente no se producen en
Fenotipos de cepas que carecen yjgF en
el ambiente metabólico de una cepa de tipo salvaje.
Salmonela hasta ahora indican una conexión con la biosíntesis de

aminoácidos de cadena ramificada, al menos,

www.annualreviews.org • La comprensión microbiana Metabolismo 547


metabolitos que pueden tener efectos nocivos sobre otros fenotipo GLE. Un modelo se vuelve más precisa ya que cumple con

componentes del metabolismo. Además de tener el beneficio las restricciones adicionales que se le plantean.

de las predicciones bioquímicamente comprobables, el


modelo incorpora un número de locales sobre el metabolismo
que se han discutido a lo largo de esta revisión. En primer
La expansión de nuestra comprensión de la red a
lugar, las enzimas son promiscuos y como tal puede generar
través Análisis supresor
productos secundarios que son tóxicos. ejemplos
caracterizado de este proceso incluyen especies de radicales
de oxígeno generados por las enzimas celulares (50, 72, Un geneticmeans eficaces a la función probemetabolic y las
126); cetoácidos producen en un número de reacciones y conexiones de ne fi es el análisis de supresión. El uso de esta
tóxico para los diversos procesos metabólicos (15, 59, 82); y estrategia se entrelaza a través de los ejemplos descritos
metilglioxal, un metabolito que se acumula durante el anteriormente. Si los procesos metabólicos pueden ser modi fi
metabolismo de hidratos de carbono no controlada (4, 49, para compensar un defecto en el sistema, entonces el
79). componente que permite modi fi cación puede ser fi identificado
por el sitio de mutaciones supresoras. Tales mutaciones pueden
cambiar un fenotipo mediante la alteración de la función de una
En segundo lugar, este modelo sugiere YjgF (potencialmente al proteína o, alternativamente, provocando cambio de ruta
igual que muchos ORF no caracterizados) tiene un papel de apoyo metabólica. Al seleccionar para la supresión de un defecto, se
inmetabolism. Las lesiones en yjgF puede fi ejemplos ND en la que la mutación que suprime
dejar de resultar en un fenotipo detectable en condiciones de directlymediates un cambio (es decir, una actividad alterada
crecimiento de laboratorio y la tensión fondos. Los recientes enzimática que puede proporcionar un producto que falta) (115),
resultados son consistentes con un papel para YjgF en o una mutación que media indirectamente la supresión (es decir,
afectar el estado metabólico de la célula (BA Browne, AI una cambiar en una expresión global de genes que compensa a
Ramos y D. nivel de todo el sistema) (35, 125). A menudo, un ciclo repetitivo
M. Downs, manuscrito presentado). Los datos sugieren que de aislar mutaciones ganancia y la pérdida offunction puede
la enzima TrpDE media la formación de PRA en una yjgF mutante
resultar en signi fi visión metabólica no puede. Esta estrategia
de fondo a través de un mecanismo distinto del que se es similar en concepto a continuación un hilo a través de
utiliza en la cepa de tipo salvaje (BA Browne, AI Ramos y sorprender.

Downs DM, manuscrito presentado). Por lo tanto, como un

escenario general, themodel representa en Figura 5 es

consistente con todos los datos actuales andprovides un marco análisis Suppressor es más valiosa cuando hay sesgo se
para considerar esta proteína en estudios posteriores. YjgF cae introduce en la selección de mutaciones y se caracteriza la
en la clase de proteínas para los que no signi fi visión funcional gama completa de los mutantes obtenidos. La ventaja de
no puede ha sido proporcionadas por los análisis este enfoque es que puede proporcionar una amplitud de los
bioinformáticos, lo que sugiere la excitante posibilidad de que datos metabólicos útiles. La desventaja de este enfoque es
esta proteína representa un nuevo paradigma funcional. que la presencia de información diversa requiere que el
investigador para mantener e integrar un conjunto de datos
grande y diverso en su pensamiento. Esta amplia mentalidad
Un aspecto importante de la obra en YjgF es la ilustración integradora tiene la ventaja de unir las piezas del
de que el análisis genético in vivo en un modelo de sistema metabolismo, pero a menudo es una perspectiva
puede proporcionar la penetración en el papel funcional y abrumadora. La comprensión de que las mutaciones de
celular de una proteína que está altamente conservada y supresión de mutaciones pueden ser aislados hasta la
ampliamente distribuida. Es ventajoso diseñar experimentos de saciedad ilustra el metabólica desafío enfrentan los
una manera que considera la proteína relevante en un contexto investigadores. Se establecerá un imprescindible para
celular (es decir, múltiples fenotipos distintos) en lugar de entender el metabolismo investigador
persigue la explicación de un sin-

548 Downs
encontrar un equilibrio entre la profundidad que proporciona otros puntos de partida, en última instancia, que conectan los

detalles mecanicistas concluyentes y la amplitud necesaria subsistemas se define en cada estudio. Este es un momento

para describir y caracterizar un sistema. emocionante porque varios sistemas para la integración metabólica

pueden ser investigados y, finalmente, se combinaron para mejorar

nuestra comprensión del metabolismo como un sistema.

Identificación de nodos adicionales para la


comprensión del metabolismo
EMERGENTES Y CONTINUA áreas de enfoque
Mientras que el sistema modelo de tiamina centrada continúa
en el metabolismo ENTENDIMIENTO
proporcionar la penetración en el metabolismo, sistemas
othermodel necesitan ser avanzado. Se necesitan sistemas
de modelos adicionales para demostrar que el enfoque que
ha tenido éxito con la síntesis de tiamina es de uso general interés significativo se centra en describir el metabolismo en
como un medio para entender aún más el metabolismo. La una variedad de organismos. Estos esfuerzos han sido
estrategia de sondeo metabolismo por análisis fenotípico impulsados ​por y facilitado la evolución de las herramientas
significa que todas las conexiones no pueden ser identi fi ed de la genómica y la bioinformática. La capacidad de
de un punto de partida. reconstruir el metabolismo o de fi potencial ne metabólica de
un organismo a partir de la secuencia del genoma ahora es
ofrecido por un número de programas (57,
Características de la ruta biosintética para la coenzima
A (CoA) (a través de pantotenato) sugieren que podría ser 77, 102, 103, 152). Tecnologías para la minería de datos
abordado de una manera similar a la de la síntesis de genómicos continúan progresando y ofrecer un medio para
tiamina. Pantotenato es una vitamina esencial, y en llenar en falta, pero predijo funciones; función por herencia
conjunta sugerir; el grupo de genes de expresión, la ubicación y
Salmonella ( andmost bacterias) que se sintetiza por la función propuesta; y predecir las funciones metabólicas y las
condensación de dos restos que se sintetizan de forma características de regulación. La integración de las ciencias
independiente, pantoate y β- físicas y biológicas se evidencia adicionalmente mediante los
alanina (24, 73). En una característica análoga a la tiamina, esfuerzos evolucionando para modelar sistemas biológicos con
pantoate está hecho de una rama de la vía para la valina, la en los análisis de silico. Continúa con la descripción de los
integración de la síntesis de esta vitamina con la biosíntesis componentes de la ciencia experimental facilitará la generación
de aminoácidos de cadena ramificada. El potencial de este de modelos más completos que proporcionan no sólo un
sistema es debido a la redundancia entre la reductasa catálogo de datos, sino también una característica de
cetopantoato (codificada por el cristal gen) (52) de la vía de pronóstico valioso.
describedbiosynthetic y la isomeroreductase ácido
acetohidroxi (codificada por el ilvC gen) (110), una enzima
necesaria para la biosíntesis de todos los ácidos de cadena Estudios recientes que combinan en
ramificada aminoácidos. Los primeros estudios identi fi esta modelswithexperimentalmeasurements silico (es decir, 13 estudios
redundancia, tanto a nivel bioquímico y genético (52, 90, Clabeling in vivo) están proporcionando un marco (es decir,
110). Lo que es crítico para estudios de integración el modelo) que define parámetros medibles de diagnóstico
metabólica es que las células que carecen de panel son del estado del sistema (es decir, el fenotipo) (5, 40). Si uno
prototrophic pero tienen una reducción de 10 veces en los de estos parámetros se desvía del nivel previsto como
niveles de CoA internos (51). De este modo se puede consecuencia de un cambio mutacional o ambiental, los sitios
generar un sistema de bajo reflujo como la explotada en el potenciales de interrupción pueden ser sugeridos por el
sistema de tiamina. Para describemetabolism, es necesario modelo. Por lo tanto, el modelo puede ser utilizado para
repetir un proceso de generación de la red de generar una hipótesis comprobable para definir la traducción
de una perturbación a través del sistema. esta combinatoria

www.annualreviews.org • La comprensión microbiana Metabolismo 549


enfoque es similar a la clásica in vivo se aproxima en que Un análisis más detallado del metabolismo no requiere el
inicialmente se centra en toda la systemwhile en última instancia uso de herramientas específicas c más allá de lo que los
la dirección de estudio para un objetivo específico. Aunque los investigadores biomédicos habitualmente emplean para
modelos son necesariamente simplificarse, los estudios de este entender los procesos metabólicos. Más bien, se requiere que
tipo tienen un potencial significativo debido al reconocimiento de el enfoque experimental se lleva a cabo con una perspectiva
que los resultados experimentales y teóricos necesitan ser de sistemas globales que permite seguir resultados
correlacionados. metabólicos hasta el punto en que las conexiones pertinentes
se hacen claras. La comprensión de metabolismo microbiano
requiere una inversión a largo plazo por el investigador y la
comunidad científica. Tal vez esta inversión comienza con la
CONCLUSIONES
comprensión de que la tecnología no es probable togenerate
La necesidad más apremiante en el campo del metabolismo es una bala mágica que da lugar a una rápida comprensión
la identificación de nuevos paradigmas funcionales y la ofmetabolic función de la complejidad y el gen. El éxito
expansión resultante de los datos en que se basan los probado de pensamiento lógico clásico combinado con los
programas computacionales y los esfuerzos de modelado continuos avances tecnológicos hace de ésta una época de
matemático. El número de genes que no se pueden asignar gran potencial y entusiasmo para entender el metabolismo
funcionalmente, a pesar de los programas computacionales microbiano.
modernos, hace hincapié en que se necesitan
fundamentalmente nuevas ideas funcionales.

Resumen de los puntos

1. El metabolismo microbiano se aprecia mejor cuando se considera un sistema complejo que es más que la suma de
sus partes.

2. La capacidad actual para matemáticamente modelo (y por lo tanto entender) el metabolismo está limitada por
nuestro conocimiento de los componentes y las conexiones entre ellos.

3. Un in vivo, enfoque fenotípicamente impulsado proporciona los medios para sugerir el papel de ORFs no
caracterizadas en el contexto del metabolismo.

4. metabolismo microbiano comprensión requiere la integración de in silico, in vitro, y en los enfoques in vivo.

EXPRESIONES DE GRATITUD

Este trabajo fue apoyado por GM47296 subvención competitiva de los NIH y MCB0096513 de la NSF. Los fondos también
se proporcionan a partir de una concesión de 21 Century científicos estudiosos del fondo JM McDonnell.

LITERATURA CITADA

1. suprimido en la prueba

2. eliminados en la prueba

3. eliminados en la prueba

4. RS Ackerman, Cozzarelli NR, Epstein W. 1974. acumulación de concentraciones tóxicas de metilglioxal por de tipo
salvaje Escherichia coli K-12. J. Bacteriol. 119: 357-62

550 Downs
5. Al Zaid SiddiqueeK, Arauzo-BravoMJ, ShimizuK. 2004.Metabolic fl ux análisis de pykF
knockear Escherichia coli Residencia en 13 experimentos de etiquetado C junto withmeasurements de actividades

enzimáticas y concentraciones de metabolitos intracelulares. Appl. Microbiol. Biotechnol. 63: 407-17

6. Allen S, Zilles JL, Downs DM. 2002. Metabolic fl ux tanto en el mononucleótido de purina e histidina rutas
biosintéticas pueden influir en la síntesis de la fracción hidroximetil pirimidina de tiamina en Salmonella enterica. J.
Bacteriol. 184: 6130-37
7. Alter O, Golub GH. 2005. La reconstrucción de las vías de un sistema celular de señales genoma escala mediante el
uso de la matriz y del tensor de cálculos. Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos 102: 17559-64

8. Anders KM, Karpinsky GE, McCoy CE, Rosenkranz SA. 1982. fenotípica inestabilidad de Salmonella typhimurium cepas
de ensayo: un ejemplo de una deriva genética plásmido mejorada?
Mutat. Res. 97: 411-28 8a. Bacillus subtilis base de datos del genoma. http://bacillus.genome.jp/

9. Backstrom AD, Austin R, McMordle S, Begley TP. 1995. La biosíntesis de tiamina. I. La función de la Thie producto
del gen. Mermelada. Chem. Soc. 117: 2351-52
10. Beck BJ, Connolly LE, de las Peñas A, Downs DM. 1997. La evidencia de que rseC, un gen en
la rpoE cluster, tiene un papel en la síntesis de tiamina en Salmonella typhimurium. J. Bacteriol.
179: 6504-8
11. Beck BJ, Downs DM. 1998. El apbE gen codifica una lipoproteína involucrado en tiamina
en síntesis Salmonella typhimurium. J. Bacteriol. 180: 885-91
12. Beck BJ, Downs DM. 1999. Una localización periplásmica es esencial para la función de la lipoproteína ApbE en la
síntesis de tiamina en Salmonella typhimurium. J. Bacteriol. 181: 7285-90

13. Becker SA, Palsson BO. 2005. reconstrucción genoma escala de la red metabólica en Staphylococcus aureus N315:
un borrador inicial a la anotación de dos dimensiones. BMC Microbiology. 5: 8

14. Begley TP, Downs DM, Ealick SE, McLafferty FW, Van Loon AP, et al. 1999. biosíntesis de tiamina en procariotas. Arco.
Microbiol. 171: 293-300
15. Bertrand MJ, Bouchard R, Gauthier GL, Bouchard JP, Barbeau A. 1982. Quantitative metabólica pro fi ling de ácidos
alfa-ceto en la ataxia de Friedreich. Poder. J. Neurol. Sci. 9: 231-4
16. Bochner BR, Ames BN. 1982. ZTP (5-amino 4-imidazol ribósido carboxamida 5 '-
trifosfato): a alarmone propuesto para 10-formil-tetrahidrofolato de fi ciencia. Célula
29: 929-37
17. BotsteinD, FinkGR. 1988. La levadura: un organismo experimental para la biología moderna. Ciencia

240: 1439-1443

18. Brown L, Gentry D, Elliott T, Cashel M. 2002. DksA afecta ppGpp inducción de RpoS a nivel traduccional. J. Bacteriol.
184: 4455-65
19. Buchholz A, Hurlebaus J, Wandrey C, Takors R. 2002. metabolómica: cuanti fi cación de la dinámica de metabolitos
intracelulares. Biomol. Ing. 19: 5-15
20. Burman JD, StevensonCEM, HautonKA, SawersG, LawsonDM. 2003. La cristalización y el análisis de rayos X
preliminar de la E. coli hipotético CDT proteína. Acta Crystallogr. re 59: 1076-78

21. Burns, KE, Baumgart S, Dorrestein PC, Zhai H, McLafferty FW, Begley TP. 2005. Reconstrucción de una nueva ruta
biosintética de la cisteína en Tuberculosis micobacteriana. Mermelada. Chem. Soc. 127: 11602-3

22. Christian T, Downs DM. 1999. Los defectos en piruvato quinasa provocan un aumento condicional de la síntesis de tiamina
en Salmonella typhimurium. Poder. J. Microbiol. 45: 565-72

www.annualreviews.org • La comprensión microbiana Metabolismo 551


23. Claas K, Weber S, Downs DM. 2000. Las lesiones en el nuo operón, la codificación NADH
Complejo I deshidrogenasa, prevenir la síntesis de tiamina purF-independiente y reducir reflujo a través de la vía
del fosfato de pentosa oxidativa en Salmonella enterica serovar Typhimurium. J. Bacteriol. 182: 228-32

24. Cronan JEJ, Littel KJ, Jackowski S. 1982. Los análisis genéticos y bioquímicos de biosíntesis pantotheante en Escherichia
coli y Salmonella typhimurium. J. Bacteriol.
149: 916-22
25. Csete M, Doyle J. 2004. lazos del arco, el metabolismo y la enfermedad. Trends Biotechnol. 22: 446-50
26. Cui Q, Thorgersen MP, Westler WM, Markley JL, Downs DM. 2006. estructura Solución de YggX: una proteína
procariota involucrado en Fe (II) la trata. Las proteínas Struct. Func. Bioinform. 62: 578-86

27. Dalal FR, Gots RE, Gots JE. 1966.Mechanismof inhibición adenina en mutantes de adenina sensible de Salmonella
typhimurium. J. Bacteriol. 91: 507-13
28. DanchinA, DondonL, Daniel J. 1984.Metabolic alterationsmediated por 2-cetobutirato en Escherichia coli K12. Mol.
Gen. Genet. 193: 473-78
29. Daniel J, josephe, DanchinA. 1984. Papel de 2-cetobutirato como un alarmone en E. coli K12:
inhibición de la actividad de adenilato ciclasa mediada por el fosfoenolpiruvato: sistema de transporte de
fosfotransferasa glicosa. Mol. Gen. Genet. 193: 467-72
30. Darling, AE, Mau B, Blattner FR, Perna NT. 2004. GRIL: reordenamiento del genoma y localizador de inversión. bioinformática
20: 122-24
31. Darling, AE, Mau B, Blattner FR, Perna NT. 2004. malva: alineamiento múltiple de la secuencia genómica conservado
con reordenamientos. Genome Res. 14: 1394-403
32. Deaconescu AM, Roll-Mecak A, Bonanno JB, Gerchman SE, KyciaH, et al. 2002. estructura de rayos X de Saccharomyces
cerevisiae homóloga factor de matriz mitocondrial 1 (Hmf1).
proteínas 48: 431-36
33. Deriu D, Briand C, Mistiniene E, Naktinis V, Grutter MG. 2003. Estructura y estado oligomérica de la UK114 antígeno
asociado a tumor de mamífero. Acta Crystallogr. re 59: 1676-78

34. Dougherty M, Downs DM. 2003. El stm4066 producto del gen de Salmonella enterica
serovar Typhimurium tiene ribósido (AIRs) la actividad quinasa aminoimidazol y permite AIRs para satisfacer el
requisito de tiamina de pur cepas mutantes. J. Bacteriol. 185: 332-39
35. Dougherty MJ, Downs DM. 2004. Un alelo mutante de rpoD resultados en el aumento conversión
sion de ribótido aminoimidazol en hidroximetilo pirimidina en Salmonella enterica. J. Bacteriol. 186: 4034-37

35a. DoughertyMJ, DownsDM. 2006. Una conexión entre clustermetabolism hierro-azufre


y la biosíntesis de pirofosfato de 4-amino-5-hidroximetil-2-metilpirimidina en Salmonella enterica. Microbiología 152:
2345-53
36. DM Downs, Petersen L. 1994. APBA, un nuevo locus genético implicado en biosyn- tiamina
tesis Salmonella typhimurium. J. Bacteriol. 176: 4858-64
37. DM Downs, Roth JR. 1991. Síntesis de tiamina en Salmonella typhimurium independiente-
mella del purF función. J. Bacteriol. 173: 6597-604
38. DM Downs, Schmitz GE, Skovran E. 2005. Probing el complejo sistema de integración metabólica. Prog. Nucleic
Acids Res. Mol. Biol. 80: 43-94
39. Duarte NC, Herrgard MJ, Palsson BO. 2004. Reconstrucción y validación de Saccha-
romyces cerevisiae iND750, un modelo metabólico genoma escala totalmente compartimentada.
Genome Res. 14: 1298-309 39a. E. coli recurso en línea. http://ecoli.aist-nara.ac.jp/

40. Emmerling M, Dauner M, Ponti A, Fiaux J, Hochuli M, et al. 2002. metabólicos de reflujo respuestas a los octavos de final
de la piruvato quinasa Escherichia coli. J. Bacteriol. 184: 152-64

552 Downs
41. Enos-Berlage JL, Downs DM. 1996. implicación de la ruta de fosfato de pentosa oxidativa en la biosíntesis de tiamina
en Salmonella typhimurium. J. Bacteriol. 178: 1476-1479
42. Enos-Berlage JL, Downs DM. 1997. Las mutaciones en SDH ( succinato genes deshidrogenasa)
alterar el requisito de tiamina de Salmonella typhimurium. J. Bacteriol. 179: 3989-96
43. Enos-Berlage JL, Downs DM. 1999. La biosíntesis de la pirimidina de la tiamina independiente de la enzima purF
(amidotransferasa fosforribosilpirofosfato) en
Salmonella typhimurium: incorporación de glicina marcada con isótopo estable y formiato. J. Bacteriol. 181: 841-48

44. Enos-Berlage JL, Langendorf MJ, Downs DM. 1998. fenotipos metabólicas complejas causadas por amutation en yjgF, codificación
amember de la familia / YjgF altamente conservedYER057c de las proteínas. J. Bacteriol. 180: 6519-28

45. Estramareix B, David S. 1990. La conversión de ribótido 5-aminoimidazol a la pirimidina de tiamina en


enterobacterias: estudio de la vía con especí fi muestras camente marcadas de ribósido. Biochem. Biophys. Acta 1035:
154-60
46. ​Estramareix B, Therisod M. 1984. La biosíntesis de tiamina: ribótido 5-aminoimidazol como el precursor de todos los
átomos de carbono del resto de pirimidina. Mermelada. Chem. Soc.
106: 3857-60
47. Eymann C, Homuth G, Scharf C, Hecker M. 2002. Bacillus subtilis genómica funcional:
mundial characterizationof el riguroso análisis del transcriptoma y responsebyproteome.
J. Bacteriol. 184: 2500-20
48. Fong SS, Palsson BO. 2004. metabólicos cepas de gen de deleción de Escherichia coli evolucionar para

computacionalmente predijo fenotipos de crecimiento. Nat. Gineta. 36: 1056-58


49. Freedberg WB, Kistler WS, Lin CE. 1971. síntesis letal de metilglioxal por es-
cherichia coli durante el metabolismo de glicerol no regulado. J. Bacteriol. 108: 137-44
50. Fridovich I. 1995. superóxido superóxido y radicales superóxido. Annu. Rev. Biochem.
64: 92-112
51. Frodyma M, Rubio A, Downs DM. 2000. Reducción de reflujo a través de los resultados de la vía de biosíntesis de purina en un

aumento de las necesidades para la coenzima A en la síntesis de tiamina en

Salmonella enterica serovar Typhimurium. J. Bacteriol. 182: 236-40


52. Frodyma ME, Downs D. 1998. La cristal de genes, que codifican cetopantoato reductasa, mapas
a los 10 minutos y es alélica para APBA en Salmonella typhimurium. J. Bacteriol. 180: 4757-59
53. Führer T, Fischer ESU. 2005. Experimental identificación y cuantificación de metabolismo de la glucosa en siete
especies bacterianas. J. Bacteriol. 187: 1581-1590
54. Fux CA, Shirtliff M, P Stoodley, Costerton JW. 2005. cepas de referencia de laboratorio puede reflejar la patogénesis del
“mundo real”? Trends Microbiol. 13: 58-63
55. MI Galperin, Moroz OV, Wilson KS, Murzin AG. 2006. Cámara de limpieza, una parte de un buen mantenimiento. Mol.
Microbiol. 59: 5-19
56. Glasner JD, Liss P, Plunkett G, Darling A, Prasad T, et al. 2003. ASAP, un paquete de anotación sistemática de análisis
de la comunidad de los genomas. Nucleic Acids Res. 31: 147-51
57. Goesmann A, Linke B, Bartels D, Dondrup M, Krause L, et al. 2005.-BRIGEP el genoma
navegador-transcriptoma-proteoma basados ​en puente. Nucleic Acids Res. 33: W710- 16

58. González R, Tao H, Shanmugam KT, York SW, Ingram LO. 2002. Las diferencias globales de expresión génica
asociados con cambios en la fl ujo glucolítica y la tasa de Escherichia coli
durante la fermentación de la glucosa y la xilosa. Biotechnol. Prog. 18: 6-20
59. Gortz P, Koller H, Schwahn B, Wendel U, Siebler M. 2003. Alteración de la actividad de la red neuronal de rata en cultivo
depende de la concentración y la relación de leucina y alphaketoisocaproate: implicación de la encefalopatía aguda de
la enfermedad de la orina de jarabe de arce.
Pediatr. Res. 53: 320-24

www.annualreviews.org • La comprensión microbiana Metabolismo 553


60. Goupil-Feuillerat N, Cocaign-Bousquet M, Gocon JJ, Ehrlich SD, Renault P. 1997. doble papel de α- descarboxilasa
acetolactato en Lactococcus lactis subsp. lactis. J. Bacteriol.
179: 6285-93
61. Gralnick J, Downs D. 2001. Protección contra daños superóxido asociado con un mayor nivel de la proteína YggX en Salmonella
enterica. Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos
98: 8030-35
62. Gralnick J, Webb E, Beck B, Downs D. 2000. Las lesiones en gshA ( codificación gamma- l-
glutamil l- cisteína sintetasa) prevenir la síntesis aeróbica de tiamina en Salmonella enterica serovar typhimurium
LT2. J. Bacteriol. 182: 5180-87
63. Gralnick JA, Downs DM. 2003. proteína El YggX de Salmonella enterica está implicado en
Fe (II) la trata y minimiza el daño del ADN causado por los radicales hidroxilo: residuo de Cys-7 es esencial para la
función YggX. J. Biol. Chem. 278: 20708-15
64. HarlowTJ, Gogarten JP, RaganMA. 2004. Un enfoque de agrupación híbrido para el reconocimiento de las familias de proteínas

en 114 genomas microbianos. BMC Bioinform. 29: 545


65. Hoffmeyer J, Neuhard J. 1971. El metabolismo de bases de purina exógenos y nucleósidos por Salmonella
typhimurium. J. Bacteriol. 106: 14-24
66. Hohmann S, Meacock PA. 1998. tiamina metabolismo y diphosphatedependent tiamina enzimas en la levadura Saccharomyces
cerevisiae: regulación genética. Biochem. Biophys. Acta 1385: 201-9 66a. Holdan JH. 1995. Orden oculto: ¿Cómo
construye Adaptación Complejidad. Cambridge, MA:

Perseus Books
67. HollowayDT, KonM, DeLisiC. 2005. Los datos Integratinggenomic topredict de unión al factor de transcripción. Informar
del genoma. Ser. Taller Genoma Inform. 16: 83-94
68. Honisch C, Raghunathan A, Cantor CR, Palsson BO, van der Boom D. evolución adaptativa 2004. Highthroughput
detección de la mutación subyacente de Escherichia coli- K12.
Genome Res. 14: 2495-502
69. Horswill AR, Escalante-Semerena JC. 1999. Salmonella typhimurium catabolizes LT2
propionato a través del ciclo del ácido 2-methylcitric. J. Bacteriol. 181: 5615-23
70. Horswill AR, Escalante-Semerena JC. 2002.Characterizationof la enzima propionil-CoAsynthetase (PRPE) de Salmonella
enterica: residuo Lys592 se requiere para la síntesis de propionylAMP. Bioquímica 41: 2379-87

71. HuyenMA, Snel B, Bork P, Gibson TJ. 2001. La distribución filogenética de la frataxina indica un papel en el
ensamblaje de proteínas hierro-azufre grupo. Human Mol. Gineta. 10: 2463-68
72. Imlay JA, Linn S. daño 1988. DNA y la toxicidad de radicales de oxígeno. Ciencia 240: 1302-9
73. Jackowski S. 1996. La biosíntesis de ácido pantoténico y la coenzima A. Véase Ref. 95, 1: 687- 94

74. Jackson EN, Yanofsky C. 1974. La localización de dos funciones de la fosforribosil transferasa antranilato de Escherichia
coli a distintas regiones de la cadena polipeptídica. J. Bacteriol. 117: 502-8

75. JohnstonHM, BarnesWM, Chumley FG, Bossi L, Roth JR. 1980. Modelo para la regulación del operón histidina de Salmonela.
Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos 77: 508-12
76. Johnston HM, Roth JR. 1981. El análisis genético de la región de control del operón histidina de Salmonella
typhimurium. J. Mol. Biol. 145: 713-34
77. Karp PD, Ouzounis CA, Moore-Kochlacs C, Goldovsky L, Kaipa P, et al. 2005. La expansión de la colección BioCyc
de bases de datos vía / del genoma a 160 genomas. Nucleic Acids Res. 33: 6083-89

78. Kim JM, Yoshikawa H, Shirahige K. 2001. aMember de la familia / yjgf / UK114 YER057c vincula la biosíntesis de
isoleucina y mantenimiento mitocondrias intactas en Saccharomyces cerevisiae. Genes Cells 6: 507-17

554 Downs
79. Ko J, Kim I, Yoo S, Min B, kimk, Parque C. 2005. La conversión de metilglioxal a acetol por Escherichia coli reductasas
aldo-ceto. J. Bacteriol. 187: 5782-89
80. Koshland DEJ, Ray WJJ, Erwin MJ. 1958. Estructura de la proteína y la acción de la enzima. Alimentados.

Proc. 17: 1145-50


81. Lamble HJ, Milburn CC, Taylor GL, Hough DW, DansonMJ. 2004. Gluconato de deshidratasa de la promiscua vía de
Entner-Doudoroff en solfataricus Sulfolobus. FEBS Lett. 576: 133-36

82. LaRossa RA, Van Dyk TK. 1987. caos metabólicas causadas por desequilibrios 2-cetoácido.
bioensayos 7: 125-30

83. LaRossaRA, VanDykTK, Smulski DR. 1987. acumulación tóxica de alfa-cetobutirato causada por la inhibición de la
cadena ramificada de biosíntesis de aminoácidos de la enzima acetolactato sintasa en Salmonella typhimurium. J.
Bacteriol. 169: 1372-1378
84. Lawhorn BG, Mehl RA, Begley TP. 2004. La biosíntesis de la pirimidina tiamina: la reconstitución de un notable
reacción de transposición. Org. Biomol. Chem. 2: 2538-46
85. Lea DE, Coulson CA. 1949. La distribución de los números de los mutantes en las poblaciones de bacterias. J. Genet. 49:
264-86
86. Liao JC, Chao YP, Patnaik R. 1994. La alteración de las válvulas bioquímicos en el metabolismo central de Escherichia
coli. Ana. NY Acad. Sci. 745: 21-34
87. Lio P. 2003. métodos bioinformáticos estadísticos en el análisis del genoma microbiano. bioensayos

25: 266-73
88. Liu GR, Edwards K, Eisenstark A, Fu YM, Liu WQ, et al. 2003. Genomic diversificación entre las cepas de archivo de Salmonella
enterica serovar typhimurium LT7. J. Bacteriol.
185: 2131-42
89. SE Luria, Delbr ¨ uck M. 1943. Las mutaciones de las bacterias de la sensibilidad del virus a resis- virus

tancia. Genética 28: 491-11

90. Manch JN. 1981. Mapeo de una nueva pan mutación en Escherichia coli K-12. Poder. J. Microbiol.
27: 1231-1233

91. Manjasetty BA, Delbruck H, Pham D, Mueller U, Fieber-Erdmann M, et al. 2004. Crystal structureof Homo sapiens proteinhp14.5.
Las proteínas Struct. Func. Bioinform. 54: 797- 800

92. Martínez-Gómez NC, Robers M, Downs DM. 2004. mutacional análisis de ThiH, un miembro de la radical S- adenosilmetionina
(AdoMet) superfamilia de proteínas. J. Biol. Chem. 279: 40505-10

93. Mistiniene E. 2003. ensamblaje oligomérico y la unión de los miembros de la familia de proteínas YER057C / YIL051c
/ YJGF ligando. Bioconjug. Chem. 14: 1243-52
94. Morett E, Korbel JO, Rajan E, Saab-Rincon G, Olvera L, et al. 2003. descubrimiento sistemático de enzimas análogas
en la biosíntesis de tiamina. Nat. Biotechnol. 21: 790-95
95. Neidhardt FC, Curtiss R, Ingraham JL, Lin ECC, Low KB, et al., Eds. 1996. Escherichia
coli y Salmonella: Biología Celular y Molecular, Vols. 1, 2. Washington, DC: ASM Press. 2ª ed.

96. Newell PC, Tucker RG. 1966. El control mechanismof tiamina biosíntesis de un modelo para el estudio del control de
las vías convergentes. Biochem. J. 100: 517-24
97. Newell PC, Tucker RG. 1967. Nueva vía pirimidina implicada en la biosíntesis de la pirimidina de tiamina. Naturaleza 215:
1384-1385
98. Newell PC, Tucker RG. 1968. Los precursores de la pyrimidinemoiety de tiamina. Biochem.
J. 106: 271-77
99. O'Brien PJ, Herschlag D. 1999. promiscuidad catalítica y la evolución de nuevas actividades enzimáticas. Chem. Biol. 6:
R91-105

www.annualreviews.org • La comprensión microbiana Metabolismo 555


100. Oka T, Tsuji H, Noda C, Sakai K, Hong Y, et al. 1995. Aislamiento y caracterización de una nueva proteína soluble en ácido
perclórico la inhibición de la síntesis de proteínas libre de células. J. Biol. Chem. 270: 30060-67

101. Oldiges M, Takors R. 2005. La aplicación de técnicas metabólica pro fi ling para experimentos stimulusresponse:
posibilidades y trampas. Adv. Biochem. Ing. Biotechnol. 92: 173-96
102. Osterman A, Overbeek R. 2003. genes en las vías metabólicas que falta: un enfoque de genómica comparativa. Curr.
Opin. Chem. Biol. 7: 238-51
103. Overbeek R, Larsen N, Walunas T, D'Souza M, Pusch G, et al. 2003. El ERGO TM
el análisis del genoma y el sistema de descubrimiento. Nucleic Acids Res. 31: 164-71

104. Oxelmark E, Marchini A, Malanchi I, Magherini F, Jaquet L, et al. 2000. Mmf1p, una proteína mitocondrial novela
levadura conservado durante la evolución y que participan en el mantenimiento del genoma mitocondrial. Mol.
Célula. Biol. 20: 7784-97
105. Parsons L, Bonander N, Eisenstein E, Gilson M, Kairys V, Orban J. estructura 2003. Solución y el cribado de ligando
funcional de HI0719, una proteína altamente conservada de las bacterias a los humanos en la familia YjgF /
YER057c / UK114. Bioquímica 42: 80-89
106. Petersen L, Downs DM. 1996. Las mutaciones en APBC (MRP) impedir el funcionamiento de la alterna-

tiva ruta biosintética de pirimidina en Salmonella typhimurium. J. Bacteriol. 178: 5676- 82

107. DM Petersen LA, Downs. 1997. identi fi cación y caracterización de un operón en


Salmonella typhimurium participan en la biosíntesis de tiamina. J. Bacteriol. 179: 4894-900
108. LA Petersen, Enos-Berlage JE, Downs DM. 1996. El análisis genético de la diafonía metabólica y su impacto sobre la
síntesis de tiamina en Salmonella typhimurium. Genética 143: 37- 44

109. Phue JN, Noronha SB, HattacharyyaR, Wolfe AJ, Shiloach J. 2005. Glucosemetabolism en el crecimiento de alta densidad de E.

coli B y E. coli K: Las diferencias en las vías metabólicas son responsables de la utilización de glucosa e fi ciente en E. coli B
como se determina por microarrays y análisis de transferencia de Northern. Biotechnol. Bioeng. 90: 805-20

110. Pimerano DA, Burns RO. 1983. Papel de acetohidroxi isomeroreductase ácido en la biosíntesis de ácido pantoténico
en Salmonella typhimurium. J. Bacteriol. 153: 259-69
111. Pomposiello PJ, Demple B. 2001. interruptores genéticos Redox-operado: los factores de transcripción SoxR andOxyR. Trends
Biochem. Sci. 19: 109-14
112. Prouzet-Mauleon V, Hussain MA, Lamouliatte H, Kauser F, Megraud F, Ahmed N.
2005. evolución patógena in vivo: la dinámica del genoma de dos aislamientos obtenidos 9 años, aparte de un paciente
úlcera duodenal infectados con un solo Helicobacter pylori tensión. J. Clin. Microbiol. 43: 4237-41

113. Ptacek J, Devgan G, Michaud G, Zhu H, Zhu X, et al. 2005. Análisis global de la fosforilación de proteínas en la levadura. Naturaleza
438: 679-84
114. Ram RJ, Verberkmoes NC, Thelen MP, Tyson GW, Baker BJ, et al. 2005. proteómica comunitarias de un bio película
microbiana natural. Ciencia 308: 1915-1920
115. DM Ramos I, Downs. 2003. antranilato sintasa puede generar su fi amina ciente fosforribosil para la síntesis de
tiamina en Salmonella enterica. J. Bacteriol. 185: 5125-32
116. Rappu P, Shin BS, Zalkin H, Mantsala P. 1999. Un papel para una proteína altamente conservada de función desconocida
en la regulación de Bacillus subtilis purA por el represor de purina. J. Bacteriol. 181: 3810-15

117. Reddick JJ, Kinslan C, Nicewonger R, Christian T, Downs DM, et al. 1998. La sobreexpresión, purificación y
caracterización de dos quinasas pyrimidne implicadas en la biosíntesis de tiamina;
4-amino-5-hidroximetil-2-metilpirimidina quinasa y 4 fosfato quinasa amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine. tetraedro
54: 15983- 91

556 Downs
118. Reed JL, Vo TD, Schilling CH, Palsson BO. 2003. Un modelo ampliado genoma escala de Escherichia coli K-12
(iJR904GSM / GPR). Genome Biol. 4: R54
119. Robello C, Dallagiovanna B, Engel JC, Gamarro F, Castanys S. 1998. Un NewMember de la familia YER057c en Trypanosoma
cruzi es adyacente a un transportador ABC. Gene 220: 1-12
120. Rolfes R, Zalkin H. catión 1990. Puri fi de la Escherichia coli purina regulon represor
y identificación de corepressors. J. Bacteriol. 172: 5637-42
121. Rolfes RJ, Zalkin H. 1988. Escherichia coli gene ronroneo que codifica una proteína represora para

la síntesis de nucleótidos de purina. J. Biol. Chem. 263: 19653-61


122. Rother M, Metcalf WW. 2005. Las tecnologías genéticas para Arqueas. Curr. Opin. Microbiol.
8: 745-51 122a. Saccharomyces base de datos del genoma. http://www.yeastgenome.org/

123. Schmiedeknecht G, Kerkhoff C, Orso E, Stohr J, Aslanidis C, et al. 1996. Aislamiento y caracterización de un inhibidor
de la proteína de traslación 14,5 kDa tricloroacético-soluble en ácido a partir de monocitos humanos que se regula
positivamente en la diferenciación celular. EUR. J. Biochem. 242: 339-51

124. DM Schmitz G, Downs. 2004. Reducida transaminasa B (Ilve) actividad causada por la falta de yjgF depende de la
situación de la treonina desaminasa (ilvA) en Salmonella enterica
serovar Typhimurium. J. Bacteriol. 186: 803-10
125. DM Schmitz GE, Downs. 2006. Un alelo de previene gyrA Salmonella enterica serovar
Typhimurium el uso de succinato como fuente de carbono. J. Bacteriol. 188: 3126-29
126. LC Seaver, Imlay JA. 2004. son enzimas respiratorias las principales fuentes de peróxido de hidrógeno intracelular? J. Biol.
Chem. 279: 48742-50
127. Settembre CE, Dorrestein PC, Parque JH, Agustín AM, Begley TP, Ealick SE. 2003. Los estudios estructurales y
mecanísticos en tio, un esencial glicina oxidasa para la biosíntesis de tiamina en Bacillus subtilis. Bioquímica 42:
2971-81
128. Shedlovsky AE, Magasanik B. 1962. Un defecto en la biosíntesis de histidina causando una adenina de fi ciencia. J. Biol.
Chem. 237: 3725
129. Sinha S, Rappu P, Lange SC, Mantsala P, Zalkin H, Smith JL. 1999. La estructura cristalina de Bacillus subtilis YabJ, una
proteína reguladora de purina y miembro de la familia YjgF altamente conservada. Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos 96:
13074-79
130. DM Skovran E, Downs. 2000. Las anomalías metabólicas causadas por mutaciones en el ISC gene

cúmulo de Salmonella enterica serovar Typhimurium: implicaciones para la síntesis de tiamina.


J. Bacteriol. 182: 3896-903
131. DM Skovran E, Downs. 2003. La falta de los APBC o ApbE de proteína resulta en un defecto en Fe-S metabolismo de
clúster en Salmonella enterica serovar Typhimurium. J. Bacteriol.
185: 98-106
132. Skovran E, Lauhon CT, Downs DM. 2004. La falta de resultados YggX en el estrés oxidativo crónico y descubre
defectos sutiles en Fe-S metabolismo de clúster en Salmonella enterica. J. Bacteriol. 186: 7626-34

133. Soberon M, López O, Miranda J, Tabche ML, Morera C. 1997. La evidencia genética para el
5-aminoimidazol-4-carboxamida ribonucleótido (AICAR) como un efector negativo de la producción del citocromo
oxidasa terminal cbb3 en Rhizobium etli. Mol. Gen. Genet. 254: 665- 73

134. Así FI una HJ, Chen G, Hetzler BG, Reyes-Spíndola JF, Miller NE. 2001. Radical SAM, una novela superfamilia de
proteínas que une pasos sin resolver en rutas biosintéticas familiares con mecanismos de radicales: caracterización
funcional utilizando nuevos métodos de análisis y visualización de la información. Nucleic Acids Res. 29: 1097-106

135. Sonensheim AL, Hoch JA, Losick R, eds. 2002. Bacillus subtilis y sus parientes más cercanos:
A partir de genes a las células. Washington, DC: ASM Press

www.annualreviews.org • La comprensión microbiana Metabolismo 557


136. Soo CE, Aubry AJ, Logan SM, Guerry P, Kelly JF, et al. 2004. Detección selectiva y la identificación fi de nucleótidos
de azúcar por CE-electrospray-MS y su aplicación a la metabolómica bacterianas. Anal. Chem. 76: 619-26

137. Starai VJ, Escalante-Semerena JC. 2004. La identificación de la enzima acetiltransferasa proteína (Pat) que acetila
acetil-CoA sintetasa en Salmonella enterica. J. Mol. Biol.
340: 1005-1012

138. Sterling J, SauerU, Szallasi Z, Doyle FJI, Doyle J. 2004. La robustez de las funciones celulares.
Célula 118: 675-85
139. Strauss E, Kinsland C, Ge Y, McLafferty FW, Begley TP. 2001. Phosphopantothenoylcysteine ​sintetasa de Escherichia
coli. Identi fi cación y caracterización de la última no identi coenzima fi ed Una enzima biosintética en las bacterias. J.
Biol. Chem. 276: 13513-16
140. Tamada Y, Imodo S, Tashiro K, Kuhara S, Miyano S. 2005. Identificación de drogas vías activas a partir de las redes de
genes estimados por los datos de expresión génica. Informar del genoma. Ser. Taller Genoma Inform. 16: 182-91

141. Teusink B, Passagre J, Reijenga CA, Esgalhado E, van der Weijden CC, et al. 2000. Puede glucólisis levadura puede
entender en términos de la cinética in vitro de las enzimas constituyentes? Prueba de la bioquímica. EUR. J. Biochem. 267:
5313-29
142. Thiele I, Vo TD, Precio ND, Palsson BO. 2005. reconstrucción metabólica ampliada de Helicobacter pylori ( iIT341GSM
/ GPR): una in silico caracterización escala del genoma de mutantes de una y de doble deleción. J. Bacteriol. 187:
5818-30
143. Tsang AW, Escalante-Semerena JC. 1998. Cobb, un nuevo miembro de la familia SIR2 de proteínas reguladoras
eucariotas, se requiere para compensar la falta de nicotinato mononucleótido: actividad fosforribosiltransferasa
5,6-dimetilbencimidazol en mutantes COBT durante la biosíntesis de cobalamina en Salmonella typhimurium LT2. J.
Biol. Chem. 273: 31788-94

144. Vivas E, E Skovran, Downs DM. 2006. Salmonella enterica cepas que carecen de la frataxina
homologCyaY showdefects Infe-S clustermetabolism in vivo. J. Bacteriol. 188: 1175-1179
145. Volz K. 1999. Un caso de prueba para la asignación funcional basado en la estructura: el 1.2 Una estructura cristalina del
producto del gen yjgF de Escherichia coli. Protein Sci. 8: 2428-37
146. Webb E, Downs D. 1997. Caracterización de Thil, codificación de tiamina-monofosfato
quinasa, en Salmonella typhimurium. J. Biol. Chem. 272: 15702-7
147. Webb E, F Febres, Downs DM. 1996. El pirofosfato de tiamina (TPP) regula negativamente la transcripción de
algunos Thi genes de Salmonella typhimurium. J. Bacteriol. 178: 2533-38
148. Winkler W, Nahvi A, RR disyuntor. 2002. derivados de tiamina se unen ARN mensajeros directamente para regular la expresión

de genes bacterianos. Naturaleza 419: 952-56


149. Woodson JD, Escalante-Semerena JC. 2004. CBIZ, una enzima amidohidrolasa requerida para salvar el precursor
cobinamida coenzima B12 en arqueas. Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos 101: 3591-96

150. biosíntesis Yanofsky C. 1971. triptófano en Escherichia coli. determinación genética de


las proteínas implicadas. J. Bacteriol. 108: 248-53
151. Yanofsky C, Horn V, Bonner M, Stasiowski S. 1971. funciones polaridad y enzimáticas en mutantes de los tres
primeros genes del operón triptófano de Escherichia coli. Genética
69: 409-33
152. de Ye Y, Osterman A, Overbeek R, Godzik A. 2005. Detección automática de variantes subsistema / vía en el análisis
del genoma. bioinformática 21: i1-9
153. Yoon T, JA Cowan. 2004. entrega hierro frataxina mediada a ferroquelatasa en la etapa final de la biosíntesis de
hemo. J. Biol. Chem. 279: 25943-46
154. Yura T. 1956. Evidencia de alelos idénticos en purina que requiere mutantes de Salmonela
typhimurium. Publ. Carnegie Inst. 612: 63-75

558 Downs
155. ZalacainM, Biswas S, IngrahamKA, Ambrad J, Bryant A, et al. 2003. Un enfoque global para identificar nuevos de amplio
espectro objetivos antibacterianos entre las proteínas de función desconocida. J. Mol. Microbiol. 6: 109-26

156. Zdych E, R Peist, Reidl J, Boos W. 1995. Maly de Escherichia coli es una enzima con la
actividad de una β CS-liasa (cistationasa). J. Bacteriol. 177: 5035-39
157. Zeidler J, Sayer BG, Spenser ID. 2003. La biosíntesis de la vitamina B1 en la levadura. Derivación de la unidad de
pirimidina de piridoxina e histidina. Intermediación de ácido urocánico. Mermelada. Chem. Soc. 125: 13094-105

www.annualreviews.org • La comprensión microbiana Metabolismo 559