Normaidah-Studi Docking Molekuler Valdec PDF
Normaidah-Studi Docking Molekuler Valdec PDF
Normaidah
Farmasi Universitas Muhammadiyah Surakarta
Abstrak
Tujuan dari docking molekuler valdecoxib terhadap inhibitor COX-2 adalah untuk
mengetahui prediksi afinitas ligan dan reseptor berdasarkan sistem komputasi. Valdecoxib
merupakan NSAID dengan mekanisme aksi menghambat COX-2 secara selektif. COX-2
merupakan reseptor radang yang tidak terdapat di jaringan, tetapi langsung terdapat pada sel
radang. Ligan valdecoxib dan reseptor COX-2 diperoleh dari pdb.org dengan PDB ID 2AW1
yang selanjutnya dipisahkan menggunkan software Chimera 1.7, kemudian dilakukan docking
melalui Chimera 1.7 AutoDock Vina 1.1.2 dan PyRx 0.8. Hasil yang didapat dibandingkan
dengan hasil idock dari database Zinc. Perangkat keras menggunakan notebook Axioo tipe
Neon-CLW, prosesor Intel® Core™ i3 CPU M 380 2.53GHz, RAM 2.00 GB, tipe sistem operasi
Windows 7 Ultimate 64-bit. Hasil docking molekuler valdecoxib dengan COX-2 memiliki nilai
afinitas -7.6 sampai -9.9 menggunakan Chimera 1.7 AutoDock Vina 1.1.2, -6.8 sampai -9.8
menggunakan PyRx 0.8, dan hasil database Zinc memiliki nilai 7.5 sampai -11.2 sebanyak 9971
model. Diharapkan adanya penelitian lanjutan terhadap nilai afinitas dengan efek samping obat.
Kata Kunci: valdecoxib, docking, inhibitor COX-2, chimera 1.7, PyRx 0.8.
Abstract
The purpose of molecular docking valdecoxib to COX-2 inhibitors is to determine the ligand and
receptor affinity prediction based computing systems. Valdecoxib is one of the other NSAIDs
and the mechanism of action of Valdecoxib is to inhibit COX-2 selective. COX-2 is an
inflammatory receptor that does not exist in the tissue, but directly present in inflammatory cells.
Valdecoxib ligands and receptors of COX-2 was obtained from the PDB ID pdb.org, 2AW1.
Lidand and receptor was separated by Chimera 1.7 software, then performed docking by
AutoDock Vina 1.7 Chimera 1.1.2 and PyRx 0.8. The results were compared with results from a
database idock Zinc. Hardware using Axioo notebook-type Neon CLW, Intel ® Core ™ i3 CPU
M 380 2.53GHz, 2:00 GB of RAM, and the type of operating system was Windows 7 Ultimate
64-bit. The results of molecular docking valdecoxib with COX-2 has a value of -7.6 to -9.9
affinity using AutoDock Vina 1.1.2 Chimera 1.7, -6.8 to -9.8 using PyRx 0.8, and the results of
the database Zinc has a value 7.5 to -11.2 many as 9971 models. It is expected that the
presence of continued research on the value of an affinity with the side effects of drugs.
Pendahuluan
UCSF Laboratorium Komputer Grafis memperkenalkan sistem visualisasi molekuler
untuk memenuhi kebutuhan peneliti di lapangan, dimulai dengan MMS/MIDS1 pada tahun 1976
dengan software UCSF Chimera2 (Chimera) (Pettersen et al., 2004).
Gambar 1. Valdecoxib
Docking molekuler merupakan salah satu sistem rancangan obat secara komputasi
yang mampu memberikan prediksi nilai afinitas dari ligan terhadap reseptor. Rancanhgan obat
pada artikel ini adalah untuk melihat penyebab dari efek samping obat valdecoxib dan
diharapkan artikel ini dapat dilakukan penelitian laboratorium lanjutan.
2. Bahan
Ligan Valdecoxib dan reseptor enzim COX-2 dari pdb.org dengan PDB ID 2AW1. Ligan
dan reseptor dipisahkan menggunakan software Chimera 1.7.
3. Docking
a. Pemilihan ligan didasarkan data pada pdb.org dengan ketentuan objek penelitian adalah
manusia (Homo sapiens) dan memiliki nilai kristal kurang dari sam dengan 2.5 A. Ligan
2AW1 memiliki nilai kristal 1.43 A.
b. Dilakukan docking secara online pada http://istar.cse.cuhk.edu.hk/idock/ menggunakan PDB
ID yang dipilih (2AW1) dengan ketentuan seperti gambar berikut.
Dari data Gambar 2 menunjukkan bahwa valdecoxib memiliki ikatan kovalen dengan
2+
ion Zn dan mampu berikatan dengan protein lain seperti Leu141A, Val121a, Leu198A, dan
Phe131A.
Kesimpulan
Valdecoxib memiliki nilai afinitas yang kecil (lebih dari -5) sehingga memiliki ikatan
yang kuat dengan reseptor COX-2. Efek samping obat berupa meningkatkan risiko infark
jantung akut, kematian mendadak serta dapat mengakibatkan toksik epidermal necrolysis,
sindrom Stevens-Johnson, dan erythema multiform diprediksi karena adanya ikatan yang kuat
terhadap reseptor oleh ligan.
Chimera 1.7 dan PyRx 0.8 dengan AutoDock Vina 1.1.2 menunjukkan kevalidan yang
sama karena hasilnya mendekati hasil yang tertera di database Zinc. Sistem komputasi mampu
memberikan prediksi yang dapat dibuktikan secara ilmiah.
Referensi
Fiore, A. D., Pedone, C., D’Ambrosio, K., Scozzafava, A., Simone, G. D. &Supuran, C. T., 2006,
Carbonic Anhydrase Inhibitors: Valdecoxib Binds to a Different Active Site Region of
the Human Isoform II as Compared to the Structurally Related Cyclooxygenase II
Selective Inhibitor Celecoxib, Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 16, 437-442.
http://www.fda.gov/Drugs/DrugSafety/PostmarketDrugSafetyInformationforPatientsandProviders
/ucm124649.htm
Khalifa, M. M. A., Ismail, M. M. F., Eisa, S. I. & Ammar, Y., 2012, Design and Synthesis of Some
Novel 6-methoxynaphthalene Derivatives with Potential Anticancer Activity, Der
Pharma Chemica, 4(4), 1552-1566.
Tjay, T. H. & Rahardja, K., 2007, Obat-obat Penting, Jakarta, PT. Elex Media Komputindo-
Kompas.