Studi Docking Molekuler Valdecoxib Terhadap Inhibitor COX-2

Normaidah
Farmasi Universitas Muhammadiyah Surakarta

Abstrak
Tujuan dari docking molekuler valdecoxib terhadap inhibitor COX-2 adalah untuk
mengetahui prediksi afinitas ligan dan reseptor berdasarkan sistem komputasi. Valdecoxib
merupakan NSAID dengan mekanisme aksi menghambat COX-2 secara selektif. COX-2
merupakan reseptor radang yang tidak terdapat di jaringan, tetapi langsung terdapat pada sel
radang. Ligan valdecoxib dan reseptor COX-2 diperoleh dari pdb.org dengan PDB ID 2AW1
yang selanjutnya dipisahkan menggunkan software Chimera 1.7, kemudian dilakukan docking
melalui Chimera 1.7 AutoDock Vina 1.1.2 dan PyRx 0.8. Hasil yang didapat dibandingkan
dengan hasil idock dari database Zinc. Perangkat keras menggunakan notebook Axioo tipe
Neon-CLW, prosesor Intel® Core™ i3 CPU M 380 2.53GHz, RAM 2.00 GB, tipe sistem operasi
Windows 7 Ultimate 64-bit. Hasil docking molekuler valdecoxib dengan COX-2 memiliki nilai
afinitas -7.6 sampai -9.9 menggunakan Chimera 1.7 AutoDock Vina 1.1.2, -6.8 sampai -9.8
menggunakan PyRx 0.8, dan hasil database Zinc memiliki nilai 7.5 sampai -11.2 sebanyak 9971
model. Diharapkan adanya penelitian lanjutan terhadap nilai afinitas dengan efek samping obat.

Kata Kunci: valdecoxib, docking, inhibitor COX-2, chimera 1.7, PyRx 0.8.

Abstract
The purpose of molecular docking valdecoxib to COX-2 inhibitors is to determine the ligand and
receptor affinity prediction based computing systems. Valdecoxib is one of the other NSAIDs
and the mechanism of action of Valdecoxib is to inhibit COX-2 selective. COX-2 is an
inflammatory receptor that does not exist in the tissue, but directly present in inflammatory cells.
Valdecoxib ligands and receptors of COX-2 was obtained from the PDB ID pdb.org, 2AW1.
Lidand and receptor was separated by Chimera 1.7 software, then performed docking by
AutoDock Vina 1.7 Chimera 1.1.2 and PyRx 0.8. The results were compared with results from a
database idock Zinc. Hardware using Axioo notebook-type Neon CLW, Intel ® Core ™ i3 CPU
M 380 2.53GHz, 2:00 GB of RAM, and the type of operating system was Windows 7 Ultimate
64-bit. The results of molecular docking valdecoxib with COX-2 has a value of -7.6 to -9.9
affinity using AutoDock Vina 1.1.2 Chimera 1.7, -6.8 to -9.8 using PyRx 0.8, and the results of
the database Zinc has a value 7.5 to -11.2 many as 9971 models. It is expected that the
presence of continued research on the value of an affinity with the side effects of drugs.

Keywords: valdecoxib, docking, COX-2 inhibitors, chimera 1.7, PyRx 0.8.

Pendahuluan
UCSF Laboratorium Komputer Grafis memperkenalkan sistem visualisasi molekuler
untuk memenuhi kebutuhan peneliti di lapangan, dimulai dengan MMS/MIDS1 pada tahun 1976
dengan software UCSF Chimera2 (Chimera) (Pettersen et al., 2004).

Normaidah, 2014, Studi Docking Molekuler Valdecoxib Terhadap Inhibitor COX-2

 Chimera dirancang portabel untuk berbagai platform dan untuk kemampuan grafis
seperti transparansi dan interaktif bola-dan-tongkat, ruang-mengisi, pita, dan representasi
permukaan padat. Tujuan desain lain adalah untuk membuat Chimera diakses oleh pengguna
di semua tingkat keahlian dengan menyediakan baik menu grafis / window interface dan
command-line interface (Pettersen et al., 2004).
Bahasa pemrograman utama Chimera adalah Python. Python merupakan bahasa
pemrograman berorientasi objek yang juga mudah dipelajari dan sangat mudah dibaca.
Chimera juga termasuk Pythonstandard IDLE environment dalam pengembangan interaktif
untuk membantu mendiagnosa masalah selama pengembangan ekstensi (Pettersen et al.,
2004).
AutoDock Vina merupakan dasar yang digunakan untuk melakukan docking. AutoDock
Vina merupakan baawan PyRx tetapi dapat pula diaplikasikan dengan Chimera. Proses
AutoDock Vina menggunakan PyRx, dalam penentuan gridbox dilakukan secara visual.
Sedangkan pada Chimera dapat digunakan angka sesuai dengan data yang tertera di database
Zinc.
NSAID (non-steroidal anti-inflamatory drugs) berkhasiat sebagai analgetika dan
antiradang yang umumnya digunakan pada pengobatan rematik untuk mengurangi gejala. Zat
ini dilaporkan memiliki efektivitas lebih baik daripada analgetika perifer (Tjay dan Rahardja,
2007). Dalam beberapa literatur lain juga disebutkan bahwa NSAID digunakan untuk tumor
pada saluran gastrointestinal dan beberpa varietas tumor lainnya serta dapat mengurangi risiko
dari kanker payudara, prostat, dan kolon (Qnan et al., 2005; Takkouche et al., 2008; dan
Wegrynska et al., 2010 cit Khalifa et al., 2012). Menurut Desmond et al., 2003 cit Khalifa et al.,
2012, mekanisme NSAID pada tumor dan kanker tidak melalui penghambatan COX-2.
Valdecoxib termasuk ke dalam golongan NSAID. Memiliki mekanisme aksi
menghambat secara selektif enzim COX-2 (Fiore et al., 2006) serta prostaglandin PgE2 (Tjay
dan Rahardja, 2007). Valdecoxib memiliki nama dagang Bextra® dari Pfizer. NSAID ini
dipasarkan tahun 2004 dan ditarik dari pasaran tahun 2005 dikarenakan efek sampingnya yang
dapat meningkatkan risiko infark jantung akut, kematian mendadak serta dapat mengakibatkan
toxic epidermal necrolysis, Stevens-Johnson syndrome, dan erythema multiforme (fda.gov).

Gambar 1. Valdecoxib

Docking molekuler merupakan salah satu sistem rancangan obat secara komputasi
yang mampu memberikan prediksi nilai afinitas dari ligan terhadap reseptor. Rancanhgan obat
pada artikel ini adalah untuk melihat penyebab dari efek samping obat valdecoxib dan
diharapkan artikel ini dapat dilakukan penelitian laboratorium lanjutan.

Normaidah, 2014, Studi Docking Molekuler Valdecoxib Terhadap Inhibitor COX-2

Metodologi
1. Alat
Perangkat notebook Axioo tipe Neon-CLW, prosesor Intel® Core™ i3 CPU M 380
2.53GHz, RAM 2.00 GB, tipe sistem Windows 7 OS 64-bit; modem Smartfren Connex EC1261-
2 UI Huawei; software Marvin Beans 5.3.8, EditPlus Text Editor v3.70, Java Standar Edition
build 1.7.0_51-b13, OpenBabel 2.3.2, PyMOL v1.3r1 dan PyMOL 1.7.1.3, PyRx 0.8, Python
2.6.6, LigPlot+ v1.4.5, AutoDock Vina 1.1.2, dan Chimera 1.7.

2. Bahan
Ligan Valdecoxib dan reseptor enzim COX-2 dari pdb.org dengan PDB ID 2AW1. Ligan
dan reseptor dipisahkan menggunakan software Chimera 1.7.

3. Docking
a. Pemilihan ligan didasarkan data pada pdb.org dengan ketentuan objek penelitian adalah
manusia (Homo sapiens) dan memiliki nilai kristal kurang dari sam dengan 2.5 A. Ligan
2AW1 memiliki nilai kristal 1.43 A.
b. Dilakukan docking secara online pada http://istar.cse.cuhk.edu.hk/idock/ menggunakan PDB
ID yang dipilih (2AW1) dengan ketentuan seperti gambar berikut.

c. Pemisahan ligan dan reseptor menggunakan Chimera 1.7

Ligan: file  open 2AW1, select  chain A  invert (all model)  action  atom/bond
 delete, select  residu  ligand  invert (all model)  action  atom/bond  delete,
simpan ligand dengan format .mol 2, didapatkan ligand.
Reseptor: file  open 2AW1, select  chain A  invert (all model)  action 
atom/bond  delete, select  residu  all non standard  action  Atom/bond  delete dan
simpan reseptor dengan format .pdb
d. Docking menggunakan Chimera 1.7
Setelah didapatkan ligand dan protein, berikan perlakuan untuk masing-masing ligand
dan protein tersebut, dilakukan penghapusan air dengan klik kanan ligand  wordpad  delete
HETATM  delete.
Untuk ligand, panggil ligand dan beri perlakuan tool  structure editing  dock prep 
unchecked delete solvent  ok  ok  ok  beri nama “2AW1-lig”  save.
Lakukan docking, panggil ligand dan reseptor  open  ligand  open  reseptor 
tools  surface/binding analysis  AutoDock Vina  tentukan hasil docking  browse  pilih
folder untuk hasil docking chimera  pastikan ligan dan reseptor yang digunakan sudah tepat
 isikan kolom center dengan data rerata dari HETATM dan kolom size isikan size yag didapat
dari web (istar.cse.cuhk.edu.hk/idock/).

Normaidah, 2014, Studi Docking Molekuler Valdecoxib Terhadap Inhibitor COX-2

 Pastikan aplikasi vina telah terinstal dengan mengklik excute location  apply 
tunggu hingga proses docking selesai.
Lakukan uji test hasil docking dengan aplikasi chimera.
e. Docking menggunakan PyRx 0.8
Buka aplikasi, buka ligand dan reseptor original hasil pemisahan dari chimera, load 
open molekul  ligand dan reseptor. Lakukan konversi terhadap ligand dan reseptor agar dapat
dilakukan doking dengan menggunakan Autodock-vina, klik target  autodock  make ligand
(untuk target ligand) dan  make macromolekul (untuk target reseptor).
Lakukan docking menggunakan Autodock-vina, pilih vina wizard  select molecul 
tempatkan kotak sesuai dengan center dan size molekul target  forward  tunggu hingga
proses docking selesai.
Simpan hasil penggabungan.

Hasil dan Pembahasan

Valdecoxib dan COX-2 merupakan starting material dari percobaan docking ini.
Valdecoxib merupakan ligan dan COX-2 merupakan protein yang akan berinteraksi dengan
ligan (reseptor).

Gambar 2. Interaksi ligan berdasarkan data pdb.org

Dari data Gambar 2 menunjukkan bahwa valdecoxib memiliki ikatan kovalen dengan
2+
ion Zn dan mampu berikatan dengan protein lain seperti Leu141A, Val121a, Leu198A, dan
Phe131A.

Normaidah, 2014, Studi Docking Molekuler Valdecoxib Terhadap Inhibitor COX-2

 Gambar 3 merupakan hasil docking menggunakan PyRx 0.8 dan Gambar 4
merupakan hasil docking menggunakan Chimera 1.7 didapatkan masing-masing 9 model
interaksi dengan nilai afinitas yang berbeda-beda dari -6.8 sampai -9.8 dan -7.6 sampai -9.9.
Semakin kecil nilai afinitas dari suatu interaksi menggambarkan bahwa semakin kuat ikatan
yang terjadi. Ikatan kuat jika nilainya lebih kecil dari -5.
Dari hasil ini menunjukkan bahwa software chimera 1.7 dan PyRx 0.8 memiliki
kemiripan dan menunjukkan hasil yang valid.
Diprediksikan pada artikel ini efek samping valdecoxib terjadi karena ikatan antara
ligan dan reseptor kuat. Dapat terlihat dari hasil PyMOL pada Gambar 5 dan Gambar 6.
Dari Gambar 5 dan 6 menunjukkan kedekatan ligan-ligan. Software PyMOL digunakan
untuk visualisasi dari hasil docking yang dilakukan. Software ini berguna untuk memperbaiki
tampilan dari hasil docking.
Hasil docking di http://istar.cse.cuhk.edu.hk/idock/ memberikan nilai afinitas 7.5 sampai -11.2
sebanyak 9971 model.

Gambar 3. Hasil Docking PyRx

Normaidah, 2014, Studi Docking Molekuler Valdecoxib Terhadap Inhibitor COX-2

 Gambar 4. Hasil Docking Chimera

Gambar 5. Hasil PyMOL

Normaidah, 2014, Studi Docking Molekuler Valdecoxib Terhadap Inhibitor COX-2

 Gambar 6. Hasil PyMOL ligan dan reseptor

Kesimpulan
Valdecoxib memiliki nilai afinitas yang kecil (lebih dari -5) sehingga memiliki ikatan
yang kuat dengan reseptor COX-2. Efek samping obat berupa meningkatkan risiko infark
jantung akut, kematian mendadak serta dapat mengakibatkan toksik epidermal necrolysis,
sindrom Stevens-Johnson, dan erythema multiform diprediksi karena adanya ikatan yang kuat
terhadap reseptor oleh ligan.
Chimera 1.7 dan PyRx 0.8 dengan AutoDock Vina 1.1.2 menunjukkan kevalidan yang
sama karena hasilnya mendekati hasil yang tertera di database Zinc. Sistem komputasi mampu
memberikan prediksi yang dapat dibuktikan secara ilmiah.

Referensi
Fiore, A. D., Pedone, C., D’Ambrosio, K., Scozzafava, A., Simone, G. D. &Supuran, C. T., 2006,
Carbonic Anhydrase Inhibitors: Valdecoxib Binds to a Different Active Site Region of
the Human Isoform II as Compared to the Structurally Related Cyclooxygenase II
Selective Inhibitor Celecoxib, Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 16, 437-442.

http://www.fda.gov/Drugs/DrugSafety/PostmarketDrugSafetyInformationforPatientsandProviders
/ucm124649.htm

Khalifa, M. M. A., Ismail, M. M. F., Eisa, S. I. & Ammar, Y., 2012, Design and Synthesis of Some
Novel 6-methoxynaphthalene Derivatives with Potential Anticancer Activity, Der
Pharma Chemica, 4(4), 1552-1566.

Normaidah, 2014, Studi Docking Molekuler Valdecoxib Terhadap Inhibitor COX-2

Pettersen, E. F., et al., 2004, UCSF Chimera-A Visualization System for Exploratory Research
and Analysis, J Comput Chem, 25, 1605-1612.

Tjay, T. H. & Rahardja, K., 2007, Obat-obat Penting, Jakarta, PT. Elex Media Komputindo-
Kompas.

Normaidah, 2014, Studi Docking Molekuler Valdecoxib Terhadap Inhibitor COX-2