Anda di halaman 1dari 25

ULASAN

Ribosom dalam aksi: Penyesuaian efisiensi

translasi dan protein Melipat

Marina V. Rodnina *
Berangkat m ent dari Fisik Bioche m istry, Maks Planck Lembaga untuk Biofisika a l Chemistr y , G o€ tting e n 37077,
Jerman

Diterima 8 Mei 2016; Diterima 18 Mei 2016

DOI: 10.1002 / pro.2950


Diterbitkan online 00 Bulan 2016 proteinscience.org

Marina V. Rodnina adalah pemenang Hans Neurath Award 2015.

Abstrak: Proteoma seluler dibentuk oleh aktivitas gabungan dari ekspresi gen dan mesin kontrol

kualitas. Sementara transkripsi memainkan peran yang tidak diragukan lagi penting, dalam beberapa

tahun terakhir terjemahan juga muncul sebagai langkah kunci yang mendefinisikan komposisi dan

kualitas protein dan aktivitas fungsional protein dalam sel. Di antara mekanisme kontrol pasca

transkripsi yang berbeda, inisiasi terjemahan dan perpanjangan menyediakan banyak pos

pemeriksaan yang dapat memengaruhi efisiensi penerjemahan. Banyak sinyal spesifik dalam mRNA

dapat menentukan frekuensi inisiasi terjemahan, pilihan kerangka bacaan terbuka, kecepatan

perpanjangan global dan lokal, dan lipatan protein yang muncul. Selain tanda tangan spesifik dalam

mRNA, juga variasi dalam kumpulan global komponen terjemahan, termasuk ribosom, tRNA, mRNA,

dan faktor terjemahan dapat mengubah efisiensi translasi. Hasil seluler dari fenomena seperti bias
kodon mR kadang-kadang sulit untuk dipahami karena kompleksitas kovariat yang mengejutkan yang

mempengaruhi penggunaan kodon, terjemahan, dan pelipatan protein. Di sini kami merangkum bukti

eksperimental tentang bagaimana ribosom — bersama-sama dengan komponen lain dari mesin

terjemahan — dapat mengubah efisiensi translasi mRNA pada tahap inisiasi dan perpanjangan dan

bagaimana kecepatan terjemahan memengaruhi lipatan protein. Kami berusaha menjelaskan temuan

ini dalam konteks kerja mekanistik pada ribosom. Hasilnya membantah pemahaman baru tentang

kontrol terjemahan sebagai hub yang menghubungkan homeostasis mRNA dengan produksi dan

kontrol kualitas protein dalam sel.

Kata kunci: ribosom; tRNA; sintesis dan pelipatan protein; mRNA kodon langka; jeda translasi

pengantar

Sponsor hibah: Max Planck Society, Deutsche Forschungs-

gemeinschaft; Nomor hibah: UNTUK 1806; Sponsor hibah: Program Sains Frontier Manusia; Nomor hibah: RGP0024 / 2010.

*Korespondensi untuk: Marina V. Rodnina, Departemen dari Biokimia Fisik, Institut Max Planck untuk Kimia

Biofisik, 3 7 0 7 7 G o€ t t i n g e n, G e r m a n y . E - m ai l : r o d n i n a @ m p i b p c . m p g . de

Sintesis protein adalah langkah mendasar dalam ekspresi gen, yang sangat menentukan komposisi dan kualitas proteom

seluler. Efisiensi transkripsi dan stabilitas mRNA membentuk kumpulan mRNA seluler. Terjemahan mRNA menjadi

protein dilakukan oleh ribosom dengan

Diterbitkan oleh Wiley-Blac k baik. VC 2016 Itu Protein Masyarakat PROTEIN ILMU 2016 VOL 00:00—
00 1
Gambar 1. Homeostasis mRNA dan protein. Jalur ekspresi gen terdiri dari beberapa level regulasi. Setelah transkripsi,

mRNA dapat didegradasi, disimpan atau digunakan untuk terjemahan. Efisiensi translasi mRNA individu (warna berbeda)

tergantung pada tanda tangan urutannya dan kumpulan komponen translasi. Pelipatan protein sering dimulai secara

bersama. Ketika terjemahan selesai, protein dilepaskan dari ribosom dan memenuhi fungsinya sampai terdegradasi oleh

protease seluler. Setiap langkah ini memungkinkan regulasi selektif ekspresi mRNA individu. Efisiensi transasional dapat

diatur pada saat inisiasi atau perpanjangan, menghasilkan pola distribusi ribosom yang berbeda pada

mRNA. Itu kecepatan dari terjemahan bisa mengatur protein Melipat (terang merah dan gelap merah protein lipatan).

bantuan faktor terjemahan, menggunakan aminoasil-tRNA (aa-tRNA) dan GTP sebagai substrat. Interaksi antara mRNA,

ribosom, faktor terjemahan, dan aa-tRNA mendefinisikan seberapa sering mRNA yang diberikan diterjemahkan dan

memastikan bahwa protein diproduksi dalam jumlah yang diperlukan dan mengasumsikan lipatan aktifnya yang

fungsional. Jumlah dan kualitas produksi protein dikendalikan pada dasarnya semua fase terjemahan, yang meliputi inisiasi

terjemahan, perpanjangan, penghentian, dan daur ulang ribosom.Protein yang muncul dari ribosom mulai dari lipat co-

terjemahan, sementara masih menempel pada ribo. Dalam banyak kasus lipatan yang benar membutuhkan bantuan

pendamping. Mesin kontrol kualitas sel kemudian mengontrol hasil protein produksi.

Inisiasi penerjemahan adalah langkah di mana ribosom memilih mRNA dan menemukan awal kerangka bacaan

terbuka (ORF) untuk terjemahan. Biasanya diasumsikan bahwa inisiasi lambat dibandingkan dengan perpanjangan,

meskipun tingkat inisiasi dapat sangat bervariasi untuk mRNA yang berbeda. Estimasi durasi inisiasi berkisar antara 10–60

detik dalam ragi 1,2 hingga 0,3–250 detik dalam Escherichia coli . 3,4 Inisiasi secara ketat diatur dalam eukariota oleh

berbagai mekanisme, mulai dari kontrol rekrutmen mRNA hingga modulasi aktivitas faktor inisiasi. 5–8 Pada bakteri,
efisiensi inisiasi dapat diatur juga, misalnya oleh struktur sekunder protein, RNA, metabolit, dan suhu yang diatur dari

mRNA yang mengontrol akses ke situs pengikatan ribosom (RBS) di awal ORF. 9,10 Selama perpanjangan terjemahan,

ribosom menerjemahkan ORF dengan memilih aa-tRNA yang sesuai dengan urutan kodon dalam mRNA dan mensintesis

polipida di peptidyl transferase centre (PTC). Rata-rata menilai dari Sebuah tunggal pemanjangan siklus aku s antara

1 dan 40 asam amino / s. Jadi, untuk protein rata-rata dalam E. coli (ca., 300 asam amino), waktu sintesis adalah sekitar

20 detik. Namun, proses perpanjangan tidak seragam, dengan periode sintesis cepat terganggu oleh jeda. Kecepatan

terjemahan global dan lokal memengaruhi jumlah dan kualitas protein yang disintesis; namun, asal mula penerjemahan

dijeda dan aturan yang menentukan kecepatan lokal dan akurasi terjemahan di berbagai daerah mRNA yang diberikan

tidak sepenuhnya dipahami. Akhirnya, terminasi trans- lasi dan daur ulang ribosom, yang keduanya relatif relatif lambat

terhadap siklus perpanjangan terjemahan, lepaskan polipeptida yang baru disintesis dan bongkar ribosom ke dalam

subunit kecil dan besar, yang dimasukkan ke dalam kolam ribo gratis. untuk putaran lain inisiasi.
Kemajuan terbaru dalam metode kuantitatif untuk

mempelajari terjemahan pada tingkat global in vivo , dikombinasikan dengan pendekatan bioinformatik dan biokimia,

bio-fisik, dan studi genetik pada mekanisme terjemahan in vitro , menunjukkan bahwa terjemahan merupakan titik

pemeriksaan penting untuk produksi protein di sel dan memberikan wawasan baru ke dalam mekanisme regulasi

terjemahan. Dalam ulasan ini , kami membahas bagaimana ribosom bersama-sama dengan komponen lain dari mesin

translasi dapat mengubah efisiensi translasi mRNA pada langkah inisiasi dan perpanjangan dan bagaimana kecepatan

terjemahan mempengaruhi pelipatan protein. Kami fokus pada temuan terbaru; tinjauan mendalam dari literatur

sebelumnya dapat ditemukan sebelumnya ulasan. 11–16

Efisiensi Terjemahan

Level-level stabil dari protein seluler dikontrol di berganda tahapan dari gen ekspresi, termasuk transkripsi, pemrosesan

dan pergantian mRNA, terjemahan mRNA, dan pergantian protein (Gbr. 1). Di
E. coli , menyalin jumlah protein individu jarak
dari 10 2 1 hingga 10 4 per sel (yaitu, dari satu molekul protein untuk 10 sel hingga 10.000 salinan per sel), dibandingkan

dengan nomor salinan mRNA yang berkisar dari 10 2 3 hingga 10 1 per sel. 17 Dalam ragi roti, sel mengandung 10 3 hingga

10 6 salinan protein individu yang disintesis dengan menerjemahkan 10 2 1 hingga 10 2 salinan masing-masing

mRNA. 18 Dalam sel mamalia, jumlah salinan protein dan mRNA masing-masing berkisar antara 10 1 hingga 10 8 dan 1

hingga 10 4 . 19,20 Perbedaan dalam jumlah protein dan mRNA menyiratkan bahwa harus ada langkah amplifikasi yang

mengontrol produksi protein pasca transkripsi. Sebagian, jumlah salinan mRNA dan protein masing-masing yang berbeda

dapat dijelaskan oleh perbedaan dalam masa hidup mRNA dan protein. Sebagai contoh, dalamE. coli mRNA dan waktu

paruh protein yang khas adalah 5 dan 180 menit, masing-masing , menunjukkan bahwa mRNA terdegradasi dalam

beberapa menit, sedangkan sebagian besar protein memiliki masa hidup lebih lama daripada waktu penggandaan

sel. Namun, perbedaan dalam masa hidup antara mRNA dan protein (rata-rata 36 kali lipat) masih terlalu kecil untuk

menjelaskan variasi yang diamati dalam jumlah protein per mRNA dalam kisaran 500 ( E. coli ) untuk
> 5000 (sel mamalia). 18,19
Dengan demikian, diamati

amplifikasi harus muncul pada tingkat terjemahan, yang dihasilkan dari putaran terjemahan berulang dari mRNA yang

sama oleh beberapa ribosom. Pada tingkat populasi sel, efisiensi terjemahan > 70% dari ragi dan sekitar 50% dari gen E.

coli terutama ditentukan oleh transkripsi dan stabilitas mRNA, 18,21 sedangkan efek terkait terjemahan bertanggung jawab

atas regulasi. dari hanya 13% ( E. coli ) 21 atau naik untuk 40% (membedakan sel mamalia) 22 gen. Yang mengejutkan, pada

tingkat sel tunggal, tampaknya ada sedikit korelasi antara tingkat mRNA dan protein. 17,19,20,23 Hal ini menunjukkan bahwa

kelimpahan sel protein baik secara dominan dikendalikan pada tingkat terjemahan 19,20,22 atau hasil dari pengalihan stokastik

transkripsi dalam kombinasi dengan degradasi mRNA dan apa yang disebut kebisingan ekstrinsik dalam

terjemahan, 24,25 disebabkan oleh misalnya ketersediaan ribosom, faktor terjemahan, atau mRNA.

Efisiensi translasi mRNA yang diberikan tergantung pada sejumlah faktor, seperti konsentrasi dalam sel dan urutan

(tanda tangan mRNA), serta pada sumber daya seluler yang tersedia, termasuk kumpulan ribosom gratis, a-tRNA dan

ketersediaan faktor terjemahan (tanda tangan pool). Selama fase inisiasi terjemahan, ribosom merekrut mRNA sesuai

dengan konsentrasi dan sifat-sifat RBS. Efisiensi translasi lebih lanjut dimodulasi pada fase perpanjangan karena

penggunaan kodon, struktur sekunder mRNA, dan sinyal stalling ribosom.Inisiasi dan elaborasi penerjemahan

berkontribusi pada frekuensi pemuatan ribosom dalam polisom, yang selanjutnya dapat mengubah efisiensi

translasi. Berikut ini, kami merangkum potensi tanda tangan pengaturan dalam mRNA
dan mekanisme yang berbeda dimana ribosom bersama dengan komponen lain dari mesin translasi dapat mengubah

efisiensi translasi suatu mRNA.

Inisiasi Terjemahan

Meskipun secara intuitif inisiasi harus memainkan peran dominan dalam regulasi terjemahan, dan ada banyak contoh

kontrol translasi melalui inisiasi, kontribusi yang tepat dari langkah inisiasi terhadap efisiensi penerjemahan mRNA

masih dalam perdebatan. Sebuah model prediktif untuk variasi kelimpahan protein pada bakteri menunjukkan bahwa

efisiensi inisiasi hanya menyumbang sebagian kecil (1-5%) dari variasi. 21,26 Sebaliknya, percobaan profil ribosom

menunjukkan bahwa inisiasi mungkin membatasi tingkat produksi protein, seperti yang terlihat dari akumulasi ribosom

pada kodon awal mRNA. 2,4,27 Kami mencatat bahwa tingkat akumulasi pada kodon awal — dan karenanya waktu

menunggu untuk inisiasi — dapat ditaksir terlalu tinggi karena perlakuan siklo-oksimida yang digunakan dalam alur

kerja pembuatan profil ribosom untuk menghentikan penerjemahan. 28 Proses inisiasi pada bakteri relatif sederhana dan

dipahami dengan baik. 29 Sebagai perbandingan, inisiasi pada eukariota jauh lebih kompleks, membutuhkan lebih banyak

faktor yang fungsinya tidak selalu sepenuhnya jelas, melibatkan jaringan interaksi kompleks antar faktor, dan merupakan

target dari beberapa mekanisme kontrol terjemahan. 5-8,30 Karena sistem bakteri lebih baik dipelajari, berikut ini kami

fokus pada mekanisme pemilihan RBS di Indonesia bakteri.

Pengalaman dari ekspresi protein pada E. coli menunjukkan bahwa RBS memainkan peran yang sangat

penting. Bahkan, alat online yang tersedia untuk memperkirakan efisiensi transportasi berdasarkan sifat termodinamika

RBS menghasilkan prediksi yang cukup baik. 31 Sebagai contoh, RBS sintetik dapat mengendalikan efisiensi translasi

pada setidaknya 100.000 kali lipat. 32 Kuantisasi efek global RBS

pada terjemahan menilai dan di mRNA stabilitas menggunakan


> 12.000 kombinasi sintetis yang umum pro-

moters dan RBSs menyatakan bahwa 30% variasi dapat dijelaskan oleh sifat-sifat RBS. 33 Meskipun efek RBS pada

efisiensi inisiasi dan stabilitas mRNA dapat digabungkan, perbedaan antara urutan RBS terlemah dan terkuat

(peningkatan 90 kali lipat dalam efisiensi terjemahan) hanya sesuai dengan peningkatan empat kali lipat dalam stabilitas

mRNA. 33 Dengan demikian, kontribusi inisiasi terjemahan untuk pengendalian efisiensi translasi adalah substansial, dan

penting untuk memahami parameter mana yang mengatur inisiasi yang efisien.
Pada bakteri, RBS meliputi nukleotida 20 Februari - 15 Januari sekitar terjemahan mulai kodon. 34 Fitur RBS yang

memengaruhi efisiensi inisiasi adalah: (1) sifat kodon awal; (2) itu

Gambar 2. Mekanisme partisi kinetik pemilihan mRNA. Pos pemeriksaan 1, kompleks docking awal dengan mRNA terikat

ke platform subunit 30S. 41 Checkpoint 2, pembentukan PIC 30S yang matang. Langkah yang ditunjukkan sebagai mRNA

berlangsung dapat memerlukan sejumlah perantara lebih lanjut, misalnya, pembentukan interaksi SD-aSD yang stabil,

penataan ulang subunit 30S, dan mungkin pengambilan sampel kodon start awal. Sebagai pos pemeriksaan terakhir,

terutama struktur sekunder RBS dipantau. Rekrutmen fMet-tRNA fMet ke 30S PIC, yang tidak ditampilkan sebagai langkah

terpisah, merupakan titik pemeriksaan kontrol untuk pemilihan fMet-tRNA fMet terhadap semua aa-tRNA lain karena interaksi

spesifik dengan IF2. Pos pemeriksaan 3, pembentukan IC 30S. Pengakuan kodon merupakan langkah komposit yang

memicu stabilisasi fMet-tRNA fMet mengikat dan destabilisasi IF3 mengikat dan mempromosikan perubahan konformasi lebih

lanjut dalam 30S IC; checkpoint 3 memilih terhadap ketidakcocokan dalam kompleks kodon-antikodon. Pos pemeriksaan

4, IC 70-an awal. Di sini, sifat-sifat RBS dirasakan. 38 Setelah hidrolisis GTP oleh IF2, faktor-faktor terdisosiasi,

menghasilkan pengetatan lebih lanjut dari interaksi 30S-50S dan pembentukan IC 70S dewasa yang siap untuk

perpanjangan terjemahan. 40 Dimodifikasi dari Ref. 35.

Urutan Shine-Dalgarno (SD) yang terletak di bagian hulu dari kodon awal dan berpasangan

dengan komplemen urutan dekat itu 3 0 akhir dari 16S rRNA (urutan anti-Shine-Dalgarno, aSD); (3) struktur sekunder

mRNA dekat lokasi awal; dan (4) Unsur kaya A / U dalam mRNA yang dikenali oleh protein bS1 dari subunit ribosom

kecil (30S). Meskipun AUG adalah kodon inisiasi yang paling umum, GUG dan UUG juga sering digunakan. Di sisi lain,

frekuensi salah inisiasi pada kodon AUG, GUG, atau UUG internal sangat rendah,menunjukkan bahwa ribosom

mengontrol pemilihan lokasi awal inisiasi. Kehadiran dan kekuatan SD atau struktur sekunder mRNA sangat bervariasi di
antara mRNA. Meskipun kekuatan SD-aSD interaksi dan tidak adanya struktur sekunder mRNA dalam RBS tampaknya

merupakan prediktor yang baik untuk efisiensi penerjemahan yang tinggi, masing-masing elemen ini sendiri tampaknya

memiliki efek terbatas atau untuk mengontrol efisiensi inisiasi hanya dalam konteks tertentu. Biasanya kombinasi elemen-

elemen ini berkontribusi pada perekrutan mRNA ke ribosom, dan struktur keseluruhan RBS dapat dianggap sebagai

elemen penting yang menentukan efisiensi dengan mRNA tertentu direkrut. 35 Perincian tentang bagaimana hal ini terjadi

secara mekanis dan apa kontribusi dari masing-masing elemen peraturan potensial dalam RBS tidak

sepenuhnya jelas, tetapi dapat dijelaskan secara umum oleh sifat multistep dari lembaga ini. proses. Ini aku

s dijelaskan di itu berikut.


Inisiasi penerjemahan pada hasil bakteri di

tiga langkah. Pada langkah pertama, sub-unit ribosom 30S merekrut tiga faktor inisiasi terjemahan IF1, IF2, dan IF3,

inisiator tRNA (fMet-tRNA fMet ) dan mRNA untuk membentuk prinisiasi 30S kompleks

(30S PIC). Meskipun faktor-faktor dan mRNA mengikat ke subunit 30S dalam urutan acak , ada rute dominan yang

disukai secara kinetik untuk 30S PIC . IF3 adalah faktor pertama yang direkrut, dengan waktu kedatangan < 1 ms,

diikuti oleh IF2 pada 1 ms dan IF1 setelah 30 ms. (Semua nilai diukur secara in vitro pada kondisi terjemahan yang

efisien pada 208C dan diekstrapolasi ke konsentrasi in vivo dari faktor-faktor 36 ). Inisiator fMet-tRNA fMet adalah yang

terakhir tiba setelah 100 ms. Mengikat mRNA tidak tergantung pada komponen lain dalam 30S PIC. Bukanlah penting

bahwa ribosom mengikat langsung ke kodon awal inisiasi; daerah beruntai tunggal dari mRNA di sekitar lokasi awal

sudah cukup untuk merekrut ribosom, yang kemudian mempromosikan pelepasan struktur sekunder dari mRNA di

sekitar RBS dan menyelaraskan mRNA kodon awal di lokasi subunit P 30S. 37 Proses penyelarasan mRNA, yang

mungkin mirip dengan pemindaian mRNA selama inisiasi terjemahan dalam eukariota, 30 berhenti ketika kodon awal

dikenali oleh antikodon fMet-tRNA fMet , menghasilkan sakelar afinitas dan pembentukan 30S yang stabil inisiasi

kompleks (30S IC). 36 Berikutnya, subunit ribosom besar (50S) bergabung 30S IC. Docking subunit 50S pada IC 30S

adalah proses bertahap yang bergantung pada pengenalan bentuk. IF2 mempromosikan docking subunit 50S, sedangkan

IF3 memperlambat reaksi. Ketiga faktor dan mRNA menentukan konformasi yang tepat dari subunit 30S dan posisi

fMet-tRNA fMet di kompleks, yang memodulasi laju perekrutan subunit 50S 38 dan stabilitas kompleks inisiasi 70S (IC
70S) . 39 50S subunit docking juga tergantung pada RBS di mRNA. RBS "optimal" memungkinkan docking subunit 50S

yang sangat cepat, dengan kedatangan waktu di itu mili detik jarak, sedangkan Sebuah

"Tidak optimal" RBS dapat menunda pembentukan IC 70S selama 5 detik. 38 Setelah pemisahan faktor inisiasi (yang

memakan waktu sekitar 300 ms 40 dan melibatkan hidrolisis GTP oleh IF2), mRNA dalam IC 70S berkomitmen untuk

terjemahan.

Jalur kompleks inisiasi terjemahan memberikan beberapa pos pemeriksaan kinetik yang mengontrol efisiensi

pembentukan IC 70S (Gbr. 2). Rekrutmen mRNA ke 30S PIC tergantung pada (i) konsentrasi mRNA dalam sel

(ditentukan oleh transkripsi dan stabilitas mRNA); (ii) konstanta laju pengikatannya pada ribosom, dan (iii) stabilitas

kinetik kompleks. Konstanta asosiasi dan laju disosiasi bervariasi dalam kisaran yang relatif luas, tergantung pada

mRNA. 36,37 Oleh karena itu, rekrutmen awal mRNA mungkin sudah mempengaruhi efisiensi translasi (pos pemeriksaan

1). Mengikat dari mRNA terstruktur ke situs siaga di plat 30S subunit 41,42 diikuti oleh pembukaan elemen struktur sekunder dan

akomodasi mRNA dalam saluran mRNA dari subunit 30S, yang dapat difasilitasi oleh pro - Minum bS1 dari subunit

30S. 43,44 Nasib mRNA pada titik ini tergantung pada partisi kinetik antara disosiasi mRNA (k 2 1 pada Gambar. 2) dan

berlangsung (k 2 ; pos pemeriksaan 2). Dengan demikian, mRNA dengan elemen struktur sekunder yang kuat yang

membuka secara perlahan lebih cenderung terlepas dari PIC 30S dan digantikan oleh mRNA lain daripada melanjutkan ke

IC 30S. Khususnya, protein bS1 mengikat mRNA melalui sekuens kaya AU. 45 Ini mungkin menjelaskan mengapa ekspresi

protein sangat tergantung pada kehadiran dari Kaya AU urutan di itu ORF 5 0 wilayah. 46 Berikutnya, kodon

start pemilihan beroperasi saklar afinitas yang mengarah ke penguncian dari mRNA dan fMet-tRNA fMet pada subunit

30S. 36 Ini melengkapi pos pemeriksaan berikutnya untuk pemilihan mRNA yang mendukung mRNA yang memiliki kodon

start kanonik (AUG) yang secara efisien dikenali oleh antikodon fMet-tRNA fMet (nilai tinggi k 3 , Gambar 2) dan tidak

disukai mRNA dengan kodon inisiasi nonkanonik ( nilai k 3 rendah) dengan menunda transisi ke IC 70S aktif (pos

pemeriksaan 3). Akhirnya, transisi dari IC 30S ke IC 70S menyediakan pos pemeriksaan terakhir untuk pemilihan mRNA

dan tRNA yang memantau detail interaksi SD-aSD dan kehadiran pasangan kodon-antikodon serumpun (pos pemeriksaan

4). 38,47 Dengan demikian, pemilihan mRNA dan tRNA terdiri dari beberapa pos pemeriksaan pemisah kinetik berturut-turut
yang mendukung langkah-langkah maju untuk substrat yang baik dan tidak menyukai atau menunda masuknya substrat

yang buruk lebih jauh ke dalam inisiasi.

Mekanisme partisi kinetik untuk diskriminasi mRNA sangat berbeda dari model yang hanya memperhitungkan

stabilitas termodinamika dari struktur sekunder pada interaksi RBS atau SD-aSD. 31 Kestabilan struktur sekunder tidak

perlu dan tidak mencukupi untuk

memprediksi efisiensi terjemahan . 33 Beberapa kelompok melaporkan pilihan untuk struktur dengan lipatan lemah di awal

gen. 46,48,49 Mekanisme


kinetik seleksi mRNA memprediksi bahwa, daripada stabilitas termodinamika , partisi kinetik antara

mRNA yang dilepaskan dan disosiasi dari subunit 30S menentukan efisiensi perekrutan mRNA ke ribosom. Demikian

pula, sementara dalam beberapa kasus model termodinamika dapat memberikan prediksi yang baik untuk efisiensi

terjemahan, khususnya ketika elemen RBS sintetis dipelajari, 32banyak mRNA seluler yang memiliki sekuens SD lemah

diterjemahkan dengan sangat efisien. Model partisi kinetik akan memprediksi bahwa interaksi SD-aSD yang kuat

mungkin memiliki peran menstabilkan di check-point 3 (Gbr. 2), tetapi juga dapat mempengaruhi 50S subunit

bergabung; dengan demikian, efek bersih dari SD yang kuat mungkin sulit diprediksi. Durasi keseluruhan inisiasi, dan

dengan demikian efisiensi terjemahan mRNA yang diberikan, akan tergantung pada kecepatan dan efisiensi yang

digunakan setiap pos pemeriksaan aku s berlalu, menyediakan Sebuah besar rentang dinamis dari respons bertahap ke

berbagai RBS jenis.

Akhirnya, kecepatan perpanjangan terjemahan tergantung pada formasi polisom. Sebagai contoh, studi inisiasi

translasi dalam sistem bebas sel menunjukkan bahwa inisiasi pertama pada mRNA lebih lambat daripada inisiasi

berikutnya, 50 yang mungkin disebabkan oleh perubahan dalam struktur mRNA setelah diterjemahkan oleh ribosom

pertama dalam polisom atau interaksi antara ribosom di polisom. 51 Mempertimbangkan mekanisme kompleks pemilihan

mRNA dapat membantu untuk memahami kontribusi masing-masing elemen dalam RBS terhadap regulasi efisiensi

penerjemahan keseluruhan, memungkinkan penilaian yang lebih akurat untuk translatabilitas mRNA di vivo .

Prosesi perpanjangan

Penggunaan kodon sepanjang komposisi mRNA dan asam amino berkontribusi 12-26% dari total variasi korelasi

mRNA-protein pada bakteri 21,26 dan 30% dalam sel manusia. 52,53 Untuk urutan protein tertentu, beberapa derajat

kebebasan masih tetap yang memungkinkan evolusi menyesuaikan efisiensi dan kesetiaan ekspresi gen dalam berbagai
kondisi. 54 Fase perpanjangan sintesis protein dapat memengaruhi efisiensi translasi keseluruhan dalam tiga cara. Pertama,

peningkatan kecepatan terjemahan memungkinkan pergantian ribosom yang lebih cepat dan pemuatan ribosom berikut

yang lebih efisien ke mRNA, yang akan meningkatkan kepadatan ribosom pada mRNA yang diberikan. Pergantian

ribosom yang cepat tampaknya penting, karena produksi protein, misalnya dalam sel ragi, biasanya dibatasi oleh

ketersediaan ribosom bebas. 55 Densitas ribosom pada mRNA berkorelasi sangat baik dengan kelimpahan protein dan

memberikan indikator yang dapat diandalkan untuk prediksi efisiensi terjemahan absolut. 56 Ribosome mengulur

waktu terjadi di itu awal dari itu mRNA,mungkin

Gambar 3. Tautan antara perpanjangan terjemahan dan terjemahan tidak seragam. Perpanjangan mencakup tiga langkah,

decoding, pembentukan ikatan peptida dan translokasi. Selama decoding, EF-Tu pada bakteri (atau eEF1 a dalam

eukariota) mengirimkan aa-tRNA ke situs A dari ribosom. Faktor-faktor ini adalah GTPase yang dalam konformasinya yang

terikat GTP membentuk kompleks terner dengan afinitas tinggi dengan aAtRNA dan GTP yang, pada gilirannya, berikatan

dengan ribosom dan, setelah hidrolisis GTP, melepaskan aa-tRNA untuk mengakomodasi di PTC. Ribosom memilih aa-

tRNA yang serumpun dengan kodon di situs A (kuning) di antara aa-tRNA lainnya. Ini bisa hampir-serumpun (oranye),

hampir-serumpun (hijau) atau non-serumpun (biru). Pembentukan ikatan peptida antara aa-tRNA di situs A dan pept-tRNA

di situs P dikatalisis oleh ribosom dan biasanya tidak memerlukan protein tambahan. Reaksi transfer peptidil antara dua

residu Pro membutuhkan EF-P (eIF5A dalam eukariota). Translokasi dikatalisis oleh EF-G (eEF2 dalam eukariota) dengan

biaya hidrolisis GTP.Ribosom, aa-tRNA dan faktor-faktornya adalah semua pemain aktif, dan interaksi yang tepat di antara
mereka menentukan kecepatan dan ketepatan terjemahan yang sebenarnya. Callout merangkum sumber potensial

ketidakseragaman translasi pada setiap langkah perpanjangan siklus.

hasil di ribosom mengantri dan inhibisi dari terjemahan inisiasi. 57

Kedua, daerah pengkode mRNA mungkin memerlukan sinyal peraturan untuk semburan terjemahan dan jeda,

yang bersama-sama menentukan waktu sintesis dan menyebabkan ribosom tumpukan-up di kodon tertentu. Semburan

dan jeda dapat berasal dari banyak faktor,seperti laju kodon spesifik dari pengiriman aa-tRNA serumpun ke ribosom,

kelimpahan aa-tRNA, atau konteks kodon . 58 Jeda dapat disebabkan oleh unsur-unsur mendatang struc- sekunder di

mRNA. 29,48,59 Peptida dan ami-noacyl gugus melekat pada tRNA di situs P dan A,masing-masing, dapat menipiskan tingkat

pembentukan ikatan peptida, sehingga mempengaruhi proses ribosom . 60–

62
Akhirnya, tabrakan antara ribosom individu dalam polisom dan kerjasama antara menerjemahkan ribosom dan mesin

transkripsi juga dapat memainkan peran. 63Sebagai hasil dari interaksi yang kompleks ini, beberapa kodon dijabarkan lebih

cepat atau lebih lambat dari rata-rata, yang, tingkat terjemahan tidak seragam sepanjang

mRNA. Faktanya, profil ribosom menunjukkan bahwa kepadatan ribosom sepanjang mRNA bervariasi secara

dramatis. Namun, puncak hunian tinggi tidak berkorelasi dengan kodon tertentu , 27,64,65 dan

tidak jelas yang menampilkan mRNA menyebabkan puncak dan palung dari hunian ribosom.

Ketiga, perubahan dalam kecepatan terjemahan lokal dapat mengubah kesetiaan terjemahan dan pengaruhnya kualitas

produk protein, yang dapat menghasilkan protein yang salah atau salah lipatan yang harus dihilangkan oleh mesin kontrol

kualitas seluler. Khusus untuk fase perpanjangan, sulit untuk menetapkan efek yang diamati secara khusus untuk tanda

tangan mRNA individu, karena sebagian besar efek dapat disebabkan oleh variasi paralel dalam sinyal kolam. Berikut

ini, kita akan membahas bagaimana elemen dari urutan mRNA dan komposisi asam amino dari protein nascent dapat

memodulasi perpanjangan terjemahan. tarif.


Perpanjangan terjemahan mencakup tiga tangga,
decoding, pembentukan ikatan peptida, dan translokasi tRNA-mRNA (Gbr. 3). Selama langkah decoding, aRNA di

kompleks terner dengan EF-Tu dan GTP berikatan dengan ribosom sesuai dengan kodon mRNA yang terpapar di situs

A. Decoding adalah proses multistep yang melibatkan dua tahap utama, pemilihan awal kompleks terner sebelum

hidrolisis GTP oleh EF-Tu dan akomodasi a-tRNA setelah hidrolisis GTP dan pelepasan dari EF-Tu-GDP. Selama tahap

seleksi awal, banyak kompleks terner berbeda bersaing untuk mengikat ribosom, memungkinkan ribosom untuk memilih

aa-tRNA yang serumpun dengan kodon mRNA. Kodon-antikodon interaksi

mengaktifkan hidrolisis GTP oleh EF-Tu, menghasilkan perubahan konformasi dalam kompleks yang membuat a-tRNA

bebas dari EF-Tu. Sementara faktor terdisosiasi dari ribosom, ujung 3 'aa-tRNA bergerak melalui ribosom ke situs A dari

PTC pada subunit 50S sehingga siap untuk bereaksi dengan peptidyl-tRNA di situs P. Akhirnya, selama langkah

translokasi, tRNA terdeasilasi yang dihasilkan dan peptidyl-tRNA baru yang diperpanjang oleh satu perpindahan asam

amino dari situs A dan P ke situs P dan E, masing-masing, dengan bantuanEF-G-GTP. Masing-masing dari tiga langkah

dapat mempengaruhi tingkat terjemahan lokal seperti yang dijelaskan di bawah.

Decoding, Pools tRNA, dan Codon Langka

Dalam setiap putaran perpanjangan, aa-tRNA yang serumpun dengan kodon yang diberikan hanya merupakan sebagian

kecil dari total aa-tRNA pool (Gbr. 3). Kompleks terner dekat dan noncognate dapat bersaing dengan yang terserat untuk

pengikatan awal dengan ribosom sampai tRNA mengenali kodon di situs A. 66 Serumpun kompleks kodon-antikodon yang

distabilkan oleh interaksi dengan ribosom. 67 Sebaliknya, jika ada ketidakcocokan di kompleks kodon-antikodon, ribosom

dalam kebanyakan kasus tidak mengakui kompleks sebagai kognitif, dan kompleks terner cepat memisahkan dari ribosom

tanpa GTP sis hydroly-. Pengikatan kompleks terner kognitif yang berbeda dengan ribosom memiliki kinetika yang

sebagian besar seragam yang tidak tergantung pada tRNA dan asam amino 68 atau dari kandungan GC kompleks kodon-

antikodon. 69-71 Selanjutnya, tingkat langkah-langkah decoding awal, yang meliputi mengikat awal kompleks terner ke

ribosom dan kodon ing read, adalah sama untuk serumpun, dekat-kognitif, dan non kompleks serumpun, 70 sebagai

perbedaan yang dirasakan hanya setelah ribosom telah memeriksa geometri kompleks kodon-antikodon di situs

decoding. Oleh karena itu, pada langkah seleksi awal, laju efektif penguraian tergantung pada konsentrasi aa-tRNA

serumpun dibandingkan dengan semua aRNA lainnya dalam kumpulan kompleks terner. Selain itu, karena ada perbedaan
antara tingkat disosiasi kompleks terner dekat dan non-serumpun, itu juga penting berapa banyak kompleks terner dengan

dekat-serumpun (dibandingkan dengan non-serumpun) aRNA dapat membaca kodon tertentu dan apa

konsentrasinya. Redundansi kode genetik memungkinkan pilihan antara kodon alternatif untuk asam amino yang sama,

atau antara isoacceptor aAtRNA. Perbedaan tingkat dalam membaca kodon kogon yang berbeda oleh isoacceptor tRNA

yang diberikan adalah tidak besar, biasanya dalam faktor dua, jika dua posisi kodon pertama mensyaratkan pasangan basa

Watson-Crick dan posisi 3 Watson-Crick atau pasangan basa goyangan. Dalam beberapa kasus, isoacceptor tRNA dapat

secara efisien membaca basis non-Watson-Crick dan non-goyangan

di itu ketiga kodon posisi dari itu sama kodon keluarga.

Misalnya, tRNA Ala , yang biasanya membaca kodon GCU, GCA, dan GCG, juga dapat membaca GCC kodon (biasanya

dibaca oleh tRNA Ala ) sebagai hampir-serumpun, dengan tingkat yang menengah antara kompleks ternary dekat dan

serumpun. 69 Efek dari kinetika pengikat dan konsentrasi saja dapat menghasilkan decoding yang tidak seragam di

sepanjang mRNA. Proses decoding selanjutnya dimodulasi oleh modifikasi tRNA dan kemampuan beberapa pasangan

untuk menjalani tautomerisasi, seperti pasangan basa GU, yang dapat mengasumsikan konformasi yang diakui oleh

ribosom sebagai serumpun. 72 Khususnya, karena pada kondisi sintesis protein aktif konsentrasi aa-tRNA bebas tidak

tinggi relatif terhadap ribosom, ketersediaan tRNA tertentu dapat bergantung pada profil keseluruhan transkriptom dan

dapat berubah dengan fase pertumbuhan dan kondisi stres. Ini mungkin benar terutama untuk sel eukariotik, di mana

transkripsi tRNA (dan mungkin modifikasi tRNA 73 ) diatur. Dengan demikian, komposisi kumpulan tRNA dapat

berkontribusi pada efisiensi penerjemahan dengan memodulasi penguraian tarif.

Salah satu sumber penting dari terjemahan yang tidak seragam adalah adanya kodon langka di mRNA, atau

kodon yang mengandung tRNA serumpun dalam jumlah rendah. Faktanya, frekuensi kodon sinonim dan konsentrasi

masing-masing tRNA dapat berbeda lebih dari urutan besarnya (untuk ulasan, lihat referensi 11). Kehadiran kodon

langka dalam mRNA memiliki efek yang terdokumentasi dengan baik pada stabilitas mRNA, akurasi 74-76 penggabungan

asam amino, dan pelipatan protein. Kodon langka sering ditemukan pada batas-batas antara domain protein, di mana

ribo-beberapa berhenti dianggap menipiskan lipat vektor dari domain protein yang baru lahir, dan sebagai hasilnya

menentukan seberapa banyak lipatan yang benar, protein larut hadir dalam sel. 12,77 Efeknya dapat langsung, dengan
memperlambat terjemahan pada kodon yang langka, karena dibaca oleh tRNA dengan kelimpahan rendah, atau tidak

langsung, karena kovariat, seperti struktur dan stabilitas mRNA yang berubah, perubahan dalam kesetiaan terjemahan

atau penampilan dari urutan SD-seperti internal sebagai hasil dari penggantian sinonim. 64 Pengukuran langsung dari

tingkat terjemahan pada kodon langka yang berbeda menunjukkan bahwa mereka sebenarnya diterjemahkan lebih lambat

dari kodon yang melimpah, dengan variasi laju yang diamati berkisar antara 3- dan 25 kali lipat. 78-88 Sebaliknya,

percobaan profil ribosom awal tidak menemukan korelasi yang signifikan antara hunian ribosom dan kodon

langka. 64,65,89 Ini mungkin karena efeknya tidak terlalu kuat, 11 atau karena kodon sinonim tidak memperlambat terjemahan

dan efek yang diamati pada produksi protein dan kelarutan adalah karena kovariat. Analisis ulang terbaru dari data profil

ribosom menunjukkan bahwa ribosom memang mengantri pada kodon langka, menunjukkan terjemahan yang lebih

lambat; Namun, efeknya pada hunian ribosom tidak besar, dua kali lipat di

paling. 90,91 Jadi, meskipun ada efek yang jelas dari kodon langka pada terjemahan, interpretasinya dalam hal tanda tangan

mRNA tertentu tetap Buka.

Satu penjelasan potensial untuk efek kodon langka adalah bahwa ia bertindak melalui kumpulan tRNA. Yang pasti,

waktu decoding tampaknya tidak berkorelasi dengan tingkat aa-tRNA, melainkan dengan konsentrasi tRNA total 91 ; alasan

dan implikasi dari pengamatan ini tidak jelas. Efek penggunaan kodon juga tergantung pada keseimbangan permintaan dan

pasokan dalam sel. Pada kondisi pertumbuhan normal, penggunaan kodon dan kelimpahan tRNA cukup seimbang

sehubungan dengan hubungan penawaran permintaan kodon - tRNA, sehingga decoding kodon langka tidak secara

signifikan lebih lambat daripada yang berlimpah. 4,14,65 Ketika fluks melalui ORF diubah oleh stres, misalnya pada protein

berlebih, pertumbuhan cepat, kelaparan nutrisi, atau adaptasi terhadap perubahan lingkungan, konsentrasi ribosom bebas

dan tRNA dapat berubah juga, menyebabkan pergeseran dalam ketersediaan aa-tRNA tunggal dan dalam komposisi

kumpulan tRNA gratis. Hal ini dapat menyebabkan gangguan pada tingkat mapan tingkat permintaan-penawaran dan

mengubah tingkat mRNA dengan ribosom. 4 Pada kondisi seperti itu, laju terjemahan kodon yang langka (dan banyak)

dapat berubah dengan cara yang sulit untuk diperkirakan dan menyebabkan efek yang diamati pada produksi protein,

kelarutan, dan fungsi. Juga pada kondisi pertumbuhan yang optimal, keseimbangan permintaan-penawaran mungkin “tidak

sempurna,” karena penghentian mungkin diperlukan untuk mengatur pelipatan protein. 91 Dengan demikian, urutan mRNA
dan kolam tRNA memberikan tambahan, kaya kerangka tional INFORMATION yang mungkin menentukan proteome sel

di luar aturan genetik kode.

Distribusi kodon di sepanjang mRNA mungkin penting juga. Cluster kodon identik dapat bertindak sebagai 'spons

tRNA' yang menghabiskan kumpulan tRNA masing-masing dan memperlambat terjemahan masing-masing kodon hilir.

Atau, telah disarankan bahwa cluster tersebut dapat menyebabkan peningkatan terjemahan dalam eukariota karena

penggunaan ulang lokal tRNAs 92 ; rincian mekanisme semacam itu dan apakah ia beroperasi in vivo masih belum jelas. Di

semua kerajaan kehidupan, kodon langka tampaknya terlalu terwakili dalam 90-150 nukleotida ORF pertama. 49,53 “jalan

efisiensi rendah” yang terdiri dari kodon langka pada awal mRNA dapat mengontrol laju aliran terjemahan ribosom

dengan membentuk hambatan lalu lintas awal. 93 Namun, data profil ribosom baru-baru ini tidak mendukung hipotesis

ramp translasional dan memberikan penjelasan teknis untuk penampilan landai yang diduga dalam profil ribosom studi. 94

Atau, perpanjangan yang lambat dapat memfasilitasi perekrutan chaperone dan enzim modifikasi rantai yang baru

lahir ke peptida yang baru lahir yang muncul dari ribosom. 95–97 Bahkan, aktif

menerjemahkan ribosom mencapai afinitas yang lebih tinggi terhadap partikel pengenal sinyal (SRP) daripada pita

kosong bahkan sebelum urutan jangkar sinyal dalam peptida yang baru lahir, yang diakui SRP sebagai sinyal untuk

penargetan membran, muncul dari terowongan keluar polipeptida, 98 tetapi efek pada protein pengikat nascent-peptide

lainnya tidak diketahui. Kluster kodon langka 35-40 kodon di hilir situs pengikatan SRP, yang merupakan panjang

peptida yang baru lahir yang membentang di terowongan keluar ribosom, dapat mengakibatkan perlambatan terjemahan

lokal dan secara kinetik meningkatkan pengenalan oleh ribosom terkait faktor-faktor. 95,99

Mungkin penjelasan yang paling mungkin untuk kodon langka pada awal gen disediakan oleh analisis

ekspresi > 14.000 kombinasi promotor, sekuens RBS, dan kodon N-terminal. 29 Analisis ini menunjukkan bahwa

efisiensi penerjemahan paling berkorelasi dengan kecenderungan penurunan mRNA untuk membentuk elemen struktur

sekunder. 48.100 Selanjutnya, analisis genom lengkap dari 340 spesies termasuk bakteri, archaea, jamur, tanaman, serangga,

ikan, burung, dan mamalia menunjukkan bahwa hampir semua spesies menunjukkan bukti berkurangnya struktur

sekunder mRNA dekat kodon awal. 101 Dengan demikian, distribusi kodon langka khusus pada awal ORF dapat

meningkatkan efisiensi inisiasi terjemahan di semua organisme, daripada mengatur lalu lintas ribosom selama
perpanjangan. Strategi untuk mengoptimalkan laju terjemahan dengan menghindari struktur sekunder mRNA dengan

biaya mempertahankan kodon langka mungkin menjadi kendala penting pada kodon pilihan. 102

Stalling Ribosome yang dimediasi oleh Peptida

Penyebab lain dari keterlambatan translasi adalah transfer peptidyl yang tidak efisien (Gbr. 3). Karena perbedaan sifat

fisiko-kimia asam amino, laju intrinsik pembentukan ikatan peptida tergantung pada identitas peptidil-tRNA dan aa-

tRNA dalam P- dan A-situs, masing-masing. 62 Namun, untuk kebanyakan kombinasi, laju intrinsik pembentukan ikatan

peptida tinggi, dan laju efektif penggabungan asam amino ditentukan oleh akomodasi itu aa-

tRNA di itu SEBUAH situs 66 Karena itu, itu Langkah kimia biasanya memiliki sedikit efek pada keseluruhan tingkat

terjemahan. Namun, ada beberapa pengecualian penting. Itu amino acid proline (Pro) aku

s Sebuah miskin Akseptor situs dari bagian peptidyl selama pembentukan ikatan peptida 103.104 dan membuat donor peptidil

yang buruk di situs P. 60–62 Memang, ada banyak contoh yang menunjukkan bahwa keberadaan bentangan kodon Pro dalam

mRNA dapat memiliki pengaruh dramatis pada terjemahan. Urutan poli (Pro) menyebabkan kemacetan selama

penerjemahan pada bakteri dan eukariota dan membutuhkan faktor terjemahan khusus, EF-P dan eIF5A pada bakteri dan

eukariota, masing-masing, untuk mengurangi kemacetan. 60.105.106 Itu minimum motif bahwa

elicits Pro-dependent stalling berisi dua res Pro dalam konteks khusus, seperti P / D / APP atau PPP / G / W / N /

D. 57.107.108 Alasan reaktivitas Pro yang buruk tidak sepenuhnya jelas. Kemungkinan besar, sifat sterik Pro dalam kombinasi

dengan pembatasan yang diberlakukan oleh pusat peptidil transferase ribosom membuatnya sangat lambat. Sebagai

perbandingan, sifat elektronik atau kemampuan untuk menjalani isomerisasi cis-trans kurang penting. 109 Dalam beberapa

kasus, kemacetan ribosom yang dipicu oleh Pro mengarah pada penandaan dan degradasi peptida yang dimediasi tmRNA

oleh mekanisme trans-translasi. 110–112 Pro hadir dalam banyak sekuens peptida yang diketahui menginduksi stalling

regulator terprogram, seperti sekuens bakteri SecM dan TnaC, serta human cytomegalovirus (CMV) uORF2 dari

gp24. 113 Urutan seperti itu dapat menyebabkan ribosom macet sebagai respons terhadap kondisi metabolisme tertentu atau

adanya antibiotik. 114 Kecuali untuk efek langsung dari Pro, sekuens mengulur ini secara khusus terlibat dalam interaksi

dengan residu dalam terowongan keluar peptida ribosom untuk mendapatkan kemacetan. 115 Ada juga urutan stalling yang

tidak bergantung pada Pro stalling, seperti ErmCL dan ErmBL. 116 Fitur umum untuk semua urutan yang macet adalah
itu mereka menghambat reaksi peptidil transferase dengan menginduksi misalignment kelompok reaktif di pusat peptidil

transferase ribosom. 115 Interaksi peptida yang baru lahir dengan dinding terowongan keluar, khususnya dengan daerah kritis

pada konstriksi yang dibentuk oleh protein ribosomal uL22 / uL4, dan sistem relai yang mentransmisikan peristiwa-

peristiwa pengenalan ini dari terowongan ke PTC adalah fitur penting dari sinyal penangkapan . 114–116

Berhenti sebentar di Kode Glycine dan Urutan SD Internal

Asam amino lain yang dapat menyebabkan pembentukan ikatan peptida lambat adalah glisin (Gly). Bahkan, percobaan

profil ribosom mengungkapkan bahwa motif triplyide kaya-Gly memiliki skor jeda tertinggi dalam E. coli . 117 Namun,

karena kodon Gly dalam mRNA dapat bertindak sebagai urutan seperti SD internal (misalnya, GGAGGA), jeda ini sulit

dibedakan dari yang disebabkan oleh translokasi tRNA-mRNA yang mungkin tidak efisien yang disebabkan oleh interaksi

SD-aSD. Eksperimen molekul tunggal menunjukkan bahwa translokasi tRNA memang diperlambat oleh interaksi SD-

aSD. 118.119 Berdasarkan posisi hunian ribosom yang lebih tinggi relatif terhadap kodon Gly, tampaknya lebih mungkin

bahwa sekuen seperti SD internal (daripada decoding lambat kodon Gly atau reaksi transfer peptidil yang tidak efisien

dengan Gly) adalah penentu utama jeda translasional dalam Bacte- ria. 89 Sebaliknya, ribosom halus profil penelitian

terbaru serta tes biokimia menunjukkan bahwa internal yang motif SD memiliki sedikit (jika ada) berpengaruh pada tingkat

agregasi elon-. 120 Temuan terakhir ada di persetujuan

Gambar 4. Representasi skematis dari penampang ribosom dengan peptida yang baru lahir. Terowongan keluar
peptida ( panjang keseluruhan 100 A˚ ) bisa menjadi separat e d ke tiga zona lipat , seperti yang ditunjukkan. 154
Protein
ribosomal uL4 dan uL22 membentuk penyempitan. Protein uL23 dan residu 23S rRNA di wilayah terowongan atas
(ditandai dengan cahaya) dapat memberi sinyal peristiwa di terowongan ke PTC dan permukaan ribosom di sekitar pintu
keluar Pelabuhan. 115
dengan data biokimia menunjukkan bahwa urutan SD internal tidak memiliki efek yang signifikan pada kecepatan

translokasi pada kondisi terjemahan cepat. 59 Selanjutnya, berhenti di ribosom profil dataset terjadi ketika Gly kodon

berada di situs E, bukan di posisi interaksi SD- ASD yang diduga. Selain itu, menunda kodon Gly mungkin terkait

dengan aksi kloramfenikol, antibiotik yang biasanya digunakan untuk menghentikan terjemahan dalam alur

kerja pembuatan profil ribosom . 120

Namun, data lain berpendapat mendukung urutan SD menjadi penentu penting bagi ribo-stalling. Sepasang kodon

Gly, GGA-GGU, yang merupakan kecocokan SD-aSD yang sempurna, mengurangi kecepatan penerjemahan saat

menempatkan sekitar 9 nukleotida di bagian atas kios translasi. 87 Produksi enzim bakteri metabolik berkorelasi negatif

dengan frekuensi motif dengan afinitas tinggi untuk urutan aSD. 121 Urutan SD internal juga memodulasi ribosom

mengulur-ulur di situs pergeseran bingkai dnaX bakteri. 122 Secara keseluruhan, sementara kodon Gly atau urutan SD

internal biasanya tidak menyebabkan jeda translasi, tampaknya dalam konteks tertentu mereka mungkin memodulasi

tingkat terjemahan, mungkin dalam kombinasi dengan yang lain, belum diketahui faktor-faktor.

Penerjemahan Dijeda Dimediasi oleh Arginine dan Codys Lysine

Terjemahan yang sering menurunkan regulasi oleh kodon untuk argi- sembilan (Arg)

dan lisin (Lys), tetapi karena dari sebuah jumlah besar dari co-variates itu seringkali

sulit untuk memahami para mekanisme. Asam amino poli-basa membentang

berkontribusi untuk memperlambat dari para ribosom dan sebuah puncak jejak kaki ribosom pada mRNA. 64 Salah

satu dari yang kodon Arg (AGG) adalah diterjemahkan oleh sebuah tRNA yang merupakan sangat langka di E. coli ; dengan

demikian, efeknya dapat dihasilkan dari dekode yang lambat . 81 Tandem Arg kodon AGG dan AGA dapat muncul sebagai internal

yang SD urutan, yang dapat menjelaskan dengan terjemahan jeda dalam melaporkan rekayasa sistem di vivo . 87 Selanjutnya,

terjemahan dalam kelinci reticulo- cyte lisat yang dihambat oleh poli (Lys) dan poli (Arg)

urutan. 125 Khususnya, peptida ikatan formasi dengan sin- gle Lys dan Arg residu adalah cepat 62 ; dengan

demikian, efek di dalam pusat peptidil transferase tidak dapat menjelaskan untuk yang diamati Arg / Lys-

dimediasi terjemahan penangkapan. Posi-


˚ dari m th e P T C (Fi g . 4 ) . Thu s , t dia
segmen peptida yang terisi penuh menyebabkan jeda ketika t h e y ar e 10 - 2 0 A

kemungkinan besar penjelasan adalah bahwa patch dari residu bermuatan positif di dalam peptida baru lahir

berinteraksi dengan bermuatan negatif keluar dinding terowongan dan ini interaksi elektrostatik memodulasi tingkat

terjemahan. 123.124 ini adalah didukung oleh ribosom profil Data yang menunjukkan bahwa daerah dengan ribo-

tertinggi somal hunian di sepanjang mRNA sering karena untuk pos- biaya itive di dalam peptida baru lahir, dan bahwa

ini memperlambat efek tidak dapat dapat dipertanggungjawabkan untuk oleh mRNA struc- mendatang atau dengan kodon

penggunaan Bias. 64

Peregangan kodon AAA berturut-turut, salah satu dari dua kodon yang menyandikan Lys, memiliki efek lain pada

terjemahan. Memasukkan kodon AAA berturut-turut ke dalam reporter memiliki dampak negatif yang lebih kuat pada

ekspresi protein daripada memasukkan kodon AAG sinonim dalam jumlah yang setara di kedua eukariota dan Bacte-

ria. 125.126 Ikatan Peptida pembentukan antara dua consecu- tive Lys residu adalah mengherankan lambat, sehingga ribosom

mengulur-ulur. 125 Ribosome yang menunda kodon Lys memicu meluncurnya ribosom pada kodon AAA yang

berurutan. Ketika ribosom melanjutkan terjemahan, mereka mungkin bergeser dalam bingkai pembacaan yang salah

dalam ORF. Ribo-som menerjemahkan dalam frame 2 1 atau 1 1 biasanya dengan cepat menemukan out-of-

frame berhenti kodon bahwa mengakibatkan penghentian. Dalam eukariota, peristiwa terminasi dini

tersebut target itu mRNA untuk pembusukan dimediasi omong kosong . 125 Meskipun sekuens semacam itu tidak terwakili

dalam gen dari banyak organisme eukariotik, ekspresinya dari tentang 2% dari gen di itu manusia genom

mungkin menjadi subyek untuk ini bentuk dari peraturan. 126

Ribosome Jeda di Elemen Struktur Sekunder mRNA

Terjemahan jeda disebabkan oleh mRNA sekunder struc- mendatang elemen bisa dibilang adalah contoh dipelajari

setidaknya untuk terjemahan non-seragam. Seperti dijelaskan di atas, sek- struktur ondary di RBS

dan awal dari ORF merupakan indikator penting dari terjemahan effi- efisiensi. 29,48,127 Namun, peran dari membangun struktur

struc- sekunder di dalam tengah dari ORFs adalah kurang jelas. Kimia menyelidik dari yang Struktur dari ragi mRNA

menyarankan bahwa dari > 20.000 daerah mRNA diperiksa (repre- senting ca. 2000 transkrip) hanya sekitar 4% adalah

tersusun di vivo , dibandingkan untuk 24% di vitro . 128 Struktur potensial yang tersisa harus terganggu selama
perpanjangan untuk memungkinkan pergerakan ribo sepanjang itu mRNA. Eksperimen penjepit optik menunjukkan

bahwa translokasi dan pelepasan mRNA adalah fungsi yang digabungkan secara ketat dari ribosom 118 ; dengan demikian,

keseluruhan tingkat terjemahan mungkin tergantung pada struktur sekunder mRNA pada kondisi ketika decoding cepat.

Unsur-unsur yang stabil secara termodinamik dalam struktur sekunder mRNA, seperti pseudoknots dan batang-loop,

diketahui memperlambat gerakan ribosom di sepanjang mRNA, misalnya pada urutan yang menyebabkan ribosom yang

diprogram mengubah kerangka. 129–131 Kinetik percobaan menunjukkan bahwa pseudoknot hadir dalam bron- menular

chitis virus 1a / 1b mRNA menghambat ribosom ics dynam- dengan memperlambat (15 kali lipat)

yang berputar gerakan dari itu 30-an kepala di itu arah dari itu 3 0 akhir dari itu mRNA. 129 Ini gerakan aku s penting untuk

pergerakan tRNA-mRNA dalam translokasi. 132 Namun , elemen mRNA yang merangsang perubahan bentuk bingkai

mungkin sangat istimewa dan mungkin telah berevolusi untuk menghentikan ribosom. Dalam terjemahan normal,

ribosom dapat melepas hilir heliks dari stabilitas yang cukup besar, termasuk pelepasan helix 27 pasangan-pasangan yang

sempurna diprediksi T m 5 708C. 133 Itu helicase aku s terbentuk oleh protein ribosomal uS3, uS4, dan uS5 di pintu masuk

mRNA dari subunit ribosom kecil dan diharapkan bekerja pada nukleotida 1 11 dari mRNA (dihitung dari nukleotida

pertama kodon situs-P). 133 Meskipun ada aktivitas helicase telah telah secara

eksperimental ditampilkan untuk hanya ribosom bakteri , itu mekanisme aku s sangat mungkin untuk bekerja di kedua pro

dan eukariota, karena tiga protein itu bersifat universal dan residu di AS3 dan AS5 yang terlibat langsung dalam aktivitas

helicase dilestarikan secara evolusioner. 129 The ribosome helicase

tidak tidak memerlukan GTP atau ATP sebagai sebuah energi sumber. 133 Eksperimen penjepit optik menunjukkan bahwa

laju trans lation sangat dipengaruhi oleh kandungan GC dari struktur yang terlipat di situs entri mRNA. 134 Tidak seperti

helikopter lain, ribosom menggunakan dua mekanisme aktif yang berbeda untuk melepaskan mRNA. Ini

mendestabilisasi persimpangan helix di situs entri mRNA dengan membiaskan fluktuasi termal menuju keadaan terbuka,

meningkatkan kemungkinan translokasi; selain itu secara mekanis menarik untaian tunggal mRNA dari persimpangan

tertutup selama perubahan konformasi yang menyertai translokasi. 134 Dalam sel, struktur mRNA juga tergantung pada

interaksi dengan protein pengikat RNA, dengan dan tanpa aktivitas helikase tertentu, yang dapat menstabilkan atau

mengganggu struktur sekunder. elemen.


Prosesivitas Perpanjangan dan Pelipatan Protein Tingkat terjemahan variabel dapat mempengaruhi pelipatan

protein yang baru disintesis. Untuk banyak protein, lipatan dimulai dengan terjemahan secara bersamaan,

dengan muncul

Gambar 5. Pengaruh ribosom pada lipatan protein. U, protein terbuka; C, keadaan transien kompak atau perantara

lipat; N, lipatan asli. Callout merangkum efek potensial pada setiap langkah.

neptent peptide melekat pada ribo terjemahan. Ribosom dapat mempengaruhi lipatan dengan beberapa cara (Gbr. 5).

Pertama, berbeda dengan lipatan paska terjemahan, lipatan co-translational rantai nascent pada ribosom bersifat vektorial,

yaitu dimulai dari ujung N dan melibatkan elemen-elemen yang muncul secara berurutan dari ujung N ke ujung C dari nas.

- sen protein. Karena penerjemahan relatif lambat terhadap peristiwa pelipatan lokal, pelipatan vektor di ruang terbatas,

dan interaksi dengan, terowongan keluar dapat menentukan lanskap pelipatan protein. 135–138 Kedua, ribosom dapat

menstabilkan perantara lipatan yang berumur pendek (atau tidak ada) dalam larutan. 139.140 Ketiga, karena peptida yang

muncul dapat berinteraksi dengan permukaan ribosom, 139.141–144 ribosom mungkin memiliki efek pendamping melindungi

rantai yang baru lahir dari salah lipatan dan agregasi hingga protein disintesis sepenuhnya dan diekstrusi dari terowongan

keluar peptida. 145 Keempat, kedekatan spasial ribosom yang mensintesis protein yang dikodekan dalam ORF yang berbeda

dalam satu operon dapat memastikan perakitan co-translational yang efisien in vivo , seperti yang ditunjukkan untuk
subunit bakteri luciferase LuxA dan LuxB. 146 Faktor pendorong terkait-ribosom menunda timbulnya interaksi co-

translational sampai antarmuka dimer LuxB sepenuhnya terpapar. Hasil ini menunjukkan bahwa pemasangan rakitan

protein ke translasi dapat menjadi penting untuk perakitan kompleks protein yang efektif. 146 Akhirnya, ribosom

menyediakan platform untuk faktor-faktor biogenesis protein yang berinteraksi dengan peptida yang baru muncul dan

mempengaruhi pematangannya dan lokalisasi seluler yang tepat . 16.147–149

Peptida baru lahir dapat membentuk elemen struktur sekunder kecil, seperti sebuah -helices atau kecil sebuah domain

-helical dalam terowongan keluar. 150–153 Elemen struktur tersier kecil, seperti jepit rambut tersier heliks transmembran, dapat

terbentuk di dekat

port keluar di ruang depan terowongan. 154.155 Lipatan asli dari domain yang lebih besar dapat terbentuk ketika keseluruhan

domain telah muncul dari awal. 140.144.156 Struktur tersier terlipat secara hierarkis , dengan subdomain tersier terlipat secara

berurutan, tetapi tidak secara independen. 154 Sebagai contoh, domain pengikatan nukleotida pertama dari regulator

konduktran transmembran fibrosis kistik terlipat secara cotranslational melalui pemadatan berurutan dari N- terminal, a -

helical, dan a / b -core subdomain, dan waktu kejadian ini adalahkritis. 157

Perubahan dalam kinetika terjemahan lokal dapat memengaruhi itu konformasi dari baru

saja disintesis protein. Kebanyakan contoh yang tersedia sejauh ini menghubungkan pelipatan protein dengan

penggunaan kodon langka atau kelimpahan tRNA. Polimorfisme nukleotida tunggal sinonim yang terjadi secara

alami (sSNPs) dan identik mutasi dapat mempengaruhi aktivitas dan modifikasi pasca-translasi protein, mengubah

interaksinya dengan obat dan inhibitor, sensitivitas terhadap protease, dan kecenderungan agregasi. 77,84,88,157–161Dalam

beberapa kasus, perubahan ini terkait dengan penyakit. 162.163 Identik mutasi bahwa perubahan tingkat perpanjangan bahkan

dapat beralih pelipatan beberapa domain protein dari post-translational ke

cotranslational. 164 Perubahan di kodon konteks disebabkan olehmutasi sinonim juga dapat menginduksi mis-

penggabungan asam amino, yang menyebabkan kesalahan protein . 165

Analisis in vivo dan in vitro dari struktur dan pelipatan kristal gamma-B menunjukkan bahwa mutasi sinergis

dapat mengubah fraksi protein terlarut dalam sel, sensitivitas protein terhadap pencernaan protease, dan

mengubah ansambel konformasi. dari protein dewasa 156 (Gbr. 6). Kehadiran kodon langka dalam mRNA mengurangi laju
terjemahan, yang mengakibatkan keterlambatan munculnya domain terminal-N dari terowongan keluar. Ini saja bisa,

pada prinsipnya, mengubah lipat protein ,

Gambar 6. Penggunaan kodon sinonim mengarahkan lipatan co-translational ke arah konformasi protein yang berbeda.

Diproduksi dari Ref. 156 dengan izin.

asalkan jeda yang diperkenalkan oleh kodon langka muncul pada posisi di mana rantai yang baru lahir memasuki keadaan

terlipat yang jauh dari keseimbangan. 166.167 Namun, percobaan FRET yang diselesaikan waktu juga menunjukkan pelambatan lebih

lambat dari domain panjang penuh setelah muncul dari terowongan keluar. 156 Ada kemungkinan bahwa terjemahan yang

lambat memungkinkan untuk mempartisi peristiwa pelipatan unsur menjadi jalur alternatif. 168 Di sisi lain, pelambatan

yang lebih lambat mungkin disebabkan oleh laju sintesis domain C-terminal yang lebih rendah. Dalam hal ini, lipatan

domain terminal-N dapat terhambat oleh interaksi dengan area terowongan keluar sampai domain bergerak menjauh dari

permukaan ribosom. Pengamatan ini menunjukkan bahwa bias kodon dapat mengubah tingkat terjemahan lokal dan global

dan dapat menghasilkan pembentukan konformasi alternatif dari protein yang baru lahir pada ribosom dan dalam larutan

setelah pelepasan protein lengkap. Dengan demikian, laju terjemahan — yang dikodekan oleh penggunaan kodon sinonim

— memberikan kode-dalam-kode yang membentuk kualitas proteom seluler .

Perspektif
Data yang dirangkum dalam ulasan ini menunjukkan bahwa kontrol translasi memerlukan spektrum fenomena yang jauh

lebih luas daripada yang diperkirakan sebelumnya. Selain regulasi stabilitas dan lokalisasi mRNA, serta inisiasi

terjemahan, yang secara tradisional terkait dengan istilah kontrol terjemahan, tingkat perpanjangan lokal dan global

berubah untuk menentukan komposisi dan kualitas pro- gram seluler. teome. Kompleksitas yang mengejutkan dari sinyal

mRNA dan perubahan dinamis dari kumpulan komponen translasi membuatnya sulit untuk membedah jaringan menjadi

unit fungsional dan membedakan antara kovariat. Profil ribosom menyediakan sebuah

tampilan belum pernah terjadi sebelumnya ke terjemahan global dalam berbagai jenis sel. Sementara ada diskusi yang

sedang berlangsung tentang alur kerja terbaik, jelas bahwa data profil ribosom lebih pada kondisi yang berbeda dan

analisis yang lebih rinci dari data oleh alat bioinformatika dapat memberikan banyak data baru dan hipotesis yang dapat

diuji sebagai untuk mekanisme di balik peristiwa regulasi. Dataset ini harus dilengkapi dengan hasil pendekatan omics

lainnya, seperti transkriptomik, nascentomik, dan tRNAomik, untuk mendapatkan angka yang tepat untuk kumpulan

mRNA dan tRNA yang diterjemahkan secara aktif. Pemahaman tentang mekanisme kontrol translasi baru masih

tertinggal, termasuk banyak fenomena yang diketahui memengaruhi efisiensi penerjemahan. Misalnya, efek yang terkait

dengan terminasi dan daur ulang ribosom, interaksi antara ribosom dalam poli-som,interaksi antara mesin transkripsi dan

translasi (pada bakteri) atau pelipatan protein konvensional tidak cukup dipahami. Pertanyaan penting lain yang belum

terselesaikan menyangkut keakuratan produksi protein dan pengaruhnya terhadap kebugaran seluler. Akhirnya, interaksi

antara mesin terjemahan dan kontrol kualitas adalah pertanyaan yang sangat penting. Karena ketidakseimbangan profil

menyebabkan banyak penyakit pada manusia, penting untuk memahami proses pembentukan proteom. Menguraikan

hubungan antara penerjemahan, proteome dan penyakit akan tetap menjadi tugas yang menantang, tetapi penting

untuk bidang.

Pengakuan

Penulis berterima kasih kepada Anton Komar dan Wolfgang Wintermeyer untuk membaca kritis dan Albena Draycheva

untuk mempersiapkan Gambar 4. Penulis menyatakan tidak ada konflik minat.