Application of Molecular Biology 

on Biomedical Science 

DNA Fingerprinting: 
A Method of Forensic 
Identification 

Fatchiyah, Ph.D 
Dept. Biology, UB

1  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 
 Historical background 

l  DNA fingerprinting was developed in 1984 
l  by Alec. J. Jeffrey at the University of 
Leicester 
l  He was studying the gene of myoglobin. 

This is a picture of Alec. J. Jeffrey
2  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 
 What is DNA Fingerprinting? 

l  The chemical structure of everyone's DNA is the 
same. 
l  The only difference between people (or any animal) is 
the order of the base pairs. 
l  The information contained in DNA is determined 
primarily by the sequence of letters along the zipper. 

Structure of DNA
3  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 
 How do you figure out that someone’s 
DNA is more similar to another’s? 

l  The primary method of assessing similarities 
is by use of DNA fingerprinting or DNA 
restriction analysis. 
l  This process makes use of special proteins 
called restriction enzymes and sections of 
the chromosome called tandem repeats

4  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 
 Why Fingerprinting?

l  Using these sequences, every person could be 
identified solely by the sequence of their base pairs 
l  there are so many millions of base pairs, the task 
would be very time­consuming 
l Instead, scientists are able to use a shorter method,
because of repeating patterns in DNA.
l  These patterns do not, however, give an individual 
"fingerprint," 
l  they are able to determine whether two DNA samples 
are from the same person, related people, or non­ 
related people. 
5  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 
 Tandem Repeats 

l  A region of the chromosome that contains 
multiple copies of a core DNA sequence that 
are arranged in a repeating fashion 
l  Repeats act as fillers or spacers between 
coded sections of DNA 
l  All humans have the same type of repeats 
but there is tremendous variation in the 
number of repeats that each of us has.
6  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 
 The different sequence 
segments that vary 
in size and 
composition and 
have no apparent 
function are called 
minisatellites 

The different sequences is the same as  the word "POST" 
has a different meaning from "STOP" or "POTS," even 
though they use the same letters. i
7  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 
 DNA Fingerprinting using VNTR's 

l  On some human chromosomes, a short sequence of 
DNA has been repeated a number of times. 
l  the repeat number may vary from one to thirty 
repeats 
l  these repeat regions are usually bounded by specific 
restriction enzyme sites 
l  cut out the segment of the chromosome containing 
this variable number of tandem repeats (VNTR's ) 
l  identify the VNTR's for the DNA sequence of the 
repeat.

8  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 
 Genetic fingerprinting 

Each DNA profile is 
unique!

9  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 
 Genetic fingerprinting 

l  Regions of 
chromosomes that 
code for proteins are 
called introns. 
l  Other regions that are 
non­coding are called 
extrons.

10  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 Genetic fingerprinting 

l  Extrons contain blocks 
of repeated nucleotides 
called short tandem 
repeats (STRs) 
l  It is the number of 
times that these STRs 
are repeated that 
produces the variations 
in individuals.

11  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 Genetic fingerprinting

12  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 How it is done – part 1 

l  DNA is extracted from 
sample. 
l  Cut into millions of 
small fragments 
l  Using restriction 
endonucleases 
l  Aimed at STRs

13  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 Restriction Enzymes 

l  Restriction enzymes cut DNA but only at a 
certain combination of A, G, T, and C. 
l  Different restriction enzymes cut DNA at 
different places—each has a unique 
sequence it recognizes. 
l  The restriction enzyme EcoRI cuts DNA at 
the sequence GAATTC and will cut only at 
that sequence.
14  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 
 Restriction Fragment Length 
Polymorphisms (RFLP) 

l  RFLPs are different fragment lengths of base 
pairs that result from cutting a DNA molecule 
with a restriction enzyme 
l  It is the length differences associated with 
DNA strands or RFLPs that allow one to 
distinguish one person from another.

15  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 An Example Using EcoR I for a 
Question of Paternity 

Recall: EcoR I cuts only at GAATTC

l  EcoR I cuts a similar 
section of DNA on Bob, 
Larry, and Mary 
l  After the cut how many 
fragments Bob, Larry, 
and Mary have? 
l  Answer: 2, 3, and none 

16  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 Example Con’t 

l  After the DNA is cut with EcoR I, Bob’s, Larry’s and 
Mary’s fragments are placed in different lanes on an 
agarose gel 
l  The fragments are then subjected to an electric field 
l  The smaller fragments move faster, the larger ones 
move slower 
l  This process of separating the fragments by length is 
called electrophoresis.

17  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 Resulting Picture after Electrophoresis 

l  The bigger 
fragments are near 
the top

18  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 Paternity Test 

l  In general the child’s 
DNA must be a 
combination of Mary’s 
DNA and one of the 
men. Which man is the 
father? 
l  Answer: Larry

19  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

20 12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 
 How it is done – part 2 

l  DNA fragments are 
separated by 
electrophoresis 
l  (Fragments are 
exposed to electric 
current in a trough of 
gel) 
l  Different fragments 
move at different rates 
through the gel.

21  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 How it is done – part 2 

l  The smaller the 
fragment – the faster it 
moves. 
l  DNA is separated into 
bands according to size 
of the fragments.

22  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 l  3: Transfer of DNA to nylon. 
The distribution of DNA pieces 
l  is transferred to a nylon sheet 

l  by placing the sheet on the gel 
l  and soaking them overnight. 
l  4­5: Probing. 
Adding radioactive or colored probes to the 
nylon sheet produces a pattern called the DNA 
fingerprint.

23  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 Identify by Southern Blot with specific 
probe

24  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 How it is done ­ part 5 

l  The nylon sheet is placed 
under X­ray film. 
l  The radioactive probes on 
the DNA fragments expose 
the film. 
l  This produces visible pattern 
of light and dark bands 
which is unique to each 
individual.

25  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 Practical Applications of DNA 
Fingerprinting 

l  1.Paternity and Maternity 
l  person inherits his or her VNTRs from his or 
her parents 
l  Parent­child VNTR pattern analysis has been 
used to solve standard father­identification 
cases  Can someone tell me who is my father?

26  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 2. Criminal Identification 
and Forensics 

l  DNA isolated from blood, hair, skin cells, or other 
genetic evidence left at the scene of a crime can be 
compared 
l  police labs around 
the world have begun to use 
DNA fingerprints to link suspects 
to biological evidence – 
blood or semen stains, hair, 
or items of clothing

27  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 3. Personal Identification 

l  The notion of using DNA fingerprints as a sort of 
genetic bar code to identify individuals has been 
discussed 
l  4.Diagnosis of Inherited Disorders 
l  diagnose inherited disorders in both prenatal and 
newborn babies 
l  These disorders may include cystic fibrosis, 
hemophilia, Huntington's disease, familial 
Alzheimer's, sickle cell anemia, thalassemia, and 
many others.

28  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 5.Developing Cures for Inherited 
Disorders 

l  By studying the DNA fingerprints of relatives who 
have a history of some particular disorder 
l  identify DNA patterns associated with the disease 
l  6.identification of Chinese medicine 
l  The Hong Kong Baptist University was able to use 
DNA fingerprinting to identify the Chinese 
medicine—Lingzhi in 2000

29  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 Considerations when evaluating 
DNA evidence 

l  In the early days of the use of 
genetic fingerprinting as criminal 
evidence, given a match that had a 
1 in 5 million probability of occurring 
by chance  the lawyer would argue 
that this meant that in a country 
of say 60 million people there were 12 people 
who would also match the profile.

30  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 2. Problems with Determining 
Probability 

l  A. Population Genetics 
l  VNTRs, because they are results of genetic 
inheritance 
l  it will vary depending on an individual's 
genetic background

31  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB 

 Thank you 

Good luck

32  12/14/2007  Fatchiyah JB­UB