Figura 4.1 Variación en el tamaño y forma de las partículas de virus. (A) Micrografías electrónicas de crio de mimivirus
y, en el recuadro (arriba a la izquierda), el virus adenoasociado tipo 4 del parvovirus, mostrado a escala entre sí para
ilustrar el rango de diámetro de ⁓50 veces entre los virus que parecen aproximadamente esféricos. Los virus en
forma de varilla también muestran una variación considerable en el tamaño, que varía en longitud desde <200 nm
hasta> 2,000 nm. Adaptado de C. Xiao y otros, J Mol Biol 353: 493–496, 2005, y E. Pardon y otros, J. Virol 79: 5047–
5058, 2005, respectivamente, con permiso. Cortesía de M. G. Rossmann, Purdue University y M. Agbandje McKenna,
University of Florida, Gainesville. (B) Forma no simétrica del virus de la botella acidiana aislada de una fuente termal
en Italia. La partícula de mimivirus (A) también es estructuralmente compleja: un gran número de filamentos largos
y muy compactos sobresalen de su superficie; y un vértice de la cápside lleva una estructura única llamada la puerta
estelar, que se abre en las células infectadas para liberar el genoma viral. Adaptado de M. Häring et al., J Virol 79:
9904–9911, 2005, con permiso. Cortesía de D. Prangishvili, Institut Pasteur.
Como se podría anticipar, la elucidación de las estructuras de las partículas de virus y las proteínas
estructurales individuales ha iluminado los mecanismos de ensamblaje de las nanomáquinas
víricas en las etapas finales de un ciclo infeccioso y su entrada en una nueva célula huésped. La
información estructural de alta resolución también puede facilitar la identificación de objetivos
para los medicamentos antivirales, así como el diseño de dichos medicamentos (Volumen II,
Capítulo 9), y proporcionar información sobre la interacción dinámica entre importantes
patógenos virales y respuestas inmunitarias adaptativas del huésped (Volumen II, capitulo 4).
Como veremos, la catalogación de la arquitectura de virus también ha revelado relaciones
completamente imprevistas entre los virus de diferentes familias que infectan a los hospedadores
evolutivamente divergentes y ha sugerido nuevos principios de clasificación de virus.
Nomenclatura
La arquitectura del virus se describe en términos de unidades estructurales de complejidad
creciente, desde la unidad bioquímica más pequeña (la cadena polipeptídica) hasta la partícula
infecciosa (o virión). Estos términos, que se utilizan a lo largo de este texto, se definen en la Tabla
4.2. Aunque las partículas víricas son conjuntos complejos de macromoléculas que se suministran
de forma exquisitamente adecuada para el genoma viral, se construyen de acuerdo con los
principios generales de la bioquímica y la estructura de las proteínas.
Estructuras helicoidales
Las nucleocápsidas de algunos virus de animales envueltos, así como ciertos virus de plantas y
bacteriófagos, son estructuras tipo filamentosas o con forma de varilla con simetría helicoidal. La
simetría helicoidal se describe por el número de unidades estructurales por giro de la hélice, u, el
aumento axial por unidad, p, y el paso de la hélice, P (Fig. 4.5A). Un rasgo característico de una
estructura helicoidal es que cualquier volumen puede encerrarse simplemente variando la
longitud de la hélice. Se dice que tal estructura está abierta. En contraste, las cápsides con
simetría icosaédrica (descritas a continuación) son estructuras cerradas con un volumen interno
fijo. Desde un punto de vista estructural, la nucleocápside helicoidal mejor entendida es la del
virus del mosaico del tabaco, el primer virus en identificarse. La partícula de virus comprende una
sola molécula de ARN de cadena (+), de aproximadamente 6,4 kb de longitud, encerrada dentro
de una cubierta de proteína helicoidal (Fig. 4.5B; ver también Fig. 1.7). El abrigo está construido
a partir de una única proteína que se pliega en una estructura extendida con forma de zueco
holandés. Las interacciones repetitivas entre las subunidades de proteínas de la capa forman
discos que se han comparado con las arandelas de bloqueo, que a su vez se ensamblan como una
larga hélice con forma de vara derecha. En el interior de la hélice, cada molécula de proteína de
la cubierta se une a tres nucleótidos del genoma del ARN. Las subunidades de la proteína de la
cubierta, por lo tanto, participan en interacciones idénticas entre sí y con el genoma, lo que
permite la construcción de una estructura grande y estable a partir de múltiples copias de una
sola proteína.
Cuasiequivalencia. Una segunda piedra angular de la teoría desarrollada por Caspar y Klug fue la
proposición de que cuando una cápside contiene> 60 subunidades, cada una ocupa una posición
cuasiequivalente; es decir, las propiedades de enlace no covalentes de las subunidades en
diferentes entornos estructurales son similares, pero no idénticas, como es el caso de las cápsides
de 60 subunidades más simples. Esta propiedad se ilustra en la Fig. 4.8C para una partícula con
180 subunidades idénticas. En la estructura pequeña de 60 subunidades, 5 subunidades hacen
cinco contactos simétricos en cada uno de los 12 vértices (Fig. 4.8B). En el conjunto más grande
con 180 subunidades, esta disposición se mantiene en los 12 vértices, pero las subunidades
adicionales se interponen para formar grupos con una simetría de seis veces. En tal cápside, cada
subunidad puede estar presente en uno de tres entornos estructurales diferentes (designados
como A, B o C en la Fig. 4.8C). Sin embargo, todas las subunidades se unen a sus vecinas en formas
similares (cuasiequivalentes), por ejemplo, a través de interacciones cabeza a cabeza y cola a cola.
Se han descrito arquitecturas de la cápside que corresponden a varios valores de T, algunas muy
grandes. El número de triangulación y el enlace cuasiequivalente entre las subunidades describen
las propiedades estructurales de muchos virus simples con simetría icosaédrica. Sin embargo,
ahora está claro que las estructuras adoptadas por segmentos específicos de proteínas de la
cápside pueden gobernar las interacciones de empaquetamiento de subunidades idénticas. Estas
grandes diferencias conformacionales entre pequeñas regiones de subunidades químicamente
idénticas no se anticiparon en las consideraciones iniciales de la estructura del virus. Esta omisión
no es sorprendente, ya que estos principios se formularon cuando se sabía poco sobre la
flexibilidad conformacional de las proteínas. Como veremos en las siguientes secciones, las
arquitecturas de virus pequeños y más complejos pueden, de hecho, apartarse radicalmente de
las restricciones impuestas por la vinculación cuasiequivalente. Por ejemplo, la cápside del
pequeño virus de simio de poliomavirus 40 se construye a partir de 360 subunidades,
correspondientes al número de triangulación T = 6 excluido por las reglas formuladas por Caspar
y Klug (Recuadro 4.3). Además, se ha descrito una cápside estabilizada por la unión covalente de
subunidades para formar un "correo en cadena" viral (Recuadro 4.4). Nuestra visión actual de las
estructuras de virus simétricamente icosahedrales es, por lo tanto, una que incluye una mayor
diversidad en los mecanismos mediante los cuales se pueden formar cápsides estables de lo que
anticiparon los pioneros en este campo.
Figura 4.7 Estructura de un virus de la gripe A ribonucleoproteína. (A) Las ribonucleoproteínas se aislaron de
partículas de virus de influenza A purificadas y las regiones centrales y terminales se analizaron por separado
después de crio-EM. Este procedimiento se adoptó para superar la heterogeneidad en la longitud de las
ribonucleoproteínas individuales y su flexibilidad. Los promedios de clase de imágenes de segmentos rectos de
regiones centrales y reconstrucción tridimensional revelaron que la proteína NP de unión a ARN forma una doble
hélice cerrada por un bucle en un extremo. En el modelo, las hebras NP de polaridad opuesta se muestran en azul
y rosa, con el lazo NP en amarillo y las subunidades de la ARN polimerasa en el otro extremo en gris, verde y
marrón. (B) Cuatro vistas de una única cadena NP, lo que indica la probable localización del ARN genoma de la
cadena (-) (cinta amarilla). Esta localización se dedujo del potencial electrostático de la superficie (modelos a la
izquierda, con carga positiva y negativa que se muestra en azul y rojo, respectivamente) y las posiciones de las
sustituciones que impiden la unión de NP a ARN (azul en los modelos a la derecha). Adaptado de R. Arranz et al.,
Science 338: 1634–1637, 2012, con permiso. Cortesía de J. Martin-Benito, Centro Nacional de Biotecnología,
Madrid, España.
Figura 4.8 Embalaje icosaédrico en estructuras simples. (A) Un icosaedro, que comprende 20 caras triangulares equiláteras
caracterizadas por posiciones de simetría rotacional de cinco, tres y dos veces. Las tres vistas en la parte inferior ilustran
estas posiciones. (B y C) Una coma representa una única molécula de proteína, y los ejes de simetría rotacional se indican
como en el panel A. En el caso más simple, T = 1 (B), la molécula de proteína forma la unidad estructural y cada una de las
60 Las moléculas están relacionadas con sus vecinas por los ejes de rotación de dos, tres y cinco veces que definen una
estructura con simetría icosaédrica. En una estructura icosaédrica tan simple, las interacciones de todas las moléculas con
sus vecinas son idénticas. En la estructura T = 3 (C) con 180 subunidades de proteínas idénticas, hay tres modos de
empaquetamiento de una subunidad (mostrados en naranja, amarillo y púrpura): la unidad estructural (delineada en azul)
es ahora la unidad asimétrica, que Cuando se replica de acuerdo con la simetría icosaédrica de 60 veces, genera la
estructura completa. Las subunidades anaranjadas están presentes en los pentámeros, formados por interacciones de
cola a cola, e interactúan en anillos de tres (de cabeza a cabeza) con subunidades de color púrpura y amarillo, y en pares
(de cabeza a cabeza) con una subunidad de color púrpura o amarilla. Las subunidades púrpura y amarilla están dispuestas
en anillos de seis moléculas (por interacciones cola-cola) que se alternan en la partícula. A pesar de estas diferencias de
empaquetamiento, las interacciones de enlace en las que se involucra cada subunidad son similares, es decir, casi
equivalentes: por ejemplo, todas se involucran en interacciones cola-cola y cabeza-a-cabeza. Adaptado de S. C. Harrison
et al., En B. N. Fields et al. (ed.), Virología Fundamental (Lippincott-Raven, Nueva York, NY, 1995), con permiso.
Figura 4.9 Principio de triangulación: formación de grandes cápsides con simetría icosaédrica. La formación de caras de
partículas icosaédricas por triangulación se ilustra mediante la comparación de unidades estructurales, organización de
unidades estructurales en cinco ejes de simetría icosaédrica y cápsides con el número T indicado. En cada caso, las
subunidades de proteínas están representadas por trapecios, con aquellos que interactúan en los vértices de color
púrpura y todos los demás bronceados. Es importante apreciar que las subunidades de proteínas no son, de hecho,
planas, como se muestra aquí por simplicidad, sino que están altamente estructuradas (ver, para ejemplos, Fig. 4.10 y
4.12). Tanto la interacción de las subunidades alrededor de los cinco ejes de simetría como la cápside, con una cara
individual delineada en rojo, se muestran para cada valor de T, para ilustrar el aumento de cara y tamaño de partícula
al aumentar T.
La similitud general en la forma de los dominios de barril β del poliovirus VP1, VP2 y VP3 facilita
su interacción entre sí para formar las 60 unidades estructurales de la cápside y el
empaquetamiento de estas unidades estructurales. La forma en que estas interacciones se
adaptan para formar una cubierta protectora se ilustra mediante el modelo de la cápside que se
muestra en la figura 4.12: las interacciones extensas entre los dominios de barril β de las proteínas
adyacentes forman una cubierta de proteína rígida y densa alrededor de una cavidad central en
la cual El genoma reside. El empaquetamiento de los dominios de barril β está reforzado por una
red de contactos proteína-proteína en el interior de la cápside. Estas interacciones son
particularmente extensas sobre los cinco ejes (Fig. 4.12C). La interacción de cinco moléculas VP1,
que es exclusiva de los cinco ejes, da como resultado una prominencia prominente que se
extiende a aproximadamente 25 Å desde la cubierta de la cápside (Fig. 4.12A). La protuberancia
aparece como una meseta de paredes escarpadas rodeada por un valle o hendidura. En las
cápsides de muchos picornavirus, estas depresiones, que contienen los sitios de unión al
receptor, son tan profundas que se han denominado cañones. Una de las varias lecciones
importantes aprendidas del análisis de alta resolución de las cápsidas de picornavirus es que su
diseño no se ajusta estrictamente al principio de la quasiequivalencia. Por ejemplo, a pesar de la
identidad topológica y la similitud geométrica de los dominios de rollos de gelatina de las
proteínas que forman la cubierta de la cápside, las subunidades no se involucran en la
quasiequivalente. enlace: las interacciones entre las moléculas VP1 alrededor de los cinco ejes no
son química ni estructuralmente equivalentes a Aquellos en los que se involucran VP2 o VP3.
Figura 4.10 Estructura del virus 2. asociado a parvovirus 2. (A) Diagrama de cinta de la subunidad de capa única de la
partícula T = 1. Las regiones de la subunidad que interactúan alrededor de los ejes de cinco, tres y dos ejes (indicadas) de
simetría icosaédrica se muestran en azul, verde y amarillo, respectivamente. Los segmentos rojos forman picos que se
agrupan alrededor de los tres ejes. (B) Vista de la superficie de la estructura de resolución 3-Å determinada por
cristalografía de rayos X de viriones purificados. Las regiones de las subunidades individuales a partir de las cuales se
construye la cápside están coloreadas como en el panel A, y la cara formada por tres subunidades está delineada en
negro. Adaptado de Q. Xie y otros, Proc Natl Acad Sci U S A 99: 10405–10410, 2002, con permiso. Cortesía de Michael
Chapman, Florida State University.
Figura 4.11 Empaque y estructuras de proteínas de poliovirus. (A) El embalaje de las 60 unidades estructurales VP1-VP2-VP3,
representadas por bloques en forma de cuña correspondientes a sus dominios β-barril. Tenga en cuenta que la unidad
estructural (delineada en negro) contribuye a dos caras adyacentes de un icosaedro en lugar de corresponder a una faceta.
Cuando se ensamblan las partículas de virus, VP4 se une covalentemente al extremo N de VP2. Se encuentra en la superficie
interna de la cubierta de la cápside (ver Fig. 4.12A). (B) La topología de la cadena polipeptídica en un rodillo de gelatina de
barril β se muestra en la parte superior izquierda. Las cadenas β, indicadas por flechas, forman dos hojas antiparalelas
yuxtapuestas en una estructura en forma de cuña. Las dos α-hélices (cilindros morados) que rodean el extremo abierto de
la cuña también se conservan en la ubicación y orientación de estas proteínas. Como se muestra, las proteínas VP1, VP2 y
VP3 contienen cada una un dominio central de rodillo de gelatina de β-barril. Sin embargo, los bucles que conectan las
cadenas β en este dominio de las tres proteínas varían considerablemente en longitud y conformación, particularmente en
la parte superior del barril β, que, como se representa aquí, corresponde a la superficie exterior de la cápside. Los
segmentos N y C terminales de la proteína también varían en longitud y estructura. La extensión N-terminal muy larga de
VP3 se ha truncado en esta representación. Adaptado de J. M. Hogle et al., Science 229: 1358–1365, 1985, con permiso.
Figura 4.12 Interacciones entre las proteínas de la cápside del poliovirus. (A) Representación de relleno de
espacio de la partícula, con cuatro pentámeros eliminados de la cubierta de la cápside y VP1 en azul, VP2 en
verde, VP3 en rojo y VP4 en amarillo, como en la Fig. 4.11A. Tenga en cuenta la gran cavidad central en la que
reside el genoma de ARN; la capa de proteína densa formada por el empaquetamiento de los dominios β - barril
de VP1, VP2 y VP3; y la ubicación interior de VP4, que decora la superficie interna de la cubierta de la cápside.
(B) Representación de relleno de espacio de la superficie exterior que muestra el empaquetamiento de los
dominios de barril β de VP1, VP2 y VP3. Las interacciones entre los lazos que conectan la superficie superior de
los dominios de barril β de estas proteínas crean las características superficiales del virión, como las mesetas en
los ejes quíntuples, que están rodeadas por una hendidura profunda o cañón. La partícula también se estabiliza
por numerosas interacciones entre las proteínas en el lado interno de la cápside. (C) Estos contactos internos son
más extensos alrededor de los cinco ejes, donde los extremos N de las cinco moléculas VP3 están dispuestos en
una lámina β paralela similar a un tubo. Los extremos N de las moléculas VP4 transportan cadenas del miristato
de ácido graso, que se agregan a la proteína después de la traducción. Los lípidos median la interacción de la
lámina β formada por los términos VP3 N con una segunda estructura de lámina β, que contiene hebras
contribuidas por las moléculas tanto VP4 como VP1. Esta estructura interna no se completa hasta las etapas
finales de, o después, el ensamblaje de partículas de virus, cuando el procesamiento proteolítico libera VP2 y VP4
de su precursor, VP0. Esta reacción por lo tanto estabiliza la cápside. Los paneles A y B fueron creados por Jason
Roberts, Instituto Doherty, Melbourne, Australia.
Un diseño icosaédrico alternativo: estructura del virus simio 40. Las cápsides de los pequeños
poliomavirus de ADN, virus simio 40 y poliomavirus de ratón, de ~50 nm de diámetro, se
organizan de acuerdo con un diseño bastante diferente que no se basa en interacciones
cuasiequivalentes. La unidad estructural es un pentámero de la proteína estructural principal,
VP1. La cápside se construye a partir de 72 pentámeros de este tipo que participan en uno de los
dos tipos de interacción. Doce unidades estructurales ocupan las 12 posiciones de simetría
rotacional quíntuple, en las cuales cada una está rodeada por cinco vecinos. Cada uno de los 60
pentámeros restantes está rodeado por 6 vecinos en posiciones de simetría rotacional de seis
veces en la cápside (Fig. 4.13A). En consecuencia, los 72 pentámeros del virus de simio 40 ocupan
varios entornos locales diferentes en la cápside, debido a las diferencias en el empaquetamiento
alrededor de los ejes de cinco y seis veces. Al igual que las tres proteínas de poliovirus que forman
la cáscara de la cápside, el virus de simio 40 VP1 contiene un gran dominio central de rodillo de
gelatina de barril β, en este caso con un brazo N-terminal y una extensión larga C-terminal (Fig.
4.13B).
Sin embargo, la disposición y el empaquetamiento de las moléculas VP1 se parecen poco a la
organización de las proteínas de la cápside del poliovirus. En primer lugar, los barriles VP1 β en
cada pentámero se proyectan hacia afuera desde la superficie de la cápside hasta una distancia
de aproximadamente 50 Å, en contraste con los de las proteínas de la cápside del poliovirus, que
se inclinan a lo largo de la superficie de la cubierta de la cápside. Como resultado, la superficie
del virus de simio 40 es mucho más "bristosa" que la del virus de la polio (comparar Fig. 4.12A y
4.13A). Además, las moléculas VP1 presentes en pentámeros adyacentes en la cápside del virus
de simio 40 no hacen contactos extensos a través de las superficies de sus dominios de barril β.
Más bien, las interacciones estables entre los pentámeros están mediadas por sus brazos N y C
terminales. El empaquetado de pentámeros VP1 en matrices tanto pentameric como
hexamericanas requiere diferentes contactos entre estas unidades estructurales, dependiendo
de su entorno local. De hecho, solo hay tres tipos de contacto interpentamer, que son el resultado
de conformaciones alternativas e interacciones no covalentes de los largos brazos C-terminales
de las moléculas VP1. Los papilomavirus humanos también exhiben el mismo diseño de cápside.
El virus de los simios 40 y las cápsides de poliovirus difieren en su apariencia superficial, en el
número de unidades estructurales y en las formas en que interactúan estas unidades
estructurales. Sin embargo, comparten características importantes, incluida la organización
modular de las proteínas que forman la cubierta de la cápside y un dominio de barril β común
como el bloque de construcción de la cápside. Ni el poliovirus ni el virus de los simios 40 cápsides
se ajustan a una construcción cuasiequivalente estricta: todos los contactos creados por todas las
subunidades de proteínas no son similares, y en el caso del virus de los simios 40, la mayoría de
los pentámeros VP1 están empaquetados en matrices hexaméricas. Sin embargo, el
empaquetamiento cercano con simetría icosaédrica se logra mediante variaciones limitadas de
los contactos, ya sea entre superficies topológicamente similares, pero químicamente distintas
(poliovirus) o mediante un brazo flexible (virus simio 40).
Figura 4.13 Características estructurales del virus de simio 40. (A) Vista del virión del virus de simio 40 que
muestra la organización de los pentámeros VP1. Uno de los 12 pentámeros 5-coordinados se muestra en
púrpura y 10 de los 60 pentámeros presentes en matrices hexaméricas están en gris claro. Las moléculas VP1
individuales en los pentámeros que rodean un pentámero con cinco vecinos son de color rojo, azul, verde,
amarillo y naranja. La imagen fue creada por Jason Roberts, Instituto Doherty, Melbourne, Australia. (B) La
topología de la proteína VP1 mostrada en un diagrama de cinta, con las hebras del rodillo de gelatina de barril
β coloreada como en la Fig. 4.11B. Este dominio de barril β es perpendicular a la superficie de la cápside. El
brazo C-terminal y la hélice-α (αC; naranja) de la subunidad VP1 invaden un pentámero vecino (no mostrado).
El brazo C-terminal y la hélice-α C mostrados en gris (αCʹ) son el brazo invasor de un pentámero vecino
diferente (no mostrado), que está sujeto en su lugar por interacciones extensas de su cadena β con el
segmento N terminal de la subunidad mostrada. La subunidad mostrada también interactúa con el brazo N-
terminal de su vecino antihorario en el mismo pentámero (gris oscuro). Esta subunidad también interactúa
ampliamente con otros segmentos de subunidades en el mismo pentámero o en los pentámeros vecinos, que
se muestran en gris o negro. Adaptado de R. C. Liddington et al., Nature 354: 278–284, 1991, con permiso.
Cápsides icosaédricos estructuralmente simples en partículas más complejas. Sin embargo, varios
virus que son estructuralmente más sofisticados que los descritos en las secciones anteriores
poseen simples capas de proteínas construidas a partir de una o unas pocas proteínas
estructurales. La complejidad proviene de las capas adicionales de proteínas y lípidos en las que
se encierra la cápside (consulte "Virus con sobres" a continuación).