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Introducción

Las partículas virales son conjuntos elegantes de macromoléculas virales y, en ocasiones,


celulares. Son ejemplos maravillosos de arquitectura a escala molecular, con formas
perfectamente adaptadas a sus funciones. Las partículas de virus vienen en muchos tamaños y
formas (Fig. 4.1; ver también Fig. 1.7) y varían enormemente en el número y la naturaleza de las
moléculas a partir de las cuales se construyen. Sin embargo, cumplen funciones comunes y se
construyen de acuerdo con los principios generales que se aplican a todos ellos. Estas
propiedades se describen en secciones subsiguientes, en las que también analizamos algunos
ejemplos del detalle arquitectónico característico de los miembros de diferentes familias de virus.
Funciones del virion
Las partículas de virus están diseñadas para la transmisión efectiva del genoma del ácido nucleico
de una célula hospedadora a otra dentro de un solo organismo o entre los organismos
hospedadores (Tabla 4.1). Una función primaria del virión, una partícula de virus infecciosa, es la
protección del genoma, que puede dañarse irreversiblemente por una ruptura en el ácido
nucleico o por mutación durante el paso a través de ambientes hostiles. Durante sus viajes, una
partícula de virus puede encontrar una variedad de agentes químicos y físicos potencialmente
letales, que incluyen enzimas proteolíticas y nucleolíticas, extremos de pH o temperatura, y varias
formas de radiación natural. En todas las partículas de virus, el ácido nucleico se encuentra
secuestrado dentro de una barrera sólida formada por interacciones extensas entre las proteínas
virales que comprenden la capa de proteína. Dichas interacciones proteína-proteína mantienen
cápsides sorprendentemente estables: muchas partículas de virus compuestas solo de proteínas
y ácidos nucleicos sobreviven a la exposición a grandes variaciones en la temperatura, el pH o la
composición química de su entorno. Por ejemplo, cuando se seca sobre una superficie sólida, el
rotavirus humano (una de las principales causas de la gastroenteritis) pierde <20% de su
infectividad en 30 días a temperatura ambiente, mientras que la infectividad del poliovirus (un
picornavirus) se reduce en unos 5 órdenes de magnitud dentro de 2 días. Esta misma reducción
en la infectividad requiere> 250 días cuando las partículas de poliovirus suspendidas en el agua
de manantial se incuban a temperatura ambiente a pH neutro. Algunos picornavirus son incluso
resistentes a detergentes muy fuertes. La naturaleza altamente plegada de las proteínas de la
cubierta y su denso empaquetamiento para formar conchas las hace en gran parte inaccesibles
para las enzimas proteolíticas. Algunos virus también poseen una envoltura, típicamente derivada
de membranas celulares, en la cual se han insertado glicoproteínas virales. El sobre agrega no
solo una membrana lipídica protectora sino también una capa externa de proteínas y azúcares
formados por las glicoproteínas. Al igual que las membranas celulares de las que se derivan, las
envolturas virales son impermeables a muchas moléculas y bloquean la entrada de químicos o
enzimas en solución acuosa. Para proteger el genoma del ácido nucleico, las partículas de virus
deben ser estructuras estables. Sin embargo, también deben unirse a una célula huésped
adecuada y entregar el genoma al interior de esa célula, donde la partícula se desmonta al menos
parcialmente. La función protectora de las partículas virales depende de las interacciones
intermoleculares estables entre sus componentes durante el ensamblaje, la salida de la célula
productora del virus y la transmisión. Por otro lado, estas interacciones se deben revertir
fácilmente durante la entrada y el desacoplamiento en una nueva célula huésped. Solo en unos
pocos casos entendemos los mecanismos moleculares mediante los cuales se cumplen estos
requisitos aparentemente paradójicos. Sin embargo, está claro que el contacto de un virión con
el receptor de superficie celular apropiado o la exposición a un ambiente intracelular específico
puede desencadenar cambios conformacionales sustanciales. Las partículas virales son, por lo
tanto, estructuras metaestables que aún no han alcanzado la conformación mínima de energía
libre. Este último estado se puede alcanzar solo una vez que se ha superado una barrera de
energía desfavorable, después de la inducción de las transiciones conformacionales irreversibles
que están asociadas con la unión y la entrada. Los viriones no son simplemente estructuras
inertes. Más bien, son máquinas moleculares (nanomáquinas) que desempeñan un papel activo
en la administración del genoma del ácido nucleico a la célula huésped apropiada y al inicio del
ciclo reproductivo.
Principios estructurales
 Las partículas de virus están diseñadas para la protección y entrega del genoma.
 La estructura del virus se puede estudiar a un nivel atómico de resolución.
 La economía genética dicta la construcción de cápsides a partir de un pequeño número de
subunidades.
 Los virus similares a varillas se construyen con simetría helicoidal y los virus esféricos se
construyen con simetría icosaédrica.
 El principal determinante del tamaño de la cápside es el número de subunidades: cuantas
más subunidades, mayor es la cápside.
 Hay múltiples formas de lograr la simetría icosaédrica, incluso entre los virus pequeños.
 Si bien se puede observar el ARN ordenado, la forma en que los genomas se condensan y
organizan dentro de las partículas de virus es en gran medida oscura.
 Las cápside elaboradas de virus más grandes contienen proteínas virales dedicadas a
estabilizar la cubierta de la cápside. En algunos casos, los virus pueden tener múltiples capas.
 Algunos virus grandes se construyen con elementos estructurales reconocibles de virus más
simples.
 Las partículas de virus contienen componentes no estructurales, incluidas las enzimas, los
ARN pequeños y las macromoléculas celulares.

Figura 4.1 Variación en el tamaño y forma de las partículas de virus. (A) Micrografías electrónicas de crio de mimivirus
y, en el recuadro (arriba a la izquierda), el virus adenoasociado tipo 4 del parvovirus, mostrado a escala entre sí para
ilustrar el rango de diámetro de ⁓50 veces entre los virus que parecen aproximadamente esféricos. Los virus en
forma de varilla también muestran una variación considerable en el tamaño, que varía en longitud desde <200 nm
hasta> 2,000 nm. Adaptado de C. Xiao y otros, J Mol Biol 353: 493–496, 2005, y E. Pardon y otros, J. Virol 79: 5047–
5058, 2005, respectivamente, con permiso. Cortesía de M. G. Rossmann, Purdue University y M. Agbandje McKenna,
University of Florida, Gainesville. (B) Forma no simétrica del virus de la botella acidiana aislada de una fuente termal
en Italia. La partícula de mimivirus (A) también es estructuralmente compleja: un gran número de filamentos largos
y muy compactos sobresalen de su superficie; y un vértice de la cápside lleva una estructura única llamada la puerta
estelar, que se abre en las células infectadas para liberar el genoma viral. Adaptado de M. Häring et al., J Virol 79:
9904–9911, 2005, con permiso. Cortesía de D. Prangishvili, Institut Pasteur.

Tabla 4.1 Funciones de las proteínas viriónicas.


Protección del genoma.
Montaje de una cáscara proteica protectora estable.
Reconocimiento específico y empaquetamiento del genoma del ácido nucleico.
Interacción con las membranas de la célula huésped para formar la envoltura.
Entrega del genoma
Unión a receptores externos de la célula huésped
Transmisión de señales que inducen el desprendimiento del genoma.
Inducción de fusión con membranas de la célula huésped.
Interacción con los componentes internos de la célula infectada para dirigir el transporte del
genoma al sitio apropiado
Otras funciones
Interacciones con componentes celulares para el transporte a sitios de ensamblaje
intracelulares.
Interacciones con componentes celulares para asegurar un ciclo infeccioso eficiente.

Como se podría anticipar, la elucidación de las estructuras de las partículas de virus y las proteínas
estructurales individuales ha iluminado los mecanismos de ensamblaje de las nanomáquinas
víricas en las etapas finales de un ciclo infeccioso y su entrada en una nueva célula huésped. La
información estructural de alta resolución también puede facilitar la identificación de objetivos
para los medicamentos antivirales, así como el diseño de dichos medicamentos (Volumen II,
Capítulo 9), y proporcionar información sobre la interacción dinámica entre importantes
patógenos virales y respuestas inmunitarias adaptativas del huésped (Volumen II, capitulo 4).
Como veremos, la catalogación de la arquitectura de virus también ha revelado relaciones
completamente imprevistas entre los virus de diferentes familias que infectan a los hospedadores
evolutivamente divergentes y ha sugerido nuevos principios de clasificación de virus.

Nomenclatura
La arquitectura del virus se describe en términos de unidades estructurales de complejidad
creciente, desde la unidad bioquímica más pequeña (la cadena polipeptídica) hasta la partícula
infecciosa (o virión). Estos términos, que se utilizan a lo largo de este texto, se definen en la Tabla
4.2. Aunque las partículas víricas son conjuntos complejos de macromoléculas que se suministran
de forma exquisitamente adecuada para el genoma viral, se construyen de acuerdo con los
principios generales de la bioquímica y la estructura de las proteínas.

Métodos para estudiar la estructura del virus

La microscopía electrónica es el método más utilizado para el examen de la estructura y


morfología de las partículas de virus. Esta técnica, que se ha aplicado a virus desde la década de
1940, se basaba tradicionalmente en la tinción de partículas de virus purificados (o de secciones
de células infectadas) con un material denso en electrones. Puede producir imágenes bastante
detalladas ya menudo hermosas (Fig. 1.7; ver el Apéndice) y proporcionó la primera base racional
para la clasificación de virus. El mayor contraste entre la partícula de virus y la mancha (contraste
negativo) se produce cuando porciones de la cadena de proteína plegada sobresalen de la
superficie. En consecuencia, las perillas o proyecciones de superficie, denominadas unidades
morfológicas, son las principales características identificadas por este método de microscopía
electrónica. Sin embargo, estas estructuras suelen estar formadas por múltiples proteínas, por lo
que su organización no se corresponde necesariamente con la de las proteínas individuales que
forman la cubierta de la cápside. Incluso cuando la estructura está bien conservada y se puede
lograr un alto grado de contraste, el tamaño mínimo de un objeto que se puede distinguir por
microscopía electrónica clásica, su resolución, está limitado a 50 a 75 Å. La resolución es
demasiado pobre para permitir la interpretación molecular: por ejemplo, el diámetro de una α-
hélice en una proteína es del orden de 10 Å. La microscopía crioelectrónica (crio-EM), en la que
las muestras se congelan rápidamente y se examinan a temperaturas muy bajas en un estado
hidratado, vitrificado (no cristalino, similar al vidrio) conserva la estructura nativa. Debido a que
las muestras no están teñidas, esta técnica permite la visualización directa del contraste
inherente en la partícula del virus. Cuando se combina con métodos matemáticos
computarizados de análisis de imágenes de partículas individuales y reconstrucción
tridimensional (Fig. 4.2), crio-EM puede aumentar la resolución al nivel atómico. Como se
describe en las secciones posteriores, las mejoras continuas en este método han proporcionado
vistas sin precedentes de partículas de virus que no son susceptibles de otros métodos de análisis
estructural. De hecho, las estructuras de virus incluso bastante grandes y estructuralmente
sofisticados, como el adenovirus humano, ahora se pueden determinar con una resolución
directamente comparable a la lograda por la cristalografía de rayos X (Recuadro 4.1).
La simetría inherente de la mayoría de las partículas de virus facilita el análisis de imágenes
obtenidas por crio-EM para la reconstrucción de la estructura tridimensional. Este enfoque puede
complementarse con la tomografía crioelectrónica, en la que se registran imágenes
bidimensionales a medida que la muestra vitrificada se inclina en diferentes ángulos con respecto
al haz de electrones y, posteriormente, se combina en un mapa de densidad tridimensional (Fig.
4.2). En la última década, la microscopía electrónica crio y la tomografía se han convertido en
herramientas estándar de la biología estructural. Su aplicación a partículas de virus ha
proporcionado una gran cantidad de información previamente inaccesible acerca de las
estructuras externas e internas de múltiples miembros de al menos 20 familias de virus. Las
primeras descripciones de las interacciones moleculares que dictan la estructura de las partículas
de virus se obtuvieron mediante cristalografía de rayos X (Fig. 4.3) (consulte la entrevista con el
Dr. Michael Rossmann: http://bit.ly/Virology_Rossmann). Un virus de planta (virus del mosaico
del tabaco) fue el primero en cristalizarse, y la primera estructura del virus de alta resolución que
se determinó fue la del virus del truco del tomate. Desde que se logró esta hazaña en 1978, se
han determinado estructuras de alta resolución de virus animales cada vez más grandes, lo que
hace que nuestra comprensión de los principios de la arquitectura de la cápside sea una base
firme. No todos los virus pueden examinarse directamente mediante cristalografía de rayos X:
algunos no forman cristales adecuados, y los virus más grandes se encuentran más allá del poder
de los procedimientos actuales mediante los cuales los puntos de difracción de rayos X se
convierten en un modelo estructural. Sin embargo, sus arquitecturas se pueden determinar
utilizando una combinación de métodos estructurales. Las proteínas virales individuales pueden
examinarse mediante cristalografía de rayos X y mediante técnicas de resonancia magnética
nuclear multidimensional. Los últimos métodos, que permiten construir modelos estructurales a
partir del conocimiento de las distancias entre átomos específicos en una cadena polipeptídica,
pueden aplicarse a las proteínas en solución, una ventaja significativa. Las estructuras de alta
resolución de proteínas individuales han sido importantes para descifrar los mecanismos de unión
y entrada de virus envueltos. Aún más valiosos son los métodos en los que las estructuras de alta
resolución de proteínas virales individuales se combinan con reconstrucciones crio-EM de
partículas virales intactas. Por ejemplo, en las imágenes de diferencias, las estructuras de las
proteínas individuales se sustraen esencialmente de la reconstrucción de la partícula para
producir una nueva visión estructural (Fig. 4.4). Este enfoque poderoso ha proporcionado vistas
fascinantes de las interacciones de las proteínas de la envoltura vírica incrustadas en las bicapas
lipídicas e incluso de las superficies internas y los componentes de las partículas víricas. Las
estructuras de resolución atómica de proteínas o dominios individuales también se pueden
modelar en vistas de resolución más baja (actualmente ⁓15 Å) obtenidas por dispersión de rayos
X de ángulo pequeño. Esta técnica, que se aplica a las proteínas en solución, proporciona
información sobre el tamaño y la forma generales de las proteínas asimétricas flexibles y ha
proporcionado información valiosa sobre las proteínas virales con múltiples dominios funcionales
(consulte, por ejemplo, el Capítulo 7).

Tabla 4.2 Nomenclatura utilizada en la descripción de la estructura del virus.


Termino Sinónimo Definición
Subunidad (subunidad de Cadena polipeptídica sola y
proteínas) plegada.
Unidad estructural Unidad asimétrica
Unidad a partir de la cual se
construyen las cápsides o
nucleocápsidas; Puede
comprender una subunidad
de proteínas o múltiples
subunidades de proteínas
diferentes.
Capside Capa La cáscara de la proteína que
rodea el genoma del ácido
nucleico.
Nucleocápside Núcleo El conjunto de ácido nucleico-
proteína empaquetado
dentro del virión; Se utiliza
cuando este ensamblaje es
una subestructura discreta de
una partícula.
Envoltura Membrana viral La bicapa lipídica derivada de
la célula huésped que
contiene glicoproteínas
virales.
Virión La partícula infecciosa del
virus.
Las preparaciones concentradas de partículas de virus purificadas se
preparan para microscopía crioelectrónica mediante congelación
rápida en una rejilla de microscopio electrónico de modo que se
produce una capa de agua cristalina, no cristalina. Este
procedimiento evita el daño de la muestra que puede ser causado
por la cristalización del agua o por la modificación química o la
deshidratación durante la microscopía electrónica de contraste
negativo convencional. La muestra se mantiene a -160 ° C o menos
durante todas las operaciones posteriores. Los campos que
contienen un número suficiente de partículas víricas vitrificadas se
identifican mediante microscopía electrónica de transmisión a bajo
aumento (para minimizar el daño de la muestra del haz de
electrones) y se fotografían a alta resolución (arriba).

Estas micrografías electrónicas se pueden tratar como proyecciones


bidimensionales (transformadas de Fourier) de las partículas. Las
estructuras tridimensionales se pueden reconstruir a partir de tales
proyecciones bidimensionales combinando matemáticamente la
información dada por diferentes vistas de las partículas. Con el
propósito de la reconstrucción, las imágenes de diferentes
partículas se tratan como diferentes vistas de la misma estructura.

Para la reconstrucción, las micrografías se digitalizan para su


procesamiento informático. Cada partícula a analizar se centra
entonces dentro de una caja, y su orientación se determina mediante
la aplicación de programas que orientan la partícula sobre la base de
su simetría icosaédrica. En la tomografía crioelectrónica, se recoge una
serie de imágenes con la muestra en diferentes ángulos al haz de
electrones y se combinan computacionalmente para reconstruir una
estructura tridimensional. La ventaja de este enfoque es que no se
requieren suposiciones acerca de la simetría de la estructura. Los
parámetros que definen la orientación de la partícula deben
determinarse con un alto grado de precisión, por ejemplo, dentro de
1°, incluso para una reconstrucción de baja resolución (⁓40 Å). Estos
parámetros se mejoran en precisión (refinados) al comparar
diferentes vistas (partículas) para identificar datos comunes.

Una vez que se han determinado las orientaciones de varias


partículas suficientes para representar todas las partes de la unidad
asimétrica, se calcula una reconstrucción tridimensional de baja
resolución a partir del conjunto inicial de proyecciones
bidimensionales mediante el uso de algoritmos computarizados.

Esta reconstrucción se refina mediante la inclusión de datos de vistas


adicionales (partículas). El número de vistas requerido depende del
tamaño de la partícula y la resolución buscada. La reconstrucción se
interpreta inicialmente en términos de las características externas
de la partícula del virus. Se han desarrollado varios procedimientos
computacionales y gráficos de computadora para facilitar la
interpretación de las características internas. Cortesía de B. V. V.
Prasad, Baylor College of Medicine.

Y, ¿no es cierto que incluso el pequeño paso de un vistazo a través


del microscopio nos revela imágenes que deberíamos considerar
fantásticas y demasiado imaginativas si las viéramos en algún lugar
de forma accidental y no tuviéramos el sentido de entenderlas?
Paul Klee, On Modern Art, translated by Paul Findlay (London,
Figura 4.2 Crio-EM y reconstrucción de imágenes ilustradas United
con imágenes de rotavirus. Kingdom, 1948)
Figura 4.3 Determinación de la estructura del virus por difracción de rayos X. Un cristal de virus se compone de partículas de virus
dispuestas en una red tridimensional bien ordenada. Cuando el cristal es bombardeado con un haz de rayos X monocromático que viaja
a través del orificio, cada átomo dentro de la partícula del virus dispersa la radiación. Las interacciones de los rayos dispersos entre sí
forman un patrón de difracción que se registra. Cada punto contiene información sobre la posición y la identidad de los átomos en el
cristal. Las ubicaciones e intensidades de las manchas se almacenan electrónicamente. La determinación de la estructura tridimensional
del virus a partir del patrón de difracción requiere información que se pierde en el experimento de difracción de rayos X. Esta
información faltante (las fases de los rayos difractados) se puede recuperar al recopilar la información de difracción de cristales por lo
demás idénticos (isomorfos) en los cuales las fases se han perturbado sistemáticamente por la introducción de átomos de metales
pesados en posiciones conocidas. La comparación de los dos patrones de difracción produce las fases. Este proceso se llama reemplazo
isomorfo múltiple. Alternativamente, si se conoce la estructura de una molécula relacionada, el patrón de difracción recolectado del
cristal se puede interpretar utilizando las fases de la estructura conocida como punto de partida y, posteriormente, utilizando
algoritmos informáticos para calcular los valores reales de las fases. Este método es conocido como reemplazo molecular. Una vez que
se conocen las fases, las intensidades y las posiciones del punto del patrón de difracción se utilizan para calcular las ubicaciones de los
átomos dentro del cristal.

Construyendo una capa protectora


Independientemente de su complejidad estructural, todos los viriones contienen al menos una
capa proteica, la cápside o la nucleocápside, que encierra y protege el genoma del ácido nucleico
(Tabla 4.2). Como lo señalaron por primera vez Francis Crick y James Watson en 1956, la mayoría
de las partículas de virus parecen tener forma de bastón o esféricas bajo el microscopio
electrónico. Debido a que las capacidades de codificación de los genomas virales son limitadas,
estos autores propusieron que la construcción de cápsides a partir de un pequeño número de
subunidades minimizaría el costo genético de codificar proteínas estructurales. Dicha economía
genética dicta que las cápsides se construyan a partir de copias idénticas de un pequeño número
de proteínas virales con propiedades estructurales que permitan interacciones regulares y
repetitivas entre ellas. Estas moléculas de proteínas están dispuestas para proporcionar un
contacto máximo y un enlace no covalente entre subunidades y unidades estructurales. La
repetición de tales interacciones entre un número limitado de proteínas resulta en una estructura
regular, con una simetría determinada por los patrones espaciales de las interacciones. De hecho,
las capas de proteínas de muchos virus muestran simetría helicoidal o icosaédrica. Dicha simetría
bien definida tiene un valor práctico considerable (Recuadro 4.2).

Estructuras helicoidales
Las nucleocápsidas de algunos virus de animales envueltos, así como ciertos virus de plantas y
bacteriófagos, son estructuras tipo filamentosas o con forma de varilla con simetría helicoidal. La
simetría helicoidal se describe por el número de unidades estructurales por giro de la hélice, u, el
aumento axial por unidad, p, y el paso de la hélice, P (Fig. 4.5A). Un rasgo característico de una
estructura helicoidal es que cualquier volumen puede encerrarse simplemente variando la
longitud de la hélice. Se dice que tal estructura está abierta. En contraste, las cápsides con
simetría icosaédrica (descritas a continuación) son estructuras cerradas con un volumen interno
fijo. Desde un punto de vista estructural, la nucleocápside helicoidal mejor entendida es la del
virus del mosaico del tabaco, el primer virus en identificarse. La partícula de virus comprende una
sola molécula de ARN de cadena (+), de aproximadamente 6,4 kb de longitud, encerrada dentro
de una cubierta de proteína helicoidal (Fig. 4.5B; ver también Fig. 1.7). El abrigo está construido
a partir de una única proteína que se pliega en una estructura extendida con forma de zueco
holandés. Las interacciones repetitivas entre las subunidades de proteínas de la capa forman
discos que se han comparado con las arandelas de bloqueo, que a su vez se ensamblan como una
larga hélice con forma de vara derecha. En el interior de la hélice, cada molécula de proteína de
la cubierta se une a tres nucleótidos del genoma del ARN. Las subunidades de la proteína de la
cubierta, por lo tanto, participan en interacciones idénticas entre sí y con el genoma, lo que
permite la construcción de una estructura grande y estable a partir de múltiples copias de una
sola proteína.

Figura 4.4 Mapeo de diferencias ilustrado por una reconstrucción


con resolución 6-Å de adenovirus. (A) Comparación de las hélices
de la base de penton en la densidad microscópica crioelectrónica
(crio-EM) y la estructura cristalina de esta proteína unida a un
péptido de fibra (cinta). El excelente acuerdo estableció que las α-
hélices se podían discernir de manera confiable en la
reconstrucción de crio-EM de 6 Å. (B) Parte del mapa de
diferencias crio-EM correspondiente a la superficie de una cara
icosaédrica de la cápside. Las estructuras cristalinas de la base de
penton (amarillo) y los hexones (verde, cian, azul y magenta en
diferentes posiciones) en la resolución adecuada se acoplaron
dentro de la densidad crio-EM a una resolución de 6 Å. La densidad
crio-EM que no corresponde a estas unidades estructurales (el
mapa de diferencias) se muestra en rojo. En esta resolución, el
mapa de diferencias reveló cuatro estructuras triméricas ubicadas
entre hexones vecinos y tres haces de α-hélices enrolladas en
espiral. Los primeros fueron previamente asignados a la proteína
IX. Adaptado de S. D. Saban y otros, J Virol 80: 12049–12059, 2006,
con permiso. Cortesía de Phoebe Stewart, Vanderbilt University
Medical Center.
Figura 4.5 Estructuras de virus con simetría helicoidal. (A) Ilustración esquemática de una partícula helicoidal, que indica las subunidades
individuales, su interacción para formar un giro helicoidal, la hélice y los parámetros helicoidales p (aumento axial por subunidad) yu (el
número de subunidades por giro). El tono de la hélice, P, viene dado por la fórmula P = p X u. (B) Virus del mosaico del tabaco. (Izquierda)
Una reconstrucción crio-EM a una resolución <5-Å de un segmento de 70 nm de esta partícula. Cada giro helicoidal contiene 16.3
moléculas de proteína. Adaptado de J. Sachse et al., J Mol Biol 371: 812–835, 2007, con permiso. Cortesía de N. Grigorieff, Leibniz-Institut
für Alterforschung, Jena, Alemania. (Derecha) La interacción regular del (+) cadena del genoma del ARN con las subunidades de la proteína
de la cubierta se ilustra en el modelo basado en una estructura de difracción de fibra de rayos X de 2.9 Å. Adaptado de K. Namba y otros,
J Mol Biol 208: 307–325, 1989, con permiso. (C) Virus de la estomatitis vesicular. El promedio representativo de imágenes crio-EM del
tronco central, la punta cónica y la base plana de esta partícula de virus en forma de bala se muestran a la izquierda. El tronco y la punta
se analizaron y reconstruyeron por separado para formar el modelo de montaje que se muestra a la derecha, con las proteínas N y M en
verde y azul, respectivamente, y la membrana en púrpura y rosa. La proteína N empaqueta el genoma de ARN de cadena (-) en una hélice
zurda. La estructura cristalina de N determinada en un complejo N-RNA (Fig. 4.6) se ajusta de manera inequívoca a la densidad crio-EM
de las subunidades N troncales. Los giros de la hélice de la proteína N no están estrechamente asociados entre sí, una propiedad que
explica el desenrollamiento de la nucleoproteína en ausencia de M (ver texto), que forma una hélice externa, zurda. En el tronco, la hélice
N contiene 37.5 subunidades por turno. La comparación de las interacciones NN en tal giro y en los anillos de 10 N moléculas
determinadas por cristalografía de rayos X, así como los resultados del análisis mutacional, son consistentes con la formación de anillos
que contienen números crecientes de N moléculas desde el vértice de la punta a través de Diferentes modos de interacción NN inducidos
por asociación con ARN genómico largo. Una vez que se apila un segundo giro del N-RNA sobre el primero, la proteína M puede unirse
para agregar rigidez. Adaptado de P. Ge et al., Science 327: 689–693, 2010, con permiso. Cortesía de Z. H. Zhou, Universidad de California,
Los Ángeles.
Las partículas de varias familias de virus animales con (-) cadenas de genomas de ARN, incluidos los fiovirus,
los paramixovirus, los rabdovirus y los ortomixovirus, contienen estructuras internas con simetría helicoidal
que están dentro de una envoltura. En todos los casos, estas estructuras contienen una molécula de ARN,
muchas copias de una proteína empaquetadora de ARN (designada como NP o N) y la ARN polimerasa viral
y las enzimas asociadas responsables de la síntesis del ARNm. A pesar de la simetría helicoidal común y una
composición similar, los componentes internos de estos virus de ARN de cadena (-) exhiben una diversidad
considerable en morfología y organización. Por ejemplo, las nucleocápsidas del virus del virus de la vida del
virus del lovirus y el virus Sendai del paramixovirus son estructuras largas y filamentosas en las que las
proteínas NP realizan interacciones regulares con la única molécula del genoma del ARN. En contraste, los
rabdovirus como el virus de la estomatitis vesicular son estructuras en forma de bala (Fig. 4.5C). Además,
una proteína viral adicional es esencial para mantener su organización: las nucleocápsides del virus de la
estomatitis vesicular liberadas dentro de la envoltura conservan las dimensiones y la morfología observadas
en las partículas intactas, pero se vuelven muy extendidas y filamentosas una vez que también se elimina
la proteína de la matriz (M) (Fig. 12.23). La cristalografía de rayos X de un complejo de ARN-proteína N de
tipo anillo que contiene 10 moléculas de la proteína N unida al ARN ha revelado que cada molécula de
proteína N se une a 9 nucleótidos de ARN, que se encuentra en gran parte secuestrado dentro de las
cavidades dentro de las proteínas N (Fig. 4.6). Además, cada subunidad N hace contactos extensos y
regulares con las moléculas N vecinas, exactamente como lo predijeron los primeros principios de Crick y
Watson. Los componentes internos de las partículas del virus de la influenza A difieren más radicalmente.
En primer lugar, no comprenden una sola nucleocápside sino, más bien, múltiples ribonucleoproteínas, una
para cada molécula del genoma de ARN segmentado presente en la partícula del virus (Apéndice, Fig. 15).
Además, con la excepción de las secuencias terminales, el ARN en estas ribonucleoproteínas es totalmente
accesible al disolvente. Esta propiedad sugiere que el ARN no está secuestrado en el interior de la
ribonucleoproteína. La estructura de las ribonucleoproteínas liberadas por las partículas del virus de la
influenza A determinada por crio-EM es compatible con dicho modelo: la ribonucleoproteína comprende
una doble hélice de moléculas de NP conectadas en un extremo por un bucle NP (Fig. 4.7A) (actualmente
una arquitectura inusual) para las ribonucleoproteínas virales helicoidales) con el ARN unido a lo largo de
la superficie expuesta de cada cadena NP (Fig. 4.7B).

Figura 4.6 Estructura de un complejo similar a las


ribonucleoproteínas del virus de la estomatitis vesicular.
Se muestra la estructura del decámero de la proteína N
unida al ARN, determinada por cristalografía de rayos X,
con monómeros alternos en el anillo de color rojo y azul y
el esqueleto de ribosa-fosfato de ARN representado como
un tubo verde. Para permitir la visualización del ARN, no
se muestra el dominio C-terminal del monómero en el
centro superior. El decámero se aisló por disociación de la
proteína P viral de los oligómeros unidos a ARN formados
cuando las proteínas N y P se sintetizaron en Escherichia
coli. La extensión N-terminal y el bucle extendido en el
lóbulo C-terminal contribuyen a las interacciones extensas
entre los monómeros N vecinos. Adaptado de T. J. Green
et al., Science 313: 357–360, 2006, con permiso. Cortesía
de M. Luo, Universidad de Alabama en Birmingham.

Cápsides con simetría icosaédrica


Principios generales
Simetría icosaédrica. Un icosaedro es un sólido con 20 caras triangulares y 12 vértices
relacionadas por dos, tres y cinco ejes de simetría rotacional (Fig. 4.8A). En algunos casos, se
puede ver fácilmente que las partículas víricas son icosaédricas (p. Ej., Ver Fig. 4.15 y 4.27. Sin
embargo, la mayoría de las cápsidas cerradas parecen esféricas y, a menudo, poseen estructuras
superficiales prominentes o glicoproteínas virales en la envoltura que no se ajustan Sin embargo,
la simetría con la que interactúan las unidades estructurales es la de un icosaedro. En geometría
sólida, cada una de las 20 caras de un icosaedro es un triángulo equilátero, y cinco triángulos
interactúan en cada uno. de los 12 vértices (Fig. 4.8A). En las conchas de proteína más simples,
un trímero de una proteína viral única (la subunidad) corresponde a cada cara triangular del
icosaedro: como se muestra en la Fig. 4.8B, dichos trímeros interactúan con uno otra en los ejes
de cinco, tres y dos ejes de simetría rotacional que definen un icosaedro. Como un icosaedro
tiene 20 caras, 60 subunidades idénticas (3 por cara X 20 caras) es el número mínimo necesario
para construir una cápside con icosah simetría edral.
Grandes cápsides y enlaces cuasiequivalentes. En la disposición de empaquetadura icosaédrica
simple, cada una de las 60 subunidades (unidades estructurales o asimétricas) consiste en una
única molécula en un entorno estructuralmente idéntico (Fig. 4.8B). En consecuencia, todas las
subunidades interactúan con sus vecinas de manera idéntica (o equivalente), al igual que las
subunidades de partículas helicoidales como la del virus del mosaico del tabaco. Como las
proteínas virales que forman dichas cubiertas cerradas tienen generalmente una masa molecular
de <-100 kDa, el tamaño del genoma viral que puede acomodarse en este tipo de partícula más
simple se restringe severamente. Para hacer cápsides más grandes, se deben incluir subunidades
adicionales. De hecho, las cápsides de la mayoría de los virus animales se construyen a partir de
más de 60 subunidades y pueden albergar genomas bastante grandes. En 1962, Donald Caspar y
Aaron Klug desarrollaron un marco teórico que explicaba las propiedades estructurales de
partículas más grandes con simetría icosaédrica. Esta teoría ha tenido una enorme influencia en
la forma en que se describe e interpreta la arquitectura del virus.
El número de triangulación, T. Una idea crucial introducida por Caspar y Klug fue la de la
triangulación, la descripción de la cara triangular de una gran estructura icosaédrica en términos
de su subdivisión en triángulos más pequeños, denominados facetas (Fig. 4.9). Este proceso se
describe mediante el número de triangulación, T, que proporciona el número de unidades
estructurales (pequeños “triángulos”) por cara (recuadro 4.3). Debido a que el número mínimo
de subunidades requerido es 60, el número total de subunidades en la estructura es 60T.

Cuasiequivalencia. Una segunda piedra angular de la teoría desarrollada por Caspar y Klug fue la
proposición de que cuando una cápside contiene> 60 subunidades, cada una ocupa una posición
cuasiequivalente; es decir, las propiedades de enlace no covalentes de las subunidades en
diferentes entornos estructurales son similares, pero no idénticas, como es el caso de las cápsides
de 60 subunidades más simples. Esta propiedad se ilustra en la Fig. 4.8C para una partícula con
180 subunidades idénticas. En la estructura pequeña de 60 subunidades, 5 subunidades hacen
cinco contactos simétricos en cada uno de los 12 vértices (Fig. 4.8B). En el conjunto más grande
con 180 subunidades, esta disposición se mantiene en los 12 vértices, pero las subunidades
adicionales se interponen para formar grupos con una simetría de seis veces. En tal cápside, cada
subunidad puede estar presente en uno de tres entornos estructurales diferentes (designados
como A, B o C en la Fig. 4.8C). Sin embargo, todas las subunidades se unen a sus vecinas en formas
similares (cuasiequivalentes), por ejemplo, a través de interacciones cabeza a cabeza y cola a cola.
Se han descrito arquitecturas de la cápside que corresponden a varios valores de T, algunas muy
grandes. El número de triangulación y el enlace cuasiequivalente entre las subunidades describen
las propiedades estructurales de muchos virus simples con simetría icosaédrica. Sin embargo,
ahora está claro que las estructuras adoptadas por segmentos específicos de proteínas de la
cápside pueden gobernar las interacciones de empaquetamiento de subunidades idénticas. Estas
grandes diferencias conformacionales entre pequeñas regiones de subunidades químicamente
idénticas no se anticiparon en las consideraciones iniciales de la estructura del virus. Esta omisión
no es sorprendente, ya que estos principios se formularon cuando se sabía poco sobre la
flexibilidad conformacional de las proteínas. Como veremos en las siguientes secciones, las
arquitecturas de virus pequeños y más complejos pueden, de hecho, apartarse radicalmente de
las restricciones impuestas por la vinculación cuasiequivalente. Por ejemplo, la cápside del
pequeño virus de simio de poliomavirus 40 se construye a partir de 360 subunidades,
correspondientes al número de triangulación T = 6 excluido por las reglas formuladas por Caspar
y Klug (Recuadro 4.3). Además, se ha descrito una cápside estabilizada por la unión covalente de
subunidades para formar un "correo en cadena" viral (Recuadro 4.4). Nuestra visión actual de las
estructuras de virus simétricamente icosahedrales es, por lo tanto, una que incluye una mayor
diversidad en los mecanismos mediante los cuales se pueden formar cápsides estables de lo que
anticiparon los pioneros en este campo.

Figura 4.7 Estructura de un virus de la gripe A ribonucleoproteína. (A) Las ribonucleoproteínas se aislaron de
partículas de virus de influenza A purificadas y las regiones centrales y terminales se analizaron por separado
después de crio-EM. Este procedimiento se adoptó para superar la heterogeneidad en la longitud de las
ribonucleoproteínas individuales y su flexibilidad. Los promedios de clase de imágenes de segmentos rectos de
regiones centrales y reconstrucción tridimensional revelaron que la proteína NP de unión a ARN forma una doble
hélice cerrada por un bucle en un extremo. En el modelo, las hebras NP de polaridad opuesta se muestran en azul
y rosa, con el lazo NP en amarillo y las subunidades de la ARN polimerasa en el otro extremo en gris, verde y
marrón. (B) Cuatro vistas de una única cadena NP, lo que indica la probable localización del ARN genoma de la
cadena (-) (cinta amarilla). Esta localización se dedujo del potencial electrostático de la superficie (modelos a la
izquierda, con carga positiva y negativa que se muestra en azul y rojo, respectivamente) y las posiciones de las
sustituciones que impiden la unión de NP a ARN (azul en los modelos a la derecha). Adaptado de R. Arranz et al.,
Science 338: 1634–1637, 2012, con permiso. Cortesía de J. Martin-Benito, Centro Nacional de Biotecnología,
Madrid, España.
Figura 4.8 Embalaje icosaédrico en estructuras simples. (A) Un icosaedro, que comprende 20 caras triangulares equiláteras
caracterizadas por posiciones de simetría rotacional de cinco, tres y dos veces. Las tres vistas en la parte inferior ilustran
estas posiciones. (B y C) Una coma representa una única molécula de proteína, y los ejes de simetría rotacional se indican
como en el panel A. En el caso más simple, T = 1 (B), la molécula de proteína forma la unidad estructural y cada una de las
60 Las moléculas están relacionadas con sus vecinas por los ejes de rotación de dos, tres y cinco veces que definen una
estructura con simetría icosaédrica. En una estructura icosaédrica tan simple, las interacciones de todas las moléculas con
sus vecinas son idénticas. En la estructura T = 3 (C) con 180 subunidades de proteínas idénticas, hay tres modos de
empaquetamiento de una subunidad (mostrados en naranja, amarillo y púrpura): la unidad estructural (delineada en azul)
es ahora la unidad asimétrica, que Cuando se replica de acuerdo con la simetría icosaédrica de 60 veces, genera la
estructura completa. Las subunidades anaranjadas están presentes en los pentámeros, formados por interacciones de
cola a cola, e interactúan en anillos de tres (de cabeza a cabeza) con subunidades de color púrpura y amarillo, y en pares
(de cabeza a cabeza) con una subunidad de color púrpura o amarilla. Las subunidades púrpura y amarilla están dispuestas
en anillos de seis moléculas (por interacciones cola-cola) que se alternan en la partícula. A pesar de estas diferencias de
empaquetamiento, las interacciones de enlace en las que se involucra cada subunidad son similares, es decir, casi
equivalentes: por ejemplo, todas se involucran en interacciones cola-cola y cabeza-a-cabeza. Adaptado de S. C. Harrison
et al., En B. N. Fields et al. (ed.), Virología Fundamental (Lippincott-Raven, Nueva York, NY, 1995), con permiso.
Figura 4.9 Principio de triangulación: formación de grandes cápsides con simetría icosaédrica. La formación de caras de
partículas icosaédricas por triangulación se ilustra mediante la comparación de unidades estructurales, organización de
unidades estructurales en cinco ejes de simetría icosaédrica y cápsides con el número T indicado. En cada caso, las
subunidades de proteínas están representadas por trapecios, con aquellos que interactúan en los vértices de color
púrpura y todos los demás bronceados. Es importante apreciar que las subunidades de proteínas no son, de hecho,
planas, como se muestra aquí por simplicidad, sino que están altamente estructuradas (ver, para ejemplos, Fig. 4.10 y
4.12). Tanto la interacción de las subunidades alrededor de los cinco ejes de simetría como la cápside, con una cara
individual delineada en rojo, se muestran para cada valor de T, para ilustrar el aumento de cara y tamaño de partícula
al aumentar T.

Cápsulas estructuralmente simples


Varios virus animales no envueltos son lo suficientemente pequeños como para ser susceptibles
de análisis de alta resolución por cristalografía de rayos X. Hemos elegido tres ejemplos, el virus
asociado al adenovirus parvovirus 2, el poliovirus picornavirus y el virus simio 40 del poliomavirus,
para ilustrar los fundamentos moleculares de la arquitectura icosaédrica.
Estructura del virus adenoasociado 2: diseño icosaédrico clásico T = 1. Los parvovirus son virus
animales muy pequeños, con partículas de ⁓25 nm de diámetro que encierran genomas de ADN
de cadena simple de <5 kb. Estas pequeñas cápsides desnudas se construyen a partir de 60 copias
de una subunidad única organizada de acuerdo con la simetría icosaédrica T = 1. Las subunidades
del tipo 2 asociado al virus asociado con adenovirus, un miembro del subgrupo de parvovirus
dependovirus (Apéndice, Fig. 19), contienen un dominio central comúnmente encontrado en las
proteínas de la cápside viral (el rollo de gelatina de barril B; vea la siguiente sección) en el cual
Las hebras B están conectadas por bucles (Fig. 4.10A). Las interacciones entre subunidades
vecinas están mediadas por estos bucles. Las proyecciones prominentes cerca de los tres ejes de
simetría rotacional (Fig. 4.10B), que se han implicado en la unión del receptor del virus asociado
al adenovirus tipo 2, están formadas por una extensa interdigitación entre los bucles de
subunidades adyacentes.
Estructura del poliovirus: una estructura T = 3. Como su nombre lo indica, los picornavirus se
encuentran entre los virus animales más pequeños. A diferencia de los parvovirus T = 1, la
partícula de poliovirus con un diámetro de ⁓30 nm está compuesta por 60 copias de una unidad
estructural multimérica. Contiene un genoma de ARN de cadena (+) de ⁓7.5 kb y su proteína 5´-
terminal unida covalentemente, VPg (Apéndice, Fig. 21). Nuestra comprensión de la arquitectura
de Picornaviridae dio un gran salto en 1985 con la determinación de estructuras de alta resolución
de rinovirus humano 14 (género Rhinovirus) y poliovirus (género Enterovirus).
La unidad estructural heteromérica de la cápside del poliovirus contiene una copia de cada VP1,
VP2, VP3 y VP4. La proteína VP4 se sintetiza como una extensión N-terminal de VP2 y se restringe
a la superficie interna de la partícula. La cápside del poliovirus se construye a partir de unidades
asimétricas que contienen una copia de cada una de las tres proteínas diferentes (VP1, VP2 y VP3)
y, por lo tanto, se describe como una estructura pseudo T = 3 (Fig. 4.11A). Aunque estas tres
proteínas no están relacionadas en la secuencia de aminoácidos, todas contienen una estructura
de hoja central denominada rollo de jalea de barril. La disposición de β-hebras en estas β-
proteínas de barril se ilustra esquemáticamente en la Fig. 4.11B, para comparación con las
estructuras reales de VP1, VP2 y VP3. Como puede verse en el esquema, dos β-hojas antiparalelas
forman una estructura en forma de cuña. Una de las β-hojas comprende una pared de la cuña,
mientras que la segunda, con una hoja muy retorcida β-forma la segunda pared y el piso.
La columna vertebral de la proteína en los dominios β-barril de VP1, VP2 y VP3 se pliega de la
misma manera; es decir, poseen la misma topología, y las diferencias entre estas proteínas están
restringidas en gran medida a los bucles que conectan las cadenas β y a los segmentos N y C
terminales que se extienden desde los dominios centrales del barril β.
La conformación del rodillo de gelatina β de estas proteínas picornavirales también se observa en
los dominios centrales de las proteínas de la cápside de varios virus de ARN de filamentos de
plantas, insectos y vertebrados (+), como el virus espeso del truco del tomate y el virus Nodamura.
Esta conservación estructural fue totalmente imprevista. Aún más notable, esta relación no está
restringida a pequeños virus de ARN: las principales proteínas de la cápside de los parvovirus y
poliomavirus que contienen ADN también contienen dichos dominios de barril β. Está bien
establecido que las estructuras tridimensionales de las proteínas celulares se han conservado en
gran medida durante la evolución, a pesar de que puede haber muy poca identidad de secuencia
de aminoácidos. Por ejemplo, todas las globinas poseen una arquitectura tridimensional común
basada en una disposición particular de ocho hélices α, aunque sus secuencias de aminoácidos
son diferentes. Una interpretación de la ocurrencia común del dominio del rollo de gelatina β-
barril en las proteínas de la cápside viral es que los virus modernos aparentemente no
relacionados (por ejemplo, picornavirus y parvovirus) comparten una parte de su historia
evolutiva. También es posible que esta topología de dominio represente uno de un número
limitado proporcional al empaquetamiento de proteínas para formar una esfera, y es un ejemplo
de evolución convergente. Las propiedades estructurales (y otras) de los virus con genomas de
ADN de doble cadena proporcionan un apoyo convincente para la primera hipótesis (recuadro
4.5).

La similitud general en la forma de los dominios de barril β del poliovirus VP1, VP2 y VP3 facilita
su interacción entre sí para formar las 60 unidades estructurales de la cápside y el
empaquetamiento de estas unidades estructurales. La forma en que estas interacciones se
adaptan para formar una cubierta protectora se ilustra mediante el modelo de la cápside que se
muestra en la figura 4.12: las interacciones extensas entre los dominios de barril β de las proteínas
adyacentes forman una cubierta de proteína rígida y densa alrededor de una cavidad central en
la cual El genoma reside. El empaquetamiento de los dominios de barril β está reforzado por una
red de contactos proteína-proteína en el interior de la cápside. Estas interacciones son
particularmente extensas sobre los cinco ejes (Fig. 4.12C). La interacción de cinco moléculas VP1,
que es exclusiva de los cinco ejes, da como resultado una prominencia prominente que se
extiende a aproximadamente 25 Å desde la cubierta de la cápside (Fig. 4.12A). La protuberancia
aparece como una meseta de paredes escarpadas rodeada por un valle o hendidura. En las
cápsides de muchos picornavirus, estas depresiones, que contienen los sitios de unión al
receptor, son tan profundas que se han denominado cañones. Una de las varias lecciones
importantes aprendidas del análisis de alta resolución de las cápsidas de picornavirus es que su
diseño no se ajusta estrictamente al principio de la quasiequivalencia. Por ejemplo, a pesar de la
identidad topológica y la similitud geométrica de los dominios de rollos de gelatina de las
proteínas que forman la cubierta de la cápside, las subunidades no se involucran en la
quasiequivalente. enlace: las interacciones entre las moléculas VP1 alrededor de los cinco ejes no
son química ni estructuralmente equivalentes a Aquellos en los que se involucran VP2 o VP3.

Figura 4.10 Estructura del virus 2. asociado a parvovirus 2. (A) Diagrama de cinta de la subunidad de capa única de la
partícula T = 1. Las regiones de la subunidad que interactúan alrededor de los ejes de cinco, tres y dos ejes (indicadas) de
simetría icosaédrica se muestran en azul, verde y amarillo, respectivamente. Los segmentos rojos forman picos que se
agrupan alrededor de los tres ejes. (B) Vista de la superficie de la estructura de resolución 3-Å determinada por
cristalografía de rayos X de viriones purificados. Las regiones de las subunidades individuales a partir de las cuales se
construye la cápside están coloreadas como en el panel A, y la cara formada por tres subunidades está delineada en
negro. Adaptado de Q. Xie y otros, Proc Natl Acad Sci U S A 99: 10405–10410, 2002, con permiso. Cortesía de Michael
Chapman, Florida State University.
Figura 4.11 Empaque y estructuras de proteínas de poliovirus. (A) El embalaje de las 60 unidades estructurales VP1-VP2-VP3,
representadas por bloques en forma de cuña correspondientes a sus dominios β-barril. Tenga en cuenta que la unidad
estructural (delineada en negro) contribuye a dos caras adyacentes de un icosaedro en lugar de corresponder a una faceta.
Cuando se ensamblan las partículas de virus, VP4 se une covalentemente al extremo N de VP2. Se encuentra en la superficie
interna de la cubierta de la cápside (ver Fig. 4.12A). (B) La topología de la cadena polipeptídica en un rodillo de gelatina de
barril β se muestra en la parte superior izquierda. Las cadenas β, indicadas por flechas, forman dos hojas antiparalelas
yuxtapuestas en una estructura en forma de cuña. Las dos α-hélices (cilindros morados) que rodean el extremo abierto de
la cuña también se conservan en la ubicación y orientación de estas proteínas. Como se muestra, las proteínas VP1, VP2 y
VP3 contienen cada una un dominio central de rodillo de gelatina de β-barril. Sin embargo, los bucles que conectan las
cadenas β en este dominio de las tres proteínas varían considerablemente en longitud y conformación, particularmente en
la parte superior del barril β, que, como se representa aquí, corresponde a la superficie exterior de la cápside. Los
segmentos N y C terminales de la proteína también varían en longitud y estructura. La extensión N-terminal muy larga de
VP3 se ha truncado en esta representación. Adaptado de J. M. Hogle et al., Science 229: 1358–1365, 1985, con permiso.

Figura 4.12 Interacciones entre las proteínas de la cápside del poliovirus. (A) Representación de relleno de
espacio de la partícula, con cuatro pentámeros eliminados de la cubierta de la cápside y VP1 en azul, VP2 en
verde, VP3 en rojo y VP4 en amarillo, como en la Fig. 4.11A. Tenga en cuenta la gran cavidad central en la que
reside el genoma de ARN; la capa de proteína densa formada por el empaquetamiento de los dominios β - barril
de VP1, VP2 y VP3; y la ubicación interior de VP4, que decora la superficie interna de la cubierta de la cápside.
(B) Representación de relleno de espacio de la superficie exterior que muestra el empaquetamiento de los
dominios de barril β de VP1, VP2 y VP3. Las interacciones entre los lazos que conectan la superficie superior de
los dominios de barril β de estas proteínas crean las características superficiales del virión, como las mesetas en
los ejes quíntuples, que están rodeadas por una hendidura profunda o cañón. La partícula también se estabiliza
por numerosas interacciones entre las proteínas en el lado interno de la cápside. (C) Estos contactos internos son
más extensos alrededor de los cinco ejes, donde los extremos N de las cinco moléculas VP3 están dispuestos en
una lámina β paralela similar a un tubo. Los extremos N de las moléculas VP4 transportan cadenas del miristato
de ácido graso, que se agregan a la proteína después de la traducción. Los lípidos median la interacción de la
lámina β formada por los términos VP3 N con una segunda estructura de lámina β, que contiene hebras
contribuidas por las moléculas tanto VP4 como VP1. Esta estructura interna no se completa hasta las etapas
finales de, o después, el ensamblaje de partículas de virus, cuando el procesamiento proteolítico libera VP2 y VP4
de su precursor, VP0. Esta reacción por lo tanto estabiliza la cápside. Los paneles A y B fueron creados por Jason
Roberts, Instituto Doherty, Melbourne, Australia.
Un diseño icosaédrico alternativo: estructura del virus simio 40. Las cápsides de los pequeños
poliomavirus de ADN, virus simio 40 y poliomavirus de ratón, de ~50 nm de diámetro, se
organizan de acuerdo con un diseño bastante diferente que no se basa en interacciones
cuasiequivalentes. La unidad estructural es un pentámero de la proteína estructural principal,
VP1. La cápside se construye a partir de 72 pentámeros de este tipo que participan en uno de los
dos tipos de interacción. Doce unidades estructurales ocupan las 12 posiciones de simetría
rotacional quíntuple, en las cuales cada una está rodeada por cinco vecinos. Cada uno de los 60
pentámeros restantes está rodeado por 6 vecinos en posiciones de simetría rotacional de seis
veces en la cápside (Fig. 4.13A). En consecuencia, los 72 pentámeros del virus de simio 40 ocupan
varios entornos locales diferentes en la cápside, debido a las diferencias en el empaquetamiento
alrededor de los ejes de cinco y seis veces. Al igual que las tres proteínas de poliovirus que forman
la cáscara de la cápside, el virus de simio 40 VP1 contiene un gran dominio central de rodillo de
gelatina de barril β, en este caso con un brazo N-terminal y una extensión larga C-terminal (Fig.
4.13B).
Sin embargo, la disposición y el empaquetamiento de las moléculas VP1 se parecen poco a la
organización de las proteínas de la cápside del poliovirus. En primer lugar, los barriles VP1 β en
cada pentámero se proyectan hacia afuera desde la superficie de la cápside hasta una distancia
de aproximadamente 50 Å, en contraste con los de las proteínas de la cápside del poliovirus, que
se inclinan a lo largo de la superficie de la cubierta de la cápside. Como resultado, la superficie
del virus de simio 40 es mucho más "bristosa" que la del virus de la polio (comparar Fig. 4.12A y
4.13A). Además, las moléculas VP1 presentes en pentámeros adyacentes en la cápside del virus
de simio 40 no hacen contactos extensos a través de las superficies de sus dominios de barril β.
Más bien, las interacciones estables entre los pentámeros están mediadas por sus brazos N y C
terminales. El empaquetado de pentámeros VP1 en matrices tanto pentameric como
hexamericanas requiere diferentes contactos entre estas unidades estructurales, dependiendo
de su entorno local. De hecho, solo hay tres tipos de contacto interpentamer, que son el resultado
de conformaciones alternativas e interacciones no covalentes de los largos brazos C-terminales
de las moléculas VP1. Los papilomavirus humanos también exhiben el mismo diseño de cápside.
El virus de los simios 40 y las cápsides de poliovirus difieren en su apariencia superficial, en el
número de unidades estructurales y en las formas en que interactúan estas unidades
estructurales. Sin embargo, comparten características importantes, incluida la organización
modular de las proteínas que forman la cubierta de la cápside y un dominio de barril β común
como el bloque de construcción de la cápside. Ni el poliovirus ni el virus de los simios 40 cápsides
se ajustan a una construcción cuasiequivalente estricta: todos los contactos creados por todas las
subunidades de proteínas no son similares, y en el caso del virus de los simios 40, la mayoría de
los pentámeros VP1 están empaquetados en matrices hexaméricas. Sin embargo, el
empaquetamiento cercano con simetría icosaédrica se logra mediante variaciones limitadas de
los contactos, ya sea entre superficies topológicamente similares, pero químicamente distintas
(poliovirus) o mediante un brazo flexible (virus simio 40).
Figura 4.13 Características estructurales del virus de simio 40. (A) Vista del virión del virus de simio 40 que
muestra la organización de los pentámeros VP1. Uno de los 12 pentámeros 5-coordinados se muestra en
púrpura y 10 de los 60 pentámeros presentes en matrices hexaméricas están en gris claro. Las moléculas VP1
individuales en los pentámeros que rodean un pentámero con cinco vecinos son de color rojo, azul, verde,
amarillo y naranja. La imagen fue creada por Jason Roberts, Instituto Doherty, Melbourne, Australia. (B) La
topología de la proteína VP1 mostrada en un diagrama de cinta, con las hebras del rodillo de gelatina de barril
β coloreada como en la Fig. 4.11B. Este dominio de barril β es perpendicular a la superficie de la cápside. El
brazo C-terminal y la hélice-α (αC; naranja) de la subunidad VP1 invaden un pentámero vecino (no mostrado).
El brazo C-terminal y la hélice-α C mostrados en gris (αCʹ) son el brazo invasor de un pentámero vecino
diferente (no mostrado), que está sujeto en su lugar por interacciones extensas de su cadena β con el
segmento N terminal de la subunidad mostrada. La subunidad mostrada también interactúa con el brazo N-
terminal de su vecino antihorario en el mismo pentámero (gris oscuro). Esta subunidad también interactúa
ampliamente con otros segmentos de subunidades en el mismo pentámero o en los pentámeros vecinos, que
se muestran en gris o negro. Adaptado de R. C. Liddington et al., Nature 354: 278–284, 1991, con permiso.

Cápsides icosaédricos estructuralmente simples en partículas más complejas. Sin embargo, varios
virus que son estructuralmente más sofisticados que los descritos en las secciones anteriores
poseen simples capas de proteínas construidas a partir de una o unas pocas proteínas
estructurales. La complejidad proviene de las capas adicionales de proteínas y lípidos en las que
se encierra la cápside (consulte "Virus con sobres" a continuación).