Tugas prak.

2 Biokimia (databases karbohidrat & lipid) Page 1

Eksplorasi Biokimia Berbasis Internet

Sumber informasi berbasis internet telah mendorong perkembangan yang

pesat dari cabang ilmu bioinformatika dan biokimia kommputasi. Berbagai basis
data bermunculan dengan kekhasan masing-masing. Dimana basis data (bahasa
Inggris: database), adalah kumpulan informasi yang disimpan di dalam komputer
secara sistematik sehingga dapat diperiksa menggunakan suatu program komputer
untuk memperoleh informasi dari basis data tersebut. Perangkat lunak yang
digunakan untuk mengelola dan memanggil kueri (query) basis data disebut
sistem manajemen basis data (database management system, DBMS). Sistem
basis data dipelajari dalam ilmu informasi. Berikut ini merupakan informasi basis
data dalam ilmu biokimia dari beberapa alamat web.

1. Basis Data Untuk Lipid.

 Untuk mencari basis data tentang lipid, bisa di cari melalui alamat web ini
http://www.lipidmaps.org/meetings/index.html. Dimana akan muncul halaman
muka atau berandanya seperti ini.

Tugas prak. 2 Biokimia (databases karbohidrat & lipid) Page 2

 Pada halaman awal web ini, kita dapat memperoleh informasi mengenai
Infrastruktur LIPID MAPS, dimana merupakan sumber daya yang unik bagi
masyarakat biomedis. Selain menyediakan database terbesar tentang struktur
molekul lipid, lipid maps sumber berisi informasi tentang proteome lipid,
kuantitatif perkiraan lipid dalam plasma manusia, peta lengkap pertama
lipidome makrofag, dan sejumlah alat-alat biologi lipid termasuk spektrometri
massa alat, alat-alat struktur dan jalur alat.
Situs LIPID MAPS secara luas dianggap sebagai 'one stop shop' untuk
penelitian lipid dan sumber informasi yang berharga bagi para peneliti yang
tertarik dengan lipid biologi dan kimia, dan juga menyediakan serangkaian
rinci tutorial untuk kepentingan siswa dan orang-orang baru ke bidang. Sistem
klasifikasi dan nomenklatur LIPID MAPS telah diadopsi di seluruh dunia
untuk pedoman pada reperentation organizization dan struktural lipid kelas.
Selain berbagai kutipan, LIPID MAPS dipuji oleh pers ilmiah. Misalnya
LIPID MAPS adalah ref

 Dalam basis data ini, kita bisa melihat atau mengetahui peran lipid. Contohnya
untuk mengetahui peran lipid kita bisa mensearch atau mencari dengan
memasukan keyword atau kata kunci pada kolom atas, contohnya kita mencari
tentang fatty acyls, seperti pada tampilan di bawah ini.

Tugas prak. 2 Biokimia (databases karbohidrat & lipid) Page 3

 lalu akan muncul tampilan seperti ini.

 Akan ada banyak kata kunci atau link yang muncul. Maka pilihlah atau klik
salah satu link yang ingin di lihat atau ketahui. Contohnya saya memilih kata
kunci (tanda panah) Infectious disease: Pro-resolving lipids offer a helping
hand to antibiotics, maka akan muncul tampilan atau informasi seperti ini.

Tugas prak. 2 Biokimia (databases karbohidrat & lipid) Page 4

 Dimana pada basis data ini memberikan informasi bahwa Pro-resolving lipid
berperan membantu antibiotik saat terjadi infeksi. Seperti mengendalikan
tingkat peradangan menanggapi infeksi ini menyeimbangkan bertindak: terlalu
sedikit mungkin memfasilitasi infeksi, sedangkan terlalu banyak dapat
menyebabkan kerusakan jaringan. Dan menunjukkan bahwa mereka dapat
menurunkan dosis antibiotik diperlukan untuk menghapus infeksi.

 Selamat mencoba.

Tugas prak. 2 Biokimia (databases karbohidrat & lipid) Page 5

2. Basis Data Untuk Karbohidrat
 Untuk mencari basis data tentang enzim karbohidrat, bisa di cari melalui
alamat web ini http://www.cazy.org/. Dimana akan muncul halaman muka atau
berandanya seperti ini.

 Pada web ini memberikan informasi mengenai basis data yang

menggambarkan kumpulan struktural terkait katalitik dan mengikat karbohidrat
modul (atau domain fungsional) dari enzim yang menurunkan, memodifikasi, atau
membuat glycosidic obligasi. CAZy merupakan sebuah database spesialis yang
didedikasikan untuk tampilan dan analisis genom, struktural dan biokimia informasi
enzim aktif-karbohidrat (CAZymes). Genom baru ditambahkan secara teratur segera
setelah mereka muncul dalam rilis harian GenBank. Aspek CAZy database asli adalah
upaya untuk mencakup semua karbohidrat-aktif enzim di seluruh organisme dan di
subbidang glycosciences.

 Dalam basis data ini, kita bisa mengetahui enzim-enzim karboiydrat .

Contohnya untuk mengetahuinya kita bisa mensearch atau mencari dengan
memasukan keyword atau kata kunci pada kolom atas, contohnya kita mencari
tentang polysaccharide, seperti tampilan berikut ini.

Tugas prak. 2 Biokimia (databases karbohidrat & lipid) Page 6

 Setelah melakukan pencarian, maka akan muncul tampilan seperti dibawah
ini.

 Akan ada beberapa kata kunci atau link yang muncul. Maka pilihlah atau
klik salah satu link yang ingin di lihat atau ketahui , contohnya saya

Tugas prak. 2 Biokimia (databases karbohidrat & lipid) Page 7

 memilih link (tanda panah) Polysaccharide Lyase family classification ,
maka akan muncul tampilan atau informasi seperti ini.

 Dimana pada basis data ini memberikan informasi mengenai Polisakarida

Lyases (EC 4.2.2.-) yang merupakan sekelompok enzim yang membelah
uronic mengandung asam-polisakarida rantai melalui mekanisme u03B2-
eliminasi % untuk menghasilkan residu asam jenuh hexenuronic dan
mengurangi akhir yang baru. Database CAZy menyampaikan klasifikasi
enzim-enzim dalam keluarga dan subfamili berdasarkan kemiripan urutan
asam amino, ditujukan untuk mencerminkan fitur mereka struktural .
Enzim-enzim ini menunjukkan berbagai macam jenis lipat (atau kelas) ,
menyarankan bahwa PLs telah ditemukan lebih dari sekali selama evolusi
dari perancah yang sama sekali berbeda. Sama seperti untuk glukosida
glikosida dan glycosyltransferases, keluarga berbasis urutan polisakarida
lyases yang sering polyspecific (yaitu mengandung enzim bertindak pada
substrat yang berbeda atau yang menghasilkan produk yang berbeda).
Pengelompokan ke sebagian besar monospecific subfamili dijelaskan pada
menyediakan upaya untuk meredakan polyspecificity ini. Subfamili
informasi disediakan sepanjang

 Selamat Mencoba

Tugas prak. 2 Biokimia (databases karbohidrat & lipid) Page 8