BIOLOGI MOLEKULER
OLEH:
KELOMPOK V
IDAWATI ( 917312906201003)
WAHYU ILYAS MANDALI (917312906201.12)
Segala puji bagi Allah SWT, berkat ridho-Nya kami dapat menyelesaikan
tugas makalah yang berjudul “(Pengendalian ekspresi genetik pada eukaryot )”.
Dalam menyusun makalah ini, terdapat hambatan yang penulis alami, namun
berkat dukungan, dorongan dan semangat sehingga penulis mampu menyelesaikan
makalah ini. Oleh karena itu penulis tidak lupa pada kesempatan ini mengaturkan
terima kasih kepada BAPAK dosen pembimbing.
Kami menyadari bahwa terdapat banyak kekurangan dalam makalah ini. Oleh
karena itu penulis mengharapkan kritik dan saran yang membangun dari pembaca.
Semoga makalah “( Pengendalian ekspresi genetik pada eukaryot )”.ini
bermanfaat bagi pembaca pada umumnya dan penulis pada khususnya.
Penulis
DAFTAR ISI
DAFTAR ISI............................................................................................................................. 3
BAB I ........................................................................................................................................ 4
PENDAHULUAN .................................................................................................................... 4
A. Latar Belakang ............................................................................................................ 4
B. Rumusan Masalah ...................................................................................................... 5
C. Tujuan Makalah.......................................................................................................... 5
BAB II....................................................................................................................................... 6
PEMBAHASAN ....................................................................................................................... 6
A. Sinyal Pengendali Eksperesi Genetik Pada Eukaryot ............................................. 6
B. Motif-Motif Protein Pengendalian Ekspresi Genetik Pada Eukaryot ................... 9
C. Pengendalian Ekspresi Gen...................................................................................... 13
D. Pengendalian Ekspresi Genetik Pasca-Transkripsi ............................................... 19
BAB III ................................................................................................................................... 23
PENUTUP .............................................................................................................................. 23
A. Kesimpulan ................................................................................................................ 23
DAFTAR PUSTAKA ............................................................................................................. 24
BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
B. Rumusan Masalah
C. Tujuan Makalah
PEMBAHASAN
Pengontrolan ekspresi gen dapat terjadi pada setiap langkah dalam jalur dari
gen ke protein fungsional dengan kata lain Regulasi ekspresi gen pada sel eukariot
dilakukan pada banyak titik pengendali mulai dari transkripsi sampai pasca
translasi. Regulasi ekspresi gen dapat ditinjau dari tiga sesi, yaitu :
1. Pengendalian ekspresi genetik dapat ditinjau dari 3 sisi, yaitu :
sinyal pengendali ekspresi;
level pengendalian ekspresi;
mekanisme pengendalian
2. Sinyal pengendali ekspresi meliputi semua molekul yang berperanan dalam
proses pengendalian ekspresi, misalnya faktor transkripsi dan protein
regulator khusus
3. Level pengendalian ekspresi terjadi pada tahapan :
inisiasi transkripsi dan perpanjangan transkrip;
pengakhiran (terminasi) transkripsi;
pengendalian pasca-transkripsi dan
pengendalian selama proses translasi dan pasca translasi
4. Mekanisme pengendalian ekspresi gen membahas proses rinci pengendalian
ekspresi genetik yang meliputi interaksi antar sinyal pengendali ekspresi.
Gambar 2.10 Ringkasan keseluruhan proses dari ekspresi gen
pada sel eukariot. Tiap level pengendalian yang disajikan pada gambar
tersebut merupakan pengendali potensial dimana ekspresi gen dapat di on
atau off-kan, dipercepat atau diperlambat.
Proses ekspersi genetik pada eukaryot diatur oleh banyak molekul yang
berintraksi secara spesifik. Intraksi antar molekul tersebut terjadi melalui ikatan
antara DNA dengan protein, protein dengan protein, maupun protein dengan molekul
lain, misalnya hormon. Sinyal (molekul) pengendali ekspresi genetik dapat
dikelompokan menjadi dua yaitu:
Selain RNA polimerase, ekspresi genetik (transkripsi dan translasi) diatur oleh
banyak molekul protein lain. Faktor transkripsi (transcription factor, TF) adalah
molekul-molekul protein yang berperanan melalui proses transkripsi. Faktor
transkripsi berkaitan satu sama lain dengan pola kompleks yang menyebabkan RNA
polimerase dapat melakukan sintesis RNA dengan menggunakan cetakan (template)
berupa urutan nukleotida gen yang ditranskripsi. Seperti telah dijelaskan dalam baba
sebelumnya, faktor transkripsi dapat dibedakan berdasarkan atas kelas yang diaturnya
yaitu, TFI, TFII, TFIII, masing-masing dengan subkelas yang bermacam-macam.
Molekul-molekul tersebut dikenal sebagi faktor transkripsi umum (general
transcription factor). Selain transkripsi umum, ada protein-protein lain yang
berkaitan dengan urutan DNA khusus
Nama Protein Urutan DNA Contoh Pada Jasad
Konsensus
TBP (TATA-box binding TATAAAA
protein)
Protein yang terkait pada CCAAT CBF pada tikus
urutan CCAAT CBP pada
mencit
CP1 pada
manusia
HAP2 atau
HAP3 pada
khamir
protein yang terkait pada TGGCA NF1 ( nuclear
urutan TGGCA factor)
Domain pengikat DNA adalah bagian protein yang berikatan secara langsung
dengan DNA. Domain yang mengaktifkan transkripsi adalah bagian struktur protein
yang berperanan dalam melakukan aktivitasi transkripsi. Beberapa protein
membentuk dimer, baik dalam bentuk homodimer (dua monomer yang identik
menjadi satu). Protein-protein yang membentuk dimer semacam ini mempunyai
daerah (domain) yang merupakan tepat pengikatan antara satu monomer dengan
monomer yang lain. Daerah inilah yang disebut dengan domain dimerisasi. Beberapa
protein lain ada juga yang mempunyai domain khusus untuk mengikat molekul
efektor khusus, misalnya hormon stroid.
Domain semacam ini misalnya terdapat pada monomer protein Gal14 yang
membentuk dimer berupa gulungan. Aktivator ini mempunyai domain pengikat DNA
yang dihubungkan dengan modul dimerisasi melalui domain penghubung.
Salah satu motif yang ditemukan di antara protein regulator transkripsi adalah
motif zinxc finger ( jari-jari zinc). Protein yang mempunyai motif semacam ini
tersusun atas beberapa asam amino sistein dan histidin yang berurutan serta berikatan
dengan atom zinc membentuk suatu struktur seperti jari, misalnya faktor transkripsi
TFIIIA dan protein Gal4. Protein dengan motif jari-jari CH dan jari CC. motif jari-
jari CH (cysteine histine finger) mempunyai urutan konsensu sebagai berikut:
Motif Bzip dan HLH mempunyai dua fungsi yaitu sebagai domain pengikat
DNA dan domain dimerisasi. ZIP berasal dari kata leucine zipper sedangakan HLH
berasal dari kata helix-loop-helix. Huruf b menandakan bagian protein yan bersifat
basis. Protein yang mempunyai motif leuine zipper mengandung helix α yang
tersusun oleh rangkain asam amino leusin sedemikian rupa membentuk struktur
zipper. Protein domaiinya bermotif semacam ini misalnya protein regulator GCN4,
yaitu aktivator pada S. cerevisie yang berperan dalam metabolisme asam amino.
Motif HLH mempunayi kemiripan dengan struktur bZIP. Bebarapa protein
mempunyi domain bHLH-ZIP, yaitu suatu domain dengan motif HLH dan ZIP,
misalnya protein Myc (onkogen).
Fungsi Aktivator
Gen merupakan unit molekul DNA atau RNA dengan panjang molekul
tertentu yang membawa informasi mengenai urutan asam amino yang lengkap suatu
protein atau yang menentukan struktur lengkap suatu molekul rRNA atau tRNA. Gen
mengandung informasi genetik yang dapat diwariskan dan diekspresikan. Ekspresi
gen adalah rangkaian proses penerjemahan informasi genetik menjadi produk sintesis
berupa protein atau polipeptida. Lebih jauh lagi, ekspresi gen adalah proses
penentuan sifat (fenotip) dari suatu organisme oleh gen. Sifat yang dipunyai oleh
suatu organisme merupakan hasil proses metabolisme yang terjadi di dalam sel. Sel
secara tepat mampu mengatur ekspresi gen. Sel prokariot dan eukariot mampu
mengatur pola ekspresi gen dalam merespon perubahan kondisi lingkungan. Proses
ekspresi gen digunakan organisme untuk mengatur perkembangan fenotip organisme
dari genotipnya, beradaptasi terhadap respon lingkungan, tanda terjadinya kelainan
dalam tubuh, dan digunakan dalam differensiasi sel, serta fungsi biologis lainnya.
Ekspresi gen dilakukan dua tahap yaitu transkripsi dan translasi. Proses transkripsi
terjadi di dalam inti sel, sedangkan translasi berlangsung di sitoplasma, sehingga
RNA harus dikeluarkan dari inti sel ke sitoplasma. Tahapan ekspresi gen, yaitu :
a. Pengendalian Gen Kelas I
Gen kelas I adalah gen-gen yang menkode sintesis rRNA. Laju sintesis
rRNA berakaitan dengan pertumbuhan dan perkembangan sel. Contohnya adalah laju
sintesis r RNA pada sel liver yang mengalami regenerasi adalah 10 kali lebih besar
dari pada sel normal, demikian juga sel tumor, lomfosit yang sedang memperbanyak
diri, maupun sel-sel embrio awal. Faktor yang memengaruhi perbedan laju sinteis
tersebut antara lain adalah:
Telah diketahui bahwa sintesis rRNA-nya tidak dikendalikan pada aras yang
sama pada tipa sel atau organimenya. Contohnya, bakteri atau khamir yang
ditumbuhkan dalam medium minimal, laju sintesis rRNA-nya berkurang sampai
80%. Demikian juga pad kultur sel/mamalia yang ditumbuhkan dalam medium
minimal masihmenyinsintesis 30-50% pre-rRNA, namun tidak ada sintesis protein
ribosom. Dalam hal ini ribosom tidak terbentuk dan pre-rRNA didegradasi.
Dalam kasus sintesis rRNA pada Acanthamoeba castellani, jika sel yang
sebelumnya ditumbuhkan dalam medium kaya kemudian dipindahkan ke medium
minimal, maka laju sintesis 395 rRNA turun, sedangkan jumlah RNA polimirase I
dan faktor transkripsinya tetp. Meskipun demikian, ekstrak sel acanthamoeba yang
diisolasi pada kisaran waktu yang berbeda selam pembentukan kista (cyst)
menujukan kehilangan secara progresif kemampuan untuk melakukan transkripsi
rRNA secara in vitro. Hal ini nampaknya terjadi karena adanya perubahan RNA
polimerase I di dalam kista sehingga menjadi lebih termolabil meskipun tidak ada
perubahan komposisi subunitnya. Penurunan kemampuan in dpat diatasi dengan
menambahkan RNA polimerase I dari sel-sel vegetatif
Pengendalian ekspresi Gen kelas dua dapat terjadi pada beberapa arah, yaitu:
Salah satu contoh model regulasi Gen kelas II yang sudah di ketahui cukup
rinci adalah mekanisme regulasi gen GAL pada Khamir Saccharomyces cerevisiae.
Gen GAL adalah serangkaian gen yang bertangung jawab dalam metabolisme
galaktosa. Sistem regulasi gen GAL melibatkan suatu sirkuit yang terdiri atas
aktifitas dan represi transkripsi. Sirkuit ini melibatkan produk eksepresi gen-gen
yang terletak pada kromosom yang berbeda secara umum, regulasi ekpresi gen-gen
GAL ditentukan oleh dua gen utama , yaitu protein Gal4 (dikode oleh gen GAL4
yang terletak pada kromosom XVI) dan protein Gal80. Protein gal4 berperan sebagai
aktivator trskripsi gen-gen GAL2,GAL7,GAL10,dan MEL1, sedangkan protein
Gal80 berperan sebagai represor yang mengeplok protein Gal4 sehinga Gal4 tidak
dapat menjalankan fungsinya sebagai aktivator transkripsi. Secara skematis, sirkuait
regulasi gen GAL.
Menujukan bahwa jika protein Gal4 dalam keadaan bebas maka protein akan
mengaktifkan gen-gen GAL1,GAL7, dan GAL10 ( yang terletak pada kromosom II)
gen GAL2 ( pada kromosom XII) dan gen MEL I. jika khamir S.sereficiaen
ditumbuhkan dalam medium yang mengandung glukosa dan glaktosa, maka glukosa
akan berperan sebagai sebagai ko-represor yang akan menekan masuknya glaktosa
dari luar sel. Keadaan ini menyebabkan tidak dapat disintesinnya indu sel. Kalaupun
sebelumnya didalam sel sudah ada induser, maka glukosa akan mengblok induser
Sebaliknya, jika khamir ditumbuhkan dalam mendium yang hanya mengandung
glukosa, maka gen GAL3 akan diekspresikan untuk menghasilkan enzim yang akan
membentuk produk metabolit galaktosa yang dapat berfungsi sebagai induser.
Induser berperan untuk mengblok GAL80 sehingga protein ini tidak dapat
menghalangi Gal4 untuk mengaftikan rangkaian gen GAL. jika dalam medium
pertumbuhan tersebut ada glukosa dan galakkosa, maka galakosa menghalangi
pembentukan induser atau mengblok induser sehingga induser tidak dapat mengblok
Gal80. Dalam keadaan demikian maka Gal80 akan bebas sehingga dapat mengblok
protein gal4.
Gen kelas III adalah gen yang mengkode sintesis tRNA dan 5S rRNA. Salah
satu model pengendalian ekspresi gen kelas III yang diketahui adalah regulasi sintesis
5S rRNA selam proses oogenasis dan mbriogenasais pada Xenopus leavis. Pada jasad
ini ada dua tipe gen 5S r RNA, yaitu gen 5S somatik dan 5S oosit.
Gen 5S somatik diketahui juga transkripsi di oosit pada aras yang tidak terlalu
tinggi, yaitu kurang dari 10% dan 5S RNA total, tetapi gen tersebut tetap aktiv selama
sel somatik masih hidup. Sebaliknya, gen 5S r RNA oosit hanya ditanranskripsi di
oosit. Transkripsi gen tersebut mencapai aras maksimal didalam oosit yang masih
muda dan akan menurun sejalan dengan semakin tuanya oosit. Transkripsi gen 5S
oosit tidak terdeteksi pada saat embriogenesis maupun didalm sel somatik. Penelitian
menujukan bahwa faktor kunci yang menyebabkan perbadaan dalam pengendalian
ekspresi gen 5S rRNA tersebut adalah faktor transkripsi TFIIIA. Diketahui bahwa
TFIIIA mempunyai daya ikata( affanity) yang lebih besar terhadap gen 5S somatik
dari pada gen 5S oosit. Selain itu juga diketahui bahwa TFIIIA berikatan denagan
rRNA untuk membentuk partikel berukuran 7S.
Pada awal proses oogenesis, molekul TFIIIA tersedia didalm jumlah banyak
sehingga terjadi akumulasi 5S r RNA. Keadaan ini akhirnya menyebabkan terjadinya
proses autoregulasi karena molekul 5S r RNA berkaitan dengan TFIIIA. Ikatan antara
TFIIIA dengan 5S r RNA menyebabkan TFIIIA tidak tersedia lagi untuk proses
transkripsi gen 5S berikutnya. Selain itu, dengan semakin tua oosit maka terjadi
penurunan arah m RNA yang mengkode TFIIIA sehingga molekul TFIIIA hasil
translasi m RNA juga berkurang. Pada keadaan ini molekul TFIIA yang ada
mempunysi kecenderungan untuk berikatan dengan 5S somatik sehinga faktor
transkripsi ini tidak tersedia untuk proses transkripsi gen 5S r RNA pada oosit.
Akibtanya, gen 5S r RNA pada oosit tidak dapat ditranskripsik lagi. Secara garis
besar regulasi ekspresi gen 5S r RNA.
Oogenesis awal:
Akumulasi RNA 5S
Autoregulasi
Jika jaringan galandula mammae dikultur dan distrimulasi pada protein, maka
jaringan tersebut akan menghasilkan protein susu kasien. Diketahui bahwa
konsentrasi m RNA meningkat seiring dengan peningktan konsentrasi kasien yaitu
sekitar 200 kali dalm waktu 24 jam setelah perlakuan dengan hormon prolaktim.
Meskipun demikian, hal ini tidak berarti bahwa laju sintesi m RNA kasie meningkat
sebanyak 20 kali karean pada kenyataan hanya meningkat 2-3 kali. Peningkatan
konsentrasi kasien lebih disebabkan oleh peningkatan stabilitas m RNA. Fenomena
serupa juga diamati pada m RNA reseptor transferin.
Regulasi faktor transkripsi
1. Regulasi temporal, misalnya gen c-fos, c-cun, c-myc, dan egr-1 adalh gen-
gen yang mengkode faktor transkripsi yang diatur secara temporal oleh
jalur tranduksi simyal (signal transducution pathway). Beberapa faktor
yang dapat mengatur ekspresi faktor-faktor transkripsi tersrbut antra lain
adalah pengikatan mitoken atau faktor diferensiasi, implus saraf dan
kerukan fisik,
2. Regulasi dengan pengikatan ligan anggota resptor hormon stroid adalah
contoh faktor transkripsi yang aktivitasnya diatur oleh ligan ekternal. Jika
tidak ada ligan, maka faktor transkripsi tersebut menjadi suatu komprex
yang tidak aktiv dan berikatan dengan protein heat/shock hsp90. Dengan
adanya ligan, faktor-faktor transkripsi tersebut akan berdisioasi dari
hsp90, membentuk diner dan akhirnya dapat menghasilaan gen-gren yang
menjadi target.
3. Regulasi dengan squestration protein NFk-β adalah contoh faktor
transkripsi yang ditur dengan mekanisme squenstration atau pengasingan
yaitu dengan diikat pada protein sitoplasma IKB. fosporilasi terhadap
protein IKB oleh protein kinase C dapat menyeabkan kompleks NFK-B-IK-
B terdisiosi sehingga menyebabkan NFK-B menjadi aktiv.
4. Regulasi dengan modifikasi pasca-translasi. Bebrapa faktor transkripsi
diketahui diatur aktivitasnya dengan mekanisme yang terjadi setelah
translasi. Proses regulasi yang terjadi dapat berupa fosforilasi atau
glikosilasi. Sebagai contoh, faktor transkrpsi CREB difofirilasi aoleh
proten kinasee PKA yang tergantung pada c AMP. fosforilasi tersebut
menyebabkan pembentukan dimer protein CRAB yang bersifat aktiv.
Selain itu, juga da mekanisme regulasi aktivtas dengan mekanisme
glikosilasi, yaitu penambahan gugus karbohidrat pada struktur protein.
5. Regulasi dengan pengblokan tempat ikatan pada DNA. faktor transkrip
adalah contoh transkripsi yang dapat melekat pada kotak CCAAT pada
gen γ pada manusia dan dapat berkompentensi dengan faktor traskripsi
lain, yaitu CP1 yang juga melekat pada kotak CCAAT. Kompetisi
semacam ini dapat memengaruhui aktivitas faktor traskripsi
6. Regulasi dengan pengoblokan aktivitas. Aktivitas suatu faktor transkripsi
juga dapat ditekan oelh protein lain yang menblok domain aktivasinya,
misalnya faktor transkripsi Gal4 pada saccharomyces creviciae dapat
ditekan aktivitasnya oelh protein Gal80.
7. Regulasi dengan mekanisme silecing. Silencing adalah suatu sekuents
yang berperan sebagi faktor pengendali negatif ekpresi suatu gen, sebagi
contoh, pada khamir S. creviciae ada elemen silncer yang dapat menekan
aktivitas gen yang brtanggung jawab dalam perubahan tipe kawin
(maating type) yaitu gen HMR dan HML.
BAB III
PENUTUP
A. Kesimpulan
Campbell, N.A., Reece, J.B., & Mitchell, L.G. Tanpa Tahun. Biologi Edisi Kelima
Jilid Satu. Terjemahan Rahayu Lestari. 2002. Jakarta: Erlangga.
http://biologimoelaporan29.blogspot.com/2013/02/praktikum-golongan-darah.html di
akses pada hari sabtu tanggal 26 Maret 2016
Ngili, Y. 2009. Biokimia: Struktur dan Fungsi Biomolekul. Yogyakarta: Graha Ilmu
Page, David S.. 1989. Prinsip-Prinsip Biokimia Edisi Kedua. Jakarta: Erlangga
Poedjiadi, A., & Supriyanti, T. 2006. Dasar-dasar Biokimia. Jakarta: Universitas
Indonesia Press.
Subandi, Muntholib, & Susanti, E. 2003. Biokimia Umum. Malang: Universitas
Negeri Malang