HUBUNGAN ILMU KIMIA DENGAN ILMU PENGETAHUAN ALAM LAINNYA

Oleh: Prof. AK. Prodjosantoso, Ph.D.

Ilmu kimia merupakan cabang dari ilmu alam yang mempelajari komposisi, struktur, sifat
dan perubahan materi. Ilmu kimia terutama berkaitan dengan atom dan molekul serta interaksi
dan transformasinya, misalnya sifat ikatan kimia yang terbentuk antar atom untuk membentuk
senyawa kimia. Ilmu kimia juga mempelajari keterlibatan elektron dan berbagai bentuk energi
dalam reaksi fotokimia, reaksi oksidasi-reduksi, perubahan fasa materi, dan pemisahan
campuran. Preparasi dan sifat-sifat senyawa kompleks, seperti paduan, polimer, molekul
biologis, dan senyawa farmasi termasuk dalam bidang kimia khusus.

Ilmu kimia kadang-kadang disebut sebagai pusat ilmu alam karena ilmu kimia
menjembatani ilmu alam lainnya, seperti fisika dan biologi. Peran sentral kimia dapat dilihat
pada klasifikasi sistematis dan hirarkis tentang ilmu yang dibuat oleh Auguste Comte (1798 –
1857). Pada klasifikasi ini setiap bidang ilmu merupakan kerangka yang lebih umum dibanding
bidang ilmu di atasnya (Gambar 1.).

Gambar 1. Hirarki ilmu menurut Auguste Comte.

Balaban dan Klein juga mengusulkan suatu diagram yang menunjukkan urutan parsial
ilmu yang menunjukkan bahwa ilmu kimia dapat dikatakan sebagai pusat ilmu dengan derajat
percabangan yang signifikan (Gambar 2.). Pada pembentukan hubungan ini bidang yang lebih
rendah tidak bisa sepenuhnya direduksi menjadi bidang yang lebih tinggi. Bidang yang lebih
rendah memiliki ide dan konsep yang tidak ada di bidang ilmu pengetahuan yang lebih tinggi.
Ilmu kimia dibangun di atas pemahaman tentang hukum-hukum fisika yang mengatur partikel,
seperti atom, proton, elektron, termodinamika, dll., yang tidak sepenuhnya dapat direduksi
menjadi mekanika kuantum. Konsep seperti periodisitas unsur-unsur dan ikatan kimia
merupakan kekuatan dasar dalam ilmu kimia.

Dengan cara yang sama, ilmu biologi tidak dapat sepenuhnya dapat direduksi menjadi
ilmu kimia meskipun fakta menunjukkan bahwa mesin yang bertanggung jawab untuk hidup
terdiri dari molekul. Sebagai contoh, mesin evolusi dapat dijelaskan dari sudut pandang kimia
dengan pemahaman bahwa yang bertanggung jawab pada perubahan genetik adalah DNA (asam
deoksiribonukleat). Namun, ilmu kimia tidak dapat sepenuhnya menggambarkan proses evolusi
secara lengkap karena kimia tidak mengandung konsep-konsep seperti seleksi alam yang
bertanggung jawab terhadap terjadinya evolusi. Ilmu kimia mendasari ilmu biologi karena ilmu
kimia memberikan metodologi untuk mempelajari dan memahami molekul pembentuk sel.

Koneksi yang dibuat oleh ilmu kimia terbentuk melalui berbagai sub-disiplin ilmu yang
memanfaatkan konsep-konsep dari berbagai disiplin ilmu. Baik konsep-konsep kimia dan
maupun fisika dibutuhkan di bidang kimia fisika, kimia inti, dan kimia teoretik. Kimia dan
biologi interseksi di bidang biokimia, kimia obat, biologi molekuler, biologi kimia, dan genetika
molekular. Kimia dan matematika interseksi di bidang seperti matematika kimia dan komputasi
kimia.
 Gambar 2. Hirarki ilmu Balaban dan Klein.

Secara historis, pada awal perkembangan ilmu kimia hanya berkaitan dengan kimia
anorganik, yaitu kimia tentang zat yang tidak terkait dengan makhluk hidup. Analisis yang rumit
diperlukan untuk menemukan eksistensi berbagai unsur dan kombinasi antar unsur, seperti
bagaimana mekanisme pembentukan berbagai senyawa yang relatif sederhana yang ditemukan
dalam batuan, tanah, dan sebagainya. Pada era tersebut ilmu kimia sangat penting bagi ilmu
fisika. Interaksi antara kedua ilmu itu sangat besar
Teori atom didukung secara mendalam oleh hasil eksperimen dalam kimia. Teori kimia
secara ringkas di representasikan pada tabel periodik Mendeleev yang menunjukkan adanya
banyak hubungan yang aneh antara berbagai unsur dan merupakan kumpulan aturan yang
berkaitan dengan kombinasi antar unsur-unsur, terutama dalam kimia anorganik. Semua aturan
ini pada beberapa waktu kemudian dijelaskan secara prinsip oleh mekanika kuantum, sehingga
kimia teoritis sebenarnya dapat diaktagorikan sebagai bagian dari ilmu fisika. Namun demikian,
bagian terdalam dari kimia teori adalah mekanika kuantum.

Ada juga suatu cabang ilmu yang dikembangkan dari ilmu fisika dan ilmu kimia secara
bersama-sama. Metode statistik diterapkan pada hukum-hukum mekanika, dan disebut sebagai
statistik mekanika. Dalam hal ilmu kimia, sejumlah besar atom bergerak sangat acak dan rumit,
serta memungkinkan terjadinya tabrakan antar atom. Jika setiap tabrakan antar atom dianalisis,
dan gerak masing-masing atom diikuti, maka diperlukan banyak angka untuk menggambarkan
semua atom tersebut yang akan melampaui kapasitas komputer manapun dan tentu saja juga
kapasitas pikiran manusia. Keterbatasan ini mendorong pentingnya pengembangan suatu
metode yang melibatkan aplikasi berbagai bidang. Statistik mekanika merupakan ilmu tentang
fenomena panas, atau termodinamika. Kimia anorganik sebagai ilmu dapat direduksi secara
mendasar menjadi kimia fisika dan kimia kuantum. Kimia fisika mempelajari kecepatan reaksi
yang terjadi dan mekanisme reaksi yang terjadi secara rinci (Bagaimana molekul bertabakan?
Ikatan yang putus pertama?, dll.), dan kimia kuantum membantu memahami apa yang terjadi
dalam hal hukum-hukum fisika.

Cabang lain dari ilmu kimia adalah kimia organik, yaitu kimia tentang zat yang
berhubungan dengan makhluk hidup. Mulanya diyakini bahwa zat organik tidak dapat dibuat
dari bahan anorganik. Tenu saja hal ini tidak sepenuhnya benar. Zat organik dapat disintesis
dengan cara yang sama seperti dalam zat anorganik, tetapi sintesis zat organic memerlukan
pengaturan atom-atom penyusun molekul yang lebih rumit. Kimia organik memiliki hubungan
yang sangat dekat dengan biologi yang memasok zat organik, dan industry; dan lebih jauh lagi,
kimia fisika dan mekanika kuantum dapat diterapkan untuk senyawa organik dan anorganik.
Namun demikian, masalah utama kimia organik tidak dalam aspek ini, melainkan dalam hal
analisis dan sintesis zat dalam sistem biologi, yaitu dalam makluk hidup. Hal ini mendorong
timbulnya kajian biokimia atau biologi molekuler.

Ilmu biologi merupakan studi tentang makhluk hidup. Pada awalnya ilmu biologi
mengkaji masalah deskriptif murni tentang keberadaan makhluk hidup, sehingga ahli biologi
hanya bekerja seperti menghitung rambut pada kutu. Pada perkembangan selanjutnya, ahli
biologi mempelajari berbagai organ dalam makhluk hidup; pertama secara garis besar, kemudian
lebih jauh ke bagian detilnya.

Terdapat hubungan antara ilmu fisika dan ilmu biologi. Ilmu biologi dapat membantu
ilmu fisika dalam kajian konservasi energi, yaitu tentang jumlah panas yang diserap dan
dilepaskan oleh makhluk hidup yang pertama kali dipelajari oleh Mayer. Dalam proses biologi
pada hewan terdapat banyak fenomena fisika, misalnya sirkulasi darah, pompa, tekanan, dll.
Sistem syaraf mirip kabel listrik dengan dinding bagian luar yang kompleks dan sangat tipis
tempat mengalirnya ion positif dan bagian dalam tempat mengalirnya ion negatif, seperti
kapasitor. Membran ini memiliki sifat yang menarik. Jika beberapa ion berpindah dari satu
tempat, maka tegangan listrik akan berkurang di bagian tersebut, dan memungkinkan ion-ion dari
bagian di dekatnya bergerak ke bagian yang bertegangan rendah tersebut. Hal ini akan terjadi
secara sambung menyambung dan memungkinkan tejadinya aliran ion sepanjang membran.
Proses ini merupakan pengiriman hanya satu pesan, kecuali pemompaan ion terjadi lagi,
sehingga saraf siap untuk menghantarkan pesan berikutnya. Efek listrik terkait dengan impuls
saraf ini dapat diamati dengan instrumen listrik, dan karenanya fisika efek listrik telah memiliki
banyak pengaruh pada pemahaman fenomena tersebut.

Pesan dikirim sepanjang saraf. Apa yang terjadi pada bagian ujung saraf? Ujung saraf
sangat kecil dan halus, serta terhubung ke struktur di dekat otot (endplate). Ketika impuls
mencapai ujung saraf, paket-paket kecil bahan kimia yang disebut asetilkolin yang ditembakan
(lima sampai sepuluh molekul pada setiap saat) dan molekul tersebut mempengaruhi serat otot
dan menyebabkan kontraksi. Apa yang membuat otot berkontraksi? Otot adalah sejumlah besar
serat yang menyatu secara kuat, yang mengandung dua zat yang berbeda yaitu myosin dan
actomyosin. Peranan asetilkolin pada reaksi kimia yang terjadi di otot belum diketahui dengan
jelas. Dengan demikian, proses fundamental dalam otot yang menghasilkan gerakan mekanis
tidak diketahui.

Biologi merupakan bidang kajian yang sangat luas. Kajian tersebut di antaranya
membahas masalah tentang bagaimana indera penglihatan dan pendengaran bekerja, dll., yang
sulit untuk dijelaskan. Peneliti yang mempelajari saraf memandang bahwa penelitiannya sangat
penting, karena manusia dan hewan tak mungkin hidup tanpa saraf. Meskipun demikian, makluk
hidup lain dapat hidup tanpa memiliki saraf. Tanaman tidak memiliki saraf atau otot. Tanaman
dapat tumbuh dan berkembang, seperti hewan. Jadi untuk masalah yang sangat mendasar biologi
harus melihat lebih dalam, dan ternyata bahwa semua makluk hidup memiliki karakteristik yang
sama yaitu bahwa makluk hidup terdiri dari sel, meskipun demikian sel hewan dan tumbuhan
secara kimiawi sangat berbeda dan kompleks (Gambar 3.). Pada sel tumbuhan, misalnya,
terdapat bagian sel yang dapat digunakan untuk mengabsorbsi cahaya dan menghasilkan sukrosa,
yang dikonsumsi ketika keadaan gelap untuk menjaga agar tanaman dapat hidup. Ketika tanaman
dimakan hewan, serangkaian reaksi kimia akan menghasilkan sukrosa (kebalikan dari efek dalam
gelap pada tumbuhan).

Gambar 3. Sel hewan dan tumbuhan.

Dalam sel-sel makluk hidup terdapat banyak reaksi kimia yang rumit. Satu senyawa
diubah menjadi senyawa lainnya secara berantai. Reaksi dalam sel ini secara mendalam dikaji
pada ilmu biokimia. Gambar 4 merangkum satu bagian kecil dari
banyak rangkaian reaksi yang terjadi pada sel-sel. Rangkaian reaksi menggambarkan
molekul yang berubah dari satu ke yang lain melalui berbagai tahap reaksi. Hal ini disebut siklus
Krebs, siklus pernapasan.
 Gambar 4. Siklus Krebs.

Masing-masing tahapan reaksi kimia relatif sangat sederhana, tetapi sangat sulit untuk
dilakukan di laboratorium. Jika dua zat dicampur belum tentu akan terjadi reaksi antara kedua zat
tersebut menghasilkan zat baru, karena kedua zat pereaksi biasanya dipisahkan oleh energi
aktivasi. Agar reaksi terjadi, energi aktivasi harus diturunkan, misalnya menggunakan enzim atau
katalis (Gambar 5.). Untuk mengadisikan suatu atom pada suatu molekul maka posisi atom
tersebut harus berada relatif sangat dekat dengan molekul agar terjadi penataan ulang atom pada
molekul, dan atom yang diadisikan dapat menempel pada molekul dengan mudah. Tetapi jika
tidak cukup energi untuk mendekatkan atom pada molekul maka tidak akan terjadi reaksi.
Dalam sel, molekul yang berukuran relatif jauh lebih besar mengurung molekul yang berukuran
lebih kecil sehingga reaksi dapat terjadi dengan mudah. Molekul enzim berukuran sangat besar
dan strukturnya rumit, dan berperan dalam pengendalian reaksi tertentu (Gambar 6). Dengan
adanya enzim reaksi akan mudah terjadi. Suatu enzim terbuat dari zat yang disebut protein.
 Gambar 5. Peranan enzim dalam penurunan energi aktivasi.

Gambar 6. Mekanisme keja enzim.

Beberapa ahli menyatakan bahwa enzim tidak terlibat dalam reaksi secara langsung.
Enzim hanya memfasilitasi molekul reaktan sehingga dapat bereaksi dengan mudah, dan enzim
akan kembali seperti keadaan semula setelah reaksi selesai serta siap untuk memfasilitasi reaksi
molekul-molekul berikutnya. Tentu saja, dalam hal ini ada suatu mekanisme pengikatan atau
pelepasan atom dari molekul tertentu tersebut. Dalam sel terdapat enzim yang memiliki unit
khusus yang mampu mengikat hidrogen untuk keperluan berbagai reaksi kimia.

Bagaimana deskripsi enzim dan protein? Tidak semua protein adalah enzim, tapi semua
enzim adalah protein. Terdapat berbagai jenis protein, seperti protein dalam otot, dan protein
struktural, misalnya, protein di tulang rawan dan rambut, kulit, dan lain-lain, yang bukan
merupakan enzim. Namun, protein merupakan senyawa kehidupan yang karakteristik: pertama-
tama protein merupakan penyusun semua enzim, dan kedua protein merupakan pembangun
materi hidup lainnya. Protein memiliki struktur yang sederhana tetapi sangat menarik. Protein
merupakan struktur berantai dari berbagai asam amino. Terdapat sekitar dua puluh jenis asam
amino yang berbeda, dan masing-masing dapat membentuk struktur rantai antara satu dengan
lain dengan kerangka utamanya adalah CO-NH. Setiap asam amino mungkin memiliki aktivitas
khusus. Beberapa protein memiliki atom belerang pada posisi tertentu. Jika dua atom belerang
berada dalam molekul protein yang sama, atom belerang tersebut akan membentuk suatu ikatan,
mengikat cincin pada dua posisi. Belerang yang lain memiliki atom oksigen ekstra yang
menjadikannya sebagai asam, dan bagian yang lain memiliki bersifat basa. Beberapa jenis
protein memiliki gugus-gugus yang terikat pada satu sisi molekul, sehingga molekul protein ini
berukuran besar.

Penemuan molekul protein yang kompleks yang disebut sebagai hemoglobin merupakan
suatu keberhasilan yang besar. Proses terbentuknya dan cara kerja hemoglobin sangat sulit untuk
dipahami. Hemoglobin mampu mengikat gas CO2 atau O2 karena peran logam Fe yang dapat
berikatan secara kovalen koordinasi dengan gas-gas tersebut (Gambar 7).

Gambar 7. Molekul hemoglobin.

Bagaimana enzim bekerja? Seekor lalat bermata merah menurunkan bayi lalat bermata
merah, dan informasi untuk seluruh pola enzim untuk membuat pigmen merah harus diturunkan
dari satu lalat ke lalat berikutnya. Hal ini dilakukan oleh zat dalam inti sel yang disebut DNA
(asam deoksiribonukleat), dan bukan merupakan protein. DNA adalah zat kunci yang
dilewatkan dari satu sel ke sel yang lain (misalnya, sel sperma sebagian besar terdiri dari DNA)
dan membawa informasi tentang cara membuat enzim. DNA adalah suatu bentuk cetak biru. Apa
yang dimaksud dengan cetak biru dan bagaimana cara kerjanya? Pertama, cetak biru harus dapat
untuk mereproduksi dirinya sendiri. Kedua, harus mampu memberi perintah pada protein.
Reproduksi pada protein berbeda dengan model pada reproduksi sel. Sel dapat tumbuh menjadi
besar dan kemudian membagi dua. Molekul DNA tidak dapat tumbuh menjadi lebih besar dan
membagi dua. Setiap atom penyusun DNA tidak tumbuh menjadi lebih besar dan membagi dua.

Struktur DNA telah dipelajari sejak lama. Komposisi atomik DNA dan penentuan posisi
atom-atom tersebut dalam sel satuan serta strukturnya dipelajari dengan seksama menggunakan
metode XRD. Hasilnya sangat luar biasa. Molekul DNA terdiri dari sepasang rantai, yang saling
membelit. Kerangka masing-masing rantai ini yang analog dengan rantai protein namun
memiliki sifat kimia yang sangat berbeda merupakan gugus-gugus gula dan fosfat. Pada struktur
ini nampak adanya intruksi berupa rangkaian ADBC, dan setiap makhluk hidup memiliki
rangkaian yang berbeda (Gambar 8.). Jadi, mungkin instruksi khusus untuk pembuatan protein
terkandung dalam seri spesifik DNA.

Gambar 8. Struktur DNA.

Pasangan-pasangan penghubung-silang (cross-links) berikatan pada setiap gula sepanjang

pita dan menghubungkan dua rantai bersama-sama. Terdapat empat jenis penghubung-silang
yaitu adenin, timin, sitosin, dan guanin, atau biasa disimbolkan sebagai A, B, C, dan D. Hal yang
menarik adalah bahwa hanya penghubung tertentu yang dapat dipasangkan satu sama lain,
misalnya A dengan B dan C dengan D. Pasangan ini diletakkan pada dua rantai sedemikian rupa
sehingga cocok dan memiliki energi interaksi yang kuat. Namun demikian, C tidak akan cocok
dengan A, dan B tidak akan cocok dengan C; dan pasangan yang dianggap cocok adalah
pasangan antara A dan B serta C dan D. Oleh karena itu jika salah satu unitnya adalah C, maka
pasangannya harus D, dll. Unit apapun dalam satu rantai akan memiliki unit komplementernya
pada rantai lainnya.

Bagaimana dengan reproduksi? Misalkan suatu rantai dibagi dalam dua bagian.
Bagaimana caranya agar dapat diperoleh satu bagian sama dengan bagian lainnya? Jika dalam
sel terdapat bagian yang mampu memproduksi fosfat, gula, dan unit A, B, C, D yang tidak
terhubung satu sama lainnya dalam suatu rantai, unit dari rantai lainnya haruslah unit yang
sesuai. Komplemen yang tepat untuk ADBC adalah BCAD. Dengan demikian, pasangan rantai
mengalami pemisahan selama pembelahan sel, yaitu separuh bagian akan berada pada satu sel,
sedangkan bagian separuh lainnya akan berada pada sel lainnya. Masing-masing bagian akan
menjadi komplemen bagi bagian rantai lainnya.

Pertanyaan selanjutnya adalah: bagaimana urutan unit A, B, C, D menentukan susunan

asam amino dalam protein? Pertanyaan ini merupakan masalah besar yang belum terjawab
sampai saat ini. Petunjuk pertama ada di partikel-partikel kecil dari sel yang disebut mikrosom,
dan sekarang dikenal sebagai tempat diproduksinya protein. Mikrosom tidak berada dalam inti,
yaitu tempat DNA dan instruksinya. Namun, juga diketahui bahwa potongan-potongan kecil
molekul merupakan potongan DNA yang tidak membawa informasi. Potongan ini disebut asam
ribonukleat (RNA). RNA merupakan salinan pendek DNA. RNA membawa pesan jenis protein
yang akan diproduksi dalam mikrosom. Namun, rincian tentang masuknya dan penyusunan
asam amino sesuai dengan kode yang ada di RNA masih belum diketahui.
Tidak ada subjek atau bidang yang membuat lebih banyak kemajuan dibanding biologi.
Namun demikian asumsi-asumsi yang dibuat untuk memahami makluk hidup selalu bertumpu
pada atom sebagai penyusun molekul-molekul dalam sel makluk hidup.