PEMETAAN KROMOSOM DENGAN METODE CROSSING OVER

MENGGUNAKAN PERSILANGAN Drosophila melanogaster STRAIN

bvg × cl DAN bcl × dp

LAPORAN PROYEK

Disusun untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika II

yang Dibimbing oleh Prof. Dr. Siti Zubaidah, M.Pd dan Andik Wijayanto, S. Si,
M. Si

Oleh:
Offering G/Kelompok 8
I Kade Karisma Gita Ardana (150342601699)
Ike Anggraini (150342601952)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
DESEMBER 2017
 KATA PENGANTAR

Dengan segenap rasa syukur ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa yang
senantiasa memberikan anugerah dan rahmat-Nya kepada penulis sehingga dapat
menyelesaikan laporan proyek dengan judul “Pemetaan Kromosom Dengan
Metode Crossing Over Menggunakan Persilangan Drosophila melanogaster
Strain bvg × cl Dan bcl × dp” sesuai dengan waktu yang telah ditentukan.
Laporan proyek ini merupakan salah satu bukti dan syarat menempuh matakuliah
Genetika II Jurusan biologi Universitas Negeri Malang. Dalam penulisan laporan
ini , penulis banyak memperoleh bantuan baik secara moril dan materil dari
berbagai pihak. Oleh karena itu, pada kesempatan kali ini penulis menyampaikan
ucapan terima kasih yang tulus kepada :

1. Ibu Prof. Dr. Siti Zubaidah, M. Pd dan Bapak Andik Wijayanto, M. Si, S.
Si selaku dosen Pembina matakuliah Genetika
2. Kedua orang tua beserta seluruh keluarga atas doa yang diberikan kepada
penulis.
3. Seluruh asisten dosen dan rekan mahasiswa kelas Genetika II Jurusn
Biologi Universitas Negeri Malang.

Segala upaya telah dilakukan untuk menyempurnakan laporan ini, namun

bukan mustahil dalam penulisan laporan ini masih terdapat banyak kekuranga
serta kesalahan . Oleh karena itu , penulis mengharapkan saran dan komentar yang
dapat dijadikan masukan dalam menyempurnakan laporan ini dimasa yang akan
datang. Semoga laporan proyek ini bisa bermanfaat bagi seluruh pembaca.
Semoga Tuhan Yang Maha Esa selalu memberikan anugerah dan
kertawaranugraha-Nya kepada kita semua

Malang, 1 Desember 2017

Penulis

1
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR..............................................................................................i
DAFTAR ISI...........................................................................................................ii
DAFTAR TABEL..................................................................................................iv
DAFTAR GAMBAR..............................................................................................v
DAFTAR LAMPIRAN.........................................................................................vi
BAB I PENDAHULUAN......................................................................................1
1.1 Latar Belakang ..................................................................................................1
1.2 Rumusan Masalah..............................................................................................3
1.3 Tujuan Penelitian...............................................................................................3
1.4 Manfaaat Penelitian...........................................................................................4
1.5 Asumsi Peneliti..................................................................................................4
1.6 Ruang Lingkup Batasan Masalah......................................................................4
1.7 Definisi Operasional..........................................................................................5
BAB II KAJIAN PUSTAKA................................................................................6
2.1 Kajian Pustaka...................................................................................................6
2.2 Kerangka Konseptual.......................................................................................14
2.3 Hipotesis..........................................................................................................15
BAB III METODE PENELITIAN.....................................................................16
3.1 Rancangan Penelitian.......................................................................................16
3.2 Tempat dan Waktu Penelitian...........................................................................16
3.3 Populasi dann Sampel......................................................................................16
3.4 Instrumen Penelitian........................................................................................16
3.5 Prosedur Kerja.................................................................................................17
3.6 Teknik Pengumpulan Data...............................................................................19
3.7 Teknik Analisis Data........................................................................................19
BAB IV DATA PENGAMATAN DAN ANALISIS DATA................................21
4.1 Data Pengamatan.............................................................................................21
4.2 Analisis Data....................................................................................................22
BAB V PEMBAHASAN......................................................................................42
5.1 Persilangan b vg >< cl......................................................................................41
5.2 Persilangan b cl >< dp.....................................................................................42
BAB VI PENUTUP..............................................................................................44
6.1 Simpulan..........................................................................................................44
6.2 Saran................................................................................................................44
DAFTAR RUJUKAN...........................................................................................45
LAMPIRAN..........................................................................................................48

3
 DAFTAR TABEL

Tabel Halaman

2.1 Hirarki taksonomi dari D. melanogaster.....................................................6

3.1 Pengamatan hasil persilangan F2...............................................................20
4.1 Rekontruksi hasil Anakan F1 B. Bridges dan T. M. Olbrycht...................23
4.2 Hasil Anakan F1 Persilangan sc – ec – cv ♀ >< N ♂................................24
4.3 Crossing over antaraa sc dan ec.................................................................25
4.4 Crossing over antaraa ec dan cv.................................................................25
4.5 Hasil anakan berdasarkan tipe pindah silang sc – ec – cv..........................26
4.6 Hasil anakan dari persilangan F1 (b vg >< cl)...........................................27
4.7 Rekonstruksi crossing over oogonia gamet F1 (b vg >< cl)......................28
4.8 Rekonstruksi rekombinan antar allel persilangan F2 (b vg >< cl).............29
4.9 Frekuensi tipe fenotip anakan per – rekombinan (b vg >< cl)..................29
4.10 Frekuensi anggapan anakan rekombinan beserta jumlah (b vg >< cl)....30
4.11 Peritungan jarak berdasarkan frekuensi rekombinan (b vg >< cl)...........30
4.12 Hasil anakan dari persilangan F1 (b cl >< dp).........................................31
4.13 Rekonstruksi crossing over oogonia gamet F1 (b cl >< dp).....................31
4.14 Rekonstruksi persilangan F2 (b cl >< dp)................................................31
4.15 Rekonstruksi rekombinan antar alel persilangan F2 (b cl >< dp)..........32
4.16 Frekuensi tipe fenotip anakan per – rekombinan (b cl >< dp)...............32
4.17 Frekuensi anggapan anakan rekombinan beserta jumlah (b cl >< dp)...33
4.18 Peritungan jarak berdasarkan frekuensi rekombinan (b cl >< dp).........33
4.19 Jumlah fenotip anakan F2 persilangan (vg b pr ♀>< N♂) (Gogoi &
Tazid, 2016)..............................................................................................34
4.20 Rekonstruksi genotip anakan F1 persilangan (vg b pr ♀>< N♂)..........35
4.21 Rekonstruksi crossing over oogonia anakan F1 b pr vg...........................36
4.22 Fenotip dan rekonstruksi anakan F2 persilangan N ♀>< b pr vg♂..........36
4.23 Jumlah fenotip anakan F2 rekombinan b terhadap pr dan vg...................37
4.24 Jumlah fenotip anakan F2 rekombinan pr terhadap b dan vg..................38
4.25 jumlah fenotip anakan F2 frekuensi berdasarkan tipe crossing over.......38

DAFTAR GAMBAR

Gambar Halaman

2.1 Drosophila melanogaster normal jantan dan betina..................................14

2.2 Kenampakan fenotip Strain vg Drosophila melanogaster.........................14
2.3 Biosintesis Pigmentasi Pada Tubuh D. melanogaster ............15
2.4 Biosintesis H2 – NTP Pada Pewarnaan Mata D. melanogaster.................16
2.5 Menunjukkan kenampakan Strain dpy D. melanogaster...........................16
2.6 Crossing over pada Kromosom Homolog Non-Sister...............................19

4
 DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran Halaman

1. Data persilangan F2 b vg >< cl dan b cl >< dp ........................................48

2. Chi – Square (2) persilangan b vg >< cl dan b cl >< dp D. melanogaster
....................................................................................................................49

5
6
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Genetika merupakan dasar dari studi biologi yang pada kajiannya mengkaji
bagaimana struktur hidup dapat melangsungkan hidup dan kehidupannya dari
sudut pandang molecular (Silverthorn, 2012; Snustad & Simmons, 2012). Struktur
genetik yang menjadi basis dari kajian molecular ini berada dalam bentuk genom
yang tersusun dalam bentuk asam deoksiribonukleat (deoxyribonucleic acid,
DNA) (Victor &Langkah, 2016). DNA ini berada di masing – masing sel hidup
organisme baik archaean, prokariot, maupun eukariot. Beberapa virus juga
memiliki komponen gen dalam bentuk yang berbeda yaitu RNA (Snustad &
Simmons 2012). DNA tidak begitu saja terdapat bebas dalam sel melainkan
tersusun khusus dalam bentuk kondensasi sehingga disebut sebagai Kromosom
yang hanya nampak saat pembelahan sel (Snustad, 2012; Watson, 2012; Russel,
2010; Campbell, 2010). Kromosom sendiri dikenal akibat kemampuannya dalam
menyerap warna dalam pewarnaan. Penamaan kromosom sendiri sesuai dengan
sifatnya tersebut yaitu chromo (warna, cerah) dan some (badan, struktur) yang
berarti struktur berwana (Snustad & Simmons, 2012; Watson, 2012).
Gen mengatur sifat dan ekspresi dari suatu makhluk hidup, mengkode
berbagai komponen protein baik struktural maupun fugsional. Dalam strukturnya
suatu protein umumnya akan dikode oleh suatu gen yang dimana letaknya tertentu
terhadap suatu untai panjang DNA (Victor & Langkah, 2016; Snustad & Simmons
2012; Watson, 2012). Saat DNA terkondensasi menjadi kromosom maka posisi
dari gen tersebut akan menempati sebuah tempat khsusus di suatu kromosom.
Suatu titik lokasi pada kromosom yang mengkode suatu protein spesifik disebut
dengan allele (alel). Alel menjadi poin penting dalam kromosom karena alel ini
memungkinkan terjadinya suatu amatan rekombinasi genetik. Memetakkan suatu
gen dalam alel dalam suatu kromosom menjadi penting, karena untuk mengetahui
studi molekular yang melibatkan mutasi dan juga rekombinasi perlu dilakukan
adanya studi terlebih dahulu tentang letak gen tersebut dalam suatu genom
individu (Dixit et al, 2014: Snustad & Simmons, 2012). Crossing over menjadi
kajian khusus yang mendasar tentang munculnya suatu rekombinasi genetic hal

1
ini diakibatkan oleh pindah silangnya suatu alel dari kromosom homolog non –
sister saat meiosis(Snustad & Simmons, 2012).
Berbagai pekerjaan seperti yang dilakukan oleh McClung (1902), Sutton,
Morgan, dan juga Bovery di tahun yang sama membawa Sturtevant ke sebuah
penelitian di tahun 1913. Rekombinasi sifat yang terjadi pada anakan dari
Drosophila hanya bisa terjadi jika terjadinya suatu crossing over dimana, suatu
materi alel dari suatu kromosom cenderung berpindah terpaut menyilang dengan
kromosom lain yang sama (homolog non – sister). Sturtevant kemudian
menemukan sebuah hipotesis bahwa jumlah dari nilai pindah silang dapat
menentukan jarak dari suatu indeks jarak dari dua factor (alel). Sturtevant
mengungkapkan bahwa jarak dari dua faktor AC merupakan jarak AB + BC atau
jarak AB – BC (Sturtevant, 1913; Snustad & Simmons, 2012). Perhitungan
matematika ini memungkinkan bahwa jarak dari ketiga sifat didasarkan pada
seberapa banyak pindah silang terjadi. Suatu perhitungan alellomorphic seperti
jarak AB dan BC hanya merupakan factor pembatas untuk jarak dari AC sehingga
diperlukan individu dengan tiga factor (trihibrid) atau lebih yang dimana ketiga
factor tersebut ( A, B, dan C) bisa mengalami pindah silang (Sturtevant, 1913).
Pindah silang sendiri bisa terjadi hanya pada satu faktor seperti A ataupun C
secara independen atau lebih dari satu faktor seperti A – C secara simultan, A- B
maupun B – C (Snustad & Simmons, 2012)
Frekuensi dari pindah silang dapat diketahui dengan mendapatkan anakan
F2 terlebih dahulu dari individu yang dikaji, dalam hal ini digunakan Drosophila
melanogaster. Drosophila melanogaster termasuk ke dalam genus Drosophila
anggota dari golongan Diptera. Sifat pindah silang akan nampak jika terjadi
crossing over yang telah terjadi ketika pembentukan sel gamet, dimana khususnya
pindah silang ini hanya bisa terjadi pada individu betina (Snustad & Simmons,
2012; Hawley, 2002). Untuk mendapatkan 3 sifat yang berbeda maka diperlukan
persilangan antara 2 sifat (dihibrid) dan 1 sifat (monohibrid) dimana akan
menghasilkan individu dengan lokus yang memiliki 3 sifat berbeda secara
genotip. Individu dengan 3 sifat ini akan disilangkan kembali dengan sesamanya
untuk mendapatkan sifat fenotipik dari pindah silang yang terjadi. Sifat yang
menjadi penanda juga harus terdapat di dalam kromosom yang sama, karena jarak

2
baru dapat ditentukan pada gen yang cis terhadap gen determinan jarak lainnya
(Strutevant, 1913; Snustad & Simmons, 2012; Watson, 2012; Russel, 2010).
Penanda haruslah berbeda dari sifat umum pada individu D. melanogaster
normal sehingga dipilihlah kondisi mutan (strain mutan). Strain bvg adalah strain
D. melanogaster dengan mutasi pada kromosom 2, bvg merupakan mutasi yang
terjadi pada gen di lokus b dan lokus vg. Mutan bvg menunjukkan sayap yang
tidak berkembang (vestigial) dan tubuh hitam legam (black), sayap pendek yang
bahkan tidak berkembang melampaui scutellum (Coulthard et al, 2005; Sylwester
& Nicolas, 2013) tubuh yang hitam bahkan menutupi bagian inferior dari tubuh.
Strain dp juga merupakan strain dengan mutasi pada gen untuk pembentukan
sayap yang terdapat pada kromosom 2. Strain dumpy ditandai dengan sayap
pendek dengan ujung melekuk dan beberapa perubahan pada bristle di bagian
thorax (Carmon et al, 2010; Sylwester & Nicolas, 2013). Strain bcl (black clot)
ditandai dengan mata cokelat kekuningan (Giordano et al, 2003) dan juga tubuh
hitam. Semua alel untuk sifat diatas baik cl , vg, b, dan dp semua terdapat pada
kromosom yang sama yaitu kromosom 2 (Corebima, 2013; Watson, 2012; Brown,
2002; Bridges, 1921) sehingga dapat dijadikan suatu studi tentang pemetaan
kromosom akibat dari pindah silang yang mungkin terjadi baik single crossing
over maupun double crossing over. Berdasarkan uraian tersebut dilakukan
penelitian dengan judul “Pemetaan Kromosom dengan Metode Crossing Over
Menggunakan Persilangan Drosophila melanogaster Strain bvg × cl dan bcl ×
dp”.

1.2 Rumusan Masalah

Rumusan masalah yang terdapat dalam penelitian ini yaitu “Bagaimana
pemetaan kromosom pada lokus dp, b, vg, dan cl kromosom 2 Drosophila
melanogaster pada persilangan bvg × cl dan bcl × dp ?”

1.3 Tujuan
Dari rumusan masalah diatas maka tujuan dari penelitian ini adalah
“Mengetahui pemetaan kromosom pada lokus dp, b, vg, dan cl kromosom 2
Drosophila melanogaster pada persilangan bvg × cl dan bcl × dp”

1.4 Manfaat Penelitian

3
 Adapun manfaat dari penelitian ini adalah :
1.4.1 menambah informasi pembaca tentang pemetaan kromosom pada D.
melanogaster
1.4.2 untuk menginformasikan jarak alel antar peta dari lokus dp, cl, vg, dan b
dari D. melanogaster dengan persilangan bvg × cl dan bcl × dp
menggunakan metode crossing over

1.5 Asumsi Penelitian

Adapun beberapa hal yang diasumsikan pada penelitian ini antara lain :
1.5.1 kondisi medium dan pemberian nutrisi selama penelitian dianggap sama
1.5.2 kondisi lingkungan yang meliputi cahaya, suhu, kelembapan, tempat
pembiakan dianggap sama.
1.5.3 semua perlakuan yang diberikan kepada tiap ulangan persilangan dianggap
sama.
1.5.4 semua kondisi biologis D. melanogaster seperti kemampuan untuk kawin
dan umurnya dianggap sama.

1.6 Batasan Masalah dan Ruang Lingkup Penelitian

Ruang lingkup dalam penelitian proyek ini, maka penulis memberikan
batasan masalah yaitu sebagai berikut:

1.6.1 lokasi penelitian ini hanya terbatas di Laboratorium Genetika ruang 310
Jurusan Biologi FMIPA UM.
1.6.2 jenis strain D. melanogaster yang digunakan dalam penelitian ini adalah
strain bcl, dp, bvg, dan cl yang stoknya didapatkan dari laboratorium
genetika FMIPA UM.
1.6.3 pengamatan ini hanya dilakukan sebatas pada pengamatan fenotipe (warna
mata, faset mata, warna tubuh, keadaan sayap) dan rasio/jumlah keturunan
F2.
1.6.4 persilangan F1 dan F2 dilakukan sebanyak 3 (tiga) kali ulangan.
1.6.5 D. melanogaster yang dapat disilangkan adalah yang berumur kurang dari
tiga hari, terhitung sejak menetasnya pupa.
1.6.6 pemindahan D. melanogaster betina setelah disilangkan sebanyak empat
kali yaitu ke botol A, B,C dan D.

4
1.7 Definisi Operasional
Beberapa deskripsi operasional yang digunakan antara lain :
1.7.1 fenotipe adalah suatu sifat ekspresi karakter dari suatu individu yang
muncul dan dapat dipengatuhi oleh lingkungan atau aspek eksternal
1.7.2 genotipe adalah suatu informmasi genetic yang diturunkan dam membentuk
suatu pawakan yang dalam hal ini bersifat tetap dan pawakan yang
diturunkan
1.7.3 kromosom (chromo:some) merupakan kondensasi dari DNA akibat adanya
baerbagai komponen protein baik histon, non-histon, dan chromosomal
protein yang hanya muncul atau terlihat saat pembelahan sel
1.7.4 mutasi adalah kondisi pengurangan, penambahan, penyisipan, pembalikan,
atau perpindahan suatu pasang basa atau lebih atau kromosom akibat dari
suatu kondisi internal yang spontan maupun eksternal akibat induksi
mutagen yang umumnya terjadi secara acak atau tidak terprediksi
1.7.5 F1 atau filial satu adalah progeny anakan pertama suatu persilangan
1.7.6 F2 atau filial dua adaalah progeny anakan yang muncul dari persilangan
yang dilhasilkan antar anakan (progeny) F1.
1.7.7 pemetaan kromosom adalah analisis letak dan lokasi suatu lokus gen dan
juga intepretasi terhadap jarak diantaranya
1.7.8 lokus (locus) adalah letak suatu gen pengkode suatu sifat dalam suatu
kromosom
1.7.9 alel (allele) adalah suatu bagian gen dari kromosom yang mengkode sebuah
sifat yang sangat spesifik, letaknya digambarkan dalam lokus – lokus
1.7.10 gen adalah komponen DNA yang mengkode suatu sifat spesifik
1.7.11 genom adalah semua gen yang menyusun unit genetic suatu individu

5
 BAB II
KAJIAN PUSTAKA
2.1 Kajian Pustaka
2.1.1 Drosophila melanogaster

D. melanogaster merupakan anggota dari diptera yang termasuk kedalam

arthropoda. D. melanogaster dikenal luas di Indonesia sebagai lalat buah. Tabel 1
menunjukkan hirarki taksonomi dari Drosophila melanogaster yang diambil dari
NCBI (National Center for Biotechnology Information) (2017)

Tabel 2.1 Hirarki taksonomi dari D. melanogaster

Kingdom Animalia
Subkingdom Bilateria
Infrakingdom Protostomia
Superphylum Ecdysozoa
Phylum Arthropoda
Subphylum Hexapoda
Class Insecta
Subclass Pterygota
Infraclass Neoptera
Superorder Holometabola
Order Diptera
Suborder Brachycera
Infraorder Muscomorpha
Family Drosophilidae
Subfamil Drosophilinae
y
Genus Drosophila
Speci Drosophila melanogaster
es
(Sumber: NCBI, 2017)

Fenotip dari D. melanogaster menunjukkan sifat – sifat yang dimiliki

dipteral pada umumnya. Memiliki segmen tubuh yang terbagi atas kepala
(chepal), toraks, dan abdomen. Terdiri atas 2 sayap dan juga 3 pasang kaki.
Sebenarnya fenotip dari Drosophila melanogaster menunjukkan ekspressi dari
genotipnya dimana genotip ini bisa menngalami perubahan yang bisa disebabkan
oleh induksi lingkungan secara lanngsung ataupun dikarenakan mutasi. Wild type
dari D. melanogaster umumnya memiliki warna mata yang merah dengan faset
mata yang halus. Warna tubuh kecoklatan dengan sayap yang membulat dengan

6
panjang sayap melebihi panjang tubuh. Tubuh umumnya ditumbuhi oleh rambut
(macrochaeta dan microchaeta) panjang yang menutupi hampir semua permukaan
(Sylwester & Nicolas, 2013).

Gambar 2.1 D. melanogaster normal jantan dan betina

(Sumber : Sylwester dan Nicolas, 2013)
Strain bvg (black vestigial) merupakan strain dari D. melanogaster yang
mengalami mutasi di kromosom 2 di lokus b dan vg. Lokus vg terletak di 67.0 cM
peta kromosom parsial, sementara lokus b terletak di 48.5 cM pada peta
kromosom parsial (Corebima, 2013). Gen vg memiliki panjang basa sekitar
14.754 panjang basa dan terletak di basa ke 12884632 hingga basa ke 12899385
di kromosom 2. Gen b memiliki panjang basa sekitar 2.732 panjang basa dan
terletak di basa ke 13821248 hingga basa ke 13823979 (NCBI, 2017; FlyBase,
2017). Lokus vg memiliki 8 ekson yang dimana gen vg sendiri memiliki banyak
fungsi diantaranya adalah regulasi pembentukan mata dan kaki (Garg et al, 2007),
regulasi pembelahan sel (Baena Lopez dan Garcia Bellido, 2006), serta regulasi
morfogenesis sayap Gambar. 2.2. (Baena Lopez & Garcia Bellido, 2006;
Delanoue et al, 2012; Simmonds et al, 1997). Gen vg sendiri diekspresikan
menjadi berbagai macam protein seperti reseptor dan TDU Repeat (FlyBase,
2017). Lokus b memiliki 3 ekson yang dimana gen b sendiri memiliki fungsi yang
diantaranya adalah pebentuk berbagai enzim seperti Pyridoxal phosphate-
dependent decarboxylase, Pyridoxal phosphate-dependent transferase yang
keduanya berfungsi dalam reaksi metabolisme dan juga pigmentasi pada tubuh
lalat Gambar. 2.3 (Wittkopp et al, 2003; 2009).

7
Catatan : A, B, dan C merupakan regulasi morogenesis sayap. Gambar C
merupakan regulasi morfogenesis sayap yang telah terbentuk morfologi
sayap vg

Gambar. 2.2 Kenampakan fenotip Strain vg

(Sumber : Coulthard et al, 2005)

Gambar. 2.3 Biosintesis Pigmentasi Pada Tubuh D. melanogaster

(Sumber : Wittkopp et al, 2009)

Strain bcl adalah strain yang selain black juga clot. Lokus cl terletak di 16.5
cM peta kromosom parsial (Corebima, 2013). Gen cl memiliki panjang basa
sekitar 1.248 panjang basa dan terletak di basa ke 5520135 hingga ke basa
5521382 (NCBI, 2017; FlyBase, 2017). Gen cl memiliki 4 ekson yang dimana gen
cl sendiri diekspresikan menjadi Protein DUF953 yang fungsinya masih belum
diketahui serta protein Thierodoksin (Giordano et al, 2003). Thierodoksin ini
mengambil peranan dalam pengubahan H2- NTP menjadi Sepiapterin dan H2 –
NTP menjadi PGA. Kegalatan dari pengubahan H2- NTP ini menyebabkan warna
mata menjadi kecoklatan (clot) Gambar. 2.4 (Giordano et al, 2003). Strain dp
(dumpy) merupakan strain dengan mutadi pada gen dpy yang terletak di lokus

8
13.0 peta kromosom parsial (Corebima, 2013). Gen dp memiliki panjang 136839
pasang basa yang terletak di basa komplemen ke 4477462 hingga panjang basa ke
4614300 kromosom 2. Gen dp memiliki 85 ekson dimana gen ini memiliki fungsi
yang sangat kompleks. Mutasi yang paling nampak secara fenotipik pada gen dp
adalah pembentukan margin sayap posterior yang gagal (Prout et al, 1997;
Carmon et al, 2010; Ray et al, 2015). Gen dp sendiri mengkode banyak protein
baik structural maupun fungsional, salah satu proteinnya adalah EGF yang
merupakan Epidermal Growth Factor.

Gambar. 2.4 Biosintesis H2 – NTP Pada Pewarnaan Mata D. melanogaster

(Sumber : Giordano et al, 2003)

EGF menjadi factor penting dalam pemanjangan dari wing blade saat
pembentukan sayap (Ray et al, 2015). Malfungsi dari EGF ini akan mengarah
kepada tidak terbentuknya sayap pada pembentukan sekunder sehingga sayap
cenderung nampak terpotong dan sedikit terangkat keatas Gambar. 2.5 (Sylwester
& Nicolas, 2013).

9
Gambar. 2.5 Menunjukkan kenampakan Strain dpy D. melanogaster.
Gambar A menunjukkan tubuh lalat dp (Sylwester & Nicolas,
2013) dan gambar B menunjukkan sayap dari dp (Ray et al,
2015)

2.1.2 Pemetaan kromosom

Coding gene terdiri atas gen yang dikode menjadi protein, gen yang hanya
menghasilkan suatu RNA, dan juga gen yang tidak di transkripsikan sama sekali.
Gen coding ini biasanya terdapat dalam suatu lokasi khusus dari seluruh panjang
untai DNA yang juga terbatas. Benang panjang ini kemudian akan mengalami
kondensasi menjadi suatu benang kromatin dengan membentuk nukleosome.
Untai DNA ini saat mendekati fase M dari suatu siklus sel akan dikondensasi
dengan berbagai macam komponen protein kromosomal menjadi suatu
kromosom. Disaat suatu DNA sel mengalami kondensasi menjadi suatu
kromosom maka sel tersebut sudah dikatakan masuk kedalam fase mitosis
khusunya profase menjelang metaphase. Gen dengan panjang untai tertentu
tersebut kemudian akan terkondensasi dimana gen – gen khusus akan menempati
suatu bagian daerah di kromosom tersebut. Secara tematik, daerah ini disebut
dengan lokus yang kemudian daerah tersebut akan mengkode suatu sifat spesifik
yang daripadanya diberi nama alel (Snustad & Simmons 2012; Corebima, 2013).

10
 Ujung awal dari DNA tersebut (5’- Basa ke 0) dan juga ujung akhir dari
DNA tersebut (3’- Basa ke x) akan membentuk suatu terminal loop untuk menjaga
ujung dari DNA tersebut tidak terdegradasi oleh suatu DNAse. Terminal loop ini
melibatkan berbagai komponen protein. Terminal loop ini dikenal sebagai
telomere yang berada di kedua ujung kromosom (Snustad, 2012). Gen yang
berada di daerah telomere umumnya merupakan non-coding DNA. Gen – gen
spesifik yang menempati lokus spesifik dalam kromosom ini menjadi kajian
khusus yang sangat penting dalam berbagai studi termasuk genomic analysis,
mutation, dan sebagainya sehingga sangat penting bagi studi biologi, khususnya
biologi molecular yang mencakup gen khususnya untuk mengetahui letak dan
sifat dari lokus tersebut. Cara yang paling baik untuk mengetahui letak gen
tersebut adalah dengan memetakannya. Berbagai studi biologi modern telah
memiliki analisa yang lebih maju dimana pemetaan lokus pada kromosom ini
didasarkan pada sequencing, barcoding, dan sebagainya (Viktor & Langkah,
2006), namun pemetaan kromosom sendiri ditinjau dalam sejarahnya dilakukan
pertama kali pada tahun 1913 oleh Sturtevant yang bisa diketahui belum terdapat
alat – alat demikian pada tahun tersebut.

Pemetaan kromosom yang dikaji oleh Sturtevant pada tahun 1913

memanfaatkan suatu sifat alami dari hereditas berupa rekombinasi genetic
kromosomal. Rekombinasi genetic kromosomal ini bisa terjadi dengan adanya
crossing over (Pindah silang). Pindah silang sendiri merupakan kejadian dimana
suatu alel dari dua kromosom homolog non – sister saling berpindah satu sama
lain yang terjadi pada saat meiosis (Snustad & Simmons 2012). Disaat 2 sifat non
– sister dari 2 lengan kromosom sama (pada lokus yang sama) berpaut akan
terjadi mekanisme sehingga terbentuk suatu synaptonemal complex yang di
dalamnya akan terdapat chiasma sebagai titik terjadinya pindah silang. Pindah
silang sendiri terjadi pada fase profase – awal zigoten saat meiosis dari
pembentukan sel gamet dalam individu betina. Crossing over sendiri tidak
dibatasi hanya bisa terjadi dalam satu lengan dan satu lokus saja (single crossing
over), namun bisa juga terjadi 2 (double crossing over), 3 (triple crossing over)
dan seterusnya (poly crossing over) dapat dilihat pada Gambar 2.6. Karena suatu
alel menempati daerah tertentu dalam kromosom maka frekuensi pindah silang

11
yang terjadi pada kromosom tersebut dapat dijadikan acuan daerah mana yang
mengalami pindah silang. Frekuensi dari pindah silang ini menentukan letak dari
dimana alel yang megalami pindah silang tersebut. Dapat dirumuskan suatu
hipotesis bahwa jika suatu gen berdekaran satu sama lain, maka frekuensi crossing
over akan semakin kecil frekuensiya antar kedua genn tersebut, namun jika jarak
antar gen semakin jauh maka akan terjadi peningkatan frekuensi pindah silang
antar kedua gen tersebut. Sturtevant (1913) merumuskan secara matematis bahwa
jarak A – C sama dengan jarak A – B ditambah dengan jarak B – C atau A – B
dikurangi dengan jarak B – C. Dimana jarak antara A – B – C merupakan
determinan dari jarak A – C. Jika frekuensi dari pindah silang semakin tinggi
maka kemungkinan alel tersebut berada di A atau C dan jika frekuensi ditemukan
pada suatu jarak yang jarang terjadi maka mungkin alel tersebut berada di B atau
mungkin terjadi pindah silang ganda pada A dan C (Trudy et al, 2012; Stutervant,
1913; Watson, 2012; Russel, 2010; Brown, 2002; David, 2006).

Gambar. 2.6 Kenampakan Crossing over pada Kromosom Homolog Non-

Sister (Sumber : Snustad & Simmons, 2012)

12
 Metode perhitungan dari suatu pemetaan kromosom didasarkan pada jumlah
rekombinasi yang terjadi. Jumlah rekombinasi ini akan diubah menjadi frekuensi
rekombinasi. Frekuensi inilah yang menjadi titik determinan dari dimana alel
tersebut berada. Dua sifat yang berbeda dari pindah silang ganda dijadikan titik
jarak batas terjauh dimana kemudian frekuensi pindah silang selanjutnya bisa
berada di dalam rentang tersebut atau di luarnya. Seperti yang dikatakan
sebelumnya bahwa semakin dekat jarak antar kedua gen maka semakin jarang
frekuensi pindah silang terjadi begitu juga sebaliknya, sehingga semakin
seringnya rekombinasi ini dijadikan titik terjauh dari poin pemetaan. Peritungan
digunakan metode 5 sifat dan juga 8 sifat. 5 sifat ini didasarkan dari 5 sifat fenotip
yang dihasilkan paska rekombinasi genetic sementara 8 titik dihasilkan dari 8 sifat
fenotip persilangan F2. Metode yang digunakan hampir sama hanya saja titik
determinasi penentuannya yang berbeda. Semakin banyak titik pembanding maka
semakin mudah pemetaan dilakukan karena metode perhitungan yang dilakukan
merupakan metode perhitungan yang langsung dan interpresional (Sturtevant,
1913).

Linkage adalah point yang sangat penting dalam pemetaan kromosom

dimana nilai linkage-lah yang menyebabkan Sturtevant mengarah kepada
intepretasi pemataan kromosom (Snustad, 2012). Menurut Watson et al (2012)
dan juga Brown (2002) bahwa jika mengikuti sifat yang diungkapkan oleh mendel
maka factor – factor yang berdada di dalam kromosom yang sama haruslah
diturunkan denngan prsentase 100% ke progeny turunannya dimana disaat terjadi
fusi gamet maka sifat yang satu kromosom tersebut akan terlihat atau tidak
tergantung dari kondisinya (resesif atau dominan) tapi dalam observasi tidak
pernah demikian. Suatu factor dalam kromosom tidak pernah diturunkan 100%
dimana berada pada rentang > 50% <100%. Sebuah hipotesis kemudian terungkap
bahwa kejadian tersebut disebabkan oleh suatu kejadian dimana sifat antar
kromosom homolog bisa saja saling berpindah satu dengan yang lainnya.
Observasi kedepannya kemudian menunjukkan bahwa sifat – sifat yang jaraknya
lebih dekat akan lebih banyak diturunkan bersama daripada secara terpisah yang
mengarahkann Sturtervant untuk berfikir bahwa crossing over terjadi pada daerah
tertentu yang khusus yang dimana daerah tersebut ditentukan dari jarak – jarak

13
antar alel apakah mereka dekat atau berjauhan. Stutervant bahkan tidak menunggu
untuk hipothesis tersebut dibuktikan secara sitologis dan lanngsung mmelakukan
pemetaan yang kemudian disusul oleh B. Bridges dan T. M. Olbrycht pada tahun
1921 – 1943 yang menemukan pemetaan pada kromosom 2 – 3 dan melengkapi
peta kromosom 1 yang dibuat oleh Sturtevant.

Watson et al (2012) kemudian mengungkapkan bahwa terdapat suatu nilai

yang mempengaruhi pemetaan kromosom dimana nilai tersebut dikenal sebagai
Interferensi (I) yang ditentukan dari suatu koefisien kejadian double crossing over
atau yang dikenal sebagai Koefisien Koinsiden (c). Jika suatu gen telah melakuka
suatu crossing over maka gen tersebut akan menghalangi gen lain untuk
mengalami pindah silang (Snustad, 2012; Russel, 2010; Watson et al, 2012;
Brown, 2002; David, 2006; Trudy, 2012; Zhang et al, 2014). Kata menghalangi
disni bukanlah secara serta merta bahwa crossing over pada suatu tempat akan
menghalangi alel lain untuk berpinndah silang, melainkan crossing over-nya
sendiri yang terjadi secara spesifik (Zhang et al, 2014; Watson et al, 2012).
Spesifik disini diartikan dalam pembentukan protein synaptonemal complex dan
chiasmata rekombinasi. Jika SC telah terbentuk pada suatu titik maka
kemungkinan untuk SC terbentuk pada tempat lain akan berkurang atau menjadi
sangat kecil sehingga kemungkinan untuk mengalami crossing over pada daerah
lain tersebut juga akan berkurang (Zhang et al, 2014; Richard, 1978; Roeder,
1998)

2.2 Kerangka Konseptual

Sifat dari organisme hidup dikendalikan oleh sepasang "faktor keturunan".
Setiap pasangan faktor keturunan menunjukkan bentuk alternatif sesamanya,
kedua bentuk alternatif disebut pasangan alela. Sifat dari organisme hidup
dikendalikan oleh gen, karena gen memiliki peranan yang paling penting untuk
mengatur sifat dan ekspresi dari suatu makhluk hidup, mengkode berbagai
komponen protein baik secara struktual maupun fungsional. Dalam strukturnya
suatu protein ini umumnya akan dikode oleh suatu gen,dimana letaknya tertentu
terhadap suatu untai panjang DNA. Saat DNA terkondensasi menjadi kromosom
maka posisi dari gen akan menempati sebuah tempat khusus di suatu kromosom
yang pada dasarnya tempat tersebut terdiri atas gen yang mengkode suatu produk

14
spesifik. Suatu titik lokasi pada kromosom yang mengkode suatu protein spesifik
disebut dengan allele (alel). Alel ini menjadi poin penting dalam kromosom
karena alel ini memungkinkan terjadinya rekombinasi genetik. Sehingga
dilakukan penelitian yang berjudul pemetaan kromosom dengan metode crossing
over menggunakan persilangan Drosophila melanogaster strain bvg x cl dan bcl x
dpy. Penelitian yang dilakukan ini bertujuan untuk mengetahui pemetaan
kromosom pada lokus dp, b, vg, dan cl kromosom 2 Drosophila melanogaster
pada persilangan bvg × cl dan bcl × dp.

Sifat dari organisme hidup dikendalikan oleh gen, gen memiliki

peranan yang paling penting untuk mengatur sifat dan ekspresi
dari suatu makhluk hidup

Gen tersebut memiliki letak tertentu pada suatu kromosom yang

biasa disebut dengan alel
Terjadi perubahan pada suatu
pasang DNA pada suatu gen,
Akibat mutasi

Terjadi mutasi mempengaruhi Mutasi yang mempengaruhi genotip,

genotip akhirnya terlihat secara fenotip

Memunculkan beberapa strain D. melanogaster diantaranya adalah b, cl, dp,

dan vg yang ke-4 strain terletak pada kromosom ke 2

Penyimpangan rasio
fenotip anakan F2
dibandingkan dengan
hukum Mendel

15
Terjadinya perbedaaan didebabkan crossing over (pindah silang) suatu alel dari
kromosom homolog non-sister (Sinustad, 2012). Crossing over terjadi secara
spesifik, dengan frekuensi tergantung jarak antar alel
 Fenomena Linkage

Pemetaan Kromosom

2.3 Hipotesis penelitian

Hipotesis pada penelitian ini adalah sebagai berikut :

Hasil pemetaan kromosom 2 D. melanogaster dengan jarak antara lokus dp

dengan vg sebesar 54,0 cM sementara jarak antar lokus dp dengan cl sebesar 3,5
cM. Jarak antara lokus b dengan vg sebesar 18,5 cM, jarak antara lokus dp dengan
b sebesar 15,5 cM, jarak antara lokus cl dengan b adalah dan jarak antara lokus cl
dengan vg sebesar 11,5 cM.

16
 BAB III
METODE PENELITIAN

3.1 Rancangan Penelitian

Penelitian yang dilakukan ini merupakan penelitian yang dianalisis secara
diskriptif kuantitatif ex post facto, yaitu analisis yang dilakukan dalam bentuk data
ataupun angka yang kemudian diintrepertasikan dalam bentuk uraian. Percobaan
yang dilakukan yaitu dengan melakukan peremajaan stok dari berbagai strain
D.melanogaster, kemudian melakukan persilangan strain cl ˃˂ bvg dan dp ˃˂ bcl.
Hasil keturunan F1 disilangkan sesamanya untuk memperoleh hasil keturan F2.
Persilangan dilakukan sebanyak 3 kali ulangan. Pengamatan dilakukan dengan
melihat fenotip keturan F2 dan dilakukan perhitungan sesuai fenotip selama 7
hari.

3.2 Tempat dan Waktu Penelitian

Penelitian dilaksanakan selama bulan September - Desember 2017
bertempat di Laboratorium Genetika 310 O5 Jurusan Biologi Fakultas MIPA
Universitas Negeri Malang

3.3 Populasi dan Sampel

17
 Populasi yang digunakan pada penelitian ini adalah seluruh populasi D.
melanogaster, dengan sampel D. melanogaster strain bvg, bcl,dp, dan cl yang
disediakan laboratorium

3.4 Instrumen Penelitian

Penelitian yang dilakukan ini menggunakan alat dan bahan berupa.
 Alat :
 Botol selai  Kertas pupasi  Selang ampul
 Blender  Mikroskop stereo  Pisau
 Cutter
 Gunting  Plastik  Spon
 Kertas label  Pengaduk  Timbangan
 Kardus kertas
 Bahan :  Kompor gas  Selang sedot
 D. melanogaster strain bvg, bcl, dp, dan cl.
 Panci
 Pisang rajamala
 Tape singkong
 Fermipan
 Gula merah

3.5 Prosedur Kerja

3.5.1 Pembuatan Medium
 Ditimbang bahan berupa (pisang, tape singkong, dan gula merah) untuk satu
resep medium dibutuhkan 700 gram pisang, 200 gram tape singkong, dan
100 gram gula merah.
 Dipotong pisang kecil-kecil dan disisir gula merah, serta dibersihkan tape
singkong dari seratnya.
 Diblender pisang dan tape singkong dengan air secukupnya (sampai halus)
dan dipanaskan gula merah dengan air sampai mencair.
 Dimasukkan adonan pisang dan tape kedalam panci
 Ditambahkan gula merah yang sudah mencair.
 Dimasak selama 45 menit
 Setelah 45 menit adonan dimasukkan kedalam botol selai sesuai dengan
keiinginan dan dengan segera ditutup menggunakan spon.
 Medium didinginkan didalam bak yang bersisi air
 Setelah dingin ditambahkan 2-3 butir fermipan dan kertas pupasi.

3.5.2 Pengamatan fenotip D. melanogaster

18
 Diambil satu ekor D. melanogaster dari botol stok dan dimasukkan kedalam
plastik.
 Diamati fenotip D. melanogaster menggunakan mikroskop stereo.
pengamatan meliputi warna tubuh, warna mata, keadaan sayap
3.5.2 Peremajaan Stok
 Disiapkan botol selai yang telah berisi medium.
 Dimasukkan minimal 3 pasang D. melanogaster untuk setiap stok strain
pada botol selai yang berbeda.
 Diberi label pada botol selai sesuai strain yang diremajakan dan tanggal
dilakukannya peremajaan.
 Peremajaan dilakukan secara berkala untuk menyediakan stok selama
penelitian berlangsung

3.5.4 Pengampulan
 Setelah didalam botol selai stok peremajaan terdapat pupa yang berwarna
hitam, pupa diambil dengan kuas yang telah dibasahi air.
 Dimasukkan kedalam selang ampul yang telah diberi potongan pisang.
 Ditunggu hingga pupa menetas menjadi imago (maksimal sampai 3 hari).

3.5.5 Persilangan F1
 Dipilih ampulan yang sudah menetas.
 D. melnogaster strain cl dan bvg disilangkan dan strain dp dan bcl
disilangkan dengan persilangan cl ˃˂ bvg dan dp ˃˂ bcl
 Dimasukkan kedalam botol selai dengan satu pasang persilangan setiap
botol
 Diberi label persilangan dan tanggal dilakukannya persilangan
 Jantan dilepas setelah 2 hari persilangan.
 Setelah muncul larva induk dipindah ke botol B dan berlanjut hingga botol
D
 Ditunggu hingga ada pupa hitam untuk diampul digunakan sebagai
persilangan P2.

3.5.6 Persilangan P2
 Diambil pupa hitam dari botol persilangan P1
 D. melnogaster hasil persilangan P1 cl ˃˂ bvg dan dp ˃˂ bcl Disilangkan
sesamanya (♂N ˃˂ ♀N )

19
 Dimasukkan kedalam botol selai dengan satu pasang persilangan setiap
botol
 Diberi label persilangan dan tanggal dilakukannya persilangan
 Jantan dilepas setelah 2 hari persilangan.
 Setelah muncul larva induk dipindah ke botol B dan berlanjut hingga botol
D
 Ditunggu hingga menetas dan dihiitung anakannya selama hari.

20
3.6 Teknik Pengambilan Data

Pengambilan data pada penelitian ini dilakukan dengan cara menghitung hasil
anakan persilangan P2 selama 7 hari dengan mengamati fenotip anakan yang muncul
dan menghitung sesuai dengan fenotipnya selama 7 hari, hasil anakan yang muncul
diasumsikan dengan frekuensi indah silang ada yang single crossing over dan ada yang
double crossing over (%). Kemudian dihitung jarak antar kromosom

Tabel. 3.1. Pengamatan hasil persilangan F2 botol A sampai botol D ulangan 1 sampai 3

N Persilagan Fenoti Jumlah anakan hari ke- Total

o dari p 1 2 3 4 5 6 7
N
cl
1 cl ˃˂ bvg bvg
vg
b
N
dp
2 dp ˃˂ bcl cl
bdp
b

3.7 Teknik Analisis Data

Teknik analisis data yang dilakukan pada penelitian ini adalah dengan membuat
tabel rekontruksi kromosom untuk mengetahui rasio perbandingan F1 dan F2 pada
persilangan D. melanogaster cl ˃˂ bvg dan dp ˃˂ bcl dan menghitung jarak kromosom

21
D.melanogaster. Letak gen pada kromosom ditentukan dengan cara studi literatur.
Kemudian dilakukan perhitungan hasil pemetaan dengan metode perhitungan atas dasar
jumlah rekombinasi yang terjadi, yang selanjutnya dikonfersikan menjadi bentuk
persen (%). Frekuensi yang diperoleh merupakan titik determinan dimana alel berada.
Batasan alel kemudian dihitung dengan metode 5 titik. 5 titik didasarkan dari 5 sifat
yang dihasilkan dari rekombinasi. Setelah mengetahui urutan gen kemudian
menentukan tipe rekombinan mana yang single crossover, dan mana yang tergolong
double crossover. Selanjutnya menghitung jumlah anakan yang termasuk double
crossover yaitu b, cl, vg, dan dp

Metode pemetaan yang digunakan adalah metode pemetaan yang sama dengan
yang dilakukan oleh Stutervant (1913) dan juga B. Bridges dan T. M. Olbrycht (1942;
1921). Metode perhitunga lima titik dengan single – double point testcross diserupakan
dengan metode three point testcross dimana awalnya dibentuk rekonstruksi crossing
over degan urutan gen sementara. Selannjutnya dibuat table amatan tentang gen – gen
yang saling berekombinasi satu sama lain. Dimisalkan A yang berekombinasi terhadap
B dan C, B yang berekombinasi terhadap A dan C serta, C yang berekombinasi
terhadap A dan B. Langkah selanjutnya adalah membuat perimbangan antara frekuensi
fenotip anakan terhadap jumlah seluruh tipe fenotip dalam satu progeny rekombinasi
alel tertentu terhadap alel lainnya nilai ini disebut sebagai nilai anggapan yang
kemudian dicari frekuensi fenotip sesungguhnya berdasarkan jumlah rekombinan
anakan tersebut dengan cara eliminasi garis algebra sederhana. Anakan yang didapat
kemudian dipetakan menggunakan penjumlahan silang fenotip frekuensi rekombinan.
Peta kemudian diintepretasikan dalam bentuk gambar garis pemetaan.

22
 BAB IV

DATA DAN ANALISIS DATA

4.1 Data hasil pengamatan

23
4.1.1 Pengamatan Fenotipe P1

4.1.1.1 Strain cl

- Mata bermata cokelat halus

- Tubuh berwarna kuning kecoklatan

- Sayap menutupi seluruh tubuh

4.2.1.1 Strain b vg

- Mata berwarna merah halus

- Tubuh berwarna hitam legam hingga abdomen

- Sayap tereduksi kecil dengan sudut kurang dari 90o terhadap abdomen

4.3.1.1 Strain dp

- Mata berwarna merah halus

- Tubuh berwarna kuning kecoklatan

- Ujung Sayap mendatar dengan panjang hanya sepanjang abdomen

4.4.1.1 Strain b cl

- Mata berwarna cokelat halus

- Tubuh berwarna hitam legam hingga abdomen

- Sayap menutupi seluruh tubuh

4.1.2 Pengamatan Fenotipe Anakan F1 dan F2

24
 Keturunan F1 pada persilangan bvg >< cl menunjukkan fenotip yang sama yaitu
strain N yang bisa jantan maupun betina. Adapun keturunan F2 merupakan persilangan
linier anakan F1 menghasilkan anakan dengan lima fenotip yang berbeda yaitu N, cl,
vg, b, dan b vg yang keduanya bisa jantan maupun betina. Untuk persilangan bdp >< cl
menunjukkan anakan F1 terdiri dari strain N yang bisa jantan maupun betina. Untuk
persilangan F2 dari persilangan linier anakan F1 menghasilkan anakan yang terdiri dari
lima fenotip yang berbeda yaitu N, dp, cl, b, dan b cl yang bisa jantan dan juga betina.

4.1.3 Tabel Pengamatan Anakan F2

4.3.1 Tabel Pengamatan Anakan F2 Persilangan b vg >< cl

Terlampir

4.3.2 Tabel Pengamatan Anakan F2 Persilangan b cl >< dp

Terlampir

4.4 Analisis Data

4.4.1 Metode Perhitungan 8 Titik ( B. Bridges dan T. M. Olbrycht )

Persilangan yang dilakukan adalah persilangan antara D. melanogaster strain b

vg dengan strain cl dan juga b cl dengan strain vg dimana persilangan ini mengacu
kepada persilangan yang dilakukan oleh Stutervant (1913) serta oleh C. B. Bridges dan
T. M. Olbrycht yang dimuat dalam Snustad (2012). Persilangan ini sebenarnya
diacukan kepada persilangan 3 sifat beda (trihibrid) dengan lalat Normal (Wild type)
atau yang dinekal sebagai Three Point Testcross Chromosome Mapping (Snustad, 2012;
Russel et al, 2010; Watson et al, 2012). Sifat – sifat anakan F2 yang didapatkan dapat
dianalisis menggunakan persamaan yang sama hanya saja perlu dilakukan adanya
analisis matematis untuk menentukan anakan yang dihasilkan dimana anakan ini
menggambarkan fenomena crossing over yang terjadi (Snustad, 2012).

25
 B. Bridges dan T. M. Olbrycht menyilangkan antara D. melanogaster trihibrid
dengan fenotip sc – ec – cv dimana sc adalah Scute, ec adalah echinus, dan cv adalah
crossveinless. Awalnya lalat betina sc – ec – cv disilangkan dengan lalat wild type
jantan yang kemudian anakan F1nya adalah 100% lalat wild type. Anakannya
kemudian disilangkan sesamanya dan didapatkan anakan dengan rekonstruksi sebagai
berikut pada Tabel 4.1 :

Tabel 4.1 Rekontruksi hasil Anakan F1 B. Bridges dan T. M. Olbrycht

No Fenotip Genotip

sc+ ec+ cv+

1 Wild Type
sc ec cv

sc ec cv
2 Scute,echinus, crossveinless

Persilangan sesama F1

P : N >< sc – ec – cv

F : N, sc – ec – cv

G : sc+ ec+ cv+, sc ec cv, ⌐, sc ec cv

Tabel 4.2 Hasil Anakan F1

Genotip Dari Kromosom X Jumlah Yang
No Fenotip
Maternal Yang Diturunkan Diobservasi
scute,echinus, sc ec cv 1158
1
crossveinless
2 Normal sc+ ec+ cv+ 1455
3 scute sc ec+ cv+ 163
4 echinus, sc+ ec cv 130

26
 crossveinless
5 scute, echinus sc ec cv+ 192
6 crossveinless sc+ ec+ cv 148
7 scute, crossveinless sc ec+ cv 1
8 echinus sc+ ec cv+ 1
Total 3248

Dari data diatas yang dapt dilihat pada Tabel 4.2 kemudian dianalisis bagaimana
urutan gen sesungguhnya dimana urutan sc – ec – cv adalah urutan sementara atau
urutan anggapan. Untuk mengetahui urutan gen sebenarnya maka dengan cara
mengetahui lalat yang mengalami double cross-over dimana dapat dipastikan bahwa
individu tersebutlah yang memiliki frekuensi paling kecil. Dari data yang didapat oleh
B. Bridges dan T. M. Olbrycht menunjukkan bahwa lalat tersebut adalah yang memiliki
fenotip Scute, Crossveinless dan juga Echinus dari keduanya dipatikan bahwa alel sc
dan cv berpindah relative terhadap alel ec sehingga dapat dikatakan bahwa urutan gen
yang benar adalah sc – ec – cv yang kemudian dianalisis frekuensi terjadinnya pindah
silang.

Selanjutnya B. Bridges dan T. M. Olbrycht menghitung jarak antar gen dengan

menggunakan frekuensi crossing over. Cara menghitung frekuensi anakan dengan
fenotip yang genotipnya terlibat dalam masing – masing crossing over antar gen
tersebut. Cara menghitung yang paling sederhana dengan menentukan dahulu fenotip
yang genotipnya terlibat dalam suatu pindah silang dengan cara menentukan fenotip
yang muncul dimana fenotip tersebut memproyeksikan gambaran genotip yang
berpindah silang pada Tabel 4.3 :

Tabel 4.3 Crossing over antaraa sc dan ec

Fenotip Genotip Jumlah
scute sc ec+ cv+ 163
echinus, crossveinless sc+ ec cv 130
scute, crossveinless sc ec+ cv 1
echinus sc+ ec cv+ 1
Total 295

27
 Tabel diatas menunjukkan frekuensi antara crossing over sc dan ec dimana hal ini
berarti alel sc dan ec terlibat dalam suatu pindah silang. Anakan yang menunjukkan
fenotip tersebut kemudian dijumlah dan jumlah anakan rekombinan sc dan ec tersebut
dibagi degan seluruh jumlah total anakan untuk mendapatkan frekuensi pindah silang
sehingga didapatkan (295 / 3248) sehingga menjadi 0.091 Morgan atau sejumlah 9.1
centiMorgan. Dapat dilihat bahwa anakan yang mengalami pindah silang ganda juga
ikut dihitung mengingat pada pindah silang ganda juga melibatkan pindah silang antara
sc dan ec.

Tahap selanjutnya adalah menentukan rekombinan antara gen ec dan cv dimana

dengan metode yang sama kita bisa menentukan jarak antar kedua gen. dimana :

Tabel 4.4 Crossing over antaraa ec dan cv

scute, echinus sc ec cv+ 192
crossveinless sc+ ec+ cv 148
scute, crossveinless sc ec+ cv 1
Echinus sc+ ec cv+ 1
Total 342

Sama seperti sebelumnya total anakan dengan genotip rekombinan ec dan cv

dibagi dengan seluruh total progeny sehingga didapat (342 / 3248) sehingga didapatkan
jarak 0.105 Morgan atau sama dengan 10.5 centiMorgan. Untuk memetakan maka
dikombinasikan jarak antar gen dengan posisi gen tersebut yang sama dengan :

sc – 9.1 – ec – 10.5 – cv

jika dihitung maka jarak total antara sc dan cv adalah 9.1 + 10.5 yang sama dengan
19.6. Untuk mengetahui validitas hasil mapping maka dibandingkann dengan frekuensi
anggapan (average frequency). Frekuensi harapan dihitung dengan cara menentukan
tipe pindah silang yang terjadi menurut jumlah pindah silangnya yaitu terbagi menjadi
single, double, dan juga triple crossing over yang ditentukan dengan melihat genotip
dari anakan tersebut berdasarkan rekonstruksi sehingga didapatkan pada Tabel 4.5

28
Tabel 4.5 Hasil anakan berdasarkan tipe pindah silang
Non – Crossing Over Single – Crossing Over Double – C. Over
scute,echinus,
Scute crossveinless
crossveinless
Normal echinus, crossveinless echinus
- scute, echinus -
- crossveinless -
2613 631 2

Setelah diketahui jumlah anakan tiap tipe pindah silang maka kemudian jumlah
anakann tiap tipe tersebut dibangi dengan jumlah total progeny yang didapatkan. Untuk
non crossing over dikalikan dengan koevisien (0) Jika terjadi single crossing over maka
dikalikan dengan koefisien (1), sedangka untuk double crossing over dikalikan dengan
koefisien (2) sehingga diperoleh

(0)(2613 / 3248) + (1) (631 / 3248) + (2) (2 / 3248)

(0 × 0.805) + (1 × 0.195) + (2 × 0.0006) = 0.196

Jika dibandingkan maka kedua hasil menunjukkan angka yang tidak berbeda dimana
perhitungan secara jarak jika dijumlah total semua jarak menunjukkan angka 0.196
begitu juga angka annggapan yang juga 0.196.

Langkah selanjutnya adalah menghitung koefisien koinsiden dan juga

interferensi. Cara mengtung koevisiem koinsiden adalah dengan menghitung lalat yang
mengalami double crossing over dimana kemudian angka observasi dibagi dengan
angka ekspekstasi. Angka observasi didapat dengan cara mendapatkan angka frekuensi
angka anggapan dari double crossing over (0.0006) sementara angka ekspektasi
didapatkan dari angka frekuensi double crossing over yaitu (0.091 × 0.105 = 0.0095)
sehingga dalam mennghitung koefisienn koinsiden didapatkan

29
 0.0006
c= =0.063
0.0095

sementara interferensi dihitung sengan cara mengurangi angka (1) dengan c dsehingga
didapatkan I = 1 - 0.063 sama dengan 0.937.

4.4.2 Perhitungan Peta Kromosom b vg >< cl

Persilangan antara dihibrid dan juga monohybrid akan menghasilkan anakan

dengan sifat yang berbeda daripada persilangan trihibrid oleh B. Bridges dan T. M.
Olbrycht. Pada Tabel 4.5 dimana didapatkan rekonstruksi :

Tabel 4.6 hasil anakan dari persilangan F1 (bvg x cl)

P b vg cl+ b vg cl+
b+ vg+ cl b+ vg+ cl
b+ vg+ cl
b vg cl+ b vg cl+
b+ vg+ cl b+ vg+ cl
b+ vg+ cl
b vg cl+ b vg cl+

Dapat diketahui bahwa seluruh total anakan F1 adalah N 100% yang bisa saja
jantan maupun betina. Asumsi terjadinya crossing over pada oogonia direkonstruksikan

Tabel 4.7 Rekonstruksi crossing over oogonia gamet F1 (bvg x cl)

b+ vg+ cl b+ vg+ cl
NON -
CO
b vg cl+ b vg cl+

b+ vg+ cl b vg+ cl
SG –
CO 1
b vg cl+ b+ vg cl+

30
 b+ vg+ cl b+ vg+ cl+
SG –
CO 2
b vg cl+ b vg cl

b+ vg+ cl b+ vg cl
DB -
CO
b vg cl+ b vg+ cl+

Oogonia hasil crossing over terebut kemudian disilangkan dengan sesamanya yang
dalam hal ini adalah jantan sehingga didapatkan anakan F2 dengan rekonstruksi :

Tabel 4.8 Rekonstruksi persilangan F2 (bvg x cl)

No Genotip b+ vg+ cl b vg cl+
1 b+ vg+ cl cl N
2 b vg cl+ N b vg
3 b vg+ cl cl b
4 b+ vg cl+ N vg
5 b+ vg+ cl+ N N
6 b vg cl cl b vg
7 b+ vg cl cl vg
8 b vg + cl+ N b

Setelah didapatkan anakan F2 kemudian dicari frekuensi tiap macam persilangan yang
dimaksud disini adalah frekuensi yang anakan dimana alela – alelanya saling
mengalami pindah silang. Jika diasumsikan bahwa urutan gennya adalah b vg cl maka
yang saling mengalami pindah silang adalah b terhadap vg dan juga vg terhadap cl
sehingga didapatkan table persamaan :

Tabel 4.9 Tabel rekonstruksi rekombinan antar allele persilangan F2 (bvg x cl)
f CO Genotip b+ vg+ cl b vg cl+
P b+ vg+ cl cl N

31
 b vg cl+ N b vg
b terhadap b vg+ cl cl b
b+ vg cl+ N vg
vg dan cl
cl terhadap b+ vg+ cl+ N N
b vg cl cl b vg
vg dan b
vg terhadap b+ vg cl cl vg
b vg + cl+ N b
b dan cl

Untuk perhitungan kita dapat menggunnakan table amatan diatas. Tabel amatan diatas
merujuk kearah pindah silang yang terjadi antar gen tertentu sehingga dapat
dikesesuaikan dengan pengamatan oleh B. Bridges dan T. M. Olbrycht penyesuaian
dilakukan dengan metode persamaan garis dimana :

Tabel 4.10 Tabel frekuensi tipe fenotip anakan per – rekombinan (bvg >< cl)

 N vg cl b bvg

P 4 2 0 1 0 1

fb 4 1 1 1 1 0

fvg 4 1 1 1 1 0

fcl 4 2 0 1 0 1

Selanjutnya dapat dihitung frekuensi ditemukan peranakannya dengan membagi jumlah

anakan yang ditemui dengan jumlah total tipe fenotip anakannnya :

Tabel 4.11 Tabel frekuensi anggapan anakan per – rekombinan beserta jumlah (bvg >< cl)

f rekombinan

Fenotip P fb fvg fcl

N 337 0.5 0.25 0.25 0.5

vg 110 0 0.25 0.25 0

32
cl 217 0.25 0.25 0.25 0.25

b 106 0 0.25 0.25 0

bvg 101 0.25 0 0 0.25

Penyelesaian bisa dilakukan dengan eliminasi model garis dimana fcl:

P fb fvg fcl

N 518 = 0.5 0.25 0.25 0.5

cl 142 = 0.25 0.25 0.25 0.25

×4 376 = 0.25 0 0 0.25

1504 = 1 0 0 1

1504 = 439.0 0

1065.0 = fcl

jika fcl sudah ditemukan maka dimasukkan ke persamaan selajutnya :

P fb fvg fcl

vg 64 = 0 0.25 0.25 0

b 141 = 0 0.25 0.25 0

×2 205 = 0 0.5 0.5 0

410 = 0 1 1 0

kemudian dihitung untuk mendapatkan fb dimana :

410 - fb = fvg

33
 vg 64 = 0 0.25 0.25 0

256 = 0 1 1 0

410 = 0 1 1 0

564 - 410 = - 2fb

154 = - 2fb

-77 = fb

setelah diketahui fb dan fcl maka dimasukan ke persamaan cl untuk mencari fvg

P fb fcl fvg

cl 142 = 0.25 0.25 0.25 0.25

439.0 -77 1065.0

142 = 109.75 -19.25 266.25 0.25

142 = 356.75 0.25

-214.75 = 0.25

fvg = -859

Selanjutnya dimasukkan ke dalam table persamaan :

Tabel 4.12 Tabel peritungan jarak berdasarkan frekuensi rekombinan (bvg >< cl)
Phen Total Rekombina f' f(M) cM
n
N 439.0 - - - -
fb -77 b - cl 988.0 1.125285 112.5285
fvg -859 cl - vg 206.0 0.234624 23.46241
fcl 1065.0 b - vg -936.0 -1.06606 -106.606
 568.0

34
 Terdapat kegalatan pemetaan persilangan b vg >< cl dimana hasil peta
menunjukkan bahwa b – cl memiliki jarak sebesar 112.5285 cM melampaui 50,
sementara cl – vg menunjukkan angka sebesar 23.46241. Jarak b – vg juga
menunjukkan angka tak lazim dimana mencapai -106.606 cM. Karena kegalatan
tersebut maka koevisien koinsiden (c) dan interferensi (I) tidak dapat dihitung.

4.4.3 Peritungan Peta Kromosom b cl >< dp

Seperti halnya persilangan b vg >< cl Persilangan antara dihibrid dan juga

monohybrid antara b cl >< dp akan menghasilkan anakan dengan sifat yang berbeda
daripada persilangan trihibrid oleh B. Bridges dan T. M. Olbrycht. Dimana didapatkan
rekonstruksi :

Tabel 4.13 hasil anakan dari persilangan F1 (b cl >< dp)

P b cl dp+ b cl dp+
b+ cl+ dp b+ cl+ dp
b+ cl+ dp
b cl dp+ b cl dp+
b+ cl+ dp b+ cl+ dp
b+ cl+ dp
b cl dp+ b cl dp+

Dapat diketahui bahwa seluruh total anakan F1 adalah N 100% yang bisa saja jantan
maupun betina. Asumsi terjadinya crossing over pada oogonia direkonstruksikan :

Tabel 4.14 Rekonstruksi crossing over oogonia gamet F1 (b cl >< dp)

b+ cl+ dp b+ cl+ dp
NON –
CO
b cl dp+ b cl dp+

SG – b+ cl+ dp b cl+ dp

CO 1
b cl dp+ b+ cl dp+

35
 b+ cl+ dp b+ cl+ dp+
SG –
CO 2
b cl dp+ b cl dp

b+ cl+ dp b+ cl dp
DB –
CO
b cl dp+ b cl+ dp+

Oogonia hasil crossing over terebut kemudian disilangkan dengan sesamanya yang
dalam hal ini adalah jantan sehingga didapatkan anakan F2 dengan rekonstruksi :

Tabel 4.15 Rekonstruksi persilangan F2 (bcl >< dp)

No Genotip b+ cl+ dp b cl dp+
1 b+ cl+ dp dp N
2 b cl dp+ N b cl
3 b cl+ dp dp b
4 b+ cl dp+ N cl
5 b+ cl+ dp+ N N
6 b cl dp dp b cl
7 b+ cl dp dp cl
8 b cl + dp+ N b

Setelah didapatkan anakan F2 kemudian dicari frekuensi tiap macam persilangan yang
dimaksud disini adalah frekuensi yang anakan dimana alela – alelanya saling
mengalami pindah silang. Jika diasumsikan bahwa urutan gennya adalah b cl dp maka
yang saling mengalami pindah silang adalah b terhadap cl dan juga cl terhadap dp
sehingga didapatkan table persamaan :

Tabel 4.16 Tabel rekonstruksi rekombinan antar allele persilangan F2 (b cl >< dp)
f CO Genotip b+ cl+ dp b cl dp+
P b+ cl+ dp dp N

36
 b cl dp+ N b cl
b terhadap b cl+ dp dp B
b+ cl dp+ N Cl
cl dan dp
dp terhadap b+ cl+ dp+ N N
b cl dp dp b cl
cl dan b
cl terhadap b+ cl dp dp Cl
b cl + dp+ N B
b dan dp

Untuk perhitungan kita dapat menggunnakan table amatan diatas. Tabel amatan diatas
merujuk kearah pindah silang yang terjadi antar gen tertentu sehingga dapat
dikesesuaikan dengan pengamatan oleh B. Bridges dan T. M. Olbrycht disesuaikan
dengan metode persamaan garis dimana :

Tabel 4.17 Tabel frekuensi tipe fenotip anakan per – rekombinan (b cl >< dp)

 N cl dp b bcl

P 4 2 0 1 0 1

fb 4 1 1 1 1 0

fcl 4 1 1 1 1 0

fdp 4 2 0 1 0 1

Selanjutnya dapat dihitung frekuensi peranakannya dengan membagi jumlah anakan

yang ditemui dengan jumlah total anakannnya :

Tabel 4.18 Tabel frekuensi anggapan anakan per – rekombinan beserta jumlah (b cl >< dp)

f rekombinan

Fenotip P fb fcl fdp

N 337 0.5 0.25 0.25 0.5

cl 110 0 0.25 0.25 0

37
dp 217 0.25 0.25 0.25 0.25

b 106 0 0.25 0.25 0

bcl 101 0.25 0 0 0.25

Penyelesaian bisa dilakukan dengan eliminasi model garis dimana fdp:

P fb fcl fdp

N 228 = 0.5 0.25 0.25 0.5

dp 12 = 0.25 0.25 0.25 0.25

×4 216 = 0.25 0 0 0.25

864 = 1 0 0 1

864 = 151.5 0

712.5 = fdp

jika fdp sudah ditemukan maka dimasukkan ke persamaan selajutnya :

P fb fcl fdp

cl 7 = 0 0.25 0.25 0

b 51 = 0 0.25 0.25 0

×2 58 = 0 0.5 0.5 0

116 = 0 1 1 0

kemudian dihitung untuk mendapatkan fb dimana :

116 - fb = fcl

38
 cl 7 = 0 0.25 0.25 0

28 = 0 1 1 0

116 = 0 1 1 0

204 - 116 = - 2fb

88 = - 2fb

-44 = fb

setelah diketahui fb dan fdp maka dimasukan ke persamaan dp untuk mencari fcl

P fb fcl fdp

dp 12 = 0.25 0.25 0.25 0.25

151.5 3 712.5

12 = 37.875 0.75 178.125 0.25

12 = 216.75 0.25

-204.75 = 0.25

fcl = -819

Selanjutnya dimasukkan ke dalam tabel persamaan :

Tabel 4.19 Tabel peritungan jarak berdasarkan frekuensi rekombinan (b cl >< dp)

Rekombina
Phen Total n f' f(M) cM

N 151.5 - - - -

Fb -44 b – cl -816 -2.69307 -269.307

Fcl -772 dp – cl -59.5 -0.19637 -19.637

39
 Fdp 712.5 b – dp 668.5 2.206271 220.6271

 48.0

Terdapat kegalatan pemetaan persilangan b cl >< dp dimana hasil peta

menunjukkan bahwa b – cl memiliki jarak sebesar -269.307 cM sementara dp – cl
menunjukkan angka sebesar -19.637. Jarak b – dp juga menunjukkan angka tak lazim
dimana mencapai 220.6271 cM melampaui 50. Karena kegalatan tersebut maka
koevisien koinsiden (c) dan interferensi (I) tidak dapat dihitung.

4.4.4 Metode Three Point Testcross (Anakan 8 Type) Persilangan D. melanogaster

vg b pr ♀ >< N♂

Persilangan D. melanogaster oleh Gogoi dan Tazid (2016) didapatkan data

persilagan berupa :

Tabel 4.20 Tabel jumlah fenotip anakan F2 persilangan (vg b pr ♀>< N♂) (Gogoi & Tazid, 2016)
No Fenotip Genotip Jumlah
1 vestigial, black, purple vg b pr 1779
2 Normal vg+ b+ pr+ 1654
3 black, purple vg+ b pr 252
4 Vestigial vg b+pr+ 241
5 Black vg+ b pr+ 131
6 vestigial, purple vg b+ pr 118
7 vestigial, black vg b pr+ 13
8 Purple vg+ b+ pr 9
Setelah didapatkan data tersebut maka perhitungan yang dilakukan adalah perhitungan
menggunakan 8 type anakan atau menggunakan metode Three Point Testcross.
Perhitungan ini sama persis dengan yang dikemukakan oleh B. Bridges dan T. M.
Olbrycht dimana tahap pertama adalah rekonstruksi susunan gen yang bisa saja urutan
gennya adalah vg – b – pr atau b – vg – pr atau b – pr – vg. Pengurutan gen dilakukan
dengan cara melihat jumlah anakan terkecil yang dimana frekuensi anakan terkecil
didapati pada fenotip vestigial, black (13) dan purple (9). Jika mengikuti interferensi
dan juga keterpautan (linkage) maka kejadian double crossing over (DBCO) lah yang
memungkinkan jumlah anakan terkecil sehingga dapat ditarik kesimpulan bahwa dari
fenotip yang muncul yaitu vestigial black (vg b pr+) dan juga purple (vg+ b+ pr) ael pr

40
berpindah relative terhadap vg dan b yang kemudian dapat ditentukan urutan gen
sebenarnya adalah b pr vg. untuk lebih jelas bisa diamati pada table 4. 20

Setelah diketahui urutan gen maka dibuat rekontruksi (anakan F1 Tabel. 4.20
yang 100% WT (vg b pr / vg b pr) >< (vg+ b+ pr+ / vg+ b+ pr+) = (vg+ b+ pr+ / vg b pr)

Tabel 4.21 Tabel rekonstruksi genotip anakan F1 persilangan (vg b pr ♀>< N♂)

No Fenotip Genotip

b+ pr+ vg+
1 Wild Type

b pr vg
Sehingga jika direkonstruksi crossing over yang terjadi :

Tabel 4.22 Tabel rekonstruksi crossing over oogonia anakan F1 b pr vg

b+ pr+ vg+ b+ pr+ vg+

NON –
CO
b pr vg b pr vg

b pr+ vg+ b pr+ vg+

SG –
CO 1
b+ pr vg b+ pr vg

b+ pr+ vg b+ pr+ vg
SG –
CO 2
b pr vg+ b pr vg+

b pr+ vg b pr+ vg
DB –
CO
b+ pr vg+ b+ pr vg+

41
Langkah selanjutnya adalah membentuk table persilangan F2 yang dimana anakan
normal heterozigot dari F1 disilangkan dengan anakan mutan b pr vg sehingga didapat :

Tabel 4.23 Tabel jumlah fenotip dan rekonstruksi anakan F2 persilangan N♀ >< b pr vg♂

No b pr vg Fenotip Jumlah
1 b pr vg b pr vg vestigial,black, 1779
purple
2 b+ pr+ vg+ N Normal 1654
3 b pr+ vg+ b black 131
4 b+ pr vg pr vg vestigial, purple 118
5 b+ pr+ vg vg vestigial 241
6 b pr vg+ b pr black purple 252
7 b pr+vg b vg vestigial, black 13
8 b+ pr vg+ pr purple 9
Jumlah 4197

Tahapan selanjutnya adalah menentukan peta kromosom, untuk menentukan jarak

terlebih dahulu harus diketahui masing – masing alel yang berekombinasi dengan yang
lain dimana hal ini dapat dilihat dari rekonstruksi crossing over oogonia anakan F1
(Tabel 4.22) dan juga rupa fenotipnya pada rekonstruksi anakan F2 (Tabel 4.23). Pada
Three Point Testcross selalu akan didapatkan 3 alel yang saling berekombinasi dalam
hal ini b terhadap pr dan vg, vg terhadap pr dan b, juga pr terhadap b dan vg. Untuk
menghitung peta Three Point Testcross hanya digunakan dua rekombinan yaitu b
terhadap pr dan vg (ujung1 terhadap tengah) dan pr terhadap b dan vg (tengah terhadap
ujung2). Sehingga didapat :

Tabel 4.24 Tabel jumlah fenotip anakan F2 rekombinan b terhadap pr dan vg

No b pr vg Fenotip Jumlah
3 b pr+ vg+ B black 131
4 b+ pr vg pr vg vestigial, purple 118
7 b pr+vg b vg vestigial, black 13
8 b+ pr vg+ Pr purple 9
Jumlah 271

DBCO juga dihitung mengingat didalam DBCO juga terjadi rekombinasi antara b
terhadap pr dan vg. angka 271 kemudian dibagi dengan total seluruh anakan untuk

42
mendapatkan f rekombinasi antara b terhadap pr dan vg. Sehingga 271 / 4197 =
0.0645. yang jika dikonversikan menjadi satuan cM menjadi 6.45 cM. Untuk anakan
rekombinasi antara pr terhadap b dan vg maka dibuat rekonstruksi sebagai berikut :

Tabel 4.25 Tabel jumlah fenotip anakan F2 rekombinan pr terhadap b dan vg

No b pr vg Fenotip Jumlah1
5 b+ pr+ vg Vg vestigial 241
6 b pr vg+ b pr black purple 252
7 b pr+vg b vg vestigial, black 13
8 b+ pr vg+ Pr purple 9
Jumlah 515

dengan cara yang sama jumlah anakan rekombinan yang dalam kasus ini pr terhadap b
dan vg yaitu 515 dibagi jumlah total seluruh anakan yaitu 515 / 4197 = 0.123 yang jika
dikonversikan menjadi satuan cM menjadi 12.3 cM. Jika keduanya telah dihitung maka
dapat dipetakan menjadi :

b 6.45 cM pr 12.3 cM vg

18.75 cM

Untuk langkah selanjutnya adalah menghitung frekuensi anggapan dimana frekuensi

anggapan ini digunakan sebagai pembanding rentang jarak terjauh antara dua gen
(18.75 cM). Frekuensi harapan dihitung dengan cara mengalikan frekuensi masing –
masing tipe crossing over (Non – Single – Double) dengan koevesien determinannya
yaitu 0 untuk Non crossing over, 1 untuk single crossing over, dan 2 untuk double
crossing over sehingga dihitung :

Tabel 4.26 Tabel jumlah fenotip anakan F2 frekuensi berdasarkan tipe crossing over
No Tipe crossing over Jumlah Frekuensi
1 Non 3424 0.8158
2 Single 742 0.1768
3 Double 22 0.0052

Langkah selanjutnnya dikalikan dengan koefisien determinan sehingga didapat

(0.8158 × 0) + (0.1768 × 1) + (0.0052 × 2) = 0.1873 jika dibandingkan maka antara

43
jarak total peta dan frekuensi anggapan akan sama yaitu 0.1875 dan 0.1873 APK
(Angka Perbedaan terKecil) diakibatkan oleh reduksi angka penting.

Jika telah dihitung maka selanjutnya dilakukan peritungan koefisien koinsiden

(c) dan juga interferensi (i). Koefisien koinsiden dihitung dengan persamaan :

crossing
frekuensi terduga double
¿
crossing
frekuensi observasi double ¿
¿
c=¿

Jika kita mengasumsikan independensi kejadian crossing over maka frekuensi

rekombinan b terhaadap pr dan vg dan juga pr terhadap b dan vg mewakili frekuensi
independensi terjadinya suatu crossing over sehingga dihitung yaitu 0.0645 × 0.123 =
0.0079335 angka ini kemudian akan digunakan membagi angka observasi double
crossing over yaitu 0.0052 sehingga didapatkan :

0.0052
c= =0.6554484149
0.0079335

Peritungan selanjutnya adalah peritungan untuk menghitung Interferensi (I) yang

dimana persamaannya adalah I = 1 – c sehingga dapat dimasukkan I = 1 -
0.6554484149 = 0.3445515851 dimana interferensinya dapat dikatakan lemah.

BAB V

44
 PEMBAHASAN

5.1 Pemetaan Dengan Persilangan b vg >< cl

Dapat diketahui bahwa terdapat kegalatan pemetaan pada persilangan bvg >< cl.
Seperti yang dikatakan sebelumnya suatu cross over menentukan jarak dari suatu gen
yang dimana hal ini muncul akibat suatu nilai linkage (keterkaitan) antar alela dalam
suatu kromosom (Watson et al, 2012; Snustad 2012; Stutervan; 1915; Russel; 2010;
Brown, 2002). Dibandingkan dengan peta parsial yang dibuat oleh B. Bridges dan T.
M. Olbrycht (1921) dan juga peta keterkaitan (linkage) oleh Stocker et al (2012) dan
Corebima (2013) menunjukkan perbedaan yang sangat signifikan dimana pada peta
parsial jarak b dan vg adalah 18,5 cM sementara jarak vg dan cl adalah 11,5 cM yang
dimana angka menunjukkan perbedaan yang secara nyata terlihat. Pengaruh paling
besar dalam perbedaan ini adalah perbedaan testcross persilangan. B. Bridges dan T. M.
Olbrycht, Sturtevant dan kebanyakan peta lainnya dilakukan dengan Three Point
Testcross sementara yang dilakukan dalam penelitian ini adalah single – double Point
Testcross. Dalam Watson et al (2012) dan Snustad & Simmons (2012), ambiguitas dari
persilangan akan direduksi dengan penggunaan Three Point Testcross karena
determinasi jarak rekombinan benar – benar dapat dipastikan begitu pula fenotip
anakan sudah nampak terlihat dengan jelas. Jelas dikatakan bahwa pemetaan
kromosom dengan cara Test Cross harus menggunakan titik penanda anakan (fenotip)
yang tidak menimbulkan suatu nilai yang ambigu. Reduksi ambiguitas ini bisa
dilakukan dengan cara persilangan yang memungkinkan amatan fenotip yang jelas baik
jumlah maupun genotipnya yang dimana hal tersebut tidak mengada – ada (Brown,
2002). Begitu juga yang diungkapkan David (2006) pada persilangan C. elegans.

Nilai yang tidak tentu (ambigu) ini diakibatkan karena untuk mendapatkan
individu yang mengalami crossing over antara gen b terhadap vg dan vg terhadap cl
digunakan persamaan linear perbandingan algebra sederhana dengan penganggapan
koevisien sebagai penentu jumlah individu rekombinan tersebut. Misalnya dianggap
jumlah rekombinan b (fb) dalam seluruh populasi N adalah ¼ (0.25). Angka ¼ dari
seluruh populasi tersebut tidak benar – benar sama dengan angka sesungguhnya jumlah
individu rekombinan b dalam progeny pindah silang tersebut, karena angka ¼

45
hanyalah anggapan (expectation) hal ini juga berlaku untuk frekuensi rekombinan yang
lain. Nilai individu crossing over juga tidak pernah akan melampaui 50% hal ini
disebabkan oleh linkage yang dimana dapat diketahui melalui koevisien koinsiden (c)
dan juga nilai interferensi (I) (Watson et al, 2012; Snustad; 2012, Russel; 2010; Brown,
2002; Corebima, 2013). Menurut Snustad (2012) angka koefisien koinsiden yang
rendah menggambarkan kejadian double crossing over yang kecil dibandingkan angka
ekspektasi sehingga, dapat dipastikan bahwa kejadian crossing over di suatu alel akan
menghalangi alel lain untuk menngalami crossing over yang dimana akan diukur
berdasarkan interferensi. Menurut Watson (2012) juga dikatakan bahwa nilai
Interferensi ini menunjukkan bahwa ada disturbansi suatu alela yang mengalami
crossing over terhadap alela lainnnya. Pembentukan synaptonemal complex sangat
menentukan nilai interferensi dimana synaptonemal complex akan spesifik terjadi pada
suatu daerah kromosom saja (Zhang et al, 2014). Menurut Richard (1978) dan Roeder
(1998) mengatakan bahwa kehadiran protein sinaptonemal menentukan interferensi
pada suatu kromosom baik itu meningkatkan nilainya atau justru menurunkan, sesuai
dengan Watson et al (2012) yang mengatakan Interferensi bisa saja meningkatkan atau
menurunkan nilai crossing over.

5.2 Pemetaan Dengan Persilangan b cl >< dp

Seperti yang diungkapkan pada persilangann b vg >< cl kegagalan yang terjadi
pada pemetaan persilangan b cl >< dp kemungkinan besar diakibatkan nilai
ambiguitas persilagan yang cukup tinggi, namun selain hal tersebut faktor lain juga
mengikuti. Rasio dari persilangan F2 antara anakan F1 dari b cl >< dp seharusnya
menunjukkan rasio 6:4:2:2:2 namun setelah diuji menggunakan menunjukkan angka
yang berbeda nyata dengan tabel (1067.1 > 9.488) serupa dengan b vg >< cl yang
menunjukkan angka yang menyimpang yaitu (248.8276386 > 9.4888). Perbedaan ini
bisa disebabkan oleh berbagai hal seperti disturbansi lingkungan, nutrisi, jamur pada
medium dan sebagainya, kenyataan bahwa secara operasional kejadian diatas
diabaikan, namun secara observatif kejadian tersebut nampaknya mengambil peran
yang cukup besar dalam kegagalan persilangan. Selain itu juga mengikuti hukum satu
gen banyak sifat (Corebima; 2013) bisa diketahui bahwa ternyata mutasi pada lokus b
juga membawahi sifat seperti gangguan proliferasi sel (Wittkopp et al, 2003, 2009)
begitu juga dengan dp dimana gen tersebut mengkode banyak protein baik structural

46
maupun fungsional, salah satunya adalah EGF dimana disfungsi EGF salah satunya
adalah cunditas dan juga disfungsi structural (Ray et al, 2015) Jika kemudian progeny
persilangan menunjukkan rasio yang berbeda nyata dengan 6:4:2:2:2 akan jauh
meningkatkan nilai ambiguitas Test cross. Nilai ambiguitas tersebut meningkat karena
untuk mengetahui nilai perimbangan digunakan metode eliminasi angka ekspektasi
rekombinan. Perbedaan angka rekombinan dengan rasio akan menyebabkan munculnya
angka negatif akibat dari nilai obeservasi yang rendah saat dikalikan dengan frekuensi
anggapan rekombinan. Rekombinan ini akan menunjukkan angka yang sangat kecil dan
berpengaruh terhadap pengurangan algebra saat eliminasi. Peta seharusnya menurut
Brown (2002) dan Corebima (2013) adalah sebagai berikut :

dp – 3.5 – cl – 32 – b

BAB VI

47
 PENUTUP

6.1. Simpulan
Perhitungan peta kromosom hasil persilangan D.melanogaster bvg >< cl dan bcl
>< dp yang dilakukan dengan metode perhitungan 8 titik, jarak yang didapatkan antara
alel b dan vg adalah -106.606 cM, dan jarak antara alel b dan cl adalah 112.5285 cM,
sedangkan jarak yang didapatkaan antara alel vg dan cl adalah 23.46241 cM. Pada
persilangan bcl >< dp jarak antar alel b dan dp yang didapatkan adalah -269.307 cM,
sementara dp dan cl adalah -19.637 cM. Kegalatan hasil peta kromosom yang diperoleh
pada persilangan bcl >< dp dan bvg >< cl ini disebabkan oleh berbagai factor
diantaranya disturbansi lingkungan, selain itu juga dipengaruhi karena mutasi pada
lokus b juga membawahi sifat seperti gangguan proliferasi sel, vg membawahi sifat
cunditas, dan mutasi pada gen dp mengakibatkan disfungsi EGF sehingga
menyebabkan cunditas dan juga disfungsi struktural

6.2. Saran
1. Dalam melakukan penelitian, peneliti harus lebih teliti dalam melakukan
pengamatan fenotip F1 dan F2 maupun penghitungan jumlah F 1 dan F2 agar data
yang dihasilkan lebih akurat.
2. Medium untuk peremajaan strain bvg lebih baik dalam keadaan tidak terlalu cair
karena strain ini mudah sekali tenggelam.
3. Dalam melakukan pengamatan fenotip, hendaknya ditempat yang terang agar
dapat teramati semua ciri.
4. Saat melakukan pengampulan, hendaknya menggunakan selang yang ukurannya
minimal 8 cm agar mempermudah dalam melakukan persilangan
5. Dalam melakukan pemindahan betina, peremajaan ataupun pengampulan,
hendaknya menggunakan cotton bud yang berbeda.

DAFTAR RUJUKAN

48
Bridges. B. C. Current Maps of the Location of the Mutant Genes of Drosophila
melanogaster. Proc. N. A. S. 1921. Vol : 7 (4). Pp : 127 – 132.
Brown. T. A. 2002. Genomes : 2nd Edition. Oxford : Willey – Liss.
Carmon. A., Michael J. G., Olga. G., Brad. M., & Ross. M. A Molecular Analysis of
Mutations at the Complex dumpy Locus in Drosophila melanogaster. PLoS One.
2010. Vol : 5 (8). Pp : 1 – 12.
Corebima. A. D. 2013. Genetika Mendel. Surabaya : Airlangga University Press.
Coulthard. B. A., Nadia. N., John. B. B., & Arthur. J. H. The Genetics Society of
Amerika. 2005. Vol : 170 (1). Pp : 1711 – 1721.
David. F. 2006. Genetic Mapping and Manipulation: Chapter 1-Introduction and
Basics. (Online) (http://www.wormbook.org/chapters/www_introandba
sics/introandbasics.html) diakses tanggal 11 - 12 – 2017 pukul : 8 : 45 WIB.
Delanoue. R., Alain. Z., Raynald. C., Annie. D., & Joel. S. Interaction Between
Apterous and Early Expression of vestigial in Formation of the Dorso-Ventral
Compartments in the Drosophila Wing Disc. Genes to Cells. 2002. Vol : 7 (1).
Pp : 1255 – 1266.
Dixit. R., Jayanand., Rai. D. V., Rashi. A., & Aditya. P. Physical Mapping of Genome
and Genes. Journal of Biological Engineering Research and Reviw. 2014.
Vol : 1 (1). Pp : 06 – 11.
Giordano. E., I. Peluso., R. Rendina., A. Digilio.,& M. Furia. The clot Gene of
Drosophila melanogaster Encodesba Conserved Member of the
Thioredoxin-like protein superfamily. Mol Gen Genomics. 2003. Vol : 268. Pp :
692–697.
Gogoi. J. & Ali. T. A Mathematical Model for Solving Four Point Test Cross in
Genetics. International Journal of Computer Applications. 2016. Vol : 153 (5). Pp
: 45 – 48.
FlyBase. 2017. Gene Dmel/vg. (Online). (http://flybase.org/reports/FBgn0 003975.html
: Diakses Pada Tanggal 4 Oktober 2017).
FlyBase. 2017. Gene Dmel/cl. (Online). (http://flybase.org/reports/FBgn0
002069.html : Diakses Pada Tanggal 4 Oktober 2017).
FlyBase. 2017. Gene Dmel/dpy. (Online). (http://flybase.org/reports/FBgn0
000153.html : Diakses Pada Tanggal 4 Oktober 2017).
FlyBase. 2017. Gene Dmel/b. (Online). (http://flybase.org/reports/FBgn0 053196.html :
Diakses Pada Tanggal 4 Oktober 2017).
Garg. A., Ajay. S., Monica. M. D., Sandra. L. O., Leola. C., & John. B. B. Antagonizing
Scalloped With a Novel Vestigial Construct Reveals and Important Role for
Scalloped in Drosophila melanogaster Leg, Eye and Optic Lobe Development.
The Genetics Society of America. 2007. Vol : 175 (1). Pp : 650 – 660.

49
L. A. Baena-Lopez. & A. Garcia-Bellido. Control of Growth and Positional Information
by the Graded vestigial Expression Pattern in the Wing of Drosophila
melanogaster. PNAS. 2006. Vol : 103 (37). Pp : 13734 – 13739.
NCBI. 2017. cl clot Drosophila melanogaster fruit fly. (Online).
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/43938 : Diakses Pada Tanggal 4 Oktober
2017)
NCBI. 2017. dpy dumpy Drosophila melanogaster fruit fly. (Online).
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/318824 : Diakses Pada Tanggal 4 Oktober
2017)
NCBI. 2017. b black Drosophila melanogaster fruit fly. (Online).
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/34791 : Diakses Pada Tanggal 4 Oktober
2017)
NCBI. 2017. vg vestigial Drosophila melanogaster fruit fly. (Online).
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/36421 : Diakses Pada Tanggal 4 Oktober
2017)
Prout. M., Zubin. D., Julie. S., Dianne. F., & James. W. F. Autosomal Mutations
Affecting Adhesion Between Wing Surfaces. Genetics Society of America. 1997.
Vol :146 (1). Pp : 275 – 285.
Ray. P. R., Matamoro-Vidal. A., Paulo S. R., Tapon. N., David. H., Salazar-Ciudad. I.,
& Barry. J. T. Patterned Anchorage to the Apical Extracellular Matrix Defines
Tissue Shape in the Developing Appendages of Drosophila. Developmental Cell.
2015. Vol : 34 (1). Pp : 310 – 322.
Richard. E. Synaptonemal Complex and Crossing - Over: Structural Support or
Interference?. Heredity : Nature. 1978. Vol 41 (1). Pp : (233 – 237).
Roeder. G. S. & Sym. M. Crossover Interference is Abolished in the Absence of a
Synaptonemal Complex Protein. CellPress. 1994. Vol :79 (2). Pp : 283 – 292.
Russel. P. J. 2010. iGenetics A Molecular Approach : Third Edition . San Francisco :
Benjamin Cummings.
Silverthorn. D. U. 2010. Human Physiology : An Integrated Approach. San Francisco :
Pearson.
Simmonds. A., Hughes. S., Tse. J., Cocquyta., & Bella. J. The Effect of Dominant
vestigial Alleles Upon vestigial-Mediated Wing Patterning During Development
of Drosophila melanogaster. Mechanism of Development. 1997. Vol : 67 (1).
Pp : 17 – 33.
Snustad. P. D. & Simmons. M. J. 2012. Principles of Genetics : Sixth Edition. San
Francisco : John Wiley & Sons, Inc.
Sturtevant. A. H. The Linear Arrangement of Six Sex-Linked Factors in Drosophila as
Shown by Their Mode of Association. Journal of Experimental Zoology. 1913.
Vol : 14 (1). Pp : 43 – 59.

50
Stocker. J. A., Bosco. B. Rusuwa., Mark. J. B., Francesca. D. F., Sullivan. M., Bradley.
R. Foley., Beatson. S., Ary. A. Hoffmann., & Stephen. F. Chenoweth. Physical
and Linkage Maps for Drosophila serrata, a Model Species for Studies of Clinal
Adaptation and Sexual Selection. Genes Genomes Genetics. 2012. Volume : 2
(2). Pp : 287 – 297.
Sylwester. C. & Nicholas. G. 2013. Atlas of Drosophila Morphology. Chenai :
Elsevier.
Trudy F. C., Mackay. S. R., Eric A. S., et al. The Drosophila melanogaster Genetic
Reference Panel. Nature. Vol : 482 (1). Pp : 173 – 178.
Viktor. L. & Langkah. G. 2012. Genetika : Molekular dan Filogeni. Jakarta : Erlangga.
Watson. J. D., Tania. A. B., Bell. P. S., Gann. A., Levine. M. & Losick. R. 2012.
Molecular Biology of The Gene : Seventh Edition. New York : Pearson
Education, Inc.
Wittkopp. J. P., Emma. E. S., Lisa. L. A., Adam. H. N., Belinda. K. H., Elizabeth. M. T.,
Saleh. A., et al. Intraspecific Polymorphism to Interspecific Divergence: Genetics
of Pigmentation in Drosophila. Science. 2009. Vol : 326 (540). Pp : 540 – 544.
Wittkopp. J. P., Sean B. C., & Artyom. K. Evolution in Black and White: Genetic
Control of Pigment Patterns in Drosophila. Trends in Genetics. 2003. Vol : 19
(9). Pp : 495 – 505.

Zhang. L., Espagne. E., Muyt. B. A., Zickler. D., & Nancy. E. Kleckner. 2014.
Interference - Mediated Synaptonemal Complex Formation with Embedded
Crossover Designation. PNAS. 2014. Vol : 111 (47). Pp : 5059 – 5068.

51
 LAMPIRAN

Lampiran. 1. Data Kolektif Persilangan b vg >< cl dan b cl >< dp D. melanogaster

Persilangan Fenotip U1 U2 U3 Total

A B C D A B C D A B C D
N 32 65 16 24 55 61 16 21 7 22 27 16 518
B 15 25 6 4 17 12 11 1 7 6 3 4 141
b vg >< cl Vg 4 7 2 5 5 14 2 6 1 1 3 - 64
b vg 1 3 - - - 1 2 2 1 - - - 13
Cl 18 17 2 7 21 17 4 3 3 1 12 1 142
 Total 878
U1 U2 U3 Total
A B C D A B C D A B C D
Persilangan Fenotip
N 105 80 37 6 228
b 12 27 7 5 51
dp 4 6 1 1 12
b vg >< cl b cl 1 3 - 1 5
cl 4 3 - - 7
 Total 303

Lampiran. 2. Chi – Square ( 2) persilangan b vg >< cl dan b cl >< dp D. melanogaster

Chi Square Anakan b vg >< cl

Dif Phen Rasio fo fh fo – fh (fo - dif fh  tab

52
 fh)2
54.875 N 6 518 329.25 188.75 35626.56 108.2052 248.8276 9.488
cl 4 142 219.5 -77.5 6006.25 27.36333
b 2 141 109.75 31.25 976.5625 8.898064
vg 2 64 109.75 -45.75 2093.063 19.07118
bvg 2 13 109.75 -96.75 9360.563 85.28986

Chi Square Anakan b cl >< dp

Dif Phen Rasio fo fh fo – fh (fo - dif fh  tab
fh)2
18.9375 N 6 337 113.625 223.375 49896.39 439.1322 1067.609 9.488
cl 4 217 75.75 141.25 19951.56 263.387
b 2 106 37.875 68.125 4641.016 122.5351
vg 2 110 37.875 72.125 5202.016 137.3469
bvg 2 101 37.875 63.125 3984.766 105.2083

53