BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Ilmu genetika mendefinisikan dan menganalisis keturunan atau konstansi dan

perubahan pengaturan dari berbagai fungsi fisiologis yang membentuk karakter organisme.
Unit keturunan disebut gen yang merupakan suatu segmen DNA yang nukleotidanya
membawa informasi karakter biokimia atau fisiologis tertentu. Pendekatan tradisional pada
genetika telah mengidentifikasikan gen sebagai dasar kontribusi karakter fenotip atau
karakter dari keseluruhan stuktural dan fisiologis dari suatu sel atau organisme, karakter
fenotif seperti warna mata pada manusia atau resistensi terhadap antibiotik pada bakteri, pada
umumnya di amati pada tingkat organisme. Dasar kimia untuk variasi dalam fenotif atau
perubahan urutan DNA dalam suatu gen atau dalam organisasi gen.

Penelaahan tentang genetika pertama kali dilakukan oleh seorang ahli botani
berkebangsaan Austria, Gregor Mendel pada tanaman kacang polongnya. Pada tahun 1860-
an ia menyilangkan galur-galur kacang polong dan mempelajari akibat-akibatnya. Hasilnya
antara lain terjadi perubahan-perubahan pada warna, bentuk, ukuran, dan sifat-sifat lain dari
kacang polong tersebut. Dari hasil penelitian inilah ia mengembangkan hukum-hukum dasar
kebakaan. Hukum kebakaan berlaku umum bagi semua bentuk kehidupan. Hukum-hukum
Mendel berlaku bagi manusia dan juga organisme percobaan dahulu yang amat populer
dalam genetika, yakni lalat buah Drosophila. Namun sekarang, percobaan-percobaan ilmu
kebakaan lebih sering dilakukan dengan menggunakan bakteri Escherichia coli. Bakteri ini
dipilih karena paling mudah dipelajari pada taraf molekuler sehingga merupakan organisme
pilihan bagi banyak ahli genetika. Hal ini membantu perkembangan bidang genetika mikroba.
Jasad renik yang di pelajari dalam bidang genetika mikroba meliputi bakteri, khamir, kapang,
dan virus.

Genetika mikroba tradisional terutama berdasarkan pada pengamatan atau observasi

perkembangan secara luas. Variasi fenotif telah diamati berdasar kemampuan gen untuk
tumbuh dibawah kondisi terseleksi, misalnya bakteri yang mengandung satu gen yang

1
resisten terhadap ampisilin dapat dibedakan dari bakteri kekurangan gen selama
pertumbuhannya dalam lingkungan yang mengandung antibiotik sebagai suatu bahan
penyeleksi. Catatan bahwa seleksi gen memerlukan ekspresi dibawah kondisi yang tepat
dapat diamati pada tingkat fenotif. Genetika bakteri mendasari perkembangan rekayasa
genetika, suatu teknologi yang bertanggung jawab terhadap perkembangan di bidang
kedokteran.

B. Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang di atas maka dapat diambil rumusan masalah sebagai
berikut:

 Apa pengertian dari informasi genetika mikroorganisme ?

 Apa saja komponen yang menyusun genetika mikroorganisme ?

C. Tujuan Penulisan

Penulisan ini betujuan untuk mengetahui pengertian dari informasi genetika

mikroorganisme dan komponen apa sajakah yang menyusunnya. Genetika merupakan bagian
yang sangat penting dalam kehidupan mikroorganisme. Tanpa adanya faktor genetika ini,
kelanjutan spesies mikroorganisme yang bersangkutan tentu sangat dipertanyakan. Oleh
karena pentingnya masalah ini, penulis mencoba untuk membahasnya dalam makalah ini.

Adapun terdapat beberapa tujuan dari pengambilan materi informasi genetika

mikroorganisme ini, antara lain adalah:

 Untuk menambah wawasan dan pengetahuan penulis mengenai faktor genetika

mikroorganisme.
 Penulis mendapat banyak pengetahuan tentang bagaimana genetika mikroorganisme
dapat berpindah dari satu sel ke sel lainnya.
 Penulis dapat mengetahui lebih dalam bagaimana suatu sel mikroorganisme dapat
mengalami proses mutasi dan menjadi mutagen dalam kesehariannya.
Semua tujuan-tujuan ini diharapkan dapat tercapai setelah terwujudnya makalah ini. Selain
itu, pengetahuan-pengetahuan yang penulis dapat dari pembahasan materi ini bisa menjadi
wawasan awal yang dapat penulis ambil dan kembangkan menjadi pengetahuan yang lebih
tinggi lagi di masa depan.

2
D. Manfaat Penulisan

Penulisan ini memberikan beberapa manfaat. Aspek akademis memberikan informasi

ilmiah kepada masyarakat tentang pengertian dari genetika mikroorganisme serta komponen
apa sajakah yang menyusun genetika mikroorganisme. Mengetahui genetika dari
mikroorganisme serta komponen penyusunnya maka dapat membuat mikoorganisme yang
mempunyai kualitas yang sama yang digunakan dalam industri dengan memanfaatkan
genetika dari mikroorganisme yang mempunyai sifat unggul.

E. Metode Penulisan

Dalam pembahasan materi “Informasi Genetika Mikroorganisme” ini, penulis

menggunakan metode kepustakaan untuk mendapatkan bahan materi yang menyeluruh.
Kepustakaan yang penulis gunakan tak hanya memakai beberapa buku untuk menjadi sumber
acuan. Akan tetapi, penulis juga mencari bahan dari internet baik berupa materi maupun
gambar yang dapat melengkapi pembahasan materi sebelumnya.

Dalam pembahasannya, makalah ini lebih memfokuskan pembahasannya terhadap

bakteri sebagai objek. Bakteri dipilih karena dimensi sel dan ukurannya membuat penjelasan
menjadi lebih mudah.

3
 BAB II

PEMBAHASAN

A. Struktur DNA

Pada tahun 1953, Frances Crick dan James Watson menemukan model molekul DNA
sebagai suatu struktur heliks beruntai ganda, atau yang lebih dikenal dengan heliks ganda
Watson-Crick.

Informasi genetika disimpan sebagai suatu urutan basa pada DNA. Kebanyakan
molekul DNA adalah rantai ganda, dengan basa-basa komplementer (A-T; G-C) berpasangan
menggunakan ikatan hidrogen pada pusat molekul. Sifat komplementer dari basa
memungkinkan satu rantai (rantai cetakan, template) menyediakan informasi untuk salinan
atau ekpresi informasi pada suatu rantai yang lain (rantai penyandi).

Pasangan-pasangan basa tersusun dalam bagian pusat double helix DNA dan
menentukan informasi genetiknya. Setiap empat basa diikatkan pada phosphor-2-deoxyribose
membentuk suatu nukleotida. Setiap nukleotida dibentuk dari tiga bagian yaitu:

1) Sebuah senyawa cincin yang mengandung nitrogen, disebut basa nitrogen. Dapat
berupa purin atau pirimidin.
2) Sebuah gugusan gula yang memiliki lima karbon (gula pentosa), disebut deoksiribosa.
3) Sebuah molekul fosfat.

Bagian-bagian tersebut terhubungkan bersama-sama dalam urutan basa nitrogen-

deoksiribosa-fosfat.

4
 Gambar 1. Double Helix DNA

Purin dan pirimidin yang membentuk nukleotida, masing-masing memiliki dua macam
basa :

1) Purin yaitu adenine dan guanine,

2) Pirimidin yaitu cytosine dan thymine.

Karena ada empat jenis basa, maka pada DNA dijumpai empat jenis nukleotida :

1) Deoksiadenosin-5’-monofosfat (adenine + deoksiribosa + fosfat),

2) Deoksiguanosin-5’-monofosfat (guanine + deoksiribosa + fosfat),
3) Deoksitidin-5’-monofosfat (cytosine + deoksiribosa + fosfat),
4) Timidin-5’-monofosfat (thymine + deoksiribosa + fosfat).

Keempat jenis nukleotida ini dihubungkan menjadi utasan polinukleotida DNA oleh
ikatan-ikatan fosfodiester, yaitu setiap gugusan fosfat menghubungkan atom karbon nomor 3
pada deoksiribosa sebuah nukleotida dengan atom karbon nomor 5 pada deoksiribosa
nukleotida berikutnya, dengan gugusan fosfat terletak di luar rantai. Hasilnya ialah suatu
rantai yang mengandung gugusan fosfat berselang-seling dengan gugusan deoksiribosa dan

5
basa-basanya yang mengandung nitrogen menonjol dari gugusan. Ikatan-ikatan hidrogen
menghubungkan basa dari satu rantai ke rantai yang lain. Muatan negatif phosphodiester
backbone dari DNA berhadapan dengan pelarut, dan muatan ini tersusun sepanjang struktur
linear dari molekul. Panjang molekul DNA pada umumnya tersusun dalam ribuan pasang
DNA ribuan pasang basa, atau kilobase pavis (kbp). Suatu kromosom Eshericia coli memiliki
4639 kbp. Panjang keseluruhan kromosom E.coli diperkirakan I nm. Oleh karena keseluruhan
dimensi sel bakteri diperkirakan 1000 kali lebih kecil dari pada panjangnya tersebut sehingga
terbentuk lipatan yang melipat lagi atau supercoiling, menyusun struktur fisik dari molekul in
vivo.

Presentase basa nitrogen

Adenin Sitosin Guanin Timin

Kamir (yeast) 32 18 18 32

Mycrobacteriu
16 34 34 16
m tuberculosis

Manusia 131 19 19 131

Antara setiap pasangan Adenin-Timin terbentuk dua ikatan hidrogen (A=T), sedangkan
antara setiap pasangan Guanin-Sitosin terbentuk tiga ikatan hidrogen (G≡C). Akibat dari
pembentukan pasangan-pasangan tersebut ialah bahwa kedua utasan heliks DNA bersifat
anti-paralel, yang berarti bahwa setiap utas menuju arah yang berlawanan sehingga yang satu
diakhiri dengan gugusan hidroksil-3’ bebas dan yang lain dengan gugusan fosfat-5’.

B. Genetika Bakteri

Ada dua fenomena biologi pada konsep hereditas yaitu:

1. Hereditas yang bersifat stabil di mana generasi berikut yang terbentuk dari
pembelahan satu sel mempunyai sifat yang identik dengan induknya.
2. Variasi genetik yang mengakibatkan adanya perbedaan sifat generasi berikut dari sel
induknya akibat peristiwa genetik tertentu, misalnya mutasi.

Pada bakteri, unit herediternya disebut genom bakteri. Genom bakteri lazimnya disebut
sebagai gen saja. Gen bakteri biasanya terdapat dalam molekul DNA (asam deoksirinukleat)
tunggal, meskipun dikenal pula adanya materi genetik di luar kromosom (ekstra

6
kromosomal), yang di sebut plasmid, yang tersebar luas dalam populasi bakteri. Meskipun
bakteri bersifat haploid, transimisi gen dari satu generasi ke generasi berikutnya berlangsung
secara linier, sehingga pada setiap siklus pembelahan sel, sel anaknya menerima satu set gen
yang identik dengan sel induknya.

Kromosom bakteri yang terdiri dari DNA mempunyai berat lebih kurang 2-3% dari
berat kering satu sel. Dengan mikroskop elektron, DNA tampak sebagai benang-benang
fibriler yang menempati sebagian besar dari volume sel. Molekul DNA bila diekstraksi dari
sel bakteri biasanya mempunyai bentuk yang sirkuler, dengan panjang kira-kira 1 mm. DNA
ini mempunyai berat molekul yang tinggi karena terdiri dari heteropolimer dari
deoksiribonukleotida purin yaitu Adenin dan Guanin dan deoksiribonukleotida pirimidin
yaitu Sitosin dan Timin.

Watson dan Crick, dengan sinar X menemukan bahwa struktur DNA terdiri dari dua
rantai poliribonukleotida yang dihubungkan satu sama lain oleh ikatan hidrogen antara purin
di satu rantai dengan pirimidin di rantai lain, dalam keadaan antiparalel, dan disebut sebagai
struktur double helix. Ikatan hidrogen ini hanya dapat menghubungkan Adenin (6
aminopurin) dengan Timin (2,4 dioksi 5 metil pirimidin) dan antara Guanin (2 amino 6
oksipurin) dengan Sitosin (2 oksi 4 amino pirimidin). Singkatnya pasangan basa pada suatu
sekuens DNA adalah A-T dan S-G. Karena adanya sistem berpasangan demikian, maka setiap
rantai DNA dapat dijadikan cetakan/template untuk membangun rantai DNA yang
komplementer. Waktu terjadinya proses replikasi DNA dalam pembelahan sel, molekul DNA
dari sel anaknya terdiri dari satu rantai DNA yang komplememter tapi dibuat baru, dengan
kata lain, pemindahan materi genetik dari satu generasi ke generasi berikutnya adalah dengan
cara semikonservatif.

Fungsi primer DNA pada hakikatnya adalah sebagai sumber perbekalan informasi
genetik yang dimiliki oleh sel induk. Proses replikasi di kerjakan dengan amat lengkap
sehingga sel anaknya mendapatkan pula informasi genetik yang lengkap, sehingga terjadi
kesetabilan genetik dalam suatu populasi mikroorganisme. Satu benang kromosom biasanya
terdiri dari lima juta pasangan basa dan terbagi atas segmen atau sekuens asam amino tertentu
yang akan membentuk stuktur protein. Protein ini kemudian menjadi enzim-enzim,
komponen membran sel dan struktur sel yang lain yang secara keseluruhan menentukan
karakter dari sel itu.

7
 Mekanisme yang menunjukan bahwa sekuen nukleotida di dalam gen menentukan
sekuens asam amino pada pembentukan protein adalah sebagai berikut:

1. Suatu enzim amino sel bakteri yang disebut enzim RNA polimerase membentuk satu
rantai oliribonukleotida (= messesnger RNA = mRNA) dari rantai DNA yang ada.
Proses ini diseut transkripsi. Jadi pada transkripsi DNA, terbentuk satu rantai RNA
yang komplementer dengan salah satu rantai double helix dari DNA.
2. Secara enzimatik asam amino akan teraktifasi dan ditransfer kepada transfer RNA (=
tRNA yang mempunyai daptor basa yang komplementer dengan basa mRNA di satu
ujungnya dan mempunyai asam amino spesifik di ujung lainnya tiga buah basa pada
mRNA di sebut triplet basa yang lazim disebut sebagai kodon untuk suatu asam
amino.

3. mRNA dan tRNA bersama-sama menuju kepermukaan ribosom kuman, dan disinilah
rantai polipeptida terbentuk sampai seluruhkodon selesai dibaca menjadi menjadi
suatu sekwen asam amino yang membentuk protein tertentu. Proses ini disebut
translasi.

C. DNA Bakteri

Bakteri memiliki kekurangan unsur-unsur yang mengacu pada stuktur komplek yang
terlibat dalam pemisahan kromsom-kromosom eukariota menjadi nukleid anak yang berbeda.
Replikasi dari DNA bakteri dimulai pada satu titik dan bergerak ke semua arah. Dalam
prosesnya, dua pita lama DNA terpisah dan digunakan sebagai model untuk mensistensiskan
pita-pita baru (replikasi semikonservatif). Strukur dimana dua pita terpisah dan sintesis baru
terjadi disebut sebagai percabangan replikasi. Replikasi kromosom bakteri sangat terkontrol,
dan kromosom tiap sel yang tumbuh berkisar antara satu dan empat. Beberapa plasmida
bakteri bias memiliki sampai 30 tiruan dalam satu sel bakteri, dan mutasi yang menyebabkan
kontrol bebas dari relikasi plasmida bahkan bias menghasilkan tiruan yang lebih banyak.

Replikasi pita DNA ganda sirkular dimulai pada locus ori dan membutuhkan interaksi
dengan beberapa protein. Dalam E coli, replikasi kromosom berakhir pada suatu tempat yang
disebut “ter“. Dua kromosom anak terpisah, atau terpecah sebelum pembagian sel, sehingga
tiap-tiap keturunan memiliki satu DNA anak. Hal ini dapat disempurnakan dengan bantuan

8
topoisomerase atau melakukan pengkombinasian. Proses serupa yang mengacu pada replikasi
DNA plasmida, kecuali pada beberpa kasus, replikasinya adalah tidak terarah.

Transposon tidak membawa informasi genetika yang dibutuhkan untuk memasangkan

replikasi sendiri terhadap pembagian sel, sehingga perkembangbiakannya tergantung pada
penyatuan fisiknya dengan replika bakteri. Penyatuan ini dibantu oleh kemampuan
transposon untuk membentuk tiruannya sendiri, yang mungkin disisipkan dalam replika yang
sama atau mungkin disatukan pada replika lainnya. Spesifisitas dari rangkaian pada bagian
sisipan biasanya rendah, sehingga transposon kadang cenderung menyisip dalam sistem acak.
Sebagian besar plasmida ditransfer antar sel-sel bakteri, dan penyisipan dari sebuah
transposon ke dalam suatu plasmida bisa menyebabkan penyebaran dalam sebuah populasi.

D. Replikasi DNA

Sintesis perbanyakan bahan genetik seperti DNA, dilakukan melalui proses yang
disebut replikasi. Replikasi dapat dikatakan merupakan reaksi kimia yang mencirikan proses
kehidupan. Melalui suatu replikasi, senyawa kimia dapat membentuk dirinya untuk
menghasilkan senyawa baru yang mirip dengan dirinya. Replikasi hanya terjadi pada asam
nukleat, DNA atau RNA. Molekul asam nukleat yang mampu bereplikasi disebut replikon.
Tidak ditemukan senyawa lain yang sintesisnya dilakukan melalui replikasi.

Pada sel, replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus
melakukan replikasi DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah teratur,
yaitu pada fase S daur sel, sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut
memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara
nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula dilakukan in
vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR). Dengan demikian, setiap
sel yang melakukan mitosis akan dihasilkan 2 sel anak yang memilki DNA lengkap sama
persis dengan yang dimiliki induknya.

1. Biosintesis Nukleotida

Sebelum rantai polinukleotida DNA dapat disintesis oleh bakteri atau organisme
lain, harus tersedia sekumpulan nukleotida seluler. Pada bakteri tertentu, nukleotida
harus disuplai dalam medium dalam bentuk jadi. Pada bakteri lain dapat mensintesis

9
nukleotida dari nutrien yang sederhana, seperti glukosa, ammonium sulfat, dan mineral.
Perubahan nutrien sederhana menjadi nukleotida bagi sintesis DNA menyangkut
sederetan reaksi yang rumit, beberapa di antaranya membutuhkan energi berupa ATP.
Salah satu dari reaksi-reaksi ini ialah pembentukan bentuk teraktivasi nukleotida bagi
sintesis rantai polinukleotida DNA berutasan ganda:

Nukleotida + ATP kinase  nukleotida-fosfat + ADP

Nukleotida-fosfat + ATP kinase  nukleotida-difosfat + ADP

Energi dalam bentuk ATP disediakan. Pada setiap nukleotida teraktivasi terikat dua
gugusan fosfat yang berasal dari peruraian dua ATP.

Berdasarkan struktur DNA heliks ganda (double helix), timbul tiga hipotesis
mengenai pola replikasi DNA. Ketiga hipotesis tersebut adalah:

a. Semikonservatif

Menurut hipotesis replikasi secara semi-konsevatif, setiap utas DNA menjadi

cetakan bagi pembentukan utas baru, sehingga pada akhir proses replikasi akan
ditemukan dua utas ganda yang masing-masing mengandung satu utas baru dan
satu utas lama.

b. Konservatif

Menurut hipotesis replikasi secara konservatif, rantai polinukleotida induk tidak

berpisah dan dua utas dari dua utas ganda DNA secara bersama-sama membentuk
dua utas ganda baru, sehingga akan dihasilkan dua utas ganda baru dan dua utas
ganda lama.

c. Dispersif

Menurut hipotesis replikasi secara dispersif, rantai polinukleotida induk putus-

putus kemudian memisah dan akhirnya membentuk rangkaian baru yang terdiri
dari campuran antara potongan dari pasangan nukleotida lama dan potongan dari
polinukleotida yang baru disintesis.

10
 Gambar. 2 Pola-pola Replikasi DNA

2. Regulasi Replikasi DNA

Kromosom suatu bakteri yang khas ialah sebuah molekul DNA berutasan-ganda,
yang mempunyai berat molekul kira-kira 2,5 x 10 9 Dalton (satu Dalton sama dengan
massa satu atom hidrogen). Jumlah pasangan basanya kurang lebih 4 x 10 6. Bila
kromosom tersebut ditarik secara linier dalam bentuk heliks-ganda, ukurannya akan
mencapai kira-kira 1,25 mm, yaitu beberapa ratus kali lebih panjang daripada sel
bakteri yang memilikinya.

a. Replikasi Mensyaratkan Situs Awal

Syarat pertama agar suatu DNA dapat bereplikasi ialah bahwa pada DNA tersebut
terdapat situs awal replikasi. Hasil pengamatan terhadap kromosom E.coli
memperlihatkan bahwa replikasi selalu dimulai dari titik awal tertentu (Cairns,
1963). Situs awal replikasi dikenal dengan istilah titik ori (singkatan dari origin
of replication). Pada kromosom bakteri diketahui hanya ada satu titik ori,
sedangkan pada kromosom eukariot terbukti mempunyai banyak titik ori. DNA
yang tidak mempunyai titik ori tidak akan dapat bereplikasi.

11
b. Replikasi Memerlukan Untaian Ganda

Persyaratan kedua untuk dapat berlangsungnya proses replikasi ialah bahwa asam
nukleat harus berada dalam bentuk untaian ganda. Hal ini telah diuraikan oleh
Watson dan Crick (1953), yaitu bahwa implikasi genetik dari heliks ganda ialah
memungkinkan pembentukan DNA baru secara swaproduksi (replikasi). Adanya
dua untai polinukleotida serta per pasangan antiparalel antara basa-basanya akan
mendukung proses replikasi, yaitu setiap untaian akan menjadi model bagi
pembentukan untai pasangannya. Bukti bahwa untai ganda menjadi syarat dalam
replikasi dapat dilihat pada DNA virus yang sedang bereplikasi. Virus mempunyai
genom bervariasi, baik beruntai ganda maupun tunggal, tetapi pada saat
bereplikasi virus selalu berada dalam keadaan untai ganda.

c. Replikasi DNA Mengikuti Pola Hipotesis Semikonservatif

Untuk dapat terjadi proses replikasi seperti yang telah dijelaskan sebelumnya,
Watson dan Crick mengajukan suatu usulan pola replikasi DNA yang disebut pola
semikonservatif. Pola konservatif mula-mula dibuktikan oleh Mathew Maselson
dan Francis Stahl yang bekerja dengan E.coli yang telah menggunakan teknik
radio isotop, sentrifugasi, dan spektrofotometer. Dengan pola semikonservatif ini
akan terpenuhi dua hal. Pertama, fungsi pewarisan dalam replikasi satu utasan
DNA. Kedua, fungsi pemeliharaan sifat, yaitu struktur DNA yang baru akan sama
dengan struktur DNA sebelumnya.

d. Sintesis DNA Mempunyai Arah Pertumbuhan 5’  3’

Molekul nukleotida dalam keadaan bebas akan terbentuk nukleotida tripospat.

Dalam proses sintesis DNA, dua nukleotida digabungkan satu dengan yang
lainnya dengan cara merangkaikan karbon gula kelima (C5) yang mengandung
fosfat dari satu nukleotida kepada karbon gula ketiga (C3) yang mengandung –
OH dari nukleotida lain dan membentuk ikatan 5’-3’ fosfodieter.

e. Replikasi Berjalan Secara Bertahap

Dalam proses replikasi terjadi dua proses. Pertama, pelepasan heliks ganda
menjadi untai tunggal dan membentuk cabang replikasi. Kedua, sintesis rantai
baru dengan menggunakan untaian tunggal tersebut sebagai model. Pada situs
awal replikasi, enzim DNA polimerase akan memutus pilinan heliks ganda
menjadi dua untaian tunggal. Dalam proses ini akan terbentuk struktur huruf Y,

12
 titik persimpangannya disebut titik tumbuh. Replikasi bergerak berurutan dari
titik tumbuh, baik pada satu arah (replikasi satu arah) atau dua arah (replikasi dua
arah). Situs awal dan titik tumbuh terikat pada membran sel dan dari sinilah
kedua utasan diduplikasi. Masing-masing utasan mempunyai urutan basa pada
utasan-utasan DNA yang mula-mula.

f. Sintesis DNA Bersifat Tidak Sinambung

Utasan-utasannya direplikasi dalam bentuk segmen-segmen kecil yang disebut

fragmen Okazaki, dengan arah 5’ ke 3’. Fragmen-fragmen ini kemudian
digabungkan menjadi satu oleh enzim DNA ligase.

Inisiasi (pengawalan) replikasi DNA membutuhkan suatu pancingan, yaitu

sepotong pendek RNA yang disintesis oleh RNA polimerase dan komplementer
terhadap DNA. Dengan adanya pemula ini, DNA polimerase dapat mulai mensintesis
deoksiribonukleotida. Sekali pancingan mengena, DNA polimerase lalu mencerna RNA
tersebut dan menggantikannya dengan DNA. Berpartisipasinya RNA sebagai pancing
tampaknya ekstensif karena setiap fragmen Okazaki juga mengandung sebagian RNA
sebagai pancing.

E. Perpindahan Gen

Perpindahan gen merupakan suatu kegiatan yang dilakukan bakteri dengan

mengirimkan informasi genetik (DNA) dari sel donor ke sel resipien. Kegiatan perpindahan
gen ini ada tiga yakni :

1. Transformasi

2. Konjugasi

3. Transduksi

1. Transformasi

Transformasi pertama kali ditemukan oleh Frederick Griffith pada tahun 1928.
Dia mempelajari transformasi satu tipe Streptococcus pneumoniae menjadi tipe yang
berbeda. S. pneumoniae dibagi menjadi 100 tipe lain yang berbeda atas dasar perbedaan
kimia pada kapsulnya. Jadi, tipe 1 menghasilkan kapsul yang berbeda dengan tipe 2,
dan seterusnya.

13
 Transformasi ialah proses pemindahan DNA bebas sel yang mengandung
sejumlah informasi genetik (DNA) dari satu sel ke sel lainnya. DNA tersebut diperoleh
dari sel donor melalui lisis sel alamiah atau dengan cara ekstraksi kimiawi. Begitu
fragmen DNA dari sel donor tertangkap oleh sel resipien, maka terjadilah rekombinasi.

Gambar. 3 Proses Transformasi

Manfaat yang didapat dari transformasi gen pada bakteri adalah :

a. Sarana penting dalam rekayasa genetika.

b. Memetakan kromosom bakteri.

c. Bermanfaat dalam penelitian-penelitian genetik bakteri di laboratorium.

2. Konjugasi

Konjugasi merupakan mekanisme perpindahan informasi genetik (DNA) dari sel

donor ke sel resipien yang terjadi akibat adanya kontak sel dengan sel. Konjugasi
bakteri pertama kali ditemukan oleh Lederberg dan Tatum pada tahun 1946. Mereka
menggabungkan dua galur mutan Escherichia coli yang berbeda yang tidak mampu
mensintesis satu atau lebih faktor tumbuh esensiil dan memberinya kesempatan untuk
kawin.

14
 Gambar. 4 Proses Konjungasi pada Sel Bakteri

Pada proses konjugasi, sel donor (jantan) memasukkan sebagian DNA ke dalam
sel resipien melalui pili seks yang dimiliki oleh sel jantan. Setelah DNA donor masuk
ke dalam sel resipien, enzim-enzim yang bekerja pada DNA resipien menggunting dan
mengeksisi suatu fragmen DNA resipien. Kemudian DNA donor dipadukan ke dalam
kromosom resipien di tempat DNA yang tereksisi. Mekanisme ini sebenarnya
berlangsung juga pada kegiatan transformasi dan transduksi.

Dengan adanya proses konjugasi ini, gen-gen tertentu yang membawa sifat
resistensi pada obat dapat berpindah dari populasi bakteri yang resisten ke populasi
bakteri yang tidak resisten. Oleh karenanya, bila hal tersebut terjadi pada populasi
bakteri bisa timbul multi drug resistance.

15
 Gambar. 5 Proses Konjungasi pada Sel Bakteri

3. Transduksi

Beberapa jenis virus berkembang biak di dalam sel bakteri. Virus-virus yang
inangnya adalah bakteri seringkali disebut bakteriofage atau fage. Pada waktu fage
menginfeksi bakteri, fage memasukkan DNA-nya ke dalam bakteri tersebut. DNA fage
ini kemudian bereplikasi di dalam sel bakteri atau berintegrasi dengan kromosom
bakteri. Inilah yang dikenal dengan transduksi. Jadi, transduksi adalah proses
perpindahan gen dari suatu bakteri ke bakteri lain oleh bakteriofage lalu oleh
bakteriofage tersebut plasmid ditransfer ke populasi bakteri. Transduksi ditemukan oleh
Norton Zinder dan Joshua Lederberg pada tahun 1952. Pada waktu DNA fage dikemas
di dalam pembungkusnya untuk membentuk bakteri-bakteri fage baru, DNA fage
tersebut dapat membawa sebagian dari DNA bakteri yang telah menjadi inangnya.
Selanjutnya, bila fage menginfeksi bakteri lainnya, maka fage akan memasukkan DNA-
nya yang mengandung sebagian dari DNA bakteri inang sebelumnya. Dengan
demikian, fage tidak hanya memasukkan DNA-nya sendiri ke dalam sel bakteri yang
diinfeksinya, tetapi juga memasukkan DNA dari bakteri lain yang ikut terbawa pada

16
DNA fage. Jadi, secara alami fage memindahkan DNA dari satu sel bakteri ke bakteri
lainnya.

Ada dua tipe transduksi, yaitu:

a. Transduksi terbatas

Pada proses ini tidak semua gen dapat ditransfer. Transduksi terbatas terjadi saat
profage telah terintegrasi pada kromosom bakteri. Gen-gen bakteri yang
mengalami transduksi terbatas adalah yang berdekatan dengan profage yang
terintegrasi.

b. Transduksi umum

Transduksi umum terjadi bila suatu fage memindahkan gen dari kromosom
bakteri atau plasmid. Pada saat fage memulai siklus litik, enzim-enzim virus
menghidrolisis kromosom bakteri menjadi potongan-potongan kecil DNA. Setiap
bagian dari kromosom bakteri tersebut dapat digabungkan dengan kepala fage
selama perakitan fage. Fage yang telah berisi DNA sel bakteri dapat menginfeksi
sel lain dan mentransfer gen bakteri di dalam sel resipien DNA bakteri dan
bergabung dengan rekombinasi homolog menggantikan gen dalam sel resipien.
Transduksi ini terjadi pada bakteri gram positif dan gram negatif.

Gambar. 6 Proses Transduksi pada Sel Bakteri

17
F. Mutasi

Mutasi adalah perubahan di dalam rangkaian nukleotida suatu gen. Mutasi

menimbulkan ciri genetik yang baru atau genotif berubah. Sel atau organisme yang
menimbulkan efek mutasi disebut mutan. Mutasi pada gen akan menyebabkan produk protein
yang dihasilkan.

1. Mutagenesis

Mutagenesis merupakan suatu teknik biologi molekuler di mana suatu mutasi

diciptakan pada suatu bagian molekul DNA tertentu, yang dikenal sebagai plasmid.

Mekanisme dasar:

a. Mensintesis DNA yang di dalamnya terdapat bagian yang ingin dimutasi.

b. Hasil sintesis ini harus dihibridisasi dengan DNA lain dari gen yang diinginkan.

c. Fragmen tersebut diperluas lagi oleh DNA polimerase.

d. Molekul yang diperoleh akan diadaptasikan ke dalam sel inang dan dikloning.

e. Pemilihan mutan.

Gambar. 7 Mutagenesis

18
2. Mutagen

Bahan-bahan yang menyebabkan terjadinya mutasi disebut mutagen. Mutagen

terbagi menjadi tiga, yaitu:

a. Mutagen bahan kimia

Mutagen bahan kimia, contohnya adalah kolkisin dan zat digitonin. Kolkisin
adalah zat yang dapat menghalangi terbentuknya benang-benang spindel pada
proses anafase dan dapat menghambat pembelahan sel pada anafase. Mutagen
bahan kimia dapat menimbulkan mutasi melalui beberapa cara. Gugusan alkil
aktif dari bahan mutagen kimia dapat ditransfer ke molekul lain pada posisi
dimana kepadatan elektron cukup tinggi seperti phosphate groups dan juga
molekul purine dan pyrimidine yang merupakan penyusun struktur
deoxyribonucleic acid (DNA). Seperti diketahui umum, DNA merupakan struktur
kimia yang membawa gen. Basa-basa yang menyusun struktur DNA terdiri dari
adenine, guanine, thyimine, dan cytosine. Adenine dan guanine merupakan basa
bercincin ganda (double-ring bases) disebut purines, sedangkan thymine dan
cytosine bercincin tunggal (single-ring bases) disebut pyrimidines. Struktur
molekul DNA berbentuk pilitan ganda (double helix) dan tersusun atas pasangan
spesifik Adenine-Thymine dan Guanine-Cytosine. Contoh mutasi yang paling
sering ditimbulkan oleh mutagen kimia adalah perubahan basa pada struktur DNA
yang mengarah pada pembentukan 7-alkyl guanine.

b. Mutagen bahan fisika

Mutagen bahan fisika, contohnya sinar ultraviolet, sinar radioaktif, dan lain-lain.
Sinar ultraviolet dapat menyebabkan kanker kulit. Mutagen fisika bersifat sebagai
radiasi pengion (ionizing radiation) yang dapat melepas energi (ionisasi), begitu
melewati atau menembus materi. Mutagen fisika termasuk diantaranya sinar-X,
radiasi gamma, radiasi beta, neutron, dan partikel dari aselerators sudah umum
digunakan dalam pemuliaan tanaman. Karakteristik untuk masing-masing jenis
radiasi disajikan dalam tabel di bawah ini. Begitu materi reproduksi tanaman
diradiasi, proses ionisasi akan terjadi dalam jaringan dan dapat menyebabkan
perubahan pada jaringan itu sendiri, sel, genom, kromosom, dan DNA atau gen.

19
 Perubahan yang ditimbulkan pada tingkat genom, kromosom, dan DNA atau gen
dikenal dengan istilah mutasi (mutation).

c. Mutagen bahan biologi

Diduga virus dan bakeri dapat menyebabkan terjadinya mutasi. Bagian virus yang
dapat menyebabkan terjadinya mutasi adalah DNA-nya.

G. DNA Rekombinan

DNA rekombinan adalah sebuah teknik membuat susunan DNA baru dengan cara
menyisipkan potongan DNA asing ke dalam DNA organisme sehingga menghasilkan molekul
DNA rekombinan yang aktif. Dan pada saat organism tersebut membelah diri molekul DNA
rekombinan tersebut ikut bereplikasi. Sebenarnya pada tahun 1973 telah muncul dan
dikembangkan teknik untuk mengisolasi dan menggabungkan potongan-potongan DNA yang
tak sama sehingga dapat dihasilkan molekul DNA rekombinan yang aktif. Teknik ini
memungkinkan adanya isolasi, manipulasi, dan produksi dalam jumlah besar ruas DNA apa
saja yang diinginkan dari tipe sel apa saja. Pada pokoknya sel-sel bakteri semacam itu telah
menerima gen asing dan merupakan organisme baru. Sifat serta kemampuannya bias sangat
berbeda dari inang maupun donornya.

1. Proses

Proses rekombinasi DNA diawali dengan enzim endonuklease restriksi yang

memotong susunan DNA. Potongan DNA tersebut biasanya mengandung beberapa gen
dari kromosom tipe apapun. Tumbuhan, hewan, bakteri ataupun virus. Potongan-
potongan ini mempunyai ujung yang lengket atau kohesif yang akan dengan mudah
digabungkan secara perpasangan basa pada daerah-daerah berutasan tunggal dengan
utasan-utasan DNA lain. Dengan cara ini, fragmen-fragmen yang diperoleh dari
kromosom sel apapun atau virion dapat disambungkan ke plasmid atau genom fage
dengan bantuan enzim lain, seperti polinukleotide ligase. Intinya sel-sel bakteri seperti
itu telah menerima gen asing dan merupakan organisme batu yang sifatnya dapat amat
berbeda dengan inang maupun donornya. Sehingga saat mereka memperbayak diri,
komponen DNA tersebut ikut juga tereplikasi.

20
 Gambar. 8 DNA Rekombinan

Perangkat yang dibutuhkan :

 Enzim endonuklease restriksi : Untuk memotong DNA dengan sangat spesifik

sehingga sekuennya disebut molindrom (MOM). Dapat memotong DNA dari
sistem biologi apapun apabila mempunyai sekuens yang sama.
 Enzim ligase : Enzim yang menggabungkan potongan DNA, beberapa diantaranya
dapat menggabungkan fragmen-fragmen DNA yang berbeda.
 Plasmid : sebagai vektor untuk mengklonkan gen atau fragmen DNA, dan juga
untuk mengubah sifat bakteri.
 Pustaka genom : untuk menyimpan gen atau fragmen DNA yang telah diklonkan

2. Keuntungan

Bakteri yang dapat menghasilkan kromosom insulin telah ditemukan.

 Bakteri suatu spesies Pseudomonas telah dikembankan dan dipatenkan efektif

membersihkan tumpahan minyak (tapi jika dimasukkan ke sumur minyak justru
akan sangat merugikan, oleh karena itu, harus sangat hati-hati dalam
menggunakan teknik ini).

21
  Dalam bidang pertanian dapat dilakukan untuk penambatan nitrogen oleh
prokariota untuk peningkatan kesuburan tanah. Gen untuk fiksasi nitrogen (nif)
membentuk tandan pada kromosom Klebsiella pneumoniae dan dapat
dipindahkan. Gen-gen tersebut dapat terpadu ke dalam atau bersegregasi dari
DNA kromosom maupun plasmid, dan plasmid yang mengandung nif dapat
mendapatkan sifat-sifat baru melalui rekombinasi. Dan mungkin pada akhirnya
dapat membuat tumbuhan dapat menambat nitrogen oleh dirinya sendiri.

3. Kekhawatiran

Teknologi ini menimbulkan beberapa kekhawatiran diantara para ahli :

 Kekhawatiran bahwa produksi molekul-molekul DNA rekombinan yang

fungsional in vivo dapat terbukti berbahaya secara biologis. Sebagai contoh : bila
bakteri tersebut dibawa ke mikroba seperti Escherichia coli yang merupakan
bakteri komensal di usus manusia dan dapat mempertukarkan informasi genetis
dengan tipe-tipe bakteri yang lain dan dapat menyebar luas diantara manusia,
hewan, tumbuhan, dan yang lainnya.
 Kekhawatiran terbentuknya palsmid-plasmid bakteri baru yang dapat bereplikasi
secara swantantra yang bila tidak diawasi secara ketat, dapat memasukkan
determinan genetis untuk resistensi antibiotik atau pembentukan toksin bakteri ke
dalam galur-galur bakteri yang pada waktu tersebut tidak membawa determinan
semacam itu.
 Percobaan untuk menghubungkan semua segmen DNA virus onkogenik ataupun
virus hewani yang lain menjadi unsur-unsur DNA yang melangsungkan replikasi
secara swantantra, seperti plasmid bakteri atau DNA viral lainnya, sebab
penyebaran molekul DNA dengan cara seperti itu mungkin meningkatkan
terjadinya kanker ataupun penyakit yang lain.

22
 BAB III
PENUTUP

Kesimpulan

DNA adalah sebuah molekul panjang yang menyerupai tali, biasanya terdiri dari dua
utas, saling membelit membentuk heliks ganda (double helix). Setiap utas terdiri dari
nukleotida-nukleotida yang tergabung membentuk rantai polinukleotida.

Untuk memperbanyak dirinya, DNA melakukan suatu proses yang disebut replikasi.
Replikasi dapat dikatakan merupakan reaksi kimia yang memungkinkan senyawa kimia dapat
membentuk dirinya untuk menghasilkan senyawa baru yang mirip dengan dirinya. Replikasi
DNA mengikuti pola semi konservatif yang sintesisnya dimulai dari titik ori dan arah
pertumbuhannya ialah 5’  3’

Perpindahan gen yang dilakuakan bakteri melalui tiga cara, yaitu : konjugasi,
transformasi, dan transduksi. Konjugasi merupakan proses perpindahan gen bakteri melalui
kontak antar selnya. Transformasi merupakan proses perpindahan gen bakteri melalui sel
bebas. Transduksi merupakan proses perpindahan gen dari suatu bakteri ke bakteri lain
dengan bantuan bakteriofage.

Mutagenesis merupakan suatu teknik untuk menciptakan mutasi yang meliputi lima
tahap/proses. Mutagen adalah bahan yang menyebabkan terjadinya mutasi. Mutagen terbagi
menjadi tiga : mutagen bahan kimia, mutagen bahan fisika, dan mutagen bahan biologi.

DNA rekombinan adalah DNA yang telah mengalami proses rekombinasi atau
penyusunan kembali. Proses ini diawali oleh terpotongnya struktur DNA oleh enzim restriksi
endonuklease kemudian potongan DNA tersebut disisipkan pada DNA resipien dan
digabungkan kembali oleh enzim ligase. Struktur DNA yang baru ini akan ikut bereplikasi
apabila organism pembawanya berkembangbiak. Meskipun banyak kontroversi teknologi
baru ini, teknologi ini cukup mendatangkan manfaat bagi kehidupan umat manusia.

Genetika mikrobia telah mengungkapkan bahwa gen terdiri dari DNA, suatu
pengamatan yang melekat dasar bagi biologi molekuler. Penemuan selanjutnya dari bakteri
telah mengungkapkan adanya restriction enzymes (enzim restriksi) yang memotong DNA
pada tempat spesifik, menghasilkan fragmen potongan DNA. Plasmida diidentifikasikan

23
sebagai elemen genetika kecil yang mampu melakukan replikasi diri pada bakteri dan ragi.
Pengenalan dari sebuah fragmen potongan DNA kedalam suatu plasmid memungkinkan
fragmen di perbanyak (teramplifikasi). Amplifikasi regio DNA spesifik dapat di capai oleh
enzim bakteri menggunakan polymerase chain reaction (PCR) atau metode amplifikasi
nukleotida berdasar enzim yang lain (misalnya amplifikasi berdasar transkripsi). DNA yang
di masukkan kedalam plasmid dapat di kontrol oleh promoter ekspresi pada bakteri yang
mengamati protein, di ekspresi pada tingkat tinggi.

24
 DAFTAR PUSTAKA

Pelczar J. Michael, Jr. Dasar-dasar mikrobiologi. 1986. Jakarta: Penerbit Universitas

Indonesia.

Staff Pengajar Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Mikrobiologi Kedokteran. 1993.

Jakarta : Binarupa Aksara.

Anonim. http//:wikipedia.com/genetika bakteri/. 12 Maret 2010. Pk. 15.00.

Anonim. http//:google.com/genetika bakteri dan virus/. 12 Maret 2010. Pk. 16.30.

http://www.slideshare.net/agipm2/genetika-mikroorganisme/download

25