ELUSIDASI STRUKTUR DAN STUDI IN SILICO SENYAWA

4-CHLORO-N’-[(PYRIDIN-4-YL)CARBONYL]BENZOHYDRAZIDE
SEBAGAI KANDIDAT ANTI-TUBERKULOSIS

Elva Kurniasari, Ruswanto, Anindita Tri Kusuma

Program Studi S-1 Farmasi STIKes Bakti Tunas Husada, Tasikmalaya
Email: elva.kurniasari@ymail.com

ABSTRAK

Telah dilakukan pengembangan obat isoniazid dengan cara modifikasi molekul melalui proses sintesis. Sintesis
4-chloro-N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]benzohydrazide dilakukan dengan metode Schotten Baumann menggunakan
refluks selama 6 jam. Kemurnian senyawa hasil sintesis diuji dengan Kromatografi Lapis Tipis (KLT) dan uji
jarak lebur. Identifikasi struktur senyawa hasil sintesis dilakukan dengan menggunakan spektrofotometri
ultraviolet, spektrofotometri infra merah, dan spektrometri massa. Studi in silico senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-
4-yl)carbonyl]benzohydrazide dilakukan dengan metode docking dan simulasi dinamika molekular pada suhu
310oK dan 3120K. Berdasarkan hasil sintesis, diperoleh persentase hasil senyawa sintesis sebesar 8,63%
Senyawa hasil sintesis telah murni secara KLT dan dari uji jarak lebur menunjukan rentang nilai antara 198-
200oC. Berdasarkan identifikasi struktur, menandakan senyawa hasil sintesis memiliki λmaks sebesar 364,5 nm,
memiliki gugus fungsional –NH, C=O amida, C=C aromatis, C-Cl, C-N amina dan C-N aromatis serta memiliki
massa ion molekul pada peak 275,87 m/z. Dari studi in silico dengan metode docking ArgusLab menunjukan
senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]benzohydrazide memiliki energi bebas ikatan (-10,1298 kkal/mol)
yang lebih baik daripada ligan alami pada reseptor Thymidylate kinase dengan kode PDB 1MRS. Visualisasi
hasil docking menunjukan bahwa senyawa hasil sintesis dapat berinteraksi dengan asam amino melalui interaksi
ikatan hidrogen. Sedangkan pada simulasi dinamika molekular, interaksi antara senyawa hasil sintesis dengan
asam amino melalui ikatan hidrogen dikatakan kurang stabil pada suhu 3120K. Berdasarkan analisis Drugs Scan
senyawa hasil sintesis memiliki berat molekul 275,69 g/mol; log P 1,47; donor dan akseptor ikatan hidrogen
masing-masing 2 dan 6 serta refactory molar 71,32. Senyawa hasil sintesis memiliki permeabilitas yang sedang,
%penyerapan dalam usus yang baik dan memiliki ikatan kimia yang lemah dengan protein plasma. Uji toksisitas
dengan preADMET, menunjukan senyawa hasil sintesis masih dalam batas aman tetapi berpotensi toksik.

Kata kunci : Sintesis, 4-chloro-N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]benzohydrazide, in silico

ABSTRACT
Isoniazid drug development has been done by molecular modification through synthesis process. The Synthesis
4-chloro-N '-[(pyridin-4-yl)carbonyl]benzohydrazide was performed by Schotten Baumann method using reflux
for 6 hours. The purity of the synthesis compound result will be tested by Thin Layer Chromatography (KLT)
and melting range test. The identification of the structure of the synthesis compound result was performed by
using ultraviolet spectrophotometry, infrared spectrophotometry, and mass spectrometry. Study in silico
compound 4-chloro-N '-[(pyridin-4-yl)carbonyl]benzohydrazide was performed by using docking method and
simulation of molecular dynamics at 310oK and 3120K temperature. Based on the synthesis results, the
percentage of synthetic compound is 8.63%. The synthesized compound has been purified by Thin Layer
Chromatography (KLT) and from melting range test shows the range of values between 198 0C-200oC. Based on
structural identification, the synthesized compound result has an λmax of 364.5 nm, has a functional group -NH,
C = O amide, C = C aromatic, C-Cl, C-N amine and C-N aromatic and has a mass of molecular ions in peak 275,
87 m / z. From the study in silico by using the ArgusLab docking method showed a 4-chloro-N '- [(pyridin-4-yl)
carbonyl] benzohydrazide has free bond energy (-10,1298 kcal / mol) more better than natural liganad at
Thymidylate receptors Kinase with 1MRS PDB code. The visualization of the docking results shows that the
synthesis compound can interact with amino acids through hydrogen interactions. Whereas in the molecular
dynamics simulation, the interaction between the synthesized compound with the amino acid through the
hydrogen bond is less stable at 3120K. Based on Drugs Scan analysis the synthesis compound result has
molecular weight of 275.69 g / mol; Log P 1.47; Donor and acceptor hydrogen bonds 2 and 6 respectively and a
molar refactory of 71.32. The synthesis compound result has a moderate permeability, good absorption% in the
intestine and has a weak chemical bond with a plasma protein. Toxicity test with preADMET, showed that the
compound of the synthesis is still in safe but potentially toxic limit.

Keywords : Synthesis, 4-chloro-N ' [(pyridin-4-yl) carbonyl]benzohydrazide, in silico

1
PENDAHULUAN
Tuberkulosis singkatnya TBC adalah suatu
penyakit menular yang paling sering (sekitar 80%)
terjadi di paru-paru (Tjay, 2008). Penyebab
penyakit Tuberkulosis adalah bakteri
Mycobacterium tuberculosis (Kunoli, 2013).
Tuberkulosis masih menjadi salah satu
penyebab utama kematian di seluruh dunia. Setiap
tahun telah terlihat peningkatan mencolok dalam
kasus infeksi Mycobacterium tuberculosis yang
resisten terhadap obat di beberapa negara (Rindi
dkk, 2005).
WHO menduga kasus TBC di Indonesia
merupakan nomor 3 terbesar di dunia setelah Cina
dan India (Kunoli, 2013). Menurut WHO di
Indonesia setiap empat menit satu orang meninggal
akibat TBC (Tjay, 2008).
Persoalan dan tantangan yang masih
menyulitkan dalam pengobatan TBC diantaranya
adalah waktu pengobatan yang relatif lama (6-8
bulan), sehingga penderita TBC sulit sembuh
karena dihentikannya pengobatan setelah merasa
sehat meski proses pengobatan TBC belum selesai.
Selain itu, dipersulit dengan pengobatan infeksi
bakteri yang tahan asam; kurangnya daya
bakterisid obat yang tersedia; munculnya resistensi
kuman terhadap obat; dan efek samping obat yang
merugikan.
Pengembangan obat–obat baru terus
dilakukan dengan upaya untuk meningkatkan
potensi obat–obatan yang ada. Banyak cara yang
dapat dilakukan untuk meningkatkan potensi obat,
salah satunya adalah dengan modifikasi molekul.
Dasar modifikasi molekul adalah mengembangkan
senyawa induk yang sudah diketahui struktur
molekul dan aktivitas biologisnya, kemudian
disintesis dan diuji aktivitasnya. Modifikasi
molekul bertujuan untuk mendapatkan senyawa
baru yang mempunyai aktivitas lebih baik, masa
kerja lebih panjang, aman dalam penggunaannya,
toksisitas atau efek samping minimal,
meningkatkan kenyamanan pemakaian obat, lebih
selektif, lebih stabil, dan lebih ekonomis
(Siswandono dan Soekardjo, 2000).
Pengembangan obat isoniazid dengan
modifikasi molekul telah banyak dilakukan.
Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan oleh
Chem (2010), telah melakukan sintesis dan uji
aktivitas mengenai antituberkulosis dari novel
senyawa 2-Aril-N-(3,4,5-trihidroksi benzamid).
Dari penelitian ini dapat dilihat bahwa senyawa 2-
Aril-N-(3,4,5-trihidroksibenzamid)-4-thiazolidinone
dapat disintesis melalui reaksi Schiff base dari
galloyl hydrazide 2 (a-f) dengan asam thioglycollic.
Senyawa kemudian dievaluasi untuk mengetahui
aktivitas antituberkulosis terhadap Mycobacterium
tuberculosis H37Rv dengan metode MABA. Dari
hasil penelitian secara in vitro senyawa 3f yaitu 2-
(2-chlorophenyl)-N-(3,4,5-trihydroxy benzamido)-
4-thiazolidinone menunjukkan nilai MIC setara
2
dengan obat standar isoniazid. Hasil penelitian
menunjukkan bahwa senyawa 3f memiliki aktivitas
sebagai antituberkulosis.
Berdasarkan latar belakang diatas, maka
akan dilakukan pengembangan obat anti TBC
dengan cara modifikasi molekul turunan isoniazid
yaitu sintesis senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4-
yl)carbonyl]benzohydrazide dari hasil reaksi antara
senyawa isoniazid dengan 4-chlorobenzoyl chlorida
melalui mekanisme reaksi asilasi, kemudian
senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]-
benzohydrazide yang diperoleh dilakukan
identifikasi dan karakterisasi (jarak lebur, KLT,
UV-Vis, IR, dan MS), serta selanjutnya di uji
secara in silico meliputi identifikasi, analisis
protein, docking, dinamika molekuler, drug scan,
toksisitas dan ADME.
METODOLOGI PENELITIAN
Alat
Peralatan yang digunakan di laboratorium
untuk sintesis senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4-
yl)carbonyl]benzohydrazide adalah alat-alat gelas
yang digunakan dilaboratorium, corong pisah, labu
alas datar, magnetic stirrer, hot plate, rotary
evaporator, corong Buchner, oven, lampu UV 254
nm, chamber, kertas saring, timbangan analitik,
termometer, lempeng KLT, Spektrofotometer UV-
Vis SHIMADZU 1240, Spektrofotometer Infra
Merah Shimadzu FTIR-8010PC, dan Spektrometer
Massa Shimadzu. Sedangkan peralatan yang
digunakan untuk studi interaksi dan toksisitas
secara in silico diantaranya adalah komputer
dengan spesifikasi System Model: Asus X401U
Natebook; Processor: AMD E2-1800 APU with
Radeon(tm) HD Grapihcs; CPU (2 CPUs),
~1.7GHz; Memory: 2048MB RAM; Operating
System: Windows 7 Ultimate 32-bit dan software
yang digunakan adalah MarvinSketch 5.2,
Arguslab, Molegro Molecular Viewer (MMV),
PreADMET, LigPlot, dan GROMACS.
Bahan
Bahan-bahan yang digunakan untuk
penelitian di laboratorium yang digunakan untuk
sintesis adalah isoniazid p.a, 4-chlorobenzoyl
chlorida p.a, tetrahidrofuran p.a, trietilamin p.a,
etanol p.a, natrium bikarbonat p.a, aquades,
metanol p.a, kloroform p.a, etil asetat p.a, aseton
p.a, n-heksan, silika gel 60 GF254. Dan bahan-bahan
yang digunakan untuk studi in silico diantaranya
reseptor TBC yang berasal dari organisme
Mycobacterium tuberculosis yang di download dari
Protein Data Bank (PDB) dengan alamat web
http://www.rscb.org/pdb/ yang dikeluarkan oleh
Research Collaboratory for Structural
Bioinformatics (RCSB) dan struktur 2 dimensi yang
dibuat menggunakan program MarvinSketch 5.2.
Sintesis Senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4-
yl)carbonyl]benzohydrazide
Senyawa isoniazid ditimbang 2 gram
(0,0146mol; BM 137,14) dimasukan ke dalam labu
alas datar kering setelah itu tambahkan 30 mL
tetrahidrofuran dan ± 3 mL trietilamin sampai nilai
pH 10. Kemudian pada corong pisah kering
masukkan 1 ml (0,0078 mol; BM 175,01) senyawa
4-klorobenzoil klorida tambahkan 20 mL
tetrahidrofuran dikocok secara perlahan sampai
larut. Setelah itu, campuran tersebut diteteskan
sedikit demi sedikit ke dalam labu alas datar sambil
diaduk menggunakan magnetic stirrer pada suhu
kamar. Setelah itu campuran direfluks pada suhu
±150oC dan diaduk dengan menggunakan magnetic
stirrer. Campuran tersebut dipantau menggunakan
KLT setiap jamnya menggunakan eluen metanol :
kloroform 4 : 1, proses refluks dihentikan ketika
diperoleh satu spot pada hasil uji KLT dan terjadi
perbedaan nilai Rf dari senyawa pembanding pada
plat KLT. Kemudian hasil refluks diuapkan
menggunakan rotary evaporator sampai campuran
hasil refluks kental untuk menghilangkan
pelarutnya. Lalu tambahkan natrium bikarbonat
(NaHCO3) jenuh dan diaduk hingga tidak keluar
buih lagi. Setelah itu cuci dengan aquades
secukupnya lalu disaring dengan corong Buchner
(Ruswanto, 2015).
Rekristalisasi Senyawa Hasil Sintesis
Etanol sebanyak 100 mL dimasukan ke
dalam gelas kimia 250 mL kemudian dipanaskan
menggunakan hot plate sampai mendidih. Setelah
panas senyawa hasil sintesis masukkan ke dalam
gelas kimia sedikit demi sedikit dan diaduk sampai
senyawa larut semua dalam gelas kimia yang berisi
etanol. Larutan yang diperoleh didiamkan pada
suhu kamar sampai terbentuk kristal. Kemudian
kristal yang terbentuk disaring dengan corong
buchner lalu dipindahkan ke cawan uap dan
dikeringkan menggunakan oven pada suhu 60oC
selama 30-60 menit, setelah kering kemudian
kristal ditimbang dan dihitung persentase hasil
sintesis (Suzana, 2010).
Uji Kemurnian Hasil Sintesis
Analisis dengan Kromatografi Lapis Tipis
(KLT)
Hasil sintesis berbentuk kristal kemudian
diuji kemurnian menggunakan KLT dengan fase
diam yang digunakan yaitu silika gel 60 GF254
sedangkan fase gerak yang digunakan metanol :
klorofom 4 : 1, metanol : etil asetat 3 : 1, etanol : n
heksan 3 : 1 dan kloroform : aseton : etanol 11 : 3
:1. Senyawa dielusi, kemudian dikeringkan dan spot
yang dihasilkan dilihat pada lampu UV 254 nm
serta dihitung nilai Rf nya yang kemudian
dibandingkan dengan nilai Rf pembanding yaitu Rf
isoniazid (Ruswanto, 2015).
3
Penentuan Titik Lebur
Penentuan titik lebur menggunakan alat
Elektrotermal Melting Point Apparatus yang
dimodifikasi menggunakan plat besi dan
termometer. Penentuan titik lebur dilakukan secara
langsung dengan mengamati suhunya pada saat
senyawa tersebut mulai meleleh sampai seluruh
senyawa tersebut meleleh (Ritmaleni, 2006).
Identifikasi dan Karakterisasi Struktur Senyawa
Hasil Sintesis
Identifikasi dan karakteristik senyawa
hasil sintesis dilakukan dengan menggunakan
Spektrofotometer Ultra Violet, Spektrofotometer
Infra merah, serta Spektrometer Massa untuk
mengetahui struktur senyawa hasil sintesis sesuai
dengan prediksi yaitu terbentuk senyawa 4-chloro-
N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]benzohydrazide atau
tidak.
Studi In Silico
Studi In Silico senyawa 4-chloro-N’-
[(pyridin-4-yl)carbonyl]-benzohydrazide terhadap
reseptor TBC dilakukan dengan beberapa tahap.
.
Preparasi Ligan 4-chloro-N’-[(pyridin-4-
yl)carbonyl]-benzohydrazide
Preparasi ligan dilakukan dengan
menggambarkan struktur dalam bentuk dua dimensi
menggunakan software MarvinSketch 5.2 lalu
dioptimasi geometri pada ligan dengan diprotonasi
pada pH 7,4 agar pH nya sesuai dengan pH dalam
darah, setelah itu file di simpan dalam bentuk .mrv.
Langkah selanjutnya adalah penentuan konformasi
struktur dengan cara melakukan Conformational
search untuk memperoleh posisi molekul yang
paling stabil untuk berinteraksi dengan sisi aktif
reseptor kemudian disimpan dalam bentuk pdb dan
mol2 untuk proses docking (Purnomo, 2013).
Screening Ligand Based Drug Likeness (Drug
Scan)
Pengamatan obat dilakukan terhadap ligan
yang memiliki energi ikatan yang rendah dan
interaksi yang baik dengan enzim target. Analisis
pengamatan obat dilakukan dengan memperhatikan
the rule of good medicine (Lipinski’s rule of five)
yaitu berat molekul <500 g/mol, lipofilitas <5,
donor ikatan hidrogen <5, akseptor ikatan hidrogen
<10, dan refractory molar antara 40-130.
Parameter yang digunakan dapat ditentukan dengan
bantuan software Marvin Sketch (Tambunan, 2014).
Uji ADME dan Toksisitas
Dalam penelitian ini digunakan senyawa 4-
chloro-N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]benzohydrazide
yang akan diuji ADME dan uji toksisitas
menggunakan program PreADMET yang dapat
diakses di http://preadmet.bmdrc.org/. Struktur dari
senyawa ini dikonversi menjadi molfile (*.mol).
untuk uji ADME program PreADMET akan secara
otomatis menghitung penyerapan prediksi untuk sel
Caco-2, HIA (Human Intestinal Absorption), dan
protein plasma yang terikat. Sedangkan untuk uji
toksisitas program PreADMET parameternya yaitu
amest test, carcino_rat dan carcino_mouse
(Kartasasmita dkk, 2015).
Identifikasi Reseptor Tuberkulosis
Struktur senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4-
yl)carbonyl]benzohydrazide hasil preparasi ligan
dengan format file mol.2 hasil preparasi di upload
ke web server PharmMapper
(http://59.78.96.61/pharmmapper/). Web server
akan memberikan ID job untuk pengecekan hasil
oleh user. Output result job berupa top 300 target
rangked yang akan dievaluasi dan dilakukan
identifikasi reseptor tuberkulosis yang berpotensi
terhadap senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4-
yl)carbonyl]benzohydrazide dengan pemodelan
pharmacophore. Reseptor dengan kode PDB
terpilih kemudian di unduh di http://www.rscb.org
(Ruswanto, 2015).
Analisis Reseptor Tuberkulosis
Analisis reseptor target hasil identifikasi
reseptor dilakukan dengan melihat profil reseptor
PDB pada website http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/.
Masukkan kode PDB, kemudian akan muncul data
profil dari reseptor target. Analisis ini dilakukan
pada reseptor target yang tervalidasi pada proses
validasi docking (Ruswanto, 2015).
Docking
Validasi Metode Docking
Validasi metode docking menggunakan
software ArgusLab. Program ArgusLab divalidasi
untuk mendapat metode yang dapat dipercaya.
Reseptor yang digunakan adalah reseptor
tuberkulosis hasil identifikasi yang diperoleh dari
Protein Data Bank (situs www.rcsb.org/pdb/).
Protein reseptor yang telah didownload ini
kemudian dipilih ligan alaminya untuk proses
validasi metode docking. Parameter yang
digunakan yaitu parameter Root Mean Square
Deviation (RMSD) position between two similliar
groups. RMSD merupakan pengukuran dua pose
dengan membandingkan posisi atom antara struktur
eksperimental dengan struktur yang di-dockingkan
atau yang diprediksi. Metode docking dikatakan
baik jika nilai RMSD nya lebih kecil atau sama
dengan 2Å. Jika nilai RMSD yang diperoleh lebih
besar dari 2Å, metode yang digunakan tidak dapat
dipercaya dan reseptor tersebut tidak bisa
digunakan pada proses pengujian selanjutnya
(Purnomo, 2013).
4
Docking Ligan Uji Terhadap Reseptor
Tuberkulosis
Untuk docking senyawa uji digunakan
program ArgusLab, dengan cara masukkan protein
target atau reseptor kemudian pilih ligan alami yang
digunakan untuk proses validasi. Selanjutnya
masukkan senyawa uji yang sudah dipreparasi.
selanjutnya diatur gridboxnya sesuai dengan yang
telah dipakai untuk proses validasi. Hasil yang
diperoleh dari proses docking ini adalah energy best
ligand pase atau binding affinity dari
senyawa/ligan, kemudian dipilih hasil yang
memiliki nilai binding affinity terendah.
Selanjutnya dari proses docking dapat dilihat
interaksi antara ligan dengan sisi aktif reseptor
menggunakan software MMV (Molegro Molecular
Viewer) (Ruswanto, 2015).
Visualisasi Hasil Docking
Reseptor dan ligan yang telah di-docking-
kan kemudian diubah menjadi dalam bentuk pdb
lalu dianalisis data nilai skoring dan pose pada sisi
binding pocket serta analisis ikatan hidrogen
ligand-sekuens asam amino dengan menggunakan
software Molegro Molecular Viewer (MMV)
dengan dilihat interaksinya dalam bentuk 2D dan
3D. Molekul dengan nilai skoring terendah
menunjukkan afinitas kestabilan yang baik
(Zukhrullah, 2012).
Dinamika Molekuler
Proses simulasi dinamika molekul
terhadap senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4-
yl)carbonyl]benzohydrazide yang digunakan adalah
software GROMACS dan untuk analisis serta
visualisasi hasilnya digunakan program LigPlot.
Tahapan pada simulasi dinamika molekuler terbagi
kedalam beberapa tahap. Tahapan pertama yaitu
penyiapan file input, selanjutnya minimisasi,
ekuilibrasi, produksi, dan analisis. Simulasi
dilakukan selama 6 ns pada temperatur 310 K
(kondisi temperatur tubuh normal pada manusia)
dan 312K (kondisi temperatur demam pada
manusia). Selanjutnya, dilakukan analisis hasil
simulasi dinamika molekul (Unadi, 2013).
HASIL DAN PEMBAHASAN
Sintesis Senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4-
yl)carbonyl]-benzohydrazide
Sintesis senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4-
yl)carbonyl]benzohydrazide dilakukan melalui
reaksi asilasi mengacu pada reaksi Schotten-
Baumann. Metode Schotten-Baumann merupakan
suatu metode sintesis senyawa amida, dimana
nukleofil amina direaksikan dengan benzoil klorida
dalam suasana basa.
Proses sintesis senyawa 4-chloro-N’-
[(pyridin-4-yl)carbonyl]-benzohydrazide digunakan
isoniazid sebanyak 0,0146 mol sedangkan 4-
klorobenzoyl klorida sebanyak 0,0078 mol.
 Refluks dilakukan selama 6 jam yang induknya yaitu isoniazid serta jarak lebur yang
setiap jam nya diuji menggunakan kromatografi tidak lebih dari 2oC.
lapis tipis (KLT) dengan elueun metanol:kloroform
(4:1). Berdasarkan hasil, nilai Rf senyawa sintesis Identifikasi dan Karakterisasi Struktur Senyawa
berbeda dengan isoniazid. Dimana nilai Rf senyawa Hasil Sintesis dengan Spektrofotometer UV-Vis,
sintesis pada jam ke 6 0,828 sedangkan nilai Rf Inframerah dan Massa
isoniazid 0,71. Dengan demikian berdasarkan hasil Identifikasi dan karakterisasi senyawa
KLT tersebut diperkirakan bahwa senyawa 4- hasil sintesis menggunakan spektrofotometri ultra
chloro-N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]-benzohydrazide violet dilakukan secara kualitatif yaitu untuk
telah terbentuk. mengetahui panjang gelombang maksimum
Hasil dari rekristalisasi di dapat hasil senyawa hasil sintesis yang dibandingkan dengan
sintesis sebanyak 0,1856 gram dengan persentase senyawa induk yaitu isoniazid. Berdasarkan hasil
sebanyak 8,63%. Senyawa hasil sintesis berbentuk identifikasi panjang gelombang isoniazid adalah
serbuk, berwarna kuning, tidak berbau, tidak larut 295 nm sedangkan panjang gelombang senyawa
dalam air, larut dalam etanol panas. hasil sintesis adalah 364,5 nm. Panjang gelombang
senyawa hasil sintesis berbeda dengan isoniazid
Uji Kemurnian yaitu lebih besar hal ini karena adanya pergeseran
Uji kemurnian senyawa hasil sintesis arah panjang gelombang yang lebih panjang atau
dilakukan dengan uji Kromatografi lapis Tipis batokromik akibat adanya penambahan serapan
(KLT) menggunakan beberapa eluen dengan gugus kromofor dan gugus ausokrom dari asil
kepolaran yang berbeda-beda. Dapat dilihat pada halida sehingga energi transisi akan lebih kecil
tabel 1. dengan demikian panjang gelombang akan lebih
besar (Sitorus, 2009).
Tabel 1 Hasil Uji Kemurnian dengan KLT Pada identifikasi menggunakan
Nilai Rf spektrofotometri Infra Merah dapat memberikan
Senyawa gambaran tentang gugus-gugus fungsi yang ada
Fase Gerak (Eluen)
Isoniazid Hasil
Sintesis pada molekul hasil senyawa sintesis (Sitorus,
0,8823 2009).. Data mengenai spektrum IR untuk senyawa
Metanol : Kloroform
(4 : 1)
0,71 0,8857 hasil sintesis ditunjukan pada gambar 1 dan tabel 3.
0,8857
0,888 Tabel 3 Bilangan Gelombang Spektrum IR
Metanol : Etil asetat
0,54 0,885
(3 : 1)
0,885
Senyawa Hasil Sintesis
0,888 Bilangan Gelombang Hasil
Gugus Fungsi
Etanol : n-heksan Sintesis (cm-1)
0,735 0,888
(3 : 1) 3371,57
0,888 Ulur –NH
3278,99
0,5
Kloroform : Aseton : Ulur C=O amida 1681,93
0,286 0,5 C=C aromatis 1597,06
Metanol (11 : 3 : 1)
0,5 C-Cl 745,35
1064,71
Pengujian KLT dilakukan secara tiga C-N amina 1095,57
reflikasi, berdasarkan hasil KLT senyawa hasil 1226,73
C-N aromatis 1651,07
sintesis menunjukan spot tunggal pada masing-
masing eluen hal ini dapat diketahui dengan
menggunakan lampu UV 254 nm dan dapat
dikatakan bahwa senyawa hasil sintesis telah murni.
Selain itu, nilai Rf senyawa hasil sintesis lebih
besar dari pembanding.
Pada uji kemurnian senyawa hasil sintesis,
dilakukan juga dengan penetapan jarak lebur. Dapat
dilihat pada tabel 2.
Tabel 2 Hasil Uji Jarak Lebur
Jarak Lebur (oC)
No.
Isoniazid Senyawa Hasil Sintesis Gambar 1. Spektrum Inframerah Senyawa Hasil
1. 160-161 198-200 Sintesis
2. 160-161 198-200
3. 160-161 198-200
Gugus-gugus fungsional yang
Berdasarkan data yang diperoleh dapat teridentifikasi berdasarkan spektrum IR adalah
diprediksi bahwa senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4- gugus –NH pada daerah bilangan gelombang
yl)carbonyl]-benzohydrazide telah terbentuk dan 3371,57 cm-1 dan 3278,99 cm-1. Puncak yang
telah murni, ditandai dengan jarak lebur senyawa terlihat pada bilangan gelombang 1681,93 cm-1
sintesis yang berbeda dengan jarak lebur senyawa menunjukkan adanya gugus C=O. Gugus C=C

5
aromatik mengabsorbsi serapan pada 1597,06 cm-1.
Dan untuk gugus C-Cl terdapat pada daerah
bilangan gelombang 745,35 cm-1. Puncak yang
terlihat pada bilangan gelombang 1064,71 cm-
1
,1095,57 cm-1 , 1226,73 cm-1 menunjukan adanya
C-N amina. Sedangkan puncak yang terlihat pada
bilangan gelombang 1651,07 cm-1 menunjukan
adanya C-N aromatis. Gugus-gugus yang
teridentifikasi tersebut merupakan gugus-gugus
fungsi penyusun senyawa hasil sintesis yaitu
senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]-
benzohydrazide.
Identifikasi selanjutnya yaitu
menggunakan spektrometri Massa untuk
memperkuat dugaan senyawa sintesis merupakan
senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]-
benzohydrazide. Spektrometri massa akan
memberikan informasi BM (g/mol) dari suatu
molekul organik. Berat molekul yang terlihat pada
spektrum dibandingkan dengan berat molekul dari
perhitungan menggunakan software Chem Draw
Gambar 2. Spektrum Massa Senyawa Hasil
Sintesis
Berdasarkan spektrum massa terdapat
spektrum tertinggi diduga berasal dari senyawa
hasil sintesis. Menurut hasil identifikasi massa
senyawa sintesis yaitu 275,87 sedangkan menurut
teoritis dengan menggunakan chem draw massa
senyawa adalah 275,69.
Studi In Silico
Preparasi Ligan (Senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-
4-yl)carbonyl]-benzohydrazide)
Struktur Ligand yang telah digambarkan
struktur dua dimensinya secara manual
menggunakan software MarvinSketch. Kemudian
struktur yang terbentuk dilakukan optimasi
geometri yaitu tahap pertama dilakukan protonosi
pada pH 7,4 agar pH nya sesuai dengan pH darah
dalam tubuh dengan metode Major Microspecies.
Selanjutnya dilakukan Conformational search
untuk mendapatkan struktur yang paling sesuai dan
cocok dengan reseptor atau protein target serta
stabil sehingga memiliki energi potensial yang
rendah. Penentuan konformasi ini menggunakan
metode conformers (Agistia, 2013).
6
Screening Ligand Based Drug Likeness (Drug
Scan)
Analisis drug scan dilakukan untuk
mempelajari sifat kemiripan ligan uji terhadap
senyawa obat yang telah ada (drug-likeness) dan
mengacu pada kemiripan suatu senyawa dengan
obat oral. Metode untuk mengevaluasi drug-
likeness yaitu menggunakan aturan Lipinski’s Rule
of Five. Aturan tersebut menetapkan bahwa
molekul obat harus mempunyai massa molekul
relatif <500 g/mol, nilai Log P <5, donor ikatan
hirogen <5, akseptor ikatan hydrogen <10, dan
refractory molar antara 40-130. Penerapan aturan
lipinski ini berhubungan dengan proses absorpsi
atau permeabilitas terhadap lipid bilayer yang ada
dalam tubuh (Tambunan, 2014).
Log P menentukan permeabilitas senyawa
untuk dapat melewati membran lipid bilayer
jaringan epitel yang melapisi permukaan usus
dengan rapat, dan tidak mempunyai pembuluh
darah sehingga hanya bisa dilewati oleh molekul
kecil dan cukup hidrofobik. Semakin besar nilai log
P maka molekul bersifat hidrofobik, mudah larut
dalam lemak sehingga mudah untuk menembus
sawar membran karena dapat berdifusi dengan cara
melarut dalam bahan penyusun membran yang
bersifat lipofilik. Tapi molekul senyawa yang
terlalu hidrofobik cenderung memiliki toksisitas
yang lebih besar karena molekul obat akan tertahan
lebih lama di lipid bilayer dan tidak bisa
dieksresikan dari tubuh (Wulandari dan Kristin,
2010).
Nilai berat molekul berkaitan dengan
proses distribusi obat. Proses distribusi obat terjadi
dengan cara menembus membran biologis melalui
proses difusi. Obat dengan berat molekul lebih dari
500 akan mempunyai ukuran molekul yang besar
sehingga akan cukup sulit untuk menembus
membran biologis. Berbeda dengan obat yang
memiliki berat molekul lebih kecil akan memiliki
ukuran molekul yang kecil sehingga akan
memudahkan obat untuk menembus membran
biologis.
Donor ikatan hidrogen dan akseptor ikatan
hidrogen adalah kontributor utama daerah
permukaan polar suatu molekul. Semakin luas
permukaan polar molekul maka akan menurunkan
permeabilitasnya. Jadi semakin banyak H-donor
dan H-akseptor molekul akan sulit menembus
sawar membran (Wulandari dan Kristin, 2010).
Refractory molar merupakan suatu ukuran
nilai total polarisabilitas dari molekul yang sangat
bergantung pada suhu, indeks bias dan tekanan.
Polarisabilitas adalah kemudahan suatu molekul
untuk membentuk dipol sesaat atau untuk
mengimbas (menginduksi) suatu molekul
(Harganingtyas, 2011).
 Hasil drug scan terhadap senyawa 4- termasuk senyawa yang mutagen yang dapat
chloro-N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]-benzohydrazide menyebabkan mutasi genentik sehingga senyawa
yang dibantu dengan software MarvinSketch hasil sintesis tidak dijamin keamanan dalam
terdapat pada tabel 4. penggunaannya.
Tabel 4 Hasil Analisis Drug Scan 4-chloro-N’- Selanjutnya parameter carcino rat,
[(pyridin-4-yl)carbonyl]-benzohydrazide senyawa 4-chloro-N’[(pyridin-4-yl)carbonyl]-
Parameter Hasil benzohydrazide tidak mengakibatkan karsinogenik
Berat molekul 275,69 g/mol (negativ). Sedangkan pada parameter carcino
Lipopilitas (Log P) 1,47
Donor ikatan hidrogen 2 mouse senyawa 4-chloro-N’[(pyridin-4-
Aseptor ikatan hidrogen 6 yl)carbonyl]-benzohydrazide dapat menyebabkan
Refactory molar 71,32 karsinogenik (positif). Hal ini diakibatkan oleh
struktur senyawa yang memiliki gugus hidrazin
Berdasarkan hasil Drug Scan yang yang dapat menyebabkan karsinogenik dan
ditunjukkan pada tabel 4, diperoleh bahwa senyawa mutagenik (Nugraha, 2016).
4-chloro-N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]-
benzohydrazide telah memenuhi syarat dari aturan Identifikasi Reseptor Tuberkulosis
Lipinski. Maka diprediksi bahwa senyawa hasil Berdasarkan hasil identifikasi diperoleh
sintesis memiliki permeabilitas yang baik dan beberapa kandidat reseptor target yang paling
mudah diabsorpsi, sehingga jumlah senyawa yang berpotensi terhadap senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-
berinteraksi dengan reseptor lebih banyak, sehingga 4-yl)carbonyl]benzohydrazide berdasarkan
aktivitasnya semakin besar. kecocokan parameter fit score dan z'-score. Hasil
identifikasi reseptor tuberkulosis terdapat pada
Uji ADME dan Toksisitas tabel 7.
Tabel 5 Data Hasil Analisis ADME Tabel7 Identifikasi Reseptor 4-chloro-N’-[(pyridin-
Parameter Hasil Ket.
4-yl)carbonyl]benzohydrazide
Caco2 19,7607 nm/sec Sedang
Param PDB ID
HIA 93,057954% Baik
eter 1SLH 1MRS 1EYE 1SJN 1SR9
Plasma Protein Ikatan kimia
82,410776% Rank 192 220 228 291 122
Binding (PPB) lemah
Target Deoxyuri Thymidyl Dihydro Deoxyuri 2-
Name dine 5- ate kinase pteroate dine 5- isopropyl
Senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4- triphospat n triphospat malate
yl)carbonyl]benzohydrazide memiliki nilai Caco2 e synthase e synthase
sebesar 19,7607 nm/sec yang masuk ke dalam nucleotido 1 nucleotido
hydrolase hydrolase
kategori sedang yang berada dalam rentang 4-70 Fit 4.052 3.791 3.653 3.892 3.13
nm/sec (Chikale dkk, 2012). Nilai Caco2 Score
memberikan gambaran tentang permeabilitas atau
kemampuan untuk menembus membran plasma. z'- 0.514331 -0.507459 -1.03447 -0.409967 -0.930924
Untuk parameter HIA (Human Intestinal score
Absorption) senyawa hasil sintesis memiliki nilai
93,057954% yang masuk dalam kategori baik yaitu
diantara rentang 70-100% sehingga dapat diprediksi Hasil yang diperoleh dari identifkiasi nilai
bahwa senyawa akan mencapai situs target dalam fit score tertinggi terdapat pada reseptor dengan
konsentrasi tinggi. Parameter HIA bertujuan untuk kode 1SLH yaitu sebesar 4.052, dan memiliki nilai
memprediksi persen penyerapan suatu obat di z'-score sebesar 0.514331. Nilai z’-score semakin
dalam usus manusia. Sedangkan dari parameter signifikan dari reseptor target terhadap senyawa uji
PPB (Protein Plasma Binding) senyawa hasil apabila memiliki nilai yang semakin positif,
sintesis memiliki ikatan kimia yang lemah dengan sedangkan nilai z'-score akan menunjukan reseptor
protein plasma, dimana nilai PPB senyawa target tidak cukup signifikan terhadap senyawa uji
memiliki rentang kurang dari 90% yaitu sebesar apabila nilainya semakin negatif (Georgieva,
82,410776%. 2014).
Untuk prediksi toksisitas dapat dilihat pada
tabel 5. Analisis Reseptor Tuberkulosis
Tabel 6 Hasil Prediksi Toksisitas dari 4-chloro-N’- Reseptor yang telah diidentifikasi yang
[(pyridin-4-yl)carbonyl]-benzohydrazide berpotensi terhadap senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-
Parameter Toksisitas Hasil Prediksi 4-yl)carbonyl]benzohydrazide kemudian dianalisis
Ames_test Mutagen
Carcino_Mouse Positive
menggunakan program berbasis web yaitu PDBsum
Carcino_Rat Negative menggunakan parameter Ramachandran Plot.
Tujuan analisis reseptor yaitu untuk melihat
Berdasarkan hasil prediksi uji toksisitas kestabilan dari suatu reseptor. Ramachandran Plot
bahwa menurut parameter ames test, senyawa 4- yaitu suatu plot yang digunakan untuk
chloro-N’[(pyridin-4-yl)carbonyl]-benzohydrazide memvisualisasikan koordinat tiga dimensi protein

7
yang telah ditentukan melalui eksperimen ke dalam Tabel 8 Hasil Validasi Docking Reseptor Target
koordinat internal, dimana setiap residu asam dengan Program ArgusLab
amino dapat digambarkan sebagai satu plot dalam Kode Native
Energi Bebas
ramachandran plot (Farkhani, 2012). Plot-plot RMSD (Å) Ikatan
PDB Ligand
(kcal/mol)
yang menggambarkan residu asam amino pada 1SLH 2170 DUD 1,3991 -10,6332
suatu struktur protein inilah yang disebut sebagai 1MRS 217 5HU 1,6062 -7, 57825
Ramachandran Plot (Unadi, 2013). 1EYE 310 PMM 1,6073 -5,73681
Kualitas struktur protein diketahui dari 1SJN 1170 DUD 1,8563 -9,30728
1SR9 701 KIV 0,9934 -7,91694
keberadaan residu non-glisin pada dissalowed
region karena residu selain glisin pada daerah ini
Berdasarkan didapatkan hasil yang valid,
dapat menimbulkan halangan sterik yang dapat
maka parameter docking yang digunakan
mengganggu konformasi protein untuk
memenuhi kriteria validitas metode docking
mendapatkan ikatan yang stabil dengan ligan (Ngili
sehingga metode docking ini dapat dipercaya untuk
Yohanis, 2009). Reseptor dikatakan stabil apabila
digunakan pada penelitian senyawa uji selanjutnya.
nilai dissalowed region nya kurang dari 0,8% dan
Berdasarkan hasil perhitungan RMSD dari ke lima
nilai most favorite regions nya lebih dari 90%
reseptor nilai RMSD semuanya memenuhi syarat
(Lakshmi, 2014)
Tabel 8 Analisis Reseptor yaitu <2Å.
Disallowed Most Favoured
Reseptor
Regions regions Docking Ligan Uji Terhadap Reseptor
1SLH 0% 90% Tuberkulosis
1MRS 0.6% 96.1%
1EYE 0% 94%
Proses docking akan menghasilkan nilai
1SJN 0% 89.9% energi terkecil atau binding afinity. Binding affinity
1SR9 0.4% 91.3% merupakan ukuran kemampuan obat untuk
berikatan pada reseptor. Semakin kecil nilai energi
Berdasarkan hasil analisa plot bebas maka semakin tinggi afinitas ligan tersebut
Ramachandran, untuk nilai disallowed regions terhadap reseptornya, artinya semakin stabil
semua reseptor memenuhi syarat yaitu >0,8%. kompleks ligan-reseptor tersebut. Hal ini karena
Sedangkan pada daerah yang disukai (Most kestabilan dan kekuatan ikatan non-kovalen pada
Favorite regions) reseptor 1MRS memiliki nilai kompleks protein-ligan dapat dilihat dari besarnya
most favorite regions nya paling tinggi yaitu 96,1%. energi bebas yang dilepaskan saat interaksi pada
Sehingga dapat dikatakan empat struktur reseptor kompleks protein-ligan terbentuk (Harganingtyas,
target memiliki kualitas yang baik dan stabil yang 2011).
kemudian akan divalidasi dan dipilih energi Pada proses docking digunakan software
terkecil. ArgusLab dan menggunakan metode ArgusDock.
Senyawa uji dan pembanding di docking-kan pada
Docking grid-box yang sesuai dengan hasil validasi docking
Validasi Metode Docking pada masing-masing reseptornya. Pengaturan grid
Validasi metode docking dilakukan box ini bertujuan guna mengarahkan ligand
sebelum proses docking, validasi metode docking senyawa uji untuk berinteraksi pada daerah di
dilakukan agar metode yang dipakai dapat dalam reseptor (Ruswanto, 2015).
dipercaya sebagai referensi dalam proses docking Nilai binding affinity akan dibandingkan
dengan menggunakan program ArgusLab. Ini terhadap ligan alami denganligan alami. Adapaun
bertujuan untuk mengetahui apakah reseptor hasil docking senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4-
tersebut dapat digunakan atau tidak dalam proses yl)carbonyl]-benzohydrazide, ligan alami dan
docking senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4- isoniazid terhadap reseptor tuberkulosis dapat
yl)carbonyl]-benzohydrazide. dilihat pada tabel 9.
Parameter yang digunakan dalam proses Tabel 9 Nilai Energi Bebas Ikatan Senyawa 4-
validasi yaitu berupa nilai RMSD (Root Mean chloro-N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]-
Square Deviation). Dimana RMSD merupakan benzohydrazide, Ligan Alami Isoniazid
parameter yang digunakan untuk mengevaluasi Kode
Energi Bebas Energi Bebas Energi Bebas Ikatan
kemiripan dua buah struktur. Dikatakan valid Ikatan Senyawa Ikatan Isoniazid Ligan Alami
Reseptor
(kkal/mol) (kkal/mol) (kkal/mol)
apabila nilai RMSD yang diperoleh adalah ≤2Å dan 1SLH -9,67556 -6,71427 -10,6332
apabila nilai RMSD nya >2Å maka reseptor 1MRS -10,1298 -6,42821 -7,57825
tersebut tidak dapat digunakan (Purnomo, 2013). 1EYE -7,9528 -6,01652 -5,73681
Pada proses validasi ini dibandingkan antara posisi 1SJN -8,46774 -6,24404 -9,30728
1SR9 -8,86295 -6,58253 -7,91694
ligan asli terhadap reseptor yang telah diuji secara
eksperimental dengan posisi ligan yang sama (ligan
Berdasarkan hasil docking senyawa 4-
copy).
chloro-N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]benzohydrazide
Hasil validasi metode docking dapat dilihat
dengan ke lima reseptor diperoleh nilai binding
pada tabel 8

8
afinity memiliki energi bebas ikatan yang paling
rendah pada reseptor 1MRS (Thymidylate kinase).
Reseptor 1MRS mempunyai interaksi yang lebih
baik dengan senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4-
yl)carbonyl]-benzohydrazide dibandingkan dengan
keempat reseptor lainnya. Oleh karena itu energi
yang dibutuhkan senyawa untuk berinteraksi akan
lebih rendah, sehingga ikatan obat dengan reseptor
akan lebih stabil. Sehingga reseptor 1MRS dapat
digunakan untuk tahap selanjutnya yaitu dinamika
molekular.
Visualisasi Hasil Docking
Tujuan dari visualisasi yaitu untuk
mengetahui interaksi yang terjadi antara ligan
dengan residu asam amino dari reseptor
tuberkulosis. Salah satu interaksi yang dapat
diamati adalah ikatan hidrogen.
Interaksi ikatan yang terjadi antara ligan
dengan asam amino terdapat pada tabel 10. Selain
interaksi melalui ikatan hidrogen, dilihat juga
interaksi lainnya dengan residu-residu asam amino.
Semakin banyak interaksi antara senyawa 4-chloro-
N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]benzohydrazide dengan
residu-residu asam amino maka semakin baik.
Tabel 10 Data Jumlah Ikatan Hidrogen dan Asam
Amino
Ikatan Ikatan
Senyawa
Hidrogen Hidrofobik
Dinamika Molekul
Simulasi dinamika molekul dilakukan
untuk mengevaluasi hasil proses molecular
docking. Simulasi dinamika molekular bertujuan
untuk memahami perilaku dinamis dari protein
pada skala waktu yang berbeda, pergerakan internal
yang cepat hingga lambat maupun perubahan
proses konformasi lipat protein (Alonso dkk, 2006).
Simulasi dinamika molekular kompleks
protein target dan ligand dilakukan pada program
GROMACS dengan beberapa tahapan yaitu
penyiapan topologi, penyiapan box dan solvasi,
penambahan ion, minimisasi energi, ekuilibrasi,
simulasi produksi dan analisis.
Pada analisa hasil simulasi dinamika
molekular. Analisa dilakukan terhadap RMSD
(Root Mean Square Deviation), RMSD dianalisis
untuk melihat konformasi struktur selama simulasi
dibandingkan terhadap konformasi awal (Edwita,
2012).

Ligan Alami Arg74(A), Ser99(A),

Arg95(A), Phe36(A),
Tyr39(A) Phe70(A),
Pro37(A), (a)
Tyr165(A),
Asp9(A),
Tyr103(A),
Asn100(A)

4-chloro-N’-[(pyridin- Asp163(A) Asp163(A),

4-yl)carbonyl]- Leu52(A),
benzohydrazide Tyr165(A),
Tyr103(A),
Asn100(A),
Ser99(A),
Phe70(A),
Pro37(A),
Ala49(A),
Tyr39(A)
Analisis hasil docking dapat dilihat dari
kontak residu antara protein dengan ligan, selain
ikatan hidrogen. Residu merupakan molekul kecil
yang tidak tepat sempurna dalam membentuk ikatan
namun masih bisa menunjukkan aktivitas
biologinya. Semakin banyak interaksi senyawa uji
dengan residu asam amino maka diprediksi
interaksi ligan-reseptor makin baik dan lebih stabil.
Senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]-
benzohydrazide berinteraksi dengan banyak residu-
residu asam amino dari reseptor tuberkulosis,
dengan demikian diprediksi bahwa senyawa 4-
chloro-N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]benzohydrazide
berpotensi sebagai calon obat antituberkulosis.
(b)
Gambar 3. (a) RMSD Protein 1MRS pada Suhu
310°K (b) RMSD Protein 1MRS pada
Suhu 312°K
Berdasarkan hasil simulasi, pada tiap
suhunya mengalami peningkatan RMSD di awal
simulasi dan dipertengahan sampai akhir simulasi
kompleks protein-ligand cenderung stabil. Pada
protein 1MRS dengan suhu 310°K peningkatan
terjadi pada waktu kisaran 0,01 – 0,56 ns dan
cenderung mencapai kestabilan dimulai pada waktu
kisaran 0,91 ns. Sedangkan dengan suhu 312°K
peningkatan terjadi pada waktu 0,01 – 0,7 ns dan
cenderung mencapai kestabilan dimulai pada waktu
1,72 ns.

9
 Untuk analisis simulasi dilakukan Keterlibatan residu asam amino yang sama
perbandingan kontak residu antara hasil docking menunjukan sejauh mana kecenderungan
dengan akhir simulasi untuk mengetahui perubahan pengikatan senyawa ligan terhadap makromolekul
residu yang terjadi apabila protein berada dalam protein (Farkhani, 2012). Ikatan hidrogen pada
keadaan dinamis (Unadi, 2013). molecilar Docking berubah menjadi residu asam
Tabel 11 Perbandingan Kontak Residu dan Ikatan amino (interaski hidrofobik) pada simulasi
Hidrogen pada suhu 310oK dan suhu Molecular Dynamic. Hal ini diakibatkan karena
3120K terjadinya perubahan konformasi pada ligan dan
Metode
Ikatan Residu Asam protein akibat pengaruh suhu dan adanya pelarut
Hidrogen Amino pada sistem simulasi sehingga terjadi perubahan
Molecular docking 1 (Asp163) Leu52, Tyr165,
Tyr103, Asn100, jarak antar atom yang sebelumnya berinteraksi dan
Ser99, Phe70, akhirnya gugus-gugus ligan berinteraksi dengan
Pro37, Ala49, residu asam amino lain yang jaraknya lebih dekat.
Tyr39 Hasil analisis simulasi Molecular Dynamic
Dinamika Molekul 1 (Arg95) Asn100, Phe70,
suhu 3100K Ala49, Asp163 4-chloro-N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]-
Dinamika Molekul Tidak ada ikatan Tidak ada residu benzohydrazide pada suhu 3120K tidak terjadinya
suhu 3120K ikatan, baik ikatan hidrogen ataupun adanya residu
Ket: label kuning = residu asam amino yang asam amino hal ini diakibatkan oleh ikatan yang
berinteraksi pada proses docking dan dinamika terikat lemah sehingga mengakibatkan terlepasnya
molekul ikatan hidrogen. Tidak terjadinya interaksi ikatan
Dari visualisasi hasil Molecular Dynamic hidrogen ini diperkirakan karena ikatan hidrogen
dan molecular Docking dapat dilihat perubahan yang sudah terbentuk dari hasil docking tidak stabil,
yang terjadi yaitu berubahnya ikatan hidrogen dan sehingga pada akhir simulasi dinamika molekul
pengurangan jumlah residu asam amino. Pada suhu 312oK tidak ditemukan ikatan hidrogen
molecular Docking 4-chloro-N’-[(pyridin-4- (Nugraha, 2016). Selain itu adanya pengaruh suhu,
yl)carbonyl]-benzohydrazide membentuk ikatan dimana semakin tinggi suhu makan ikatan yang
hidrogen dengan Asp163 dan 9 residu asam amino. terbentuk semakin berkurang dan adanya pelepasan
Sedangkan pada Molecular Dynamic 4-chloro-N’- ikatan. Berdasarkan analisa simulasi Molecular
[(pyridin-4-yl)carbonyl]-benzohydrazide pada suhu Dynamic senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4-
3100K membentuk ikatan hidrogen dengan Arg95 yl)carbonyl]benzohydrazide stabil pada suhu 3100K
dan 4 residu asam amino. dan kurang stabil pada suhu 3120K.

SIMPULAN SARAN
Berdasarkan penelitian yang telah Untuk pengembangan lebih lanjut perlu
dilakukan dapat disimpulkan bahwa senyawa 4- dilakukan penelitian terhadap senyawa 4-chloro-N’-
chloro-N’-[(pyridin-4-yl)carbonyl]benzohydrazide [(pyridin-4-yl)carbonyl]benzohydrazide secara in
dapat disintesis melalui reaksi asilasi antara vitro terhadap Mycobacterium tuberculosis untuk
isoniazid dengan 4-klorobenzoil klorida mengetahui aktivitas dan toksisitasnya secara in
menggunakan refluks selama 6 jam sehingga vitro sehingga dapat digunakan sebagai calon obat
diperoleh senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4- tuberkulosis.
yl)carbonyl]-benzohydrazide dengan persen hasil
sebanyak 8,63 %. DAFTAR PUSTAKA
Berdasarkan studi in silico menggunakan Agistia, Purnomo, Tegar, Nugroho. 2013. Interaksi
metode docking dengan program ArgusLab Senyawa Aktif dari Aegle marmelos
menunjukan bahwa adanya interaksi yang paling Correa. Sebagai Anti Inflamasi dengan
baik adalah 4-chloro-N’-[(pyridin-4- Reseptor COX-1 dan COX-2. Traditional
yl)carbonyl]benzohydrazide dengan reseptor 1MRS Medicine Journal. 18 (2).
(Thymidylate Kinase) dengan nilai binding affinity - Alonso, Andrey , Bliznyuk., Gready. 2006.
10,1298 kkal/mol. Berdasarkan parameter drug Combining Docking and Molecular
scan, ADME, senyawa 4-chloro-N’-[(pyridin-4- Dynamic Simulations in Drug Design.
yl)carbonyl]benzohydrazide telah memenuhi Medicinal Research Reviews. 26 (5): 531-
persyaratan sebagai obat yang baik dan aman untuk 568.
digunakan. Namun pada analisis dapat berpotensi Chem. 2010. Synthesis And Antitubercular Activity
mutagen dan karsinogenik pada tikus kecil. Of Novel 2-Aryl N-(3,4,5-Trihydroxy
Berdasarkan hasil evaluasi simulasi dinamika Benzamido)-4-Thiazolidinone Derivatives.
molekul dengan program GROMACS menunjukkan 3 (3): 493-496.
bahwa ligan 4-chloro-N’-[(pyridin-4- Chikhale, dkk. 2012. In Silico Design, Synthesis &
yl)carbonyl]benzohydrazide memiliki konformasi Pharmacological Screening Of Some
yang kurang stabil pada temperatur 312oK. Quinazolinones As Possible Gabaa
Receptor Agonists For Anticonvulsant

10
 Activity. International Journal of
Pharmacy and Pharmaceutical Sciences. 4
(2).
Edwita. 2012. Analisis Dinamika Molekuler
Senyawa Kompleks 12-Lipoksigenase
Dengan Kurkumin Dan Dua Turunannya.
[Skripsi]. Depok: FMIPA UI.
Farkhani. 2012. Analisis Dinamika Molekuler Hasil
Penambatan Kompleks α-Glukosaidase
dengan Sulokrin. [Skripsi]. Depok:
Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam Universitas Indonesia.
Georgieva, Zlatkov B, Zlatkov A. 2014. Applying
Pharmmapper Server As Tool For Drug
Target Identification For Some
Diphenylmethylpiperazine Amides. World
Journal Of Pharmacy And Pharmaceutical
Sciences. 3(9).
Harganingtyas. 2011. Modifikasi (1R,2R,3R,5S)-(-)-
Isopinocampheylamine Sebagai Inhibitor
M2 Proton Channel Pada Virus Influenza
A Subtipe H1n1 Secara In Silico. [Skripsi].
Depok: Prodi Ilmu Kimia FMIPA UI.
Kartasasmita, Musfiroh, Muhtadi , Ibrahim. 2014.
Binding Affinity of Asiatic Acid
Derivatives Design Against Inducible
Nitric Oxide Synthase and ADMET
Prediction. Journal of Applied
Pharmaceutical Science. 4 (02): 075-080.
Kunoli. 2013. Epidemiologi Penyakit Menular.
Jakarta: CV. Trans Info
Media.
Lakshmi, dkk. 2014. Investigations of
Ramachandran disallowed conformation
in proteindomain families. International
Journal of Biological Macromolecules. 63
(2014) 119-125.
Nugraha. 2016. Sintesis Dan Studi In Silico N-(4-
Heksilbenzoil)-Isonikotinohidrazid
Sebagai Kandidat Anti Tuberkulosis.
[Skripsi]. Tasikmalaya. Prodi Farmasi
STIKes BTH.
Nurbaiti. 2009. Stabilitas Termal dan Pergerakan
Dinamis Klenow-like DNA Polymerase I
ITB-1 Berdasarkan Simulasi Dinamika
Molekul. Disertasi: Program Studi Kimia-
Institut Teknologi Bandung.
Purnomo. 2013. Kimia Komputasi Untuk Farmasi
dan Ilmu Terikat: Uji in Silico Senyawa
Antikanker. Yogyakarta: Pustaka Pelajar.
Rindi, dkk. 2005. Mutations responsible for
Mycobacterium tuberculosis isoniazid
resistance in Italy. Int J tuberc lung dis:
9(1): 94–97.
Ritmaleni. 2006. Sintesis 4-fenil-3,4-tetrahidro-
indeno [2,1]-pirimidin-2-on (LR-1).
Majalah Farmasi Indonesia. 17(3): 149-
155.
11
Ruswanto. 2015. Molecular Docking Empat
Turunan Isonicotinohydrazide Pada
Mycobacterium Tuberculosis Enoyl-Acyl
Carrier Protein Reductase (Inha). Jurnal
Kesehatan Bakti Tunas Husada. 13 (1):
135-141.
Siswandono, Soekardjo. 2000. Kimia Medisinal.
Surabaya: Airlangga University Press.
Sitorus. 2009. Spektroskopi: Elusidasi Struktur
Molekul Organik. Edisi 1. Yogyakarta:
Graha Ilmu.
Suzan. 2010. Pengaruh Gugus Nitro dengan Posisi
Para (p) pada Sintesis N-(4-
Nitrobenzoil)tiourea. Majalah Farmasi
Airlangga. 8 (1).
Tambunan, dkk. 2014. Screening of commercial
cyclic peptide as inhibitor NS5
methyltransferase of Dengue virus through
Molecular Docking and Molecular
Dynamics Simulation. Bioinformation
10(1): 023-027.
Tjay, Rahardja. 2008. Obat-Obat Penting. Jakarta:
PT. Elex Media Komputindo.
Unadi. 2013. Perancangan Pentapeptida Siklis
Sebagai Inhibitor Neuraminidase Virus
H5N1 Melalui Docking Dan Simulasi
Dinamika Molekul. [Tesis]. Depok: Prodi
Ilmu Kimia FMIPA UI.
Wulandari dan Kristin. 2010. Karya Pascasarjana
Kimia : Analisis Interaksi Histone
Deacetylase (HDAC) Kelas II Homo
Sapiens dengan Suberoyllanilide
Hydroxamic Acid (SAHA) dan
Trichostantin A (TSA). Depok :
Departemen Kimia FMIPA UI.
Zukhrullah, Aswad, Subehan. 2012. Kajian
Beberapa Senyawa Antiinflamasi :
Docking Terhadap Siklooksigenase-2
Secara In Silico. Majalah Farmasi dan
Farmakologi. 16 (1): 37-44.