Anda di halaman 1dari 7

PLASMID DAN EPISOMES

Materi genetik pada bakteri disimpan dalam satu kromosom utama dan plasmid. Plasmid
adalah replicon, bagian materi genetik yang dapat melakukan replikasi secara independen,
yang selalu diturunkan sebagai kromosom tambahan. Plasmid tidak diperlukan untuk
mempertahankan sel bakteri, namun diperlukan pada kondisi tertentu seperti pertahanan
terhadap antibiotik.

Kegunaan plasmid baru diketahui sekitar dua dekade terakhir. Plasmid diidentifikasi pada
hampir semua strain bakteri yang diuji. Plasmid sendiri memiliki signifikansi pada dua area:

1. Ketahanan terhadap antibiotik dan obat-obatan pada bakteri yang diuji


2. Kestabilan pada mikroorganisme yang penting untuk industri

Pada Streptococcus lactis dan bakteri lain yang digunakan untuk pemrosesan keju, sejumlah
plasmid sudah teridentifikasi dan menunjukkan bahwa plasmid tersebut membawa gen yang
mengode pembentukan enzim yang penting dalam pemrosesan keju.

Tiga macam plasmid yang sudah diketahui yaitu:

1. Plasmid F dan F’ adalah faktor yang berpengaruh pada proses konjugasi


2. Plasmid R (RTF / resitance transfer factor) adalah plasmid yang membawa gen yang
memiliki sifat tahan terhadap antibiotik atau obat-obatan antibakteri lainnya
3. Plasmid Col adalah plasmid yang mengode colicins, sejenis protein yang mematikan
bagi E. coli yang sensitif

Plasmid juga diketahui dapat mengode bacteriocin lain. Sebagai contoh plasmid yang diketahui
mengode vibriocins, protein yang dapat mematikan bagi Vibrio cholera yang sensitif. Plasmid-
plasmid tersebut bersifat analog dengan plasmid Col.

Kromosom yang terdapat pada mitokondria dan kloroplas pada eukariot juga dapat
dikategorikan sebagai plasmid.

Plasmid bisa terbagi ke dalam dua kelompok berdasarkan keikutsertaannya dalam


memperantarai proses konjugasi. Yang pertama adalah conjugative atau transmissible plasmid,
memperantarai transfer DNA melalui konjugasi. Seluruh F dan F’ plasmid, kebanyakan R
plasmid dan beberapa Col plasmid merupakan plasmid jenis ini. Nonconjugative atau
nontransmible plasmid tidak memperantarai transfer DNA melalui konjugasi. Banyak dari R
dan Col plasmid bersifat nonconjugative.

Beberapa plasmid seperti F factor juga dapat dikategorikan sebagai elemen genetic yang
disebut juga dengan episome. Episome adalah elemen genetic yang dapat bereplikasi dalam
dua bentuk yang berbeda.

1. Sebagai bagian yang terintegrasi pada kromosom utama


2. Sebagai elemen genetic yang independen terhadap kromosom utama

Plasmid dan episom bukan merupakan sinonim. Banyak ciri dari plasmid dan episom yang
diketahui bergantung pada keberadaan dari sekuen DNA pendek yang disebut dengan IS
element atau insertion sequence element. IS element juga terdapat pada kromosom utama.
Sekuen pendek ini bersifat transposable yaitu dapat berpindah tempat dalam satu kromosom
serta dari satu kromosom ke kromosom lain. IS element memperantarai rekombinasi antara
elemen genetic yang mereka tempati. IS element memperantarai integrase episom ke dalam
kromosom inang. Hal ini dicontohkan dalam integrase plasmid F pada E. coli K12 selama
pembentukan Hfr.

Empat jenis IS element pertama yang terkarakterisasi adalah IS1, IS2, IS3, dan IS4. Kromosom
E. coli K12 mengandung 8 kopi IS1, 5 kopi IS2, dan satu atau lebih kopian IS3 dan IS4. F
factor pada E. coli K12 mengandung 1 kopi IS 2 dan 2 kopi IS3. Posisi dari IS element pada
bermacam-macam F factor dan di dalam kromosom dari berbagai macam strain E. coli dapat
menentukan tempat integrase dari F factor selama pembentukan strain Hfr.
UNSUR GENETIK YANG DAPAT DITRANSPOR

TRANSPOSABEL GENETIKA ELEMENTS

A. Ada tiga jenis unsur berpindah dijelaskan dalam prokariota.

Penyisipan Urutan (IS elemen)

transposon komposit

elemen TN3

1. IS elemen:

a) IS elemen adalah unsur berpindah relatif kecil yang berbagai ukuran dari 760 sampai
kurang dari 2.500 pasang basa (bp). Mereka dapat memasukkan di berbagai situs di
kromosom bakteri dan virus dan plasmid dan episomes, dan mereka mengandung gen yang
produknya terlibat dalam mempromosikan dan mengatur transposisi. Salah satu gen adalah
transposase yang berfungsi di eksisi elemen dari kromosom, plasmid, atau episom.
b) IS elemen biasanya menghasilkan mutan yang tidak stabil yang kembali ke tipe liar pada
frekuensi terdeteksi. Untuk itu, IS elemen awalnya disebut "bisa berubah" gen.

c) Semua IS elemen berisi terbalik mengulangi terminal yang berbagai ukuran (panjang) 9-40
pasangan basa. Di lokasi integrasi ada selalu merupakan duplikasi situs target 2-13 pasangan
basa.

Catatan: Inverted mengulangi terminal merupakan ciri khas dari sebagian besar (tetapi tidak
semua)

transposon, sedangkan duplikasi situs target ditemukan di hampir semua

"Terintegrasi" molekul (misalnya, prophages).

d) Plasmid pelabuhan IS elemen, dan ketika plasmid dan kromosom pelabuhan yang sama IS
elemen bisa ada rekombinasi homolog antara kromosom dan plasmid. Dengan definisi, ini
membuat plasmid episom yang dapat mempromosikan pertukaran frekuensi tinggi atau
rekombinasi (misalnya, Hfrs).

2. transposon Composite (dilambangkan dengan simbol Tn):

a) Tn elemen berasal dari dua IS elemen yang memasukkan dekat salah satu lainnya. Daerah
(urutan) antara dua elemen dapat "dimobilisasi" oleh aksi bersama dari dua IS elemen. Hal ini
penting dalam bahwa banyak elemen Tn memiliki gen yang resisten terhadap antibiotik
antara dua IS elemen.

b) Tn transposisi diatur oleh "represor" yang muncul ada untuk menjaga elemen agak diam.

3. elemen TN3 hanya unsur berpindah besar yang tidak dihasilkan oleh mengapit IS elemen
(seperti dalam elemen Tn). Mereka umumnya ~ 5000 bp, memiliki ~ 386 bp mengulangi
terbalik di kedua ujungnya, dan membawa gen resisten antibiotik

4. signifikansi Medis:

a) Banyak transposon bakteri membawa gen-gen untuk resistensi antibiotik generik. Gen ini
biasanya menghasilkan enzim yang memecah dan membuat antibiotik non-fungsional.
Resistensi terhadap beberapa antibiotik dalam kelas senyawa antibiotik, dan berbeda dari
perlawanan yang diberikan ketika metabolit sel dipengaruhi oleh antibiotik yang diubah
(misalnya, resistensi streptomisin pada E. coli.
b) Perlawanan semacam ini ketika dialihkan ke plasmid / episom [R plasmid conjugative]
kemudian dapat ditransfer secara horizontal maupun vertikal.

c) Spesies patogen untuk manusia dan bahwa pelabuhan plasmid tersebut termasuk
Staphlococcus, Neisseria, Shigella, dan Salmonella.

elemen B. transposabel pada eukariota terdiri dari dua jenis: mereka yang memiliki DNA
sebagai materi genetik mereka, dan mereka yang memiliki RNA sebagai materi genetik
mereka.

1. unsur DNA transposabel yang dicontohkan oleh unsur P di Drosophila.

a) unsur P ditemukan ketika ditemukan bahwa strain tertentu dari Drosophila dipamerkan
berbagai macam fenotipe menyimpang, termasuk mutasi tinggi (dan pengembalian),
kerusakan kromosom, dan sterilitas. Fenomena ini disebut "disgenesis hybrid" dan ternyata
situasi di mana transposabel P elemen telah diinduksi untuk "melompat." Fenomena ini
disebut "disgenesis hybrid" karena biasanya (dalam populasi) unsur P yang diam dan tidak
"melompat . "Ketika" hibrida "yang dibuat antara individu-individu dari populasi geografis
yang berbeda, unsur-unsur" pindah "dan dipromosikan fenotip dysgenic.

b) unsur P bervariasi dalam ukuran (terbesar hampir 3.000 pasangan basa panjang). Lengkap
(utuh) unsur P memiliki gen untuk transposase a. Jumlah elemen P per individu bervariasi
dari beberapa untuk hingga 50.

c) unsur P khas memiliki 31 bp terbalik berulang pada kedua ujungnya dan 8 bp sasaran-situs
duplikasi.

d) Ada dua kegunaan eksperimental elemen P.

(I) Transposon tagging, di mana gen bermutasi oleh penyisipan P elemen dapat diisolasi dan
"ditemukan" oleh menggunakan urutan P elemen sebagai "tag"; dan

(Ii) Transformasi vectoring, di mana gen atau urutan dari bunga "vektor" ke lokasi kromosom
dengan menempatkan gen / urutan bunga menjadi unsur P yang tidak lengkap (tidak ada
transposase) dan melaksanakan infeksi campuran (transformasi atau elektroporasi) dengan P
elemen lengkap.

e) Kelompok lain unsur berpindah, awalnya ditemukan di Drosophila adalah elemen pelaut.
elemen Mariner muncul menjadi transposon cukup luas sekitar 1.200 pasangan basa.
(I) elemen Mariner awalnya ditemukan di arthropoda, tapi sekarang telah diidentifikasi (oleh
kesamaan urutan) pada manusia dan tanaman

f) Menariknya, elemen pelaut ditemukan di spesies jauh terkait, menunjukkan kemungkinan


bahwa unsur-unsur mariner dapat horizontal ditransfer, mungkin oleh virus yang memiliki
berbagai macam spesies inang.

2. retrotransposon unsur berpindah yang memiliki RNA sebagai materi genetik mereka. Ada
dua jenis: elemen retrovirus seperti dan retroposons.

a) elemen Retrovirus seperti:

(I) Struktur dasar dari elemen retrovirus seperti merupakan wilayah coding tengah dua gen
diapit oleh mengulangi terminal lama [ltrs] yang berorientasi pada arah yang sama dan
dibatasi oleh mengulangi terbalik singkat. THE ltrs berperan dalam integrasi elemen ke
dalam genom inang. Kedua gen homolog dengan dua gen di retrovirus dan menyandikan
protein struktural dari kapsul virus dan enzim transcriptase / integrase terbalik.

(A) Minimal (aktif) retrovirus membawa gen ketiga yang kode untuk protein amplop virus.
retrovirus aktif mampu keluar sel dan menginfeksi sel-sel lain.

(Ii) Transposisi melibatkan transkripsi (sintesis RNA) dari urutan DNA terintegrasi dalam
kromosom, reverse transkripsi RNA, sintesis DNA untai g

PLASMID DAN EPISOM

Pada bakteri, ada tiga perbedaan mekanisme untuk mentransformasi materi genetik dari satu
sel (sel pemberi) sel kedua (sel penerima). Selama 1) Transformasi, molekul donor DNA
yang telanjang yang diambil secara enzimatik oleh sel penerima yang kompeten. 2)
Transduksi terjadi ketika fragmen dari kromosom pemberi dibawa dan dimasukkan sel
penerima dengan bakteri virus (bakteriofage). 3) Konjugasi membutuhkan sel secara
langsung dengan melibatkan DNA donor menuju sel penerima melewati tabung konjugasi
yang terbentuk diantara kedua sel.

Transduksi terjadi dengan dua cara: 1) transduksi umum, semua penanda genetik dari sel
pemberi mewakili populasi dari transduksi. 2) transduksi terbatas, hanya penanda genetic
yang dekat dengan profage (kromosom fage yang digabungkan).
Plasmid merupakan molekul DNA ekstrakromosomal atau “kromosom kecil” yang
dapat mereplikasi sendiri dengan sel kromosom induk. Terdapat tiga macam plasmid 1)
Plasmid F, faktor F bertanggung jawab dalam penyaluran DNA selama konjugasi. 2) Plasmid
R, molekul DNA membawa gen untuk ketahanan berbagai antibiotok dan obat antibacterial
dan 3) Plasmid Col, plasmid yang mengkode protein yang disebut colicins, yang sensitive
membunuh sel E. coli.

Episom merupakan unsur genetik yang dapat mereplikasi 1) Pada keadaan yang
terpadu, kovalen menyisipkan kromosom. 2) Pada autonomus atau keadaan
ekstrakromosomal. Sel membawa faktor F dalam keadaan autonomus yang disebut donor F+.
Selama konjugasi antara donor F+ dan donor F- replikasi hanya faktor F yang tersalurkan. Sel
membawa faktor F menuju keadaan yang terpadu yang disebut Hfr (Frekuensi kombinasi
tinggi). Selama konjugasi antara sel Hfr dan sel F-, kromosom Hfr mengalami transfer linear
menuju F-. Biasanya hanya sebagian dari kromosom yang tersalurkan sebelum sel terpisah.
Asal dan tujuan penyaluran menentukan tempat dan orientasi dari faktor F dalam kromosom.

Adakalanya, pengeluaran faktor F menyimpang dari kromosom Hfr, pembuatan


rekombinan faktor F disebut F’faktor yang membawa gen kromosom. Penyaluran konjugatif
pembawa gen kromosom dibawa oleh F’ menuju penerima sel yang disebut sexduction.

Transformasi, transduksi dan konjugasi kebanyakan selalu memproduksi sel yang


sebagian zigot atau sebagian diploid yang disebut merozigot. Merozigot hanya mengandung
bagian kromosom donor, (exogenote) dan seluruh kromosom penerima (endogenote). Pindah
silang merozigot harus selalu terjadi berpasangan, untuk menghasilkan kromosom yang utuh.
Rekombinasi pada bakteri terjadi perusakan dan penyatuan kromosom parental.

Integrasi kromosom dan evolusi plasmid, terutama plasmid R ditengahi DNA sekuens
pendek (800-1400 pasang nukleotida panjang) yang disebut insertion sequences atau IS
elements. IS elemen mudah berubah urutan yang dapat berpindah dari satu posisi menuju
posisi yang lain dalam genom sel. IS elemen juga dapat menengahi rekombinasi antara
elemen genetik yang mereka sisipi.