KATA PENGANTAR
Puji syukur kami panjatkan kehadirat Allah SWT Rabb Yang Maha Kuasa
dengan kasih dan sayang-Nya, berkat rahmat dan kuasa-Nya memberikan jalan
untuk kami sehingga kami dapat menyelesaikan makalah dengan judul “Ekspresi
gen lanjutan”
Penyusunan makalah ini dapat selesai tidak terlepas dari bantuan berbagai
pihak. Karena itu pada kesempatan kali ini kami dengan segala kerendahan hati
mengucapkan terima kasih kepada yang terhormat:
1. Prof. Dr. Atiek Soemiati., M. Si, Apt.selaku dosen mata kuliah Biologi Sel
yang telah meluangkan waktu, tenaga, dan pikirannya untuk membimbing
kami dalam penyusunan makalah ini
2. Semua rekan-rekan di kelas farmasi 2014 serta pihak-pihak yang telah
memberikan bantuan dalam penyusunan makalah ini.
Kami menyadari bahwa makalah ini masih banyak kekurangan karena tak
ada yang sempurna di dunia ini, melainkan kesempurnaan milik Allah SWT. Saya
mohon kritik dan saran agar makalah ini benar-benar bermanfaat untuk kita
semua. Amin
Penyusun
i
DAFTAR ISI
ii
BAB I
PENDAHULUAN
1.3 Tujuan
Tujuan dari makalah ini adalah untuk mengetahui pengertian
transkripsi dan translasi serta tahapan-tahapannya serta pematangan mRNA
yang terjadi di dalam sel.
1
BAB II
PEMBAHASAN
2.1 Transkripsi
2.1.1 Pengertian Transkripsi
Transkripsi merupakan sintesis RNA dari salah satu rantai DNA, yaitu
rantai cetakan atau sense, sedangkan rantai DNA komplemennya disebut rantai
antisense(Diah Aryulina, dkk. hlm 89). Berdasarkan konsep dogma sentral
(Francis crick, 1956), rangkaian perintah molekular dengan aliran terarah
informasi genetik dari DNA – RNA – Protein. Molekul RNA yang disintesis
antiparalel terhadap untaian DNA, karena mRNA dibaca dengan arah 5’→3’
dimana triplet basa mRNA disebut kodon (Campbell, dkk. hlm 355).
2
c. Gugus fosfat
Gambar 1.1
Gambar 1.2
3
Hanya satu dari dua rantai DNA yang akan digunakan sebagai cetakan bag
disintesis RNA yang disebut dengan DNA template, sedangkan rantai DNA yang
lain disebut DNA pendamping.
3. Faktor transkripsi
Transkripsi faktor adalah sekelompok protein dalam intisel yang berperan
dalam transkripsi kode gen menjadi mRNA. Factor transkripsi itu ada
berbagai macam seperti :
TFIIA,TFIIB.TFIIC,TFIID,TFIIE,TFIIF,TFIIG,TFIIH dan bentuk lainnya.
TFIIA,TFIIB,TFIID,TFIIE,TFIIF,TFIIH,TFIIJ merupakan faktor
transkripsi umum yang berperan dalam mengarahkan RNA polimerase II
ke promoter. TF merupakan singkatan dari transcription factor, sedangkan
II didapat dari RNA polimerase II. Huruf-huruf seperti A, B, C, D, E, F, G,
H, J merupakan macam-macam dari transcription factor itu sendiri.Faktor
ini mempunyai fungsi lainnya seperti untuk pengendalian variasi fenotipe
kemudian didalamnya terdapat sekuens yang disebut trans-acting
sequences yang berfungsi untuk mengatur ekspresi gen.
4
4. Promoter
5. RNA
Asam ribonukleat (RNA) adalah rantai nukleotida hadir dalam sel-sel dari
semua kehidupan. Rantai ini memiliki sejumlah fungsi penting bagi organisme
hidup, mulai dari regulasi ekspresi gen untuk bantuan dengan menyalin gen. RNA
terdiri dari serangkaian nukleotida, yang pada gilirannya terdiri dari gula ribosa,
basa dan fosfat. RNA untai memiliki tulang punggung yang terbuat dari kelompok
fosfat dan ribosa, yang empat basa dapat menempel. Keempat basa adalah adenin,
sitosin, guanin, dan urasil.
Struktur utama dari RNA biasanya terdiri untai tunggal nukleotida. Empat
jenis nukleotida dapat ditemukan di alur ini, yang disebut adenin (A), sitosin (C),
guanin (G), dan urasil (U). Banyak nukleotida yang dimodifikasi dengan RNA,
menambah atau mengurangi atom ke atau dari nukleotida asli untuk mengubah
sifat mereka. Struktur sekunder RNA dan asam deoksiribonukleat (DNA) heliks
ganda terbentuk dengan cara yang sama, di mana nukleotida mengikat bersama
menjadi pasangan basa, memberikan molekul struktur keseluruhan. Ada
perbedaan signifikan dalam cara struktur sekunder RNA terbentuk, dibandingkan
DNA heliks ganda. Dalam kedua RNA dan DNA, sitosin dengan guanin terikat,
namun adenin mengikat urasil, bukan timin, pada RNA. Struktur sekunder RNA
jarang heliks ganda, melainkan membentuk berbagai lilitan tertentu, tonjolan, dan
jenis helix yang sejajar sangat berbeda dari apa yang dilihat dalam DNA. Struktur
sekunder RNA pada umumnya lebih rumit, meskipun tidak selalu kurang
berurutan, dibanding heliks ganda DNA.
5
a. RNA duta (RNAd)
RNA duta disebut juga messenger RNA (mRNA). RNA duta merupakan
RNA yang urutan basanya berpasangan dengan salah satu urutan basa rantai
DNA. RNA duta dibentuk oleh DNA di dalam inti sel, fungsi dari RNA duta
adalah menyampaikan informasi genetik dalam bentuk kode-kode genetik dalam
inti ke ribosom dan sebagai pola cetakan dalam membentuk polipeptida. RNA
duta ini dibentuk bila diperlukan dan jika tugasnya selesai, maka akan
dihancurkan dalam plasma. b. RNA ribosom (rRNA)
RNA ribosom dibentuk oleh DNA dan terdapat di dalam ribosom. Fungsi
dari RNA ribosom adalah sebagai mesin perakit dalam sintesis protein yang
bergerak ke satu arah sepanjang RNA duta. Di dalam ribosom molekul rRNA ini
mencapai 30-46%.
RNA transfer dibentuk oleh DNA dan terletak di dalam sitoplasma. RNA
transfer berfungsi mengangkut asam-asam amino ke ribosom sesuai dengan kode
yang terdapat dalam RNA duta, serta menerjemahkan kode-kode yang dibawa
oleh RNA duta.
6
polimerase akan mencari bagian DNA yang mempunyai struktur khas suatu
promoter. Struktur khas tersebut berupa ikatan hidrogen molekul DNA.
A. Inisiasi Transkripsi
Gambar 2.1
B. Elongasi Transkripsi
7
Pada proses pemanjangan transkrip ada dua hipotesis yang diajukan
mengenai perubahan topolgi DNA. Hipotesis pertama menyatakan bahwa enzim
RNA polimerase bergerak melingkari untaian DNA sepanjang perjalanannya.
Dengan cara itu maka dapat dihindari terjadinya pelintiran pada struktur DNA,
tetapi untaian RNA hasil transkripsi akan melintir sepanjang untaian DNA.
Gambar 2.2
C. Terminasi Transkripsi
8
a. Terminator yang yang tidak tergantung pada protein rho
Berdasarkan percobaan Peggy Farnham dan Terry Platt, ciri utama proses
ini yaitu:
Gambar 2.3
9
Hanya terjadi pada daerah jeda yang terletak pada jarak tertentu dari
promoter. Dengan demikian jika ada daereh jeda yang terletak pada jarak tertentu
dari promoter, tidak dapat berfungsi sebagai daerah pengakhiran transkipsi.
Terminator yang tergantung pada rho terdiri atas suatu urutan berulang balik yang
dapat membentuk lengkungan loop tetapi tidak ada rangkaian basa T seperti pada
daerah terminator yang tidak melibatkan faktor rho.
Faktor rho diduga ikut terikat pada proses transkrip dan mengikuti
pergerakan RNA polimerase sampai akhirnya RNA polimerase berhenti pada
daerah terminator yaitu sesaat setelah menyintesis lengkungan RNA. Selanjutnya
faktor rho menyebabkan destabilisasi ikatan RNA-DNA sehingga transkrip RNA
terlepas dari cetakan (Yuwono, 2005).
Gambar 2.4
10
Transkripsi Eukariotik bersifat monosistronik yaitu satu transkrip yang
dihasilkan hanya mengkode satu macam produk ekspresi. Pada eukaryot memiliki
3 macam enzim RNA polimerase yaitu RNA polimerase I, RNA polimerase II,
dan RNA polimerase III. Namun hanya RNA polimerase II yang digunakan untuk
sintesis mRNA karena enzim yang lainya hanya mentranskripsikan molekul RNA
yang tidak ditranslasikan menjadi protein.
Gambar 2.5
Diawali dengan promoter suatu gen mencapai titik mulai transkripsi, selain
berguna untuk mengikat RNA polimerase dan mementukan manakah diantara
untai heliks ganda yang digunakan sebagai cetakan. Beberapa bagian tertentu pada
promoter sangat penting untuk pengikatan RNA polimerase, pada eukaryot
sekelompok protein yang disebut faktor transkripsi (transcription factor)
memediasi pengikatan RNA polimerase dan inisiasi transkripsi. Setelah faktor-
faktor transkripsi tertentu melekat ke promoter, RNA polimerase II dapat
berikatan dengan promoter. Keseluruhan kompleks faktor transkripsi dan DNA
polimerase II yang terikat ke promoter disebut kompleks inisiasi transkripsi
(transcription initiation complex).
11
TFIID,TFIIE,TFIIH,TFIIF,TFIIBTFIII, DAN TFIIJ dan RNA polimerase pada
daerah promoter yang akan menempel secara bertahap:
1. TFIID menempel pada kotak TATA dan disusul dengan TFIIA jadi
terbentuk DA.
2. TFIIB menempel
3. Dan disusul TFIIF dengan diikuti penempelan RNA polimerase
4. TFIIE akan menempel diikuti TFIIH dan TFIIJ sehingga terbentuklah
DABPoIFEH
Gambar 2.8
Suatu sekuens DNA promoter yang sangat penting disebut kotak TATA
(TATA box) yang berguna untuk menentukan titik inisiasi transkripsi yang tepat.
Begitu polimerase melekat ke DNA promoter, kedua untai DNA terbuka dan
enzim mulai mentranskripsi untai cetakan. Fosforilasi RNA polymerase II oleh
12
faktor TFIIH menjadi bentuk IIO, menyebabkan terjadi perubahan konformasi
kompleks inisisasi menjadi bentuk yang siap melakukan pemanjangan.
Elongasi ini terjadi akibat aktivitas RNA polimerase dengan dibantu oleh
faktor TFIIS dan TFIIF. Dalam tahapan ini RNA polimerase itu tidak selalu dalam
keadaan yang tetap karna terdapat jeda dan itu disebut pausing site. TFIIS itu
berfungsi untuk mengurangi waktu jeda pada DNA yang panjang dan TFIIF itu
berfungsi untuk mengurangi waktu pada DNA yang acak. Proses pemanjangan ini
akan berjalan sampai RNA polimerase mencapai daerah terminasi. Saat RNA
bergerak disepanjang DNA, pilinan ganda DNA terbuka secara berurutan. Enzim
RNA polimerase menambahkan nukleotida dari molekul RNA yang sedang
tumbuh disepanjang rantai DNA. Setelah sintesis RNA selesai, rantai DNA
terbentuk kembali dan molekul RNA baru terlepas dari cetakannya.
Gambar 2.9
C. Terminasi Transkripsi
13
2.2 Pematangan mRNA
Pada prokaryot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir
bersamaan. Pada prokaryot, sebelum proses transkripsi selesai, proses translasi
sudah siap dilakukan. Ini dapat terjadi karena prokaryot tidak memiliki membran
yang memisahkan nukleus dan sitoplasma sehingga proses transkripsi dan proses
translasi terjadi pada satu ruang sama. Sedangkan pada eukaryot, proses
transkripsi berlangsung sebelum proses translasi. Proses transkripsi berlangsung
pada nukleus sedangkan proses translasi terjadi pada sitoplasma. Perbedaan waktu
dan tempat antara proses transkripsi dan proses translasi menyebabkan adanya
jeda waktu. Jeda waktu inilah yang disebut sebagai fase pasca-transkripsi.
(Triwibowo Yuwono, hlm 187)
Proses pasca transkripsi pada eukaryot terdiri dari beberapa proses, antara
lain pemotongan dan penyambungan RNA (RNA splicing); poliadenilasi
(penambahan gugus poli-A pada ujung 3’ mRNA); penambahan tudung (cap)
pada ujung 5’ mRNA; penyuntingan mRNA. (Triwibowo Yuwono, hlm 187)
Proses pasca transkripsi pada eukaryot terdiri dari beberapa proses, antara
lain pemotongan dan penyambungan RNA (RNA splicing); poliadenilasi
(penambahan gugus poli-A pada ujung 3’ mRNA); penambahan tudung (cap)
pada ujung 5’ mRNA; penyuntingan mRNA. (Triwibowo Yuwono, hlm 187)
14
Penambahan tudung pada mRNA berfungsi untuk melindungi mRNA dari
degradasi, meningkatkan efisiensi translasi mRNA, meningkatkan pengangkutan
mRNA dari nukleus ke sitoplasma, dan meningkatkan efisiensi proses
splicingmRNA. (Triwibowo Yuwono, hlm 194)
Gambar 2.11
15
2.2.3 Pemotongan dan penyambungan RNA (Splicing)
Pada awalnya, gen yang terdiri atas ekson dan intron ditranskripsi
menghasilkan pre-mRNA (transkrip primer) karena masih mengandung sekuens
intron. Pada tahap selanjutnya intron akan dipotong dari pre-mRNA dan ekson-
ekson yang ada selanjutnya disambung menjadi mRNA yang ‘matang’ (mature
mRNA). Proses pemotongan intron dan penyambungan kembali ekson-ekson
disebut sebagai proses penyambungan mRNA (RNA splicing). (Triwibowo
Yuwono, hlm 188). Dalam proses pemotongan intron ada enzim yang terlibat
dalam proses ini, yaitu enzim helikase. Transkrip mRNA yang sudah matang
inilah yang selanjutnya akan ditranslasi. Ekson adalah kodon pada RNA yang
akan dikode pada saat translasi sedangkan intron adalah kodon yang tidak akan
dikode pada saat translasi karena bila intron ikut ditranslasi kemungkinan akan
menghasilkan protein yang tidak fungsional. Intron yang telah dipotong dari rantai
pre-mRNA akan tetap berada di nukleus untuk membentuk rantai mRNA baru.
Gambar 2.12
16
2.2.4 Penyuntingan mRNA
Gambar 2.13
17
2.3 Translasi
Tranlasi adalah proses sintesis polipeptida spesifik berdasarkan sandi
genetik pada mRNA. Proses ini adalah bagian kedua dari tahapan biosintesis
protein setelah proses transkripsi. Translasi melibatkan ribosom sebagai tempat
penggabungan asam-asam amino menjadi polipeptida dan tRNA sebagai
pembawa asam amino ke ribosom dan penerjemah sandi genetika mRNA.
Antibiotika dapat menghambat atau menghentikan proses translasi pada
biosintesis protein, contohnya:
• Antibiotika anisomycin, cycloheximide, chloramphenicol, antetracycline.
Translasi sangat berhubungan dengan proses transkripsi, karena kedua
tahap tersebut merupakan tahap dalam sintesis protein dalam sel.
Tahapan translasi pada prokariot, proses translasi berlangsung melalui tiga
tahapan utama, yaitu:
1. Inisiasi
2. Elongasi (pemanjangan)
3. Terminasi
2.3.1 Inisiasi
Pertama, subunit ribosom kecil mengikat diri pada mRNA. Pada mRNA
terdapat AUG yang memberikan sinyal dimulainya proses translasi. Ketika
kodon AUG terbaca ribosom, tRNA yang membawa antikodon UAC dan
asam amino metionin datang ke celah ribosom dan mengikatkan diri pada
ribosom. Penyatuan mRNA, tRNA, dan ribosom membutuhkan protein yang
disebut faktor inisiasi.
18
Gambar 2.14
2.3.2 Elongasi
Tahap pengaktifan asam amino terjadi kodon demi kodon sehingga
dihasilkan asam amino satu demi satu. Asam-asam amino yang telah
diaktifkan oleh kerja tRNA sebelumnya, dihubungkan melalui ikatan
peptida membentuk polipeptida pada ujung tRNA pembawa asam amin.
Misalnya, tRNA membawa asam amino fenilalanin, maka antikodon
berupa AAA kemudian berhubungan dengan kodon mRNA UUU.
Fenilalanin tersebut dihubungkan dengan etionin membentuk peptida.
Melalui proses elongasi, rantai polipeptida yang sedang tubuh tersebut
semakin panjang akibat penambahan asam amino.
19
Gambar 2.15
2.3.3 Terminasi
Proses translasi berhenti setelah antikodon yang dibawa tRNA bertemu dengan
kodon UAA, UAG, atau UGA. Dengan demikian, rantai polipeptida yang telah
terbentuk akan dilepaskan dari ribosom dan diolah membentuk protein
fungsional.
20
Perbedaan translasi pada prokariot dan eukariot
Eukariot Prokariot
proses transkripsi dan translasi tak dapat terjadi proses transkripsi dan translasi dapat terjadi
bersamaan bersamaan
berpisah dengan cepat dari mRNA ketika berpisah lebih lambat dari mRNA ketika
penerjemahan berakhir. penerjemahan berakhir
21
BAB III
KESIMPULAN
3.1 Kesimpulan
Transkripsi adalah proses dimana DNA mensintesis RNA oleh rantai sensenya.
Melalui serangkain proses yaitu inisiasi, elongasi dan terminasi yang dibantu oleh enzim
RNA polimerase dengan hasil akhir berupa rantai mRNA.
Pematangan mRNA berlangsung dalam beberapa proses. Proses tersebut antara
lain, penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ , poliadenilasi pada ujung 3’ , pemotongan
dan penyambungan mRNA, dan penyuntingan mRNA.
Translasi adalah proses mentraslasikan pesan mRNA menjadi prptein
menggunakan tRNA. mRNA yang sudah matang akan menuju sitoplasma dan melekat
pada ribosom. Pada ribosom inilah terbentuk rantai polipeptida yang melalui tiga tahapan
identik dengan transkripsi yakni, inisiasi, elongasi, dan terminasi.
22
DAFTAR PUSTAKA
http://www.slideshare.net/mobile/sumayyahnidaazizah/kel-3-perbedaan-transkripsi-dan-
translasi-pada-prokariot-dan-eukariot, diakses pada tanggal 24 November 2014
pukul 14.49 WIB
23