Terjemahan

Kelompok 1

PENDAHULUAN

BakterisepertiEscheriscia coli terpaparberbagaikondisilingkungan. Sebagaicontoh,

sel-sel E colimenghadapikondisipertumbuhan yang
berubahdengancepatketikamerekaberpindahdarisaluranususmamaliakesistemsaluranpembuan
gan, kesungai-sungai yang tercemar, kolamakes, dan sebagainya. Masing-
masingjalurevolusiiniakanmenyediakanmolekulorgrnic yang
berbedauntukdigunakansebagaisumberenergi. Dengandemikian,
tampaknyacukupmasukakaluntukmengasumsikan.
Bahwaseleksialamakanmelindungiorganisme-organisme yang telahmengembangkancara-
caraberadaptasidenganberbagaikondisilingkungan yang dihadapiselamaevolusi. Hal
inimenunjukkanbahwasebagianbesarprokariotaseperti E. coli
luarbiasauntukberadaptasidenganberbagaikondisilingkungan.

Sampaitaraftertentu, kemampuanberadaptasibakteri dan prokariota lain bergantung

pada kemampuanmerekauntuk "menghidupkan" dan "mematikan" ekspresi set gen
tertentusebagairesponsterhadaptuntutanspesifikdarilingkungan. Dengan kata lain,
organismeinimenunjukkankemampuan yang mencolokuntukmengaturekspresi gen
tertentusebagairesponsterhadapsinyallingkungan. Ekspresi gen tertentu "dihidupkan" ketika,
produk-produk gen inidiperlukanuntukpertumbuhandalamlingkungantertentu. Ekspresigen
mereka "dimatikan" ketikaprodukmerekatidaklagidiperlukanuntukpertumbuhan di lingkungan
yang ada. Jelas, kemampuansuatuorganismeuntukmengaturekspresi gen
dengancarainiakanmeningkatkan "kebugaran" secarakeseluruhan
(kemampuannyauntuktumbuh dan meninggalkanketurunan di
bawahberbagaikondisilingkungan). Sintesistranskrip gen dan
produkterjemahanmembutuhkanenergi yang cukupbesar. Dengan "mematikan" ekspresi gen
ketikaprodukmerekatidakdiperlukan, suatuorganismedapatmenghindaripemborosanenergi dan
dapatmemanfaatkanenergiuntukmensintesisproduk yang memaksimalkantingkatpertumbuhan
di lingkungan yang ada. Lalu, bagaimanamekanisme yang
digunakanorganismeiniuntukmengaturekspresi gen
sebagairesponsterhadapperubahanlingkungan? Apakahadamekanismetunggal yang
mengaturekspresi gen atau set gen yang berbeda? Atauapakah gen yang berbedadikendalikan
oleh mekanisme yang berbeda?

Gen-gen tertentu, misalnya, gen-gen yang menentukan RNA ribosom, protein

ribosom, dan transfer RNA, dapatdiekspresikan pada suatuwaktu di
hampirsemuaseltanpamemandangkondisilingkungan. Produk-produk gen
inidiperlukanuntukpertumbuhansemuasel di semuakondisilingkungan. Namun,
produkdaribanyak gen lain diperlukan,untukpertumbuhanhanya di lingkungantertentu, dan
produkekspresi gen inidiatursedemikianrupasehinggaprodukdisintesishanyaketikadibutuhkan.
Akibatnya, ekspresi gen-gen initerus-menerus "dihidupkan" dan "dimatikan"
sebagairesponsterhadapperubahanlingkungan.

Ekspresi gen dapatdiatur pada beberapatingkat yang berbeda, misalnya, transkripsi,

pemrosesan mRNA, pergantian mRNA, terjemahan, dan fungsienzim. Namun, data
secaraumummenunjukkanbahwaregulasitranskripsiadalah mode paling
pentingdarikontrolekspresi gen,pada prokariota.
Tidakberartibahwaregulasiinitidakdapatterjadipada yang lain. Pengaturan fine-tuning pada
level translasijelaspentingdalamkontrolkeseluruhan proses metabolisme pada
organismehidup. Namun, mekanismepengaturandenganefekterbesarfenotipetelahterbuktipada
tingkattranskripsi.

Berdasarkantentangpengaturantranskripsi pada prokariota dan eukariota,

berbagaimekanismepengaturanterbagidalamduakategoriumum.
Kategoripertamaadalahmencakupmekanisme yang terlibatdalampengaktifan yang cepat dan
mematikanekspresi gen sebagairesponsterhadapperubahanlingkungan.
Mekanismepengaturanjenisinisangatpentingdalammikroorganismekarenaseringnyapaparanor
ganismeiniterhadapperubahantiba-tiba di lingkungan.
Mekanismeinimenyediakanmikroorganismedengan "plastisitas,"
kemampuanuntukdengancepatmenyesuaikan proses
metabolismemerekauntukmencapaipertumbuhanmaksimal dan reproduksi di
bawahkondisilingkungan yang sangatbervariasi. Responinitampaknyakurangpenting pada
eukariota yang lebihtinggikarenasistemsirkulasieukariot yang lebihtinggi

Kategorikeduaadalahsirkuitterprogramdariekspresigennya. Dalamkasusini,
beberapakejadian (sepertiinfeksi oleh virus) memicuekspresisatu set gen. Produkdarisatu
(ataulebih) gen iniberfungsidenganmematikantranskripsi set gen pertama dan /
ataumenghidupkantranskripsi set gen kedua. Pada gilirannya, satuataulebihprodukdari set
keduabekerjadenganmenyalakan set ketiga, dan seterusnya. Dalamkasusini,
ekspresisekuensial gen diprogramsecaragenetik, dan gen biasanyatidakdapatdihidupkan di
luarurutan. Urutanekspresi gen yang diprogramsebelumnyadalaminfeksi virus
telahtersusunsistematik. Dalamsebagianbesarurutan yang telahterprogramini,
tampaknyasirkuitnyaberbentuksiklus. Sebagaicontoh. dalaminfeksi virus beberapaperistiwa
yang terkaitdenganpengemasan DNA atau RNA virus di dalamlapisanprotein
entahbagaimanatampaknyamengaturulang program sehingga set gen
pertamaakankembalidiekspresikanketika virus keturunankemudianmenginfeksiselinang lain

Kelompok 2

INDUKSI DAN REPRESI DALAM PROKARYOT

Produk-produk gen tertentu, sepertimolekultRNA, molekulrRNA, protein ribosom,

komponen RNA polimerase (polipeptida), danenzim lain yang mengkatalisis proses
metabolisme yang seringdisebutsebagaifungsi "rumahtangga" seluler,
merupakankomponenpentingdarihampirsemuaselhidup. Gen yang
menentukanprodukjenisiniterusdiekspresikan di sebagianbesar sel. Gen
semacamitudikatakandiekspresikansecarakonstitutifdanseringdisebutsebagai gen konstitutif.

Produk-gen
laindiperlukanuntukpertumbuhanselhanyadalamkondisilingkungantertentu.
Sintesiskonstitutifdariproduk-gen semacamitujelasakanboros, menggunakanenergi yang
seharusnyadapatdigunakanuntukpertumbuhandanreproduksi yang lebihcepat di
bawahkondisilingkungan yang ada. Evolusimekanismepengaturan yang
akanmenyediakansintesisproduk gen sepertiituhanya 'kapandan di
manamerekadibutuhkanakanjelasmemberikanorganisme yang
memilikimekanismepengaturaninidengankeuntunganselektifatasorganisme yang
tidakmemilikimekanismeini. Initidakdiragukanlagimenjelaskanmengapasaatiniorganisme
yang ada, termasukbakteridan virus "primitif", menunjukkanmekanisme yang
sangatmajudansangatefisienuntukmengendalikanekspresi gen.

Escherichia colidansebagianbesarbakteri lain

mamputumbuhmenggunakansalahsatudaribeberapakarbohidrat (mis.,Glukosa, sukrosa,
galaktosa, arabinosa, laktosa) sebagaisumberenergi. Jikaglukosaada di lingkungan,
ituakanistimewadimetabolismeolehsel E. coli. Dengantidakadanyaglukosa, bagaimanapun,
sel-sel E. coli dapattumbuhsangatbaikpadakarbohidrat lain. Sel-sel yang tumbuhdalam
medium yang mengandunggulalaktosa, misalnya,
ketikasumberkarbontunggalmensintesisduaenzim, β-galacosidasedan β-
galaktosidamengijinkan, yang secaraunikdiperlukanuntukkatabolismelaktosa.(Enzimketiga,
β-galactosidetransacetylase, jugadisintesis.Namun, tidakmemilikifungsimetabolisme yang
diketahui.)β-galactosidasememecahlaktosamenjadiglukosadangalaktosa, dan β-
galactosidepermeasememompa β-galaktosidakedalam sel. Tidaksatu pun darienzimini yang
bergunauntuksel E. coli bilaada di lingkungan yang
tidakmengandunglaktosa.Sinkronisasikeduaenzimini, tentusaja,
membutuhkanpemanfaatanenergi yang cukupbesar (dalambentuk ATP dan GTP; lihat Bab
10).Dengandemikian, sel-sel E coli
telahmengembangkanmekanismepengaturandimanasintesisenzimkatabolisasilaktosainidihidu
pkandengankeberadaanlaktosadandimatikanjikatidakada.

Dalamlingkunganalami (saluranususdanselokan), sel-sel E coli

mungkinmengalamiketiadaanglukosadankeberadaanlaktosarelatifjarang.Karenanya,
sebagianbesarwaktu, gen E coli yang mengkodeenzim yang
terlibatdalampemanfaatanlaktosaseringdiekspresikan. Jikasel-sel yang
tumbuhpadakarbohidratsatudaripadalaktosaditransferke media yang
mengandunglaktosasebagaisatu-satunyasumberkarbon,
merekadengancepatmulaimensintesisenzim yang diperlukanuntukpemanfaatanlaktosa (Gbr.
14.1a). Proses ini, yang dengannyaekspresi gen dihidupkansebagairesponsterhadapsuatuzat
di lingkungan, disebutinduksi. gen yang ekspresinyasangatdiaturdisebut gen yang
dapatdiinduksi; produkmereka, jikaenzim, disebutenzimdiinduksi. substansiataumolekul
yang bertanggungjawabuntukinduksidikenalsebagaipenginduksi.

Enzim yang terlibatdalamjalurkatabolik (degradatif),

sepertidalampemanfaatanlaktosa, galaktosa, atauarabinosa, secarakhasdapatdiinduksi.Seperti
yang akanterlihatpadabagian-bagianberikutdaribabini, induksiterjadipadatingkattranskripsi.
Inimengubahtingkatsintesisenzim, bukanaktivitasmolekulenzim yang
ada.Induksitidakbolehdisamakandenganaktivasienzim, di
manapengikatanmolekulkecilkeenzimmeningkatkanaktivitasenzim
(tetapitidakmempengaruhilajusintesisnya)

Bakterimemilikikapasitasmetabolismeuntukmensintesissebagianbesarenzim.molekulo
rganik (sepertiasam amino, purin, dan vitamin) diperlukanuntukpertumbuhannya. Misalnya,
E. coli memilikilima gen yang mengkodeenzim yang diperlukandalamsintesistriptofan.
Kelima gen iniharusdiekspresikandalamsel-sel E. coli yang
membesardalamlingkungantanpatriptofanuntukmenyediakanjumlah yang cukupdariasam
amino iniuntuksintesis protein yang sedangberlangsung.

Ketikasel-selE.colihadir di lingkungan yang mengandungkonsentrasi tryptophan yang

cukupuntukmendukungpertumbuhan yang optimal,
sintesislanjutandarienzimbiosintetiktriptofanakanmenjadipemborosanenergi,
karenabakteriinimemilikikapasitasuntukmengambiltriptofaneksternal. Dengandemikian,
suatumekanismepengaturantelahberevolusidalam E. coli
dimanasintesisdarienzimbiosintetiktriptofandimatikanketikatriptofanhadir di
lingkunganeksternal (Gambar 14.1b). Proses "mematikan" ekspresi set gen inidisebutrepresi.
Gen yang ekspresinyadimatikandengancarainidikatakanditekan;
ketikaekspresinyadihidupkan, gen jenisinidikatakanmengalamipenurunantekanan.Enzim yang
merupakankomponenjaluranabolik (bio-sintetis) seringmengalamirepresi
(dapatditekan).Represi, sepertiinduksi,
terjadipadatingkattranskripsi.Represitidakbolehdisamakandenganpenghambatanumpanbalik,
di
manapengikatanprodukakhirdenganenzimpertamadalamjalurbiosintetikmenghambataktivitase
nzim (tetapitidakmempengaruhisintesisnya).

Gambar 14.1 Induksi (a) danrepresi (b) sintesisenzimpadabakteri.

Induksiadalahkarakteristikjalurkatabolik (degradatif); represiadalahkarakteristikjaluranabolik
(biosintesis). (a) Induksisintesisenzim yang
diperlukanuntukpemanfaatangulalaktosasebagaisumberenergidalam E coli diilustrasikan.
Dengantidakadanyalaktosa di lingkungan, sel-
selE.colihanyamensintesissejumlahkecillaktosamenggunakanenzim.Ketikasel-
seltersebutditransferkelingkungan yang mengandunglaktosasebagaisatu-
satunyasumberkarbon (terjadipadawaktu yang
ditunjukkanolehpanahberlabellaktosaditambahkan), sintesisenzim yang
diperlukanuntukkatabolismelaktosadiinduksidengancepat (dihidupkan). (B)
Represisintesisenzim yang diperlukanuntukbiosintesistriptofan di E. coli diilustrasikan.
Ketikatriptofantidakada di lingkungan, selE.colimensintesisenzim yang
diperlukanuntukbiosintesistriptofan.Jikatriptofanditambahkankelingkungansel-seltersebut
(misalnya, padawaktu yang ditunjukkanolehpanahberlabeltriptofbanditambahkan),
sintesisenzimbiosintetiktriptofandengancepatditekan (dimatikan).Kinetika yang
ditampilkanhanyaperkiraan.

Kelompok 3

MODEL OPERON

Induksi dan represi ekspresi gen dapat dilakukan dengan mekanisme yang sama.
Mekanisme ini pertama kali dijelaskan secara akurat pada tahun 1961 ketika F. Jacob dan J.
Monod, keduanya penerima Hadiah Nobel 1965, mengusulkan model operon untuk
menjelaskan regulasi gen yang mengkode enzim yang diperlukan untuk pemanfaatan laktosa
pada E. coli. Jacob dan Monod mengusulkan bahwa transkripsi satu atau satu set gen
struktural yang bersebelahan (gen yang mengkode poli peptida) diatur oleh dua elemen
pengontrol (Gambar 14.2a). Salah satu elemen ini, yang disebut gen regiula tor (atau gen
penekan), kode untuk protein yang disebut penekan, di bawah kondisi yang sesuai, penekan
mengikat elemen kedua, operator (atau urutan operator). Operator selalu terletak berdekatan
dengan gen struktural atau gen yang ekspresi yang diaturnya. Jika represor terikat pada
operator, transkripsi gen struktural tidak dapat terjadi. Kita sekarang tahu bahwa ini terjadi
karena pengikatan represor ke operator secara sterik mencegah pengikatan RNA polimerase
di situs pro moter (situs pengikatan RNA polimerase; lihat Bab 10), yang selalu terletak
berdekatan dengan (atau bahkan tumpang tindih) dengan urutan operator. Operator biasanya
terletak di antara promoter dan gen struktural (Gbr. 14.2a). (Promotor tidak diakui pada saat
proposal Jacob dan Monod, tetapi sejak itu telah terbukti menjadi komponen penting dari
sebuah operon.) Unit yang bersebelahan lengkap, termasuk gen struktural atau gen, operator,
dan promotor , disebut operon.

Apakah represor akan mengikat operator dan mematikan transkripsi gen struktural
dalam operon ditentukan oleh ada atau tidak adanya molekul efektor (molekul kecil seperti
asam amino dan gula) di lingkungan. Dalam kasus operon yang diinduksi, molekul efektor
ini disebut penginduksi. Mereka yang aktif pada operon yang dapat ditekan disebut co-
repressors. Molekul efektor ini (in-ducer dan co-repressors) bertindak dengan mengikat (atau
membentuk kompleks dengan) repressors.

Satu-satunya perbedaan mendasar antara operon yang dapat diinduksi dan operon
yang dapat ditekan adalah apakah kompleks represor telanjang atau kompleks molekul
efektor-efektif aktif dalam pengikatan pada operator. (1) Dalam kasus operon yang
diinduksi, represor bebas mengikat operator, mematikan transkripsi (Gbr. 14.2b). Ketika
molekul efektor (induser) hadir, ia berikatan dengan represor, melepaskan represor dari
operator, yaitu, kompleks induser-induktor tidak dapat mengikat ke operator. Dengan
demikian, penambahan induser menghidupkan atau menginduksi transkripsi gen struktural
dalam operon (Gbr. 14.2b). (2) Dalam kasus operon yang menekan, situasinya terbalik.
Represor bebas tidak dapat mengikat operator. Hanya kompleks molekul penekan-efektor
(ko-represor) yang aktif dalam pengikatan ke operator (Gbr. 14.2c). Dengan demikian,
transkripsi gen struktural dalam operon yang dapat ditekan dihidupkan tanpa adanya dan
dimatikan dengan adanya molekul efektor (co-repressor). Kecuali untuk perbedaan ini dalam
perilaku operator yang mengikat pada represor, operon yang dapat diinduksi dan ditekan
dapat dibandingkan.

Transkrip MRNA tunggal membawa informasi pengkodean seluruh operon. Dengan

demikian, MRNAS operasi yang terdiri dari lebih dari satu gen struktural bersifat poligenik.
Sebagai contoh, mRNA operan tryptophan dari E. coli adalah makromolekul besar yang
membawa sekuens pengkodean yang menentukan lima polipeptida yang berbeda (lihat
Gambar 14.5). Karena transkripsi mereka, semua gen struktural dalam operon diekspresikan
secara terkoordinasi.

Karena produk dari gen pengatur, penekan, bertindak dengan mematikan transkripsi
gen struktural, model operon, seperti yang semula diusulkan oleh Jacob dan Monod, disebut
sebagai sistem kontrol negatif. Dalam sistem kontrol positif, produk-produk gen regulator
diharuskan untuk mengaktifkan transkripsi. kita akan membahas contoh mecganisme kontrol
positif nanti dalam bab ini.

Gambar 14.2

Model operon untuk regulasi ekspresi gen. (a) Diagram yang menunjukkan
komponen-komponen penting dari regulasi yang ditentukan oleh model operon. Operon
terdiri dari satu atau lebih gen struktural (tiga-SGI, SG2, dan SG3-ditampilkan secara
sewenang-wenang) dan urutan operator dan urutan promoier. Promerc untuk operon (PO)
adalah situs di mana RNA polimerase harus mengikat untuk memulai transkripsi dari gen
struktural Operator (O) adalah situs di mana penekan protein-produk dari gen pengatur (atau
gen penekan) - mengikat Gen regulator tidak perlu terkait erat dengan operon; pada
kenyataannya, ia dapat ditempatkan pada posisi apa pun dalam genom. Penjelasan ulang gen
regulator dimulai oleh RNA polimerase, yang berikatan dengan promotornya (berlabel PR,
untuk promotor gen regulator) Ketika represor terikat pada operator, secara sterik mencegah
RNA polimerase dari pengikatan ke promotor yang berdampingan (PO) dan dari memulai
transkripsi gen struktural. Apakah represor berikatan dengan operator atau tidak tergantung
pada ada atau tidaknya metabolit yang disebut molekul efektor (b) Mode regula ton ekspresi
gen untuk operasi yang diinduksi. Pioduct dari gen regulator (R), represor, di tidak adanya
molekul efektor (disebut inducer, untuk operasi yang diinduksi), mengikat operator,
mencegah RNA pulyrherase dari mengikat ke promotor untuk operon (PO). Tus, transkripsi
gen struktural tidak dapat terjadi. Ketika induser ditambahkan, ia berikatan dengan represor,
menyebabkannya dilepaskan dari operator (0). Thi, pada gilirannya, memungkinkan RNA
polimerase untuk berikatan dengan promotor (PO) dan memulai transisi gen struktural.
Multigeno mRNA yang dihasilkan dengan cepat ditransformasi oleh ribosoni, menghasilkan
tiga produk polipeptida dari gerie struktural. (c) Masalah pengaturan ekspresi gen untuk
operasi repressille. Dalam hal ini, represor hanya dapat berikatan dengan operator dengan
adanya molekul efektor (disebut co-represor untuk operon yang dapat ditekan). Dalam
ketidakhadirannya, operator bebas e memungkinkan RNA polimerase moter (PO) dan untuk
memulai transkripsi gen struktural. Ketika co-repressor ditambahkan, ia membentuk
con.plex dengan repressor. Repressor-co-repressor ini menghubungkan ke operator (O). Ini,
polimerase dari pengikatan pada PO dan menyalin tiga gen struktural. untuk mengikat pro
adjoiu pada gilirannya, mencegah RNA.

Model Operon untuk regulasi ekspresi gen

(a)
(a)

(b) (c)
Kelompok 4

Trp, a Repressible Operon

Operon trp (tryptophan) dari E coli kemungkinanadalah operon yang paling

dapatdirepresi. Kumpulandarilima gen strukturaldansekuens yang berdekatandari operon trp
(Gbr. 145) telahdianalisissecararincioleh Charles Yanofskydanrekannya.
Regulasitranskripsitrpterjadiseperti yang ditunjukkanpadaGambar 14.2c. Represor operon
trpadalahprodukdari gen trpR, yang tidakterkaiteratdengan operon trp (Gbr. 14.5).

Dengantidakadanyatriptofan (co-represor), RNA

polyneraseberikatandengandaerahpromotordanmentranskripsikan gen struktural operon.
Kehadirantriptofan, kompleks co-repressor / repressorkompleksmengikatkedaerah
operatordanmencegahpengikatan RNA polimerasekepromotor. Urutan operator dari operon
trpterletak di dalamdaerahpromotor (Gbr. 14.5).

Lajutranskripsitrpdalamkeadaanderepresi (tidakadanyatriptofan) adalah 70 kali laju

yang terjadidalamkeadaanrepresi (adanyatriptofan). PadamutantrpR yang
tidakdapatdirepresi, lajusintesisenzimbiosintetiktriptofan (produk-produkdari gen
strukturaldari operontrp) masihberkurangsekitar 10 kali
lipatdenganpenambahantriptofankeperantara.
Penguranganinidisebabkanolehtingkatkeduaregulasiekspresioperon trpyang
disebutatenuasi.AtenuasiterjadiolehtranskripsiterminasitrpL(dipimpinolehmRNA)
daridaerahoperon.
Figure 14.5 Kumpulan tryptophan (trp) E., coli. (The Salmonella
typbimuriumoperontrppadadasarnyaidentik.) Operon mengandunglima gen struktural yang
menyandikanenzim yang terlibatdalambiosintesistriptofanseperti yang ditunjukkan di bawah.
Gen trpR, yang menyandikantrprepresor, tidakterkaitdengan operon trp (atas). Operator (o)
daerahtrpterletak di dalamdaerahpromotorutama (p1). Ada jugapromotor yang lemah (P2), di
operator-distal berakhir di gen trpD, yang menghasilkanpeningkatantranskripsikonstitutif gen
trpC, gen B dangen A. Ada duaurutanterminasitranskripsi(t dan t') daritrpa.
DaerahtrpLmenentukanurutan RNA sepanjang 162-nukleotida; yangberisi attenuator (a)
daerah yang meningkatkankontroltingkatkeduadariekspresi operon trp (lihathal. 403-406).
Promotor P1 memanjangsekitar 18 pasangannukleotidamenjaditrpL. Panjang gen ataudaerah
yang diberikanpasangannukleotida; jarakintergenikdiberikanberpasangannukleotida di
bawahurutan gen. Singkatan yang digunakanadalah: PRA = fosfor. bosylanthranilate;
CDRP = karboksifenilamino-deoksiribuiosafosfat; InGP = indole-gliserolfosfat.

Kelompok 5

trp, a represible operon

Operon trp (tryptophan) dari E. coli mungkin adalahoperon tertekan paling terkenal.
Organisasi dari lima gen struktural dan peraturan yang berdekatan urutan operon trp (Gbr.
14.5) telah dianalisis secara rinci oleh Charles Yanofsky dan rekannya. Pengaturan
transkripsi operasi trp Terjadi seperti yang ditunjukkan pada Gambar 14.2c. Operon trp
represor adalah produk dari gen trpR, yang tidak terkait erat dengan operon trp (Gbr. 14.5).

Dengan tidak adanya triptofan (co-represor), RNA polyrnerase berikatan dengan

daerah promotor dan mentranskripsikan gen struktural operon. Dalam adanya triptofan, ko-
represor / represor mengikat kompleks ke wilayah operator dan mencegah pengikatan RNA
polimerase ke promotor. Itu urutan operator dari operon trp terletak sepenuhnya dalam
wilayah promotor (Gbr. 14.5).

Tingkat transkripsi operasi trp di keadaan derepresi (tidak adanya triptofan) adalah 70
kali tingkat yang terjadi dalam keadaan tertekan (keberadaan triptofan). Pada mutan trpR
yang tidak dapat membuat penekan, laju sintesis enzim biosintetik triptofan (produk-produk
dari gen struktural dari oper trp) masih berkurang sekitar 10 kali lipat dengan penambahan
triptofan ke medium. Pengurangan ini disebabkan oleh tingkat kedua regulasi ekspresi trp
operon yang disebut atenuasi. Atenuasi terjadi dengan terminasi transkripsi yang dimediasi
tryptophan di trpL (pemimpin mRNA) dari operon.

Keterangan Gambar 14.5 Organisasi operasi tryptophan (trp) dari E.coli. (The
Salmonella ypbimurium trp operon adalah pada dasarnya identik.) Operon berisi lima gen
suructural yang mengkodekan enzim yang terlibat dalam biosintesisatau tryptophan seperti
yang ditunjukkan di bagian bawah. Gen trpR, yang menyandikan trp represor, tidak terkait
erat dengan trpoperon (atas). Operator (o) wilayah ot, trp operon sepenuhnya berada dalam
wilayah promotor utama (P). Adajuga promotor yang lemah (P2), pada ujung operator-distal
gen trpD, yang menghasilkan tingkat basal yang agak meningkat.transkripsi konstitutif dari
gen trpC, B dan A. Ada dua urutan terminasi transkripsi (t dan t ') ke bawah strenin dari trp
A.Wilayah trpL menentukan urutan pemimpin mRNA 162-nukleoida-panjang; itu berisi
attenuator (a) wilayah yang memberikan kontrol tingkat kedua dari ekspedisi trp operon (ste.
403-406). Promotor P1 sebenarnyameluas sekitar 18 pasang nukleotida menjadi trpL.
Panjangnya masing-masing gen atau regio diberikan dalam pasangan nucleoude; jarak antar-
gen diberikan dalam pasangan nukleotida di bawah genurutan. Singkatan yang digunakan
adalah: PRA = fosfor. bosyi anthranilate; CDRP = carboxyphenylamino-deoxyrib-ulose
phosphore; InGP = indole-gliserol fosfat. (Berdasarkan data yang disaksikan oleh C.
Yanofsky, Nature 289: 751-758, 1981, dan oleh T. Plat, Sel 24: 10-23, 1981.)

Kontrol Positif dari Oper lac oleh CAP dan Cyclic AMP

Model operon diusulkan oleh Jacob dan Monod untuk menjelaskan induksi biosintesis
enzim terlibat dalam pemanfaatan laktosa ketika gula ini ditambahkan ke media di mana sel-
sel E.coli tumbuh.Kehadiran glukosa, bagaimanapun, sudah lama telah dikenal untuk
mencegah induksi operon lac, serta operon lain yang mengendalikan enzimterlibat dalam
katabolisme karbohidrat (mis. operon arabinosa dan galaktosa). Fenomena ini,disebut
represikatabolit (atau efek glukosa), tampaknya telah berevolusi untuk memastikan bahwa
glukosa dimetabolisme saat ini, lebih disukai daripada sumber energi lain yang kurang
efisien.Represi katabolit dari operon lac sekarang diketahui dimediasi melalui kontrol positif
transkripsi oleh protein regulator yang disebut CAP (untuk Catabolite Activator Protein) dan
molekul efektor kecil yang disebut AMP siklik (adenosir.e-3 ', 5'-fosfat; Gambar 14.6). (CAP
juga kadang-kadang disebut protein reseptor AMP siklik.) Seperti yang disebutkan
sebelumnya, promotor lac mengandung dua situs pengikatan yang terpisah: (1) satu untuk
RNA polimerase dan (2) satu untuk kompleks CAP-CAMP (Gambar 14.7; AMP siklik
disingkat cAMP).
 Represi katabolit dari operon lac sekarang diketahui dimediasi melalui kontrol positif
transkripsi oleh protein regulator yang disebut CAP (untuk Catabolite Activator Protein) dan
molekul efektor kecil yang disebut AMP siklik (adenosir.e-3 ', 5'-fosfat; Gambar 14.6). (CAP
juga kadang-kadang disebut protein reseptor AMP siklik.) Seperti yang disebutkan
sebelumnya, promotor lac mengandung dua situs pengikatan yang terpisah: (1) satu untuk
RNA polimerase dan (2) satu untuk kompleks CAP-CAMP (Gambar 14.7; AMP siklik
disingkat cAMP).

Kompleks CAP-CAMP harus terikat padanya situs mengikat, di promotor lac agar
Operon diinduksi. Kompleks CAP-CAMP demikian memberikan kontrol positif atas
transkripsi lac operon. Ini memiliki efek yang persis berlawanan dari mengikat represor ke
operator. Meskipun mekanisme yang tepat di mana CAP-CAMP menstimulasi pengikatan
RNA polimerase ke promotor masih belum pasti, kontrol positif transkripsi lac operon secara
tegas ditetapkan oleh eksperimen in vivo dan in vitro.

CAP dikenal berfungsi sebagai dimer; dengan demikian, seperti lac represor, bersifat
multimerik dalam kondisi fungsionalnya. Hanya kompleks CAP-CAMP yang berikatan
dengan promotor lac; dengan tidak adanya cAMP, CAP tidak mengikat. Oleh karena itu
CAMP bertindak sebagai molekul efektor, menentukanefek CAP pada transkripsi operasi lac.
Itu konsentrasi cAMP intraseluler sensitif terhadap ada atau tidaknya glukosa. Konsentrasi
tinggiglukosa menyebabkan penurunan tajam pada intraselule konsentrasi CAMP.
Bagaimana glukosa mengontrol konsentrasi CAMP tidak jelas. Mungkin glukosa, atau
beberapa metabolit yang terbentuk di hadapan konsentrasi glukosa yang cukup, menghambat
aktivitasadenylcyclase, enzim yang mengkatalisis pembentukan CAMP dari ATP. Apapun
mekanismenya, itu kehadiran glukosa menyebabkan penurunan konsentrasi cAMP
intraseluler. Dengan tidak adanya (atau di hadapan konsentrasi rendah) cAMP, CAPtidak
dapat mengikat promotor lac operon. Pada gilirannya, RNA polimerase tidak dapat mengikat
secara efisien ke promotor lac tanpa adanya CAP terikat. Hasil keseluruhan dari kontrol
positif transkripsi lac operon oleh kompleks CAP-CAMP adalah bahwa di hadapan glukosa,
transkripsi lac operon tidak pernah melebihi 2 persen dari laju induksi yang diamati tanpa
adanya glukosa.

Urutan lengkap nukleotida-pasangan lac wilayah pengaturan operon (promotor dan

operator urutan) sekarang dikenal (Gbr. 14.7). Komparatif studi urutan nukleotida tipe mutan
dan liar promotor dan operator (plus CAP-CAMP in vitro, RNA polimerase, dan studi
pengikatan represor) mulai memberikan informasi terperinci tentang sifat interaksi protein-
nukleat asam urutan-spesifik yang penting ini. Studi-studi ini memberikan contoh yang
sangat baik tentang keuntungan mengintegrasikan pendekatan genetik dan biokimia dalam
upaya memahami fenomena biologis.

Keterangan Gambar 14.6 Pembentukan siklik molekul pengatur AMP (adenosine-3 ',
5'-fosfat) dari ATP oleh aksi enzim adenylcyclase. AMP siklik mengikat CAPprotein;
kompleks CAP-CAMP kemudian mengikat ke situs CAP dari promoter lac, merangsang
pengikatan RNA polimerase ke situs pengikatannya di promoter lac. Dengan tidak adanya
jumlah cAMP yang cukup (yang menghasilkan karena alasan yang tidak diketahui i. adanya
konsentrasi glukosa yang tinggi),CAP tidak dapat mengikat ke promotor lac dan operon lac
tidak dapat diinduksi.

Keterangan Gambar 14.7 Susunan organisasi dan nukleotida dari daerah operator-
promotor dari operasi lac. Promotor terdiri dari dua komponen: (1) situs yang mengikat
protein aktivator katabolit (disingkat CAP) - siklik AMP (atau CAMP) kompleks dan (2)
situs pengikatan RNA polimerase. Perhatikan bahwa promotor dan operator (situs pengikat
penekan) sedikit tumpang tindih. Segmen yang berdekatan dari gen struktural i (penekan) dan
z (B-galaktosidase) jugaditampilkan. Garis horizontal berlabel mRNA menunjukkan posisi di
mana transkripsi operon dimulai (ujung 5 ' dari mRNA). Angka-angka di bagian bawah
memberikan jarak dalam pasangan nukleotida dari ujung gen i (awal promotor). Titik di
antara rangkaian rantai nukleotida (di situs pengikatan CAP-cAMP) menunjukkan pusat
simetri palindrom yang tidak sempurna [urutan di mana urutan pasangan nukleotida
membaca hampir sama di kedua arah (ditunjukkan oleh bar paralel); ser-Bab 13, hlm.350).
Ini adalah situs potensial interaksi primer dengan kompleks CAP-CAMP. (Berdasarkan data
R C. Dickson, J. Abelson, W. M. Barnes, dan W. S. Reznikoff, Sains 187:27-35, 1975)

Kelompok 6 (Hal 400-402)

Regulasi yang kompleks dari ara operon
Hampir semua perincian tentang mekanisme yang mengatur operasi lac dan trp
diketahui dan didukung oleh badan luas data eksperimen. Namun, operon lain seperti operon
arabinose (ara) dari E. coli menunjukkan pola regulasi yang jauh lebih kompleks yang masih
belum sepenuhnya dipahami. Dalam operon lac dan trp, produk gen regulator, represor,
berfungsi secara negatif, mematikan transkripsi operon. Di sisi lain, protein aktivator
katabolit (cap) memberikan kontrol positif terhadap operon lac dengan merangsang
transkripsi operon. Protein regulator utama dari ara operon menunjukkan efek regulasi negatif
dan posstif pada transkripsi gen struktural operon tergantung pada kondisi lingkungan. Selain
itu, komponen pengatur yang mengontrol transkripsi ara operon mencakup satu elemen yang
bertindak dari jarak lebih dari 200 pasangan nukleotida yang jauh dari promotor yang
membantu pengendaliannya. Meskipun semua detail dari sirkuit pengaturan ara operon belum
ditetapkan secara jelas, model kerja saat ini disajikan di sini untuk memberikan siswa
apresiasi untuk kompleksitas regulasi beberapa operon bakteri.
Operon arabinose (ara) dari E. coli mengandung tiga gen struktural (araβ, araA, dan
araD) yang menyandikan tiga enzim yang terlibat dalam kataolisme arabinose (gambar
14.8a). ketiga gen ini ditranskripsikan pada satu mRNA tunggal yang diinisiasi pada
promotor yang disebut PBAD (Transpor aktif arabinosa ke dalam sel dilakukan oleh produk-
produk gen araE, araF, dan araG. Gen-gen ini terletak di lokasi yang cukup jauh dari araBAD
operon yang menarik di sini dan tidak akan dibahas lebih lanjut). Protein pengatur utama ara
operon (protein araC) dihasilkan dari transkrip yang dimulai pada promotor yang disebut Pc.
Promotor Pc hanya sedikit lebih dari 100 pasangan nukleotida dari PBAD, tetapi dua
promotor memulai transkripsi secara berlawanan. arah (Gambar 14.8a dan b).Protein araC
bertindak sebagai regulator negatif (penekan) transkripsi gen struktural araB, araA, dan araD
dari promotor pBAD dengan tidak adanya arabinose dan AMP siklik (cAMP). Bertindak
sebagai regulator positif (aktivator) transkripsi gen-gen ini dari promotor pBAD ketika
arabinosa dan cAMP, produk gen pengatur araC dapat memberikan efek positif atau negatif
pada transkripsi gen struktural araB, araA, dan araD . Karena ara operon tunduk pada represi
katabolit seperti operon lac (lihat bagian sebelumnya), dan dengan demikian kontrol positif
oleh CAP dan CAMP, induksi ara operon tergantung pada efek pengaturan positif dari dua
protein, protein araC dan CAP (protein aktivator katabolit pengikat cAMP). Situs pengikatan
untuk kedua protein ini dan untuk RNA polimerase semuanya tampaknya terletak di wilayah
ara operon yang secara historis disebut araI (I untuk induksi), yang terletak di antara tiga gen
struktural dari operon dan gen regulator (araC) (gambar). 14.8a).
Awalnya, para ilmuwan yang mempelajari peraturan operara ara berpikir bahwa
semua situs pengikatan untuk protein regulator araC dan kompleks CAMP-CAP berada di
aral tregion. Penemuan mengejutkan adalah bahwa represi ara operon bergantung pada
pengikatan protein araC di situs yang disebut araO2 (O untuk operator, 2 karena operator ara
kedua yang diidentifikasi) terletak di 211 pasang nukleotida di hulu (relatif ke arah
transkripsi dari PAD) dari situs pengikatan protein araC di aral (Gbr. 14.8b). (Operator araO
operator ara pertama yang diidentifikasi-mengontrol transkripsi gen regulator araC yang
dimulai di Pc) Model yang saat ini diterima untuk represi ara operon adalah bahwa protein
araC harus mengikat (sebagai dimer) pada kedua situs aral dan situs araO2, dan bahwa
protein-protein ini kemudian saling mengikat untuk membentuk lingkaran DNA (Gbr. 14.8c).
Bahkan, sekarang ada banyak bukti yang mendukung model ini. Sebagai contoh, jika lima
pasangan nukleotida dimasukkan atau dihapus di daerah antara aral dan araO2, represi
normon operon tidak dapat terjadi. Penyisipan atau penghapusan seperti itu akan merutekan
satu situs pengikatan protein arac setengah di sekitar heliks ganda (ke wajah yang
berlawanan) relatif ke situs pengikatan protein araC lainnya. Ini mungkin akan membuatnya
sulit atau tidak mungkin untuk dimer araC terikat pada aral dan araO, untuk berinteraksi dan
membentuk loop yang diperlukan untuk represi.
Ketika struktur loop (Gbr. 14.8c) terbentuk, ia harus lebih dulu atau mengganggu
pengikatan RI A polimerase pada promotor yang berdekatan (PAD) dari operon t (e. Operon
(Gambar 14.8b). Di hadapan arabinose dan CAMP, operara ara diinduksi. Selain itu, dalam
kondisi ini, protein araC telah terbukti menjadi aktivator transkripsi operon. Rincian
mekanisme dimana arabinose menyebabkan protein araC menjadi regulator transkripsi
operon yang positif tidak jelas. Entah bagaimana, kompleks protein arabinose-araC dan
kompleks CAMP-CAP harus membuka loop dengan mengikat di situs aral mereka. Ini, pada
gilirannya, harus memungkinkan RNA polimerase mengikat di situs PAD dan memulai
transkripsi gen struktural ara (Gbr. 14.8d)
Jelas, regulasi transkripsi ara operon dari E. coli jauh lebih kompleks daripada
regulasi transkripsisi lac pperon dari bakteri ini. Akan menarik untuk menentukan apakah
umumnya mekanisme pembentukan loop ini digunakan dalam regulasi transkripsi operon lain
pada prokariota atau gen pada eukariota.

Kelompok 7
Represi Lambda Prophage Selama Lisogeni
 Ketika bakteriofag beriklim seperti lambda ada dalam keadaan profag dalam sel
lisogenik (lihat Bab 8, hal. 210-213), gen yang mengkode produk yang terlibat dalam jalur
litik - yaitu, gen yang mengendalikan fag Replikasi DNA, fag morfogenesis, dan lisis sel
inang - tidak boleh dinyatakan. Ini dilakukan oleh sirkuit represor-operator-promotor, seperti
halnya yang terlibat dalam operon bakteri. Secara khusus, C1 gen kode fag lambda untuk
penekan, protein yang dikarakterisasi baik dengan berat molekul 27.000, yang dalam keadaan
dimer atau tetramer berikatan dengan dua wilayah operator yang mengontrol transkripsi gen
lambda yang ditagih dalam pertumbuhan litik (Gbr. 14.9). Dua wilayah operator ini, disebut
OL (untuk transkripsi dalam arah kiri) dan OR (untuk transkripsi dalam arah kanan), tumpang
tindih dengan urutan promotor di mana RNA polimerase mengikat dan memulai transkripsi
jika gen yang mengendalikan perkembangan litik. Jadi, dengan represor terikat pada dua
operator, RNA polimerase tidak dapat mengikat ke dua promotor dan oleh karena itu, tidak
dapat memulai transisi. Dengan cara ini, gen fag disimpan terus menerus, memungkinkan
profag yang "tidak aktif" ditransmisikan dari induk host induk! Menjadi keturunan sel
generasi demi generasi.

Dalam percobaan di mana daerah operator dan promotor phage lambda diurutkan,
masing-masing vas operator secara tak terduga ditemukan mengandung tiga situs penekan
represor dengan urutan 17 pasangan nukleotida yang serupa, tetapi tidak identik. Setiap situs
pengikat represor memiliki simetri rangkap dua parsial di sekitar basepair pusat (mis.,
Sebagian palindromik; lihat Bab 13, hal. 349-351). Telah berspekulasi bahwa simetri parsial
ini dapat memfasilitasi interaksi dengan dimer penekan, yang mungkin juga memiliki simetri
ganda. Meskipun ini adalah kemungkinan yang menarik, itu tidak lebih dari itu saat ini.

Interaksi represor lambda dengan sekuens DNA. OLPL dan ORPR dengan baik
menjelaskan bagaimana gen-gen ramalan Lambda dipertahankan dalam keadaan tertekan.
Mekanisme yang bertanggung jawab untuk keputusan antara pengembangan litik dan
perkembangan lisogenik setelah infeksi sel E. coli dengan fag lambda jauh lebih kompleks,
melibatkan interaksi antara beberapa gen pengatur lambda lainnya. Pembaca dirujuk ke salah
satu makalah oleh Pashne dan rekan kerja (lihat Referensi untuk bab ini) untuk membahas
mekanisme yang digunakan untuk memilih antara jalur litik dan jalur lisogenik.

Gambar 14.9 Represi gen lambda fag yang mengontrol perkembangan litik dengan
pengikatan C, geneproduk (penekan) ke dua sekuens operator (OL dan OR) yang mengontrol
transkripsi kromosom lambda ke kiri dan ke kanan. Transkripsi C, gen itu sendiri berada di
arah kiri (panah hitam solid), dimulai pada C, promotor (tidak ditampilkan), yang terletak
antara gen C dan Og. Bentuk intraseluler melingkar dari kromosom lambda (lihat Bab 5, hal.
110-113) ditunjukkan di bagian bawah, dengan perkiraan lokasi C, gen, P, O, (promotor kiri
ke kiri, operator ke kiri), OgPR (operator kanan, promoter kanan), ujung bentuk linear
kromosom lambda (bentuk profage dan dewasa), dan kelompok beberapa gen yang
mengendalikan perkembangan litik.
Panah oranye menunjukkan transkripsi gen dari P, dan PR masing-masing. Represi gen yang
mengendalikan perkembangan litik dengan pengikatan molekul represor ke O, dan Og
diilustrasikan dalam pembesaran pusat. Perhatikan bahwa setiap urutan operator memiliki
tiga situs pengikat represor dan bahwa operator dan promotor (situs pengikatan RNA
polimerase) tumpang tindih. Urutan pasangan-nukleotida dari wilayah OR ditunjukkan di
bagian atas, dengan urutan 17-nukleotida dari setiap situs pengikat represor dalam kurung.
Titik oranye di antara dua untai DNA di dalam setiap situs pengikat represor menunjukkan
sumbu simetri parsial. (Data urutan nukleotida-pasangan berasal dari M. Ptashne, K.
Backman, M. Z. Humayun, A. Jeffrey, R. Maurer, B. Meyer, dan R. T. Sauer, Sains 194: 156,
1976

Kelompok 8
Chapter 8

PENGENDALIAN OPERON trp DENGAN PELEMAHAN

Represi dan derepresi dapat mengubah tingkat ekspresi gen struktural dari operon trp sekitar
70 kali lipat. Namun, ada level kedua dari pengaturan ekspresi trp operon. Pada mutan trpR
yang tidak dapat membuat penekan, penambahan triptofan pada kultur sel yang tumbuh tanpa
adanya akan menyebabkan penurunan sintesis triptofan 8 hingga 10 kali lipat.

Selain itu, penghapusan yang menghapus bagian dari wilayah trpL (Gbr. 14.5) menghasilkan
peningkatan laju ekspresi operon trp. Efek dari penghapusan ini tidak tergantung pada
represi; peningkatan terjadi pada kondisi tertekan dan derepresi.

Regulasi level kedua dari operon trp ini disebut atenuasi, dan urutan dalam trpL yang
mengendalikan fenomena ini disebut attenuator (Gbr. 14.10). Atenuasi terjadi dengan
mengendalikan penghentian transkripsi di lokasi dekat akhir urutan pemimpin MRNA. Ini
penghentian "prematur" transkripsi operon trp hanya terjadi pada kehadiran tRNAurp
bermuatan tryptophan dan menghasilkan transkrip urutan-pemimpin-panjang 140-nukleotida-
panjang (Gbr. 14.10)

Wilayah attenuator memiliki urutan pasangan nukleotida yang pada dasarnya identik dengan
sinyal terminasi transkriptik yang ditemukan di ujung sebagian besar operon bakteri
(termasuk operon trp; lihat Gambar 14.11a). Sinyal terminasi ini mengandung palindrom
yang kaya GC diikuti oleh beberapa pasangan basa AT. Transkripsi sinyal teri ini
menghasilkan RNA yang baru lahir dengan potensi untuk membentuk struktur "bairpin" yang
terikat oleh bydrogen diikuti oleh beberapa U (Gbr. 14.11a). Ketika transkrip yang baru lahir
membentuk struktur jepit rambut ini, diyakini menyebabkan konformasi RNA polimerase
ICIguiduonssociated terkait, menghasilkan bakteri. Ini akan mentranskripsi dalam berikut
ini. atau tidak loop ini untuk wilayah gen-terikat ((A: U),] pasangan DNA-RNA. Oleh karena
itu urutan nukleotida dari attenuator menjelaskan kemampuannya untuk menghentikan
transkripsi p operon sebelum waktunya. Tetapi bagaimana ini bisa diatur oleh ada atau tidak
adanya triptofan?
Pertama, ingat bahwa transkripsi dan terjemahan digabungkan dalam prokariota, yaitu,
ribosom mulai menerjemahkan mRNA ketika mereka masih diproduksi oleh transkripsi. Jadi,
peristiwa yang terjadi selama terjemahan juga dapat mempengaruhi transkripsi.

Kedua, perhatikan bahwa urutan pemimpin 162-nukleotida-panjang dari mRNA operon trp
(gbr. 14.10) mengandung urutan yang dapat berpasangan untuk membentuk struktur sekunder
alternatif. Dua dari sekuens ini membentuk jepit rambut transkripsi-terminasi yang
disebutkan sebelumnya (gambar.14). Jepit rambut ini dibentuk oleh pasangan-basa antara
urutan nukleotida 114-121 dan 126-134 (nukleotida 1 ada di ujung 5 '). Struktur sekunder
alternatif dihasilkan dari pasangan-pasangan antara urutan pemimpin 74-85 dan 108-119
(gbr. 14.11b). Jelas, hanya satu dari struktur ini yang dapat ada pada satu waktu, karena
nukleotida 114-119 adalah bagian dari keduanya. Dengan demikian, jika urutan 74-85 dan
108-119 berpasangan-basa, jepit rambut penghentian transkripsi attenuator tidak dapat
terbentuk.

Ketiga, perhatikan bahwa urutan pemimpin mengandung kodon inisiasi terjemahan AUG,
diikuti oleh 13 kodon untuk asam amino, diikuti pada gilirannya oleh kodon terminasi
terjemahan UGA. Selain itu, urutan pemimpin trp telah terbukti mengandung situs
pengikatan ribosom efisien yang terletak di posisi yang sesuai untuk inisiasi terjemahan pada
kodon inisiasi AUG pemimpin. Tampaknya sangat mungkin bahwa 14 "asam peptida"
panjang asam amino disintesis seperti yang digambarkan dalam gambar. 14.10. Peptida
pemimpin diduga ini belum terdeteksi di Vivo, tetapi peptida pendek jenis ini sangat cepat
terdegradasi di e. coli, jadi kegagalan untuk mendeteksi itu tidak diharapkan.

Perhatikan bahwa peptida pemimpin mengandung dua residu tryptophan yang bersebelahan.
Kedua kodon Trp diposisikan sedemikian rupa sehingga tanpa triptofan (dan dengan
demikian tidak adanya trp-tRNAtrp), ribosom akan terhenti sebelum bertemu struktur
berpasangan-dasar yang dibentuk oleh urutan pemimpin 74-85 dan 103-199. Pasangan
berpasangan ini mencegah pembentukan jepit rambut transkripsi-terminasi. Dengan
demikian, tanpa adanya triptofan, transkripsi akan terus melewati attenuator ke dalam gen
trpE.

Di hadapan tryptophan, ribosom dapat menerjemahkan melewati kodon Trp ke kodon

terminasi pemimpin-peptida. Dalam prosesnya, itu harus mengganggu pasangan-dasar antara
urutan pemimpin 74-85 dan 108-119. Ini, pada gilirannya, membebaskan urutan 114-121,
yang memungkinkannya untuk memasangkan pasangan dengan urutan 126-134 dan
membentuk jepit rambut pemutusan transkripsi (gbr. 14.11c). Dengan demikian, di hadapan
triptofan, transkripsi sering berakhir pada attenuator, mengurangi jumlah mRNA untuk gen
struktural trp.

Transkripsi dari operon trp dapat diatur pada kisaran hampir 700 kali lipat dengan efek
gabungan dari represi (hingga 70 kali lipat) dan atenuasi (hingga 10 kali lipat).

Regulasi transkripsi oleh atenuasi tidak unik untuk oper trp. Enam operon (trp, thr, ilv, leu,
phe, dan his) diketahui diatur oleh atenuasi. Dari jumlah tersebut, trp dan mungkin phe juga
diatur oleh represi. Operonnya, yang telah lama dianggap dapat ditindas, sekarang diyakini
sepenuhnya diatur oleh pelemahan. Secara detail kecil bervariasi dari operon ke operon, fitur
utama dari redaman adalah sama untuk keenam operon.

Gambar 14.10 Urutan nukleotida dari pemimpin MRNA trp operon. Daerah simetri angka
dua dalam attenuator membentuk "jepit rambut" transkripsi yang ditunjukkan pada Gambar
14.11c. Perhatikan dua kodon triptofan tandem dalam urutan pengkodean untuk peptida
pemimpin putatif. Trp kodon ini dipercayai bertanggung jawab untuk mengendalikan
atenuasi oleh uryptophan (lihat Gambar 14.11b dan c). (Berdasarkan data yang dinamai oleh
C. Yanoisky, Nature 289: 751-758, 1981.)

Gambar 14.11 Gambar 14.11 (halaman kanan) Kontrol operon trp oleh atenuasi, Atternuation
terjadi oleh terminasi yang diatur triptofan yang diatur dalam rpl (mengendalikan urutan
leader MRNA trp operon; lihat Gambar 14.5). Sinyal terminasi transkripsi normal pada
bakteri adalah wilayah simmery angka dua (dua urutan yang membaca sama dalam arah situs
oposisi) diikuti oleh 4-8 AT pasangan basa. Daerah hasil simetri angka dua dalam urutan
MRNA yang dapat mendasarkan-pasangan untuk membentuk "rambut" struktur seperti yang
ditunjukkan pada (a) dan (c). Urutan yang ditunjukkan pada (a) sebenarnya adalah urutan
pasangan-basa untuk sinyal terminasi transkripsi pertama (t pada Gambar 14.5) pada akhir
operon trp. Perhatikan kesamaan struktur jepit rambut MRNA yang dibentuk oleh iceminator
normal (a) dan oleh attenuator (c). (B) Dengan tidak adanya triptofan, ribosom
menerjemahkan MRNA untuk membentuk peptida pemimpin menjadi terhenti di satu atau
yang lain dari dua kodon Trp. Hal ini memungkinkan pasangan-pasangan yang dibentuk
antara pemimpin nomor 74-85 dan 108-119 tetap utuh, yang pada gilirannya mencegah jepit
rambut transkripsi-terminasi dari pembentukan Dengan demikian, transkripsi berlanjut
melalui sisa operasi trp. (c) Jika ada uyptophan, ribosom dapat menerjemahkan pada masa
lalu kodon-kodon Trp ke kodon terminasi transpor-peptida pimpinan-UGA. Dengan
melakukan itu, hal itu mengganggu pemasangan pasangan antara urutan pemimpin 74-85 dan
108-119. Ini, pada gilirannya, meninggalkan urutan yang terakhir bebas untuk pasangan-basa
dengan quens 126-134, membentuk jepit rambut transkripsi-terminasi. Dengan demikian,
tanscription dihentikan pada urutan attenuator dan tidak berlanjut sampai sisa operon trp.
Ingat bahwa transkripsi dimulai pada ujung MRNA 5 '. Untuk alasan ini, urutan 74-85 dan
108-119 akan diproduksi dan dapat dipasangkan sebelum urutan 126 134 hLS Cven telah
disintesis. (Setelah C. Yanofsky Nave 289: 751-758, 1981)

Kelompok 9

Sebelumnyadalambabini, kami menggambarkanmekanisme yang digunakantranskripsi gen

bakteri yang mengkodeenzimdalamjalurbiosintesisditekanketikaprodukakhirjalurhadirdalam
medium di manasel-seltumbuh. Proses fine tuning
metabolismekeduadanlebihcepatterjadipadatingkataktivitasenzim. Kehadirankonsentrasi yang
cukupdariprodukakhir (sepertihistidinatautrypthophan)
darijalurbiosintetikseringakanmenghasilkanpenghambatanenzimpertama di jalur.
Fenomenainidisebutpenghambatanumpanbalikataupenghambatanprodukakhir;
itutidakharusbingungdenganrepresi
(penghambatansintesisenzim).Penghambatanumpanbalikmenghasilkanpenangkapanhampirse
ketikadarisintesisprodukakhirketikaditambahkanke media.

Enzimpenghambatumpanbaliktelahterbuktimemilikisituspengikatanprodukakhir (atausitus)
selainsituspengikatansubstrat (atausitus).Dalamhalbeberapaenzimmultimerik,
produkakhiratausituspengikatanpengaturberadapada sub unit yang berbeda (polipeptida)
daripadasitussubstrat.Setelahmengikatprodukakhir,
enzimtersebutdiyakinimengalamimuatansesuai, yang disebuttransisialosterik, yang
mengurangiafinitasnyaterhadapsubstratnya.Protein yang
mengalamiperubahankonformasisepertiitubiasanyadisebutsebagai protein
alosterik.Banyakcontoh yang diketahui, termasukberbagaienzimpenghambatumpanbalik yang
sensitifdanmolekul-molekulpenekan yang dibahasdalambagian-bagiansebelumnya.

Kelompok 10

TEMPORAL SEQUENCES OF GENE EXPRESSION DURING PHAGE INFECTION

(hal 407)

URUTAN SEMENTARA GEN EKSPRESI SELAMA INFEKSI FAG

Pengaturan ekspresi gen selama siklus hidup bakteriofag sangat berbeda dari sakelar
on-off yang dapat dibalik yang karakteristik operon bakteri. Alih-alih, gen virus
diekspresikan dalam sekuens yang diprogram secara genetika, kemungkinan analog dengan
sekuens ekspresi gen yang terprogram sebelumnya yang terlibat dalam diferensiasi pada
organisme yang lebih tinggi. Meskipun berbagai virus bakteri menunjukkan variasi
mekanisme spesifik yang terlibat, gambaran umum muncul. Satu set gen fage, biasanya
disebut gen "awal", diekspresikan segera setelah infeksi. Produk dari satu atau lebih dari gen
"awal" bertanggung jawab untuk mematikan ekspresi gen "awal" dan menghidupkan ekspresi
set gen berikutnya, dan seterusnya. Dua hingga empat set gen, tergantung pada virus, secara
khas ditandai. Dalam semua kasus yang diteliti sejauh ini, regulasi ekspresi gen sekuensial
selama infeksi fag terjadi terutama pada tingkat transkripsi.
Dalam tiga yang paling banyak dipelajari adalah virus bakteri-E. coli phages T4 dan
T7 dan Bacillus subtilis phage SP01-ekspresi gen sekuensial dikendalikan dengan
memodifikasi spesifisitas promotor RNA polimerase, baik dengan sintesis RNA polimerase
(T7) baru atau dengan perubahan yang diinduksi fage dari RNA polimerase sel inang (T4
dan SP01).
Pada sel yang terinfeksi F7, gen "awal" ditranskripsi oleh RNA polimerase E.coli.
Salah satu kode gen "awal" untuk polimerase T7 RNA, yang kemudian mentranskripsikan
gen "terlambat" (pengkodean protein struktural Y7, lisozim, dan lain-lain). bacillus subtilis
phage SP01 menunjukkan jalur ekspresi gen sekuensial yang sedikit lebih kompleks, yang
melibatkan tiga set gen. Ketiga set gen ini disebut gen "awal", "tengah" dan "akhir" yang
mengacu pada waktu ekspresi mereka selama faging reproductive faging. SP01 "awal
ditranskripsikan oleh RNA polimerase B.subtilis, salah satu produk gen" awal "adalah
polipeptida yang mengikat RNA polimerase sel induk, mengubah specticifity sehingga
mentranskripsi gen" tengah ", pada gilirannya, Polimerase, selanjutnya mengubah
spesifisitasnya sehingga kemudian mentranskripsikan gen "terlambat" dari SP01
Fag T4 menunjukkan pola ekspresi gen sekuensial yang lebih kompleks, yang
melibatkan beberapa modifikasi yang berbeda dari RNA polimerase sel inang. Dengan
demikian, dalam kasus virus bakteri ini, kontrol ekspresi gen sekuensial yang diamati terjadi
secara prima pada tingkat pelarangan dan dimediasi oleh interaksi urutan polimer RNA
polimerase tertentu.