Draft KP Aldy

IDENTIFIKASI VIRUS DENGUE SEROTIPE DEN-2 MENGGUNAKAN
METODE REAL TIME PCR (RT-PCR) DI BALAI BESAR TEKNIK

KESEHATAN LINGKUNGAN DAN PENGENDALIAN PENYAKIT
(BBTKLPP) BANJARBARU
LAPORAN KERJA PRAKTIK
Untuk Memenuhi Persyaratan

Dalam Menyelesaikan Program Sarjana Strata-1 Biologi
Oleh:
NADIYA DWI RAHAYU
NIM J1C115026
PROGRAM STUDI BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS LAMBUNG MANGKURAT
BANJARBARU
MARET 2018
LEMBAR PENGESAHAN

Oleh :
Nadiya Dwi Rahayu
J1C115026
Disetujui pada tanggal :
...........................
Pembimbing Internal Pembimbing Eksternal
Rani Sasmita, S.Si.,M.P., Dewi Hermawati, S.KM.

M.Sc. NIP. 19780928 200212 2 001
NIP. 19840114 201404 2 001
Mengetahui,
Ketua Program Studi
Dr. Ir. H. Badruzsaufari, M.Sc

NIP.19640520 199103 1 002
ii
ABSTRAK
Identifikasi Virus Dengue Serotipe DEN-2 Menggunakan Metode Real Time

PCR (RT-PCR) di Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan
Pengendalian Penyakit (BBTKL-PP) Banjarbaru (Oleh Nadiya Dwi
Rahayu; Pembimbing Rani Sasmita, Dewi Hermawati; 2018; 47 halaman)
Salah satu virus yang menjadi penyebab utama dari banyaknya kematian dan
penyakit di daerah tropis dan subtropis adalah virus dengue. Setiap tahun,
setidaknya terdapat 400 juta orang terinfeksi oleh virus dengue. Virus dengue
memiliki 4 serotipe, yaitu DEN-1, DEN-2, DEN-3, dan DEN-4. Salah satu metode
yang dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan virus dengue adalah dengan
RT-PCR. Mahasiswa dapat mempelajari cara untuk mengidentifikasi virus dengue
serotipe DEN-2 dengan metode Real Time PCR (RT-PCR) di Balai Besar Teknik
Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit (BBTKL-PP) Banjarbaru.
Sampel yang diuji adalah nyamuk Aedes. Pengujian yang dilakukan meliputi 5
tahapan, yaitu pre-treatment nyamuk Aedes, ekstraksi RNA nyamuk Aedes,
pembuatan reagen mix, penambahan sampel, dan penganalisaan dengan real time
PCR (RT-PCR). Pada pengamatan yang dilakukan menunjukkan hasil yang tidak
valid. Hal ini dikarenakan kontrol positif dari serotipe DEN 2 tidak mengalami
amplifikasi. Akan tetapi, sampel 4 mengalami kenaikan pada nilai Ctnya dengan
nilai 19,10. Hasil ini dianggap tidak valid karena kontrol positif DEN 2 yang
digunakan tidak menunjukkan adanya kenaikan kurva. Ketidakvalidan dalam
proses deteksi menggunakan PCR dapat disebabkan oleh beberapa faktor, seperti
kontrol positif rusak, komposisi tidak sesuai, error pipetting, suhu tidak optimal,
inhibitor, template rusak, probe terdegradasi sehingga perlu dilakukan pengujian
ulang.
Kata kunci: RT-PCR, Virus Dengue, Serotipe DEN-2.
iii
KATA PENGANTAR
Puji syukur penulis panjatkan kehadiran Allah SWT atas limpahan berkat,
rahmat, dan karunia-Nya sehingga laporan kerja praktik yang berjudul
“Identifikasi Virus Dengue Serotipe DEN-2 Menggunakan Metode Real Time
PCR (RT-PCR) di Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian
Penyakit (BBTKL-PP) Banjarbaru” dapat diselesaikan. Sehubungan dengan
terselesaikannya laporan kerja praktik ini, penulis mengucapkan terima kasih
kepada dosen pembimbing internal, Ibu Rani Sasmita, S.Si., M.P., M.Sc. dan
dosen pembimbing eksternal, Ibu Dewi Hermawati, S.Km. beserta seluruh staf
dan jajarannya di Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian
Penyakit (BBTKL-PP) yang telah memberikan bimbingan dan mendampingi
penulis selama perencanaan, pelaksanaan hingga penulisan laporan kerja praktik
dapat terselesaikan. Penulis juga mengucapkan terima kasih kepada kedua orang
tua, keluarga dan teman-teman yang telah memberikan dukungan, doa dan
motivasi selama ini.
Penulis menyadari bahwa dalam penulisan laporan kerja praktik ini masih
terdapat banyak kekurangan. Akan tetapi, penulis berharap semoga laporan kerja
praktik ini dapat bermanfaat dalam perkembangan ilmu pengetahuan khusus nya
di bidang biologi.
Banjarbaru, 2018
Penulis
DAFTAR TABEL
Tabel Halaman
Tabel 1. Daftar reagen ekstraksi QIAamp Viral RNA Mini Kit ........................... 24
Tabel 2. Skema perhitungan kebutuhan mix ekstraksi.......................................... 27
Tabel 3. Daftar bahan Quantifast Probe RT PCR Plus Kit ................................... 27
Tabel 4.Komposisi reagen mix ............................................................................. 28
Tabel 5. Kondisi siklus.......................................................................................... 29
Tabel 6. Hasil pengujian kontrol positif sebelum pengenceran ............................ 32
Tabel 7. Hasil analisa RT-PCR Virus Dengue Serotipe DEN-2 ........................... 33
Tabel 8. Hasil analisa RT-PCR Virus Dengue Serotipe DEN-2 .......................... 34
v
DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman
Gambar 1. Hasil Uji Kontrol Positif Virus Dengue Serotipe DEN-2 ................... 32
Gambar 2. Hasil Analisa Virus Dengue Serotipe DEN-2 (Pengerjaan Pertama) . 33
Gambar 3. Hasil Analisa Virus Dengue Serotipe DEN-2 (Pengerjaan kedua) ..... 34
vi
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran Halaman
Lampiran 1. Denah Ruangan Laboratorium Virologi dan Imunologi................... 31
Lampiran 2. Data Running RT-PCR Virus Dengue Serotipe DEN-2 ................... 32
Lampiran 3. Dokumentasi Ruangan Laboratorium Virologi dan Imunologi ........ 33
Lampiran 4. Pengerjaan di Laboratorium ............................................................. 38
vii
DAFTAR ISI
LEMBAR PENGESAHAN .........................................................................................ii

ABSTRAK ..................................................................................................................iii
KATA PENGANTAR ................................................................................................ iv
DAFTAR TABEL ........................................................................................................ v
DAFTAR GAMBAR .................................................................................................. vi
DAFTAR LAMPIRAN ..............................................................................................vii
DAFTAR ISI .............................................................................................................viii
BAB I ............................................................................................................................ i
1.1. Latar Belakang ........................................................................................ i
1.2. Tujuan Kerja Praktik ............................................................................ 13
1.2.1. Tujuan Umum ......................................................................................... 13
1.2.2. Tujuan Khusus ........................................................................................ 14
1.3. Manfaat Kerja Praktik .......................................................................... 14

BAB II ........................................................................................................................ 15
2.1. Sejarah dan Perkembangan .................................................................. 15
2.2. Visi dan Misi ........................................................................................ 16
2.3. Kegiatan Unit ....................................................................................... 16
2.4. Organisasi ............................................................................................. 17
2.5. Fasilitas Pelayanan ............................................................................... 18
BAB III ...................................................................................................................... 19
2.1. Virus Dengue ....................................................................................... 19
2.2. Virus Dengue Serotipe DEN-2 ............................................................ 19
2.3. Diagnosis Secara Molekuler ................................................................ 20
BAB IV ...................................................................................................................... 23
4.1. Waktu dan Tempat Kerja Praktik......................................................... 23
4.2. Bentuk Kerja Praktik ............................................................................ 23
4.3. Bahan dan Alat ..................................................................................... 23
4.3.1 Bahan ..................................................................................................... 23
viii
4.3.2 Alat 23
4.4. Prosedur Kerja...................................................................................... 24

4.4.1. Pre-treatment Nyamuk ............................................................................ 24
4.4.2. Ekstraksi ................................................................................................. 25
4.4.3. Pembuatan Reagen Mix ........................................................................... 27
4.4.4. Penambahan Sampel ................................................................................ 29
4.4.5. Program Mesin PCR ................................................................................ 29
BAB V........................................................................................................................ 31
5.1. Evaluasi Pelaksanaan Kerja Praktik ..................................................... 31
5.2. Hasil ..................................................................................................... 32
5.2.1. Hasil 1. Uji Kontrol Positif ....................................................................... 32
5.2.2. Hasil 2. Pengerjaan 1 ............................................................................... 33
5.2.3. Hasil 3. Pengerjaan 2 ............................................................................... 34
5.2.4. Tata Cara dan Alur Kerja di Laboratorium Virologi ................................... 35
5.2.5. Penyimpanan Bahan ................................................................................ 37
5.4. Pembahasan ............................................................................................ 38
BAB VI ...................................................................................................................... 28
5.1. Kesimpulan .......................................................................................... 28
5.2. Saran ..................................................................................................... 28
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................................ 29
LAMPIRAN...........................................................................................................31
ix
BAB I
PENDAHULUAN
1.1. Latar Belakang
Kerja praktik merupakan salah satu mata kuliah wajib mahasiswa program
studi Biologi FMIPA ULM yang dapat diajukan dengan prasyarat telah
menempuh perkuliahan lebih dari 110 sks. Kerja praktik merupakan salah satu
kegiatan akademik yang bertujuan untuk memberikan pengalaman praktik secara
langsung di dunia kerja untuk mempraktikkan teori yang telah diperoleh selama
perkuliahan. Sebagai seorang calon sarjana, mahasiswa diwajibkan untuk
mempersiapkan diri menghadapi dunia kerja. Akan tetapi, umumnya mahasiswa
hanya berkutat dengan ilmu secara teoritis sehingga ketika menghadapi dunia
kerja, mahasiswa cenderung kurang adaptif dan kaku dalam
mengimplementasikan ilmu yang telah diperoleh selama perkuliahan.
Kerja praktik merupakan kegiatan penting yang perlu dilakukan untuk
membentuk lulusan sarjana yang siap kerja, berdaya saing tinggi, dan menjadi
sumber daya yang mandiri. Program studi Biologi FMIPA ULM sebagai salah
satu penghasil lulusan sarjana setiap tahunnya, memfasilitasi mahasiswa untuk
melaksanakan kerja praktik dengan tujuan agar mahasiswa mampu memiliki
pengetahuan, keterampilan, dan pengalaman di dunia kerja. Selain itu, kegiatan
kerja praktik juga dapat menjadi bekal baik untuk mencari peluang kerja maupun
menciptakan lapangan kerja nantinya.
Berdasarkan hal di atas, penulis mempelajari bagaimana cara bekerja di
instansi pemerintahan khususnya di

LAPORAN KERJA PRAKTIK
Untuk Memenuhi Persyaratan

Dalam Menyelesaikan Program Sarjana Strata-1 Biologi
Oleh:
NADIYA DWI RAHAYU
NIM J1C115026
PROGRAM STUDI BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS LAMBUNG MANGKURAT
BANJARBARU
MARET 2018
LEMBAR PENGESAHAN

ii
Oleh :
Nadiya Dwi Rahayu
J1C115026
Disetujui pada tanggal :
...........................
Mengetahui,
Ketua Program Studi
Pembimbing Internal Pembimbing Eksternal
Rani Sasmita, S.Si.,M.P., Dewi Hermawati, S.KM.

M.Sc. NIP. 19780928 200212 2 001
NIP. 19840114 201404 2 001
Dr. Ir. H. Badruzsaufari, M.Sc

NIP.19640520 199103 1 002
ABSTRAK
Identifikasi Virus Dengue Serotipe DEN-2 Menggunakan Metode Real Time

PCR (RT-PCR) di Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan
iii
Pengendalian Penyakit (BBTKL-PP) Banjarbaru (Oleh Nadiya Dwi
Rahayu; Pembimbing Rani Sasmita, Dewi Hermawati; 2018; 47 halaman)
Salah satu virus yang menjadi penyebab utama dari banyaknya kematian dan
penyakit di daerah tropis dan subtropis adalah virus dengue. Setiap tahun,
memiliki 4 serotipe, yaitu DEN-1, DEN-2, DEN-3, dan DEN-4. Salah satu metode
yang dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan virus dengue adalah dengan
RT-PCR. Mahasiswa dapat mempelajari cara untuk mengidentifikasi virus dengue
serotipe DEN-2 dengan metode Real Time PCR (RT-PCR) di Balai Besar Teknik
Sampel yang diuji adalah nyamuk Aedes. Pengujian yang dilakukan meliputi 5
tahapan, yaitu pre-treatment nyamuk Aedes, ekstraksi RNA nyamuk Aedes,
pembuatan reagen mix, penambahan sampel, dan penganalisaan dengan real time
PCR (RT-PCR). Pada pengamatan yang dilakukan menunjukkan hasil yang tidak
valid. Hal ini dikarenakan kontrol positif dari serotipe DEN 2 tidak mengalami
proses deteksi menggunakan PCR dapat disebabkan oleh beberapa faktor, seperti
kontrol positif rusak, komposisi tidak sesuai, error pipetting, suhu tidak optimal,
inhibitor, template rusak, probe terdegradasi sehingga perlu dilakukan pengujian
ulang.
Kata kunci: RT-PCR, Virus Dengue, Serotipe DEN-2.
iv
KATA PENGANTAR
Puji syukur penulis panjatkan kehadiran Allah SWT atas limpahan berkat,
rahmat, dan karunia-Nya sehingga laporan kerja praktik yang berjudul
“Identifikasi Virus Dengue Serotipe DEN-2 Menggunakan Metode Real Time
PCR (RT-PCR) di Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian
Penyakit (BBTKL-PP) Banjarbaru” dapat diselesaikan. Sehubungan dengan
terselesaikannya laporan kerja praktik ini, penulis mengucapkan terima kasih
kepada dosen pembimbing internal, Ibu Rani Sasmita, S.Si., M.P., M.Sc. dan
dosen pembimbing eksternal, Ibu Dewi Hermawati, S.Km. beserta seluruh staf
dan jajarannya di Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian
Penyakit (BBTKL-PP) yang telah memberikan bimbingan dan mendampingi
penulis selama perencanaan, pelaksanaan hingga penulisan laporan kerja praktik
dapat terselesaikan. Penulis juga mengucapkan terima kasih kepada kedua orang
tua, keluarga dan teman-teman yang telah memberikan dukungan, doa dan
motivasi selama ini.
Penulis menyadari bahwa dalam penulisan laporan kerja praktik ini masih
terdapat banyak kekurangan. Akan tetapi, penulis berharap semoga laporan kerja
praktik ini dapat bermanfaat dalam perkembangan ilmu pengetahuan khusus nya
di bidang biologi.
Banjarbaru, 2018
Penulis
DAFTAR TABEL
Tabel Halaman
Tabel 1. Daftar reagen ekstraksi QIAamp Viral RNA Mini Kit .................... 24
Tabel 2. Skema perhitungan kebutuhan mix ekstraksi ................................... 27
Tabel 3. Daftar bahan Quantifast Probe RT PCR Plus Kit ............................ 27
Tabel 4.Komposisi reagen mix ........................................................................... 28
Tabel 5. Kondisi siklus ........................................................................................ 29
Tabel 6. Hasil pengujian kontrol positif sebelum pengenceran ...................... 32
Tabel 7. Hasil analisa RT-PCR Virus Dengue Serotipe DEN-2...................... 33
Tabel 8. Hasil analisa RT-PCR Virus Dengue Serotipe DEN-2 .................... 34
vi
DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman
Gambar 1. Hasil Uji Kontrol Positif Virus Dengue Serotipe DEN-2 ............. 32
Gambar 2. Hasil Analisa Virus Dengue Serotipe DEN-2 (Pengerjaan
Pertama) ............................................................................................................... 33
Gambar 3. Hasil Analisa Virus Dengue Serotipe DEN-2 (Pengerjaan kedua)
............................................................................................................................... 34
vii
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran Halaman
Lampiran 1. Denah Ruangan Laboratorium Virologi dan Imunologi .......... 31
Lampiran 2. Data Running RT-PCR Virus Dengue Serotipe DEN-2 ............ 32
Lampiran 3. Dokumentasi Ruangan Laboratorium Virologi dan Imunologi 33
Lampiran 4. Pengerjaan di Laboratorium ....................................................... 38
viii
DAFTAR ISI
LEMBAR PENGESAHAN ii
ABSTRAK iii
KATA PENGANTAR iv
DAFTAR TABEL v
DAFTAR GAMBAR vi
DAFTAR LAMPIRAN vii
DAFTAR ISI viii
BAB I i
1.1. Latar Belakang i
1.2. Tujuan Kerja Praktik 13
1.2.1. Tujuan Umum 13
1.2.2. Tujuan Khusus 14

1.3. Manfaat Kerja Praktik 14
BAB II 15
2.1. Sejarah dan Perkembangan 15
2.2. Visi dan Misi 16
2.3. Kegiatan Unit 16
2.4. Organisasi 17
2.5. Fasilitas Pelayanan 18
BAB III 19
2.1. Virus Dengue 19
2.2. Virus Dengue Serotipe DEN-2 19

ix
2.3. Diagnosis Secara Molekuler 20
BAB IV 23
4.1. Waktu dan Tempat Kerja Praktik 23
4.2. Bentuk Kerja Praktik 23
4.3. Bahan dan Alat 23
4.3.1 Bahan 23
4.3.2 Alat 23
4.4. Prosedur Kerja 24
4.4.1. Pre-treatment Nyamuk 24
4.4.2. Ekstraksi 25
4.4.3. Pembuatan Reagen Mix 27
4.4.4. Penambahan Sampel 29
4.4.5. Program Mesin PCR 29

BAB V 31
5.1. Evaluasi Pelaksanaan Kerja Praktik 31
5.2. Hasil 32
5.2.1. Hasil 1. Uji Kontrol Positif 32
5.2.2. Hasil 2. Pengerjaan 1 33
5.2.3. Hasil 3. Pengerjaan 2 34
5.2.4. Tata Cara dan Alur Kerja di Laboratorium Virologi 35
5.2.5. Penyimpanan Bahan 37
5.4. Pembahasan 38
BAB VI 28
x
5.1. Kesimpulan 28
5.2. Saran 28
DAFTAR PUSTAKA 29
LAMPIRAN...........................................................................................................31
xi
BAB I
PENDAHULUAN
1. Latar Belakang
Kerja praktik merupakan salah satu mata kuliah wajib mahasiswa program
studi Biologi FMIPA ULM yang dapat diajukan dengan prasyarat telah
menempuh perkuliahan lebih dari 110 sks. Kerja praktik merupakan salah satu
kegiatan akademik yang bertujuan untuk memberikan pengalaman praktik secara
langsung di dunia kerja untuk mempraktikkan teori yang telah diperoleh selama
perkuliahan. Sebagai seorang calon sarjana, mahasiswa diwajibkan untuk
mempersiapkan diri menghadapi dunia kerja. Akan tetapi, umumnya mahasiswa
hanya berkutat dengan ilmu secara teoritis sehingga ketika menghadapi dunia
kerja, mahasiswa cenderung kurang adaptif dan kaku dalam
mengimplementasikan ilmu yang telah diperoleh selama perkuliahan.
Kerja praktik merupakan kegiatan penting yang perlu dilakukan untuk
membentuk lulusan sarjana yang siap kerja, berdaya saing tinggi, dan menjadi
sumber daya yang mandiri. Program studi Biologi FMIPA ULM sebagai salah
satu penghasil lulusan sarjana setiap tahunnya, memfasilitasi mahasiswa untuk
melaksanakan kerja praktik dengan tujuan agar mahasiswa mampu memiliki
pengetahuan, keterampilan, dan pengalaman di dunia kerja. Selain itu, kegiatan
kerja praktik juga dapat menjadi bekal baik untuk mencari peluang kerja maupun
menciptakan lapangan kerja nantinya. Berdasarkan hal di atas, penulis
mempelajari bagaimana cara bekerja di instansi pemerintahan khususnya di
Demplot Cabai Rawit Desa Ayunan Papan. Melalui Balai Pengkajian Teknologi
Pertanian (BPTP) Kalimantan Selatan, mahasiswa dapat belajar dengan
bimbingan para ahli yang bekerja terkait pengkajian dan perakitan teknologi
pertanian tepat guna spesifik lokasi.
Balai Pengkajian Teknologi Pertanian (BPTP) Kalimantan Selatan
merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) Badan Penelitian dan Pengembangan
(Balitbang) Pertanian, Kementerian Pertanian yang berada di bawah koordinasi
Balai Besar Pengkajian dan Pengembangan Teknologi Pertanian (BBP2TP) yang
mempunyai tugas melaksanakan pengkajian, perakitan dan pengembangan
13
teknologi pertanian tepat guna spesifik lokasi. Indikator kinerja yang hendak
dicapai salah satunya adalah teknologi yang tersampaikan ke masyarakat salah
satunya melalui Pendampingan kawasan pertanian nasional komoditas
hortikultura.
Agribisnis hortikultura (tanaman buah-buahan, sayuran, tanaman hias dan
tanaman biofarmaka) merupakan sumber pendapatan tunai bagi masyarakat dan
petani skala kecil sampai besar, mengingat nilai jual dan nilai tambahnya yang
tinggi, jenisnya beragam, tersedianya sumberdaya lahan dan teknologi, serta
potensi serapan pasar di dalam negeri dan internasional yang terus meningkat.
Ketersediaan sumberdaya hayati yang berupa jenis tanaman dan varietas yang
banyak dan ketersediaan sumberdaya lahan.pada lahan petani belum dikelola
secara optimal dan apabila dikelola akan menjadi kegiatan usaha ekonomi yang
bermanfaat untuk penanggulangan kemiskinan dan penyediaan lapangan kerja di
pedesaan.
Kegiatan pendampingan pengembangan kawasan agribisnis hortikultura
serta pengembangannya disusun untuk mendukung keberhasilan pengembangan
kawasan hortikultura agar hasil yang diperoleh dapat maksimal. Sesuai dengan
rancang bangun pengembangan kawasan, maka lebih diarahkan salah satunya
pada tanaman cabai. Masalah utama dalam pengembangan komoditas hortikultura
tersebut adalah serangan hama penyakit tanaman.
Teknologi untuk mengatasi masalah serangan hama penyakit pada
tanaman cabai ada yang bersifat preventif maupun kuratif. Namun, teknologi-
teknologi untuk mengatasi masalah tersebut belum banyak yang diadopsi oleh
petani akibat masih kurangnya upaya diseminasi teknologinya. Oleh karena itu,
perlu dilakukan kegiatan tentang pengamatan pertumbuhan varietas yang adaptif
di lahan petani. Pengamatan pada pengembangan agribisnis cabai ini dilakukan di
Desa Ayunan Papan Kec. Lokpaikat Kabupaten Tapin dengan menanam sebanyak
3 varietas cabai yaitu 2 varietas cabai unggul (Rabani Agrihorti dan Prima
Agrihorti) dan 1 varietas cabai local (Maruti).
2. Tujuan Kerja Praktik

14
Tujuan kerja praktik ini terdiri dari :

1.2.1 Tujuan Umum
Tujuan umum dari Pelaksanaan Kerja Praktik ini adalah sebagai berikut:
1) Mendapatkan pengetahuan, keterampilan, dan pengalaman di dunia kerja.
2) Mendapatkan gambaran terkait keadaan umum instansi, terutama Balai
Pengkajian Teknologi Pertanian (BPTP) Kalimantan Selatan.
3) Memenuhi syarat kelulusan mata kuliah Kerja Praktik.
1.2.2. Tujuan Khusus

Tujuan khusus dari Pelaksanaan Kerja Praktik ini adalah untuk
pengamatan 3 varietas cabai (Rabani Agrihorti, Prima Agrihoti dan Maruti) di
Demplot Cabai Rawit Desa Ayunan Papan, Kec. Lokpaikat Kabupaten Tapin.
3. Manfaat Kerja Praktik

Manfaat dari Kerja Praktik bagi mahasiswa adalah sebagai berikut:
1) Memberikan pengalaman kerja pada mahasiswa dengan praktik langsung pada
dunia kerja.
2) Terjalinnya kerjasama yang sinergi antara Program Studi Biologi Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Lambung Mangkurat
dengan Balai Konservasi Sumber Daya Alam Kalimantan Selatan.
3) Memperoleh pengetahuan dari 3 varietas cabai (rabani agrihorti, prima
agrihoti dan maruti) di Demplot Cabai Rawit Desa Ayunan Papan, Kec.
Lokpaikat Kabupaten Tapin.

15
BAB II
KEADAAN UMUM INSTITUSI TEMPAT KERJA PRAKTIK

2.1. Sejarah dan Perkembangan
Balai Pengkajian Teknologi Pertanian (BPTP) Kalimantan Selatan
dibentuk berdasarkan SK Mentan Nomor 350/Kpts/OT.210/6/2001 yang
merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) Badan Penelitian dan Pengembangan
(Balitbang) Pertanian, Kementerian Pertanian yang berada di bawah koordinasi
awalnya Pusat Penelitian Sosial Ekonomi Pertanian, kemudian pada tahun 2006
berkoordinasi di bawah Balai Besar Pengkajian dan PengembanganTeknologi
Pertanian (BBP2TP), Bogor.
2.2. Visi dan Misi

Balai Pengkajian Teknologi Pertanian Kalimantan Selatan selaku UPT
yang berada dalam lingkup Litbang Pertanian menetapkan visi sebagai berikut:
“Menjadi lembaga terdepan pengkajian dan pengembangan inovasi teknologi
pertanian tepat guna spesifik lokasi dalam mewujudkan sistem pertanian bio
industri tropika berkelanjutan di Kalimantan Selatan bertaraf internasional”.
Untuk mengimplementasikan Visi diatas, BPTP Kalimantan Selatan mengemban
Misi :
1. Menghasilkan, merekayasa dan mengembangkan teknologi inovasi
pertanian tepat guna spesifik lokasi serta rekomendasi kebijakan
pembangunan pertanian di Kalimantan Selatan sesuai dinamika kebutuhan
masyarakat pertanian.
2. Menghasilkan, merekayasa dan mengembangkan model pertanian bio
industri berkelanjutan.
3. Mengembangkan jejaring kerjasama daerah, nasional dan internasional
dalam rangka peningkatan kapasitas pengkajian, pendayagunaan hasil
pengkajian dan pengembangan inovasi pertanian serta peningkatan
kesejahteraan petani
4. Meningkatkan efisiensi dan percepatan diseminasi teknologi inovasi
pertanian kepada para pengguna serta meningkatkan penjaringan umpan
16
balik inovasi teknologi pertanian dalam rangka peningkatan scientific

recognition dan impact recognition.
5. Mengembangkan kapasitas SDM BPTP yang profesional dan mandiri.
2.3. Tugas dan Fungsi

Balai Pengkajian Teknologi Pertanian (BPTP) berdasarkan Permentan
Nomor 16/2006 mempunyai tugas melaksanakan pengkajian, perakitan dan
pengembangan teknologi pertanian tepat guna spesifik lokasi. Selanjutnya dalam
Permentan disebutkan fungsinya yaitu:
a) Pelaksanaan inventarisasi dan identifikasi kebutuhan teknologi pertanian

tepat guna spesifik lokasi;
b) Pelaksanaan penelitian, pengkajian dan perakitan teknologi dan diseminasi
hasil hasil pengkajian serta perakitan materi penyuluhan;
c) Pelaksanaan pengembangan teknologi dan diseminasi hasil pengkajian
serta perakitan materi penyuluhan;
d) Penyiapan kerjasama, informasi, dokumentasi serta penyebarluasan dan
pendayagunaan hasil pengkajian, perakitan dan pengembangan teknologi
pertanian tepat guna spesifik lokasi;
e) Pemberian pelayanan teknik kegiatan pengkajian, perakitan dan
pengembangan teknologi pertanian tepat guna spesifik lokasi;
f) Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga Balai.
BAB III
TINJAUAN PUSTAKA
2.1. Prima Agrihorti
Gambar 1. Prima Agrihorti
No. Jenis Keterangan
1. Komoditas : Cabai
2. Tahun : 2015
3. Potensi hasil : 9,64-20,25 ton/ha
4. Umur tanaman : 115-149 hari
5. Rasa tekstur : Pedas
6. Keterangan : SK Mentan Nomor

112/Kpts/SR.120/D.2.7/9/2015. Hasil 13,3
ton/Ha. Rata-rata bobot buah per pohon 1.270 g.
Berpotensi untuk dikembangkan di daerah sentra
produksi terutama di daerah dataran tinggi, karena
varietas cabai rawit Prima AGRIHORTI
mempunyai adaptasi baik di dataran tinggi.
7. Status : Komersial
18
8. Asal : Dalam negeri
9. Silsilah : Seleksi dari populasi R29
10. Bentuk : Bulat

penampang
batang :
11. Golongan : Bersari bebas
varietas
12. Diameter batang : 1,01 – 2,50 cm
13. Tinggi tanaman : 98,25 – 136,59 cm
14. Warna batang : Hijau
15. Bentuk bunga : Bentuk Bintang
16. Warna daun : Hijau
17. Lebar daun : 6,13 – 9,40 cm.
18. Panjang daun : 12,84 – 22,60 cm;
19. Bentuk daun : Ovate
20. Umur mulai : 45 – 71 hari setelah tanam

berbunga Umur
mulai panen :
115 – 149 hari
setelah tanam
21. Warna buah tua : Merah
22. Warna buah : Kuning kehijauan

muda
23. Ukuran buah : Panjang 5,88 – 6,85 cm; Diameter 1,00 – 1,27 cm.
24. Bentuk buah : Elongate
(Balitsa, 2018)
19
Cabai Rawit Prima Agrihorti berpotensi untuk dikembangkan di sentra

produksi terutama di daerah dataran tinggi, karena varietas ini mempunyai
adaptasi baik di dataran tinggi. Keunggulan dari varietas ini adalah daya hasil
tinggi yaitu mencapai 20 ton/ha. Warna buah cabai pada saat muda kuning
kehijauan dan pada saat tua berwarna merah oranye. Cabai tersebut yaitu memiliki
buah yang sangat lebat, rasa yang pedas dengan tingkat kepedasan 610 ppm, dan
bentuk buah elongate. Cabai ini juga mempunyai daya simpan antara 10-12 hari
pada suhu 19-23?C, dapat beradaptasi dengan baik di dataran tinggi.Varietas ini
telah dilisensi secara non eksklusif oleh Koperasi Produsen Kisingasari Kawali
Mukti selama 5 tahun (2016 – 2021). Pengembangan oleh swasta diharapkan
dapat mempercepat perluasan adopsi Cabai Rawit varietas Prima Agrihorti di
masyarakat, sekaligus mengatasi masalah fluktuasi harga cabai rawit yang tinggi
di pasaran (Balitsa, 2017).
DAFTAR PUSTAKA
http://balitsa.litbang.pertanian.go.id/ind/index.php/joomla-pages-iii/categories-
list/36-halaman/614-cabai-rawit-varietas-prima-agrihorti (Balitsa, 2017)
http://bpatp.litbang.pertanian.go.id/balaipatp/berita/211 (Balitsa, 2018)
LAKIN BPTP Kalimantan Selatan 2017
2.2. Rabani Agrihorti

2.3. Maruti
BAB IV
METODE PENELITIAN
4.1. Waktu dan Tempat Kerja Praktik

Kerja Praktik ini dilaksanakan pada tanggal 1 Agustus 2019 sampai
dengan 4 September 2019 di Demplot Cabai Rawit Desa Ayunan Papan, Kec.
Lokpaikat Kabupaten Tapin BPTP Kalimantan Selatan.
4.2. Bentuk Kerja Praktik
Kerja praktik yang dilaksanakan Balai Pengkajian Teknologi Pertanian
(BPTP) Kalimantan Selatan BPTP Kalimantan Selatan adalah berupa magang.
Selama kerja praktik dilaksanakan, mahasiswa dibimbing oleh pembimbing
eksternal dari instansi dan pembimbing internal dari Progam Studi Biologi
FMIPA ULM serta staff BPTP Kal-Sel. Ada pun beberapa bentuk kegiatan yang
telah dilakukan di Demplot Cabai Rawit Desa Ayunan Papan, Kec. Lokpaikat
Kabupaten Tapin adalah pengamatan pertumbuhan 3 varietas cabai (Rabani
Agrihorti, Prima Agrihoti dan Maruti). Akan tetapi dikarenakan pengambilan
waktu pengamatan yang baru dapat dilaksanakan memasuki pertengahan masa
kerja praktik, tidak semua kegiatan pengamatan yaitu pada fase generatif dapat
dilakukan oleh mahasiswa. Suasana selama proses kerja praktik berlangsung baik
dan menyenangkan. Pembimbing eksternal dan staf BPTP Kal-Sel juga
mengarahkan dan membimbing mahasiswa dengan sangat baik sehingga banyak
pengalaman dan ilmu baru yang dapat diperoleh oleh mahasiswa.
4.3. Bahan dan Alat
4.3.1 Bahan
Bahan yang digunakan adalah tabel data.
4.3.2 Alat
Alat yang digunakan adalah penggaris, alat tulis dan kamera.
4.4. Prosedur Kerja
21
Secara garis besar prosedur pengamatan pertumbuhan diamati pada fase

vegetatif yang diamati adalah tinggi dan jumlah daun tanaman, sedangkan pada
fase generatif yang diamati adalah jumlah bunga dan buah.
BAB V
PELAKSANAAN KERJA PRAKTIK

5.1. Evaluasi Pelaksanaan Kerja Praktik
Kerja praktik yang dilaksanakan dengan waktu 25 hari kerja dapat
memberikan mahasiswa berbagai pengetahuan, pengalaman dan gambaran
mengenai dunia kerja. Mahasiswa dapat belajar mengenai hal-hal baru terutama
terkait melaksanakan pengkajian, perakitan dan pengembangan teknologi
pertanian tepat guna spesifik lokasi. Hal ini dapat menjadi pengalaman berharga
bagi mahasiswa karena telah diberi kesempatan untuk dapat menggunakan
teknologi serta fasilitas secara gratis di BPTP Kal-Sel. Mahasiswa juga dapat
belajar bagaimana beradaptasi di lingkungan kerja yang tentunya berbeda dengan
lingkungan perkuliahan.
Selama melakukan pekerjaan, mahasiswa selalu dibimbing dan didampingi
oleh pembimbing eksternal KP dan staf laboratorium, sehingga mahasiswa dapat
lebih memahami dan bekerja secara mandiri. Akan tetapi, salah satu penghambat
selama kerja praktik adalah kurangnya keterampilan dan pengetahuan mahasiswa
terkait penggunaan teknologi dan prosedur pekerjaan di awal kerja praktik.
Namun, dikarenakan adanya bimbingan dan arahan yang dilakukan oleh
pembimbing dan staf, mahasiswa dapat memahami dan memperoleh keterampilan
baru saat di lapangan. Oleh karena itu sebelum melakukan kerja praktik,
sebaiknya mahasiswa lebih giat lagi untuk memahami berbagai teori selama
perkuliahan dan berlatih keterampilan selama praktikum agar nantinya tidak kaku
ketika mengaplikasikan ilmunya di saat kerja praktik.
5.2. Hasil
5.3. Pembahasan
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
5.1. Kesimpulan
Kesimpulan yang dapat diambil dari kegiatan Kerja Praktik ini adalah
mahasiswa mendapat pengetahuan, keterampilan, pengalaman bekerja di dunia
kerja, dan gambaran terkait keadaan umum di Balai Pengkajian Teknologi
Pertanian (BPTP) Kalimantan Selatan serta mahasiswa mampu memenuhi syarat
kelulusan mata kuliah Kerja Praktik. Selain itu, mahasiswa juga dapat mengetahui
cara mengaplikasikan teknologi pertanian cabai varietas unggul di Demplot Cabai
Rawit Desa Ayunan Papan, Kec. Lokpaikat Kabupaten Tapin.
Pada identifikasi yang dilakukan menunjukkan hasil yang tidak valid. Hal
ini dikarenakan kontrol positif dari serotipe DEN 2 tidak mengalami amplifikasi.
Akan tetapi, sampel 4 mengalami kenaikan pada nilai Ctnya dengan nilai 19,10.
Hasil ini dianggap tidak valid karena kontrol positif DEN 2 yang digunakan tidak
menunjukkan adanya kenaikan kurva.
5.2. Saran
Saran yang dapat penulis berikan adalah dalam pelaksanaan Kerja Praktik,
mahasiswa perlu mencari informasi terlebih dahulu mengenai instansi terkait.
Selain itu, mahasiswa sebaiknya lebih giat lagi untuk memahami berbagai teori
terkait bidang minat yang akan diajukan untuk kerja praktik dan berlatih
keterampilan selama berpraktikum agar tidak kaku selama bekerja di
Laboratorium.
2
DAFTAR PUSTAKA
Candra, A. 2010. Demam Berdarah Dengue : Epidemiologi, Patogenesis, dan

Faktor Risiko Penularan. Aspirator. 2(2) : 110-119.
Hewajuli, D.A. & N.L.P.I. Dharmayanti. 2013. Perkembangan Teknologi Reverse

Transcriptase-Polymerase Chain Reaction dalam Mengidentifikasi Genom
Avian Influrnza dan Newcastle Diseases. Wartazoa. 24(1) : 16-29.
Marbawati, D. 2006. Virus Dengue. Balaba. 2 : 21-22.
Porter, K.R., C.G. Beckett, H. Kosasih, R.I. Tan, B. Alisjahbana, P.I.F. Rudiman,
S. Widjaja, E. Listiyaningsih, C.N Ma’roef, J.L.M. Ardle, I. Parwati, P.
Sudjana, H. Jusuf, D. Yuwono, & S. Wuryadi. 2005. Epidemiology of
Dengue and Hemorrhagic Fever in A Cohort of Adult Living in Bandung,
West Java, Indonesia. J. Trop. Med. 72(1) : 60-66.
Prasetyo, A.A. 2009. Materi Asistensi Biomedik. Fakultas Kedokteran UNS, Solo.
Prasetyowati, H. & E.P. Astuti. 2010. Serotipe Virus Dengue di Tiga

Kabupaten/Kota Dengan Tingkat Endemisitas DBD Berbeda di Provinsi
Jawa Barat. Aspirator. 2(2) : 120-124.
Santoso, T.J., S.H. Hidayat, M. Herman, & Sudarsono. 2013. Aplikasi Teknik
Polymerase Chain Reaction (PCR) Menggunakan Primer Degenerate dan
Spesifik Gen AV1 Untuk Mendeteksi Begomovirus Pada Tomat
(Lycopersicon esculentum Mill.). J. Hort. Indonesia. 4(3) : 140-149.
Sucipto, P.T., M. Raharjo & Nurjazuli. 2015. Faktor-faktor yang Mempengaruhi

Kejadian Penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) dan Jenis Serotipe
Virus Dengue di Kabupaten Semarang. Jurnal Kesehatan Lingkungan
Indonesia. 14(2) : 51-56.
Sudjadi. 2008. Bioteknologi Kesehatan. Kanisius, Yogyakarta.
Supartha, I.W. 2008. Pengendalian Terpadu Vektor Virus Demam Berdarah

Dengue, Aedes aegypti (Linn.) dan Aedes albopictus (Skuse)(Diptera:
Culicidae). Pertemuan Ilmiah. Universitas Udayana.
Taylor, R., D. Subedi & W. Andrew. 2014. Laboratory Diagnosis of Dengue

Infection: Current Techniques and Future Strategies. OJCD. 4(1) : 63-70.
Tunissea, A., D. Widiastuti & N. Wijayanti. 2012. Uji Teknik RT-PCR Untuk
Pemeriksaan Virus Dengue-3 Pada Nyamuk Aedes aegypti yang Diinfeksi
Secara Intrathoral. Widyariset. 15(2) : 479.484.
3
Yohan, B., S. Fahri, H. Trimarsanto, S. Sayono, S. Hadisaputro, E. Dharmana, D.

Syafruddin, & R.T. Sasmono. 2013. Molecular Surveillance of Dengue in
Semarang, Indonesia Revealed The Circulation of An Old Genotype of
Dengue Virus Serotype-1. Plos Neglected Tropical Diseases. 7(8) : 1-12.
4
Lampiran 1. Denah Ruangan Laboratorium Virologi dan Imunologi BBTKL-PP

Banjarbaru
TOILET
RUANG ADD
RUANG MIX
SAMPLE
RUANG RUANG
EKSTRAKSI IMMUNOLOGI
RUANG
RUANG PCR
STAFF
5
Lampiran 2. Data Running RT-PCR Virus Dengue Serotipe DEN-2

1) Data Pengujian Kontrol Positif
No. Colour Name Type Ct Ct Given Conc Calc Conc
Comment (Copies) (Copies)
1 ntc Unknown
2 den 1 Unknown
3 ntc Unknown
4 den 2 Unknown 14.61
2) Data Analisis Pengujian Virus Dengue Serotipe DEN-2 (Pengerjaan 1)
No. Colour Name Type Ct Ct Comment Given Conc Calc Conc

(Copies) (Copies)
1 NTC Unknown
2 D1 1 Unknown
3 D1 2 Unknown
4 D1 3 Unknown
5 D1 4 Unknown
6 D1 5 Unknown
7 PC D1 Unknown
8 PC D2 Unknown 39.94
6

(Copies) (Copies)
9 D2 1 Unknown
10 D2 2 Unknown
11 D2 3 Unknown
12 D2 4 Unknown 19.10
13 D2 5 Unknown
3) Data Pengujian Alikuot Kontrol Positif (Pengerjaan 2)

(Copies) (Copies)
1 ntc Unknown
2 den 1 1 Unknown
3 den 1 2 Unknown
4 den 1 3 Unknown
5 den 1 4 Unknown
6 ntc Unknown
7 den 2 1 Unknown 16.88
7
Lampiran 3. Dokumentasi Ruangan Laboratorium Virologi dan Imunologi

1) Ruang Ekstraksi
2) Ruang Mix Reagen (Clean Room)
3) Ruang Add Sample

8
4) Ruang Alat
5) Bahan Ekstraksi Manual

9
6) Bahan Pembuatan Mix Reagen

10
11
Lampiran 4. Pengerjaan di Laboratorium

12
laboratorium virologi BBTKL-PP Banjarbaru. Melalui Balai Besar Teknik

Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit (BBTKL-PP) Banjarbaru,
mahasiswa dapat belajar dengan bimbingan para ahli yang bekerja terkait analisis
dan langkah pengendalian penyakit. Analisis penyakit dewasa ini menjadi salah
satu permasalahan global yang umumnya disebabkan oleh organisme
mikroskopis, yaitu bakteri, virus atau pun protozoa. Oleh karena itu, berbagai
analisis terkait penyebaran penyakit terutama oleh virus menjadi suatu hal yang
menarik untuk dipelajari terutama dengan adanya kegiatan kerja praktik ini.
Salah satu virus yang menjadi penyebab utama dari banyaknya kematian
dan penyakit di daerah tropis dan subtropis adalah virus dengue. Setiap tahun,
ditularkan melalui gigitan nyamuk. Belum ada vaksin yang dapat mencegah
terjadinya infeksi dari virus dengue. Diperkirakan sebanyak 2,5 miliar orang
tinggal di wilayah penularan virus dengue. Virus ini bahkan telah menyebar ke
lebih dari 100 negara. Sebelum tahun 1970, virus dengue hanya tersebar di
13
sembilan negara. Akan tetapi sejak saat itu, kasus virus dengue semakin
meningkat jumlahnya dan bahkan telah meningkat lebih dari 4 kali lipat kasus dan
semakin meningkat setiap tahunnya (Taylor dkk., 2014).
Di Indonesia, virus dengue pertama kali muncul tahun 1968 di Surabaya.
Kejadian luar biasa akibat virus dengue selalu muncul di awal musim hujan setiap
tahunnya. Virus dengue memiliki 4 serotipe, yaitu DEN-1, DEN-2, DEN-3, dan
DEN-4. Apabila salah satu dari serotipe tersebut telah menginfeksi seseorang,
maka seseorang tersebut kemungkinan akan kebal terhadap serotipe yang sama
dalam jangka waktu tertentu, tetapi tidak kebal terhadap infeksi serotipe yang lain.
Virus dengue ditularkan oleh nyamuk Aedes aegypti dan nyamuk Aedes
albopictus (Supartha, 2008).
Kejadian Luar Biasa (KLB) yang disebabkan oleh virus dengue, seperti
kasus DBD dan DD dapat dipengaruhi oleh berbagai faktor. Faktor utama adalah
faktor virologis, yaitu distribusi, serotipe serta virulensi dari virus dengue
(Prasetyowati & Astuti, 2010). Salah satu metode yang dapat digunakan untuk
mendeteksi keberadaan virus dengue adalah dengan RT-PCR. Sampel RNA virus
dengue harus diekstraksi terlebih dahulu dengan menggunakan QiaAmp Viral
RNA Mini Kit. Sampel positif dapat dideteksi dengan melakukan analisis nilai
ambang Ct (Cycle treshold) (Yohan dkk., 2013). Oleh karena itu, pada laporan
kerja praktik ini penulis mengangkat judul terkait identifikasi serotipe DEN-2
virus dengue dengan metode RT-PCR di Laboratorium Virologi dan Immunologi
Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit (BBTKL-
PP) Banjarbaru.
25. Tujuan Kerja Praktik

Tujuan kerja praktik ini terdiri dari :
1.2.2 Tujuan Umum
Tujuan umum dari Pelaksanaan Kerja Praktik ini adalah sebagai berikut:
4) Mendapatkan pengetahuan, keterampilan, dan pengalaman di dunia kerja.
14
5) Mendapatkan gambaran terkait keadaan umum instansi, terutama Balai Besar

Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit (BBTKL-PP)
Banjarbaru.
6) Memenuhi syarat kelulusan mata kuliah Kerja Praktik.
1.2.3. Tujuan Khusus
Tujuan khusus dari Pelaksanaan Kerja Praktik ini adalah untuk
mengidentifikasi virus dengue serotipe DEN-2 dengan metode Real Time PCR
(RT-PCR) di Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian
Penyakit (BBTKL-PP) Banjarbaru.
26. Manfaat Kerja Praktik
Manfaat dari Kerja Praktik bagi mahasiswa adalah sebagai berikut:
1) Mahasiswa mendapat pengetahuan, keterampilan, dan pengalaman di dunia
kerja, terutama di Laboratorium Virologi dan Immunologi.
2) Mahasiswa mendapat gambaran terkait keadaan umum dan suasana kerja di
Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit
(BBTKL-PP) Banjarbaru.
3) Mahasiswa dapat lulus mata kuliah Kerja Praktik.
Manfaat Kerja Praktik bagi Program Studi Biologi Fakultas Matematika
dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Lambung Mangkurat adalah PS Biologi
FMIPA UNLAM dapat menjalin hubungan kerja sama dan silahturrahmi dengan
PP) Banjarbaru.
Manfaat bagi Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan
Pengendalian Penyakit Banjarbaru adalah pihak BBTKL-PP dapat terbantu dalam
pelaksanaan kegiatan kerja terutama di Laboratorium.
BAB II
KEADAAN UMUM INSTITUSI TEMPAT KERJA PRAKTIK

2.4. Sejarah dan Perkembangan
Balai Teknik Kesehatan Lingkungan (BTKL) Medan, Batam, Ujung
Pandang dan Banjarmasin dibentuk dengan tujuan untuk mencegah dan
mengendalikan berbagai persoalan terkait kesehatan lingkungan. Pembentukan
BTKL ini disahkan melalui Keputusan Menteri Kesehatan RI No.
392/MENKES/SK/IV/1998 dibentuklah BTKL Banjarmasin diresmikan oleh
Gubernur KDH Tk. I Provinsi Kalimantan Selatan pada tanggal 5 September 1998
dengan wilayah kerja regional Kalimantan Selatan, Kalimantan Tengah, dan
Kalimantan Timur. Nama Balai Teknik Kesehatan Lingkungan (BTKL)
Banjarmasin berubah menjadi Balai Teknik Kesehatan Lingkungan dan
Pemberantasan Penyakit Menular (BTKL-PPM) Kelas I Banjarbaru pada tanggal
5 September 1998 berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor:
267/MENKES/SK/III/2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana
Teknis di Bidang Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pemberantasan Penyakit
Menular.
Balai Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pemberantasan Penyakit Menular
(BTKL-PPM) Kelas I Banjarbaru berubah nama menjadi Balai Besar Teknik
Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit (BBTKL-PP) didasarkan pada
Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor: 891 MENKES/PER/IX/2008 tentang
perubahan Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor: 267/ MENKES/SK/III/2004.
Ada pun lokasi dari BBTKL-PP Banjarbaru saat ini adalah di Jalan Mistar
Cokrokusumo No. 2A Banjarbaru. Lokasi ini dinilai cukup strategis untuk
melakukan pelayanan di bidang kesehatan lingkungan.
BBTKL-PP Banjarbaru telah mendapatkan Sertifikat Akreditasi dari
Komite Akreditasi Nasional (KAN) pada tanggal 21 Oktober 2010 untuk
Laboratorium Penguji dengan menerapkan ISO/IEC 17025:2005. Hal ini
dilakukan untuk menjaga kualitas dan menjadi jaminan bahwa pelayanan yang
dilakukan oleh BBTKL-PP telah terstandarisasi. Asdep Standardisasi dan
Teknologi Kementrian Lingkungan Hidup pada tanggal 30 Oktober 2013 juga
16
telah menyerahkan sertifikat Registrasi Laboratorium Penguji kepada Kepala

BBTKL-PP Banjarbaru sebagai laboratorium teregistrasi yang ke-61 dengan
nomor registrasi 00065/LPJ/LABLING-1/LRK/KLH.
2.5. Visi dan Misi
Visi dari BBTKL-PP Banjarbaru adalah masyarakat sehat yang mandiri
dan berkeadilan.
Misi dari BBTKL-PP Banjarbaru adalah sebagai berikut:
1) Meningkatkan derajat kesehatan masyarakat melalui pemberdayaan
masyarakat termasuk swasta dan masyarakat madani,
2) Melindungi kesehatan masyarakat dengan menjamin tersedianya upaya
kesehatan yang paripurna, merata, bermutu, dan berkeadilan,
3) Menjamin ketersediaan dan pemerataan sumber daya kesehatan,
4) Menciptakan tata kelola kepemerintahan yang baik.
2.6. Kegiatan Unit
Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit
(BBTKL-PP) Banjarbaru berfungsi untuk melaksanakan berbagai kegiatan unit
sebagai berikut:
1) Pelaksanaan surveilans epidemiologi.
2) Pelaksanaan Analisis Dampak Kesehatan Lingkungan (ADKL).
3) Pelaksanaan laboratorium rujukan.
4) Pelaksanaan pengembangan model dan teknologi tepat guna.
5) Pelaksanaan uji kendali mutu dan kalibrasi.
6) Pelaksanaan penilaian dan respons cepat, kewaspadaan dini dan
penanggulangan KLB/wabah dan bencana.
7) Pelaksanaan surveilans faktor risiko penyakit tidak menular.
8) Pelaksanaan pendidikan dan pelatihan.
9) Pelaksanaan kajian dan pengembangan teknologi pengendalian penyakit,
kesehatan lingkungan dan kesehatan matra.
10) Pelaksanaan ketatausahaan dan kerumahtanggaan BBTKL-PP.
17
2.7. Organisasi
Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan RI Nomor:
2349/Menkes/PER/XI/2011 tentang organisasi dan tata kerja unit pelaksana teknis
di bidang teknik kesehatan lingkungan dan pengendalian penyakit, BBTKL-PP
Banjarbaru merupakan unit pelaksana teknis (UPT) di bidang teknik kesehatan
lingkungan dan pengendalian penyakit di lingkungan Kementerian Kesehatan.
BBTKL-PP Banjarbaru bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal
Pengendalian Penyakit dan Penyehatan Lingkungan. Adapun tugas yang harus
dilaksanakan BBTKL-PP adalah melaksanakan surveilans epidemiologi, kajian
dan penapisan teknologi, laboratorium rujukan, kendali mutu, kalibrasi,
pendidikan dan pelatihan, pengembangan model dan teknologi tepat guna,
kewaspadaan dini dan penanggulangan kejadian luar biasa (KLB) di bidang
pengendalian penyakit dan kesehatan lingkungan serta kesehatan matra. Wilayah
kerja BBTKL-PP Banjarbaru adalah Kalimantan Selatan, Kalimantan Tengah,
dan Kalimantan Timur.
Ada pun tugas dari setiap Unit Pelaksanaan Teknis BBTKL-PP Banjarbaru
dalam pelaksanaan fungsinya adalah sebagai berikut:
1. Bagian Tata Usaha menyelenggarakan fungsi:
a) pelaksanaan penyusunan program dan laporan,
b) pelaksanaan urusan keuangan,
c) dan pelaksanaan urusan kepegawaian dan umum.
2. Bidang Surveilans Epidemiologi menyelenggarakan fungsi:
a) pelaksanaan surveilans epidemiologi penyakit menular dan tidak menular,
b) pelaksanaan advokasi dan fasilitas kejadian luar biasa, wabah dan bencana,
c) pelaksanaan kajian dan desiminasi informasi, kesehatan lingkungan,
kesehatan matra dan pengendalian penyakit,
d) pelaksanaan kemitraan dan jejaring kerja bidang surveilans epidemiologi,
e) dan pelaksanaan pendidikan dan pelatihan bidang surveilans epidemiologi.
3. Bidang Pengembangan Teknologi dan Laboratorium menyelenggarakan fungsi:
18
a) pengembangan dan penapisan teknologi, pengendalian penyakit dan

kesehatan lingkungan serta kesehatan matra,
b) pengembangan laboratorium pengendalian penyakit dan kesehatan
lingkungan serta kesehatan matra,
c) pelaksanaan jejaring kerja dan kemitraan di bidang pengembangan
teknologi dan laboratorium,
d) pendidikan dan pelatihan di bidang pengembangan teknologi dan
laboratorium bidang pengendalian penyakit dan kesehatan lingkungan
serta kesehatan matra.
4. Bidang Analisis Dampak Kesehatan Lingkungan menyelenggarakan fungsi:
a) analisis dampak lingkungan fisik dan kimia,
b) analisis dampak lingkungan biologi,
c) pelaksanaan jejaring kerja dan kemitraan di bidang analisis dampak
kesehatan lingkungan,
d) dan pendidikan dan pelatihan di bidang analisis dampak kesehatan
lingkungan.
2.8. Fasilitas Pelayanan
Laboratorium BBTKL-PP Banjarbaru melayani pengujian berbagai
parameter dan pemeriksaan sampel dalam bidang kimia, fisika, dan biologi. Ada
pun beberapa jenis pelayanan yang dapat dilakukan di Laboratorium Virologi dan
Immunologi adalah sebagai berikut:
1) Identifikasi virus dengue
2) Serotype virus dengue
3) Identifikasi virus chikungunya
4) Identifikasi virus zika
5) Identifikasi Fasciolopsis busci
6) Identifikasi Plasmodium Malaria
BAB III
TINJAUAN PUSTAKA
2.4. Virus Dengue
Virus dengue termasuk dalam famili Flaviridae dengan genus Flavivirus.
Penderita penyakit akibat virus dengue semakin meningkat jumlahnya dalam 50
tahun terakhir. Sedikitnya terdapat peningkatan jumlah kasus sebanyak 30 kali
lipat dalam satu dekade ini. Penderita virus dengue banyak ditemukan di wilayah
tropis dan subtropis, terutama di wilayah Asia Tenggara, Amerika Tengah,
Amerika dan Karibia (Candra, 2010).
Setiap tahun terjadi Kejadian Luar Biasa (KLB) terkait virus dengue di
berbagai provinsi Indonesia. KLB terbesar terjadi pada tahun 1998 dan 2004
dengan jumlah kematian sebesar 800 orang lebih dari 79.480 penderita. Jumlah
kasus ini terus meningkat pada tahun-tahun berikutnya. Akan tetapi, jumlah
kematian semakin berkurang (Candra, 2010). Kejadian Luar Biasa (KLB) yang
disebabkan oleh virus dengue dapat terjadi secara musiman dan berkala. Hal ini
dapat disebabkan oleh berbagai faktor, yaitu faktor virologis, manusia sebagai
host, vektor, dan lingkungan. Faktor virologis dari virus dengue, yaitu jumlah atau
distribusi, serotipe serta virulensi dari virus dengue. Faktor manusia sebagai host,
yaitu dipengaruhi oleh kepadatan populasi, mobilitas, imunitas dan proporsi
viremik (Prasetyowati & Astuti, 2010).
Virus dengue memiliki masa inkubasi selama 3 – 14 hari di dalam tubuh
manusia (inkubasi intrinsik) sebelum terjadinya gejala klinis. Gejala klinis
umumnya muncul pada hari keempat hingga hari ketujuh, sedangkan inkubasi di
dalam tubuh nyamuk (inkubasi ekstrinsik) berlangsung selama 8 – 10 hari. Virus
dengue akan berkembang biak di dalam sel retikuloendotial (5 – 7 hari) setelah
masuk ke dalam tubuh manusia. Adanya infeksi ini menimbulkan terbentuknya
respon imun berupa anti netralisasi, anti-hemaglutinin, dan anti komplemen. Ada
pun jenis antibodi yang muncul adalah IgM dan IgG pada infeksi primer, dan akan
meningkat jumlahnya pada infeksi sekunder (Candra, 2010).
2.5. Virus Dengue Serotipe DEN-2
20
Virus dengue memiliki 4 serotipe, yaitu DEN-1, DEN-2, DEN-3, dan

DEN-4. Jumlah subtipe (strain) dari masing-masing tipe tersebut adalah ratusan
tergantung dari asal virus tersebut. Serotipe DEN-2 dan DEN-3 merupakan
penyebab terbesar adanya wabah Demam Berdarah (DBD) di Asia Tenggara.
Karakter serotipe virus dari daerah satu ke daerah lain berbeda. Infeksi oleh
serotipe virus tertentu dapat menimbulkan antibodi seumur hidup bagi serotipe
yang sama tetapi jika serotipenya berbeda, maka masih ada kemungkinan untuk
terinfeksi. Pembentukan antibodi pada infeksi virus dengue pertama oleh salah
satu jenis serotipe akan menimbulkan terjadinya kekebalan silang (Marbawati,
2006).
Pemeriksaan serotipe virus dengue dapat dilakukan dengan menggunakan
nested RT-PCR. Ada pun ukuran pita yang diharapkan untuk virus dengue tipe I
adalah 486 bp, tipe II adalah 119 bp, tipe III adalah 290 bp, dan tipe IV adalah
389 bp. Daerah endemis tinggi dan sedang diketahui sebagai daerah dengan
serotipe virus dengue yang beragam. Oleh karena itu, serotipe virus dengue sangat
berperan dalam menentukan tingkat endemisitas dari virus dengue (Prasetyowati
& Astuti, 2010).
Salah satu kasus yang melibatkan virus dengue serotipe DEN-2 adalah
epidemi di Kuba pada tahun 1981. Wabah ini menginfeksi banyak orang dewasa,
tetapi DBD dan DSS hanya terjadi pada pada anak anak. Epidemi DEN-2
kemudian terjadi 16 tahun kemudian dengan tingkat kematian pada orang dewasa
yang lebih tinggi daripada sebelumnya. Hal ini kemungkinan disebabkan oleh
infeksi primer oleh DEN-1 dan infeksi sekunder DEN-2 dapat dikorelaksikan
dengan penyakit yang lebih berat (Porter dkk., 2005).
2.6. Diagnosis Secara Molekuler

Deteksi dan penentuan serotipe virus dengue dengan teknik RT-PCR
merupakan proses analisis secara molekuler yang menggunakan transkripsi balik
dari mRNA menjadi cDNA (complementary DNA). Dalam proses PCR, molekul
cDNA digunakan sebagai cetakan (Sucipto dkk., 2015). Teknik PCR merupakan
21
teknik yang sangat sensitif dan spesifik untuk mendeteksi dan mengidentifikasi
virus (Santoso, 2013).
Kelebihan dari penggunaan PCR untuk deteksi virus adalah sampel DNA
yang digunakan dalam jumlah sedikit, sampel dapat diperoleh dari jaringan segar
maupun yang sudah disimpan dalam lemari es. Selain itu, deteksi dengan PCR
tidak dipengaruhi oleh tahap perkembangan sampel dan lingkungan. Teknik PCR
juga dapat menjadi salah satu solusi untuk mengatasi kesulitan saat deteksi
dengan menggunakan metode serologi (Santoso, 2013).
Metode PCR banyak disukai karena analisisnya yang cepat dan tanpa
menggunakan senyawa radioaktif. Salah satu perkembangan terbaru dari PCR
adalah Real Time PCR. Real Time PCR mampu menghasilkan senyawa
berfluoresensi sehingga memiliki sensitifitas yang tinggi dalam analisisnya
(Sudjadi, 2008). Real Time PCR dapat dilakukan melalui dua cara, yaitu one step
RT-PCR dan Two Step RT-PCR. Ada pun kelebihan dari penggunaan one step
RT-PCR adalah dapat digunakan untuk screening, menggunakan primer yang
spesifik, mudah dan cepat, minim kontaminasi karena sedikitnya proses pipetting,
dan dikerjakan dalam satu tube. Akan tetapi, kelemahannya adalah tidak dapat
menyimpan stok DNA dan sulit untuk memantau faktor kesalahan di setiap step.
Two step RT-PCR dapat digunakan untuk berbagai macam asssay,
menggunakan primer oligo dT atau random hexamer, dapat menyimpan stok
cDNA, dapat memantau kesalahan di setiap step, dan lebih sensitif. Namun, two
step RT-PCR membutuhkan waktu yang lebih lama, peluang kontaminasi lebih
besar dan dikerjakan dalam dua tube terpisah.
Sebelum melakukan PCR, dilakukan proses ekstraksi untuk mengisolasi
asam nukleat (DNA atau RNA) dari sampel yang akan dianalisis. Beberapa
metode ekstraksi DNA atau RNA dapat dilakukan secara otomatis dengan robotic,
spin column dan kimia yang telah divalidasi terlebih dahulu untuk meminimalkan
terjadinya kontaminasi. Apabila dalam melakukan metode ekstraksi ini terdapat
beberapa perubahan atau kesalahan dalam prosesnya, validasi harus diulang
kembali. Keberhasilan amplifikasi dengan menggunakan RT-PCR sangat
22
bergantung pada desain primer yang digunakan. Apabila primer dalam keadaan
baik, reagen dalam keadaan baik, kontrol dalam keadaan baik maka akan
meningkatkan validitas dari hasil analisis PCR (Hewajuli & Dharmayanti, 2013).
BAB IV
METODE PENELITIAN
4.5. Waktu dan Tempat Kerja Praktik

Kerja Praktik ini dilaksanakan pada tanggal 22 Januari 2018 sampai
dengan 5 Maret 2018 di Laboratorium Virologi dan Immunologi, Balai Besar
Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit (BBTKL-PP)
Banjarbaru, Kalimantan Selatan.
4.6. Bentuk Kerja Praktik
Kerja praktik yang dilaksanakan di laboratorium virologi dan immunologi
PP) Banjarbaru adalah berupa magang. Selama kerja praktik dilaksanakan,
mahasiswa dibimbing oleh pembimbing eksternal dari instansi dan pembimbing
internal dari Progam Studi Biologi FMIPA UNLAM serta staff laboratorium
virologi dan immunologi. Ada pun beberapa bentuk kegiatan yang telah dilakukan
di laboratorium virologi dan immunologi adalah mengidentifikasi virus zika dan
juga virus dengue. Akan tetapi dikarenakan pengambilan waktu kerja praktik yang
dilaksanakan di awal tahun, tidak semua kegiatan identifikasi sampel virus lain
yang sebelumnya biasa dilakukan di laboratorium virologi dan immunologi dapat
dilakukan oleh mahasiswa. Suasana selama proses kerja praktik berlangsung baik
dan menyenangkan. Pembimbing eksternal dan staf laboratorium virologi dan
immunologi juga mengarahkan dan membimbing mahasiswa dengan sangat baik
sehingga banyak pengalaman dan ilmu baru yang dapat diperoleh oleh mahasiswa.
4.7. Bahan dan Alat
4.3.3 Bahan
Bahan yang digunakan adalah sampel nyamuk Aedes, kit ekstraksi
(QIAamp Viral RNA Mini Kit), buffer PBS, 2X Quatifast mix 1, 2x Quantifast
RT Mix (Enzim), RNAse free water, primer (R,F), probe, dan kontrol positif.
4.3.4 Alat
Alat yang digunakan adalah vortex, sentrifuse, tube 1.5 mL, mikropipet
(1000, 200, 100, 20, 10 µL), aerosol barrier tips (1000, 200, 100, 20, 10 µL),
24
QIAamp Mini spin column, collection tube, alat ekstraksi otomatis (Qiacube),
BSC II, spin down, UV 4 PCR, mesin real time (Rotor Gene Q).
4.8. Prosedur Kerja
Secara garis besar prosedur identifikasi virus dengue serotipe DEN 2
terbagi menjadi lima tahap, yaitu pre-treatment nyamuk Aedes, ekstraksi RNA
nyamuk Aedes, pembuatan reagen mix, penambahan sampel, dan penganalisaan
dengan real time PCR (RT-PCR).
4.4.1. Pre-treatment Nyamuk

4.4.1.1. Bahan dan Alat
Tabel 1. Daftar reagen ekstraksi QIAamp Viral RNA Mini Kit beserta
kondisi yang dipersyaratkan dan lokasi penyimpanannya
Bahan dan Kondisi Lokasi

No. Keterangan
Reagen Penyimpanan Penyimpanan
1 Carrier RNA Suhu Ruang Ruangan Mix Disimpan di suhu
(Poly A) Reagen -200C setelah
dilarutkan dengan
310 µL buffer
AVE
2 Buffer AVE Suhu Ruang Ruangan Mix
Reagen
3 Buffer AVL Suhu Ruang Ruangan Mix
Reagen
4 Alkohol absolut Suhu Ruang Ruangan Mix
Reagen
5 Buffer AW1 Suhu Ruang Ruangan Mix Tambahkan
Reagen dengan 25 mL
ethanol absolut
sebelum dipakai
6 Buffer AW 2 Suhu Ruang Ruangan Mix Tambahkan
25
Reagen dengan 30 mL
ethanol absolut
sebelum dipakai
7 QIAamp Mini Suhu Ruang Ruangan Mix
Spin Column Reagen
8 Collection tube Suhu Ruang Ruangan Mix
Reagen
9 1,5 mL eppendorf Suhu Ruang Ruangan
tube Ekstraksi
10 Aerosol Barier Suhu Ruang Ruangan
Tips (1000 µL, Ekstraksi
200 µL, 100 µL,
20 µL, 10 µL)
4.4.1.2. Bahan Pemeriksaan

Sampel caput toraks nyamuk Aedes.
4.4.1.3. Prosedur
Sampel nyamuk dewasa segar sebelumnya disimpan di dalam freezer -
800C. Sampel tersebut kemudian dimasukkan ke dalam tabung mikrosentrifuge
1.5 mL dengan menggunakan pinset steril. Sebanyak 300 µL buffer PBS
ditambahkan ke dalam tabung mikrosentrifuge 1.5 mL tersebut lalu digerus
dengan menggunakan homogeniser. Sampel nyamuk kemudian disentrifugasi
dengan kecepatan 14000 rpm selama 10 menit dengan menggunakan sentrifuse.
Sebanyak 140 µL supernatan diambil dan dilanjutkan dengan proses purifikasi
menggunakan QIAamp Viral Mini Kit.
4.4.2. Ekstraksi
Ekstraksi yang dilakukan dapat berupa ekstraksi manual dan ekstraksi
secara otomatis dengan QIAcube.
4.4.2.1. Ekstraksi Manual
1. Mix : 560 µl Lysis Buffer + 140 µl specimen

2. Ganti
8. Vortexcollection
dan inkubasi
tubesuhu ruangan500
tambahkan (RT) 10 menit
µl Buffer AW1
3. Sentrifuse
9. Spin beberapa
8000detik
rpm selama 1 menit
Spin column
Collection tube 4. Ganti
10. Tambahkan 560 tube
collection µl alkohol absolute
tambahkan 500 µl Buffer AW 2
5. Sentrifuse
11. Vortex dan14000
spin rpm selama 3 menit
6. Transfers @ 630 µl ke-2 spin colum Proses ini dilakukan
12. Ganti collection tube
7. Sentrifuse 8000 rpm selama 1 menit 2x
13. Sentrifuse 14000 rpm selama 1 menit
26
14. Ganti collection tube dengan 1,5 ml eppendorf tube + 60

µl
Buffer AVE
15. Diamkan dalam (RT) selama 1 menit
16. Sentrifuse 8000 rpm selama 1 menit
17. Buang spin colum dan beri label pada tube

4.4.2.2. Ekstraksi dengan QIAcube
Proses ekstraksi dilakukan secara otomatis dengan menggunakan QIAcube
dengan mengikuti protokol sheet QIAcube untuk aplikasi virus menggunakan
QIAamp Viral Mini Kit. Reagen yang diperlukan diisikan pada botol rak
menggunakan botol khusus QIAcube yang disediakan dan ditempatkan sesuai
dengan protokol. Sampel kemudian dimasukkan. Disposible tips berukuran 1000
µL disiapkan. Selain itu, QIAamp mini spin column dan collection tube disiapkan
dan ditempatkan pada rotor adaptor. Buffer AVE ditempatkan pada tube slot.
Pastikan semua komponen telah ditempatkan pada posisinya dengan tutup botol
yang telah dibuka. Pada tombol QIAcube, RNA dipilih lalu kit “QIAamp Viral
Mini Kit” dipilih. Bahan asal yang dipilih adalah jaringan, blood atau body fluid.
27
Protokol yang ada diikuti dan pilihan “NEXT” ditekan hingga muncul “START”.
Initializing akan dilakukan oleh mesin dan apabila semua program telah sesuai
maka akan keluar remaining time. Proses telah selesai dilakukan apabila muncul
protocol has completed. RNA akan tersimpan di collection tube. RNA kemudian
disimpan di suhu -200C atau – 800C.
Tabel 2. Skema perhitungan kebutuhan mix ekstraksi QIAamp Viral RNA Mini
Kit
Buffer AVL Carrier RNA

1 Reaksi 560 µL 5,6 µL
2 Reaksi 1120 µL 11,2 µL
Dst
4.4.3. Pembuatan Reagen Mix

4.4.3.1. Bahan dan Peralatan
Tabel 3. Daftar bahan Quantifast Probe RT PCR Plus Kit beserta kondisi yang
dipersyaratkan dan lokasi penyimpanannya
Bahan dan Kondisi Lokasi

No. Keterangan
Reagen Penyimpanan Penyimpanan
1 2x Quantifast Mix Suhu -200C Ruangan Mix
1 Reagen
2 2x Quantifast Mix Suhu -200C Ruangan Mix
2 (Probe) Reagen
3 Quantifast RT Suhu -200C Ruangan Mix
Mix (Enzim) Reagen
4 Rox Dye Solution Suhu -200C Ruangan Mix
Reagen
5 RNAse Free Suhu Ruang Ruangan Mix
Water Reagen
6 1,5 mL eppendorf Suhu Ruang Ruangan Mix
28
tube Reagen
7 Aerosol Barier Suhu Ruang Ruangan Mix
Tips (1000 µL, Reagen
200 µL, 100 µL,
20 µL, 10 µL)
8 Primer (R,F) Suhu -200C Ruangan Mix
Reagen
9 Probe Suhu -200C Ruangan Mix
Reagen
10 Kontrol Positif Suhu -200C Ruangan Mix
Reagen
4.4.3.2. Bahan Pemeriksaan

RNA virus
4.4.3.3. Prosedur
Komposisi untuk membuat reagen PCR mix dihitung sesuai dengan
jumlah sampel yang akan digunakan, kontrol positif dan negatif. Kontrol positif
disiapkan. PCR mix dibuat dengan Quantifast Probe RT PCR Plus Kit. Reagen
yang dibuat untuk delapan reaksi. Pertama, reagen PCR mix induk dibuat dengan
komposisi sebagai berikut :
Tabel 4.Komposisi reagen mix
Komponen X 1 (µL) X 8 (µL)

2x Quantifast Mix 12,5 100
RNAse Free Water 6,75 54
Primer A1 F 1 8
Primer A1 R 1 8
Probe A1 (10µM) 0,5 4
Quantifast RT Mix 0,25 2
(Enzyme)
29
2x Quantifast mix, primer-probe mix, RNAse free water dan template RNA
dicairkan (bila disimpan pada suhu -200C) dengan cara di spin down selama 15
detik. Semua komponen yang sudah dicairkan dapat dimasukkan dengan jumlah
yang telah dihitung ke dalam elution tube dengan menggunakan mikropipet.
Probe yang akan digunakan tidak boleh terpapar cahaya sehingga pada saat akan
memasukkan probe, lampu BSC harus dimatikan. Enzim tidak boleh terlalu lama
berada di suhu ruang, sehingga setelah digunakan harus segera dimasukkan ke
dalam freezer kembali agar komposisinya tidak rusak. Setelah semua tercampur
ke dalam tube, sebanyak 22 µL reagen mix induk di bagi ke dalam tujuh buah
tube (kontrol negatif (NTC), kontrol positif (PC), lima buah sampel) . Pada tube
kontrol negatif (NTC) ditambahkan 3 µL RNAse free water. Keseluruhan proses
ini dikerjakan di ruang mix reagen.
4.4.4. Penambahan Sampel
Reagen mix yang telah dibuat kemudian dibawa ke ruang add sample.
Sebanyak 3 µL RNA sampel kemudian ditambahkan ke dalam lima buah tube
reagen mix yang sudah disiapkan dan telah dilabeli sesuai urutan sampelnya.
Sebanyak 3 µL kontrol positif akan ditambahkan di ruang PCR sebelum dilakukan
analisis PCR.
4.4.5. Program Mesin PCR
Analisis PCR yang dilakukan menggunakan real time PCR. Program PCR
kemudian diatur sesuai dengan kondisi siklus sebagai berikut:
Tabel 5. Kondisi siklus
Tahapan Waktu Suhu Keterangan
Reverse 20 menit 500C RNA diubah menjadi cDNA
Transkripsi
Aktivasi 5 menit 950C Aktivasi enzim hotstar taq plus DNA
PCR initial polymerase dengan pemanasan
Denaturasi 15 detik 500C
Annealing 30 detik 500C
Total Siklus 40-45 Siklus tergantung jumlah template RNA dan
30
level ekspresi gen target
Hasil ditampilkan dan diperiksa nilai Ct maupun kurva amplifikasi. Garis

threshold diatur secara manual dan ditempatkan di atas noise. Laporan hasil nilai
Ct kemudian dianalisis.
BAB V
PELAKSANAAN KERJA PRAKTIK

5.4. Evaluasi Pelaksanaan Kerja Praktik
Kerja praktik yang dilaksanakan dengan waktu 30 hari kerja dapat
memberikan mahasiswa berbagai pengetahuan, pengalaman dan gambaran
mengenai dunia kerja, khususnya di Laboratorium Virologi dan Immunologi
BBTKL-PP Banjarbaru. Mahasiswa dapat belajar mengenai hal-hal baru terutama
terkait analisis dan identifikasi virus dengan menggunakan metode RT-PCR. Hal
ini dapat menjadi pengalaman berharga bagi mahasiswa karena telah diberi
kesempatan untuk dapat menggunakan alat, bahan dan kit serta fasilitas secara
gratis di BBTKL-PP Banjarbaru. Mahasiswa juga dapat belajar bagaimana
beradaptasi di lingkungan kerja yang tentunya berbeda dengan lingkungan
perkuliahan.
Selama melakukan pekerjaan, mahasiswa selalu dibimbing dan didampingi
oleh pembimbing eksternal KP dan staf laboratorium, sehingga mahasiswa dapat
lebih memahami dan bekerja secara mandiri. Akan tetapi, salah satu penghambat
selama kerja praktik adalah kurangnya keterampilan dan pengetahuan mahasiswa
terkait penggunaan alat dan prosedur pekerjaan di awal kerja praktik. Namun,
dikarenakan adanya bimbingan dan arahan yang dilakukan oleh pembimbing dan
staf laboratorium, mahasiswa dapat memahami dan memperoleh keterampilan
baru untuk melakukan pekerjaan di Laboratorium. Oleh karena itu sebelum
melakukan kerja praktik, sebaiknya mahasiswa lebih giat lagi untuk memahami
berbagai teori selama perkuliahan dan berlatih keterampilan selama praktikum
agar nantinya tidak kaku ketika mengaplikasikan ilmunya di saat kerja praktik.
Selama 30 hari kerja mahasiswa dapat mengenal berbagai pekerjaan di
beberapa laboratorium seperti laboratorium virologi dan immunologi,
laboratorium mikrobiologi, laboratorium parasitologi, laboratorium entomologi,
dan laboratorium media serta reagensia. Suasana balai yang nyaman dan staf yang
ramah membuat mahasiswa mudah beradaptasi dan bersosialisasi selama kerja
praktik. Sehingga mahasiswa tidak hanya mendapatkan pengetahuan terkait
32
analisis di laboratorium virologi dan immunologi, tetapi juga mendapatkan

gambaran pekerjaan di berbagai laboratorium BBTKL-PP lainnya.
5.5. Hasil
Proses awal dari identifikasi virus dengue serotipe DEN-2 adalah dengan
melakukan pengujian kontrol positif virus dengue serotipe DEN-2. Pengujian
kontrol positif dilakukan dengan metode Real Time PCR. Pembacaan hasil
pengujian dilakukan dengan cara menempatkan garis Threshold tepat di bagian
atas noise atau background kurva amplifikasi. Threshold merupakan batas
amplifikasi yang berada di atas garis baseline. Garis baseline merupakan garis
yang menunjukkan silkus awal sebelum terjadinya amplifikasi. Non Template
Control (NTC) merupakan kontrol yang tidak berisi asam nukleat. NTC
digunakan sebagai pembanding dari kontrol positif yang diuji. Data hasil
pengujian yang diperoleh adalah berupa nilai Cycle Threshold (Ct). Nilai Ct
menunjukkan jumlah siklus dimana sinyal fluoresent melewati garis Threshold.
Hasil uji kontrol positif virus dengue serotipe DEN-2 dapat diamati pada gambar
1.
5.2.1. Hasil 1. Uji Kontrol Positif
Gambar 1.Hasil Uji Kontrol Positif Virus Dengue Serotipe DEN-2
Tabel 6. Hasil pengujian kontrol positif sebelum pengenceran
Nama Nilai Ct
33
NTC -
DEN-2 14,61
Hasil analisis data RT-PCR di atas menunjukkan bahwa baseline yang

terbentuk bagus, nilai Ct baik, dan tidak ada noisy.
5.2.2. Hasil 2. Pengerjaan 1
Sampel yang diuji adalah sebanyak 5 buah sampel. Pengujian dilakukan
dengan menggunakan metode Real Time PCR. Pada pengujian yang dilakukan
menunjukkan hasil yang tidak valid karena kontrol positif DEN-2 tidak
menunjukkan adanya kenaikan kurva. Hasil ini dapat diamati pada gambar 2.

Pertama)
Tabel 7. Hasil analisa RT-PCR Virus Dengue Serotipe DEN-2
Nama Nilai Ct
Kontrol Positif DEN-2 39,94
Sampel 1 -
Sampel 2 -
Sampel 3 -
Sampel 4 19,10
34
Sampel 5 -
Hasil analisis data RT-PCR di atas menunjukkan bahwa baseline tidak

terbentuk, beberapa nilai Ct tidak dapat terbaca, serta banyak noisy terbentuk
sehingga data yang didapatkan tidak valid.
5.2.3. Hasil 3. Pengerjaan 2

Pengerjaan 2 dilakukan sebagai bentuk pengulangan karena ketidakvalidan
data analisis yang diperoleh. Kontrol positif virus dengue serotipe DEN-2 diuji
kembali. Hasil pengujian ditunjukkan pada gambar 3.

kedua)
Tabel 8. Hasil analisa RT-PCR Virus Dengue Serotipe DEN-2
Nama Nilai Ct
NTC -
35
DEN-2 Pengenceran 1 16,88

Hasil analisis data RT-PCR di atas menunjukkan bahwa baseline yang

terbentuk bagus, nilai Ct baik dan tidak ada noisy sehingga data yang didapatkan
valid.
5.2.4. Tata Cara dan Alur Kerja di Laboratorium Virologi dan Immunologi
Metode deteksi dengan menggunakan PCR merupakan metode deteksi
yang sensitif dan sangat rentan terhadap kontaminasi sehingga diperlukan upaya
untuk mengurangi peluang terjadinya kontaminasi dalam setiap prosesnya. Salah
satu upaya pencegahan yang dapat dilakukan adalah melalui penataan ruang dan
peralatan. Ruang laboratorium virologi dan immunologi di Balai Besar Teknik
Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit (BBTKL-PP) Banjarbaru
terbagi atas:
a. Ruangan bersih (clean room)
Ruangan bersih (clean room) digunakan untuk pembuatan reagen mix PCR.
Di dalam ruangan ini terdapat freezer -20oC yang digunakan untuk menyimpan
buffer, enzim, dan kit yang diperlukan untuk membuat reagen mix PCR. Semua
alat atau pun bahan dari ruangan ekstraksi tidak boleh dibawa masuk ke dalam
ruangan ini karena dapat menimbulkan kontaminasi. Selain itu, semua alat atau
pun bahan yang berada di ruangan mix juga tidak boleh dibawa keluar dari
ruangan.
b. Ruangan kotor
Ruangan kotor yang dimaksud adalah ruangan ekstraksi, add sample, dan
ruangan alat PCR. Ruangan ekstraksi berisi alat-alat dan bahan yang diperlukan
untuk melakukan proses ekstraksi. Sampel disimpan di dalam freezer -80oC yang
berada di ruangan ekstraksi. Reagen mix dan hasil ekstraksi nantinya akan dibawa
36
ke ruang add sample untuk mencampurkan sampel dengan reagen mix. Setelah
itu, akan dibawa ke ruangan PCR. Ruangan PCR merupakan ruangan untuk
menempatkan alat PCR dan melakukan analisis PCR.
Alur kerja yang dilakukan di laboratorium virologi dan immunologi harus
dilakukan secara berurutan. Apabila hanya ada satu orang petugas, maka petugas
harus membuat reagen mix di ruang mix terlebih dahulu dan dilanjutkan dengan
isolasi asam nukleat (DNA tau RNA) di ruang ekstraksi untuk mengurangi
peluang terjadinya kontaminasi. Tetapi apabila terdapat dua atau lebih petugas,
petugas yang berada di ruang mix harus berbeda dengan petugas yang berada di
ruang ekstraksi. Selanjutnya, petugas yang melakukan add sample adalah petugas
yang melakukan ekstraksi. Sampel kemudian akan dibawa ke ruang alat PCR
untuk dianalisis. Berikut adalah denah dan alur kerja dari laboratorium virologi
dan immunologi Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian
Penyakit (BBTKLPP) Banjarbaru:
Ruang Ruang Ruang Ruang

Mix Ekstraksi Sampel PCR
Keterangan :
 Satu petugas : ruang mix  ruang ekstraksi  ruang add sample  ruang
PCR
 Dua petugas : ruang mix (1 orang)  ruang ekstraksi (1 orang)  ruang add
sample (1 orang dari ruang ekstraksi)  ruang PCR
 Tiga petugas : ruang mix (1 orang)  ruang ekstraksi (1 orang)  ruang add
sample (1 orang)  ruang PCR
Menurut Prasetyo (2009), idealnya untuk tahapan PCR, setiap ruangan
laboratorium telah memiliki pakaian dan sarung tangan tersendiri. Pakaian dan
sarung tangan tersebut tentunya harus dilepas sebelum melakukan pergantian
ruangan. Semua alat yang digunakan juga harus disterilisasi terlebih dahulu.
Sebelum menggunakan BSC, sebaiknya permukaan meja tersebut disterilisasi
dengan sinar UV dan dibersihkan dengan alkohol. Begitu pula dengan alat yang
akan dimasukkan ke dalam BSC.
37
Menurut WHO (2011), petugas harus bertanggung jawab atas keamanan

dan keselamatan selama bekerja di laboratorium. Ada pun tata cara keamanan di
laboratorium adalah sebagai berikut:
1. Petugas harus waspada setiap melakukan penanganan spesimen yang bersifat
infeksius (darah, swab dan cairan tubuh).
2. Petugas harus menggunakan alat perlindungan diri seperti jas lab, sarung
tangan dan masker.
3. Petugas sebaiknya tidak menggunakan pipet yang dihisap melalui mulut.
4. Bahan yang bersifat infeksius harus dibuang di plastik biohazard dan tidak
boleh dibuang di tempat sampah biasa.
5. Petugas harus menghindari kontak fisik secara langsung dengan bahan yang
bersifat infeksius.
6. Bahan infeksius tidak boleh dimasukkan ke dalam mulut.
7. Proses pembagian spesimen (alikuot) harus dilakukan secara aseptis di dalam
BSC.
8. Petugas harus mencuci tangan setelah bekerja dan sebelum meninggalkan
laboratorium.
9. Setiap alat atau pun bahan harus ditempatkan sesuai dengan peruntukan
ruangan dan tidak boleh dipindahkan atau dibawa ke ruangan yang lain untuk
menghindari terjadinya kontaminasi.
10. Petugas tidak boleh menyimpan dan mengonsumsi makanan dan minuman
selama berada di ruangan laboratorium.
11. Petugas harus mengecek suhu dan kebersihan refrigerator secara rutin.
12. Semua petugas harus sudah diimunisasi dan melapor apabila sedang sakit.
5.2.5. Penyimpanan Bahan
Penyimpanan bahan seperti RNA dan DNA dilakukan dalam bentuk
alikuot dalam suhu -200C hingga -700C. Tujuannya adalah untuk menghindari
kerusakan karena pengulangan freeze-thawing. Alikuot umumnya digunakan
maksimal 3 kali pengulangan. Sehingga setiap kali selesai digunakan harus diberi
tanda pada bagian tutupnya agar kerusakan bisa diminimalisasi.
38
Menurut Prasetyo (2009), untuk penyimpanan RNA dalam waktu yang

lama, RNA dapat disimpan dalam suhu -700C dan dapat pula disimpat di dalam
nitrogen cair (-1960C). Penyimpanan enzim, 2x quantifast mix, RNAse free water,
primer dan probe dilakukan di ruangan mix dengan suhu -200C. Sedangkan kit
yang digunakan untuk ekstraksi disimpan di ruangan ekstraksi.
5.6. Pembahasan
Polymerase Chain Reactions (PCR) merupakan teknik biologi molekuler
yang digunakan untuk mengamplikasi sekuens DNA spesifik dengan
menggunakan metode enzimatis dan melalui penggunaan primer. Prinsip dasar
dari PCR adalah menggandakan DNA spesifik menjadi dua kopi yang selanjutnya
akan digandakan kembali menjadi empat kopi dan seterusnya. Metode PCR
dibedakan menjadi dua, yaitu PCR konvensional dan real time PCR (Hewajuli &
Dharmayanti, 2013).
RT-PCR merupakan salah satu metode yang dapat digunakan untuk
mengamplifikasi sekuens berupa RNA. RNA memiliki tingkat kestabilan yang
lebih rendah dibandingkan dengan DNA. Genom dari virus dengue terdiri atas
RNA single strand yang mudah rusak oleh nuklease sehingga dalam proses
deteksinya memerlukan ketelitian dan kecermatan yang lebih jika dibandingkan
dengan deteksi menggunakan sampel DNA. RT-PCR terdiri atas tiga tahapan,
yaitu reverse transkripsi, denaturasi dan sintesis DNA. Pada tahap reverse
transkripsi, RNA akan diubah menjadi cDNA. Tahap ini merupakan tahapan
penting dalam proses PCR karena enzim DNA polimerase hanya dapat digunakan
untuk template DNA (Tunissea dkk., 2012). Beberapa istilah yang harus dipahami
ketika melakukan analisis dengan menggunakan RT-PCR adalah sebagai berikut:
 Vektor merupakan organisme yang membawa patogen dari satu inang ke
inang yang lain tetapi tidak menyebarkannya.
 Ekstraksi RNA merupakan teknik isolasi materi genetik dari virus baik berupa
RNA yang berasal dari spesimen biologis.
 Primer merupakan urutan nukleotida pendek yang menjadi inisiator dari
proses sintesis rantai DNA
39
 Cycle threshold (Ct) merupakan jumlah siklus dimana sinyal fluoresent

melewati garis threshold.
 Threshold merupakan batas amplifikasi yang berada di atas garis baseline dan
masih berada di dalam fase pertumbuhan.
 Pengaturan threshold manual merupakan pengaturan dengan meletakkan garis
threshold di atas noise atau background kurva amplifikasi.
 Baseline adalah siklus awal sebelum terjadinya amplifikasi.
 Non template control (NTC) merupakan kontrol yang tidak berisi asam
nukleat. NTC digunakan untuk mengukur keberadaan kontaminasi dari
komponen reaksi atau primer-primer non spesifik atau interaksi primer-probe
sinyal fluorescence.
Pada pengamatan ini menggunakan lima buah sampel yang telah
diekstraksi. RNA hasil ekstraksi tersebut kemudian akan diubah menjadi cDNA
dan akan diamplifikasi menggunakan primer DEN 2 menggunakan RT-PCR. Pada
pengamatan yang dilakukan menunjukkan hasil yang tidak valid. Hal ini
dikarenakan kontrol positif dari serotipe DEN 2 tidak muncul atau tidak terjadi
proses deteksi menggunakan PCR dapat disebabkan oleh beberapa faktor. Apabila
amplifikasi tidak dapat terjadi, kemungkinan penyebabnya adalah sebagai berikut:
1) Kontrol positif rusak,
2) Komposisi mastermix yang tidak sesuai,
3) Kesalahan pada saat pipeting,
4) Suhu PCR yang tidak optimal,
5) Adanya inhibitor,
6) Adanya kerusakan template RNA,
7) Adanya probe yang terdegradasi.
Ketidakvalidan data yang diperoleh mengakibatkan perlunya dilakukan
pengujian ulang dengan menggunakan metode yang sama tetapi dengan beberapa
40
komponen yang berbeda. Ada pun beberapa pengujian ulang yang dapat dilakukan
adalah sebagai berikut :
1) Pengujian dengan menggunakan kontrol positif yang sama dan reagen mix
yang sama. Apabila hasil analisa RT-PCR memenuhi standar, maka
kemungkinan noisy dan ketidakvalidan data disebabkan oleh adanya error
pipetting.
2) Pengujian dengan menggunakan kontrol positif yang berbeda dan reagen mix
yang sama. Apabila hasil analisa RT-PCR memenuhi standar, maka
kemungkinan noisy dan ketidakvalidan data disebabkan kontrol positif yang
rusak.
3) Pengujian dengan menggunakan kontrol positif yang sama dan reagen mix
yang berbeda. Apabila hasil analisa RT-PCR memenuhi standar, maka
kemungkinan noisy dan ketidakvalidan disebabkan oleh kerusakan pada
reagen (enzim, probe atau primer).
Setelah dilakukan pengujian ulang, hasil analisis RT-PCR menunjukkan
grafik yang memenuhi standar, yaitu baseline terbentuk, kontrol positif muncul,
nilai Ct baik, terjadi amplifikasi (20-25). Nilai Ct dikatakan valid apabila nilainya
kurang dari 33. Pada pengujian ulang nilai Ct yang terbentuk berkisar antara 16 –
26 sehingga dapat dikatakan valid.
28
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
5.3. Kesimpulan
Kesimpulan yang dapat diambil dari kegiatan Kerja Praktik ini adalah
mahasiswa mendapat pengetahuan, keterampilan, pengalaman bekerja di dunia
kerja, dan gambaran terkait keadaan umum di Balai Besar Teknik Kesehatan
Lingkungan dan Pengendalian Penyakit (BBTKL-PP) Banjarbaru serta mahasiswa
mampu memenuhi syarat kelulusan mata kuliah Kerja Praktik. Selain itu,
mahasiswa juga dapat mengetahui cara mengidentifikasi virus dengue serotipe
DEN-2 dengan metode Real Time PCR (RT-PCR) di Balai Besar Teknik
Pada identifikasi yang dilakukan menunjukkan hasil yang tidak valid. Hal
ini dikarenakan kontrol positif dari serotipe DEN 2 tidak mengalami amplifikasi.
Akan tetapi, sampel 4 mengalami kenaikan pada nilai Ctnya dengan nilai 19,10.
Hasil ini dianggap tidak valid karena kontrol positif DEN 2 yang digunakan tidak
menunjukkan adanya kenaikan kurva.
5.4. Saran
Saran yang dapat penulis berikan adalah dalam pelaksanaan Kerja Praktik,
mahasiswa perlu mencari informasi terlebih dahulu mengenai instansi terkait.
Selain itu, mahasiswa sebaiknya lebih giat lagi untuk memahami berbagai teori
terkait bidang minat yang akan diajukan untuk kerja praktik dan berlatih
keterampilan selama berpraktikum agar tidak kaku selama bekerja di
Laboratorium.
29
DAFTAR PUSTAKA
Candra, A. 2010. Demam Berdarah Dengue : Epidemiologi, Patogenesis, dan

Faktor Risiko Penularan. Aspirator. 2(2) : 110-119.
Hewajuli, D.A. & N.L.P.I. Dharmayanti. 2013. Perkembangan Teknologi Reverse

Transcriptase-Polymerase Chain Reaction dalam Mengidentifikasi Genom
Avian Influrnza dan Newcastle Diseases. Wartazoa. 24(1) : 16-29.
Marbawati, D. 2006. Virus Dengue. Balaba. 2 : 21-22.
Porter, K.R., C.G. Beckett, H. Kosasih, R.I. Tan, B. Alisjahbana, P.I.F. Rudiman,
S. Widjaja, E. Listiyaningsih, C.N Ma’roef, J.L.M. Ardle, I. Parwati, P.
Sudjana, H. Jusuf, D. Yuwono, & S. Wuryadi. 2005. Epidemiology of
Dengue and Hemorrhagic Fever in A Cohort of Adult Living in Bandung,
West Java, Indonesia. J. Trop. Med. 72(1) : 60-66.
Prasetyo, A.A. 2009. Materi Asistensi Biomedik. Fakultas Kedokteran UNS, Solo.
Prasetyowati, H. & E.P. Astuti. 2010. Serotipe Virus Dengue di Tiga

Kabupaten/Kota Dengan Tingkat Endemisitas DBD Berbeda di Provinsi
Jawa Barat. Aspirator. 2(2) : 120-124.
Santoso, T.J., S.H. Hidayat, M. Herman, & Sudarsono. 2013. Aplikasi Teknik
Polymerase Chain Reaction (PCR) Menggunakan Primer Degenerate dan
Spesifik Gen AV1 Untuk Mendeteksi Begomovirus Pada Tomat
(Lycopersicon esculentum Mill.). J. Hort. Indonesia. 4(3) : 140-149.
Sucipto, P.T., M. Raharjo & Nurjazuli. 2015. Faktor-faktor yang Mempengaruhi

Kejadian Penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) dan Jenis Serotipe
Virus Dengue di Kabupaten Semarang. Jurnal Kesehatan Lingkungan
Indonesia. 14(2) : 51-56.
Sudjadi. 2008. Bioteknologi Kesehatan. Kanisius, Yogyakarta.
Supartha, I.W. 2008. Pengendalian Terpadu Vektor Virus Demam Berdarah

Dengue, Aedes aegypti (Linn.) dan Aedes albopictus (Skuse)(Diptera:
Culicidae). Pertemuan Ilmiah. Universitas Udayana.
Taylor, R., D. Subedi & W. Andrew. 2014. Laboratory Diagnosis of Dengue

Infection: Current Techniques and Future Strategies. OJCD. 4(1) : 63-70.
Tunissea, A., D. Widiastuti & N. Wijayanti. 2012. Uji Teknik RT-PCR Untuk
Pemeriksaan Virus Dengue-3 Pada Nyamuk Aedes aegypti yang Diinfeksi
Secara Intrathoral. Widyariset. 15(2) : 479.484.
Yohan, B., S. Fahri, H. Trimarsanto, S. Sayono, S. Hadisaputro, E. Dharmana, D.

Syafruddin, & R.T. Sasmono. 2013. Molecular Surveillance of Dengue in
30
Semarang, Indonesia Revealed The Circulation of An Old Genotype of

Dengue Virus Serotype-1. Plos Neglected Tropical Diseases. 7(8) : 1-12.
31
Lampiran 5. Denah Ruangan Laboratorium Virologi dan Imunologi BBTKL-PP

Banjarbaru
TOILET
RUANG ADD
RUANG MIX
SAMPLE
RUANG RUANG
EKSTRAKSI IMMUNOLOGI
RUANG
RUANG PCR
STAFF
32
Lampiran 6. Data Running RT-PCR Virus Dengue Serotipe DEN-2

4) Data Pengujian Kontrol Positif
No. Colour Name Type Ct Ct Given Conc Calc Conc
Comment (Copies) (Copies)
1 ntc Unknown
2 den 1 Unknown
3 ntc Unknown
4 den 2 Unknown 14.61
5) Data Analisis Pengujian Virus Dengue Serotipe DEN-2 (Pengerjaan 1)

(Copies) (Copies)
1 NTC Unknown
2 D1 1 Unknown
3 D1 2 Unknown
4 D1 3 Unknown
5 D1 4 Unknown
6 D1 5 Unknown
7 PC D1 Unknown
8 PC D2 Unknown 39.94
9 D2 1 Unknown
10 D2 2 Unknown
11 D2 3 Unknown
12 D2 4 Unknown 19.10
33

(Copies) (Copies)
13 D2 5 Unknown
6) Data Pengujian Alikuot Kontrol Positif (Pengerjaan 2)

(Copies) (Copies)
1 ntc Unknown
2 den 1 1 Unknown
3 den 1 2 Unknown
4 den 1 3 Unknown
5 den 1 4 Unknown
6 ntc Unknown
Lampiran 7. Dokumentasi Ruangan Laboratorium Virologi dan Imunologi

34
7) Ruang Ekstraksi
8) Ruang Mix Reagen (Clean Room)
9) Ruang Add Sample

35
10) Ruang Alat
11) Bahan Ekstraksi Manual

36
12) Bahan Pembuatan Mix Reagen

37
38
Lampiran 8. Pengerjaan di Laboratorium

Draft KP Aldy

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Anda mungkin juga menyukai

Draft KP Aldy

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Draft KP Aldy

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

IDENTIFIKASI VIRUS DENGUE SEROTIPE DEN-2 MENGGUNAKAN

METODE REAL TIME PCR (RT-PCR) DI BALAI BESAR TEKNIK

LAPORAN KERJA PRAKTIK

Untuk Memenuhi Persyaratan

PROGRAM STUDI BIOLOGI

IDENTIFIKASI VIRUS DENGUE SEROTIPE DEN-2 MENGGUNAKAN

Nadiya Dwi Rahayu

Disetujui pada tanggal :

Pembimbing Internal Pembimbing Eksternal

Rani Sasmita, S.Si.,M.P., Dewi Hermawati, S.KM.

Dr. Ir. H. Badruzsaufari, M.Sc

Identifikasi Virus Dengue Serotipe DEN-2 Menggunakan Metode Real Time

Kata kunci: RT-PCR, Virus Dengue, Serotipe DEN-2.

LEMBAR PENGESAHAN .........................................................................................ii

1.2.2. Tujuan Khusus ........................................................................................ 14

1.3. Manfaat Kerja Praktik .......................................................................... 14

4.4. Prosedur Kerja...................................................................................... 24

4.4.2. Ekstraksi ................................................................................................. 25

4.4.3. Pembuatan Reagen Mix ........................................................................... 27

4.4.4. Penambahan Sampel ................................................................................ 29

4.4.5. Program Mesin PCR ................................................................................ 29

5.2.2. Hasil 2. Pengerjaan 1 ............................................................................... 33

5.2.3. Hasil 3. Pengerjaan 2 ............................................................................... 34

5.2.4. Tata Cara dan Alur Kerja di Laboratorium Virologi ................................... 35

5.2.5. Penyimpanan Bahan ................................................................................ 37

5.4. Pembahasan ............................................................................................ 38

instansi pemerintahan khususnya di

LAPORAN KERJA PRAKTIK

Untuk Memenuhi Persyaratan

PROGRAM STUDI BIOLOGI

IDENTIFIKASI VIRUS DENGUE SEROTIPE DEN-2 MENGGUNAKAN

Nadiya Dwi Rahayu

Disetujui pada tanggal :

Pembimbing Internal Pembimbing Eksternal

Rani Sasmita, S.Si.,M.P., Dewi Hermawati, S.KM.

Dr. Ir. H. Badruzsaufari, M.Sc

Identifikasi Virus Dengue Serotipe DEN-2 Menggunakan Metode Real Time

Kata kunci: RT-PCR, Virus Dengue, Serotipe DEN-2.

DAFTAR LAMPIRAN vii

DAFTAR ISI viii

1.1. Latar Belakang i

1.2. Tujuan Kerja Praktik 13

1.2.1. Tujuan Umum 13

1.2.2. Tujuan Khusus 14

2.1. Sejarah dan Perkembangan 15

2.2. Visi dan Misi 16

2.3. Kegiatan Unit 16

2.5. Fasilitas Pelayanan 18

2.1. Virus Dengue 19

2.2. Virus Dengue Serotipe DEN-2 19

4.1. Waktu dan Tempat Kerja Praktik 23

4.2. Bentuk Kerja Praktik 23

4.3. Bahan dan Alat 23

4.4.1. Pre-treatment Nyamuk 24

4.4.3. Pembuatan Reagen Mix 27

4.4.4. Penambahan Sampel 29

4.4.5. Program Mesin PCR 29

5.1. Evaluasi Pelaksanaan Kerja Praktik 31