 Tenemos que recordar al Dr que tenemos q hacer la parte experimental para publicar.

 “En fase gaseosa la molécula esá libre, no reacciona con ninguna otra” Un Gas ideal (se aproxima o de hecho son pequeñas
correcciones y así se aproximan a los gases reales) (propiedades o qué significa intrínseco = solo depende de la estructura de
la molécula más no de las moléculas vecinas o exteriores a la molécula muy distinto en disolución)^8
 “Esta proteína a través del enlace tal.. está minimizando su energía es por esta razón que no se ha enlazado”
 “En biología hay dos palabras claves, protonación y desprotonación; cuando estos sistemas fallan se desencadenan un
montón de enfermedades, por eso es importante estudiar desde el punto de vista molecular.”
 Cuando una molécula cualquiera AH, ver paper serotonina, el hidrógenos es clave en muchas moléculas; ahora que ganen o
pierdan un hidrógeno, este hecho es grande. El cambio de hidrógeno.
 La ventaja de hacer en fase gas es estudiar propiedades intrínsecas de la molécula,propiedades que solo depende de la
estructura de la propia molécula no de las moléculas vecinas. Muy en cambio al hacer en disolución, que es muy difícil hacer
la materialización de la química.
 El médico no conoce: “Esta proteína a través de un tal enlace está minimizando su energía por esa razón no se ha enlazado
en tal lugar u otro”
 La ecuación de Schodinguer, entró a la química teórica o computacional, y así solucionó muchas cosas en fase gas, incluso en
medio acuoso.
 LA TEORÍA NO SOLO TE analiza la viabilidad si no responde a lo siguiente: qué se forma cómo se forma, mediante
modelaciones de moléculas y así ver como reaccionan qué parámetros nos dá, vemos las reactividades una de esas
reactividades se hace en el laboratorio, en los espectrómetros de masas
 Un masas sirve para identificar hidrógenos.
 En biología es importante el termino de protonación y desprotonación, el hecho que se protone mal desencadena un multitur
de enfermedades .
 El hidrógeno es clave en muchas moléculas el hecho de perder o ganar hidrógenos el resultado es tremendo .
 El cambio de hidrógeno hace que la mole´cula tal o cuál es mal o buen antioxidante, el hecho de transferir hidrógenos.
 Cuando una molécula le va dar su reactividad, en este caso el hidrógeno , el carácter reactivo se escribe AH ver paper seroto.
 En fase gas no queremos estudiar prop de la misma molécula intrínseca
 CUANDO UNA MOLÉCULA PIERDE SU HIDRÓGENO, QUE SE VA CON SU CARGA, cuando a un hidrógeno le quitas un electrón
se queda con un protón y que pasa con el resto de la molécula AH se queda como ANIÓM, este hecho reactivo de perder un
protón o hidrógeno se le LLAMA DESPROTONACIÓN, este hecho de desprotonación hay que medirla… este parámetro en
disolución es el pH.
 Ph es el intercambio ácido-base donde el carácter básico o BASE, está (será que entra el término alcalino = capacidad para
neutralizar un ácido) están caracterizadas por OH radical hidroxilo QUE TIENE UN ELECTROÓN DE CARGA . En cambio los
ácidos están caracterizados por un protón o protones, ellos pierden protón.
 La concentración de protones en una región, EL LOGARITMO DE ESA CONCENTRACIÓN es ph o similar PKA ES LA MEDIDADA
DE ACIDES()8, pKa=-Log(la concentración de protones) la parte ácida.
 Ver paper cero ecu 1, la reacción AH que se pierde un protón disociándose, a esa reacción se llama reacción de acidez, cómo
se puede cuantificar… esto mediante el cambio en la energía libre de Gibbs a este término luego lo llamaremos GA acidez,
para nuestro caso en fase gas, sin solvente.
 La energía libre de Gibbs de una molécula, es una función de estado, entalpía, entropía, energía etc.
 La energía por sí sola en sistemas atómicos en sistemas ópticos es un parámetro clave sin embargo en reacciones de química
es mucho más importante la entalpía H, LA ENTALPÍA POR QUÉ, porqué la entalpia influye en cosas de calor, donde la energía
es Presion por volumen PV, pero ahora si es el caso de un gas eso es =nRT (donde notamos que está metido la tempratura),
así en la entalpía está metida la presión está metida el volumen.
 Estas funciones de estado están relacionados, por ejemplo la entalpía, (H=G+TS), temperatura y entropía … H,G, S, etc.
Así notamos que H,G,S están relacionados con el factor T.
 Ahora Delta de G es menos RT logaritmo de la constante de intercambio de esa ecuación, constante de equilibrio
 Así: G=-RTlon(k)
 Ese delta de G de esta reacción, ver ecuación 1 paper que sería G del protón más G del anión menos G de la molécula si esta
reacción de es de equilibrio entonces hay una constate de equilibrio que es función de sus concentraciones de todos ellos.
 Así el -RT por logaritmo de esa concentración de los componentes es lo que se llamaría Delta de G. Así esto es un parámetro
termodinámico, así las funciones termodinámicas no dependen del camino que realizan las reacciones sino hablando del
punto inicial y final. Así el parámetro está relacionado con una constante de equilibrio LA CINÉTICA, para este caso la cinética
de reacción y uno puede sacar esta cinética a través de sus concentraciones puede determinar Delta de G.
 En la parte computacional la H o energía de cada componente está bien definida, por esta razón basta calcular la entalpía de
H+ o en caso de OH (entalpía del protón), se calcula del anión, se calcula de la molécula neutra simplemente se resta, así nos
saldrá la acidez GA ver ecuación 1 paper.
 El valor teórico mencionado antes es una buena orientación a la hora de hacer un experimento. Luego preguntar al Dr cómo
hacer la parte experimental. Por el momento nos interesa la parte molecular.
 Para nuestro caso teórico, conocer bien a la molécula neutra, luego vamos a desprotonar, notaremos que ellas no se pueden
desprotonar en cualquier sitio, existe sitios esenciales y luego también tendremos que hacer la estructura del negativo, una
vez que se tenga esos dos, que se conocen, automáticamente podemos sacar los tres apartados de la ecuación 1 de paper.
 La otra reacción importante sobre todo en biología es lo que se llama protonación ecuación 2 de paper, llamaremos la
molécula B, donde esta molécula quiere captar protones, así esta molécula B neutra le apetece coger protones él tiene sitios
donde tiene un exceso de cargas negativas, nosotros sabemos que un protón es positivo y ese protón quiere irse a ese sitio
donde B donde tiene un exceso de cargas negativas de electrones, para qué, para protonarse en el área así de la ecuación 2,
la izquierda ya está protonada y tiene un protón más y es un ion, un catión. Así nuevamente como antes se tiene que calcular
tanto H como G por que protón se conoce, tanto de la molécula neutra y del protonado, así se hace una diferencia y
conoceremos Basicidad GB relacionado a delta de G para bases, luego tendremos delta de H, para este caso Afinidad
protónica PA (su nombre lo indica, cuan afín es esta molécula por un protón) este valor es energético y ese es una medida
de estabilidad y reactividad por intercambio protónico, así esta reacción es clave para entender el trabajo.
 LEER PAPER conf_sero_2018, ver carpeta de paper, ps nuestro trabajo está basado en esos papers y la tesis de Nancy, y
luego comparamos para la serotonina.
 Para la serotonina usamos semiepírico, esta metodología utiliza parámetro cuánticos pero experimentales donde PM3 es
una base. Donde el semiempírico es previa a los DFT, a los ab initio, a los cuánticos potentes, es un primer cálculo, es el
primer cálculo a la hora de pintalor.
 Cuando calculamos en el espartan nos sale con 26 estructuras, donde de todas ellas tendremos el más estable y porqué es
más estable, pues su energía es el más bajo es el mínimo, donde de todos ellos es el mínimo, donde cada ellas tiene un pozo
de potencial en ese pozo, cada uno de ellos es el mínimo por ser molécula estable. Notamos que los conformeros varían en
las estructuras.
 El grupo amino, carbono y nitrógeno son parientes, donde C tiene 4 patas, donde ese hibrizado, apetece estabilizarse con
otro enlace que tenga un electrón desapareado, con enlace simple,
 VER min 25:00 PARA APRENDER SOBRE ENLACES QUÍMICOS
 EN LA DISTRIBUCIÓN DE ORBITALES EL NÚMERO ATÓMICO, que electrones de valencia.
 En C como tiene 6 e, para química 1s2 2s2 2p2 con su configuración, donde el nivel 1, 1s2 está pegado al núcleo, igual que
2s2, pero el que va interaccionar es el 2p2, pero que pasa en el nivel 2 tanto s p en el segundo nivel se hibridizan se jun tan
y forman hibridos por separado, a eso se le conoce enlaces simples los sp, donde los 4 electrones. distribuidos para una
configuración 4 en el espacio su mejor distribución es tetaedro, donde cada pata tiene un electrón, donde N tenemos una
pata más, y ese entra en una de las patas por ejemplo entra en la pata del carbono para ser N, dejando ser C, así la dist elec,
donde ese electrón entra en una pata, cuando entra un electrón, el enlace se aparea, donde al ser apareado ya no es reactivo,
donde el spin +-1/2, cada orbital para estar lleno tiene q estar en pareja VER PRINCIPIO DE EXCLUSIÓN DE PAULI, así en N ya
no es reactivo en una pata, de esa manera los otras patas son reactivos, que necesitan de otros para enlazarse, por eso no
se nota la 4ta pata del N.
 32:27
 En nuestra molécula en nuestro nitrógeno va haber las 3 patitas, vemos en la parte que Dadena de Nitrógeno, vemos que
siempre el carbono, luego notamos carbono con enlace simple dobles, y se hace plana. Notamos que el oxígeno tiene dos
enlaces, por eso el oxígeno tiene dos enlaces que están con el carbono.
 Como el nitrógeno tiene un par de electrones libre, por allí va actuar, así cuando viene un protón, va querer enlazarse o
protonar, donde va querer enlazarse en los nitrógenos para protonarse, la duda en quién de los nitrógenos va querer
enlazarse, por eso tendremos que tener la molécula más estable, allí notareoms, incluso en la distribución de cargas, así
notaremos donde se protona preferentemente.
 Ahora para desprotonar cuando es ácido, el oxígeno se quiere liberarse del hidrógeno caso de ácidos. En la acidez son los
grupos de oxígeno.
 Cómo se optimizan las moléculas, se tiene que optimizar a B3LYP, para que sea una buena molécula.
 MINUTO 1:28:00 PARA GRAFICAR MOLÉCULAS REPITE A LA SEROTONINA.
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 Algo es curioso, cuando hay un cambio en la energía libre de Gibbs un
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