PENCARIAN ALTERNATIF RNA

Setiap intron harus dihapus dari transkrip RNA gen agar urutan pengkodean diekspresikan
dengan benar. Proses ini melibatkan penyatuan yang tepat dari urutan pengkodean, atau ekson, ke
dalam RNA messenger. Pembentukan mRNA dimediasi oleh organel nuklir kecil yang disebut
spliceosomes. Mesin splicing memiliki kesempatan untuk memodifikasi urutan pengkodean RNA
dengan menghapus beberapa eksonnya. Fenomena penyambungan transkrip RNA dengan cara
yang berbeda ini rupanya merupakan cara menghemat informasi genetik. Splicing alternatif terjadi
selama ekspresi gen untuk troponin T, protein yang ditemukan di otot rangka vertebrata; ukuran
protein ini berkisar antara 150 hingga 250 asam amino.

KONTROL SIKLOPLASMIK STABILITAS RNA MESSENGER

Messenger RNA diekspor dari inti ke sitoplasma di mana mereka berfungsi sebagai template
untuk sintesis polipeptida. Begitu berada di sitoplasma, mRNA tertentu dapat diterjemahkan oleh
beberapa ribosom yang bergerak di dalamnya secara berurutan. Umur panjang RNA Messenger
dapat dipengaruhi oleh beberapa faktor. Ekor poli (A) tampaknya menstabilkan mRNA. Urutan 3
wilayah yang tidak diterjemahkan (3 UTR) sebelum ekor poli (A) juga tampaknya mempengaruhi
stabilitas mRNA. Beberapa mRNA berumur pendek memiliki urutan yang diulangi oleh AUUUA
beberapa kali dalam 3 daerah yang tidak diterjemahkan. Faktor kimia, seperti hormon, juga dapat
mempengaruhi stabilitas mRNA.

Induksi Kegiatan Transkripsional oleh Faktor Lingkungan dan Biologis

Dalam studi mereka tentang operon laktosa di E. coli, Jacob dan Monod menemukan bahwa gen
untuk metabolisme laktosa secara khusus ditranskripsi ketika laktosa diberikan kepada sel.
Dengan demikian, mereka menunjukkan bahwa laktosa adalah penginduksi transkripsi gen.
Mengikuti jejak Yakub dan Monod, banyak peneliti telah berusaha mengidentifikasi induser
spesifik transkripsi gen eukariotik.

SUHU: GEN KEJUTAN PANAS

Ketika organisme mengalami tekanan suhu tinggi, mereka merespons dengan mensintesis
sekelompok protein yang membantu menstabilkan lingkungan seluler internal. Dalam
Drosophila, misalnya, salah satu protein heat-shock yang disebut HSP70 (untuk protein heat-
shock, berat molekul 70 kilodalton) dikodekan oleh keluarga gen yang terletak di dua cluster
terdekat di salah satu autosom. Ketika Drosophila mengalami stres akibat panas, HSTF secara
kimiawi diubah oleh fosforilasi. Dalam keadaan yang diubah ini, ia berikatan secara spesifik
dengan sekuens nukleotida di hulu gen hsp70 dan membuat gen lebih mudah diakses oleh RNA
polimerase II, enzim yang menyalin sebagian besar gen penyandi protein. Transkripsi gen hsp70
kemudian distimulasi dengan penuh semangat. Urutan yang mengikat HSTF terfosforilasi disebut
elemen respon sengatan panas (HSE).
MOLEKULASI SINYAL: GEN YANG MENANGGUNG HORMON
Hormon bersirkulasi melalui tubuh, melakukan kontak dengan sel target mereka, dan kemudian
memulai serangkaian peristiwa yang mengatur ekspresi gen tertentu. Pada hewan ada dua kelas
hormon umum. hormon steroid, adalah molekul kecil yang larut dalam lemak yang berasal dari
kolesterol. Karena sifat lipidnya, mereka memiliki sedikit atau tanpa kesulitan melewati membran
sel. hormon peptida, adalah rantai linier asam amino. Seperti semua polipeptida lainnya,
molekul-molekul ini dikodekan oleh gen. Ketika hormon peptida berinteraksi dengan
reseptornya, itu menyebabkan perubahan konformasi pada reseptor yang akhirnya mengarah
pada perubahan protein lain di dalam sel. Interaksi antara protein pensinyalan dan reseptor
terikat-membran mengawali rangkaian peristiwa di dalam sel yang akhirnya menghasilkan faktor
transkripsi spesifik yang mengikat gen tertentu, yang kemudian ditranskripsi.
URUTAN DNA YANG TERLIBAT DALAM KONTROL TRANSKRIPSI
Inisiasi transkripsi yang akurat dari promotor gen eukariotik membutuhkan beberapa protein
tambahan, atau faktor transkripsi basal. Masing-masing protein ini berikatan dengan urutan
dalam promotor untuk memfasilitasi penyelarasan RNA polimerase yang tepat pada untai
cetakan DNA. Transkripsi gen eukariotik juga dikendalikan oleh berbagai faktor transkripsi
khusus, seperti yang terlibat dalam regulasi gen yang diinduksi panas dan hormon yang telah kita
bahas. Enhancers menunjukkan tiga sifat yang cukup umum: (1) mereka bertindak atas jarak yang
relatif besar — hingga beberapa ribu pasangan basa dari gen yang teregulasi mereka; (2)
pengaruhnya terhadap ekspresi gen tidak tergantung pada orientasi — mereka berfungsi sama
baiknya dalam orientasi normal atau terbalik dalam DNA; dan (3) efeknya tidak tergantung pada
posisi — mereka dapat ditempatkan di hulu, hilir, atau dalam intron gen dan masih memiliki efek
mendalam pada ekspresi gen. penelitian menunjukkan bahwa protein yang berikatan dengan
peningkat mempengaruhi aktivitas protein yang berikatan dengan promotor, termasuk faktor
transkripsi basal dan RNA polimerase. Kedua jenis protein dibawa ke dalam kontak fisik oleh
sebuah kompleks multimerik yang terdiri dari setidaknya 20 protein yang berbeda.
PROTEIN TERLIBAT DALAM KONTROL TRANSKRIPSI: FAKTOR TRANSKRIPSI
sejumlah besar protein eukariotik yang merangsang transkripsi. Banyak dari protein ini
tampaknya memiliki setidaknya dua domain kimia penting: domain pengikatan DNA dan domain
aktivasi transkripsi. Domain-domain ini dapat menempati bagian-bagian terpisah dari molekul,
atau mereka mungkin tumpang tindih. Banyak faktor transkripsi eukariotik memiliki motif
struktural khas yang dihasilkan dari hubungan antara asam amino dalam rantai polipeptida
mereka. Salah satu motif ini adalah jari seng, loop peptida pendek yang terbentuk ketika dua
sistein di satu bagian polipeptida dan dua histidin di bagian lain di dekatnya bersama-sama
mengikat ion seng; segmen peptida antara dua pasang asam amino kemudian menonjol keluar
dari tubuh utama protein sebagai sejenis jari.
Motif struktural ketiga yang ditemukan dalam faktor transkripsi adalah leucine zipper, suatu
rentangan asam amino dengan leusin pada setiap posisi ketujuh. dapat membentuk dimer oleh
interaksi antara leusin di masing-masing daerah ritsleting mereka. Biasanya, urutan ritsleting
berdekatan dengan hamparan asam amino yang bermuatan positif. Ketika dua ritsleting
berinteraksi, daerah bermuatan ini menyebar ke arah yang berlawanan, membentuk permukaan
yang dapat mengikat DNA bermuatan negatif. Motif struktural keempat yang ditemukan dalam
beberapa faktor transkripsi adalah helix-loop-helix, bentangan dua daerah heliks dari asam
amino yang dipisahkan oleh loop nonhelical.
PERATURAN POSTTRANSKRIPSIONAL EKSPRESI GEN OLEH INTERFERENSI RNA
Mekanisme posttranskripsi juga memainkan peran penting dalam mengatur ekspresi gen
eukariotik. Beberapa mekanisme ini melibatkan RNA kecil dan bukan pengkodean. Dengan
berpasangan dengan urutan target dalam molekul RNA kurir, RNA kecil ini mengganggu ekspresi
gen.
JALUR RNAi
Karena endonucleases ini "memotong" RNA besar menjadi potongan-potongan kecil, mereka
disebut enzim Dikel. Nematoda Caenorhabditis elegans menghasilkan satu jenis enzim pemain
Dadu; Drosophila menghasilkan dua enzim pemain Dadu berbeda; dan Arabidopsis menghasilkan
setidaknya tiga. pasangan-dasar antara RNA dalam RISC dan urutan target dalam mRNA
sempurna atau hampir demikian, RISC memotong mRNA target di tengah-tengah wilayah
basepaired. MRNA yang terpecah kemudian terdegradasi. Setelah pembelahan, RISC dapat
berasosiasi dengan molekul mRNA lain dan menginduksi pembelahannya. Karena RISC dapat
digunakan berulang kali tanpa kehilangan kemampuannya untuk menargetkan dan memotong
mRNA, ia berperilaku sebagai katalis.
SUMBER RNA DAN MicroRNA YANG MENARIK SINGKAT
Awalnya, beberapa gen ini diidentifikasi melalui analisis mutasi yang mengubah regulasi gen lain.
Ketika gen mir yang didefinisikan oleh mutasi ini dianalisis pada tingkat molekuler, mereka
ditemukan memiliki sedikit atau tidak ada potensi proteincoding. Sebaliknya, mereka memiliki
struktur yang aneh.