Enzim adalah protein yang bertindak sebagai katalis, senyawa yang meningkatkan laju reaksi

kimia (Gbr. 8.1). Katalis enzim mengikat reaktan (substrat), mengubahnya menjadi produk, dan
melepaskan produk. Meskipun enzim dapat dimodifikasi selama partisipasinya dalam urutan reaksi ini,
mereka kembali ke bentuk aslinya pada akhirnya. Selain meningkatkan kecepatan reaksi, enzim
menyediakan sarana untuk mengatur laju jalur metabolisme dalam tubuh. Bab ini menjelaskan sifat-sifat
enzim yang memungkinkan mereka berfungsi sebagai katalis. Bab selanjutnya menjelaskan mekanisme
pengaturan enzim. Situs pengikatan enzim. Enzim mengikat substrat reaksi dan mengubahnya menjadi
produk. Substrat terikat ke situs pengikatan substrat spesifik pada enzim melalui interaksi dengan residu
asam amino dari enzim. Geometri spasial diperlukan untuk semua interaksi antara substrat dan enzim
membuat setiap enzim selektif untuk substratnya dan memastikan bahwa hanya produk spesifik yang
terbentuk. Situs katalitik aktif. Situs pengikat substrat tumpang tindih di situs katalitik aktif enzim,
wilayah enzim tempat reaksi terjadi. Dalam situs katalitik, kelompok fungsional yang disediakan oleh
koenzim, logam yang terikat erat, dan, tentu saja, residu asam amino dari enzim, berpartisipasi dalam
katalisis. Energi aktivasi dan keadaan transisi. Gugus fungsional di situs katalitik enzim mengaktifkan
substrat dan mengurangi energi yang diperlukan untuk membentuk tahap menengah berenergi tinggi
dari reaksi yang dikenal sebagai kompleks keadaan transisi. Beberapa strategi katalitik yang digunakan
oleh enzim, seperti katalisis asam-basa umum, pembentukan zat antara kovalen, dan stabilisasi keadaan
transisi, diilustrasikan oleh chymotrypsin. Profil pH dan suhu. Enzim memiliki rentang pH fungsional yang
ditentukan oleh pKas kelompok fungsional di situs aktif dan interaksi yang diperlukan untuk struktur tiga
dimensi. Kenaikan suhu yang tidak mendenaturasi meningkatkan laju reaksi. Inhibitor berbasis
mekanisme. Efektivitas banyak obat dan racun tergantung pada kemampuannya untuk menghambat
enzim. Inhibitor terkuat adalah inhibitor kovalen, senyawa yang membentuk ikatan kovalen dengan
kelompok reaktif di situs aktif enzim, atau analog keadaan transisi yang meniru kompleks keadaan
transisi. Nama-nama enzim. Sebagian besar nama enzim berakhir dengan "ase." Enzim biasanya memiliki
nama umum dan klasifikasi sistematis yang mencakup nama dan nomor Komisi Enzim (EC).

I. REAKSI YANG DAPAT DIKUNCI ENZIM

Enzim, secara umum, memberikan kecepatan, spesifisitas, dan kontrol regulasi terhadap reaksi
dalam tubuh. Enzim biasanya protein yang bertindak sebagai katalis, senyawa yang meningkatkan laju
reaksi kimia. Reaksi yang dikatalisis oleh enzim memiliki tiga langkah dasar: (1) pengikatan substrat: E
S4ES (2) konversi substrat terikat menjadi produk terikat: ES4EP (3) pelepasan produk: EP4E P Suatu
enzim mengikat substrat dari reaksi itu. mengkatalisasi dan menyatukan mereka pada orientasi yang
tepat untuk bereaksi. Enzim kemudian berpartisipasi dalam pembuatan dan pemutusan ikatan yang
diperlukan untuk pembentukan produk, melepaskan produk, dan kembali ke keadaan semula begitu
reaksi selesai. Enzim tidak menciptakan reaksi baru; mereka hanya membuat reaksi terjadi lebih cepat.
Kekuatan katalitik suatu enzim (laju reaksi yang dikatalisis dibagi dengan laju reaksi yang tidak
dikatalisis) biasanya dalam kisaran 106 hingga 1014. Tanpa kekuatan katalitik enzim, reaksi seperti yang
terlibat dalam konduksi saraf, kontraksi jantung , dan pencernaan makanan akan terjadi terlalu lambat
agar kehidupan tidak ada. Setiap enzim biasanya mengkatalisasi reaksi biokimia tertentu. Kemampuan
enzim untuk memilih hanya satu substrat dan membedakan substrat ini dari sekelompok senyawa yang
sangat mirip disebut sebagai spesifisitas (Gambar 8.3). Enzim dikonversi substrat ini hanya untuk satu
produk. Spesifisitas, dan juga kecepatan, reaksi-reaksi enzim-teratalisis dihasilkan dari urutan unik asam
amino spesifik yang membentuk struktur tiga dimensi enzim.

A. Situs Aktif

Untuk mengkatalisasi reaksi kimia, enzim membentuk kompleks enzim-substrat dalam situs katalitik
aktifnya (Gbr. 8.4). Situs aktif biasanya celah atau celah pada enzim yang dibentuk oleh satu atau lebih
daerah rantai polipeptida. Dalam situs aktif, kofaktor dan gugus fungsi dari rantai polipeptida
berpartisipasi dalam mengubah molekul substrat terikat menjadi produk. Awalnya, molekul substrat
mengikat ke situs pengikatan substratnya, juga disebut situs pengenalan substrat (lihat Gambar 8.4B).
Susunan tiga dimensi dari situs pengikatan dalam celah enzim memungkinkan bagian yang bereaksi dari
substrat untuk saling mendekati dari sudut yang tepat. Kedekatan molekul substrat terikat dan orientasi
tepat mereka terhadap satu sama lain berkontribusi pada kekuatan katalitik enzim. Situs aktif juga
mengandung gugus fungsi yang secara langsung berpartisipasi dalam reaksi (lihat Gambar 8.4C). Gugus
fungsional disumbangkan oleh rantai polipeptida, atau oleh kofaktor terikat (logam atau molekul organik
kompleks yang disebut koenzim). Sebagai substrat mengikat, itu menginduksi perubahan konformasi
dalam enzim yang mempromosikan interaksi lebih lanjut antara molekul substrat dan gugus fungsi
enzim. (Misalnya, koenzim dapat membentuk perantara kovalen dengan substrat, atau rantai samping
asam amino dapat mengabstraksi proton dari substrat yang bereaksi.) Substrat yang diaktifkan dan
enzim membentuk kompleks keadaan transisi, kompleks energi tinggi yang tidak stabil dengan
konfigurasi elektronik yang tegang yang merupakan perantara antara media dan produk. Ikatan
tambahan dengan enzim menstabilkan kompleks keadaan transisi dan mengurangi energi yang
dibutuhkan untuk pembentukannya.

(keterangan gambar)

Reaksi di situs katalitik aktif enzim. A. Enzim mengandung situs katalitik aktif, ditunjukkan
dengan warna biru tua, dengan wilayah atau domain tempat substrat mengikat. Situs aktif juga dapat
mengandung kofaktor, komponen nonprotein yang membantu dalam katalisis. B. Substrat membentuk
ikatan dengan residu asam amino di situs pengikatan substrat, ditunjukkan dengan warna biru muda.
Pengikatan media menginduksi perubahan konformasi di situs aktif. C. Kelompok fungsional residu asam
amino dan kofaktor di situs aktif berpartisipasi dalam pembentukan kompleks keadaan transisi, yang
distabilkan oleh ikatan nonkovalen tambahan dengan enzim, ditunjukkan dengan warna biru. D. Ketika
produk reaksi terdisosiasi, enzim kembali ke konformasi semula.

Kompleks keadaan transisi terurai menjadi produk, yang terlepas dari enzim (lihat Gambar
8.4D). Enzim umumnya kembali ke bentuk aslinya. Enzim bebas kemudian mengikat satu set substrat
lain, dan mengulangi prosesnya

B. Enzim Situs Binding Substrat

spesifisitas (kemampuan enzim untuk bereaksi hanya dengan satu substrat) dihasilkan dari
pengaturan tiga dimensi residu asam amino spesifik dalam enzim yang membentuk situs pengikatan
untuk substrat dan mengaktifkan substrat selama berlangsungnya reaksi. “Kunci-dan-kunci” dan model
“terinduksi-pas” untuk pengikatan substrat menjelaskan dua aspek interaksi pengikatan antara enzim
dan substrat

1. MODEL LOCK-AND-KEY UNTUK BINDING SUBSTRAT

Situs pengikat substrat mengandung residu asam amino yang tersusun dalam permukaan tiga
dimensi komplementer yang “mengenali” substrat dan mengikatnya melalui beberapa interaksi
hidrofobik, interaksi elektrostatik, atau ikatan hidrogen (Gbr. 8.5). Residu asam amino yang mengikat
substrat dapat berasal dari bagian yang sangat berbeda dari urutan asam amino linier enzim, seperti
yang terlihat pada glukokinase. Pengikatan senyawa dengan struktur yang berbeda dari substrat bahkan
hingga tingkat kecil dapat dicegah dengan penghalang sterik dan repulsi muatan. Dalam model kunci-
dan-kunci, komplementaritas antara media dan situs pengikatannya dibandingkan dengan kunci yang
dipasang pada kunci yang kaku.

2. MODEL “INDUCED FIT” UNTUK PENGIKATAN SUBSTRAT. Kesesuaian antara substrat dan situs
penjilidan hanya sebagian dari gambar. Ketika substrat mengikat, enzim mengalami perubahan
konformasi ("induced fit") yang mereposisi rantai samping asam amino di situs aktif dan meningkatkan
jumlah interaksi pengikatan (lihat Gambar 8.4). Model fit yang diinduksi untuk media mengikat
mengakui bahwa situs mengikat substrat bukan "kunci" kaku tetapi permukaan dinamis yang diciptakan
oleh struktur tiga dimensi keseluruhan enzim yang fleksibel. Fungsi dari perubahan konformasi yang
diinduksi oleh pengikatan substrat, penginduksian yang sesuai, biasanya untuk memposisikan ulang
kelompok-kelompok fungsional di situs aktif dengan cara yang mempromosikan reaksi, meningkatkan
situs pengikatan dari sebuah substrat, atau mengaktifkan subunit yang berdekatan melalui
kooperatifitas. Sebagai contoh, perhatikan perubahan konformasi besar yang terjadi pada lipatan aktin
glukokinase ketika glukosa mengikat. Kesesuaian yang diinduksi melibatkan perubahan konformasi
seluruh enzim yang menutup celah lipatan, sehingga meningkatkan situs pengikatan untuk ATP, dan
mengeluarkan air (yang dapat mengganggu reaksi) dari situs aktif (Gambar 8.6). Dengan demikian,
berbagai interaksi antara substrat dan enzim dalam situs katalitik berfungsi baik untuk pengenalan
substrat dan untuk memulai tahap selanjutnya dari reaksi, pembentukan kompleks keadaan transisi.

C. Kompleks Keadaan Transisi Agar reaksi terjadi, substrat yang mengalami reaksi perlu
diaktifkan. Jika tingkat energi substrat diplot ketika substrat secara progresif dikonversi menjadi produk,
kurva akan menunjukkan tingkat energi maksimum yang lebih tinggi daripada substrat atau produk (Gbr.
8.7). Level energi tinggi ini terjadi pada keadaan transisi. Untuk beberapa reaksi yang dikatalisis oleh
enzim, keadaan transisi adalah suatu kondisi di mana ikatan di dalam substrat dimaksimalkan secara
maksimal. Untuk reaksi yang dikatalisis oleh enzim lainnya, konfigurasi elektronik substrat menjadi
sangat tegang dan tidak stabil saat memasuki keadaan transisi. Tingkat energi tertinggi sesuai dengan
konfigurasi substrat yang paling tidak stabil, dan kondisi di mana molekul substrat yang berubah terikat
paling erat dengan kelompok-kelompok fungsional yang berpartisipasi dalam enzim. Perbedaan energi
antara substrat dan kompleks keadaan transisi disebut energi aktivasi. Menurut teori keadaan transisi,
laju keseluruhan reaksi ditentukan oleh jumlah molekul yang memperoleh energi aktivasi yang
diperlukan untuk membentuk kompleks keadaan transisi. Enzim meningkatkan laju reaksi dengan
mengurangi energi aktivasi ini. Mereka menggunakan berbagai strategi katalitik, seperti stabilisasi
elektronik dari kompleks keadaan transisi atau katalisis asam-basa, untuk memperoleh penurunan ini.
Setelah kompleks keadaan transisi terbentuk, ia dapat runtuh kembali ke substrat atau terurai untuk
membentuk produk. Enzim tidak mengubah tingkat energi awal substrat atau tingkat energi akhir
produk.

II MEKANISME KATALITIK CHYMOTRYPSIN

Enzim chymotrypsin memberikan contoh yang baik dari strategi dan rantai samping asam amino
yang digunakan oleh enzim untuk menurunkan jumlah energi aktivasi yang dibutuhkan. Chymotrypsin
adalah enzim pencernaan yang dilepaskan ke usus yang mengkatalisis hidrolisis ikatan peptida spesifik
dalam protein terdenaturasi. Ini adalah anggota superfamili serine protease, enzim yang menggunakan
serin di situs aktif untuk membentuk perantara kovalen selama proteolisis. Dalam reaksi hidrolisis
keseluruhan, OH dari air ditambahkan ke karbon karbonil dari ikatan peptida, dan sebuah H ke N,
sehingga memotong ikatan (Gbr. 8.8). Ikatan yang dibelah disebut ikatan scissile.

A. Reaksi dalam Absennya Enzim

Dalam reaksi yang dilakukan tanpa adanya enzim, gugus air hidroksil bermuatan negatif
menyerang karbonil karbonil, yang membawa muatan positif parsial. Kompleks keadaan transisi
tetrahedral oksian yang tidak stabil terbentuk di mana atom oksigen membawa muatan negatif penuh.
Laju reaksi kimia dalam ketiadaan chymotrypsin lambat karena terlalu sedikit molekul OH dalam H2O
dengan energi yang cukup untuk membentuk kompleks keadaan transisi dan terlalu sedikit molekul OH
yang bertabrakan dengan substrat pada orientasi yang benar.

B. Strategi Katalitik dalam Reaksi yang dikatalisis oleh Chymotrypsin

Dalam reaksi yang dikatalisis oleh chymotrypsin, zat antara oksian yang sama dibentuk dengan
menggunakan gugus hidoksil dari residu serin untuk serangan alih-alih anion hidroksil bebas. Laju reaksi
yang dikatalisis oleh chymotrypsin lebih cepat karena gugus fungsional pada situs aktif enzim
mengaktifkan gugus hidroksil yang menyerang, menstabilkan kompleks keadaan transisi oksianion,
membentuk zat antara kovalen, dan menggoyahkan kelompok yang meninggalkan. Reaksi berlangsung
dalam dua tahap: (a) pembelahan ikatan peptida dalam protein substrat terdenaturasi dan
pembentukan zat antara enzim asil-kovalen (Gbr. 8.9, langkah 1-5), dan (b) hidrolisis asil enzim
intermediate untuk melepaskan bagian protein substrat yang tersisa (Gbr. 8.9, langkah 6-9). Nama-nama
strategi katalitik yang digunakan dalam berbagai langkah ditulis miring dalam paragraf berikut.

1. SPESIFIKASI MENGIKAT DENGAN CHYMOTRYPSIN

Chymotrypsin menghidrolisis ikatan peptida pada sisi karbonil fenilalanin, tirosin, atau triptofan
dalam protein terdenaturasi. Situs pengenalan substrat terdiri dari kantong pengikat hidrofobik yang
menahan asam amino hidrofobik yang berkontribusi pada gugus karbonil dari ikatan scissile (lihat
Gambar 8.9, Langkah 1). Protein substrat harus didenaturasi agar sesuai dengan saku dan dipegang
dengan kaku oleh glisin dalam tulang punggung enzim peptida. Spesifisitas ikatan scissile juga disediakan
oleh langkah-langkah selanjutnya dari reaksi, seperti memindahkan serin 195 ke posisi menyerang
(kedekatan dan orientasi).

2. PEMBENTUKAN INTERMEDIASI ACIL-ENZYME DI CHYMOTRYPSIN

Pada tahap pertama reaksi, ikatan peptida dari substrat protein terdenaturasi dibelah ketika
gugus hidroksil serin situs aktif menyerang karbon karbonil ikatan scissile (katalisis nukleofilik-nukleofil
adalah suatu kelompok kimia yang tertarik pada muatan positif. nukleus) (Gbr. 8.9, Langkah 2). Aspartat
dan histidin bekerja sama dalam mengubah kelompok hidroksil ini (dengan muatan parsial negatif pada
oksigen) menjadi kelompok penyerang nukleofilik yang lebih baik dengan memberikan muatan yang
lebih negatif. Histidin situs aktif bertindak sebagai basa dan abstrak proton dari hidroksil serin (katalisis
asam-basa). Histidin terprotonisasi distabilkan oleh muatan negatif dari aspartat terdekat. Kombinasi
aspartat-histidin-serin, yang disebut sebagai trias katalitik, adalah contoh interaksi kooperatif antara
residu asam amino di lokasi aktif. Gugus serangan nukleofilik yang kuat yang diciptakan oleh sistem
charge-relay ini memiliki efek umum yang sama pada laju reaksi seperti meningkatkan konsentrasi ion
hidroksil yang tersedia untuk tabrakan dalam reaksi tanpa katalis. Pada langkah berikutnya dari urutan
reaksi, terbentuk kompleks transisi keadaan oksianion tetrahedral yang distabilkan oleh ikatan hidrogen
dengan gugus -NH dalam tulang punggung peptida (Gambar 8.9, Langkah 3). Pandangan asli dari cara
enzim membentuk kompleks keadaan transisi adalah bahwa mereka meregangkan ikatan atau
mengubah sudut ikatan substrat yang bereaksi. Namun, sebagian besar kompleks keadaan transisi,
seperti kompleks oxyanion tetrahedral, lebih baik digambarkan sebagai menunjukkan "regangan
elektronik," permukaan elektrostatik yang akan sangat tidak mungkin jika tidak distabilkan oleh ikatan
dengan gugus fungsi pada enzim. Stabilisasi kompleks keadaan transisi menurunkan tingkat energinya
dan meningkatkan jumlah molekul yang mencapai tingkat energi ini.

occurs because energy is provided by formation of the initial multiple weak bonds between the
substrate and enzyme. As the reaction progresses, the curve rises because additional energy is required
for formation of the transition state complex. This energy is provided by the subsequent steps in the
reaction replacing the initial weak bonds with progressively tighter bonds. Semi-stable covalent
intermediates of the reaction have lower energy levels than do the transition state complexes, and are
present in the reaction diagram as dips in the energy curve. The final transition state complex has the
highest energy level in the reaction and is therefore the most unstable state. It can collapse back to
substrates or decompose to form products.

III. FUNCTIONAL GROUPS IN CATALYSIS The catalytic strategies employed by chymotrypsin to

increase the reaction rate are common to many enzymes. One of these catalytic strategies, proximity
and orientation, is an intrinsic feature of substrate binding and part of the catalytic mechanism of all
enzymes. All enzymes also stabilize the transition state by electrostatic interactions, but not all enzymes
form covalent intermediates. Great variety occurs in the functional groups employed by different
enzymes to carry out these catalytic strategies. Some enzymes, such as chymotrypsin, rely on
 Selanjutnya, serin di situs aktif membentuk ikatan kovalen penuh dengan karbon dari gugus
karbonil saat ikatan peptida terputus (katalisis kovalen). Pembentukan kovalen menengah yang stabil
adalah strategi katalitik yang digunakan oleh banyak enzim dan sering melibatkan residu serin atau
sistein. Zat antara kovalen selanjutnya dihidrolisis (katalisis asam-basa). Produk-produk yang dipisahkan
dari reaksi yang dikatalisis oleh enzim sering "tidak stabil" oleh beberapa tingkat tolakan muatan di situs
aktif. Dalam kasus chymotrypsin, gugus amino yang terbentuk setelah pembelahan ikatan peptida
menjadi tidak stabil atau "tidak nyaman" di hadapan histidin situs aktif (destabilisasi produk yang sedang
berkembang).
3. HIDROLISIS TENGGARA ACIL-CHYMOTRYPSIN. Urutan peristiwa selanjutnya menghidrolisis perantara
asil-enzim untuk melepaskan peptida sisi-karbonil yang terikat (Gbr. 8.9, Langkah 6-9). Situs histidin aktif
mengaktifkan air untuk membentuk OH untuk serangan nukleofilik, menghasilkan kompleks keadaan
transisi oksianion kedua. Ketika histidin menambahkan proton kembali ke serin, reaksi selesai, dan
produk terdisosiasi.
C. Diagram Energi dalam Kehadiran Chymotrypsin Jumlah langkah dalam reaksi enzimatik nyata
menghasilkan diagram energi multi-benjolan (Gbr. 8.10). Pada tahap awal reaksi, penurunan terjadi
karena energi disediakan oleh pembentukan ikatan lemah awal antara substrat dan enzim. Ketika reaksi
berlangsung, kurva naik karena energi tambahan diperlukan untuk pembentukan kompleks keadaan
transisi. Energi ini disediakan oleh langkah-langkah selanjutnya dalam reaksi menggantikan ikatan lemah
awal dengan ikatan semakin progresif. Intermediet kovalen semi-stabil dari reaksi memiliki tingkat
energi yang lebih rendah daripada kompleks keadaan transisi, dan hadir dalam diagram reaksi sebagai
penurunan dalam kurva energi. Kompleks keadaan transisi akhir memiliki tingkat energi tertinggi dalam
reaksi dan karenanya merupakan keadaan yang paling tidak stabil. Itu dapat runtuh kembali ke substrat
atau terurai untuk membentuk produk.
AKU AKU AKU. KELOMPOK FUNGSIONAL DALAM KATALISIS Strategi katalitik yang digunakan oleh
chymotrypsin untuk meningkatkan laju reaksi umum terjadi pada banyak enzim. Salah satu strategi
katalitik ini, kedekatan dan orientasi, adalah fitur intrinsik dari pengikatan substrat dan bagian dari
mekanisme katalitik semua enzim. Semua enzim juga menstabilkan keadaan transisi melalui interaksi
elektrostatik, tetapi tidak semua enzim membentuk zat antara kovalen. Variasi yang sangat besar terjadi
pada gugus fungsi yang digunakan oleh enzim yang berbeda untuk melakukan strategi katalitik ini.
Beberapa enzim, seperti chymotrypsin, bergantung

. Catalytic mechanism of chymotrypsin. The substrate (a denatured protein) is in the shaded

area. 1.As the substrate protein binds to the active site, serine-195 and a histidine (his57) are moved
closer together and at the right orientation for the nitrogen electrons on histidine to attract the
hydrogen of serine. Without this change of conformation on substrate binding, the catalytic triad cannot
form. 2. Histidine serves as a general base catalyst as it abstracts a proton from the serine, increasing
the nucleophilicity of the serine-oxygen, which attacks the carbonyl carbon. 3. The electrons of the
carbonyl group form the oxyanion tetrahedral intermediate. The oxyanion is stabilized by the N-H
groups of serine-195 and glycine in the chymotrypsin peptide backbone. 4. The amide nitrogen in the
peptide bond is stabilized by interaction with the histidine proton. Here the histidine acts as a general
acid catalyst. As the electrons of the carbon-nitrogen peptide
dalam tulang punggung peptida chymotrypsin. 4. Nitrogen amida dalam ikatan peptida
distabilkan oleh interaksi dengan proton histidin. Di sini histidin bertindak sebagai katalis asam
umum. Sebagai elektron dari peptida karbon-nitrogen
ikatan menarik ke dalam nitrogen, elektron dari karboksianion kembali ke karbon karbonil
substrat, mengakibatkan pembelahan ikatan peptida. 5. Pembelahan ikatan peptida menghasilkan
pembentukan perantara enzim asil-kovalen, dan setengah amida dari protein yang terpecah
berdisosiasi. 6. Serangan nukleofilik oleh H2O pada karbon karbonil diaktifkan oleh histidin,
yang elektron nitrogennya menarik proton dari air. 7. Oksigen tetrahedral perantara kedua
(kompleks keadaan transisi) terbentuk. Lagi-lagi distabilkan oleh ikatan hidrogen dengan ikatan
tulang punggung peptida dari glisin dan serin. 8.Saat proton histidin disumbangkan ke elektron
ikatan antara oksigen serin dan gugus karbonil substrat, elektron dari oksian kembali ke karbon
substrat untuk membentuk asam karboksilat, dan ikatan asil-enzim terputus. 9. Enzim, saat
melepaskan substrat, kembali ke keadaan semula.
residu asam amino dalam situs aktif. Enzim lain meningkatkan khasanahnya dengan
menggunakan kofaktor untuk menyediakan kelompok fungsional dengan ukuran, bentuk, dan
sifat yang tepat. Kofaktor adalah senyawa nonprotein yang berpartisipasi dalam proses katalitik.
Mereka umumnya dibagi menjadi tiga kategori: koenzim, ion logam (mis., Fe2, Mg 2, atau Zn2),
dan metallocoenzymes (mirip dengan heme-hem dalam hemoglobin, lihat Bab 7).
Perubahan energi karena ikatan enzim-substrat
Perantara asil-enzim kovalen
Enzim

Gambar 8.10. Diagram energi yang dipostulatkan untuk reaksi yang dikatalisis oleh
chymotrypsin. Di hadapan enzim (biru); tanpa adanya enzim (hitam). Penghalang energi ke
keadaan transisi diturunkan dalam reaksi yang dikatalisis oleh enzim dengan pembentukan ikatan
tambahan antara substrat dan enzim dalam kompleks keadaan transisi. Energi disediakan oleh
substrat yang mengikat enzim. Namun, enzim tersebut tidak mengubah tingkat energi substrat
atau produk.

Tabel 8.1. Beberapa Gugus Fungsional dalam Fungsi Situs Aktif Contoh Enzim Asam Amino
Coyalen intermediet Cysteine-SH Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase Serine-OH
Acetylcholinesterase Lysine-NH2 Aldolase Histidine-NH Katalisator basa-asam Katalisator-
Stamina asi Terhadap Zat Pere terbentuk selama reaksi Peptide backbone-NH Chymotrypsin
Arginine-NH Carboxypeptidase A Serine-OH Alkohol dehidrogenase Stabilisasi kation yang
terbentuk selama reaksi Aspartat-COO Lisozim
katalisis. Histidin, karena memiliki pKa yang dapat menyumbangkan dan menerima proton pada
pH netral, sering berpartisipasi dalam katalisis asam-basa. Sebagian besar rantai samping asam amino
polar adalah nukleofilik dan berpartisipasi dalam katalisis nukleofilik dengan menstabilkan kelompok
bermuatan lebih positif yang berkembang selama reaksi.

B. Koenzim dalam Katalisis Koenzim adalah molekul organik nonprotein kompleks yang
berpartisipasi dalam katalisis dengan menyediakan gugus fungsional, seperti rantai samping
asam amino. Pada manusia, mereka biasanya (tetapi tidak selalu) disintesis dari vitamin. Setiap
koenzim terlibat dalam mengkatalisasi jenis reaksi spesifik untuk kelas substrat dengan fitur
struktural tertentu. Koenzim dapat dibagi menjadi dua kelas umum: koenzim aktivasi-transfer
dan koenzim oksidasi-reduksi.
 1. KOENZIM AKTIVASI-TRANSFER Koenzim aktivasi-transfer biasanya berpartisipasi langsung
dalam katalisis dengan membentuk ikatan kovalen dengan bagian dari substrat; bagian substrat yang
dipegang erat kemudian diaktifkan untuk transfer, penambahan air, atau reaksi lainnya. Bagian dari
koenzim yang membentuk ikatan kovalen dengan substrat adalah kelompok fungsionalnya. Bagian
terpisah dari koenzim berikatan erat dengan enzim. Tiamin pirofosfat memberikan ilustrasi yang baik
tentang cara koenzim berpartisipasi dalam katalisis (Gbr. 8.11). Ini disintesis dalam sel manusia dari
vitamin tiamin dengan penambahan pirofosfat. Pirofosfat ini memberikan atom oksigen bermuatan
negatif yang mengkelat Mg2, yang kemudian berikatan erat dengan enzim. Gugus fungsional yang
meluas ke situs aktif adalah atom karbon reaktif dengan proton yang dapat dipisahkan (lihat Gambar
8.11). Dalam semua enzim yang menggunakan tiamin pirofosfat, karbon tiamin reaktif ini membentuk
ikatan kovalen dengan gugus keto substrat sambil membelah ikatan karbon-karbon yang berdekatan.
Namun, setiap enzim yang mengandung tiamin mengkatalisasi pembelahan substrat yang berbeda (atau
kelompok substrat dengan struktur yang sangat erat terkait). Koenzim memiliki aktivitas yang sangat
sedikit tanpa adanya enzim dan spesifisitas yang sangat sedikit. Enzim ini memberikan spesifisitas,
kedekatan, dan orientasi di situs pengenalan substrat, serta kelompok-kelompok fungsional lainnya
untuk stabilisasi keadaan transisi, katalisis asam-basa, dll. Misalnya, tiamin dibuat menjadi kelompok
penyerang nukleofilik yang lebih baik oleh suatu basa residu asam amino dalam enzim yang
menghilangkan proton yang dapat dipisahkan (EnzB: pada Gambar 8.11), dengan demikian
menghasilkan anion karbon tiamin yang bermuatan negatif. Kemudian dalam reaksi, enzim
mengembalikan proton. Koenzim A (CoA), biotin, dan piridoksal fosfat juga merupakan koenzim aktivasi-
transfer yang disintesis dari vitamin. CoA (CoASH), yang disintesis dari vitamin pantothenate,
mengandung adenosine 3, 5-bisphosphate yang mengikat secara reversibel, tetapi erat, ke situs pada
enzim (Gbr. 8.12A). Gugus fungsionalnya, gugus sulfhidril di ujung molekul yang lain, adalah nukleofil
yang selalu
Nukleofil membawa muatan negatif penuh atau sebagian (seperti atom oksigen dalam serin -OH) atau
memiliki nitrogen yang dapat bertindak sebagai kelompok donor-elektron berdasarkan dua elektronnya
yang tidak berpasangan. Katalisis kovalen dan katalisis asam-basa dilakukan oleh kelompok nukleofilik.
Elektrofil membawa muatan positif penuh atau sebagian (mis., Tulang punggung peptida-NH digunakan
sebagai kelompok elektrofilik dalam chymotrypsin). Secara umum, katalisis nukleofilik dan elektrofilik
terjadi ketika masing-masing kelompok nukleofilik atau elektrofilik pada enzim menstabilkan kelompok
substrat dari polaritas berlawanan yang berkembang selama reaksi.
Meskipun koenzim terlihat seakan-akan mereka dapat mengkatalisasi reaksi secara mandiri (sendiri),
mereka hampir tidak memiliki kekuatan katalitik ketika tidak terikat dengan enzim. Mengapa?
Banyak pecandu alkohol seperti Al Martini mengalami defisiensi tiamin karena alkohol menghambat
transportasi tiamin melalui sel mukosa usus. Di dalam tubuh, tiamin diubah menjadi tiamin pirofosfat
(TPP). TPP bertindak sebagai koenzim dalam dekarboksilasi asam -keto seperti piruvat dan ketoglutarat
(lihat Gambar 8.11) dan dalam pemanfaatan pentosa fosfat dalam jalur pentosa fosfat. Sebagai akibat
dari kekurangan tiamin, oksidasi asam -keto terganggu. Disfungsi terjadi pada sistem saraf pusat dan
perifer, sistem kardiovaskular, dan organ lainnya.
Sebagian besar koenzim, seperti gugus fungsional pada asam amino enzim, diregenerasi selama
berlangsungnya reaksi. Namun, CoASH dan beberapa koenzim reduksi oksidasi ditransformasikan
selama reaksi menjadi produk yang terlepas dari enzim pada akhir reaksi (misalnya, CoASH diubah
menjadi turunan asil CoA, dan NAD direduksi menjadi NADH) . Koenzim yang terlepas ini tetap
diklasifikasikan sebagai koenzim daripada substrat karena mereka umum untuk banyak reaksi, bentuk
aslinya diregenerasi oleh reaksi selanjutnya dalam jalur metabolisme, mereka disintesis dari vitamin, dan
jumlah koenzim dalam sel hampir konstan. .
126 BAGIAN DUA / YAYASAN KIMIA DAN BIOLOGIS BIOKIMIA
Agar substrat bereaksi dengan koenzim, substrat harus bertabrakan dengan koenzim pada sudut yang
tepat. Probabilitas substrat dan koenzim dalam larutan bebas bertabrakan di tempat yang tepat di sudut
yang tepat sangat kecil. Selain memberikan kedekatan dan orientasi ini, enzim berkontribusi dengan
cara lain, seperti mengaktifkan koenzim dengan mengabstraksi proton (mis. Tiamin-pirofosfat dan
koenzim A) atau mempolarisasi substrat agar lebih rentan terhadap serangan nukleofilik.
menyerang gugus karbonil dan membentuk asil tioester (pada kenyataannya, "A" di CoAdiri untuk a

Koenzim-koenzim ini menggambarkan tiga fitur yang sama-sama dimiliki oleh koenzim aktivasi-
transfer: (1) kelompok kimia spesifik yang terlibat dalam pengikatan enzim, (2) kelompok fungsional
atau reaktif yang terpisah dan berbeda yang berpartisipasi langsung dalam katalisis satu jenis reaksi
dengan membentuk ikatan kovalen dengan substrat, dan (3) ketergantungan pada enzim untuk
spesifisitas tambahan substrat dan kekuatan katalitik tambahan.
2. CCOENZYMES OKSIDASI-REDUKSI Sejumlah besar koenzim terlibat dalam reaksi reduksi oksidasi yang
dikatalisis oleh enzim yang dikategorikan sebagai oksidoreduktase. Beberapa koenzim, seperti
nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) dan flavin adenine dinucleotide (FAD), dapat mentransfer
elektron bersama dengan hidrogen dan memiliki peran unik dalam menghasilkan ATP dari oksidasi
bahan bakar. Koenzim reduksi oksidasi lainnya bekerja dengan logam untuk mentransfer elektron
tunggal ke oksigen. Vitamin E dan vitamin C (asam askorbat) adalah koenzim reduksi oksidasi yang dapat
bertindak sebagai antioksidan dan melindungi terhadap cedera radikal bebas oksigen. Fungsi yang
berbeda dari koenzim reduksi oksidasi dalam jalur metabolisme dijelaskan dalam Bab 19 hingga 22.
Koenzim reduksi oksidasi mengikuti prinsip yang sama dengan koenzim aktivasi-transfer, kecuali bahwa
mereka tidak membentuk ikatan kovalen dengan substrat. Setiap koenzim memiliki gugus fungsi unik
yang menerima dan menyumbangkan elektron dan spesifik untuk bentuk elektron yang ditransfernya
(mis., Ion hidrida, atom hidrogen, oksigen). Bagian yang berbeda dari koenzim mengikat enzim. Seperti
halnya aktivasi transfer koenzim, koenzim reduksi oksidasi bukanlah katalis yang baik tanpa partisipasi
dari rantai samping asam amino pada enzim. Enzim laktat dehidrogenase, yang mengkatalisis transfer
elektron dari laktat ke NAD, menggambarkan prinsip-prinsip ini (Gambar 8.14). Coenzyme nicotinamide
adenine dinucleotide (NAD) disintesis dari vitamin niacin (yang membentuk cincin nicotinamide), dan
dari ATP (yang berkontribusi AMP). Bagian ADP molekul mengikat erat pada enzim dan menyebabkan
konformasi perubahan enzim. Gugus fungsional NAD adalah karbon pada cincin nikotinamida
yang berlawanan dengan nitrogen bermuatan positif. Atom karbon ini menerima ion hidrida
(atom hidrogen yang memiliki dua elektron) yang ditransfer dari atom karbon spesifik pada
substrat. H dari gugus alkohol substrat (OH) kemudian berdisosiasi, dan gugus keto (CO)
terbentuk. Salah satu peran enzim adalah untuk memberikan kontribusi histidin nitrogen yang
dapat mengikat proton yang tidak dapat dipisahkan pada laktat, sehingga memudahkan NAD
untuk menarik hidrogen lain dengan kedua elektron. Akhirnya, NADH berdisosiasi.
Mereka juga dapat menerima dan menyumbangkan elektron dalam reaksi reduksi oksidasi.
Kemampuan logam tertentu untuk mengikat banyak ligan dalam lingkungan koordinasi mereka
memungkinkan mereka untuk berpartisipasi dalam substrat yang mengikat atau koenzim pada
enzim. Misalnya, Mg2 berperan dalam pengikatan gugus fosfat tiamin pirofosfat yang bermuatan
negatif menjadi asam amino anionik atau basa dalam enzim (lihat Gambar 8.11). Kelompok
fosfat ATP biasanya terikat pada enzim melalui kelasi Mg2. Logam-logam dari beberapa enzim
mengikat substrat anionik atau zat antara dari reaksi untuk mengubah distribusi muatannya,
dengan demikian berkontribusi terhadap kekuatan katalitik. Enzim alkohol dehidrogenase, yang
mentransfer elektron dari etanol ke NAD untuk menghasilkan asetaldehida dan NADH,
menggambarkan peran ini (Gambar 8.15). Di situs aktif alkohol dehydrogenase, serin yang
teraktivasi menarik proton dari gugus etanol –OH, meninggalkan muatan negatif pada oksigen
yang distabilkan oleh seng. Konfigurasi elektronik ini memungkinkan transfer ion hidrida ke
NAD. Seng pada dasarnya memenuhi fungsi yang sama dalam alkohol dehidrogenase yang
dipenuhi histidin dalam dehidrogenase laktat.

D. Peran Nonkatalitik Kofaktor Kofaktor kadang-kadang memainkan peran struktural

nonkatalitik dalam enzim tertentu, mengikat berbagai daerah enzim secara bersamaan untuk
membentuk struktur tersier. Mereka juga dapat berfungsi sebagai substrat yang dibelah selama reaksi.

IV. PH DAN SUHU OPTIMAL

Jika aktivitas sebagian besar enzim diplot sebagai fungsi dari pH reaksi, peningkatan laju
reaksi biasanya diamati ketika pH beralih dari tingkat yang sangat asam ke kisaran fisiologis;
penurunan laju reaksi terjadi ketika pH beralih dari rentang fisiologis ke kisaran yang sangat
mendasar (Gbr. 8.16). Bentuk kurva ini di daerah asam biasanya mencerminkan ionisasi gugus
fungsi spesifik di situs aktif (atau di substrat) oleh kenaikan pH, dan pembentukan ikatan
hidrogen yang lebih umum penting untuk konformasi keseluruhan enzim. Hilangnya aktivitas
pada sisi basa biasanya mencerminkan ionisasi yang tidak tepat dari residu asam amino dalam
enzim.
Sel-sel parietal lambung mensekresi HCl ke dalam lumen lambung, menghasilkan pH antara 1
dan 2. Lingkungan yang sangat asam ini mampu mendenaturasi sebagian besar protein secara tidak
dapat dibalikkan dengan sebagian besar protein dengan memproteksi asam amino, sehingga mencegah
pembentukan ikatan hidrogen yang diperlukan untuk struktur tersier. . Banyak ikatan peptida dalam
protein tidak akan dapat diakses oleh protease pencernaan kecuali protein itu terdenaturasi. Pepsin,
suatu protease pencernaan yang ada di lambung, adalah enzim yang luar biasa karena pH optimumnya
sekitar 1,6 dan aktif di lingkungan asam lambung. Saat protein diet terdenaturasi masuk ke lumen usus,
pH jus lambung dinaikkan di atas 6 oleh sekresi bikarbonat dari pankreas eksokrin. Pada pH yang lebih
tinggi ini, chymotrypsin dan protease lain dari pankreas dapat bekerja pada protein terdenaturasi.

V. INHIBITOR BERBASIS MEKANISME Inhibitor

adalah senyawa yang menurunkan laju reaksi enzimatik. Inhibitor berbasis mekanisme
meniru atau berpartisipasi dalam langkah menengah dari reaksi katalitik. Istilah ini mencakup
analog keadaan transisi dan senyawa yang dapat bereaksi secara ireversibel dengan gugus fungsi
di situs aktif.
mungkin untuk menjadi sasaran oleh obat-obatan dan racun daripada residu asam amino di luar
situs aktif. Senyawa yang mematikan diisopropyl phosphofluoridate (DFP, atau
diisopropylfluorophosphate) adalah senyawa organofosfor yang berfungsi sebagai prototipe untuk
pengembangan gas saraf Sarin dan racun organofosfor lainnya, seperti insektisida, malathion dan
parathion (Gbr. 8.17). DFP memberikan efek toksiknya dengan membentuk zat antara kovalen di situs
aktif asetilkolinesterase, sehingga mencegah enzim merendahkan neurotransmitter asetilkolin. Setelah
ikatan kovalen terbentuk, penghambatan oleh DFP pada dasarnya tidak dapat dipulihkan, dan aktivitas
hanya dapat dipulihkan saat enzim baru disintesis. DFP juga menghambat banyak enzim lain yang
menggunakan serin untuk pembelahan hidrolitik, tetapi penghambatannya tidak mematikan.

Aspirin (asam asetilsalisilat) memberikan contoh obat farmakologis yang memberikan efeknya
melalui asetilasi kovalen dari serin situs aktif dalam enzim prostaglandin endoperoksida sintase
(cycloxygenase). Aspirin menyerupai bagian dari prekursor prostaglandin yang merupakan substrat
fisiologis untuk enzim.

B. Keadaan Transisi Analog dan Senyawa yang Menyerupai Tahapan Menengah Reaksi Keadaan
transisi analog adalah inhibitor enzim yang sangat kuat dan spesifik karena mereka mengikat jauh lebih
erat pada enzim daripada substrat atau produk. Obat-obatan tidak dapat dirancang untuk meniru
keadaan transisi karena strukturnya yang sangat tidak stabil. Namun, substrat mengalami perubahan
progresif dalam struktur elektrostatik keseluruhan selama pembentukan kompleks keadaan transisi, dan
obat-obatan yang efektif sering menyerupai tahap reaksi antara lebih mirip daripada yang menyerupai
substrat. Literatur medis sering merujuk pada senyawa-senyawa seperti analog substrat, meskipun
mereka terikat lebih erat daripada substrat.

1. PENICILLIN Antibiotik penisilin adalah analog keadaan transisi yang berikatan sangat erat
dengan glikopeptidil transferase, suatu enzim yang dibutuhkan oleh bakteri untuk sintesis dinding sel
(Gbr. 8.18). Glycopeptidyl transferase mengkatalisasi reaksi parsial dengan penisilin yang secara kovalen
menempelkan penisilin ke serin situs aktifnya sendiri. Reaksi ini disukai oleh kemiripan yang kuat antara
ikatan peptida dalam cincin -laktam penisilin dan kompleks keadaan transisi dari reaksi transpeptidasi
alami. Inhibitor situs aktif seperti penisilin yang mengalami reaksi parsial untuk membentuk inhibitor
ireversibel di situs aktif kadang-kadang disebut "inhibitor bunuh diri."
2. ALLOPURINOL Allopurinol, obat yang digunakan untuk mengobati asam urat, mengurangi produksi
urat dengan menghambat xanthine oksidase. Penghambatan ini memberikan contoh enzim yang
melakukan bunuh diri dengan mengubah obat menjadi analog keadaan transisi. Fisiologis normal

fungsi xanthine oksidase adalah oksidasi hipoksantin menjadi xantin dan xantin menjadi asam
urat (urat) di jalur degradasi purin (Gbr. 8.19). Enzim ini mengandung kompleks molibdenum-
sulfida (Mo-S) yang mengikat substrat dan mentransfer elektron yang diperlukan untuk reaksi
oksidasi. Xanthine oksidase mengoksidasi allopurinol obat menjadi oxypurinol, senyawa yang
mengikat sangat erat ke kompleks molibdenum-sulfida di lokasi aktif. Akibatnya, enzim tersebut
melakukan bunuh diri dan tidak mampu menjalankan fungsi normalnya, yaitu pembentukan
asam urat (urat).
D. Logam Berat Toksisitas logam berat disebabkan oleh pengikatan logam yang rapat seperti
merkuri (Hg), timbal (Pb), aluminium (Al), atau besi (Fe), ke kelompok fungsional dalam suatu enzim.
Logam berat relatif tidak spesifik untuk enzim yang mereka hambat, terutama jika logam dikaitkan
dengan toksisitas dosis tinggi. Merkuri, misalnya, berikatan dengan begitu banyak enzim, seringkali pada
kelompok sulfhidril reaktif di lokasi aktif, sehingga sulit untuk menentukan enzim mana yang dihambat
yang bertanggung jawab atas keracunan merkuri. Timbal memberikan contoh logam yang menghambat
melalui penggantian logam fungsional normal dalam suatu enzim. Toksisitas perkembangan dan
neurologisnya dapat disebabkan oleh toksisitasnya

Reaksi dan Kelas Dasar Enzim. Dalam bab-bab berikut dari teks, siswa akan diperkenalkan ke
berbagai jalur reaksi dan nama enzim. Walaupun tampaknya jumlah reaksi tidak terbatas, banyak
dari reaksi ini serupa dan sering terjadi pada jalur yang berbeda. Pengenalan jenis reaksi dapat
membantu mengingat jalur dan nama enzim, sehingga mengurangi jumlah hafalan yang
dibutuhkan. Anda mungkin ingin menggunakan bagian ini untuk referensi saat Anda melewati
jalur biokimia pertama Anda. Komisi Enzim telah membagi jenis reaksi dasar dan enzim yang
mengkatalisasi mereka menjadi enam kelas bernomor luas: (1) oksidoreduktase, (2) transferase,
(3) hidrolase, (4) lyases, (5) isomerase, dan (6) ligases . Setiap kelas enzim yang luas mencakup
subset enzim dengan nama sistematis dan nama umum (mis., Dehidrogenase dan kinase).
Oxidoreductases. Reaksi reduksi oksidasi sangat umum dalam jalur biokimia dan dikatalisis oleh
sejumlah besar enzim yang disebut oksidoreduktase. Setiap kali reaksi reduksi oksidasi terjadi,
setidaknya satu substrat memperoleh elektron dan menjadi berkurang, dan substrat lain
kehilangan elektron dan menjadi teroksidasi. Satu subset reaksi dikatalisis oleh dehydrogenases,
yang menerima dan menyumbangkan elektron dalam bentuk ion hidrida (H:) atau atom hidrogen.
Biasanya koenzim pemindah-elektron, seperti NAD / NADH, bertindak sebagai donor atau
akseptor elektron (mis., Lihat Gambar 8.14 dan Gambar 8.15). Dalam subkumpulan reaksi lain,
O2 menyumbangkan salah satu atau kedua atom oksigennya ke akseptor (misalnya, lihat
xanthine oksidase, Gambar 8.19). Ketika ini terjadi, O2 menjadi berkurang, dan donor elektron
teroksidasi. Enzim berpartisipasi