A.

Tujuan
Praktikum ini dilakukan dengan tujuan :

1. Mengisolasi DNA dari darah, dan memahami teknik pengisolasian DNA dari darah sapi
2. Menguji kualitas DNA dari darah sapi

DASAR TEORI

Komponen utama kromosom pada eukariota adalah molekul DNA dan protein histon.
Protein histon ini bersifat basa, sehingga dapat menetralkan sifat asam dari DNA. Pada dasarnya
sel mengandung dua asam nukleat, yaitu RNA dan DNA. DNA yang dijumpai di nukleus disebut
DNA kromosomal, DNA lain yang terdapat dalam sel di luar nukleus yaitu DNA mitokondria,
DNA kloroplas, DNA plasmid, ketiganya disebut DNA ekstrakromosomal. Proses denaturasi dan
renaturasi molekul DNA tergantung pada banyak faktor. Seperti temperatur, T-melting (Tm) yang
tinggi menyebabkan untai ganda DNA akan terurai menjadi untai tunggal, tetapi bila temperatur
ini diturunkan secara perlahan maka terjadi renaturasi menjadi untai heliks ganda DNA seperti
semula. Derajat keasaman (pH) yang ekstrim (pH10) maka DNA akan terdenaturasi (Fauza, 2007).

Isolasi DNA merupakan teknik ekstraksi DNA dari suatu sel sebagai tahap awal suatu
analisis genetik. Secara umum, tahap isolasi DNA dimulai dari pengambilan sampel sel, pelisisan
membran dan/atau dinding sel, ekstraksi DNA, presipitasi DNA, pemurnian DNA, dan
pengawetan DNA (Gaikwad, 2010). Salah satu prinsip isolasi DNA yaitu dengan sentrifugasi.
Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul
komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung
dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung (Yuwono, 2006).
Macam metode isolasi DNA sebagai berikut :
a. Teknik Random Amplified Polymorphic DNA
Teknik pengujian polimorfisme DNA berdasarkan pada amplifikasi dari segmen DNA acak
yang menggunakan primer tunggal yang sekuen nukleotidanya ditentukan secara acak.
Primer tunggal ini biasanya berukuran 10 basa. PCR dilakukan pada suhu anealing yang
rendah yang memungkinkan primer menempel pada beberapa lokus pada DNA. Aturan
 sederhana untuk primer adalah terdiri atas 18-28 susunan basa dengan persentase G+C 50-
60% (Subandiyah, 2006).
b. Metode CTAB
Menghasilkan pita DNA yang berukuran tebal dan dapat memisahkan DNA dari polisakarida
karena adanya perbedaan karakteristik kelarutan (differential of solubility). Disamping
diperoleh fragmen DNA, dengan metode CTAB juga akan diperoleh RNA dengan pita tipis
yang terletak jauh berada di bawah pita DNA. Keberadaan pita RNA tergantung bahan yang
diekstraksi (Prasetyo, 2008).
c. Phenol chloroform
Menggunakan senyawa Phenol-choloroform-isoamyl alcohol, metode standard untuk
ekstraksi DNA akhir-akhir ini ditinggalkan, karena sifat toksik phenol.
d. Salting Out
Menggunakan garam konsentrasi tinggii (NaCl 6 M), untuk medenaturisasi protein
menggunakan Proteinase K untuk denaturasi protein.
e. Guanidine isothiocyanate
Metode ini lebih cepat dibanding dua metode sebelumnya, Thiocyanate bersifat toksik, untuk
lisis dinding sel, memerlukan chloroform untuk denaturasi protein.
f. Silica Gel Silica gel dapat mengikat DNA dengan perantaraan garam/buffer tertentu (NaI),
cepat, tetapi recovery DNA kurang (Barnum 2005).
g. PCR (Polymerase Chain Reaction)
Merupakan suatu teknik perbanyakan (amplifikasi) potongan DNA secara in vitro pada
daerah spesifik yang dibatasi oleh dua buah primer oligonukleotida. Primer yang digunakan
sebagai pembatas daerah yang diperbanyak adalah DNA untai tunggal yang urutannya
komplemen dengan DNA templatnya. Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA
secara in vivo yang bersifat semi konservatif (Giri, 2004)

Barnum, Susan R. 2005. Biotechnology an Introduction, 2nd edition. USA : Thomson

Brooks/Cole.
Fauza, Hamda dkk. 2007. Jurnal: Variabilitas Genetik Tanaman Gambir Berdasarkan Marka
Rapd (Genetic Variability Of Gambier Using Rapd Marker.
Gaikwad, A.W. 2010. DNA extraction: comparison of methodologies. 6
hlm.(Online),(http://www.nbpgr.ernet.in/Portals/6/DMX/GENOMIC_RESOURCES/DNA
%20extraction-Comparison%20of%20methodologies.pdf). Diakses 27 April 2019.

Giri-Rahman EA . 2004. Regulasi Ekspresi Gen Pada Organisme Bakteri. Bandung : KPP
Bioteknologi Bandung.
Prasetyo, A. 2008. Karakterisasi virus pada tanaman jarak pagar (Jatropha curcas L.). Fakultas
Pertanian Universitas Gadjah Mada. Skripsi.
Subandiyah, S. 2006. Polymerase Chain Reaction untuk Deteksi atau Identifikasi Patogen
Tumbuhan. Pelatihan dan Workshop Identifikasi DNA dengan Aplikasi PCR
Yuwono. 2006. Teori dan Aplikasi Polymerase chain Reaction. Penerbit Andi. Yogyakarta.
UnitasVol 9 No 1. Surabaya.