Ada kemungkinan, sedikitnya beberapa punden berundak sudah ada sejak zaman prasejarah bila
mempertimbangkan keberadaan struktur serupa di Polynesia. Marae dari kepulauan Pasifik barat
merupakan ungkapan kearsitekturan dari kepercayaan budaya yang sama seperti punden
berundak Indonesia. penduduk kedua wilayah kepulauan ini berbahasa Austronesia, yang mulai
mendiami Indonesia dan pulau di Pasifik sejak 5.000-7.000 tahun yang lalu. Punden merupakan
kosakata Jawa, secara harfiah bermakna “terhormat”. Kini sering dipakai pada tempat khusus di
dekat desa, kerapkali diatas bukit dan dikaitkan dengan roh-roh pendiri desa. Kadang-kadang
bangunan kubur bergaya isalam didirikan diatasnya.
“Berundak” berarti ‘bertingkat’. Contoh peninggalan yang terawatt ditemukan didataran tinggi
Jawa barat. Salah satu situs terluas, Gunung Padang, muncul kepermukaan pada tahun 1979.
Situs, dipuncak bukit berketinggian 885 m, terdiri atas lma undakan yang terluas diantaranya
berukuran 28 x 40 m. gunung Padang istimewa karena menggunakan ribuan balok basal yang
alami atau dibuat secara sengaja. Penggalian di situs ini pada tahun 1982 oleh Dra. Bintarti dari
Pusat Penelitian Arkeologi Nasional menemukan alat pecah belah sederhana terbuat dari tanah.
Tidak ditemukan bukti adanya kuburan. Situs ini mungkin merupakan pusat penyembahan
dengan monolit yang dinyatakan sebagai rumah leluhur.
Situs ditata sepanjang sumbu baratlaut-tenggara, sitentukan oleh topografi setempat. Tidak ada
usaha untuk mengarahkan ke mata angina tau petunjuk yang dapat dilihat secara signifikan,
seperti G. Karuhun (gunung leluhur) yang mudah dilihat. Gunung Padang terbebas dari
gangguan penduduk saat ini, tidak seperti situs punden berundak lain di Jawa yang telah
mendirikan kuburan Islam atau masih melaksanakan kegiatan upacara keagamaan.
Punden berundak lain di Jawa Barat termasuk Arca Domas ‘sembilan undakan’, terletak di
daerah Baduy, dan Lemah Duhur dengan lima undakan di ketinggian 1.000 m diatas permukaan
laut. Walaupun beberapa kubur baru dibangun disini, situs ini kembali tampak terpelihara.
Situs zaman Klasik Akhir berdasarkan punden berundak juga ditemukan disejumlah gunung di
Jawa, meliputi Lawu, Muria, Penanggungan, Arjuna, Welirang, dan Argapura. Hampir semua
contoh ini digunakan antara tahun 1.000 dan 1.500 M. Dr. Hariani Santiko yang
mempertanyakan kemungkinan bangunan ini berakar pada zaman prasejarah mengusulkan
bahwa bangunan tersebut justru merupakan lambing gunung Semeru. Kemungkinan
menyesuaikan penafsiran tersebut ada; bagi orang Jawa, gunung Semeru dapat secara mudah
dihubungkan dalam kepercayaan purba pada gunung keramat.
Punden berundak di Bali berjumlah banyak. Situs utama meliputi Panebel, Tenganan, Selulung,
Kintamani, dan Sambiran. Miniature punden berundak yang masih digunakan dalam ibadah saat
ini ditemukan di dua pura dalem di Sanur. Satu dari pura di Bali yang plaing penting yaitu pura
Besakih, dapat dilihat sebagai punden berundak.
Masalah utama bagi ilmuwan yang tertarik mengetahui perlambang punden berundak di
Indonesia dan pengaruhnya pada sejarah kearsitekturan adalah penanggalannya.tidak terdapat
penanggalan awal (yakni proto-sejarah) yang pasti untuk berbagai bagian punden berundak.
Kendala ini harus dapt diatasi supaya penelitian dapat berkembang. Saat ini tidak meungkin
memetakan tahap perubahan bentuk arsitektur bentang-darat pada masa lebih dari 2000 tahun.