4 gugusan pulau yang berdekatan dan berlokasi di barat bagian kepala burung (vogelkoop) Pulau Papua.Secara administrasi,gugusan ini berada dibawah Kabupaten Raja Ampat,Provinsi Papua Barat.Kepulauan ini sekarang menjadi tujuan para penyelam yg tertarik akan keindahan pemandangan bawah lautnya.Empat gugusan Pulau yg menjadi anggotanya dinamakan menurut 4 Pulau terbesarnya, yaitu Pulau Waigeo,Pulau Misool,Pulau Sulawati,dan Pulau Batanta.Asal mula nama Raja Ampat menurut mitos menurut mitos masyarakat setempat itu berasal dari seorang wanita yang menemukan 7 telur.Empat butir diantaranya menetas menjadi 4 orang pangeran yang berpisah masing-masing dan menjadi Raja yang berkuasa di Waigeo,Salawati,Misool Timur,dan Misool Barat. Sementara itu, tiga butir telurnya hanya menjadi hantu, seorang wanita, dan sebuah batu. Ada beberapa kawasan Terumbu Karang yang masih sangat baik kondisinya dengan presentase penuupan Karang hidup hingga 90%, yaitu di Selat Dampier ( Selat antara Pulau Waigeo dan Pulau Batanta ), Kepulauan kofiau, Kepulauan Misool Tenggara dan Kepulauan Wayag. Tipe dari Terumbu Karang Raja Ampat umumnya adalah Terumbu Karang tepi dengan kontur landau hingga curam. Tetapi ditemukan juga tipe atoll dan tipe gosong atau taka. Dibeberapa tempat seperti di kampung saondarek, ketika pasang surut terendah, bias disaksikan hamparan Terumbu Karang tanpa menyelam dan dengan adaptasinya sendiri, karang tersebut tetep bisa hidup walaupun berada diudara terbuka dan terkena sinar matahari langsung.Spesies yang unik yang bisa dijumpai saat menyelam adalah kuda laut katai,webbegong,dan ikan pari manta.Juga ada ikan endemik Raja Ampat yaitu Eviota Raja,yaitu sejenis ikan Gobbie. Di kawasan gugusan Misool ditemukan peninggalan prasejarah berupa cap tangan yang diterapkan pada dinding karang .Uniknya ,cap- cap tangan ini berada sangat dekat dengan permukaan laut dan tidak berada di dalam gua.Menurut perkiraan,usia cap-cap tangan ini sekitar 50.000 tahun dan menjadi bagian dari rangkaian petunjuk jalur penyebaran manusia dari kawasan Barat Nusantara menuju Papua dan Melanesia.Sisa pesawat Karam Perang dunia II bisa dijumpai dibeberaa tempat penyelaman,seperti di Pulau Wai. Para masyarakat bangga dengan keindahan alam bawah laut yg sangat menarik perhatian para pengunjung tempat wisata.