BIOKIMIA II

REPLIKASI DNA

Oleh :

Nining Fitriana 14030234006

Ernawati 14030234025

KIMIA A 2014

JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN
ALAM
UNIVERSITAS NEGERI SURABAYA
2017
 REPLIKASI DNA

Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA (autokatalisis) karena DNA

mampu mensintesis diri sendiri. Replikasi DNA bersifat semikoservatif, yaitu
kedua untai tunggal DNA bertindak sebagai cetakan untuk pembuatan untai-untai
DNA baru, seluruh untai tunggal cetakan dipertahankan dan untai yang baru dibuat
dari nukleotida- nukleotida. Penyalinan DNA sangat luar biasa bila ditinjau dari
kecepatan dan ketepatan. Lebih dari selusin enzim dan protein lainnya ikut serta
dalam replikasi DNA.

Sebelum mekanisme replikasi DNA dapat dibuktikan secara eksperimental

oleh Matthew Meselson dan Frankrin Stahl pada tahun 1958, ada tiga hipotesis yang
berkembang mengenai mekanisme reprikasi DNA.

1. Model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah,
berfungsi sebagai cetakan untuk dua rantai DNA baru.

2. Model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru
disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA
lama.

3. Model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama
digunakan sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena itu,
hasil akhirnya diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar pada
rantai DNA lama dan baru Replikasi ini menghasilkan dua molekul DNA
lama dan DNA baru yang saling berselang-seling pada setiap untai.

Gambar 1. Tiga hipotesis mengenai replikasi

Konsep penting Replikasi DNA :
1. Replikasi terjadi dalam dua arah yang berbeda (bidireksional)
2. Setiap pemanjangan rantai DNA baru akan diawali oleh primer
3. Enzim DNA polimerase hanya aktif melakukan replikasi DNA pada arah
3′-5′ rantai DNA. Keadaan ini menyebabkan proses pemanjangan rantai
nukleotida hanya berjalan normal pada salah satu rantai DNA.
4. Pada rantai DNA yang lain akan terbentuk okazaki fragmen untuk
melakukan pemanjangan rantai DNA yang baru.
5. Fragmen yang terputus-putus kemudian akan disambung dengan enzim
ligase.
Replikasi bahan genetik ditentukan oleh beberapa komponen utama yaitu:

1. DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi.

2. Molekul deoksiribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP, dan dGTP.

3. Enzim DNA polimerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisis proses

polimerisasi nukleotida menjadi untaian DNA.

4. Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalisis sintesis primer untuk

memulai replikasi DNA.

5. Enzim pembuka ikatan untaian induk, yaitu enzim helikase dan enzim
girase.

6. Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbuka, yaitu
protein SSB (single strand binding protein).

7. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk menyambung
fragmen-fragmen DNA.

Mekanisme Dasar Replikasi DNA

Model replikasi DNA secara semikonservatif menunjukkan bahwa DNA

anakan terdiri atas pasangan untaian DNA induk dan untaian DNA hasil sintesis
baru. Model ini memberikan gambaran bahwa untaian DNA induk berperanan
sebagai cetakan (template) bagi pembentukan untaian DNA baru. Seperti diketahui,
molekul DNA untai-ganda terdiri atas dua untai molekur DNA yang berpasangan
secara komplementer yaitu antara basa nukleotida A dengan T, dan antara C dengan
G. Oleh karena itu, proses replikasi DNA harus diawali dengan pemutusan
(denaturasi) ikatan antara untaian DNA yang satu dengan untaian
komplementernya. Hal ini dimaksudkan agar masing-masing untaian DNA tersebut
dapat bertindak sebagai cetakan, sebab proses pemasangan nukleotida-nukleotida
baru dengan cetakannya akan terhalangi jika kedua untai itu masih berada dalam
keadaan berikatan. Dengan demikian, salah satu bagian yang santat penting dalam
proses replikasi DNA adalah denaturasi antara untaian DNA yang satu dengan
untaian komplementernya.

Denaturasi yang terjadi pada saat awal replikasi DNA adalah proses
enzimatis. Oleh karena molekul DNA adalah biomolekul yang sangat vital bagi
jasad, maka denaturasi DNA terjadi secara parsial dan bertahap. Denaturasi awal
terjadi pada bagian DNA yang dikenal sebagai ori (origin of replicotion) atau titik
awal replikasi. lkatan hidrogen antara A-T dan C-G akan terputus dan diikuti
dengan pembukaan untaian DNA. Untaian DNA membuka membentuk struktur
yang disebut sebagai garpu replikasi (replicotion fork). Garpu replikasi akan
bergerak sehingga molekul DNA induk membuka secara bertahap. Masing-masing
untaian DNA induk yang sudah terpisah satu sama lain berfungsi sebagai cetakan
untuk penempelan nukleotida-nukleotida yang akan menyusun molekul DNA baru.
Nukleotida-nukleotida baru akan dipolimerisasi menjadi untaian DNA baru dengan
urutan sesuai dengan urutan cetakan DNA komplemennya. Basa nukleotida A
dipasangkan dengan basa T yang ada pada cetakannya, sedangkan basa C
dipasangkan dengan basa G. Oleh karena itu, untaian DNA baru yang terbentuk
merupakan komplemen untaian DNA induk. Proses polimerisasi nukleotida terjadi
pada kedua untaian DNA cetakan sehingga pada akhir satu kali putaran replikasi
akan dihasilkan dua molekur DNA baru yang identik. Masing-masing molekul
DNA untai-ganda yang terbentuk terdiri atas untai DNA induk dan untai DNA baru
hasil polimerisasi selama proses replikasi. Dalam putaran replikasi berikutnya akan
terjadi proses yang serupa sehingga DNA anakan menjadi DNA induk untuk
replikasi berikutnya.
 Gambar 2. Garpu replikasi

Tahapan Replikasi

1. Tahap Inisiasi
Merupakan proses permulan sintesis untaian DNA yang sebelumnya didahului
oleh sintesis molekul primer. Proses inisiasi berlangsung dengan mekanisme
yang berbeda antara suatu jasad dengan jasad yang lain. Dalam proses replikasi
DNA terjadi pemutusan ikatan hidrogen antara basa-basa nitrogen dari dua untai
yang antiparalel. Pemutusan ikatan tersebut terjadi pada rantai yang kaya akan
ikatan A-T. Hal tersebut dikarenakan ikatan antara adenin dan timin yang hanya
merupakan ikatan rangkap dua, sedangkan pada ikatan antara sitosin dan guanin
adalah ikatan rangkap tiga. Helikase adalah enzim yang berfungsi untuk
membuka untai ganda DNA. Titik awal dimana terjadinya splitting disebut
sebagai origin of replication. Struktur yang dihasilkan disebut dengan
Replication Fork.

Gambar 3. Tahap pemutusan ikatan hydrogen pada basa – basa nitrogen

2. Salah satu hal penting dalam tahapan replikasi DNA adalah pengikatan primase
RNA pada titik awal rantai induk 3’-5’. Primase RNA dapat menarik nukleotida
RNA yang berikatan dengan nukleotida DNA dari untai 3’-5’ dikarenakan ikatan
hidrogen antar basanya. Nukleotida RNA adalah primer (starter) untuk ikatan
nukleotida DNA.
 Gambar 4. Tahap pembentukan RNA primer
3. Tahapan elongasi berbeda untuk cetakan 5’-3’ dan 3’-5’, yaitu:
a. Cetakan 5’-3’
Cetakan 5’-3’ disebut sebagai untaian DNA awal (leading strand) karena
DNA polimerase α dapat membaca cetakan dan secara kontinu menambah
nukleotida (komplemen dari cetakan nukleotida, sebagai contoh adenin
berlawanan dengan timin).

b. Cetakan 3’-5’

Cetakan 3’-5’ tidak dapat dibaca dengan DNA polimerase α. Replikasi dari
cetakan ini rumit dan DNA barunya disebut untaian DNA lambat (lagging
strand). Pada lagging strand RNA primase menambah lebih banyak RNA
primer. DNA polimerase α membaca cetakan. Pada untaian DNA lambat
polimerisasi dilkukan fregmen demi fregmen. Jarak antara dua RNA primer
disebut sebagai fragmen Okazaki.

Gambar 5. Tahap pembentukan leading strand dan lagging strand

 Gambar 6. Fragmen Okazaki

RNA primer penting untuk DNA polimerase α berikatan dengan nukleotida

pada bagian ujung 3’. Untai baru dielongasi dengan mengikat lebih banyak
DNA nukleotida.

4. Pada lagging strand DNA Polimerase I - eksonuklease membaca fragmen dan

memindahkan RNA Primer. Jarak didekatkan dengan adanya pengaruh DNA
polymerase (menambahkan nukleotida komplementer pada jarak tersebut) dan
DNA ligase (menambahkan fosfat pada gap antara fosfat dan gula).

Gambar 7. Tahap pembacaan fragmen oleh DNA polimerase I-eksonuklease

5. Langkah terakhir dari tahapan replikasi DNA adalah terminasi. Tahapan ini
terjadi ketika DNA polymerase mencapai titik akhir untai. Kita dapat dengan
mudah memahami bahwa pada akhir tahapan lagging strand, ketika RNA primer
dipindahkan tidak mungkin bagi DNA polymerase untuk mengisi kekosongan
tersebut (karena tidak ada primer). Sehingga, ujung dari untai induk dimana
primer terakhir tidak direplikasi. Ujung dari DNA linear terdiri dari DNA
noncoding yang berulang – ulang dan disebut telomere. Sebagai hasilnya, bagian
dari telomere dipindahkan pada tiap siklus replikasi DNA.
6. Replikasi DNA tidak sempurna sebelum terjadi mekanisme perbaikan terhadap
kesalahan-kesalahan yang mungkin terjadi selama replikasi. Enzim seperti
 nuklease akan memindahkan nukleotida yang salah dan DNA polimerase akan
mengisi kekosongan (gap) tersebut.

Gambar 8. DNA hasil replikasi

Replikasi DNA pada Sel Eukariot

Pada eukariot, proses replikasi DNA adalah sama dengan replikasi dari bakteri
atau DNA prokariotik dengan beberapa modifikasi kecil. Pada eukariot, molekul
DNA lebih besar daripada di prokariot dan tidak melingkar, juga banyak tempat
untuk memulai replikasi.

Pada eukariot replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase.
Untuk memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang
disebut siklin dan kinase tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases
(CDKs), yang akan diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang mencapai permukaan
sel. Beberapa CDKs akan melakukan fosforilasi dan mengaktifkan protein-protein
yang diperlukan untuk inisiasi pada masing-masing ORI. Berhubung dengan
kompleksitas struktur kromatin, fork replikasi pada eukariot bergerak hanya dengan
kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum melakukan penyalinan, DNA harus dilepaskan
dari nukleosom pada fork replikasi sehingga gerakan fork replikasi akan
diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan kecepatan seperti ini
diperlukan waktu sekitar 30 hari untuk menyalin molekul DNA kromosom pada
kebanyakan mamalia. Sederetan sekuens tandem yang terdiri dari 20 hingga 50
replikon mengalami inisiasi secara bersamaan pada waktu tertentu selama fase S.
Deretan yang mengalami inisiasi paling awal adalah eukromatin, sedangkan deretan
yang agak lambat adalah heterokromatin.

Replikasi DNA pada Sel Prokariot

Suatu kromosom mengandung satu molekul DNA yang biasanya sangat besar,
misalnya beberapa kromosom bakteri tersusun oleh sebanyak 4 x 106 pasang basa.
Selain itu dalam banyak hal, DNA berbentuk tertutup atau struktur lingkar.
Beberapa kromosom bakteri berbentuk linier. Hanya sedikit diketahui mengenai
kromosom bakteri linier.

Replikasi kromosom bakteri bisa dibagi ke dalam tiga tahap: inisiasi, elongasi,
dan terminasi.

1) Inisiasi yakni pembentukan garpu-garpu replikasi pada molekul awal.

2) Elongasi menggambarkan perkembangan garpu-garpu ini mengelilingi
kromosom, serentak dengan sintesis DNA atau pertumbuhan rantai.
3) Terminasi yakni penggabungan garpu-garpu yang saling mendekati,
menghasilkan dua kromosom sempurna yang dapat berpisah satu sama lain.

Replikasi kromosom bakteri sepanjang 5.000 kb memakan waktu sekitar 40

menit dan terjadi dalam seluruh siklus pembelahan bakteri. Maka, setiap garpu
mereplikasikan sekitar 50kb DNA per menit. (Dalam sel eukariot, replikasi DNA
terbatas pada bagian siklus pembelahan sel mitosis yang disebut fase S, yang bisa
berlangsung selama beberapa jam). Laju replikasi DNA dikoordinasikan dengan
laju pembelahan sel. Maka, kultur bakteri yang tumbuh dalam medium kaya akan
memiliki waktu pembentukan yang pendek dan harus menjalankan replikasi
kromosom lebih cepat daripada yang ditumbuhkan dalam medium miskin dimana
pembentukannya mungkin tiga sampai empat kali lebih lama.
Seperti diketahui, replikasi suatu replikon bisa dibagi ke dalam tiga tahap yakni
inisiasi, elongasi, dan terminasi. Selama fase elongasi, pertumbuhan rantai DNA
berlangsung pada garpu replikasi. Ini adalah tahap yang bagus untuk meneliti
beberapa enzim penting dan protein lain yang terlibat dalam replikasi. Enzim yang
bertanggung jawab untuk sintesis rantai DNA baru pada garpu replikasi yakni
enzim DNA polimerase. Enzim ini memakai untai DNA tunggal yang terbuka
gulungannya sebagai templat.

Replikasi DNA kromosom prokariot, khususnya bakteri, sangat berkaitan

dengan siklus pertumbuhannya. Daerah ori pada E. coli, misalnya, berisi empat
buah tempat pengikatan protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya 9
pb. Sintesis protein DnaA ini sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga
inisiasi replikasi juga sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri. Pada laju
pertumbuhan sel yang sangat tinggi, DNA kromosom prokariot dapat mengalami
reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru terbentuk, sebelum putaran replikasi yang
pertama berakhir. Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan menerima kromosom
yang sebagian telah bereplikasi.

Protein DnaA membentuk struktur kompleks yang terdiri atas 30 hingga 40

buah molekul, yang masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Daerah ori
akan mengelilingi kompleks DnaA-ATP tersebut. Proses ini memerlukan kondisi
superkoiling negatif DNA (pilinan kedua untai DNA berbalik arah sehingga
terbuka). Superkoiling negatif akan menyebabkan pembukaan tiga sekuens repetitif
sepanjang 13 pb yang kaya dengan AT sehingga memungkinkan terjadinya
pengikatan protein DnaB, yang merupakan enzim helikase, yaitu enzim yang akan
menggunakan energi ATP hasil hidrolisis untuk bergerak di sepanjang kedua untai
DNA dan memisahkannya.

Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya diselubungi

oleh protein pengikat untai tunggal atau single-stranded binding protein (SSB)
untuk melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi.
Enzim DNA primase kemudian akan menempel pada DNA dan menyintesis RNA
primer yang pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis pada untai pengarah.
Agar replikasi dapat terus berjalan menjauhi ori, diperlukan enzim helikase selain
DnaB. Hal ini karena pembukaan heliks akan diikuti oleh pembentukan putaran
baru berupa superkoiling positif. Superkoiling negatif yang terjadi secara alami
ternyata tidak cukup untuk mengimbanginya sehingga diperlukan enzim lain, yaitu
topoisomerase tipe II yang disebut dengan DNA girase. Enzim DNA girase ini
merupakan target serangan antibiotik sehingga pemberian antibiotik dapat
mencegah berlanjutnya replikasi DNA bakteri.

Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA terjadi baik pada untai
pengarah maupun pada untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks yang
disebut primosom akan menyintesis sejumlah RNA primer dengan interval 1.000
hingga 2.000 basa. Primosom terdiri atas helikase DNA B dan DNA primase.

Primer baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan
mengalami elongasi dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks
multisubunit ini merupakan dimer, separuh akan bekerja pada untai pengarah dan
separuh lainnya bekerja pada untai tertinggal. Dengan demikian, sintesis pada
kedua untai akan berjalan dengan kecepatan yang sama.Masing-masing bagian
dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit a, yang mempunyai fungsi
polimerase sesungguhnya, dan subunit e, yang mempunyai fungsi penyuntingan
berupa eksonuklease 3’–5’. Selain itu, terdapat subunit b yang menempelkan
polimerase pada DNA.

Begitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase III,
mereka akan segera dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer
tersebut diisi oleh DNA polimerase I, yang mempunyai aktivitas polimerase 5’– 3’,
eksonuklease 5’ – 3’, dan eksonuklease penyuntingan 3’ – 5’. Eksonuklease 5’-3’
membuang primer, sedangkan polimerase akan mengisi celah yang ditimbulkan.
Akhirnya, fragmen-fragmen Okazaki akan dipersatukan oleh enzim DNA ligase.
Secara in vivo, dimer holoenzim DNA polimerase III dan primosom diyakini
membentuk kompleks berukuran besar yang disebut dengan replisom. Dengan
adanya replisom sintesis DNA akan berlangsung dengan kecepatan 900 pb tiap
detik.
Perbedaan Replikasi DNA pada Sel Eukariot dan Prokariot

Terdapat enzim-enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA, yaitu:

1. Enzim Helicase
Enzim ini berfungsi untuk memotong untaian DNA yang double heliks pada
proses replikasi DNA menggunakan enegi kimia.
2. Enzim topoisomerase
Berfungsi untuk membantu helicase untuk memotong untaian DNA dengan
mengurangi tegangan untaian DNA.
3. Enzim DNA polimerase
Berfungsi untuk memperpanjang untaian DNA baru.
4. Enzim Ligase
Berfungsi untuk melekatkan fragmen-fragmen okazaki.
5. Enzim Primerase
Enzim yang memungkinkan akses pembentukan RNA primer.
 Daftar Pustaka

Brookes, Martin. 2005. Genetika. Jakarta: Erlangga.

Fitriana, Aulia. 2015. Replikasi DNA. http://dokumen.tips/documents/makalah-
biokim-replikasi-dna-fix.html (diakses pada 11 Februari 2017).
Kuswandi, Paramita Cahyaningrum. 2014. Replikasi DNA.
http://staff.uny.ac.id/sites/default/files/pendidikan/paramita-cahyaningrum-
kuswandi-msc/3-replikasi-dna.pdf (diakses pada 10 Februari 2017).
Saraswati, D. 2010. Substansi Genetika. http://substansigenetika.net/wp/tag/2-
replikasi-dna (diakses pada tanggal 10 Februari 2017).
Yuwono, triwibowo. 2005. Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga