Langkah-Langkah Pengoperasian Arlequin dan DnaSP untuk Membuktikan

Tridacna crocea sebagai Hewan Polimorfik

1. Buka software aplikasi DnaSP

2. Pilih File, pilih Open Data File

3. Open file “T_crocea_070113-Phylo1” yang telah didownload

4. Muncul data informasi, meliputi jumlah situs nukleotida sampai assembly.

Pilih Close
5. Pilih Generate, kemudian pilih Haplotype Data File

6. Muncul pilihan Haplotype/DNA Sequences Data File

Sites with gaps/missing  pilih Considered

Invariable Sites  pilih Included
Generate  pilih Arlequin Haplotype List
Pilih OK
7. Save dengan nama bebas (Kelompok 5 Rombongan I)

Pilih Save lagi dalam bentuk .arp

8. Muncul output
 Jumlah (2-3) hampir mirip  dihitung 1, Minimize
9. Buka file Arlequin (WinArl35), lalu pilih Open Project

10. Pilih file arp yang tadi disimpan, kemudian klik open

11. Pilih menu Setting, pilih Molecular Diversity agar dapat melihat molekulnya
12. Centang Standar Diversity Indices karena ingin melihat keanekaragan genetik.
Pilih Kimura 2P pada Molecular distance.

13. Pastikan pilihan pada garis bawah harus dicentang semua

14. Pilih Arlequin Configuration, pastikan semua pilihan di un-ceklis semua

terkecuali Append results
15. Pilih tombol Start  akan keluar hasil Arlequin

Diantaranya:

Standard Diversity Indices yang akan melihat jumlah situs yang polimorfik.

Halotype-level Computation memberikan informasi tentang diversitas gen. T.

crocea memiliki data diversitas gen sebesar 0,9643 atau sebesar 96%.

Komposisi Nukleotida

Berdasarkan hasil pengoperasian Arlequin dan DnaSP tersebut, dapat

disimpulkan bahwa sequens dari T. crocea merupakan polimorfik.