BAB VI

ASAM NUKLEAT
 A. PENDAHULUAN

• Merupakan makromolekul pembawa

informasi genetik
• Komponen penyusun :
– Basa nitrogen heterosiklis : purin &
pirimidin
– Gula Pentosa : ribosa & deoksi ribosa
– Fosfat
A.1. Basa-basa nitrogen heterosiklis :
– Basa Purin :
NH2 OH

C C N
6 N
N1 5C 7 N C
8 CH CH
2 4
HC 3 C 9 C C
NH H2N N NH
N

Adenin (A) Guanin (G)

 Beberapa basa purin lain:

– Kafein (1,3,7 – trimetil xantin) → kopi
– Theofilin (1,3 – dimetil xantin) → teh
– Theobromin (3,7 – dimetil xantin) → coklat
– Basa pirimidin :
NH2 OH OH
CH3
6 N CH N C
N1 5 CH
2
4 C CH C CH
C 3 CH
N HO N HO N
HO

Sitosin (C) Urasil (U) Timin (T)

 Basa-basa purin & pirimidin merupakan

basa lemah
 Basa-basa ini dapat mengalami tautomeri-
sasi
• Tautomerisasi
NH2 NH
C C N
N
N C N C
CH CH
HC C C C
NH N NH
N
Amino Imino

O
OH
C
N C HN C

C CH C CH
HO N O N
H
Laktim (enol) Laktam (enol)
A.2. Gula pada asam nukleat :
HO CH2 HO 5'
CH2 O
5'
O
1'
1' 4'
4'
OH OH
3' 2'
3' 2'

OH OH OH H

D-Ribosa D-2-Deoksiribosa

A.3. Nukleosida :
– Basa berikatan dengan gula → ikatan β-
glikosidik
 Gulanya ribosa → Ribonukleosida
 Gulanya deoksiribosa → Deoksiribonukleo-
sida
 Posisi ikatan dengan gula :
 Pirimidin : pada N3
 Purin : pada N9
Basa
HOCH2 O

OH OH
– Ikatan glikosida antara ribosa & basa ti-
dak stabil terhadap alkali
– Ikatan glikosida antara deoksiribosa &
basa stabil terhadap alkali
– Contoh nukleosida lain :
 Nebularin (9-β-Dribofuranosil purin) : pada
jamur
 Puromisin : antibiotik dari Streptomyces al-
baniger
 Koenzim A
 Uridin difosfoglukosa (UDP-Glukosa)
A.4. Nukleotida
– Merupakan ester fosfat dari nukleosida
– Esterifikasi pada posisi 2’, 3’, atau 5’
(umum) dari gugus hidroksil gula
– Pada gula deoksiribosa pd 3’ dan 5’
fosfat dapat lebih dari 1
OH Basa OH Basa
HO P O CH2 O HO P O CH2 O
O O

OH OH OH H

Ribonukleosida 5'-monofosfat 2'-Deoksiribonukleosida

5'-monofosfat
Penamaan
Basa Nukleosida Nukleotida
Adenin Adenosin As. Adenilat AMP
Guanin Guanosin As. Guanilat GMP
Sitosin Sitidin As. Sitidilat CMP
Timin Timidin As. Timidilat TMP
Urasil Uridin As. Uridilat UMP
– Nukleotida bersifat asam kuat
– Nukleotida di- atau trifosfat dapat dihi-
drolisis oleh asam panas → monofosfat
– Ikatan fosfat pada ATP, GTP → ikatan
berenergi tinggi
 B. ASAM NUKLEAT

ASAM NUKLEAT
• Merupakan biopolimer nukleotida
• Ikatan antar monomer : pada posisi 3’
dan 5’ gula dengan fosfat
• Penyederhanaan
dA
dC
3'
3'
dG
P dT
P 3'
3'
dApdCpdGpdTp
5' P
5' P
5' P
5'
A C G T

Pengertian : Ap → P pada posisi 3’ 5'

3'
pA → P pada posisi 5’

• DNA : terdiri atas deoksiribonukleotida

yang berikatan kovalen
• RNA : terdiri atas ribonukleotida yang
ber-ikatan kovalen
• DNA & RNA mempunyai beberapa persa-
maan sifat kimia dan fisika
• Ikatan kovalen antar nukleotida yang ber-
urutan → ikatan fosfodiester (merupakan
ikatan tulang punggung pada DNA mau-
pun RNA)
• Antara basa-basa A – T dan G – C → sa-
ling berpasangan dengan ikatan hidrogen
 H CH3
H O C
N C H
N C
H C
C C
N
N H N
N C C
C1'
C1' N C O
H

Adenin Timin
H
H
N
H C
C H
O C
N
H C N
C C N
N H C
C1'
N C O
C1' N C
H
N
H
Guanin Sitosin
B.1. DNA
StrukturDNA (menurut Watson & Crick)
• Terdiri atas 2 rantai polinukleotida
• Berbentuk heliks berputar ke kanan meling-
kari satu sumbu → heliks berganda
• Pasangan kedua rantai : antiparalel
• Panjang satu putaran 34 Å ≈ 10 residu nuk-
leotida
• Basa-basa terletak di bagian dalam, berpa-
sangan antar basa rantai satu dengan basa
rantai lainnya
• Jarak antar basa-basa yang berpasangan
3,4 Å
• Deretan rantai polinukleotida yang satu
merupakan komplemen rantai lainnya
• Kedua rantai polinukleotida tidak mengan-
dung basa-basa yang identik

Komposisi basa-basa dalam DNA

• Untuk organisme yg sama, DNA sel jari-
ngan yang berbeda mempunyai kompo-
sisi basa yang sama
• Untuk organisme yg berbeda komposisi-
nya berbeda pula
• Komposisi basa DNA suatu organisme ti-
dak dipengaruhi oleh umur, keadaan
nutrisi, maupun perubahan lingkungan di
sekitarnya
• Dari hasil pemeriksaan : jumlah A = T dan
G = C. Dengan kata lain :
Jumlah pirimidin = jumlah purin
• Organisme segolongan mempunyai kom-
posisi basa DNA yang hampir sama
• Komposisi basa DNA dapat digunakan un-
tuk taksonom, sebagai dasar klasifikasi or-
ganisme
• Komposisi dan urutan basa DNA merupa-
kan informasi faktor genetik dari tiap orga-
nisme
• Untuk DNA rantai tunggal ∑A ≠ ∑T dan
∑G ≠ ∑C
• DNA biasanya putar kanan
Bentuk DNA
• Supercoiled DNA
DNA double helix terpilin
seperti tambang :
Negative supercoiled →
terpilin ke kiri
Posotive supercoiled →
terpilin ke kanan

• Molekul yang berbeda supercoilnya → Topolo-

gical Isomer
• Enzim yang mengubah dari satu supercoil ke
supercoil lainnya : Topoisomerase
• Genom
DNA atau RNA (pada beberapa virus)
yg mengandung semua informasi ge-
netik organisme

• DNA Pada virus atau prokariot

– Genom terdiri atas 1 atau beberapa mo-
lekul DNA linier atau sirkuler
– Pada prokariot : Nuclear genome, mito-
chondrial genome
– Pada tumbuh-tumbuhan : chloroplast
genome
 – Pada bakteri ada DNA ekstrakromosom
yang berbentuk sirkuler → Plasmid

• DNA pada eukariot

– Nukleosom :
 Unit dasar struktur kromosom
 Berupa DNA yang berasosiasi dengan pro-
tein histon (H1, H2A, H2B, H3, dan H4)
– Kromosom berupa nukleoprotein
– Ikatan antara DNA (bermuatan -) dengan
histon (bermuatan +) → ikatan ionik
– Apabila inti eukariot dicuci dari senya-
wa-senyawa yang larut → kompleks nu-
kleoprotein yang tidak larut → Kromatin
– Kromatin : unit berulang dari nukleosom
– Setiap nukleosom t.a. oktamer histon
dengan 146 bp DNA
– Oktamer histon mengandung masing-
masing 2 : H2A, H2B, H3, dan H4
– Nukleosom dipisahkan oleh spacer a-
tau linker DNA yang mengandung H1
– Nukleosom dengan H1 membentuk serat
kromatin → dasar dari kromosom
– Serat kromatin membentuk helical coil
→ Solenoid
– Setiap putaran solenoid coil terdiri dari 6
nukleosom
– Solenoid coil membentuk tabung de-
ngan diameter 200 nm
– Tabung tersebut membentuk kromatid
(metafase) dengan diameter 600 nm
 Struktur
Kromosom
• Ukuran genom dinyatakan dengan base
pair (bp). Misal : DNA sirkuler pada E. coli
t.a. 4 juta bp nukleotida

Denaturasi DNA
• Terjadi bila ikatan hidrogen antara basa-
basa rantai dupleks putus → antara lain
karena naiknya suhu
• DNA double helix → DNA dalam keadaan
native
• PENGARUH TEMPERATUR
• Jika temperatur dinaikkan, DNA akan ter-
denaturasi (DNA melt) menjadi komponen
rantainya
• Untuk mengamati denaturasi DNA dapat diikuti
dengan mengamati perubahan nilai absorbansi
DNA pada λ260 nm (panjang gelombang
maksimum DNA)
• Dengan kenaikan temperatur absorbansi DNA
tetap, sampai DNA terdenaturasi → menjadi
komponen rantainya, baru absor-bansi akan
naik
• Temperatur pada saat tercapainya setengah dari
perubahan absorbansi DNA disebut Melting
Temperature (Tm)
• Tm dapat digunakan untuk menentukan kompo-
sisi basa DNA, dengan cara membandingkannya
dengan DNA yang telah diketahui Tm dan per-
bandingan G-C nya
• PENGARUH ASAM terhadap DNA
– Pada asam kuat & temperatur tinggi (misal :
pasa HClO4 pd 100oC) → terhidrolisis menja-
di komponen-komponennya
– Dalam asam mineral encer (mis : pd pH 3 - 4)
DNA terhidrolisis selektif → hanya ikatan ter-
tentu terhidrolisis, yaitu ikatan glikosilat antara
purin dengan ribosa → asam apurinat
• PENGARUH BASA
– Kenaikan pH hingga di atas pH fisioligis akan
mempengaruhi struktur DNA → mengubah
keadaan tautomerinya
– Reaksi :
-
O O

H N N
N N

H2N N H2N N N
N
dR dR

Deoksiguanosin Enol
(Keto)

• Pada pH netral berbentuk keto, sedangkan pada

pH tinggi berbentuk enolat karena molekul kehi-
langan protonnya
• Perubahan ini mempengaruhi ikatan hidrogen pa-
da pasangan basa-basa
• Struktur DNA double stranded pecah → DNA
tredenaturasi
 C. RNA
RNA merupakan
• Basa-basa penyusun : A, U, G, dan C
• Ikatan antar 2 nukleotida tidak stabil terhadap
basa
O
CH2
O O B1 HO CH2
o B
2'-NMP
2'
Alkali
O O
H O O
P
O P
- 3'-NMP
O O
CH2
O B2

O OH
• RNA dapat dihidrolisis oleh basa karena
mempunyai gugus fungsi OH pada posisi
2’
• DNA tidak dapat dihidrolisis oleh basa ka-
rena pada posisi 2’ tidak ada OH → tidak
dapat membentuk intermediet 2’,3’-fosfodi-
ester siklis
• Macam RNA
– Transfer RNA (tRNA)
 Terdapat di sitoplasma
 Single stranded, dengan Mr 30.000
 Pembawa asam amino
– Ribosomal RNA (rRNA)
 Jumlah sampai 80% dari total RNA
 Single stranded, sebagian double helix
 Melekat pd ribosom
 Mr 0,7 x 106 – 1,6 x 106
 rRNA

– Messenger RNA (mRNA)

 Mr 50.000 – 20 x 106
 Single stranded
 Merupakan penerjemahan kode genetik dari DNA
ke sintesis protein → template untuk sintesis
protein