Isolasi DNA

Dari Wikipedia Indonesia, ensiklopedia bebas berbahasa Indonesia.

Langsung ke: navigasi, cari

DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat
pada nukleus, mitokondria dan kloroplas. Perbedaan di antara ketiganya adalah: DNA
nukleus berbentuk linear dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan
DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein
histon. Selain itu, DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya
mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Hal ini sangat berbeda dengan DNA
nukleus yang memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orangtua. Dilihat dari
organismenya, struktur DNA prokariot berbeda dengan struktur DNA eukariot. DNA
prokariot tidak memiliki protein histon dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot
berbentuk linear dan memiliki protein histon (Klug & Cummings 1994: 315--316; Raven
& Johnson 2002: 94).

DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang antiparalel dengan komponen-
komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat, dan pasangan basa.
Pasangan basa pada DNA terdiri atas dua macam, yaitu basa purin dan pirimidin. 'Basa
purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G) yang memiliki struktur cincin-ganda,
sedangkan basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T) yang memiliki struktur
cincin-tunggal. Ketika Guanin berikatan dengan Sitosin, maka akan terbentuk tiga ikatan
hidrogen, sedangkan ketika Adenin berikatan dengan Timin maka hanya akan terbentuk
dua ikatan hidrogen. Satu komponen pembangun (building block) DNA terdiri atas satu
gula pentosa, satu gugus fosfat dan satu pasang basa yang disebut nukleotida (Lewis
2003: 176--178).

Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada
seluruh sistem kehidupan. Genom adalah set lengkap materi genetik (DNA) yang dimiliki
suatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom. (Human Genome Project 2005: 1)

← DNA juga dapat diisolasi, baik pada manusia maupun pada tumbuhan. DNA
manusia dapat diisolasi melalui darah. Darah manusia terdiri atas plasma darah,
globulus lemak, substansi kimia (karbohidrat, protein dan hormon), dan gas
(oksigen, nitrogen dan karbon dioksida). Plasma darah terdiri atas eritrosit (sel
darah merah), leukosit (sel darah putih) dan trombosit (platelet). Komponen darah
yang diisolasi yaitu sel darah putih. Sel darah putih dijadikan pilihan karena
memiliki nukleus, di mana terdapat DNA di dalamnya. DNA pada tumbuhan juga
dapat diisolasi, contohnya pada tumbuhan bawang merah (Allium cepa) dan pada
pisang (Musa sp.) (Kimball 2005: 8; Kent & Carr 2001: 317).

← Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu:

 ← 1. Isolasi jaringan
← 2. Dinding dan membran sel dilisiskan
← 3. Diekstraksi dalam larutan
← 4. Dipurifikasi
← 5. Dipresipitasi

Prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada 2, yaitu sentrifugasi dan presipitasi.
Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis molekul
dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan
berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di atas. Teknik
sentrifugasi tersebut dilakukan di dalam sebuah mesin yang bernama mesin sentrifugasi
dengan kecepatan yang bervariasi, contohnya 2500 rpm (rotation per minute) atau 3000
rpm (Kimball 2005: 4; Lewiston 2002:1--3; LPCH 2005: 2).

Ada 5 tahap untuk melakukan isolasi DNA, yaitu: isolasi jaringan, pelisisan dinding dan
membran sel, pengekstraksian dalam larutan, purifikasi, dan presipitasi.

Tahap pertama yang dilakukan yaitu mengisolasi jaringan yang ingin digunakan, yaitu
darah.

Tahap selanjutnya yaitu melisiskan dinding dan membran sel dengan larutan pelisis sel
darah merah. Setelah dilakukan inkubasi, darah yang telah bercampur dengan pelisis sel
darah merah tersebut lalu disentrifugasi selama 10 menit dengan kecepatan 2500 rpm.
Selanjutnya supernatan yang terbentuk dibuang dan kemudian dilakukan ekstraksi di
dalam larutan. Hal tersebut bertujuan agar didapat ekstrak nukleus sel darah putih.

Tahap berikutnya adalah purifikasi. Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel darah
putih dari zat-zat lainnya, dan tahap terakhir, yaitu presipitasi bertujuan untuk
mengendapkan protein histon, sehingga untai-untai DNA tidak lagi menggulung (coiling)
dan berikatan dengan protein histon, yang menyebabkan DNA menjadi terlihat (Kimball
2005: 4; Lewiston 2002:1--3; LPCH 2005: 2).

Tahap isolasi jaringan; untuk mengisolasi jaringan sel darah putih, maka darah yang
masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya
sehingga yang tersisa hanya sel darah putih. Karena itu ke dalam tabung yang berisi
darah diberikan larutan pelisis sel darah merah yang merupakan larutan hipotonis. Karena
larutan tersebut hipotonis, maka akan terjadi hemolisis. Larutan pelisis sel darah merah
terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks
(chelate) dengan ion logam, seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse. Selanjutnya
tabung dibolak-balik denan gerakan memutar yang membentuk angka 8 agar larutan
dapat menyatu dengan sempurna selama 10 menit. Darah yang telah bercampur dengan
pelisis sel darah merah tersebut lalu disentrifugasi selama 10 menit dengan kecepatan
2500 rpm. Selanjutnya supernatan yang terbentuk dibuang. Untuk melisiskan membran
sel dan membran nukleus sel darah putih yang terisolasi tadi, diberikan larutan pelisis sel
darah putih yang terdiri atas EDTA dan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi
untuk merusak lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur (Rybicki & Purves 2005:
1; Harley 2005: 410).

Tahap selanjutnya yaitu purifikasi. Purifikasi bertujuan untuk membersihkan sel darah
putih dari zat-zat lainnya; Ke dalam larutan tadi kemudian diberikan RNAse dan
diinkubasi selama 15 menit pada suhu 37°C. Hal tersebut bertujuan untuk
mengoptimalkan kerja enzim yang sangat dipengaruhi oleh temperatur. Tahap berikutnya
yaitu presipitasi; Tahap presipitasi dilakukan dengan cara meneteskan larutan presipitasi
protein dan kemudian divortex yang bertujuan untuk menghomogenkan larutan. Larutan
presipitasi protein terdiri atas amonium asetat yang jika berikatan dengan protein
mengakibatkan terbentuknya senyawa baru yang memiliki kelarutan yang lebih rendah,
sehingga menyebabkan protein mengendap. Larutan tersebut kemudian disentrifugasi
kembali selama 15 menit dengan kecepatan 3000 rpm. Supernatan yang berisi DNA
kemudian dituangkan ke dalam tabung berisi isopropanol dingin dan tabung dibolak-balik
kembali dengan gerakan angka 8. Pemberian isopropanol bertujuan untuk visualisasi
DNA. Selanjutnya tabung disentrifugasi kembali selama 5 menit dengan kecepatan 3000
rpm. Hasil dari sentrifugasi adalah terdapatnya pelet DNA pada dasar tabung yang
kemudian ditambahkan etanol 70% dan dibolak-balik kembali. Pemberian etanol
bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya. Setelah tercampur,
tabung kemudian disentrifugasi kembali selama 5 menit dengan kecepatan 3000 rpm.
Hasil akhirnya adalah DNA yang berada pada tepi dasar tabung. Langkah akhirnya
adalah dengan pemberian Tris-EDTA yang bertujuan untuk melarutkan kembali DNA
untuk dipreservasi (Harley 2005: 409--410; Lewiston 2002: 1--2).

Isolasi DNA genom buah pisang memiliki prinsip yang sama dengan isolasi DNA sel
darah putih. Langkah pertama adalah dengan memasukkan buah pisang ke dalam blender
dan blender selama 5 menit. Hasil blender kemudian ditambahkan air dengan
perbandingan 1:1 dan garam lalu diaduk selama 15 menit. Garam memiliki fungsi yang
sama dengan SDS pada isolasi DNA genom sel darah putih, yaitu untuk memberikan
kondisi ionik, sehingga reaksi berjalan lebih stabil. Campuran tersebut kemudian disaring
dengan corong dan ditambahkan isopropanol yang berfungsi untuk memvisualisasikan
DNA dan menetralkan (desalted) sebab isopropanol tidak memiliki muatan, sedangkan
DNA bermuatan negatif (-). Kemudian tabung dibolak-balik untuk mendapatkan DNA.
Akan tetapi, setelah diberikan Tris-EDTA, yang didapat oleh praktikan hanyalah pengotor
yang tidak larut di dalamnya. Hal ini dapat terjadi karena kurang teliti dalam
mengerjakan proses isolasi tersebut (Harley 2005: 410).

[sunting] Referensi
← http://www.alzheimers.org/unraveling/09.htm
← http://employees.csbsju.edu/hjakubowski/classes/ch123/Atom
%20Structure/separation_methods.htm
← Harley, J.T. 2005. Regulatory exercises in microbiology. 6th ed. McGraw-Hill
Company, Boston: xiv + 466 hlm.
← http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/primer_pic.shtml
 ← Kent, G.C. & R.K. Carr. 2001. Comparative anatomy of the vertebrates. 9th ed.
The McGraw-Hill Companies, New York: xvii + 523 hlm.
← http://users.rcn.com/jkimball.ma.ultranet/BiologyPages/B/Blood.html, 23
November 2005, pk.21.30.
← Klug, W.S. & M.R. Cummings. 1994. Concepts of genetics. Prentice-Hall Inc.,
Englewood Cliffs: xvi + 779 hlm.
← Lewis, R. 2003. Human genetics: Concepts and applications. The McGraw-Hills
Company, Inc., Boston: xviii + 454 hlm.
← http://abacus.bates.edu/~ganderso/biology/resources/centrifugation.html
← http://www.lpch.org/DiseaseHealthInfo/HealthLibrary/hematology/bloodoview.ht
ml
← Raven, P.H. & G.B. Johnson. 2002. Biology. 6th ed. McGraw-Hill Companies,
Inc., New York: xxiv + 1238 hlm.
← http://www.mcb.uct.ac.za/sdspage.html
← http://en.wikipedia.org/wiki/DNA.html

Diperoleh dari "http://id.wikipedia.org/wiki/Isolasi_DNA"

Replikasi

Pada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan nukleotida pada DNA
yang digandakan.

Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA. Proses replikasi ini diperlukan ketika
sel akan membelah diri. Pada setiap sel, kecuali sel gamet, pembelahan diri harus disertai
dengan replikasi DNA supaya semua sel turunan memiliki informasi genetik yang sama.
Pada dasarnya, proses replikasi memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua rantai
dan rantai yang satu merupakan "konjugat" dari rantai pasangannya. Dengan kata lain,
dengan mengetahui susunan satu rantai, maka susunan rantai pasangan dapat dengan
mudah dibentuk. Ada beberapa teori yang mencoba menjelaskan bagaimana proses
replikasi DNA ini terjadi. Salah satu teori yang paling populer menyatakan bahwa pada
masing-masing DNA baru yang diperoleh pada akhir proses replikasi; satu rantai tunggal
merupakan rantai DNA dari rantai DNA sebelumnya, sedangkan rantai pasangannya
merupakan rantai yang baru disintesis. Rantai tunggal yang diperoleh dari DNA
sebelumnya tersebut bertindak sebagai "cetakan" untuk membuat rantai pasangannya.

Proses replikasi memerlukan protein atau enzim pembantu; salah satu yang terpenting
dikenal dengan nama DNA polimerase, yang merupakan enzim pembantu pembentukan
rantai DNA baru yang merupakan suatu polimer. Proses replikasi diawali dengan
pembukaan untaian ganda DNA pada titik-titik tertentu di sepanjang rantai DNA. Proses
pembukaan rantai DNA ini dibantu oleh beberapa jenis protein yang dapat mengenali
titik-titik tersebut, dan juga protein yang mampu membuka pilinan rantai DNA. Setelah
cukup ruang terbentuk akibat pembukaan untaian ganda ini, DNA polimerase masuk dan
mengikat diri pada kedua rantai DNA yang sudah terbuka secara lokal tersebut. Proses
pembukaan rantai ganda tersebut berlangsung disertai dengan pergeseran DNA
polimerase mengikuti arah membukanya rantai ganda. Monomer DNA ditambahkan di
kedua sisi rantai yang membuka setiap kali DNA polimerase bergeser. Hal ini berlanjut
sampai seluruh rantai telah benar-benar terpisah.

Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang rumit namun teliti. Proses sintesis rantai
DNA baru memiliki suatu mekanisme yang mencegah terjadinya kesalahan pemasukan
monomer yang dapat berakibat fatal. Karena mekanisme inilah kemungkinan terjadinya
kesalahan sintesis amatlah kecil.

[sunting] Biosintesis protein

Bagian ini masih merupakan sebuah rintisan. Anda dapat turut serta
mengembangkannya.

[sunting] Penggunaan DNA dalam teknologi

[sunting] DNA dalam forensik

Artikel utama: Fingerprinting genetika

Ilmuwan forensik dapat menggunakan DNA yang terletak dalam darah, semen, kulit, liur
atau rambut yang tersisa di tempat kejadian kejahatan untuk mengidentifikasi
kemungkinan tersangka, sebuah proses yang disebut fingerprinting genetika atau
pemrofilan DNA (DNA profiling). Dalam pemrofilan DNA panjang relatif dari bagian
DNA yang berulang seperti short tandem repeats dan minisatelit, dibandingkan.
Pemrofilan DNA dikembangkan pada 1984 oleh genetikawan Inggris Alec Jeffreys dari
Universitas Leicester, dan pertama kali digunakan untuk mendakwa Colin Pitchfork pada
1988 dalam kasus pembunuhan Enderby di Leicestershire, Inggris. Banyak yurisdiksi
membutuhkan terdakwa dari kejahatan tertentu untuk menyediakan sebuah contoh DNA
untuk dimasukkan ke dalam database komputer. Hal ini telah membantu investigator
menyelesaikan kasus lama di mana pelanggar tidak diketahui dan hanya contoh DNA
yang diperoleh dari tempat kejadian (terutama dalam kasus perkosaan antar orang tak
dikenal). Metode ini adalah salah satu teknik paling terpercaya untuk mengidentifikasi
seorang pelaku kejahatan, tetapi tidak selalu sempurna, misalnya bila tidak ada DNA
yang dapat diperoleh, atau bila tempat kejadian terkontaminasi oleh DNA dari banyak
orang.

[sunting] DNA dalam komputasi

DNA memainkan peran penting dalam ilmu komputer, baik sebagai masalah riset dan
sebagai sebuah cara komputasi.
Riset dalam algoritma pencarian string, yang menemukan kejadian dari urutan huruf di
dalam urutan huruf yang lebih besar, dimotivasi sebagian oleh riset DNA, dimana
algoritma ini digunakan untuk mencari urutan tertentu dari nukleotida dalam sebuah
urutan yang besar. Dalam aplikasi lainnya seperti editor text, bahkan algoritma sederhana
untuk maslah ini biasanya mencukupi, tetapi urutan DNA menyebabkan algoritma-
algoritma ini untuk menunjukkan sifat kasus-mendekati-terburuk dikarenakan jumlah
kecil dari karakter yang berbeda.

Teori database juga telah dipengaruhi oleh riset DNA, yang memiliki masalah khusus
untuk menaruh dan memanipulasi urutan DNA. Database yang dikhususkan untuk riset
DNA disebut database genomik, dam harus menangani sejumlah tantangan teknis yang
unik yang dihubungkan dengan operasi pembandingan kira-kira, pembandingan urutan,
mencari pola yang berulang, dan pencarian homologi.

[sunting] Sejarah
DNA pertama kali berhasil dimurnikan pada tahun 1868 oleh ilmuwan Swiss Friedrich
Miescher di Tubingen, Jerman, yang menamainya nuclein berdasarkan lokasinya di
dalam inti sel. Namun demikian, penelitian terhadap peranan DNA di dalam sel baru
dimulai pada awal abad 20, bersamaan dengan ditemukannya postulat genetika Mendel.
DNA dan protein dianggap dua molekul yang paling memungkinkan sebagai pembawa
sifat genetis berdasarkan teori tersebut.

Dua eksperimen pada dekade 40-an membuktikan fungsi DNA sebagai materi genetik.
Dalam penelitian oleh Avery dan rekan-rekannya, ekstrak dari sel bakteri yang satu gagal
men-transform sel bakteri lainnya kecuali jika DNA dalam ekstrak dibiarkan utuh.
Eksperimen Hershey dan Chase membuktikan hal yang sama dengan menggunakan
pencari jejak radioaktif (radioactive tracers).

Misteri yang belum terpecahkan ketika itu adalah: bagaimanakah struktur DNA sehingga
ia mampu bertugas sebagai materi genetik? Persoalan ini dijawab oleh Francis Crick dan
koleganya James Watson berdasarkan hasil difraksi sinar-x DNA oleh Maurice Wilkins
dan Rosalind Franklin. Crick, Watson, dan Wilkins mendapatkan hadiah Nobel
Kedokteran pada 1962 atas penemuan ini. Franklin, karena sudah wafat pada waktu itu,
tidak dapat dianugerahi hadiah ini.