OBJEK 3

EKSTRAKSI DNA, PENGUJIAN DNA DAN ELEKTROFORESIS

Kelompok 06 :
Nofi Hamidah (171043006)
Reynol Devryonda (1710413016)
Hanum Salsabil Zahdi (1710413026)

Asisten Praktikum :
Nurhayati

Dosen Pengampu Praktikum :

Elida Mardiah, MS

LABORATORIUM BIOKIMIA
JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS ANDALAS
PADANG
2019
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Asam nukleat adalah polinukleotida yang terdiri dari unit-unit mononukleotida, jika unit-unit
pembangunnya dioksinukleotida maka asam nukleat itu disebut dioksiribonukleat(DNA) dan jika terdiri
dari unit-unit mononukleotida disebut asam ribonukleat(RNA). DNA dan RNA mempunyai sejumlah sifat
kimia dan fisika yang sama sebab antara unit-unit mononukleotida terdapat ikatan yang sama yaitu
melalui jembatan fosfodiester antara posisi 3′ suatu mononukleotida dan posisi 5′ pada mononukleotida
lainnya. Asam-asam nukleat seperti asam dioksiribosa nukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA)
memberikan dasar kimia bagi pemindahan keterangan di dalam semua sel. Asam nukleat merupakan
molekul makro yang memberi keterangan tiap asam nukleat mempunyai urutan nukleotida yang unik
sama seperti urutan asam amino yang unik dari suatu protein tertentu karena asam nukleat merupakan
rantai polimer yang tersusun dari satuan monomer yang disebut nukleotida
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah merupakan senyawa kimia yang paling penting dalam
makhluk hidup karena molekul berperan sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan
struktur protein dan proses metabolisme lain (Jamilah, 2005). DNA genom meliputi gen dan
intergen. DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat
yang tergabung membentuk nukleotida. DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi serta
diisolasi untuk dipelajari.

Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada (ekstraksi atau lisis) biasanya
dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer ekstraksi atau buffer lisis untuk mencegah DNA
rusak (Yuwono, 2008). Pada sel eukariotik termasuk tanaman dan hewan bagian terbesar dari DNA bera
da pada nukleus yaitu organel yang dipisahkan dari sitoplasma dengan membran. Nukleus terdiri dari
90 % keseluruhan DNA seluler. Sisa DNA adalah organel lain seperti mitokondria dan kloroplas. Karena
DNA terdapat pada nukleus, maka perlu adanya metode pelisisan sel sampai pemanenan sel.

Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan untuk memisahkan DNA
dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak
menyebabkan kerusakan pada DNA. Proses untuk mengeluarkan DNA dari sel dapat dilakukan dengan
memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti baik secara mekanik maupun secara
kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan menggunakan blender atau penggerusan menggunakan
mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dengan pemberian yang dapat merusak membran sel
dan membran inti, salah satunya adalah pemberian deterjen.
Prinsip – prinsip dalam mengisolasi DNA :
1. Melisis sel secara fisik, dengan cara penggerusan.
2. Pemecahan dinding sel.
3. Pemecahan membran sel.
4. Pemisahan DNA dari bahan yang lain.

Sifat-sifat DNA antara lain:

 Merupakan material kromosom yang membawa informasi genetik, lewat aktivitas pembelahan sel.
 Jumlah DNA konstan di setiap jenis sel dan spesies.
  Kandungan DNA di dalam sel bergantung dari sifat ploidi (genom) sel/ jumlah kromosom di dalam
sel.
 Tebalnya 20 Å (Amstrong) serta panjangnya ribuan Å (1 Å = 10^-10 meter).
 Dapat melakukan replikasi,
 Dalam sel organisme prokariotik (bakteri), DNA rantainya tunggal.
 Pada suhu yang mendekati titik didih/ pH ekstrim (kurang dari 3/ lebih dari 10), DNA mengalami
denaturasi/ membuka.

Perbedaan DNA dan RNA

Perbedaan DNA RNA

Fungsi Mengendalikan faktor keturunan Mengendalikan sintesis protein

dan sintesis protein.

Letak Terdapat pada inti sel Terdapat pada inti sel, sitoplasma,
atau ribosom

Komponen gula Deoksiribosa Ribosa

Ukuran Panjang Pendek

Jenis bsa nitrogen Purin (adenin dan guanin) gugus Purin (adenin dan guanin) dan
fosfat. dan Pirimidin (sitosin dan Pirimidin (sitosin dan urasil)
timin)

Kadar Tidak berubah Berubah

Nukleotida adalah senyawa organik yang berperan sebagai monomer penyusun polimer asam
nukleat, asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA). keduanya adalah biomolekul
penting yang menyusun makhluk hidup di bumi.
Nukleotida tersusun dari gugus basa nitrogen heterosiklik, gula pentosa, dan satu atau lebih gugus fosfat.
Kalau tiga subunit itu bergabung, nukleotida juga disebut sebagai "nukleosida monofosfat". Sumber
kimia ACS Style Guide dan IUPAC Gold Book menyatakan bahwa nukleotida hanya mempunyai satu
gugus fosfat, tapi pengunaan istilah umum dalam buku pelajaran molekuler biologi memperluas
definisinya untuk merangkum molekul dengan dua atau tiga gugus fosfat. Karena itu, istilah "nukleosida
difosfat" atau "nukleosida trifosfat" juga bisa dinyatakan sebagai nukleotida. Basa penyusun nukleotida
biasanya adalah berupa purina atau pirimidina sementara gulanya adalah pentosa (ribosa), baik
berupa deoksiribosa maupun ribosa. Basa purina itu terdiri dari adenina atau guanina, sedangkan basa
pirimidina itu terdiri dari timina, sitosina atau urasil.

ELEKTROFORESIS

Elektroforesis adalah peristiwa pergerakan partikel koloid yang bermuatan ke salah satu elektrode.
Atau elektroforesis adalah peristiwa bergeraknya partikel-partikel koloid dalam medan listrik ke masing-
masing elektode. Apabila sepasang elektode dimasukan ke dalam sistem koloid, maka partikel koloid
yang muatannya positif akan menuju ke elektode negatif atau katode dan partikel koloid yang mutannya
negatif bergerak menuju ke elektrode positif atau anode. Karena itulah elektroforesis koloid bisa dipakai
untuk menentukan jenis muatan suatu koloid.
 Peristiwa elektroforesis menunjukan bahwa partikel koloid itu bermuatan listrik. Partikel-partikel
koloid bisa bermuatan listrik dikarnakan terjadi suatu penyerapan ion pada permukaan partikel koloid.
Sistem koloid dapat stabil dikarenakan adanya muatan listrik di permukaan partikel koloid, selain itu juga
karena adanya gerak brown. Partikel koloid dalam peristiwa elektroforesis, muatannya akan dinetralkan
dan digumpalkan pada elektrode. Gejala tersebut bisa diamati dengan cara menggunakan alat sel
elektrolisis

Jenis-jenis elektroforesis sebagai berikut ini:

 Elektroforesis kertas
Merupakan jenis elektroforesis yang terdiri atas kertas sebagai fase diam dan partikel yang
bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak, terutama ion-ion kompleks. Pergerakan partikel
pada kertas tergantung dari muatan atau valensi zat terlarut, tegangan yang digunakan, luas
penampang, kekuatan ion, pH, viskositas, konsentrasi elektrolit, dan adsorpsitivitas zat terlarut
 Elektroforesis gel
Merupakan elektroforesis yang memakai gel sebagai fasa diam untuk memisahkan molekul-
molekul.
Kegunaan Elektroforesis
Kegunaan dari elektroforesis adalah elektroforesis dapat digunakan untuk mendeteksi muatan
partikel koloid. Jika partikel koloid berkumpul di elektrode positif berarti koloid bermuatan negatif. Jika
partikel koloid berkumpul di elektrode negatif berarti koloid bermuatan positif.

Prinsip Elektroforesis
Prinsip elektroforesis digunakan untuk memisahkan partikel dalam satu campuran. Misalnya,
memisahkan partikel debu pada asap suatu industri dengan alat Cottrell. Partikel koloid yang berupa
debu adengan alat in ditarik ke salah satu elektrode sehingga terpisah dari mediumnya, yaitu gas
buangan. Hal tersebut menyebabkan gas terbuang di udara menjadi bersih dari partikel-partikel debu.
Contoh elektroforesis adalah sebagai berikut ini:

 Untuk identifikasi DNA.

 Untuk mendeteksi kelainan genetic.
 Untuk memproses penyaringan debu pabrik.

1.2 Rumusan Masalah

1. Bagaimana cara mengekstrak DNA dari jaringan buah dan hewan?

2. Bagaimana cara menentukan karakteristik komposisi nukleotida penyusun DNA?

3. Bagaimana cara melakukan pemisahan zat pewarna makanan dengan elektroforesis agarose?

1.3 Tujuan

1. Mengekstrak DNA dari jaringan buah dan hewan.

2. Menentukan karakteristik komposisi nukleotida penyusun DNA.

3. Melakukan pemisahan zat pewarna makanan dengan elektroforesis agarose.

 BAB II
METODE PRAKTIKUM
2.1 ALAT DAN BAHAN
2.1.1 Alat
Alat yang digunakan yaitu gelas kimia 250 mL yang berfungsi sebagai tempat sampel, tabung reaksi
untuk tempat uji sampel ekstrak , erlenmeyer 250 mL untuk wadah laruan, lumpang porselen
untuk tempat menghaluskan sampel, pipet tetes untuk memipet larutan, water bath untuk tempat
proses pendinginan, gelas ukur 10 mL untuk mengukur volume larutan yang akan digunakan , dan
kain kasa untuk menyaring (memisahkan filtrat dan ekstrak).

2.1.2 Bahan
Bahan yang digunakan yaitu strawberry sebagai sampel, NaCl sebagai pengikat DNA, detergen
sebagai pengikat DNA, etanol 95% sebagai pembentuk endapan, HNO3 pekat sebagai uji ekstrak,
larutan ammonium molibdat sebagai uji ekstrak, larutan CH3COOH 5% sebagai uji ekstrak, larutan
CuSO4 5% sebagai uji ekstrak, larutan NaHSO4 jenuh sebagai uji ekstrak, reagen benedict sebagai
uji ekstrak, larutan buffer TE sebagai pelarut agarose, dan aquades sebagai pelarut.

2.2 PROSEDUR KERJA

2.2.1 Ekstraksi DNA dari buah
Kulit buah dikupas, dipotong kecil, dihancurkan dan dimasukkan kedalam gelas kimia 250 mL.
Kemudian ditambahkan 3 g NaCl dan 10 mL detergen sambil diaduk dan ditambahkan air hingga
volumenya 100 mL. Lalu campuran disaring dengan kain kasa dan diamkan filtratnya beberapa
menit. Kemudian filtrat dipipet 6 mL kedalam tabung reaksi dan dinginkan dalam water bath ± 5
menit. Ditambahkan secukupnya etanol 95% dingin memalui dinding tabung reaksi sambil dikocok
hingga terbentuk benang putih halus. Selanjutnya DNA dipindahkan pada tabung reaksi lain dan
dilakukan uji komposisi nukleotida pada DNA.

2.2.2 Uji tingkat kemurnian ekstrak DNA

Diambil ekstrak DNA dan dilarutkan dalam buffer TE pH 8. Kemudian dimasukkan kedalam kuvet
dan diukur menggunakan UV-Spektrofotometer dengan panjang gelombang 230, 260, 280 nm.
Dihitung ratio optical density untuk panjang gelombang 230/260 dan 260/280. Lalu ditentukan
tingkat kemurnian ekstrak DNA.

2.2.3 Pengujian ekstrak asam nukleat (DNA)

1. Uji ribose
Diambil 2 mL ekstrak asam nukleat kemudian ditambahkan 2 mL reagen benedict, dikocok dan
dipanaskan pada penangas air. Diamati hasil yang terjadi.
2. Uji Fosfat
Diambil 2 mL ekstrak asam nukleat kemudian ditambahkan 0,5 mL HNO3, dikocok dan
dipanaskan pada penangas air. Kemudian ditambahkan 1 mL larutan ammonium molibdat 5%.
Diamati hasil yang terjadi.
3. Uji Basa Nitrogen
Diambil 2 mL ekstrak asam nukleat kemudian ditambahkan beberapa tetes asam asetat 5%,
dikocok dan dipanaskan pada penangas air. Lalu ditambahkan 0,5 mL larutan CuSO4 dan 0,5 mL
NaHSO4. Diamati hasil yang terjadi.
2.2.4 Uji Gel Agarose Elektroforesis
Ditimbang 1 gram agarose dan dilarutkan dalam 100 mL TBE 0,5X , dipanaskan hingga mendidih.
Kemudian agarose ditempatkan pada cetakan agar dan dibiarkan hingga mengeras. Lalu gel
agarose ditempatkan kedalam alat elektroforesis dan ditambahkan 200 mL TBE 0,5X. Disiapkan 8
jenis zat pewarna dan dimasukan kedalam masing-masing sumur. Dielektroforesis sampel selama
30 menit dengan 90 volt dan 150 mA. Diamati pemisahan zat warna yang terjadi.

2.3 BAGAN ALIR

Buah Strawberry
- diekstrak

Isolasi DNA

- diuji

Kemurnian Ribose Fosfat Basa nitrogen

Zat warna makanan

- dielektroforesis

Isolasi DNA
 BAB III
HASIL DAN DISKUSI
3.1 HASIL
Tabel 1. Pengukuran absorban

DNA Spektrofotometer Spektrum

Panjang Gelombang (nm) 230 260 280
3,212 0,931 0,679
Absorban
3,160 0,931 0,679

Tabel 2. Rasio Absorban

Sampel Ratio 260/280 Ratio 230/260

1,37 3,4
Strawberry
1,37 3,4

Tabel 3. Hasil Pengamatan

Ekstrak DNA Uji Ribosa Uji Fosfat Uji Basa Nitrogen

Benang putih Endapan merah bata Larutan kuning Endapan putih

Tabel 4. Pengamatan Elektroforesis

Parameter
Sampel Foto
Pergerakan zat warna Terpisah /tidak Jarak pemisahan zat
Biru Biru Tidak -
Orange Merah – kuning Terpisah +
Pink Pink Tidak -
Hijau Biru – kuning Terpisah +++
Dongker Biru – merah Terpisah ++
Kuning Kuning Tidak -
Coklat Biru, merah, kuning Terpisah ++
Army Biru, merah, kuning Terpisah ++
3.2 DISKUSI
Pada praktikum kali ini dilakukan percobaan tentang ekstraksi DNA, pengujian DNA, dan
elektroforesis. Percobaan ini bertujuan untuk mengekstrak DNA dari jaringan buah dan hewan,
menentukan karakteristik komposisi nukleotida penyusun DNA dan memisahkan zat pewarna makanan
dengan elektroforesis agarose.
Ekstraksi DNA didapatkan dari buah strawberry. Buah strawberry dihaluskan terlebih dahulu dengan
lumpang dan alu agar pelarut mudah untuk menarik asam nukleat dari dalam sel dan memerluas bidang
permukaan. Setelah itu ditambahkan NaCl untuk memecahkan sel-sel dari buah strawberry melalui
mekanisme osmosis. Lalu ditambahkan deterjen yang berfungsi untuk merusak dinding sel. Bagian
hidrofobik dari surfaktan akan merusak dinding sel dan membran inti sel sehingga DNA akan keluar dari
inti sel.
Campuran buah strawberry yang telah halus tersebut disaring dengan kain kasa dan didapatkan
filtratnya. Filtrat ini mengandung DNA yang akan diuji komposisinya. Filtrat ini didinginkan dalam water
bath selama 5 menit untuk mempercepat proses pengendapan. Setelah itu ditambahkan etanol 95%
dingin untuk mengikat DNA. Lalu tabung reaksi dikocok dan didapatkan DNA berupa kabut/benang-
benang putih halus pada lapisan etanol.
Benang-benang halus ini lalu dimasukkan kedalam 4 tabung reaksi yang berbeda untuk dilakukan uji
ribosa, uji fosfat, uji basa nitrogen dan uji kemurnian dari DNA. Uji tersebut dilakukan untuk
mengidentifikasi dan mengetahui komposisi penyusun DNA.
Uji ribosa dilakukan dengan menambahkan DNA dengan reagen Bennedict kemudian dikocok dan
dipanaskan. Pemanasan ini untuk mempercepat reaksi antara reagen Bennedict dengan DNA. Hasil yang
didapatkan berupa larutan biru dengan endapan merah bata kecoklatan. Warna tersebut dihasilkan
karena ribosa telah tereduksi Cu2+ menjadi Cu+ ditandai dengan adanya endapan merah bata (Cu2O).
Dengan demikian, DNA strawberry positif mengandung ribosa.
Uji fosfat dilakukan dengan menambahkan DNA dengan HNO3 lalu dikocok dan dipanaskan.
Pemanasan dilakukan untuk mempercepat reaksi yang terjadi. Setelah itu ditambahkan ammonium
molibdat 5% secukupnya dan didapatkan hasil larutan berwarna kekuningan. Warna tersebut
dikarenakan terbentuknya kompleks ammonium fosfomolibdat antara ammonium molibdat dengan
fosfat yang ada pada DNA. Maka dari itu dapat dikatakan bahwa DNA strawberry mengandung fosfat.
Uji basa nitrogen dilakukan dengan menambahkan asam asetat kemudian dikocok dan dipanaskan
untuk mempercepat reaksi. Setelah itu ditambahkan larutan CuSO4 dan NaHSO4. Terbentuk endapan
putih dan larutan kebiruan pada tabung reaksi. Hal ini yang menandakan bahwa DNA strawberry
menggandung basa nitrogen.
Elektroforesis dilakukan pada 8 zat warna makanan dengan tujuan memisahkan zat warna makanan
berdasarkan berat molekulnya. Dibuat gel agarose 1% yang telah dilarutkan dengan 100 mL air. Setelah
itu ditambahkan 200 mL TBE 0,5X sebagai fase gerak. Pemisahan dengan elektroforesis ini menggunakan
arus listrik sehingga zat warna yang memiiki massa molekul lebih besar akan tinggal diatas dan massa
molekul yang kecil akan cepat terpisah.
 BAB IV
KESIMPULAN
Dari percobaan yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa sampel strawberry yang digunakan
pada praktikum ini dalam uji DNA terbukti benar mengandung ribosa, pospat, dan basa nitrogen.
Pemisahan zat warna makanan dengan metoda elektroforesis berhasil dilakukan, seperti warna orange
yang terpisah menjadi warna merah dan kuning serta ada juga warna yang tidak bisa terpisah karena
warna tersebut merupakan warna komplementer. Contohnya warna biru, pink, dan kuning.
 BAB V
KENDALA
Kendala yang terjadi selama praktikum ini adalah pemisahan DNA dari sampel yang tergolong masih
sedikit dikarenakan filtrat dari sampel tersebut kurang halus atau masih banyak terdapat endapan-
endapan pada hasil filtrat tersebut.