Anda di halaman 1dari 32

ISOLASI, KARAKTERISASI DAN UJI ANTIMIKROB

BAKTERI ENDOFIT LOKIO (Allium chinense G. Don.)

AMINAHTUN LATIFAH

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2017
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA

Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Isolasi, Karakterisasi dan Uji
Antimikrob Bakteri Endofit Lokio (Allium chinense G. Don.) adalah benar karya saya
dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun
kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari
karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan
dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.

Bogor, November 2017

Aminahtun Latifah
G851150031
RINGKASAN

AMINAHTUN LATIFAH. Isolasi, Karakterisasi dan Uji Antimikrob Bakteri


Endofit Lokio (Allium chinense G. Don.). Dibimbing oleh MARIA BINTANG
dan FACHRIYAN HASMI PASARIBU.

Lokio dikenal luas sebagai bumbu tradisional, yang merupakan salah satu
tumbuhan dari genus Allium. Allium banyak dimanfaatkan sebagai antimikrob.
Mikroba endofit merupakan mikroorganisme yang hidup dalam jaringan
tumbuhan yang mempunyai aktivitas yang sama dengan tumbuhan inangnya.
Mikroba endofit digunakan sebagai sumber penghasil metabolit sekunder yang
berpotensi sebagai obat, senyawa aktif untuk pertanian, dan atau untuk eksploitasi
industri.
Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi bakteri endofit lokio, menguji
aktivitas antimikrob terhadap bakteri patogen, mengkarakterisasi isolat bakteri
endofit potensial, mengekstrak senyawa antimikrob yang dihasilkan serta
menganalisis senyawa antimikrobnya menggunakan GC-MS. Tahap awal
penelitian yaitu isolasi bakteri endofit dari lokio, menguji setiap isolat bakteri
endofit terhadap bakteri uji menggunakan inokulasi titik, isolat potensial
dikarakterisasi dan diekstraksi senyawa aktif dengan cara fermentasi 48 jam
dalam nutrient broth. Hasil ekstrak etil asetat diuji aktivitasnya dengan metode
kertas cakram yang selanjutnya dianalisis menggunakan GC-MS untuk
mengetahui komponen senyawa aktif yang memiliki aktivitas antimikrob.
Hasil penelitian diperoleh sebanyak 24 isolat bakteri endofit, isolat potensial
yang dapat menghambat bakteri patogen Gram positif (Staphylococcus aureus dan
Bacillus atrophaeus) dan Gram negatif (Salmonella typhimurium dan Escherichia
coli) dengan daya hambat terbesar yaitu isolat DL20. Isolat dikarakterisasi
morfologi dan biokimia, lalu senyawa metabolit sekunder hasil fermentasi isolat
DL20 dari fraksi ekstraksi etil asetat dianalisis menggunakan GC-MS. Hasil GC-
MS menunjukkan senyawa dalam ekstrak etil asetat yaitu 1,4-Benzene dicarboxylic
acid, Phenol,2,4-bis(1,1-dimethylethyl), 1-Octadecene, Hexanedioic acid,
Eicosane, 1,2-Benzene dicarboxylic acid, 1-Tetradecene, dan Tricosane.

Kata kunci: Antimikrob, Bakteri endofit, GC-MS, Lokio


SUMMARY

AMINAHTUN LATIFAH. Isolation, Characterization and Antimicrobes Test


Lokio (Allium chinense G. Don.)’s Endophytic Bacteria. Supervised by MARIA
BINTANG and FACHRIYAN HASMI PASARIBU.

Lokio is widely known as a traditional spice, which is one of the plants of


the genus Allium. Allium is widely used as an antimicrobial. Endophytic
microbes are microorganisms that live in plant tissues that have similar activity to
their host plants. Endophytic microbes are used as potential secondary metabolite
sources as drugs, active compounds for agriculture, and or for industrial
exploitation.
The objective of this study was to isolate bacterial endophytic bacteria,
to test antimicrobial activity against pathogenic bacteria, to characterize potential
endophytic bacterial isolates, extract the antimicrobial compounds produced and
analyze their antimicrobial compounds using GC-MS. Initial phase of the research
was the isolation of endophytic bacteria from the lokio, testing each endophytic
bacterial isolate against the test bacteria using point inoculation, potential isolates
were characterized and extracted active compounds by 48 hours fermentation in
nutrient broth. The results of ethyl acetate extract were tested for activity by paper
disc method which then analyzed using GC-MS to know component of active
compound having antimicrobial activity.
The results of the study were 24 isolates of endophytic bacteria,
potential isolates that could inhibit Gram positive bacterial bacteria
(Staphylococcus aureus and Bacillus atrophaeus) and Gram negative (Salmonella
typhimurium and Escherichia coli) with the greatest inhibition of isolates DL20.
The isolates were morphologically and biochemically characterized, and the
secondary metabolite compound of the DL20 fermentation product from the
fraction of ethyl acetate extraction was analyzed using GC-MS. The GC-MS
results showed the compounds in the ethyl acetate extract of 1,4-Benzene
dicarboxylic acid, Phenol,2,4-bis(1,1-dimethylethyl), 1-Octadecene, Hexanedioic
acid, Eicosane, 1,2-Benzene dicarboxylic acid , 1-Tetradecene, and Tricosane.

Keywords: Antimicrobes, Endophytic bacteria, GC-MS, Lokio


© Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2017
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan
atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan
IPB

Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini
dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB
ISOLASI, KARAKTERISASI DAN UJI ANTIMIKROB
BAKTERI ENDOFIT LOKIO (Allium chinense G. Don.)

AMINAHTUN LATIFAH

Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains
pada
Program Studi Biokimia

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2017
Penguji Luar Komisi pada Ujian Tesis : Dr Heddy Julistiono, DEA
Judul Tesis : Isolasi, K arakterisasi dan Uji Antimikrob Bakteri Endofit Lokio
(Allium chinense G. Don.)
Nama : Aminahtun Latifah
NIM : 0851150031

Disetujui oleh

Komisi Pembimbing

Prof Dr Drh Maria Bintang, MS Prof Dr Drh Fachriyan Hasmi Pasaribu

Ketua Anggota

Diketahui oleh

Ketua Program Studi Biokimia

Tanggal Ujian: 1 November 2017 Tanggal Lulus: 2 8 N 0 V 2017


PRAKATA

Puji dan syukur penulis panjatkan ke hadirat Allah Subhanahu Wa


Ta’ala atas segala rahmat, karunia-Nya serta kemudahan yang telah
dilimpahkan sehingga penulis dapat menyelesaikan tesis ini. Tesis ini berjudul
Isolasi, Karakterisasi dan Uji Antimikrob Bakteri Endofit Lokio (Allium
chinense G. Don). Tesis ini disusun sebagai salah satu persyaratan untuk
memperoleh gelar Magister Sains pada Departemen Biokimia Institut Pertanian
Bogor.
Ucapan terima kasih dan penghargaan yang setinggi-tingginya penulis
sampaikan terutama kepada Prof Dr Drh Maria Bintang MS dan Prof Dr Drh
Fachriyan Hasmi Pasaribu selaku pembimbing, yang telah banyak memberikan
bimbingan, bantuan, kritik dan saran selama penyusunan tesis ini. Ungkapan
terimakasih juga disampaikan kepada orang tuaku, mama, almarhum papa,
keluarga, suami serta anak-anakku tercinta atas segala do’a, dukungan dan
kasih sayangnya.
Penulis mengucapkan terimakasih kepada Kementerian Kesehatan
(BPPSDM) yang telah memberikan kesempatan kepada penulis untuk melanjutkan
studi di Sekolah Pascasarjana IPB Bogor dan menyediakan biaya pendidikan serta
biaya penelitian dengan surat perjanjian No: DM.01.03/V.3/IPB.08/2015. Ucapan
terima kasih penulis sampaikan pula kepada Kepala Dinas Kesehatan Provinsi
Jambi dan Kepala Akademi Analis Kesehatan Provinsi Jambi.
Terimakasih juga penulis sampaikan kepada pengelola pascasarjana,
seluruh dosen dan staf akademik Departemen Biokimia Institut Pertanian
Bogor, staf laboratorium mikrobiologi FKH IPB, dan teman-teman angkatan
51 Azra, mba Sri, Pak Faozi dan teman-teman angkatan 52 Desi, Icut, Eza dan
Hema, juga Dini, Rori serta Asyar atas segala bantuan, motivasi, dan
kebersamaannya. Penyusunan tesis ini tentunya tidak terlepas dari kekurangan.
Semoga tesis ini bermanfaat.

Bogor, November 2017

Aminahtun Latifah
DAFTAR ISI

DAFTAR GAMBAR iv
DAFTAR LAMPIRAN iv
1 PENDAHULUAN 1
Latar Belakang 1
Rumusan Masalah 2
Tujuan Penelitian 2
Manfaat Penelitian 2
Ruang Lingkup Penelitian 2
Hipotesis Penelitian 2
2 METODE 2
Waktu dan Tempat Penelitian 2
Bahan 2
Alat 3
Prosedur Penelitian 3
3 HASIL 5
Isolasi Bakteri Endofit 5
Seleksi Isolat Bakteri Endofit yang Potensial sebagai Antibakteri 6
Karakterisasi Morfologi Sel dan Biokimia Isolat Bakteri Endofit
Potensial 6
Fermentasi dan Ekstraksi Senyawa Antibakteri dari Isolat Bakteri Endofit
Potensial 7
Identifikasi Senyawa Antibakteri dengan GC-MS 7
4 PEMBAHASAN 8
Isolasi Bakteri Endofit 8
Seleksi Isolat Bakteri Endofit yang Potensial sebagai Antibakteri 8
Karakterisasi Morfologi Sel dan Biokimia Isolat Bakteri Endofit
Potensial 9
Fermentasi dan Ekstraksi Senyawa Antibakteri dari Isolat Bakteri Endofit
Potensial 9
Identifikasi Senyawa Antibakteri dengan GC-MS 10
5 KESIMPULAN DAN SARAN 11
Kesimpulan 11
Saran 11
DAFTAR PUSTAKA 11
LAMPIRAN 15
RIWAYAT HIDUP 20
DAFTAR GAMBAR

1 `Tumbuhan lokio (Allium chinense G. Don) 5


2 Koloni isolat bakteri endofit lokio 6
3 Hasil pewarnaan Gram isolat DL20 6
4 Zona hambat yang terbentuk pada pengujian ekstrak etil asetat DL20
terhadap S. aureus (A), terhadap B. atrophaeus (B), terhadap E. coli
(C), dan Salmonella typhimurium (D). 7

DAFTAR LAMPIRAN

1 Diagram alir penelitian 16


2 Morfologi koloni isolat bakteri endofit lokio (Allium chinense G. Don) 17
3 Kromatogram ekstrak etil asetat isolat bakteri endofit lokio (Allium
chinense G. Don) 18
1

1 PENDAHULUAN

Latar Belakang

Indonesia dikenal secara luas sebagai mega center keanekaragaman hayati


(biodiversity) yang terdiri atas berbagai macam flora dan fauna. Berbagai jenis
tumbuhan tersebut dapat digunakan sebagai obat. Penggunaan tumbuhan sebagai
obat tradisional semakin banyak diminati oleh masyarakat karena telah terbukti
bahwa obat yang berasal dari tumbuhan lebih menyehatkan dan tidak
menimbulkan efek samping jika dibandingkan dengan obat-obatan yang berasal
dari bahan kimia. Tumbuhan obat banyak digunakan oleh masyarakat sebagai
pengobatan alternatif sehari-hari (Lestari 2016).
Penggunaan bahan-bahan sintetis untuk pengobatan terhadap suatu
penyakit selain menyebabkan ketergantungan, juga harganya relatif mahal dan
kemungkinan menimbulkan bahaya bagi kesehatan (Suharti 2004) karena memicu
resistensi terhadap patogen, terutama bakteri (Kiyomizu et al. 2008; Savini et al.
2009). Keadaan tersebut mendorong dilakukannya eksplorasi berbagai komponen
bioaktif yang berasal dari tumbuhan. Salah satu genus tumbuhan yang banyak
dimanfaatkan oleh masyarakat adalah Allium (Robinowitch dan Currah 2002).
Allium banyak dimanfaatkan sebagai antimikrob dan antijamur (Suharti 2004).
Penelitian tentang tumbuhan genus Allium yang telah dilakukan antara
lain, senyawa kimia dan antibakteri serta aktivitas sitotoksik dari Allium
hirtifolium Boiss (Ismail et al. 2013), bakteri endofit pada bawang merah (Allium
cepa) yang bermanfaat sebagai pengendali penyakit hawar (Resti et al. 2013), dan
bawang batak/lokio (Allium chinense G. Don.) sebagai penghasil senyawa
antimikrob (Naibaho 2015). Naibaho (2015) menyatakan bahwa ekstrak lokio
(Allium chinense G. Don.) mempunyai aktivitas antibakteri terhadap Escherichia
coli, Salmonella typhi, Staphylococcus aureus, Bacillus atrophaeus (dahulu
Bacillus subtilis (Rutala dan Weber, 2008)) dan khamir Candida albicans. Uji
fitokimia yang telah dilakukan menunjukkan bahwa ekstrak etil asetat lokio
mengandung senyawa antimikrob. Pemanfaatan tumbuhan lokio ini dapat
dilakukan dengan memanfaatkan mikrob/bakteri endofit yang ada di dalam
tumbuhan lokio tersebut untuk diisolasi metabolit sekundernya, sehingga dapat
menghasilkan antibiotika baru.
Endofit merupakan mikroorganisme (bakteri, jamur, atau aktinomisetes)
yang hidup dan berkoloni di dalam jaringan inang tanpa menimbulkan efek
negatif, bahkan banyak memberi keuntungan terhadap inangnya (Yulianti 2013).
Beberapa jenis bakteri endofit diketahui mampu menghasilkan senyawa aktif yang
bersifat antifungi (Beck et al. 2003), antibakteri (Purwanto et al. 2014),
antioksidan (Permata et al. 2014), pestisida (Kartini et al. 2014), sebagai agen
pemacu pertumbuhan (Desriani et al. 2013; Hardoim et al. 2008), sebagai
pengendali penyakit pada tanaman (Hastuti et al. 2014), dan pendegradasi pati
(Melliawati dan Sulistiyowati 2012). Kemampuan bakteri endofit menghasilkan
senyawa aktif tersebut merupakan potensi yang dapat dikembangkan mengingat
umumnya senyawa aktif diperoleh dengan mengekstraksi tumbuhan. Untuk
memperoleh senyawa aktif dari tumbuhan dibutuhkan waktu dan proses yang
lebih rumit dibandingkan jika mengekstraksi senyawa dari bakteri (Desriani et al.
2

2014). Hal tersebut mendorong perlunya mengisolasi dan mengkarakterisasi


bakteri endofit asal lokio.

Rumusan Masalah

Berdasarkan uraian di atas dapat dirumuskan permasalahan, bahwa belum


ada penelitian mengenai isolasi dan uji aktivitas antimikrob isolat bakteri endofit
dari lokio (Allium chinense G. Don.).
.
Tujuan Penelitian

Penelitian bertujuan untuk mendapatkan isolat bakteri endofit dari


tumbuhan lokio dan mengetahui kemampuan antimikrob dari bakteri endofit
tersebut terhadap bakteri patogen, antara lain Escherichia coli, Salmonella
typhimurium, Staphylococcus aureus, dan Bacillus atrophaeus.

Manfaat Penelitian

Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi tentang aktivitas


antimikrob dari isolat bakteri endofit yang berasal dari lokio.

Ruang Lingkup Penelitian

Penelitian ini dilakukan dengan mengisolasi bakteri endofit yang terdapat


dalam lokio.

Hipotesis Penelitian

Hipotesis dari penelitian ini terdapat satu atau lebih isolat bakteri endofit
lokio (Allium chinense G. Don) yang memiliki aktivitas antimikrob.

2 METODE

Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan mulai bulan Agustus 2016 hingga Juni 2017 yang
bertempat di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Hewan Institut
Pertanian Bogor, Laboratorium Biokimia Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam Institut Pertanian Bogor, dan Pusat Laboratorium Forensik
Markas Besar Polisi Republik Indonesia (Puslabfor Mabes Polri) Jakarta.

Bahan

Tumbuhan lokio, biakan bakteri Escherichia coli, Salmonella


typhimurium, Staphylococcus aureus, dan Bacillus atrophaeus, etanol 70 %,
3

natrium hipoklorit 5.25 %, nistatin, NaCl fisiologis 0.9 %, manitol, maltosa,


glukosa, sukrosa, laktosa, larutan kristal violet, lugol iodin, aseton alkohol,
aquadest, etil asetat, kloramfenikol, media NA (Nutrient Agar), NB (Nutrient
Broth), Blood Agar, MacConkey, dan sitrat.

Alat

Alat-alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah alat-alat gelas,


autoklaf, bunsen, cawan Petri, GC-MS, inkubator, jangka sorong, kawat Ose,
laminar air flow cabinet, lemari pendingin, mikroskop, neraca analitik, pinset,
pipet, sentrifus, spatula, tabung reaksi, tusuk gigi.

Prosedur Penelitian

Isolasi Bakteri Endofit (Desriani et al. 2013)

Tumbuhan lokio yang masih segar dibersihkan dengan air mengalir


kemudian direndam dalam etanol 70 % selama 1 menit, larutan natrium hipoklorit
5.25 % selama 5 menit, dan dicuci dengan aquades steril sebanyak tiga kali.
Setelah itu sampel diiris secara steril kemudian ditanam dalam media Nutrient
Agar (NA) yang telah ditambahkan nistatin (60 μL/60 mL). Media yang sudah
mengandung sampel tersebut diinkubasi pada suhu ruang (30 °C) dalam keadaan
gelap dan diamati setiap hari sampai ada pertumbuhan koloni. Bakteri endofit
yang tumbuh secara bertahap dimurnikan satu per satu dan dipisahkan
berdasarkan koloninya. Bakteri endofit yang telah murni kemudian dikultivasi
dalam agar miring. Koloni yang mempunyai bentuk yang berbeda antara satu
dengan koloni yang lainnya dapat di anggap koloni yang berbeda.

Seleksi Isolat Bakteri Endofit yang Potensial sebagai Antibakteri


(Simarmata et al. 2007)

Kultur bakteri uji (Escherichia coli, Salmonella typhimurium,


Staphylococcus aureus, dan Bacillus atrophaeus) ditumbuhkan di media cair
(Nutrient Broth) dan diinkubasi selama 24 jam pada suhu 37 °C, dan diambil
sebanyak 0.4 mL kemudian ditambahkan ke dalam 80 mL media NA yang
bersuhu ±40 °C dan dikocok. Media NA yang berisi bakteri uji dituang kedalam
cawan Petri steril sebanyak 20 mL dan didiamkan hingga memadat. Isolat bakteri
endofit yang telah diregenerasi, diinokulasi ke media yang berisi bakteri uji
menggunakan Ose dan diinkubasi disuhu 37 °C selama 24-48 jam secara aseptik.
Zona hambat yang terbentuk diamati dan diukur menggunakan jangka sorong.
Adanya zona hambat di sekeliling isolat bakteri endofit menunjukkan adanya
aktivitas senyawa antimikrob yang dihasilkan oleh bakteri endofit. Isolat endofit
potensial dianalisis lebih lanjut.
4

Karakterisasi Morfologi Sel dan Biokimia Isolat Bakteri Endofit Potensial


(Cowan 1974)

Isolat bakteri endofit potensial dikarakterisasi dengan metode


konvensional yaitu uji morfologi dan biokimia, meliputi: pewarnaan Gram, uji
katalase, uji oksidase, urease, pertumbuhan (MacConkey, Blood Agar, dan sitrat),
dan uji fermentasi karbohidrat (manitol, maltosa, glukosa, sukrosa dan laktosa).
Isolat bakteri endofit potensial diregenerasi pada media NA dan diinkubasi selama
24 jam. Isolat bakteri endofit potensial yang telah siap selanjutnya dilakukan
pewarnaan Gram dengan cara menggoreskan isolat bakteri endofit ke seluruh plat
kaca menggunakan kawat Ose dan ditambahkan sedikit larutan garam steril.
Selanjutnya difiksasi, setelah kering ditetesi larutan kristal violet hingga menutupi
seluruh plat kaca dan didiamkan selama 1 menit. Ditetesi lagi larutan lugol iodin
dan didiamkan 1 menit. Kemudian dibilas dengan aquades dan aseton alkohol
selama 15 detik setelah itu, dibilas lagi dengan aquades. Terakhir ditetesi safranin
selama 1 menit dan dibilas dengan aquades. Plat kaca dikeringkan dan kemudian
diamati menggunakan mikroskop.
Isolat bakteri endofit yang telah diregenerasi di media NA ditumbuhkan
kembali pada media pertumbuhan MacConkey dengan cara digoreskan
menggunakan kawat Ose, dan diinkubasi selama 24 jam pada suhu 35 °C.
Pengujian selanjutnya yaitu untuk melihat kemampuan fermentasi
karbohidrat isolat bakteri endofit. Dengan menggunakan kawat Ose isolat bakteri
endofit masing-masing dimasukkan dalam larutan manitol, maltosa, glukosa,
sukrosa dan laktosa dan diinkubasi pada suhu 35 °C dan diamati perubahannya
setelah 24 jam.
Isolat bakteri endofit kemudian diuji katalase, oksidase, urease dan sitrat.
Uji sitrat dan urease dilakukan dengan menggoreskan isolat bakteri endofit yang
telah diregenerasi pada permukaan media sitrat dan urea menggunakan Ose
kemudian media diinkubasi selama 24 jam pada suhu 35 °C. Uji katalase
dilakukan dengan menggoreskan isolat bakteri endofit pada plat kaca yang telah
ditetesi H2O2. Untuk uji oksidase isolat bakteri endofit digoreskan pada kertas
saring yang telah ditetesi reagent oksidase menggunakan Ose.
Isolat bakteri endofit lalu diidentifikasi secara makroskopik berdasarkan
warna koloni, bentuk tepian koloni, elevasi koloni, dan kecepatan pertumbuhan
koloni, sedangkan secara mikroskopiknya meliputi bentuk sel dengan pewarnaan
Gram (Djamaan et al., 2012).

Fermentasi dan Ekstraksi Senyawa Antimikrob dari Isolat Bakteri Endofit


Potensial (Melliawati et al. 2012 modifikasi)

Satu Ose isolat bakteri endofit potensial dikultivasi dalam media nutrient
broth 50 mL dan diinkubasi dalam inkubator bergoyang (Orbital Shaking
Incubator) pada suhu 30 °C selama 48 jam dengan kecepatan 100 rpm. Kemudian
hasil fermentasi disentrifugasi yang bertujuan memisahkan pelet dan supernatan,
selama 15 menit dengan kecepatan 3600 rpm. Supernatan kemudian ditambahkan
pelarut etil asetat (1:1 v/v), kemudian diinkubasi dalam inkubator bergoyang
(Orbital Shaking Incubator) pada suhu 30 °C selama 2 jam dengan kecepatan 150
rpm.
5

Selanjutnya supernatan dan ekstrak etil asetat dipisahkan menggunakan


corong pisah, dan dievaporasi pada suhu 50 °C. Ekstrak yang diperoleh diuji
aktivitas antimikrobnya terhadap Escherichia coli, Salmonella typhimurium,
Staphylococcus aureus, dan Bacillus atrophaeus menggunakan metode kertas
cakram.

Identifikasi Senyawa Antimikrob dengan GC-MS

Ekstrak isolat potensial diinjeksikan 1 μL ke kolom GC-MS. Hasil GC-MS


yang diperoleh dibandingkan dengan database (Willey9N11.L). Hasil analisis ini
berupa bobot molekul dan pola fragmentasi.

3 HASIL

Isolasi Bakteri Endofit

Bakteri endofit berhasil diisolasi dari tumbuhan lokio (Allium chinense G.


Don.). Tumbuhan lokio merupakan salah satu anggota dari genus allium, yang
sering digunakan sebagai bahan tambahan dalam masakan. Bentuk tumbuhan
lokio seperti bawang, dengan ujung tangkai yang lebih panjang, warna kehijauan.
Jadi mirip bawang daun berbentuk kecil panjang. Komponen utama genus ini
adalah flavonoid dan cytosolic sycteine (alliin) yaitu senyawa sulfur organik
Kedudukan tanaman lokio dalam taksonomi adalah sebagai berikut :
Divisio : Spermatophyta
Klas : Angiospermae
Sub Klas : Monokotiledon
Famili : Liliaceae
Genus : Allium (Syamsiah dan Tajudin 2003).
Spesies : Allium chinense G. Don
(Syamsiah dan Tajudin, 2003).

Gambar 1 Tumbuhan lokio (Allium chinense G. Don)


(Syamsiah dan Tajudin 2003).
6

Sebanyak 24 isolat bakteri endofit telah diisolasi dari tumbuhan lokio yang
berasal dari kecamatan Ciampea, Kabupaten Bogor. Isolat bakteri endofit yang
diisolasi adalah isolat dari akar (AL), umbi (UL), dan daun (DL), yaitu sebanyak 6
isolat dari akar, 6 isolat dari umbi dan 12 isolat dari daun.

Gambar 2 Koloni isolat bakteri endofit lokio

Seleksi Isolat Bakteri Endofit yang Potensial sebagai Antibakteri

Sebanyak 24 isolat bakteri endofit mampu menghambat pertumbuhan B.


atrophaeus, 6 isolat positif menghambat S. aureus, 7 isolat mampu menghambat
E. coli, dan tidak ada isolat yang mampu menghambat pertumbuhan Salmonella
typhimurium. Isolat bakteri endofit yang mampu menghambat ketiga jenis bakteri
uji berjumlah 3 isolat. Isolat tersebut adalah: DL18, DL19, dan DL20.
Pemilihan isolat potensial dilakukan dengan memilih isolat yang
membentuk zona bening paling besar dan jernih pada keempat bakteri patogen
yang diujikan. Berdasarkan hasil penelitian, DL20 merupakan isolat potensial
untuk dianalisis lebih lanjut.

Karakterisasi Morfologi Sel dan Biokimia Isolat Bakteri Endofit Potensial

Karakterisasi morfologi sel isolat bakteri endofit potensial dilakukan


dengan pewarnaan Gram. Pengamatan pewarnaan sel isolat DL20 (Gambar 3),
menunjukkan bahwa isolat DL20 termasuk bakteri Gram negatif, berbentuk
coccus.
Pengujian selanjutnya adalah metabolisme bakteri endofit secara biokimia. Isolat
bakteri endofit diuji kemampuannya memfermentasikan karbohidrat, hidrolisis
sitrat, katalase dan oksidase. Tabel 1 menunjukkan hasil karakterisasi biokimia
isolat DL20.

Gambar 3 Hasil pewarnaan Gram isolat DL20


7

Tabel 1 Karakterisasi Biokimia isolat DL20


Jenis Uji Hasil
Uji pertumbuhan pada media Agar Darah Gamma hemolisis
Uji pertumbuhan pada media Mac Conkey Negatif
Uji hidrolisis sitrat Negatif
Uji katalase Positif
Uji oksidase Positif
Uji fermentasi glukosa Positif
Uji fermentasi sukrosa Positif
Uji fermentasi laktosa Negatif
Uji fermentasi manosa Positif
Uji fermentasi manitol Positif

Fermentasi dan Ekstraksi Senyawa Antibakteri dari Isolat Bakteri Endofit


Potensial

Isolasi senyawa aktif yang berperan dalam menghambat pertumbuhan


bakteri uji dilakukan dengan menumbuhkan isolat potensial (DL20) ke dalam
media NB guna memperbanyak jumlah selnya. Setelah 48 jam, dilakukan
sentrifugasi guna memisahkan antara sel bakteri dengan media NB. Senyawa
antibakteri yang dihasilkan oleh DL20 diduga tergolong dalam senyawa
ekstraseluler, sehingga supernatan tersebut digunakan untuk analisis lebih lanjut.
Supernatan kemudian diekstraksi dengan pelarut semi-polar yaitu etil asetat
menggunakan corong pisah. Hasil ekstraksi kemudian dirotavapor untuk
menghilangkan pelarutnya. Ekstrak etil asetat DL20 selanjutnya diujikan kembali
terhadap bakteri patogen (S. aureus, B. atrophaeus, Salmonella typhimurium, dan
E. coli). Hasil uji menunjukkan bahwa ekstrak etil asetat dari isolat DL20
memiliki aktivitas antibakteri terhadap bakteri S. aureus, B. atrophaeus, dan E.
coli yang ditandai dengan terbentuknya zona hambat di sekeliling kertas cakram
(Gambar 4).

DL20 DL20 DL20 DL20

A B C D

Gambar 4 Zona hambat yang terbentuk pada pengujian ekstrak etil asetat DL20
terhadap S. aureus. (A), terhadap B. atrophaeus (B), terhadap E. coli
(C), dan Salmonella typhimurium (D).

Identifikasi Senyawa Antibakteri dengan GC-MS

Identifikasi komponen kimia yang terkandung di dalam ekstrak etil asetat


DL20 dilakukan dengan analisis GC-MS. Hasil analisis berupa bobot molekul dan
8

pola fragmentasi yang kemudian dibandingkan dengan basis data untuk


mengetahui tingkat kemiripan dengan jenis senyawa terdekat. Hasil analisis GC-
MS menunjukkan bahwa di dalam ekstrak etil asetat DL20 terdapat berbagai
macam senyawa, namun diantara senyawa-senyawa tersebut, terdapat satu
senyawa dengan konsentrasi tinggi yaitu: 1,4-Benzene dicarboxylic acid (fenol)
yang ditunjukkan pada peak dengan waktu retensi 21.77 (43.82%). Sedangkan
senyawa lain yang terdeteksi diantaranya Phenol,2,4-bis(1,1-dimethylethyl)
dengan waktu retensi 11.50 (4.43%), 1-Octadecene (1.79%), Hexanedioic acid,
bis (2-ethylhexyl) ester (CAS) (2,44%), Eicosane (1,84%), Tetradecane (0.18%),
1,2-Benzene dicarboxylic acid (0.76%), dan Tricosane (0.17%).

4 PEMBAHASAN

Isolasi Bakteri Endofit

Pada proses isolasi mikroba endofit digunakan metode tanam langsung


dimana potongan organ tanaman yang telah didisinfeksi permukaan ditempelkan
pada media Nutrien Agar (NA). Cara ini dipilih karena lebih praktis dan cepat
dalam pengerjaannya (Sinaga et al. 2009). Kecepatan pertumbuhan 24 isolat yang
ditumbuhkan pada media baru terhitung dalam kategori cepat, yaitu 24 jam (1
hari).
Bacon dan Hinton (2006) menyatakan bahwa jumlah bakteri endofit di
dalam tumbuhan tidak dapat ditentukan secara pasti, namun bakteri ini dapat
dideteksi dengan mengisolasi pada media agar. Jumlah populasi mikrob endofit
pada hampir semua tanaman, akar menunjukkan angka yang lebih tinggi
dibandingkan dengan jaringan lain (Rosenblueth dan Martinez 2006). Akar
menunjukkan populasi tertinggi, diikuti daun dan batang, dikarenakan akar
merupakan tempat paling awal untuk masuknya segala sesuatu ke dalam tanaman
(Dalal dan Kulkarni 2013). Namun terkadang jumlah bakteri endofit lebih banyak
di batang daripada di akar. Hal ini dapat disebabkan oleh adanya aliran produk
fotosintesis yang berasal dari daun ke seluruh bagian tanaman melalui floem,
sehingga dapat dimanfaatkan oleh bakteri endofit sebagai sumber nutrisi
(Koomnok et al. 2007).

Seleksi Isolat Bakteri Endofit yang Potensial sebagai Antibakteri

Sebanyak 24 isolat bakteri endofit mampu menghambat pertumbuhan B.


atrophaeus, 6 isolat positif menghambat S. aureus, 7 isolat mampu menghambat
E. coli, dan tidak ada isolat mampu menghambat pertumbuhan Salmonella
typhimurium. Isolat bakteri endofit yang mampu menghambat ketiga jenis bakteri
uji berjumlah 3 isolat. Isolat tersebut adalah: DL18, DL19, dan DL20. Pemilihan
isolat potensial dilakukan dengan memilih isolat yang membentuk zona bening
paling besar dan jernih pada keempat bakteri yang diujikan. Berdasarkan hasil
penelitian, DL20 merupakan isolat potensial untuk dianalisis lebih lanjut.
Pengamatan dan pengukuran zona hambat dilakukan untuk mengetahui
apakah isolat bakteri endofit lokio menghasilkan senyawa yang bersifat bakterisid
9

yang ditandai dengan tidak adanya bakteri uji yang tumbuh pada daerah hambat.
Hal ini menunjukkan isolat bakteri endofit lokio dapat menghasilkan senyawa
yang bersifat membunuh bakteri (bakterisid).

Karakterisasi Morfologi Sel dan Biokimia Isolat Bakteri Endofit Potensial

Karakterisasi morfologi sel isolat bakteri endofit potensial dilakukan


dengan pewarnaan Gram. Pewarnaan Gram merupakan pewarnaan diferensial
yang paling sering digunakan untuk mengidentifikasi bakteri. Bakteri yang dapat
mempertahankan warna kristal violet termasuk bakteri Gram positif sedangkan
bakteri yang berubah warna menjadi kemerahan setelah penambahan safranin
menunjukkan bakteri Gram negatif.
Berdasarkan uji pada media pertumbuhan isolat pada media agar darah
(Blood Agar), isolat DL20 ini merupakan isolat yang dapat menghemolisis darah
setelah hari kedua pertumbuhannya. Media agar darah merupakan media
pertumbuhan bakteri yang dapat membedakan bakteri patogen berdasarkan efek
exotoksin hemolitik bakteri pada sel darah merah. Media agar darah membedakan
bakteri hemolitik dan nonhemolitik yaitu berdasarkan kemampuan mereka untuk
melisiskan sel-sel darah merah. Isolat DL20 termasuk ke dalam gamma hemolisis.
Pada media Mc Conkey isolat DL20 ini tumbuh dengan baik. Mac Conkey
Agar adalah salah satu jenis media yang digunakan untuk identifikasi
mikroorganisme. Mac Conkey agar termasuk dalam media selektif dan diferensial
bagi mikroba. Jenis mikroba tertentu akan membentuk koloni dengan ciri tertentu
yang khas apabila ditumbuhkan pada media ini. Persenyawaan utama dalam
media ini adalah laktosa, garam empedu, dan merah netral sebagai indikator
warna. Media ini akan menghambat pertumbuhan bakteri Gram positif dengan
adanya garam empedu yang akan membentuk kristal violet. Bakteri Gram negatif
yang tumbuh dapat dibedakan dalam kemampuannya memfermentasikan laktosa.
Koloni bakteri yang memfermentasikan laktosa berwarna merah bata dan dapat
dikelilingi oleh endapan garam empedu. Endapan ini disebabkan oleh penguraian
laktosa menjadi asam yang akan bereaksi dengan garam empedu.
Pada media sitrat didapatkan hasil negatif ini menunjukkan bahwa isolat
tidak mampu menggunakan sitrat sebagai satu-satunya nutrient bagi
pertumbuhannya. Untuk uji katalase didapatkan hasil positif berarti isolat mampu
menghasilkan enzim katalase selama pertumbuhannya yang digunakan untuk
metabolisme. Pada uji oksidase juga didapatkan hasil positif hal ini menunjukkan
bahwa isolat mampu menguraikan senyawa toksin peroksida (H 2O2). Uji
kemampuan isolat dalam memfermentasi gula-gula dihasilkan bahwa isolat
mampu memfermentasikan (menguraikan/menggunakan) glukosa, sukrosa,
manosa dan manitol tapi tidak mampu memfermentasikan laktosa.

Fermentasi dan Ekstraksi Senyawa Antibakteri dari Isolat Bakteri Endofit


Potensial

Isolasi senyawa aktif yang berperan dalam menghambat pertumbuhan


bakteri uji dilakukan dengan menumbuhkan isolat potensial (DL20) ke dalam
media NB guna memperbanyak jumlah selnya. Setelah 48 jam, dilakukan
sentrifugasi guna memisahkan antara sel bakteri dengan media NB. Senyawa
10

antibakteri yang dihasilkan oleh DL20 diduga tergolong dalam senyawa


ekstraseluler, sehingga supernatan tersebut digunakan untuk analisis lebih lanjut.
Supernatan kemudian diekstraksi dengan pelarut semi-polar yaitu etil asetat
menggunakan corong pisah. Hasil ekstraksi kemudian dirotavapor untuk
menghilangkan pelarutnya. Ekstrak etil asetat DL20 selanjutnya diujikan kembali
terhadap bakteri patogen (S. aureus, B. atrophaeus, Salmonella typhimurium, dan
E. coli). Hasil uji menunjukkan bahwa ekstrak etil asetat dari isolat DL20
memiliki aktivitas antibakteri terhadap bakteri S. aureus, B. atrophaeus, dan E.
coli yang ditandai dengan terbentuknya zona hambat di sekeliling kertas cakram.

Identifikasi Senyawa Antibakteri dengan GC-MS

Hasil analisis GC-MS menunjukkan bahwa di dalam ekstrak etil asetat


DL20 terdapat berbagai macam senyawa, yaitu: 1,4-Benzene dicarboxylic acid,
Phenol, 2,4-bis(1,1-dimethylethyl), 1-Octadecene, Hexanedioic acid, bis (2-
ethylhexyl) ester (CAS), Eicosane, Tetradecane, 1,2-Benzene dicarboxylic acid,
dan Tricosane.
Senyawa-senyawa tersebut diduga berperan dalam aktivitas antibakteri
patogen. Penelitian Novitasari et al. (2016) menyatakan bahwa senyawa 1,2-
Benzenedicarboxylic acid,(2-ethylhexyl) ester memiliki aktivitas biologi sebagai
antimikrob. Hexanedioic acid atau asam heksanedioat merupakan golongan
senyawa yang juga memiliki aktivitas antibakteri yang efektif menghambat
pertumbuhan bakteri patogen seperti S. aureus, Klebsiella pneumonia dan
Shigella dysenteriae (Choi dan Jiang 2014). Asam heksanedioat juga ditemukan
pada alga merah F. hillebrandii yang memiliki aktivitas antibakteri terhadap
Salmonella typhi, Enterococcus faecalis dan Shigella sp. (Manilal et al. 2009).
Rahmawati (2008) juga menyatakan bahwa ekstrak aseton daun miana mampu
menghasilkan senyawa asam adipat/hexanedioic acid, bis (2-ethylhexyl) yang
diduga memiliki aktivitas antibakteri patogen dan juga menghasilkan senyawa
fenol (Winarto 2007).
Senyawa fenol dan turunannya juga diketahui memiliki aktivitas
antimikroba, penelitian terkait senyawa fenol yang dilakukan oleh Vaquero et al.
(2007) menunjukkan bahwa senyawa fenol dari minuman anggur memiliki
aktivitas antimikroba terhadap E. coli. Senyawa turunan fenol lainnya yaitu
Phenol, 2,4- Bis (1,1-Dimethyl ethyl) yang diisolasi dari biji mangga Malaysia
juga memiliki aktivitas antibakteri (Abdullah et al. 2011). Senyawa turunan fenol,
asam heksadekanoat dari ekstrak etil asetat bakteri Burkholderia cepacia memiliki
aktivitas penghambatan terhadap bakteri patogen ikan seperti: Aeromonas
hydrophyla, Edwardsiella tarda dan Vibrio ordalli (Gohar et al. 2010).
Senyawa Tricosane dilaporkan terkandung dalam ekstrak etanol bunga
tanaman obat Calotropis gigantea (Dhivya dan Manimegalai 2013). Senyawa 1-
Octadecene yang dihasilkan oleh alga dan tanaman menunjukkan aktivitas
antimikroba (Mishra dan Sree 2007).
Senyawa Eicosene pada daun Perovskia abrotanoides memiliki aktivitas
antimikroba terhadap B. cereus dan S. aureus (Ashraf et al. 2014). Senyawa
Eicosene pada ekstrak Ceratonia siliqua menunjukkan aktivitas antifungi,
antibakteri dan efek sitotoksik terhadap sel kanker Hela dan MCF-7 (Hsouna et al.
2011). Penelitian Naemi et al. (2014) melaporkan bahwa minyak essensial yang
11

terdapat dalam ekstrak daun, batang dan bunga Rheum ribes L. menunjukkan
aktivitas anti trikomonas dan salah satu komposisi minyak essensial Rheum ribes
L yaitu Eicosene. Penelitian Tayung et al. (2011) menyatakan bahwa fungi endofit
Fusarium solani dapat menghasilkan senyawa Tetradecane yang berfungsi
sebagai antimikroba dan antifungi.

5 KESIMPULAN DAN SARAN

Kesimpulan

Bakteri endofit hasil isolasi dari lokio (Allium chinense G. Don.) sebanyak
24 isolat. Isolat DL20 adalah bakteri endofit potensial yang mampu menghambat
bakteri Gram positif dan Gram negatif dan mampu menghasilkan senyawa aktif
antimikrob. Berdasarkan pengujian GC-MS diperoleh beberapa jenis senyawa
aktif yang memiliki kecocokan tertinggi dengan senyawa aktif yang terdapat
dalam ekstrak etil asetat isolat DL20 yaitu 1,4-Benzene dicarboxylic acid, Phenol
2,4-bis(1,1-dimethylethyl), Hexanedioic acid bis (2-ethylhexyl) ester, Eicosane, 1-
Octadecene, Tetradecane, 1,2-Benzene dicarboxylic acid dan Tricosane.

Saran

Perlu dilakukan penelitian lanjutan untuk pemurnian dan menganalisis


mekanisme kerja senyawa aktif yang terdapat dalam ekstrak etil asetat isolat
DL20 terhadap bakteri patogen.

DAFTAR PUSTAKA

Abdullah ASH, Mirghani MES, Jamal P. 2011. Antibacterial activity of


Malaysian mango kernel. Afr J of Biotech. 10(81):18739-18748.
Ashraf SN, Zubair M, Rizwan K, Tareen RB, Rasool N, Zia-Ul-Haq M, Ercisli S.
2014. Compositional studies and biological activities of Perovskia
abrotanoides Kar. oils. Bio. Resch. 47: 12.
Bacon CW, Hinton DM. 2006. Bacterial endophytes : the endophytic niche, its
occupants, and its utility. Di dalam : Gnanamanickam SS, editor. Plant-
Associated Bacteria. Netherland : Springer.
Beck HC, Hansen AM, Lauritsen FR. 2003. Novel pyrazine metabolites found in
polymyxin biosynthesis by Paenibacillus polymyxa. FEMS Microbiol Lett
220:67–73.
Choi WH, Jiang MH. 2014. Evaluation of antibacterial activity of hexanedioic
acid isolated from Hermetia illucens larvae. J Appl. Biomed.12:179-189.
Cowan SJ. 1974. Mannual for the identification of medical bacteria. Cambridge
(GB): Cambridge University.
12

Dalal J, Kulkarni N. 2013. Population dynamics and diversity of endophytic


bacteria associated with soybean (Glycine max (L) Merril). Brit Microbiol
Res J. 3:96−105.
Desriani, Kusumawati DE, Rivai A, Hasanah N, Amrinola W, Triratna L, Sukma
A. 2013. Potential endophytic bacteria for increasing paddy var rojolele
productivity. Int J Adv Sci Eng Information Tech. 3(1):76-78.
Desriani, Purwanto UMS, Bintang M, Rivai A, Lisdiyanti P. 2014. Isolasi dan
karakterisasi bakteri endofit dari tanaman binahong dan katepeng china.
JKA. 3(2):89-93.
Dhivya R, Manimegalai K. 2013. Preliminary phytochemical screening and GC-
MS profiling of ethanolic flower extract of Calotropis gigantean Linn.
(Apocyanaceae). J Pharmacogn Phytochem. 2(3):28-32.
Djamaan A, Agustien A, Yuni D. 2012. Isolasi bakteri endofit dari tumbuhan
surian (Toona sureni blome. M) yang berpotensi sebagai anti bakteri. J
Bahan Alam Indones. 8(1):37-40.
Gohar YM, El-Naggar MMA, Soliman MK, Barakat KM. 2010. Characterization
of marine Burkholderia cepacia antibacterial agents. J Nat Prod. 3:86-94.
Hardoim PR, Overbeek LSv, Elsas JDv. 2008. Properties of bacterial endophytes
and their proposed role in plant growth. Trends Microbiol. 16(10):463-471.
Hastuti D, Saylendra A, Rohman ES. 2014. Skrining bakteri endofit perakaran
pisang secara in vitro sebagai agen pengendali hayati terhadap penyakit layu
bakteri (Ralstonia solanacearum) pada tanaman pisang. J Agroekotek.
6(1):12-24.
Hsouna AB, Trigui, Mansour RB, Jarraya RM. 2011. Chemical composition,
cytotoxicity effect and antimicrobial activity of Ceratonia siliqua essential
oil with preservative effects against Listeria inoculated in minced beef meat.
Inter J Food Microbiol. 148: 66-72.
Ismail S, Jalilian FA, Talebpour AH, Zargar M, Shameli K, Sekawi Z, Jahanshiri
F. 2013. Chemical composition and antibacterial and cytotoxic activities of
Allium hirtifolium Boiss. BioMed Res Int.
Kartini E, Abadi AL, Aini LQ. 2014. Pengembangan bio-bakterisida yang
memanfaatkan bahan aktif bakteri endofit potensial antagonis untuk
mengendalikan Erwinia sp. di umbi kentang. J HPT. 2(4):63-70.
Kiyomizu K, Yagi T, Yoshida H, Minami R, Tanimura A, Karasuno T, Hiraoka
A. 2008. Fuliminant septicemia of Bacillus cereus resistant to carbapenem
in a patient with biphenotypic acute leukemia. J Infect Chemother. 14:361-
367.
Koomnok C, Teaumroong N, Rerkasem B, Lumyong S. 2007. Diazotroph
endophytic bacteria in cultivated and wild rice in Thailand. Science Asia 33:
429-435.
Kumala S, Agustina E, Wahyudi P. 2007. Uji aktivitas antimikroba metabolit
sekunder kapang endofit tanaman trengguli (Cassia fistula L.). J Bahan
Alam Indones. 6(2):46-48.
Lestari P. 2016. Studi tanaman khas Sumatera Utara yang berkhasiat obat. J
Farmanesia. 1(1):11-21.
Manilal A, Sujith S, Selvin, Shakir C, Kiran GS. 2009. Antibacterial activity of
Falkenbergia hillebrandii (Born) from the Indian coast against human
pathogens. Inter J Exp Bot. 78: 161-166.
13

Melliawati R, Sulistiyowati E. 2012. Penapisan bakteri endofit pendegradasi pati


dari Taman Nasional Gunung Halimun (TNGH). Teknol Indones. 35:147-
156.
Mishra PM, Sree A. 2007. Antibacterial activity and GCMS analysis of the extract
of leaves of Finlaysonia obovata (a mangrove plant). AJP Sciences. 6:168-
172.
Naemi F, Asghari G, Yousofi H, Yousefi HA. 2014. Chemical composition of
essential oil and anti trichomonas activity of leaf, stem, and flower of Rheum
ribes L. extracts. AJP. 4(3): 191-199.
Naibaho FG. 2015. Aktivitas antimikrob dan identifikasi senyawa bioaktif ekstrak
bawang batak (Allium chinense G. Don.) [Tesis]. Bogor (ID):Institut
Pertanian Bogor.
Novitasari MR, Febrina L, Agustina R, Rahmadani A, dan Rusli R. 2016. Analisis
GC-MS senyawa aktif antioksidan dan antibakteri fraksi etil asetat daun libo
(Ficus variegata Blume.). J Sains Kes. 1. (5). 2303-0267.
Permata RC, Riniatsih I, Radjasa OK. 2014. Potensi pigmen karotenoid bacterium
endofit lamun Thalassia hemprichii sebagai sumber senyawa alami
penangkal radikal bebas DPPH (1,1-Difenil-2-Pikrilhidrazil). J Marine Res.
3(3):294-303.
Purwanto UMS, Pasaribu FH, Bintang M. 2014. Isolasi bakteri endofit dari
tanaman sirih hijau (Piper betle L.) dan potensinya sebagai penghasil
senyawa antibakteri. Curr Biochem. 1(1):51-57.
Rahmawati F. 2008. Isolasi dan Karakterisasi Senyawa Antibakteri Ekstrak Daun
Miana (Coleus scutellariodes L. Benth.) [Tesis]. Bogor: Institut Pertanian
Bogor.
Resti Z, Habazar T, Putra DP, Nasrun. 2013. Skrining dan identifikasi isolat
bakteri endofit untuk mengendalikan penyakit hawar daun bakteri pada
bawang merah. J HPT Tropika. 13(2):167-178.
Robinowitch HD, Currah L. 2002. Allium Crop Science: Recent Advances. New
York (US) CABI Publ.
Rosenblueth M, Martinez RM. 2006. Review: Bacterial endophytes and their
interactions with hosts. Am Phytopath Soc. 19:827−837.
Rutala WA, Weber DJ. 2008. Guideline for desinfection and sterilization in
healthcare facilities. https://www.cdc.gov/infection
control/guidelines/disinfection
Savini V, Favaro M, Fontana C, Catavitello C, Balbinot A, Talia M, Febbo F,
D’Antonio D. 2009. Bacillus cereus heteroresistant to carbapenems in a
cancer patients. J Hosp Infect. 71:288-290.
Simarmata R, Lekatompessy S, Sukiman H. 2007. Isolasi mikroba endofitik dari
tanaman obat sambung nyawa (Gymura procumbens) dan analisis
potensinya sebagai antimikroba. Berk Penel Hayati 13:85-90.
Sinaga E, Noverita, Fitria D. 2009. Daya antibakteri jamur endofit yang diisolasi
dari daun dan rimpang lengkuas (Alpinia galanga Sw.). J Farm Indones,
4(4): 161-170.
Suharti S. 2004. Kajian antibakteri temulawak, jahe dan bawang putih terhadap
bakteri Salmonela typhimurium serta pengaruh bawang putih terhadap
performans dan respon imun ayam pedaging [Tesis]. Bogor (ID):Institut
Pertanian Bogor.
14

Syamsiah IS, Tajudin. 2003. Khasiat dan manfaat bawang putih. AgroMedia
Pustaka, Jakarta.
Tayung K, Barik BP, Jha DK, Deka DC. 2011. Identification and characterization
of antimicrobial metabolite from an endophytic fungus, Fusarium solani
isolated from bark of Himalayan yew. Mycosphere. 2(3): 203–213.
Vaquero MJR, Alberto MR, de Nadra MCM. 2007. Antibacterial effect of
phenolic compounds from different wines. Food Control 18(2):93-101.
Winarto WP. 2007. Tanaman Obat Indonesia untuk Pengobatan Herba. Ed ke-1.
Jakarta: Karyasari Herba Media.
Yulianti T. 2013. Pemanfaatan endofit sebagai agensia pengendali hayati hama
dan penyakit tanaman. Buletin Tanaman Tembakau, Serat & Minyak
Industri. 5(1):40−49.
15

LAMPIRAN
16

Lampiran 1 Bagan Alir Penelitian

Umbi Lokio

Isolasi bakteri endofit

Isolat bakteri patogen Isolat bakteri endofit

Regenerasi bakteri patogen dengan bakteri endofit

Uji pendahuluan antibakteri bakteri endofit terhadap bakteri uji

Isolat bakteri endofit potensial

Fermentasi

Ekstraksi senyawa antibakteri

Uji antibakteri terhadap bakteri patogen

Identifikasi dengan GC-MS

Senyawa antibakteri
17

Lampiran 2 Morfologi koloni isolat bakteri endofit lokio (Allium chinense G.


Don)

Isolat Morfologi
No Bakteri Tekstur
Warna Elevasi Bentuk
Permukaan
1 AL1 Putih susu Timbul Bergerigi Halus
2 AL2 Putih susu Timbul Bundar Halus
3 AL3 Putih susu Timbul Bundar Halus
4 AL4 Kekuningan Timbul Bergerigi Halus
5 AL5 Putih susu Timbul Bergerigi Halus
6 AL6 Putih susu Timbul Bergerigi Halus
7 UL1 Putih tulang Cembung Bundar Halus
8 UL2 Putih susu Cembung Bundar Halus
9 UL3 Kekuningan Cembung Bundar Halus
10 UL4 Kuning Timbul Bundar Halus
11 UL5 Putih tulang Timbul Bundar Halus
12 UL6 Putih tulang Timbul Bundar Halus
13 DL1 Putih susu Cembung Bundar Halus
14 DL2 Putih susu Cembung Bundar Halus
15 DL3 Putih susu Cembung Bundar Halus
16 DL4 Putih susu Cembung Bundar Halus
17 DL5 Putih susu Cembung Bundar Halus
18 DL6 Putih susu Cembung Bundar Halus
19 DL7 Kekuningan Cembung Bundar Halus
20 DL8 Putih susu Cembung Bundar Halus
21 DL9 Putih susu Cembung Bundar Halus
22 DL10 Putih tulang Timbul Bundar Halus
23 DL11 Putih susu Timbul Bundar Halus
24 DL12 Putih susu Timbul Bundar Halus
18

Lampiran 3 Kromatogram ekstrak etil asetat isolat bakteri endofit lokio (Allium
chinense G. Don)
Abundance

T IC : S A M P L E .D \ d a ta .m s

1 .9 e + 0 7

1 .8 e + 0 7

1 .7 e + 0 7

1 .6 e + 0 7

1 .5 e + 0 7

1 .4 e + 0 7

1 .3 e + 0 7

1 .2 e + 0 7

1 .1 e + 0 7

1e+07

9000000

8000000

7000000

6000000

5000000

4000000

3000000

2000000

1000000

1 0 .0 0 1 5 .0 0 2 0 .0 0 2 5 .0 0 3 0 .0 0 3 5 .0 0
T im e -->

No RT Area Library/ID Qual


%
1 5.68 1.05 Butanoic acid, 3-methyl 53
2 6.01 13.93 Ethanol, 2-butoxy 87
3 7.55 4.72 Butyl glycol acetate 83
4 10.37 0.28 1-Tetradecene (CAS) 99
5 10.43 0.18 Tetradecane (CAS) 98
6 11.50 4.43 Phenol, 2,4-bis (1,1-dimethylethyl)-CAS) 96
7 12.03 1.36 1-Hexadecene (CAS) 99
8 12.08 0.24 Hexadecane 98
9 12.15 0.17 Cetene 96
10 12.23 0.20 Diethyl Phtalate 97
11 12.46 0.26 Pentadecane, 2,6,10-trimethyl 93
12 12.66 0.26 Dihydro methyl jasmonate 95
13 12.70 0.31 Benzophenone 97
14 12.89 0.30 Pentadecane, 2,6,10,14-tetramethyl-(CAS) 97
15 12.94 0.28 2,6-Diisopropylnaphthalene 95
16 13.01 0.58 Benzene, (1-methyldecyl) 87
17 13.16 0.29 Tetradecane (CAS) 90
18 13.29 0.49 2,6-Diisopropylnaphthalene 97
19 13.33 0.22 1,3-di-iso-propylnaphthalene 96
20 13.52 1.79 1-Octadecene (CAS) 96
21 13.56 0.44 Octadecane (CAS) 96
22 13.63 0.51 Hexadecane, 2,6,10,14-tetramethyl 83
19

23 14.20 0.76 1,2-Benzenedicarboxylic acid, bis(2-methylpropyl) ester 94


(CAS)
24 14.63 0.52 7,9-Di-tert-butyl-1-oxaspiro (4,5) deca-6,9-diene-2,8- 99
dione
25 14.83 1.76 Dibutyl phtalate 96
26 14.87 1.84 1-Eicosene 96
27 15.54 0.11 Pentadecane 98
28 15.61 0.23 9-Octadecenoic acid (Z)-(CAS) 97
29 16.81 0.79 Heptadecyl heptafluorobutyrate 94
30 16.91 0.17 Tricosane (CAS) 98
31 17.64 0.43 Cyclotetracosane 99
32 17.67 0.35 Tetracosane 99
33 17.76 2.44 Hexanedioic acid, bis(2-ethylhexyl) ester (CAS) 95
34 18.24 0.77 Pyrrolo [1,2-a]pyrazine-1,4-dione,hexahydro-3- 98
(phenylmethyl)
35 19.23 0.95 Bis(2-ethylhexyl) phtalate 99
36 19.50 0.59 Heneicosane 97
37 20.64 0.40 Eicosane 98
38 21.77 43.82 1,4-Benzenedicarboxylic acid, bis(2-ethylhexyl) ester 91
39 22.04 0.26 Octacosane 98

RT : Retention Time (waktu retensi)


Area % : Persentase luas area peak
Library ID : Nama senyawa
Qual : Kemiripan dengan database
20

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Jakarta pada tanggal 26 Agustus 1976 sebagai anak


kelima dari enam bersaudara dari pasangan Nasori dan Siti Fatimah. Pendidikan
sarjana (S1) ditempuh pada Program Studi Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam, Universitas Pakuan, Bogor dan lulus pada tahun 2000. Pada
tahun 2015 penulis diterima di Program Studi Biokimia Program Pascasarjana
IPB.
Penulis merupakan pegawai pada Dinas Kesehatan Provinsi Jambi pada unit
kerja Akademi Analis Kesehatan Provinsi Jambi. Biaya pendidikan pascasarjana
diperoleh dari beasiswa Kementerian Kesehatan. Sebuah artikel sedang dalam
proses penerbitan pada tahun 2017 dengan judul “Isolation, Characterization and
Antimicrobial Activity of Endophytic Bacteria Isolated from Lokio (Allium
chinense G. Don.) Plant” pada International Journal of Scientific and Engineering
Research (IJSER). Artikel tersebut merupakan bagian dari tesis penulis.