Biosantifika
Berkala Ilmiah Biologi
http://journal.unnes.ac.id/nju/index.php/biosaintifika
Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Semarang,
Indonesia
Abstract
PCR technique has the ability to be sensitive to the detection of the presence of pork in fresh meat and
processed products are mixed with other materials. The aim of this research to determine whether the
product meatballs are sold in downtown Salatiga containing pork. Stratified random sampling technique
is used to take samples of meatballs stall which sold 13 of the 25 meatballs stalls in the Salatiga City cen-
tre. Isolation and purification of DNA samples of meatballs, beef, and pork using DNA isolation method
of animal tissue. DNA isolation results continue the process of PCR using primers to amplify p14 locus
PRE-1 in the pig genome. DNA amplification process with initial denaturation program at a temperature
of 93 °C for 2 min, followed by 45 cycles consisting of denaturation 93 °C for 1 min, annealing 62 °C for
30 seconds, extension 72 °C for 1 minute, then topped extension 72 °C for 2 minutes. PCR products were
expected to appear sized 481bp. Results of a 1.2% agarose gel electrophoresis of PCR products indicate a
specific DNA band sized 481 bp on pork and meatball sample number thirteen, so it concluded meatball
stall number thirteen baksonya products containing pork.
Alamat korespondensi: ISSN 2085-191X
FMIPA UNNES Gd D6 Lt 1 Jln. Raya Sekaran- Gunungpati- Semarang 50229
Telp./Fax. (024) 8508033; E-mail: fidia_fibriana@yahoo.co.id
Fidia Fibriana, et al. / Biosaintifika 4 (2) (2012)
107
Fidia Fibriana, et al. / Biosaintifika 4 (2) (2012)
Penelitian Muladno et al. (1999) men- dan ditiriskan sampai tidak ada larutan yang
ginspirasi dilakukannya penelitian ini, yaitu tertinggal. Sisa etanol dikeringkan selama 30-
menggunakan teknik PCR untuk mendeteksi ke 60 menit, kemudian ditambahkan 50 µl TE dan
beradaan daging babi pada bakso. Penelitian ini disimpan pada suhu 4ºC sampai digunakan.
memanfaatkan primer p14 yang merupakan Tabung berisi 50 µl DNA hasil isolasi
salah satu dari ke-13 lokus PRE-1 yang terdapat ditambah 5 µl RNAase (10mg/ml), divortex dan
pada genom babi (Sulandari et al., 1997). diinkubasi pada suhu 37ºC selama 3 jam. Setelah
ditambah 200 µl air destilasi steril, 200 µl fenol,
METODE 200 µl kloroform, dihomogenisasi menggunakan
tangan dan disentrifugasi 8000 rpm selama 10
Data dalam penelitian ini diperoleh ber- menit. Supernatan dipindah ke tabung baru, ke-
dasarkan hasil pengamatan panjang fragmen mudian ditambah 25 µl 5M NaCl, 500 µl etanol
DNA hasil elektroforesis. Jika terdapat pita absolut dingin dan diinkubasi pada suhu -20ºC
DNA spesifik dari sampel yang teramplifikasi selama 1 jam. Setelah inkubasi selesai, disentrif-
dan berukuran 481 pasang basa, maka sampel ugasi 8000 rpm 10 menit, supernatan dibuang
tersebut mengandung daging babi. Ukuran pita dan ditiriskan sehingga semua larutan terbuang.
DNA spesifik yang tampak pada gel hasil elek- DNA ditambah TE dan disimpan pada suhu
troforesis dianalisis secara deskriptif kualitatif. ruang sampai digunakan. Jika akan digunakan
Isolasi DNA dan amplifikasi PCR di- pada hari berikutnya disimpan pada suhu 4ºC.
lakukan di Laboratorium Genetika dan Biologi Elektroforesis diawali dengan pembuatan
Molekuler Jurusan Biologi FMIPA Universitas gel agarose 0,8%. Sebanyak 0,4 g agarose dilarut-
Negeri Semarang. Populasi dari penelitian ini kan dalam 50 ml buffer TAE 1x di dalam labu er-
adalah produk bakso dari 25 warung bakso kecil, lenmeyer, kemudian dipanaskan dalam microwave
menengah, dan besar yang tersebar di pusat Kota sampai semua agarose larut dan berwarna jernih.
Salatiga, sedangkan sampel penelitian adalah Larutan agarose didiamkan sampai suhu kurang
produk bakso dari 13 warung bakso kecil, menen- lebih 60ºC, kemudian ditambah EtBr (Ethidium
gah dan besar di pusat Kota Salatiga. Metode Bromide) 2µl. Larutan dituang ke dalam tray dan
pengambilan sampel dilakukan menggunakan dipasang sisir pembentuk sumur, gel dibiarkan
teknik stratified random sampling dengan proporsi sampai mengeras dan sisir dilepas.
warung kecil sebanyak 8; warung menengah ber- Tray yang berisi gel agarose diletakkan
jumlah 3; dan warung besar berjumlah 2. pada tank elektroforesis kemudian buffer TAE
Sampel yang digunakan untuk isolasi 1x ditambahkan hingga gel agarose terendam
DNA adalah bakso yang belum dimasukkan hingga sekitar 1mm di atas permukaan gel. Se-
ke dalam kuah, lalu disimpan di dalam termos banyak 6 µl DNA hasil isolasi dicampur dengan 4
es dengan suhu -20 0C. Ekstraksi dan purifika- µl loading dye yang diletakkan di kertas parafilm,
si DNA mengikuti prosedur Sambrook et al. diaduk sampai rata. Larutan tersebut dimasuk-
(1989) yang dimodifikasi oleh Sulandari dan Zein kan ke dalam sumur gel agarose (tiap sumur satu
(2003). Sebanyak 30 mg bakso digerus dengan larutan DNA). Setelah semua sampel DNA di-
mortar, dimasukkan ke dalam tabung eppendorf masukkan dalam sumur, tank elektroforesis di-
1,5 ml yang berisi 500 µl buffer TEN/STE, kemu- tutup, dihubungkan dengan power supply dengan
dian divortex. Larutan ditambah 20 µl proteinase tegangan 70 Volt selama 30 menit. Setelah proses
K (10mg/ml) dan 50 µl 10 % SDS, kemudian di- elektroforesis selesai, arus listrik dimatikan dan
vortex. Larutan dihomogenisasi menggunakan tray diambil dengan menggunakan sarung tan-
shaking wáter bath pada suhu 55 ºC selama 2 jam. gan. Gel diletakkan di atas UV transiluminator
Larutan ditambah 50 µl 5M NaCl, 400 µl phe- dan jika pita DNA terlihat terang maka diambil
nol, 400 µl CIAA, lalu diputar pelan-pelan pada dokumentasi dengan kamera digital.
temperatur ruang selama 1,5 jam, kemudian Primer yang digunakan dalam penelitian
disentrifugasi 3000 rpm selama 5 menit. Super- ini adalah primer P14 yang menjadi standar anal-
natan yang terbentuk dipindah ke tabung baru, isis makanan mengandung babi. Urutan basa dan
ditambahkan 50 µl 5M NaCl dan 1 ml etanol ab- ukuran primer p14 disajikan pada Tabel 1.
solut, dikocok, dan diinkubasi di freezer selama Setiap tabung PCR diberi label, kemudian
1 jam. Setelah inkubasi selesai, campuran sebanyak 4 µl sampel DNA, 1,25 µl buffer PCR,
tersebut disentrifugasi 8000 rpm selama 5 0,25 µl dNTP’s, 0,0625 µl Taq DNA Polimera-
menit, kemudian dibuang cairannya. Pellet dit- se, 0,25 µl primer serta 1,25 µl coral load buffer di-
ambah 1 ml etanol 70%, dan disentrifugasi lagi masukkan ke dalam tabung. Terakhir sejumlah
8000 rpm selama 5 menit. Supernatan dibuang ddH2O ditambahkan hingga mencapai 12,5 µl.
108
Fidia Fibriana, et al. / Biosaintifika 4 (2) (2012)
Gambar 1. Elektroforegram DNA genom yang digunakan untuk proses PCR. Lajur DS (Daging
Sapi), DB (Daging Babi), S1-S13 (Sampel bakso 1-13).
Tabung ditempatkan ke dalam mesin PCR, dena- sapi lebih tebal dan sedikit smear, sedangkan pita
turasi awal pada suhu 93 °C selama 2 menit, dii- DNA genom babi lebih tipis dan banyak smear
kuti 45 siklus terdiri atas denaturasi 93 °C selama dibandingkan pita DNA genom sapi. Smear di-
1 menit, annealing 62 °C selama 30 detik, dan asumsikan sebagai DNA yang terfragmentasi
ekstensi 72 °C selama 1 menit, diakhiri ekstensi karena proses perlakuan mekanis, sehingga frag-
72 °C selama 2 menit. men DNA yang berat molekulnya lebih kecil ber-
Hasil PCR dicampur dengan 1x larutan gerak lebih cepat menjauhi sumur (Sulandari &
loading dye kemudian dimasukkan ke dalam 1,2 Zein, 2003).
% gel agarose yang mengandung Ethidium Bro-
mide (EtBr) untuk selanjutnya dilakukan elektro-
foresis selama 45 menit pada 50 Volt. Gel divisu-
alisasi di atas UV transilluminator dan kemudian
didokumentasikan menggunakan kamera digital.
109
Fidia Fibriana, et al. / Biosaintifika 4 (2) (2012)
mak dan protein daging babi lebih tinggi daripa- DNA dengan penambahan enzim RNAase, fenol
da daging sapi. Daging babi memiliki kandungan serta kloroform untuk menghilangkan molekul
trigliserida paling besar dibandingkan daging lain RNA, sisa-sisa protein dan polisakarida, dengan
(Alaraidh, 2008). Lemak serta protein yang tinggi demikian DNA dapat diisolasi secara utuh (Mu-
pada daging babi dan produk olahan makanan le- ladno, 2002). Hasil pengamatan panjang fragmen
bih sulit dihilangkan dengan metode isolasi DNA DNA hasil elektroforesis disajikan pada Tabel 2.
bukan kit. Metode isolasi DNA ini menggunakan
buffer ekstraksi yang bahan-bahannya terpisah Tabel 2. Pengamatan panjang fragmen DNA ha-
dan harus dibuat, diracik serta dicampur sendiri. sil elektroforesis
Metode isolasi DNA ini tidak seperti metode iso- Kode Uku- Mengand-
lasi DNA menggunakan kit. Kit terdiri atas buffer Terampli-
Sam- ran ung Daging
ekstraksi dan bahan lain yang siap pakai. Proses fikasi
pel Pita Babi
ekstraksi DNA genom babi dan produk olahan
makanan menggunakan kit dinilai lebih baik DB v 481 bp Ya
untuk menghilangkan kontaminan lemak dan DS - - Tidak
protein. Penggunakan kit, dapat menghilangkan S1 - - Tidak
kontaminan berupa residu, zat aditif, dan bahan S2 - - Tidak
pengawet (Di Pinto et al., 2002). S3 - - Tidak
Kualitas DNA genom babi dan DNA gen-
S4 - - Tidak
om sapi jauh lebih baik daripada kualitas DNA
yang diisolasi dari bakso, (Gambar 1) yaitu pita S5 - - Tidak
DNA yang diisolasi dari bakso lebih tipis dan S6 - - Tidak
banyak smear. Proses pemanasan dan perlakuan S7 - - Tidak
fisik pada produk olahan daging seperti proses S8 - - Tidak
pembuatan bakso, dapat menurunkan kualitas S9 - - Tidak
DNA hasil isolasi (Andree et al., 2004). Kandun-
S10 - - Tidak
gan tepung dan bumbu pada bakso yang tidak
dapat dihancurkan menurunkan kualitas DNA S11 - - Tidak
hasil isolasi (Zein komunikasi pribadi, 2009). Se- S12 - - Tidak
lain itu, perbandingan campuran tepung dengan S13 v 481bp Ya
daging yang berbeda-beda pada bakso tidak di- Ket: v = teramplifikasi
ketahui secara pasti. Optimasi proses isolasi dan - = tidak teraplifikasi
purifikasi DNA pada bakso perlu dilakukan, agar
diperoleh DNA yang diisolasi dari bakso dengan Pada proses PCR, tidak ada satu protokol
kemurnian yang cukup baik. yang dapat digunakan untuk semua jenis DNA
Langkah pertama yang ditempuh dalam genom. Oleh karena itu, perlu dilakukan optima-
optimasi proses isolasi dan purifikasi DNA ada- si proses PCR (Purwanto, 2006). Jumlah molekul
lah penggerusan bakso menggunakan mortar dan DNA yang targetnya akan dilipatgandakan dalam
pestle. Bakso seberat 0,15 gram digerus perlahan proses PCR tidak berpengaruh terhadap kualitas
dengan gerakan putaran satu arah, sambil dicam- hasil PCR. Jumlah molekul DNA target dalam
pur dengan buffer berisi Tris HCL, EDTA dan pikogram sudah cukup untuk dilakukan proses
NaCl (TEN) sebanyak 1,5 ml. Teknik ini dilaku- PCR (Muladno, 2002). Dalam proses PCR, ke-
kan agar diperoleh DNA yang diisolasi dari bak- beradaan ion Mg 2+ sangat penting pada aktivi-
so utuh. Kedua, proses pemusnahan dan penghi- tas enzim, dan penempelan primer. Konsentrasi
langan molekul protein serta polisakarida dengan primer p14 yang digunakan dalam proses PCR
penambahan proteinase K, fenol dan kloroform. adalah 0,2 µM. Menurut Purwanto (2006), kon-
Ketiga, proses sentrifugasi untuk memisahkan te- sentrasi primer yang terlalu besar, menyebabkan
pung dan bumbu yang tidak dapat dihancurkan, misspriming dan akumulasi non-spesifik produk.
debris sel, polisakarida serta molekul protein dari Hasil PCR DNA genom daging babi, sapi
materi genetik. Hasil proses sentrifugasi adalah dan DNA yang diisolasi dari bakso menggunak-
tiga lapisan pada microtube, lapisan paling ba- an primer p14 ditunjukkan pada Gambar 2. Hasil
wah adalah polisakarida, lapisan tengah berupa elektroforesis produk PCR menunjukkan adanya
molekul protein yang berbentuk cincin putih, se- pita spesifik berukuran sesuai yang diharapkan
dangkan lapisan paling atas adalah aqueous pha- yaitu 481 bp pada daging babi dan bakso yang
se jernih berisi materi genetik DNA dan RNA mengandung daging babi. Pada Tabel 2, disajik-
(Yanuhar, 2010). Selanjutnya, proses purifikasi an data hasil pengamatan panjang fragmen DNA
110
Fidia Fibriana, et al. / Biosaintifika 4 (2) (2012)
hasil PCR, DNA yang teramplifikasi adalah produk bakso yang dijajakan di pusat Kota Salati-
DNA daging babi (DB) dan DNA bakso nomor ga.
13 (S13). Dari proses amplifikasi DNA DB diper-
oleh produk PCR sesuai yang diinginkan, yaitu SIMPULAN
pita spesifik berukuran 481 bp. Daging babi se-
bagai kontrol positif dijadikan dasar untuk me- Simpulan yang dapat ditarik dari hasil
nyimpulkan S13 mengandung daging babi. Pada penelitian ini yaitu, satu dari tiga belas produk
kontrol negatif, yaitu DNA daging sapi (DS) dan bakso yang dijajakan di warung bakso besar,
sampel bakso nomor 1 sampai 12 (S1-S12) tidak menengah dan kecil yang tersebar di pusat kota
teramplifikasi, sehingga disimpulkan DS dan S1- Salatiga terbukti mengandung daging babi.
S12 tidak mengandung daging babi.
Hasil PCR menunjukkan bahwa lokus DAFTAR PUSTAKA
PRE-1 yang diwakili oleh primer p14 hanya ter-
dapat dalam DNA genom babi dan tidak terdapat Alaraidh, I. A. (2008). Improved DNA extraction
dalam DNA genom sapi. Primer p14 merupak- method for porcine contaminants, detection in
an salah satu dari 13 primer yang menunjukkan imported meat to the Saudi market. Saudi Jour-
nal of Biological Sciences, 15(2), 225-229
lokus PRE-1 pada genom babi, dan menjadi
Andree, S., Altmann, K., Binke, R. & Schwagele, F.
salah satu standar analisis makanan mengandung (2004). Animal species identification and quan-
daging babi di Laboratorium Genetika Lembaga tification in meat and meat products by means
Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) (Zein komu- of traditional and real-time pcr. Fleischwirtschaft,
nikasi pribadi, 2009). 85(1), 96-99
Jerilyn et al. (2003) melakukan uji PCR Ashoor, S. H., Monte, W. G. & Stiles, P. G. (1988).
intra-SINE (Short Interspersed Elements) guna Chromatographic identification of meats. J. As-
mengidentifikasi spesies sapi, babi, ayam dan ru- soc. Off. Anal. Chem, 71, 397-403
minansia. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Boes, E. (2000). Analisis Protein Daging Babi tercampur
Daging Sapi secara Kromatografi Cair Kinerja
pada genom babi terdeteksi lokus intra-SINE
Tinggi (KCKT) dan Secara Elektroforesis. Tesis.
PRE-1, lokus ini hanya terdapat pada genom On line at http://www.lib.unair.ac.id. [Diakses
babi. Hasil penelitian Irawati (2001) tentang pe- tanggal 26 April 2009].
manfaatan primer p408 pengapit lokus PRE-1 Di Pinto, A, Vito, T. F., Maria, C. G., Carmela, M.,
untuk mendeteksi daging babi pada produk so- Francesco, P. S. & Giuseppina, T. (2002). A
sis, menunjukkan bahwa meskipun sosis sudah comparison of DNA extraction methods for
mengalami berbagai proses, DNA berhasil diiso- food analysis. Meat Science, 511, 76-80
lasi. Setelah dilakukan proses PCR, DNA babi di Irawati, Y. (2001). Pemanfaatan Primer Pengapit PRE-1
dalam sosis dapat diamplifikasi. Muladno et al. (Porcine Repetitive Element) untuk Mendeteksi Dag-
ing Babi pada Beberapa Produk Sosis. Skripsi. Bo-
(1999) meneliti bakso sapi yang sengaja dicam-
gor: Institut Pertanian Bogor.
pur daging babi. Hasil penelitian menunjukkan Jerilyn, A.W., David, A. H., Bridget, A. A., Jaiprakash,
bahwa teknik PCR menggunakan primer p131 S., Sudhir, K. S. & Mark, A. B. (2003). Quanti-
dan p408, proses amplifikasi region PRE-1 pada tative intra-short interspersed element PCR for
bakso yang mengandung daging babi menghasil- species-specific DNA identification. Analytical
kan produk sepanjang 478 dan 458 pasang basa Biochemistry, 316, 259-269
dan semua bakso yang mengandung daging babi Muladno, D. M. & Budiarti, S. (1999). Mendeteksi
dapat terdeteksi. Dengan demikian, upaya men- bakso yang mengandung daging babi. Med. Pet.
deteksi adanya daging babi di dalam produk ola- 23(1),14-17.
Muladno. (2002). Seputar Teknologi Rekayasa Genetika.
han daging seperti sosis dan bakso menggunakan
Bogor: Pustaka Wirausaha Muda.
teknik PCR memberikan hasil yang tidak mera- Ong, S. B., Zuraini, M. I., Jurin, W. G., Cheah, Y. K.,
gukan (Muladno et al., 1999). Tunung, R., Chai, L. C., Haryani, Y., Ghazali
Satu dari tiga belas sampel bakso yang F. M. & Son, R. (2007). Meat molecular detec-
dibeli secara acak di warung-warung bakso be- tion: sensitivity of polymerase chain reaction-
sar, menengah dan kecil pusat Kota Salatiga restriction fragment length polymorphism in
mengandung daging babi. Warung yang produk species differentiation of meat from animal ori-
baksonya mengandung daging babi merupakan gin. ASEAN Food Journal, 14(1), 51-59.
warung bakso kecil. Untuk itu, bagi masyarakat Purwaningsih, A. (2003). Identifikasi Protein Daging Sapi
Dan Babi Dengan Elektroforesis Gel Poliakrilamid-
Kota Salatiga khususnya masyarakat Muslim
Sodium Dodesil Sulfat (Sds-Page). Tesis. On line at
yang diharamkan mengkonsumsi daging babi http://www.lib.unair.ac.id. [Diakses tanggal 26
dan masyarakat yang intoleran terhadap daging April 2009].
babi dihimbau agar berhati-hati dalam memilih Purwanto, D. A. (2006). Teknik Optimasi PCR. Sura-
111
Fidia Fibriana, et al. / Biosaintifika 4 (2) (2012)
baya: Fakultas Farmasi UNAIR press. Laboratorium DNA. Bogor: Bidang Zoologi
Rivas, C. M. & Cordoba, B. V. (1997). Capillary elec- LIPI.
trophoresis for meat species differenciation. J. Tanabe, S., Miyauchi, E., Muneshie, A. & Mio, K.
Cap. Elec. 004, 195-199 (2007). PCR method of detecting pork in foods
Singh, Y., Brahmbhatt, M. N., Bhong, C. D., Jain, S. for verifying allergen labeling and for identify-
& Joshi, C. G. (2007). Detection of meat spe- ing hidden pork ingredients in processed foods.
cies by polymerase chain reaction of actin gene Biosci. Biotechnol. Biochem, 71(7), 1663-1667.
family. Haryana Vet, 41, 25-27. Winoto, A. (2004). Ideologi Pangan Dan Pola Konsumsi
Sulandari, S., Muladno, Harumi, T., Yanai, S., Wada, Pangan Etnis Tionghoa Di Salatiga (Studi Kasus
Y. & Yasue, H. (1997). Localization of swine Pada Warga Klenteng Hok Tek Bio. Skripsi. Salati-
pre-1 homologues in 13 loci of Phacochoerus ae- ga: Universitas Kristen Satya Wacana.
thiopicus and Tayassu tajacu and their sequence Yanuhar, U. (2010). Apresiasi Penyakit Virus. Semarang:
divergence. Animal Genetics, 28, 210-215. BKI Press
__________& Zein, M. S. A. (2003). Panduan Praktis
112