Anda di halaman 1dari 8

Delia Wahyu P.

(170342615524) Offering K
Fitriana Hadayani (170342615514)

REGULASI EKSPESI GEN PADA PROKARIOT

Berdasarkan pengetahuan yang ada menunjukan sebagaian besar prokariot seperti E.Coli
memiliki kemampuan adaptasi yang baik terhadap berbagai kondisi lingkungan, pada tingkat
tertentu, kemampuan adaptasi bakteri dan prokariot bergantung pada kemampuan mengaktifkan
dan menoaktifkan ekspresi gen spesifi, ekspresi gen tertentu diaktifkan ketika diperlukan, dan
dinonaktifkan saat tidak diperlukan. Tidak semua gen mengalami pengaktifan dan penonaktifan,
sepertihalnya RNA, protein ribosom dan tRNA, karena gen gen ini selalu dibutuhkan untuk
pertumbuhan sel di semua kondisi lingkungan. Reguasi genetik dapat terjadi dalam transkripsi,
modifikasi mRNA, translasi dan fungsi enzim, namun hasil penelitian menunjukan regulasi
transkripsi merupakan model regulasi yang paling penting karena mengontrol ekspresi gen di
prokariot. Secara umum regulasi sel dibagi mejadi dua, yang pertama pengaktifan dan
penonaktifan sebagai respon perubahan lingkungan (adaptasi ), regulasi ini sangat penting untuk
bakteri karena secara umum sel prokariot terpapar langsung dengan lingkungan, sedangnkan
eukariot selnya terlindung dari perubahan lingkungan, yang kedua ekspresi gen dalam jalur
terprogram, yang biasanya ditemukan pada kasus infeksi virus, yang mana gen akan berekspresei
sesuai dengan urutanya, mekanisme ini berjalan membentuk suatu siklus.

Induksi dan Represi pada Prokariot


Produk gen tertentu, seperti molekul tRNA, molekul rRNA ,protein ribosom, RNA
polymerase (polipeptida), dan enzim lain yang mengkatalisis proses metabolism disebut
“housekeeping gene” karena gen ini selalu dibutuhkan. Dalam kondisis tertentu beberapa gen
akan diekspresikan saat dibutuhkan, karena dapat aktifkan dan dinonaktifkan hal ini sangat
menguntungkan karena dapat menghemat energi.

Ada dua macam regulasi gen yaitu mekanisme induksi dan mekanisme represi :
 Mekanisme induksi terjadi saat gen terekspresi ketika ada induksi berupa zat kimia
tertentu yang berasal dari lingkugan, gen yang dapatdiinduksi dikenal sebagai “inducible
genes”sedangkan zat kimia yang mampu menginduksi disebut inducer
Contoh : pada alur katabolisme beberapa jenis gula seperti lakttosa, galaktosadan
arabinose, umunya induksi ini terjadi pada level transkrips, jarang ditemukan mekanisme
yang terjadi pada tingkat enzim.
 Mekanismme represi terjadi ketika ekspresi gen menjdi taerhambat atau tidak terekspresi
ketika ada zat kimia tertentu dari lingkungan, mekanisme ini terjadi pada transkripsi
Contoh : E.coli yang secara umum memiliki gen yang berfungsi untuk sintesis triptofan,
namun jika bakteri tmendapat triptofan dari lingkungan maka bakeri tersebut akan
merepresi ekspesi gen penghasil triptofan dan mengambil langsung dari lingkungan, yang
akan menghemat energi dari pada harus mensistesis sendiri.

Model Operon
Induksi dan represi ekspresi gen pada dasarnya memiliki mekanisme yang sama,
Mekanisme ini pertama kali dijelaskan dengan akurat pada tahun 1961 ketika F. Jacob dan J.
Monod, mereka menjelaskan bawasanya transkripsi dari satu atau lebih gen struktural yang
berurutan diatur oleh dua elemen, gen regulator dan sekuens operator, gen regulator yang akan
mengespresikan protei regulator yang akan berikatan di sekuens operator sebagian besar
regulator yang berperan merupakan protein repressor sehingga apabila repressor berikatan
dengan sekuens operator maka gen struktural yang berada di belakang sekuens operator tidak
akan terekspresi karena protein repressor akan menghalangi RNA polymerase sehingga tidak
dapat berikatan dengan gen promotor. Secara umum operon terdiri dari tiga komponen utama
yang terletak bersebelahan satu sama lain yaitu promotor, operator, dan gen struktural.

Kerja repressor, aktif tidaknya bergantung pada ada tidaknya molekul efektor, pada
operon terinduksi molekul itu bertindak sebagai inducer, sedangkan operon terepresi molekulnya
bertindak sebagai ko-represor, perbedaan pada kedua operon terletak pada kerja repressor, pada
operon terinduksi , jika repressor bebas berikatan dengan operator maka akan menghambat
ekspresi gen structural, tapi jika repressor ada di operator berikatan dengan inducer maka
repressor akan lepas dari operator sehingga structural tetap berjalan, repressor akan menempel
pada operator jika berikatan dengan ko-represor membentuk kompleks repressor-efektor dan
akan menghalangi proses stranskripsi gen strukturan, dikenal dengan system control negative.

Lac Operon
Model operon paling awal adalah operon lac, yang tersusun dari promotor, operator, dan
gen structural z, y, dan a yang masing masing mengkodekan enzim β-galaktosidase, β-
galaktosidase permease, dan β-galaktosidase transasetilase, repressor pada operon lac dikode
oleh gen I dan menghasilkan protein repressor dengan bentuk aktif berupa tetramer, ssat inducer
tidak ada protein repressor akan berikatan dengan sisi promotor da mencegah terjadinya
transkripsi, namun ketka operon tersebut mati tidak berarti gen structural tidak terekspresi sama
sekali, namun diekspresikan dalam jumlah rendah ini disebabkan karena inducer dari operon lac
yaitu alloctase yang merupakan produk turunan yang dihasilkan lactose yang merupakan produk
turunan yang dihasilkan laktosa yang dirombak β-galaktosidase.

Gen lac i, operator dan promotor dideteksi dari mutase yang menyebabkan gen tersebut
non-fungsional, mutasi pada gen i dan operator menyebabkan ekspresi gen struktural secara terus
menerus, antara lain mutasi i- dan oc yang di deteksi dari aktivitas bakteri yang merozygote.
Mutasi pada alel gen struktural tetap akan menghasilkan sel yang dapat mengkatabolisme laktosa
karena alel normal (z+ y+ a+) dominan terhadap alel mutan (z- y- a-) menjadikan enzim tetap
dihasilkan. Gen i normal (i+) juga sifatnya dominan terhadap gen i mutan (i-) jadi sel tetap dapat
terinduksi. Selain itu juga mutasi tersebut menunjukkan bahwa gen i mengkodekan protein
terlarut karena mampu mempengaruhi ekspresi gen yang terletak secara trans maupun cis.
Mutasi pada operator (oc) menyebabkan ekspresi gen struktural yang terletak pada kromosom
yang sama karena operator merupakan tempat melekatnya repressor dan tidak menghasilkan
produk apapun. Mutasi pada gen i-d menyebabkan tidak terbentuknya repressor yang fungsional,
sedangkan mutasi pada gen i-s menyebabkan operon akan terinduksi dengan kadar inducer yang
jauh diatas kadar normal yang diperlukan untuk induksi operon. Sekuens promotor pada operon
lac memiliki dua bagian yang memiliki fungsinya sendiri-sendiri yaitu tempat melekatnya RNA
polymerase dan juga tempat melekatnya CAP, maka selama glukosa masih tersedia, operon ini
akan nonaktif dan tidak akan menghasilkan enzim sehingga managemen energinya menjadi lebih
efisien.

Operon trp
Operon trp telah diketahui mekanismenya, Operon trp merupakan operon terekspresi
karena repressor akanberikatan dengan operator saat dalam bentuk kompleks repressor-efektor
sehingga ekspresi gen strukturalnya akan terhambat karena RNA polymerase tidak dapat
berikatan dengan promotor pada operon ini. Operon trp sekuens operatornya seluruhnya masuk
ke dalam area promotor. Perbandingan laju transkripssi pada saat operon on dan off bahkan bisa
sampai 70 kali lipat.
Kontrol Positif pada Operon lac oleh molekul CAP dan cAMP
Pada model operon lac yang dikemukakan oleh Jacob dan Monod, apabila pada sel tersebut
masih ada glukosa, maka glukosa tersebut akan menghambat atau menonaktifkan operon lain
yang berfungsi mensintesis enzim katabolik gula jenis lain termasuk operon lac. Fenomena
tersebut dikenal sebagai represi katabolit atau glucose effect. Mekanisme ini merupakan bentuk
kontrol positif yang dilakukan oleh protein regulator yaitu CAP dan efektornya yaitu cAMP.
Kompleks CAP-cAMP nantinya akan berikatan pada tempatnya pada promotor operon lac dan
akan menstimulasi pengikatan RNA polymerase ke area promotor. Umumnya kadar cAMP akan
menurun ketika kandungan glukosa dalam sel tinggi, sehingga pada saat kandungan glukosa
tinggi CAP tidak bisa berikatan ke promotor karena untuk berikatan ke promotor harus dalam
bentuk kompleks CAP-cAMP. Apabila kompleks CAP-cAMP tidak terbentuk dan tidak
menempel pada promotor, maka RNA polymerase juga tidak akan menempel pada promotor dan
memulai proses transkripsi.

Regulasi Kompleks Dari Operon ara


Operon arabinose (ara) pada E.coli merupakan operon dengan pola regulasi yang lebih
kompleks daripada operon lac maupun trp. Dalam operon lac dan trp, produk dari gen regulator
yaitu protein represor memiliki mekanisme kontrol negatif yaitu menonaktifkan proses
transkripsi pada operon sedangkan operon ara memiliki suatu protein regulator yang dapat
bertindak sebagai kontrol positif maupun kontrol negatif tergantung bagaimana keadaan efektor
yang ada di lingkungannya.

Operon arabinose (ara) dari E.coli memiliki tiga gen struktural (araB, araA, dan araD) yang
mengkodekan tiga enzim yang berperan dalam katabolisme arabinose. Ketiga gen ini
ditranskripsikan menjadi mRNA tunggal yang dimulai pada promotor yang disebut PBAD
(Transpor aktif arabinosa ke dalam sel dilakukan oleh produk dari gen araE, araF, dan araG.
Gen ini terletak di lokasi yang cukup jauh dari operon araBAD). Protein pengatur utama operon
ara yaitu protein araC merupakan hasil transkripsi gen araC yang dimulai pada promotor
bernama Pc. Promotor Pc hanya berjarak sekita 100 pasangan nukleotida dari PBAD, tetapi kedua
promotor memiliki arah transkripsi yang berlawanan.

Protein araC dapat bertindak sebagai kontrol positif atau negatif pada transkripsi gen
struktural araB, araA, dan araD bergantung pada ada atau tidaknya molekul arabinosa dan
cAMP. Protein araC dapat bertindak sebagai kontrol negatif apabila tidak ada arabinosa dan
cAMP, sedangkan protein tersebut akan bertindak sebagai kontrol positif apabila ada arabinosa
dan cAMP. Namun mekanisme operon pada operon ara tidak hanya diatur oleh protein araC
melainkan juga diatur oleh CAP seperti pada operon lac. Sekuens DNA tempat kedua protein
tersebut berikatan dan untuk RNA polimerase semuanya terletak di area operon ara yang dikenal
sebagai araI yang terletak di antara tiga gen struktural dan gen regulator (araC). Mekanisme
represi pada operon ara ditentukan dari ikatan protein araC pada DNA di area yang disebut
araO2. Operator araO merupakan operator ara pertama yang diketahui mengendalikan
transkripsi gen regulator araC yang dimulai pada PC. Represi operon ara terjadi ketika dua
protein araC berikatan di dua area yaitu aral dan araO2 kemudian saling berikatan untuk
membentuk loop DNA. Ketika struktur loop terbentuk, maka struktur tersebut menghambat
pengikatan RNA polimerase pada promotor yang berdekatan (PBAD) dari operon tersebut. Ketika
arabinose dan CAMP ada di dalam sel maka operon ara akan diinduksi karena protein araC akan
bersifat sebagai aktivator transkripsi gen struktural operon ini.

Represi Lambda Prophage Selama Daur Lisogenik


Ketika bakteriofag dalam sel inang berada di daur lisogenik, maka gen yang berperan dalam
daur litik-yaitu gen yang mengendalikan replikasi DNA fag, fag morfogenesis fag, dan lisis sel
inang-tidak boleh terekspresi. Mekanisme ini dikendalikan oleh sirkuit represor-operator-
promotor. Secara khusus gen C1 merupakan gen spesifik yang dimiliki oleh fag dan
mengkodekan protein represor yang dalam keadaan dimer atau tetramer berikatan dengan dua
daerah operator sehingga dapat mengontrol/merepresi transkripsi gen lambda yang dibutuhkan
dalam daur litik. Kedua wilayah operator ini dikenal sebagai Ol (operator dengan arah transkripsi
ke kiri) dan OR (operator dengan arah transkripsi ke kanan. Dengan represor terikat pada dua
operator, RNA polimerase tidak dapat berikatan dengan dua promotor sehingga transkripsi gen
litik tidak dapat terjadi. Dengan cara ini, gen fag dapat direpresi sehingga memungkinkan profag
yang "tidak aktif" ditransmisikan dari sel induk ke keturunannya pada saat sel tersebut membelah
dan tidak menyebabkan sel tersebut lisis.

Kontrol Operon trp dengan Pelemahan Operon


Mekanisme represi dan derepresi mampu mengubah level ekspresi gen struktural pada
operon trp hingga 70 kali lipat. Pada operon tersebut terdapat mekanisme regulasi tingkat kedua.
Delesi yang menghilangkan bagian dari trpl menghasilkan peningkatan laju ekspresi operon trp.
Efek dari delesi ini bersifat independen dimana peningkatan terjadi pada kondisi terepresi dan
terderepresi. Regulasi level kedua dari operon trp ini disebut atenuasi, dan sekuens trpL yang
mengendalikan fenomena ini disebut attenuator.

Sekuens leader mengandung kodon inisiasi AUG yang kemudian diikuti oleh 13 kodon untuk
asam amino, diikuti oleh kodon terminasi UGA. Selain itu, sekuens leader trp terbukti memiliki
situs pengikatan ribosom yang efisien yang terletak di posisi yang sesuai untuk inisiasi translasi.
Leader peptide mengandung dua residu triptofan yang berdekatan dan dua kodon Trp diposisikan
sedemikian rupa sehingga dengan tidak adanya triptofan (dan dengan demikian tidak adanya
Trp-tRNAtrp), ribosome akan terhenti sebelum bertemu dengan struktur yang dibentuk oleh
pasangan sekuens 74-85 dan 103 119. Struktur ini mencegah pembentukan hairpin terminasi
transkripsi. Dengan demikian, tanpa adanya triptofan maka transkripsi akan terus berjalan
melewati attenuator menuju ke gen trpE. Ketika ada triptofan, transkripsi pada umumnya
berhenti pada attenuator sehingga jumlah mRNA yang mengkodekan triptofan struktural
berkurang. Enam operon (trp, thr, ilv, leu, phe, dan bis) juga memiliki mekanism atenuasi.

Inhibisi Umpan Balik dan Enzim Alosteri


Saat konsentrasi produk akhir biosintesis seperti histidin atau triptofan mencukupi, maka
akan terjadi represi pada aktivitas enzim pertama yang berperan dalam jalur biosintesis tersebut.
Fenomena ini disebut sebagai inhibisi umpan balik dan tidak sama dengan dengan represi pada
transkripsi. Umpan balik ini dengan cepat akan menghentikan proses biosintesis begitu produk
sudah keluar ke medium. Enzim yang sensitif dengan inhibitor umpan balik memiliki situs
pengikatan produk akhir disamping memiliki situs pengikatan substrat. Dalam beberapa kasus
enzim multimerik, situs pengikatan produk atau regulator berada pada subunit yang berbeda
(polipeptida) jika dibandingkan dengan situs pengikatan substrat. Setelah mengikat produk akhir,
enzim akan mengalami perubahan konformasi yang disebut sebagai transisi alosterik yang
mengurangi afinitas enzim tersebut terhadap substratnya. Protein yang mengalami perubahan
konformasi seperti itu biasanya disebut sebagai protein alosterik.

Urutan Sementara Ekspresi Gen Selama Infeksi Fag


Tiga dari virus bakteri yang paling banyak dipelajari yaitu E.coli phages T4, T7 dan
Bacillus subtilis phage SP01-memiliki ekspresi gen sekuensial yang dikendalikan dengan
memodifikasi sisi promotor yang berikatan dengan RNA polimerase, baik dengan sintesis RNA
baru polimerase (T7) atau dengan perubahan yang diinduksi fag dari RNA polimerase sel inang
(T4 dan SPO1). Pada sel yang terinfeksi fag T7, gen "awal" ditranskripsi oleh RNA polimerase
yang dimilikimoleh E.coli. Salah satu kode gen "awal" untuk T7 RNA polimerase kemudian
mentranskripsikan semua gen "akhir" yang mengkodekan protein struktural T7, lisozim, dll.
Bacillus subtilis phage SP01 menunjukkan jalur ekspresi gen sekuensial yang sedikit lebih
kompleks, yang melibatkan tiga set gen. Ketiga set gen ini disebut gen "awal,"tengah", dan
"akhir" dalam kaitannya dengan waktu ekspresi gen-gen tesebut selama siklus reproduksi fag.
Gen "awal" SPO1 ditranskripsikan oleh RNA polimerase B.Subtilis menjadi polipeptida yang
berikatan dengan RNA polimerase sel inang yang kemudian mengubah karakteristik RNA
polimerase sehingga ditanskripsikan sebagai gen "tengah" dari SPO1. Dua produk dari gen
"tengah" merupakan polipeptida yang berhubungan dengan RNA polimerase B.subtilis yang
kemudian mengubah karakteristik RNA polimerase sehingga kemudian mentranskripsikan gen
"akhir" dari SP01. Fag T4 menunjukkan pola ekspresi gen sekuensial yang lebih kompleks,
melibatkan beberapa modifikasi RNA polimerase sel inang.

QA

Delia Wahyu Pangesti (170342615524)

1. Jelaskan mekanisme induksi dan mekanisme represi beserta contohnya?!


 Mekanisme induksi terjadi saat gen terekspresi ketika ada induksi berupa zat kimia tertentu
yang berasal dari lingkugan, gen yang dapatdiinduksi dikenal sebagai “inducible
genes”sedangkan zat kimia yang mampu menginduksi disebut inducer
Contoh : pada alur katabolisme beberapa jenis gula seperti lakttosa, galaktosadan arabinose,
umunya induksi ini terjadi pada level transkrips, jarang ditemukan mekanisme yang terjadi
pada tingkat enzim.
 Mekanismme represi terjadi ketika ekspresi gen menjdi taerhambat atau tidak terekspresi
ketika ada zat kimia tertentu dari lingkungan, mekanisme ini terjadi pada transkripsi
Contoh : E.coli yang secara umum memiliki gen yang berfungsi untuk sintesis triptofan,
namun jika bakteri tmendapat triptofan dari lingkungan maka bakeri tersebut akan merepresi
ekspesi gen penghasil triptofan dan mengambil langsung dari lingkungan, yang akan
menghemat energi dari pada harus mensistesis sendiri.
2. Jelaskan pembagian regulasi secara umum!?
Secara umum regulasi sel dibagi mejadi dua, yang pertama pengaktifan dan
penonaktifan sebagai respon perubahan lingkungan (adaptasi), regulasi ini sangat penting
untuk bakteri karena secara umum sel prokariot terpapar langsung dengan lingkungan,
sedangnkan eukariot selnya terlindung dari perubahan lingkungan, yang kedua ekspresi gen
dalam jalur terprogram, yang biasanya ditemukan pada kasus infeksi virus, yang mana gen
akan berekspresei sesuai dengan urutanya, mekanisme ini berjalan membentuk suatu siklus.

Fitriana Hadayani (170342615514)

1. Bagaimana protein araC dapat bekerja sebagai kontrol positif dan kontrol negatif?
dan saat proses apa protein araC menentukan mekanismenya?
Protein araC bertindak sebagai kontrol negatif (represor) pada proses transkripsi
gen struktural araB, araA, dan araD dengan berikatan pada promotor PBAD ketika pada sel
tersebut tidak ada arabinosa dan cyclic AMP (cAMP). Protein araC juga bisa bertindak
sebagai kontrol positif (aktivator) transkripsi gen-gen tersebut apabila di dalam sel tersebut
tersedia arabinosa dan cAMP. Protein araC dapat bertindak sebagai kontrol positif atau
negatif pada transkripsi gen struktural araB, araA, dan araD bergantung pada ada atau
tidaknya molekul arabinosa dan cAMP. Namun mekanisme operon pada operon araC tidak
hanya diatur oleh protein araC melainkan juga diatur oleh CAP seperti pada operon lac.

2. Jelaskan bagaimana bakteriofag dapat merepresi transkripsi gen lambda dalam daur
litik?
Hal ini dikarenakan adanya gen C1 merupakan gen spesifik yang dimiliki oleh fag
dan mengkodekan protein represor yang dalam keadaan dimer atau tetramer berikatan
dengan dua daerah operator sehingga dapat mengontrol/merepresi transkripsi gen lambda
yang dibutuhkan dalam daur litik. Kedua wilayah operator ini dikenal sebagai Ol (arah
transkripsi ke kiri) dan OR (arah transkripsi ke kanan) yang saling tumpang tindih dengan
sekuens promotor dimana RNA polimerase berikatan dan memulai transkripsi gen yang
berperan dalam daur litik. Adanya represor terikat pada dua operator, RNA polimerase tidak
dapat berikatan dengan dua promotor sehingga transkripsi gen litik tidak terjadi sehingga
gen fag dapat direpresi yang memungkinkan profag yang "tidak aktif" ditransmisikan ke
keturunannya pada saat sel membelah dan tidak menyebabkan sel tersebut lisis.