PENUNTUN PRAKTIKUM

MIKROBIOLOGI (AET 1203P)

Oleh :
Irda Safni, SP, MCP, Ph.D
Dr. Lisnawita, SP, M.Si
Prof. Ir. T. Sabrina, M.Sc., Ph.D
Dr. Mariani Sembiring, SP, MP

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2019
 DAFTAR ISI

NO. TOPIK HALAMAN

1. Tata tertib praktikum 3-4

2. Keselamatan kerja 5-6

3. Praktikum 1. Metode mikrobiologis: pengenalan alat-alat di 7-12

laboratorium
4. Praktikum 2. Nutrisi mikroba: persiapan media buatan 13-18

5 Praktikum 3. Teknik Isolasi, Inokulasi dan Identifikasi Mikroba 19-25

6. Praktikum 4. Struktur dan Fungsi Sel Prokaryot (Bakteri) dan 26-33

pewarnaan bakteri

7. Praktikum 5. Struktur dan Fungsi Sel Eukaryot (Jamur) 34-40

8. Praktikum 6. Menghitung Mikroba 41-45

9. Praktikum 7. Keanekaragaman Mikroba 46-49

10. Praktikum 8. Mikroba Bermanfaat bagi Pertanian (Rhizobium) 50-52

11. Praktikum 9. Mikroba Bermanfaat bagi Pertanian (Mikroorganisme 53-54

Selulotik)

2
 TATA TERTIB PRAKTIKUM

A. UMUM
Setiap praktikan diwajibkan mengikuti seluruh acara praktikum.

B. KETERTIBAN ALAT
1. Setiap praktikan diharapkan bekerja dengan hati-hati.
2. Kerusakan (pecah) atau kehilangan alat/glassware akibat kecerobohan praktikan, yang
bersangkutan atau satu regu diwajibkan mengganti alat yang sama atau bentuk uang
dalam jangka waktu satu minggu setelah kejadian.
3. Asisten akan mengecek keutuhan dan kelengkapan alat setelah selesai praktikum.
4. Ketidakberesan administrasi/penggantian alat yang rusak atau pecah dikenakan sangsi
yaitu nilai tidak dikeluarkan.

C. PELAKSANAAN PRAKTIKUM
1. Untuk menjaga kebersihan, pada saat masuk ke dalam labororatorium, setiap praktikan
diwajibkan mengganti alas kaki dengan sandal yang telah disediakan di laboratorium.
2. Praktikan diwajibkan memakai jas laboratorium (baju lab) selama praktikum.
3. Selama praktikum hanya Buku Penuntun dan alat tulis serta barang berharga (uang dan
telepon seluler) yang boleh dibawa ke dalam laboratorium.
4. Telepon seluler (HP) tidak diaktifkan selama praktikum.
5. Tas dan sepatu diletakkan di rak di luar laboratorium.
6. Selama praktikum, praktikan akan dibimbing oleh asisten.
7. Sebelum praktikum akan diadakan kuis dengan materi sesuai dengan materi praktikum
minggu tersebut.
8. Praktikan diwajibkan menjaga ketenangan, kebersihan dan kesopanan selama praktikum.
9. Tidak diperkenankan makan, minum, merokok dan kegiatan lain yang bisa
mengganggu kegiatan selama praktikum.
10. Buang sampah pada tempat yang telah disediakan. Jangan membuang sampah di bak
cuci (wastafel).
11. Beberapa alat/bahan dibawa/disediakan sendiri oleh praktikan.
12. Hal-hal yang belum tercantum dalam tata tertib ini akan diatur kemudian.
D. NILAI PRAKTIKUM
1. Nilai praktikum diambil dari kuis (35%), laporan (35%) dan praktikal tes (30%).
2. Bagi praktikan yang tidak mengumpulkan laporan akan diberikan nilai NOL untuk
materi yang bersangkutan.
3. Laporan dikumpulkan paling lambat satu minggu setelah praktikum.
4. Setiap praktikan harus mengikuti praktikum 100%.

E. LAPORAN
1. Setiap materi praktikum yang telah selesai harus dibuat dalam bentuk laporan yang
diperiksakan setiap minggunya.
2. Laporan dibuat perorangan oleh masing-masing praktikan.

4
 KESELAMATAN KERJA

Di dalam laboratorium setiap orang akan terekspos bahan-bahan kimia yang berbahaya
yang tidak ditemukan di dalam ruang kuliah. Oleh karena itu setiap praktikan harus mematuhi
peraturan yang ada di laboratorium. Di samping itu praktikan harus mendengarkan penjelasan
laboran, asisten ataupun kepala laboratorium yang bertujuan untuk keselamatan semua orang.
Laboratorium mikrobiologi mempunyai beberapa peraturan keselamatan lainnya. Sejak
seseorang bekerja di laboratorium ini, itu berarti dia bekerja dengan organisme yang berpotensi
sebagai patogen yang mungkin saja dapat terinfeksi atau tertular dari laboratorium. Praktikan
harus menggunakan baju laboratorium (jas lab) selama ia bekerja di laboratorium. Meja
laboratorium harus dibersihkan dan didesifektan sebelum dan sesudah selesai bekerja dengan
menggunakan larutan desinfektan. Teknik aseptik harus dilakukan ketika seseorang bekerja
dengan mikroorganisme.
Mencuci tangan adalah cara yang paling sederhana dan mudah untuk mencegah
penularan penyakit. Penggunaan sabun antibakterial secara teknis dapat menghilangkan
organisme dari permukaan kulit. Setelah tangan dicuci dengan sabun antibakteria sebaiknya
dilanjutkan dengan mengeringkan tangan dengan menggunakan tissu. Hal ini mencegah
kontaminasi kembali kulit dengan mikroorganisme. Sebelum meninggalkan laboratorium setiap
praktikan harus mencuci tangan terlebih dahulu.

5
 Beberapa peraturan keselamatan di Laboratorium Mikrobiologi

1. Jangan dibawa masuk semua barang-barang yang tidak diperlukan selama praktikum.
2. Gunakan pakaian laboratorium (jas lab) selama berada di laboratorium.
3. Gunakan sandal yang telah disediakan laboratorium.
4. Bersihkan meja laboratorium sebelum dan sesudah bekerja dengan menggunakan larutan
desinfektan.
5. Cuci tangan sebelum meninggalkan laboratorium.
6. Buang sampah dan semua bahan yang terkontaminasi dengan mikrorganisme pada
tempat yang telah disediakan.
7. Semua pekerjaan dilakukan secara aseptik.
8. Dilarang makan, minum, merokok dan menggunakan peralatan kosmetik di ruang kerja.
9. Semua kecelakaan, alat gelas pecah maupun kerusakan peralatan harus dilaporkan
kepada asisten.
10. Tunggu petunjuk dosen/asisten sebelum mulai bekerja.

6
 Praktikum 1
METODE MIKROBIOLOGIS: Pengenalan Alat-lat di laboratorium

TUJUAN:
- Untuk memperkenalkan alat-alat yang ada di laboratorium dan kegunaannya.
- Untuk memperkenalkan komponen-komponen mikroskop dan cara penggunaannya.
- Untuk mempelajari cara isolasi, inokulasi dan identifikasi mikroba

Pengantar Mikroskop dan Pengenalan Alat di Laboratorium

Beberapa alat yang sering dijumpai di laboratorium mikrobiologi antara lain :

Mikroskop
Mikroskop merupakan alat bantu yang memungkinkan kita dapat mengamati obyek yang
berukuran sangat kecil. Mikroskop membantu memecahkan persoalan manusia tentang
struktur/morfologi organisme yang berukuran kecil. Ada dua jenis mikroskop berdasarkan
kenampakan obyek yang diamati, yaitu mikroskop dua dimensi (mikroskop cahaya) dan
mikroskop tiga dimensi (mikroskop stereo). Sedangkan berdasarkan sumber cahayanya,
mikroskop dibedakan menjadi mikroskop cahaya dan mikroskop elektron.

Mikroskop cahaya
Mikroskop mempunyai kaki yang berat dan kokoh dengan tujuan agar dapat berdiri
dengan stabil. Mikroskop cahaya (Gambar 1) mempunyai perbesaran maksimum 1000 kali dan
memiliki tiga sistem lensa, yaitu lensa obyektif, lensa okuler, dan kondensor. Lensa obyektif
dan lensa okuler terletak pada kedua ujung tabung mikroskop.
Lensa okuler pada mikroskop bisa berbentuk lensa tunggal (monokuler) atau ganda
(binokuler). Pada ujung bawah mikroskop terdapat tempat dudukan lensa obyektif yang bisa
dipasang tiga lensa atau lebih. Dibawah tabung mikroskop terdapat meja yang merupakan
tempat preparat. Sistem lensa yang ketiga adalah kondensor yang berperan untuk menerangi
obyek dan lensa-lensa mikroskop yang lain.

7
Pada mikroskop konvensional, sumber cahaya masih berasal dari sinar matahari yang
dipantulkan dengan suatu cermin dasar ataupun cekung yang terdapat dibawah kondensor.
Cermin ini akan mengarahkan cahaya dari luar ke dalam kondensor. Pada mikroskop modern
sudah dilengkapi lampu sebagai pengganti sumber cahaya matahari.

Gambar 1. Mikroskop cahaya dengan bagian-bagiannya.

Lensa obyektif bekerja dalam pembentukan bayangan pertama. Lensa ini menentukan
struktur dan bagian renik yang akan terlihat pada bayangan akhir. Ciri penting lensa obyektif
adalah memperbesar bayangan obyek dan mempunyai nilai apertura (NA). Nilai apertura
adalah ukuran daya pisah suatu lensa obyektif yang akan menentukan daya pisah spesimen,
sehingga mampu menunjukkan struktur renik yang berdekatan sebagai dua benda yang terpisah.
Lensa okuler merupakan lensa yang terdapat di bagian ujung atas tabung, berdekatan
dengan mata pengamat. Lensa ini berfungsi untuk memperbesar bayangan yang dihasilkan oleh
lensa obyektif. Perbesaran bayangan yang terbentuk berkisar antara 4-25 kali.
Lensa kondensor berfungsi untuk mendukung terciptanya pencahayaan pada obyek yang
akan difokuskan, sehingga bila pengaturannya tepat akan diperoleh daya pisah maksimal. Jika
daya pisah kurang maksimal maka dua benda akan tampak menjadi satu, sehingga perbesaran
kurang bermanfaat (Gambar 2).

8
 A B C
q
u
ot
e
fr
o
m Gambar 2. Bayangan yang dibentuk pada mikroskop.
th A dan B merupakan dua benda yang memiliki daya pisah
e kurang maksimum, C memiliki daya pisah maksimum.
d
Mikroskop oStereo
c
Mikroskop
u stereo (Gambar 3) merupakan mikroskop yang hanya bisa digunakan untuk
benda yang mberukuran relatif besar. Mikroskop stereo mempunyai perbesaran 7 hingga 30 kali.
e
Benda yangntdiamati dengan mikroskop ini dapat terlihat secara tiga dimensi. Komponen utama
or
mikroskop stereo hampir sama dengan mikroskop cahaya. Lensa terdiri atas lensa okuler dan
th
obyektif. e
s
u
m
m
ar
y
of
a
n
in
te
re
st
in
g
p
oi
nt Gambar 3. Mikroskop stereo dengan bagian-bagiannya.
.
Y
o
Beberapa perbedaan dengan mikroskop cahaya adalah : (1) Ruang ketajaman lensa
u
mikroskop stereo
c jauh lebih tinggi dibandingkan dengan mikroskop cahaya sehingga kita dapat
a tiga dimensi benda yang diamati, (2) Sumber cahaya berasal dari atas sehingga
melihat bentuk
n
obyek yangptebal dapat diamati. Perbesaran lensa okuler biasanya 10 kali, sedangkan lensa
o
obyektif menggunakan sistem zoom dengan perbesaran antara 0,7 hingga 3 kali sehingga
si
ti
o 9
n
th
e
te
perbesaran total obyek maksimal 30 kali. Pada bagian bawah mikroskop terdapat meja preparat.
Pada daerah dekat lensa obyektif terdapat lampu yang dihubungkan dengan transformator.
Pengatur fokus obyek terletak disamping tangkai mikroskop, sedangkan pengatur perbesaran
terletak diatas pengatur fokus.

Water bath

Gambar 4. Water bath

Inkubator

Gambar 5. Inkubator

10
Warming table

Gambar 6. Warming table

6. Colony counter

Gambar 7. Colony counter

Selain alat-alat yang disebutkan di atas masih banyak alat-alat lain di laboratorium yang
bisa praktikan lihat ketika praktikum, termasuk alat-alat gelas.

PROSEDUR
A. Penggunaan Mikroskop Cahaya
1. Letakkan potongan kertas berhuruf ”A” pada kaca obyek dan tutup dengan kaca penutup.
2. Amati dengan perbesaran lemah (10x10), apakah bayangan benda sama atau terbalik?

11
 3. Sambil memandang ke dalam lensa okuler, geser preparat dari kiri ke kanan dan dari atas
ke bawah. Amati kemana bayangan bergerak?
4. Ubahlah lensa obyektif ke perbesaran yang lebih besar. Amati apakah ada perubahan luas
bidang pandang? Berapa diameter bidang pandang mikroskop pada obyektif lemah (mm)
dan berapa pada obyektif kuat?
5. Kerjakan seperti langkah nomor 1-3 namun menggunakan potongan kertas huruf ”d”.
B. Penggunaan Mikroskop stereo.
1. Letakkan spesimen pada cawan petri dan amati dengan mikroskop stereo.
2. Amati spesimen dengan beberapa perbesaran. Semut : hitung tungkai atau antena, bunga :
hitung jumlah stamen.

C. Untuk diperhatikan.
1. Peganglah erat-erat lengan mikroskop dengan tangan kanan, sedang tangan kiri
digunakan untuk menyangga kaki mikroskop.
2. Meja preparat tetap horizontal untuk mencegah agar preparat tidak jatuh.
3. Bersihkan lensa dengan kertas lensa/tissue.
4. Pengamatan dengan menggunakan dua mata (kalau mikroskop dengan dua lensa okuler).
5. Gunakan perbesaran lemah dulu, setelah obyek yang akan anda amati ditemukan,
gunakan perbesaran lebih besar.
6. Bersihkan semua kotoran yang ada pada mikroskop dengan menggunakan kertas tissue.

D. Tugas
Perhatikan dan gambarkan di dalam laporan setiap alat yang saudara lihat di
laboratorium.

12
 Praktikum 2
NUTRISI MIKROBA

Sama seperti jasad hidup lainnya, mikroorganisme memerlukan bahan-bahan untuk

membangun selnya. Jasad hidup atau organisme sangat bergantung pada suplai zat – zat ekogen
(yang berasal dari luar tubuhnya) untuk tumbuh, berkembang dan mempertahankan hidup, maka
nutrien harus mengandung unsur sumber energi, karbon, nitrogen dan unsur anorganik lainnya,
molekul organik, kompleks, asam – asam lemak, asam – asam amino, dan vitamin – vitamin.
Bahan-bahan ini disebut nutrisi.
Pembiakan mikroorganisme dalam laboratorium memerlukan media yang berisi zat hara
serta lingkungan pertumbuhan yang sesuai bagi mikroorganisme. Zat hara yang digunakan
untuk pertumbuhan, sintesis sel, keperluan energi dalam metabolisme dan pergerakan. Media
biakan umumnya mengandung air, sumber energi, zat hara sebagai sumber karbon, nitrogen,
sulfur, phospat, oksigen, hidrogen serta unsur sekelumit (trace elements). Dalam bahan dasar
media ini dapat pula ditambahkan faktor pertumbuhan berupa asam amino, vitamin atau
nukleosida.
Media biakan yang digunakan untuk menumbuhkan bakteri dan jamur terdapat dalam
bentuk padat, semi-padat dan cair. Media padat diperoleh dengan menambahkan agar. Agar
berasal dari ganggang merah. Agar digunakan sebagai bahan pemadat karena tidak diuraikan
mikroorganisme, dan membeku pada suhu diatas 45°C. Kandungan agar sebagai bahan pemadat
dalam media adalah 1,5 – 2 %.
Setelah media biakan disiapkan, media ini harus disterilkan terlebih dahulu sebelum
dapat digunakan untuk membiakkan mikroorganisme. Bila media biakan yang disiapkan ini
tidak disterilkan dan dibiarkan selama beberapa hari, mikroorganisme pencemar akan tumbuh
dan menyebabkan kekeruhan media.
Media yang berisi agar, dapat digunakan untuk membuat agar miring atau lempengan
agar di cawan petri yang akan menjadi media biakan untuk jamur maupun bakteri. Dalam
tabung, media biakan yang panas dan berisi agar seringkali ditempatkan dalam keadaan miring.
Media ini disebut Agar miring. Agar miring ini, mempunyai permukaan yang luas sehingga
sering kali digunakan untuk menumbuhkan atau menyimpan biakan murni. Selain dalam
tabung, media yang berisi agar ini ditempatkan dalam cawan petri (lempengan agar) sehingga
tersedia permukaan yang lebih luas untuk pertumbuhan mikroorganisme. Media biakan yang

13
telah disterilkan harus diberi penutup agar tidak dicemari oleh mikriorganisme yang terdapat
disekelilingnya.
Sterilisasi media menggunakan otoklaf (Autoclave), di laboratorium sering digunakan
otoklaf vertikal. Pada jenis ini didapatkan penunjuk suhu, penunjuk tekanan, serta pengatur
uap/udara (Gambar 1). Otoklaf ditutup dengan sekrup pengaman. Dalam laboratorium,
sterilisasi media menggunakan otoklaf yang menggunakan tekanan yang disebabkan uap air,
sehingga suhu dapat mencapai 121°C. Sterilisasi terlaksana bila mencapai tekanan 15 lbs dan
suhu 121°C selama 15 menit.

TUJUAN
Untuk mengetahui cara pembuatan media kultur di laboratorium.

BAHAN DAN ALAT

Bahan :
1. Nutrient agar (NA) untuk bakteri.
2. Kentang.
3. Dextrose.
4. Agar.
5. Aquadest.
6. Kapas.
7. Aluminium foil.
8. Cling wrap/selotip kertas

Alat :
1. Erlenmeyer ukuran 250 ml.
2. Beaker glass.
3. Pengaduk magnetik (magnetic stirrer).
4. Cawan petri yang bersih dan kering (steril).
5. Tabung reaksi yang bersih dan kering (steril).
6. Hot plate/kompor.
7. Autoklaf.
8. Lampu bunsen.

14
METODE

A. Pembuatan media Nutrient Agar (NA) untuk bakteri.

1. Timbang 23 gr NA dan masukkan ke dalam beaker glass.
2. Campurkan 1000 ml aquadest kedalam beaker glass.
3. Cairkan larutan NA di dalam beaker glass dalam rendaman air mendidih selama kurang
lebih 15 menit atau hingga mendidih dan aduk terus menerus. Sebagai alternatif lain,
dapat juga dimasukkan pengaduk magnetik (magnetic strirrer) kedalam beaker glass dan
panaskan diatas hot plate.
4. Tuang sebanyak 200 ml NA kedalam erlenmeyer ukuran 250 ml.
5. Tutup/sumbat mulut erlenmeyer dengan kapas padat.
6. Bungkus rapat mulut erlenmeyer dengan aluminium foil dan cling wrap.
7. Beri label pada erlenmeyer dengan spidol.

B. Pembuatan media Potato Dextrose Agar (PDA) untuk jamur.

1. Timbang 250 gr kentang, 20 gr dextrose, dan 20 gr agar.
2. Kupas dan cuci bersih kentang.
3. Potong-potong kentang dengan bentuk dadu kecil.
4. Rebus potongan kentang dengan menggunakan aquadest secukupnya hingga mendidih.
5. Saring sari kentang dengan menggunakan kain muslin dan masukkan ke dalam beaker
glass.
6. Campurkan sari kentang dengan dextrose dan agar, dan tambahkan aquadest hingga
volume larutan mencapai 1000 ml.
7. Cairkan larutan PDA di dalam beaker glass dalam rendaman air mendidih selama kurang
lebih 15 menit atau hingga mendidih dan aduk terus menerus. Sebagai alternatif lain,
dapat juga dimasukkan pengaduk magnetik (magnetic strirrer) kedalam beaker glass dan
panaskan diatas hot plate.
8. Tutup/sumbat mulut erlenmeyer dengan kapas padat.
9. Bungkus rapat mulut erlenmeyer dengan aluminium foil dan cling wrap.
10. Beri label pada erlenmeyer dengan spidol.

15
C. Sterilisasi media.
1. Sebelum melakukan sterilisasi, periksa terlebih dahulu banyaknya air di dalam otoklaf.
2. Masukkan media yang akan disterilkan, kemudian tutup dengan sekrup pengaman.
3. Nyalakan api dan biarkan katup uap/udara terbuka sehingga semua udara di dalam
otoklaf diganti oleh uap.
4. Pergantian udara dengan uap ini diikuti oleh peningkatan tekanan dan suhu. Pada saat
tekanan mencapai 15 lbs dan suhu meningkat 121°C, proses sterilisasi dimulai. Waktu
yang diperlukan untuk mensterilkan media sekitar 15-20 menit.
5. Setelah proses sterilisasi, api dimatikan dan tekanan dibiarkan turun sehingga mencapai
0. Otoklaf tidak boleh dibuka sebelum tekanan mencapai 0, karena cairan dalam tabung
atau erlenmeyer dapat tumpah keluar disebabkan penurunan suhu yang mendadak.
6. Buka tutup otoklaf, kemudian ambil erlenmeyer atau tabung dengan penjepit. Perhatikan
bahwa peralatan dan cairan yang baru dikeluarkan dari otoklaf bersuhu tinggi sehingga
dapat menimbulkan luka bakar.

D. Penuangan Media.

Agar miring/Slant agar.

1. Siapkan tabung reaksi/test tube yang steril.
2. Buka tutup/sumbat tabung reaksi, buka tutup/sumbat erlenmeyer dan pegang kapas
diantara jari tengah dan telunjuk dengan tangan kiri selagi memanaskan mulut
erlenmeyer.
3. Tuangkan agar kedalam tabung reaksi steril sebanyak 5-7 ml.
4. Panaskan mulut tabung dan erlenmeyer, sebelum di tutup/di sumbat kembali dengan
kapas.
5. Tabung yang berisi agar, diletakkan pada kemiringan 30-45 °C (Gambar 2). Harus
diperhatikan bahwa agar tidak boleh menyentuh tutup/mulut tabung.
6. Tuang media ke tabung berikutnya dengan cara yang sama.
7. Biarkan hingga dingin dan mengeras.

Agar cawan petri/Lempengan agar.

1. Siapkan cawan petri yang steril.

2. Buku tutup /sumbat erlenmeyer dan pegang kapas diantara jari tengah dan telunjuk

16
 dengan tangan kiri selagi memanaskan mulut erlenmeyer (Gambar 3).
3. Buka tutup cawan dan tuangkan media agar hingga menutupi dasar cawan atau sebanyak
15 ml.
4. Panaskan cawan petri dan mulut erlenmeyer, kemudian tutup cawan dan sumbat mulut
erlenmeyer dengan kapas.
5. Tuang media ke cawan berikutnya dengan cara yang sama.
6. Biarkan hingga dingin dan mengeras.

Gambar 8. Autoclaf

Gambar 9. Cara membuat agar miring/Slant agar

17
Gambar 10.a. Pemegangan erlenmeyer dan sterilisasi mulut erlenmeyer untuk dituang ke
media.

Gambar 11.b. Penuangan media ke dalam cawan petri steril.

18
 Praktikum 3
TEKNIK ISOLASI, INOKULASI DAN IDENTIFIKASI MIKROBA

Mikroba dapat diperoleh dari lingkungan air, tanah, udara, juga bahan pangan, tanaman,
hewan dan manusia. Secara alami, mikroba di alam ditemukan dalam populasi campuran.
Hanya dalam keadaan tertentu saja populasi ini ditemukan dalam keadaan murni. Untuk dapat
mempelajari sifat biakan, morfologi dan sifat faalinya maka organisme yang akan diteliti harus
dapat dipisahkan. Teknik isolasi miroba adalah suatu usaha menumbuhkan mikroba di luar dari
lingkungan alaminya pada media buatan di laboratorium. Pemisahan mikroba dari
lingkungannya bertujuan untuk mendapatkan biakan mikroba yang tidak bercampur dengan
mikroba lainnya dan disebut biakan murni. Media buatan harus mengandung nutrisi yang sesuai
bagi pertumbuhan mikroba tersebut, juga lingkungan fisik yang menyediakan kondisi optimum
bagi pertumbuhannya. Media untuk membiakkan mikroba haruslah steril sebelum digunakan.
Pencemaran dari luar terutama berasal dari udara yang mengandung banyak
mikroorganisme.Untuk memperoleh biakan murni dapat dilakukan pengenceran dengan
menggunakan bahan cair atau padat.
Bentuk cawan petri dengan tutup yang lebih luas dari dasarnya bertujuan mencegah
pencemaran dari luar. Pencegahan pencemaran biakan dalam tabung menggunakan penutup
kapas, plastik ataupun logam. Selain itu setiap kali membuka atau menutup tabung, bibir tabung
harus dipanaskan.
Secara alami, bakteri di alam ditemukan dalam populasi campuran. Hanya dalam
keadaan tertentu saja populasi ini ditemukan dalam keadaan murni. Untuk dapat mempelajari
sifat biakan, morfologi dan sifat faalinya maka organisme yang akan diteliti harus dapat
dipisahkan. Ini berarti bahwa harus diperoleh biakan murni yang harus mengandung satu
macam bakteri. Untuk memperoleh biakan murni dapat dilakukan pengenceran dengan
menggunakan bahan cair atau padat.

Secara umum, ada tiga cara mengisolasi mikroba (bakteri) yaitu :

1. Teknik penggoresan agar (Streak Plate Method).
Teknik ini lebih menguntungkan bila ditinjau dari sudut ekonomi dan waktu, tetapi
memerlukan keterampilan yang diperoleh dengan latihan. Penggoresan yang sempurna akan
menghasilkan koloni yang terpisah. Teknik goresan, terdiri dari : goresan T, goresan kuadran,

19
goresan radian, dan goresan sinambung.
Caranya:
1. Siapkan agar lempengan.
2. Goyangkan tabung reaksi yang berisi suspensi biakan. Suspensi tidak boleh membasahi
kapas penutup
3. Pijarkan lup inokulasi pada api bunsen hingga merah.
4. Dinginkan lup inokulasi.
5. Buka kapas penutup tabung dan panaskan mulut tabung, kapas penutup tetap dipegang.
6. Dengan lup inokulasi yang dingin, ambillah 1 mata lup inokulasi suspensi bakteri.
7. Panaskan kembali mulut tabung dan tutup tabung dengan kapas penutup.
8. Gores lempengan agar dengan lup inokulasi. Lup inokulasi jangan melukai lempengan
agar.
9. Pijarkan lup inokulasi sebelum digunakan kembali.
10. Inkubasi piringan pada posisi telungkup, di dalam kantung plastik selama 24 jam dengan
temperatur 37°C.

Gambar 12. Tata cara penggoresan agar.

20
2. Teknik agar tuang.
Pada cara agar tuang, dilakukan pengenceran satu mata lup suspensi bakteri di dalam tiga
tabung air steril. Sehingga akan diperoleh agar lempengen dengan jumlah bakteri yang optimum
untuk isolasi. Teknik ini lebih mudah karena untuk mendapatkan koloni yang terpisah tidak
diperlukan keterampilan seperti pada teknik penggoresan.
Caranya:
1. Siapkan 3 buah tabung agar tuang, masing-masing sebanyak 9 ml.
2. Berilah tanda I, II, dan III pada tabung dan cawan petri.
3. Inokulasi tabung I dengan satu mata lup suspensi biakan.
4. Jangan lupa memnasakan mulut tabung sewaktu membuka dan juga sewaktu akan
ditutup. Goyangkan tabung dengan teknik seperti pada penggoresan atau putarlah tabung
di antara kedua telapak tangan.
Perhatikan, agar tidak boleh menyentuh tutup kapas.
5. Inokulasi tabung agar tuang II dengan satu mata lup suspensi biakan dari tabung agar
tuang I.
6. Goyang dan putarlah tabung II di antara kedua telapak tangan sehingga tercampur dengan
baik.
7. Inokulasi tabung agar tuang III dengan satu mata lup suspensi biakan dari tabung agar
tuang II.
8. Goyang dan putar tabung III sehingga tercampur dengan baik, kemudian buka tutup
tabung dan panaskan mulut tabung.
9. Tuang isi tabung ke dalam cawan petri III.
10. Cara yang sama dipergunakan untuk menuang tabung I ke cawan petri I dan tabung II ke
cawan petri II.
11. Setelah agar membeku, baliklah cawan petri dan masukkan ke dalam plastik dan simpan
di inkubator (37°C) selama 24-48 jam.

21
 Gambar 9. Teknik agar tuang

3. Teknik agar sebar.

Pengenceran bakteri, dilakukan dengan mengambil 0,1 ml suspensi bakteri dari botol
pengencer dengan menggunakan pipet dan biarkan cairan mengalir ke atas permukaan agar.
Suspensi bakteri disebarkan dengan penyebar yang terbuat dari gelas (glass rod). Pada teknik ini
sterilisasi penyebar dilakukan dengan mencelupkan ke dalam alkohol dan kemudian dipanaskan
sehingga alkohol terbakar habis. Penyebar didinginkan dahulu sebelum digunakan untuk
menyebarkan cairan bakteri pada permukaan agar. Penyebaran cairan bakteri dilakukan dengan
memutar lempengan agar.
Caranya:
1. Siapkan suspensi bakteri dari praktikum sebelumnya.
2. Siapkan 3 buah tabung reaksi berisi 9 ml air steril.
3. Pipet 1 ml suspensi dan campurkan ke dalam tabung air steril (tabung I).
4. Goyang dan putar tabung sehingga tercampur dengan baik.
5. Celupkan penyebar (glass rod) ke dalam alkohol, lalu panaskan penyebar hingga alkohol
terbakar habis.
6. Dinginkan penyebar sebelum digunakan.
7. Pipet 0,1 cairan suspensi bakteri dari tabung I dengan mikropipet.
8. Tuang suspensi bakteri ke dalam agar lempengan dan sebar dengan menggunakan
penyebar hingga rata.
9. Simpan biakan ke dalam inkubator.

22
 Gambar 13. Teknik agar sebar

Gambar 14. A. Teknik pengenceran berseri, B. Pertumbuhan

koloni bakteri dengan teknik agar sebar

23
Cara Identifikasi Mikroba
1. Berdasarkan karakteristik secara morfologi : berguna untuk identifikasi eukaryota
2. Pewarnaan/pengecatan bakteri
3. Uji biokimia: dengan menentukan kehadiran enzim bakteri
4. Uji serologi
5. Profil asam lemak (fatty acid)
6. DNA finger printing
7. Sequensing RNA ribosomal

Contoh identifikasi bakteri dengan metode klasik mikrobiologi : Kunci Dichotomous

24
LEMBAR KEGIATAN

PENGAMATAN

Gambar 1.

Gambar 1

Gambar 2.
Nama praktikan :
NIM :
Group :
Tanda tangan asisten :

25
 Praktikum 4
STRUKTUR DAN FUNGSI SEL PROKARYOT (BAKTERI)
DAN PEWARNAAN BAKTERI

Gambar 15. Struktur sel bakteri

Tujuan:
- Untuk mempelajari struktur dan fungsi sel Bakteri dan Archaea

- Untuk memudahkan melihat bakteri dengan mikroskop, memperjelas ukuran dan

bentuk bakteri, untuk melihat struktur luar dan struktur dalam bakteri seperti dinding
sel dan vakuola, menghasilkan sifat-sifat fisik dan kimia yang khas daripada bakteri
dengan zat warna, serta meningkatkan kontras mikroorganisme dengan sekitarnya.

Struktur sel bakteri dan fungsinya

Kapsul atau Lapisan Lendir
Kapsul atau lapisan lendir adalah lapisan yang terluar dari bakteri yang menyelimuti dinding sel.
Lapisan ini memiliki ketebalan yang bervariasi disetiap jenis-jenis bakteri. Lapisan tebal
tersebutlah yang disebut dengan kapsul, dan ada juga lapisan tipis yang disebut lapisan lendir.
Umumnya bakteri hidupnya parasit dan bersifat patogen (penyebab penyakit) memiliki kapsul
sedangkan pada bakteri saproba (mendapatkan makanan dari sisa organisme) biasanya hanya
memiliki lapisan lendir. sehingga mengapa makanan yang terkena bakteri biasanya terlihat
berlendir. Kapsul atau lapisan lendir ini berupa senyawa yang kental dan lengket yang
disekresikan oleh bakteri. Kapsul sendiri tersusun dari glikoprotein (senyawa campuran antara
glikogen dan protein). Sedangkan pada lapisan lendir tersusun dari air dan juga polisakarikarida.

26
Fungsi Kapsul atau Lapisan Lendir
 Sebagai pelindung,
 Menjaga sel agar tidak kekeringan,
 Membantu pelekatan dengan sel bakteri lain atau pada substrak,
 Pada bakteri patogen, kapsul melindungi bakteri dari pengaruhi sistem kekebalan
(antibodi) yang dihasilkan oleh sel tubuh inang.
2. Dinding Sel
Dinding sel bakteri tersusun dari senyawa pepetidoglikan. Peptidoglikan adalah suatu polimer
yang terdiri dari polipeptida pendek.Peptidoglikan memiliki ketebalan lapisan yang bervariasi
dari ketebalan lapisan ini berpengaruh terhadap respons pewarnaan, yang digunakan dalam
penggolongan bakteri, yaitu bakteri Gram posisitf dan bakteri Gram negatif. Dinding sel dari
pada Eubacteria mengandung peptidoglikan, sedangkan pada dinding sel Archaebacteria adalah
tidak mengandung peptidoglikan.
Fungsi Dinding Sel
 Mempertahankan bentuk dari sel
 Memberikan sebuah perlindungan fisik,
 Menjaga sel agar tidak pecah dalam lingkungan yang memiliki tekanan osmotik yang
lebih rendah (hipotonis)
 Sel bakteri dapat mengalami plasmolisis jika berada pada lingkungan yang tekanan
osmotik lebih tinggi (hipertonis).
 Bakteri akan mati jika berada pada larutan yang pekat misalnya mengandung banyak
garam atau banyak gula.
3. Membran Plasma
Membran plasma tersusun dari senyawa fosfolipid dan protein yang bersifat selektif permeabel
(dapat dilewati oleh zat-zat tertentu).
Fungsi Membran Plasma
 Membungkus sitoplasma
 Mengatur pertukaran zat yang berada di dalam sel dengan zat yang ada diluar sel.
4. Mesosom
Mesosom adalah organel sel yang memiliki penonjolan pada membran plasma ke arah dalam
sitoplasma.

27
Fungsi Mesosom
 Menghasilkan energi
 Membentuk dinding sel baru saat terjadi pembelahan sel
 Menerima DNA pada saat konjugasi
5. Sitoplasma
Sitoplasma bakteri adalah cairan koloid yang mengandung molekul organik seperti lemak,
protein, karbohidrat, dan garam-garam mineral, enzim, DNA, Klorosom (pada bakteri
fotosintetik), dan ribosom
Fungsi Sitoplasma
 Sebagai tempat terjadinya reaksi-reaksi metabolisme sel
6. Ribosom
Ribosom adalah organel-organel kecil yang tersebar dalam sitoplasma dan berfungsi dalam
sintesis protein. Ribosom tersusun dari senyawa protein dan RNA (ribonukleic acid). Jumlah
ribosom di dalam suatu sel bakteri mencapai ribuan, contohnya saja Escherichia coli yang
mempunyai 15.000 ribosom.
Fungsi Ribosom
 Sebagai sintesis protein
7. DNA
Bakteri mempunyai dua macam DNA (deoxyribonucleic acid), yaitu DNA kromosom dan DNA
nonkromosom (plasmid). DNA kromosom adalah materi genetik yang menentukan sebagian
besar dari sifat-sifat metabolisme bakteri, sedangkan pada DNA nonkromosom (plasmid) yang
hanya menentukan sifat-sifat tertentu, seperti sifat patogen, sifat fertilitas (kemampuan dalam
bereproduksi secara seksual), dan sifat kekebalan terhadap antibiotik tertentu. DNA kromosom
pada organisme eukariotik akan berbentuk rantai ganda linier, sedangkan pada DNA kromosom
prokariotik (bakteri) yang berupa rantai ganda melingkar yang terkumpul dalam suatu serat
kusut yang disebut dengan region nukleoid. Jumlah DNA bakteri jauh lebih sedikit
dibandingkan dengan DNA sel eukariotik sekitar 1:1.000 dari DNA sel eukariotik. DNA
kromosom dapat di bereplikasi pada saat menjelang pembelahan sel.

DNA nonkromosom (plasmid) memiliki bentuk melingkar (sirkuler) dengan ukuran yang
memiliki jauh lebih kecil dibandingkan DNA kromosom. Umunnya, bakteri tetap dapat hidup

28
walaupun plasmidnya dikeluarkan dari sel. Hal ini dimanfaatkan dalam teknologi rekaya
genetika. Plasmid digunakan sebagai vektor atau pembawa suatu gen tertentu yang ingin
didisipkan. Plasmid dapat bereplikasi tanpa kontrol dari DNA kromosom, serta memiliki
kemudahan dalam ditransfer ke sel bakteri lainnya pada saat terjadi konjugasi.
Fungsi DNA
 Materi genetik yang sebagian besar menentukan sifat-sifat metabolisme bakteri (DNA
Kromosom)
 Menentukan sifat patogen, sifat fertilitas (kemampuan bereproduksi secara seksual), dan
sifat ketebalan terhadap suatu antibiotik (DNA nonkromosom)
8. Granula dan Vakuola Gas
Umumnya bakteri memiliki granula-granula yang berfungsi sebagai tempat penyimpanan
cadangan makanan atau senyawa-senyawa lain yang dihasilkannya,
misalnya Thiospirillum yang menghasilkan butir-butir belerang. Pada vakuola gas yang anya
terdapat pada bakteri-bakteri fotosintetik yang hidup dengan menampung air. Vakuola gas
tersbut memungkinkan bakteri mengapung di permukaan air, sehingga dapat sinar matahari
yang digunakan untuk fotosintesis.
9. Flagela
Flagela adalah bulu cambuk yang tersusun dari senyawa protein yang terdapat pada dinding sel,
dan berfungsi sebagai alat gerak. Flagela bakteri tidak terbungkus oleh perluasan membran
plasma yang berbentuk batang (basil), koma (vibrio), dan juga spiral. Ada sekitar separuh dari
seluruh bakteri yang dapat bergerak secara terarah yang menuju atau menjauhi ransang. Gerak
tersebut disebut gerak taksis. Contohnya bakteri dari familia Chlorobacteriaceae yang akan
melakukan gerak fototaksis positif atau menuju ke arah cahaya matahari untuk berfotosintesis.
Bakteri memiliki jumlah flagela yang memiliki letak berbeda-beda. Berikut pengelompokan
bakteri berdasarkan dari jumlah dan letak flagelanya.
 Atrik, adalah bakteri yang tidak mempunyai flagela
 Monotrik, adalah bakteri yang hanya mempunyai satu flagela
 Lofotrik, adalah bakteri yang mempunyai banyak flagela pada salah satu sisi sel
 Amfitrik, adalah bakteri yang mempunyai flagela pada kedua ujung sel
 Peritrik, adalah bakteri dengan flagela yang tersebar di seluruh permukaan dinding sel.

29
11. Pilus atau Fimbria
Pilus (Latin, pili = rambut) atau fimbria (fimbria = daerah pinggir) adalah struktur seperti
flagela tetapi berupa rambut-rambut yang memiliki diamater lebih kecil, pendek, dan kaku,
dengan terdapat di sekitar dinding sel. Fungsi pilus atau Fimbria adalah sebagai berikut..
 Membantu bakteri yang menempel pada suatu medium tempat hidupnya
 Melekatkan diri dengan sel bakteri lainnya, sehingga dapat terjadi transfer DNA pada
saat terjadinya konjugasi.

Pewarnaan Bakteri

Pewarnaan Gram atau metode Gram adalah suatu metode untuk membedakan spesies
bakteri menjadi dua kelompok besar, yakni gram-positif dan gram-negatif, berdasarkan sifat
kimia dan fisik dinding sel mereka. Metode ini diberi nama berdasarkan penemunya, ilmuwan
Denmark Hans Christian Gram (1853–1938) yang mengembangkan teknik ini pada tahun 1884
untuk membedakan antara pneumokokus dan bakteri Klebsiella pneumoniae.
Dengan metode pewarnaan Gram, bakteri dapat dikelompokkan menjadi dua, yaitu
bakteri Gram positif dan Gram negatif berdasarkan reaksi atau sifat bakteri terhadap cat
tersebut. Reaksi atau sifat bakteri tersebut ditentukan oleh komposisi dinding selnya. Oleh
karena itu, pengecatan Gram tidak bisa dilakukan pada mikroorganisme yang tidak mempunyai
dinding sel seperti Mycoplasma sp. Contoh bakteri yang tergolong bakteri tahan asam, yaitu dari
genus Mycobacterium dan beberapa spesies tertentu dari genus Nocardia. Bakteri-bakteri dari
kedua genus ini diketahui memiliki sejumlah besar zat lipodial (berlemak) di dalam dinding
selnya sehingga menyebabkan dinding sel tersebut relatif tidak permeabel terhadap zat-zat
warna yang umum sehingga sel bakteri tersebut tidak terwarnai oleh metode pewarnaan biasa,
seperti pewarnaan sederhana atau Gram.
Zat warna adalah senyawa kimia berupa garam-garam yang salah satu ionnya berwarna.
Garam terdiri dari ion bermuatan positif dan ion bermuatan negatif. Senyawa-senyawa kimia ini
berguna untuk membedakan bakteri-bakteri karena reaksinya dengan sel bakeri akan
memberikan warna berbeda. Perbedaan inilah yang digunakan sebagai dasar pewarnaan bakteri.
Sel-sel warna dapat dibagi menjadi dua golongan yaitu asam dan basa. Jika warna terletak pada
muatan positif dari zat warna, maka disebut zat warna basa. Jika warna terdapat pada ion
negatif, maka disebut zat warna asam. Contoh zat warna basa adalah methylen blue, safranin,

30
netral red, dan lain-lain. Sedangkan anionnya pada umumnya adalah Cl-, SO4 -, CH3COO-,
COOHCOO. Zat warna asam umumnya mempunyai sifat dapat bersenyawa lebih cepat dengan
bagian sitoplasma sel sedangkan zat warna basa mudah bereaksi dengan bagianbagian inti sel.
Pewarnaan bakteri dipengaruhi oleh faktor-faktor seperti : fiksasi, peluntur warna, substrat,
intensifikasi pewarnaan dan penggunaan zat warna penutup. Pada bakteri gram positif
menunjukkan warna biru ungu dan bakteri gram negatif berwarna merah.

Pengecatan gram dilakukan dalam 4 tahap yaitu

1. Pemberian cat warna utama (cairan kristal violet) berwarna ungu.
2. Pengintesifan cat utama dengan penambahan larutan mordan JKJ.
3. Pencucian (dekolarisasi) dengan larutan alkohol asam.
4. Pemberian cat lawan yaitu cat warna safranin
5. Biakan murni bakteri

BAHAN:
Isolat murni bakteri

PROSEDUR:
1. Pada proses pewarnaan gram, harus gelas obyek yang bersih. Pembersihan ini dilakukan
supaya gelas obyek bebas lemak dan debu. Pembersihan biasanya menggunakan alkohol .
2. Setelah di cuci kemudian di beri satu tetes aquades pada permukaan gelas obyek. Kultur
bakteri murni diambil dan diratakan diatas kaca obyek. Pengambilan kultur bakteri tidak
diambil terlalu banyak, karena jika terlalu banyak akan sulit diratakan dan apabila kultur
bakteri tidak dapat diratakan tipis-tipis maka bakteri akan tertimbun hal ini akan
mengakibatkan pemeriksaan bentuknya satu per satu menjadi tidak jelas.
3. Apabila sudah kering, dilakukan fiksasi dengan cara melewatkan diatas nyala api. Proses
fiksasi dilakukan supaya bakteri benar-benar melekat pada kaca obyek sehingga olesan
bakteri tidak akan terhapus apabila dilakukan pencucian. Yang perlu diperhatikan dalam
proses fiksasi adalah bidang yang mengandung bakteri dijaga agar tidak terkena nyala api.
4. Setelah dilakukan fiksasi kemudian ditetesi dengan kristal violet dan dibiarkan.
5. Kemudian dicuci dengan air mengalir dan dibiarkan sampai kering (dengan cara
dianginkan). Pencucian dengan air bertujuan untuk mengurangi kelebihan zat warna dari

31
 violet kristal.
6. Setelah kelebihan zat warna dicuci dengan air kemudian diberi larutan iodin dan dibiarkan
sehingga terbentuk suatu kompleks antara violet kristal dan iodin.
7. Olesan bakteri kemudian dicuci kembali dengan air mengalir. Kemudian dicuci dengan
etanol dan dicuci kembali dengan air mengalir.
8. Pewarnaan selanjutnya dengan menggunakan safranin dan diamkan.
9. Kemudian cuci dengan air mengalir dan kering dianginkan, kemudian teteskan emersi dan
diamati dibawah mikroskop.

Keterangan :
Jika : Bakteri gram positif akan meninggalkan warna ungu muda.
Bakteri gram negatif menyebabkan sel menjadi berwarna merah

32
LEMBAR KEGIATAN

PENGAMATAN

Gambar 1.

Gambar 1

Gambar 2.
Nama praktikan :
NIM :
Group :
Tanda tangan asisten :

33
 Praktikum 5
STRUKTUR DAN FUNGSI SEL EUKARYOTA (JAMUR)

TUJUAN:
Mempelajari struktur dan fungsi sel jamur secara mikroskopis dan makroskopis

Jamur adalah organisme eukariota dengan dinding sel tersusun dari kitin. Jamur tidak memiliki
klorofil untuk melakukan fotosintesis. Banyak jamur menampilkan warna-warna cerah yang
timbul dari pigmen selular lainnya, mulai dari warna merah, hijau sampai hitam. Jamur Amanita
muscaria adalah jamur beracun (fly agaric) dikenali karena “topinya” berwarna merah cerah
dengan bercak putih. Pigmen di jamur yang terkait dengan dinding sel. Mereka memainkan
peran protektif terhadap radiasi ultraviolet dan dapat menjadi racun.

Ada jamur yang satu sel (uniseluler), misalnya khamir (Saccharomyces), ada pula jamur yang
terdiri atas banyak sel (multiseluler) yang berukuran mikroskopik dan makroskopik yang
membentuk tubuh buah besar yang ukurannya mencapai satu meter, contohnya jamur kayu.
Lapisan kaku dinding sel jamur mengandung polisakarida kompleks yang disebut kitin dan
glukan. Kitin, juga ditemukan di exoskeleton serangga, yang memberikan kekuatan struktural
untuk dinding sel jamur. Dinding melindungi sel dari pengeringan dan predator. Jamur memiliki
membran plasma yang mirip dengan eukariota lainnya, kecuali bahwa struktur tersebut
distabilkan oleh ergosterol, yaitu molekul steroid yang menggantikan kolesterol yang ditemukan
dalam membran sel hewan. Sebagian besar anggota kingdom Fungi adalah tidak dapat bergerak
(nonmotile).

Struktur vegetatif jamur berbentuk filamen panjang mirip seperti benang, yang disebut hifa.
Hifa jamur memanjang bercabang-cabang dan berjalinan membentuk miselium. Miselium
menyusun jalinan-jalinan semu menjadi tubuh buah. Pada jenis jamur tertentu hifanya terpisah
oleh sekat/ruang antar sel, yang disebut septum. Sebagian miselium ada yang berfungsi untuk
menyerap makanan. Miselium untuk menyerap makanan disebut miselium vegetatif. Miselium
vegetatif pada jamur tertentu memiliki struktur hifa yang disebut houstorium (jamak: houstoria).
Hifa pada jamur yang bersifat parasit biasanya mengalami modifikasi menjadi haustoria
(tunggal : haustorium) yang merupakan organ penyerap makanan dari substrat; haustoria dapat

34
menembus jaringan substrat. Bagian miselium juga ada yang berdiferensiasi membentuk alat
reproduksi. Alat reproduksi ini berfungsi menghasilkan spora. Bagian miselium ini disebut
miselium generatif.

Beberapa jenis struktur hifa pada jamur, yaitu sebagai berikut:

 Hifa bersekat berinti banyak (hifa septat multinukleus), yaitu hifa dengan sel berinti
banyak. Sekat membagi hifa menjadi ruang-ruang dengan sel berinti banyak.
 Hifa bersekat inti tunggal (hifa septat uninukleus), yaitu hifa dengan sel yang berinti
tunggal. Sekat membagi hifa menjadi ruang-ruang dengan setiap ruang memiliki satu
inti.
 Hifa yang tidak bersekat (hifa aseptat), yaitu hifa yang tidak memiliki sekat sehingga
antara inti satu dan yang lain tidak dilapisi sekat maupun membran. Hifa jenis ini
disebut soenositik.


Gambar 16. Struktur tubuh buah jamur

35
 Gambar 17. Struktur hifa pada jamur
Klasifikasi Jamur
Berdasarkan cara reproduksi dan struktur tubuhnya, jamur terbagi menjadi 2 divisi, yaitu:
1. Zygomycota

Zygomycota adalah jamur yang menggunakan zigosporangium sebagai alat reproduksi seksual
dan zigospora sebagai hasil reproduksi seksual. Selain itu, zygomycota juga dapat melakukan
reproduksi aseksual dengan fragmentasi miselium atau spora aseksual (spora vegetatif) yang
dihasilkan oleh sporangium. Contoh zygomycota adalah Rizopus stolonifer,Rhizopus
oligosporus (jamur tempe), dan Rhizopus oryzae (jamur tapai).

Ciri-ciri Zygomycota adalah sebagai berikut:

1. Memiliki hifa soenositik (bersekat dan tidak bersekat)
2. Alat reproduksi seksual berupa zigosporangium
3. Membentuk zigospora
4. Dinding sel tersusun dari zat kitin
5. Hidup saprofit
6. Miselium bercabang banyak
7. Mempunyai haustoria

36
 8. Tidak memiliki zoospora
9. Spora berupa sel-sel berdinding

2. Ascomycota

Ascomycota adalah jamur yang berkembang biak dengan membentuk spora di dalam selnya
yang disebut askus. Askus berbentuk seperti kantung kecil. Alat reproduksi aseksual berupa
hifa. Contoh ascomycota adalah Saccharomyces cerevisiae (fermentasi alkohol) danAspergillus
flavus (penghasil racun aflatoksin).
Ciri-ciri ascomycota adalah sebagai berikut:
1. Hifa bersekat
2. Alat reproduksi seksual berupa askus
3. Umumnya hidup saprofit
4. Perkembangbiakan secara aseksual dilakukan dengan pembentukan konidium,
fragmentasi, dan pertunasan
5. Memiliki banyak inti sel
6. Sebagian besar multiseluler
7. Spora tidak berflagela
8. Bentuk tubuh seperti mangkuk

37
3. Basidiomycota

Basidiomycota adalah jamur yang bereproduksi aseksual dengan membentuk spora di atas sel
yang disebut basidium. Reproduksi seksual dilakukan dengan membentuk spora konidia.
Contoh basidiomycota adalah Volvariella volvacea (bahan makanan), Puccinia
graminis(penyakit pada tebu), dan Ustilago scitamanae (parasit pada Graminae).
Ciri-ciri basidiomycota adalah sebagai berikut:
1. Hifa bersekat
2. Multiseluler
3. Vegetatifnya memiliki satu inti haploid
4. Memiliki basidiokarp
5. Badan buah berbentuk seperti payung atau kuping
6. Umumnya hidup saprofit
7. Beberapa jenis dapat dijadikan sumber makanan

38
4. Deuteromycota (Fungi Iperfecti)

Deuteromycetes/deuteromycota/deuteromycotina adalah jamur yang belum diketahui proses

reproduksi seksualnya. Reproduksi aseksual dilakukan dengan konidia. Contoh deuteromycetes
adalah Aspergillus wenti, Tinea versicolor, dan Trichophyton.
Ciri-ciri Deuteromycota adalah sebagai berikut:
1. Hifa bersekat
2. Reproduksi aseksual dengan konidia
3. Dinding sel terbuat dari zat kitin

BAHAN:
- Tempe yang busuk
- Roti yang sudah busuk
- Jamur yang memiliki tubuh buah (seperti Ganoderma spp, jamur tiram, jamur
shitake, jamur kuping, dll)

39
LEMBAR KEGIATAN

PENGAMATAN

Gambar 1.

Gambar 1

Gambar 2.
Nama praktikan :
NIM :
Group :
Tanta tangan asisten :

40
 Praktikum 6
MENGHITUNG MIKROBA

Populasi mikroorganisme tanah dapat dihitung dengan mengunakan beberapa cara :

langsung dan tidak langsung. Metode penetapan populasi mikroorganisme secara langsung
memberi gambaran tentang jumlah mikroorganisme tersebut tanpa menumbuhkannya pada
media buatan. Metode ini memiliki keuntungan seperti tidak ada penentuan media yang sesuai,
penentuan kondisi lingkungan (temperatur, pH, kelembaban, aerasi) yang sesuai dan dapat
menghemat waktu, organisme yang diamati dapat diukur dimensinya dan letak serta posisinya
di antara partikel tanah secara alami dapat diamati. Penetapan mikroorganisme secara langsung
dilakukan dengan cara;
i. Pengamatan irisan tipis (thin-section) dari contoh tanah yang tidak terganggu;

ii. Cara olesan (smear-ratio technique), dan

iii. Cara slide kontak (contact slide technique) yaitu pengamatan atau isolasi
mikroorganisme tanah yang tumbuh pada gelas objek yang dibenamkan ke dalam tanah.

Beberapa kelemahan dari metode penetapan mikroorganisme secara langsung, yaitu:

kesukaran membedakan antara mikroroganisme yang hidup dan yang mati, mikroorganisme
yang mempunyai morfologi yang sama tidak dapat atau sukar untuk diidentifikasi lebih lanjut,
mikroorganisme yang mempunyai filamen sukar umtuk didipersikan dan dihitung dan sulit
mendapatkan sampel, yang mewakili karena sedikitnya sampel yang dipakai.

Metode pengukuran populasi mikroorganisme secara tidak langsung memiliki

keuntungan karena dapat menghitung populasi mikororganisme yang termasuk pada kelompok
tertentu , seperti mikroorganisme pelarut fosfat, mikroorganisme sellulotik, dll.
Beberapa metode yang dipergunakan untuk menghitung mikroorganisme tidak langsung
adalah : dengan metode agar cawan menghitung dengan alat koloni kounter, spektrometer,
maupun hymenocytometer, dan metode most probable number (MPN).
Berikut ini akan diuraikan metode penghitungan mikroorganisme tanah.

41
TUJUAN :
Agar mahasiswa trampil melakukan penghitungan populasi mikroorganisme tanah
dengan metode koloni kounter dan MPN

BAHAN:
Isolat murni bakteri

METODE KOLONI KOUNTER

Bahan
1. Tanah
2. Biakan bakteri
3. Air steril
4. Media agar nutrien
Alat
1. Colony counter
2. Erlenmeyer 250 mL berisi 90 mL
air steril
Gambar 18.Cara yang standar mengocok
3. tabung steril berisi air steril 9 mL botol / tabung pengencer dengan
4. Pipet steril ukuran 1 mL siku diletakkan di atas meja
(Brown, 2009)

Prosedur Pelaksanaan
A. Menghitung populasi mikroorganisme tanah

1. Tandailah tabung a,b, c, d, e dst yang berisi aquadestilasi steril, tandai juga tiap
cawan petri dengan nilai pengencerannya
2. Untuk menghitung populasi mikroorganisme dalam tanah maka timbang tanah
seberat 10 g.
3. Masukkan tanah 10 g ke dalam erlenmeyer yang berisi air steril 90 mL.
4. Kocok erlenmeyer maupun tabung dengan cara seperti Gambar 4. Pastikan isi
telah homogen
5. Ambil 1mL dari erlenmeyer masukkan ke tabung a yang berisi 99 ml , kocok
tabung seperti yang dilakukan pada no 3. Ambil 1 ml dari botol a pindahkan ke

42
 tabung B, kocok. Ambil 1 mL dari erlenmeyer dengan menggunakan pipet yang
steril dengan cara seperti kerja terlihat pada Gambar 5, dan masukkan ke dalam
botol c dan kocok.
a. b. c. d.

Gambar 19. a. Ambil pipet pada bahagian pangkal dari dalam tabung atau yang
dibungkus kertas; b. Jangan pegang ujung pipet; c. Gunakan alat bantu
dalam memipet cairan, menyedot dengan mulut sangat berbahaya, dan
d. Pipet yang telah digunakan tidak dapat digunakan lagi (Brown, 2009)

Pindahkan 0,1 mL ke cawan petri

yang bertanda 10-5 dan 1 mL ke
cawan petri yang bertanda 10-4.
Lakukan hal yang sama sampai
diperoleh pengenceran 10-4 dan 10-
5
. Dari tabung d dipindahkan 0,1
mL ke cawan petri yang telah
diberi tanda 10-4, dan 0,1 mL dari
tabung e ke cawan petri yang telah Gambar 20. Tata cara pengenceran dan
diberi tanda 10-5 (Gambar 20) penyemaian (Brown, 2009)

6. Ambil botol yang berisi agar nutrient yang telah direbus selama 8 menit dan
didinginkan dalam water bath pada temperatur 500C selama 10 menit.
7. Tuangkan agar nutrien bersuhu 440C ke dalam cawan petri, kemudian putar
cawan petri dengan perlahan dengan gerakan searah jarum jam 5 kali dan
gerakan berlawanan arah jarum jam 5 kali, sehingga suspensi tercampur

43
8. Setelah agar membeku balikkan cawan petri dan masukkan ke dalam inkubator
selama 24-48 jam (370C). Tujuan pembalikan agar air kondensasi tidak jatuh
pada permukaan agar sehingga menyebabkan penyebaran koloni.
9. Hitung jumlah koloni pada lempengan
agar. Gunakan lempengan yang me-miliki
koloni sebanyak 30-300 koloni. Hitung
dengan menggunakan alat koloni kounter
(Gambar 7). Untuk menghindari terjadi
penghitungan dua kali pada koloni yang
sama gunakan hand kounter, atau cara yang
lain menandai koloni yang telah dihitung
dengan spidol. Pemberian tanda bukan pada
Gambar 21. Alat penghitung
kultur tetapi pada cawan yang diletakkan koloni (Brown,
terbalik. 2009)

10. Tentukan jumlah mikroorganisme hidup dengan cara mengkalikan jumlah

koloni dengan faktor pengenceran. Sebagai contoh :
Jika hasil penghitungan diperoleh 220 koloni bakteri pada tiap cawan yang
berasal dari 1,0 mL dengan pengenceran 1:1000000, maka populasi bakteri
adalah 220 x 1000000 (atau 2,1 x 108) Colony forming per unit (CPU) per
mL. Jika 220 koloni bakteri pada tiap cawan yang berasal dari 0,1 mL dengan
pengenceran 1:1000000, maka populasi bakteri adalah 220 x 1000000 x 10
(atau 2,1 x 108) CPU per mL.

B. Menghitung populasi biakan bakteri

1. Lakukan hal sama seperti poin 1 pada prosedur penghitungan populasi
mikroorganisme tanah
2. Kocok suspensi biakan yang akan dihitung jumlah bakterinya dan pindahkan 1
mL suspensi ke dalam tabung a yang berisi 9 mL air steril.
3. Lakukan hal sama seperti prosedur pada penghitungan populasi mikroorganisme
tanah.

44
 Nama :

LAPORAN KEGIATAN PRAKTIKUM Tanggal :

Kelompok :

Penghitungan mikroorganisme menggunakan koloni kounter

a. Masukkan hasil pengamatan ke dalam tabel berikut
Pengenceran mL biakan/tanah yang diberikan koloni

1:10 000 1,0

1:100 000 0,1

1:1 000 000 1,0

1:10 000 000 0,1

b. Berapa banyak sel per mL kultur dan tanah yang belum diencerkan ?

Nama praktikan :
NIM :
Group :
Tanda tangan asisten :

45
 Praktikum 7
KEANEKARAGAMAN MIKROBA

Mikroorganisme ditemukan di alam sebagai substrat atau berada di udara sebagai

kontaminan. Pada kondisi dimana kebutuhan makanan dan lingkungan cocok, mikroorganisme
akan berkembang dengan aktif. Ketika faktor makanan dan kebutuhan terbatas, perkembangan
mikroorganisme terhambat. Dan pada kondisi yang sangat tidak menguntungkan/ekstrim,
mikroorganisme dapat benar-benar mati. Di praktikum ini, praktikan akan menentukan
mikroorganisme yang terdapat pada kondisi yang berbeda-beda dengan menangkap sel yang
masih hidup dan membiakkan mikroorganisme di media biakan.

TUJUAN
- Untuk mengetahui keanekaragaman mikroorganisme.
- Untuk memperkenalkan pentingnya teknik aseptik.

BAHAN DAN ALAT

Bahan :
1. Piringan nutrient agar (NA) dan potato dextrose agar (PDA).
2. 1 buah cetakan kertas dengan diameter 25 cm2.
3. 0,1 % larutan Peptone.
4. Kapas steril.
5. Ethanol 70%.
6. Deterjen.

Alat :
1. Lampu bunsen.

46
METODE

1. Grup dengan maksimal 3 orang praktikan, masing-masing melakukan :

a) Biarkan piringan agar terbuka di udara, di dalam dan diluar laboratorium selama 5 menit.
b) Sentuh permukaan piringan agar dengan ujung jari, sebelum dan sesudah menyisir
rambut dengan tangan.
c) Sentuh permukaan piringan agar dengan ujung jari, sebelum dan sesudah , mencuci
tangan dengan deterjen.
d) Taburkan 1-2 tetes air leding di atas permukaan piringan agar dengan memutar piringan
dan menaburkan partikel halus tanah di atas permukaan piring lainnya.
2. Inkubasi piringan pada posisi telungkup, di dalam kantung plastik selama 24 jam dengan
temperatur 37°C.

HASIL
1. Bandingkan limpahan pertumbuhan relatif di atas piringan.
2. Pilihlah 3 koloni yang terisolasi dari pertumbuhan tersebut dan karakterkan berdasarkan
pada : batasan, tinggi, tekstur, dan warna.
3. Setiap praktikan memilih sebuah koloni untuk dimurnikan pada latihan 4.

PERTANYAAN
1. Dari sumber apakah mikroorganisme di piringan agar anda?
2. Bagaimana cara anda mengurangi kontaminasi yang berasal dari udara di dalam
laboratorium? Jelaskan!
3. Apakah setiap koloni mewakili sebuah biakan murni? Bagaimana anda membuktikan
jawaban anda?

47
PENGAMATAN

Gambar 1.

Gambar 1

Gambar 2.

48
 Gambar 3.

Gambar 4.
Nama praktikan :
NIM :
Group :
Tanta tangan asisten :

49
 Praktikum 8
MIKROBA BERMANFAAT BAGI PERTANIAN (RHIZOBIUM)

Di alam mikroorganisme akan berinteraksi dengan mikroorganisme lain maupun

tanaman. Salah satu jenis interaksi yang terjadi antara mikroorganisme dengan tanaman adalah
interaksi mutualisme. Interaksi mutualisme berarti mikroorganisme akan diuntungkan oleh
kehadiran tanaman dan tanaman juga mnedapat keuntungan dari kehadiran mikroorganisme
tersebut. Dua jenis mikroorganisme yang menguntungkan dan telah dimanfaatkan oleh para
petani yaitu Rhizobium dan Mikoriza.

1. Isolasi Rhizobium
Tanaman kacangan (leguminosa) berbintil penyumbang nitrogen ke dalam biosfer.
Beijerinck warga Belanda orang pertama yang menemukan bakteri bintil akar yang
dinamakannya sebagai Bacillus radicicola, yang dimasukkan ke dalam genus Rhizobium dalam
buku manual Bergey.
Di dalam bintil akar ini terjadi fiksasi nitrogen dari udara, Di dalam bintil akar
terdapat sel bakteroid, dan di dalam bintil akar terproduksi enzim nitrogenase, juga terdapat
suatu pigmen merah yang mirip dengan hemoglobin darah yang disebut Leghemoglobin.
Faktor lingkungan seperti suhu, pH, unsur-unsur dan senyawa kimia tertentu dan
musuh alami dan parasit mempengaruhi populasi Rhizobium di dalam tanah. Untuk itu perlu
ada upaya menambahkan populasi rhizobium untuk meningkatkan suplai N ke dalam biosfer.
Walaupun Rhizobium bersimbiosis dengan tanaman leguminosa, namun bakteri ini bersifat
heterotrophik dan mampu menggunakan berbagai karbohidrat. Sehingga bakteri ini dapat
dikembangkan dalam media buatan.

Tujuan praktikum : agar mahasiswa trampil melakukan isolasi, dan membuat inokulum
Rhizobium

50
 ISOLASI RHIZOBIA DARI BINTIL AKAR

Bahan
- Bintil akar
- Senyawa HgCl2 0,1%
- Media tumbuh
Medium cair yang sering di gunakan adalah ragi Mannitol Cair dengan komposisi media:
K2HPO4 0,5 g
MgSO4 .7H2 O 0,2 g
NaCl 0,1 g
Manitol 10 g
Air Ragi 100 ml
Air Distilata 900 ml
Media ini diautoklaf pada suhu 1200C selama 15 menit.

Alat
- Tabung yang mempunyai nilon pada tutupnya yang satu atau alat lain yang diperlukan
untuk mencuci bintil tersebut .
- Autoklaf, laminar air flow, timbangan, jarum ose, bunsen

PROSEDUR
- Ambil bintil kemudian dicuci dengan baik dengan meletakkan bintil diatas kain tipis atau
kasa nilon atau tempat lain agar semua kontaminan dapat dihilangkan.
- masukkan kedalam 95 % etanol, selanjutnya celupkan ke dalam 0,1 % HgCl2 yang
diasamkan selama 1-30 menit tergantung ukuran bintil dan tingkat sterilisasi yang
diharapkan. Biasanya perendaman 3-4 menit sudah cukup. Sebagai alternatif HgCl2, dapat
pula digunakan 3-5% H2O2 dengan ini pencucian tidak diperlukan lagi. Cuci bersih
dengan air leding yang steril.
- Hancurkan atau potong bintil secara aseptic dan oleskan cairan yang menyerupai susu dari
bintil pada permukaan cawan yang berisi agar YEM yang mengandung 0,002 % aktidion
bila diperkirakan kontaminasi fungi cukup berat.
- Inkubasi pada 260C dan pilih koloni yang tumbuh baik secara terpisah disepanjang garis

51
 olesan yang menyerupai sifat-sifat rhizobium. Perlu diperhatikan dengan baik bahwa
walaupun kebanyakan spesies akan membentuk koloni yang cukup besar dan berlendir
setelah 4-5 hari, ada juga sampai 10 haripun tetap merupakan koloni yang kecil. Demikian
pula bahwa selain dari koloni yang berair, tembus cahaya atau putih opak, warna pink juga
ada.
- Ambil dari koloni yang terpisah baik yang dapat dipindahkan langsung pada agar miring
YEM atau bisa juga melalui penggoresan kembali pada cawan agar YEM dan baru
kemudian satu koloni yang tertpisah baik diambil. Dalam hal ini , lebih baik bila koloni
yang diambil dimasukkan kedalam tabung yang berisi air steril dan pasir bersih yang steril
sebelum penggoresan kedua.Perhatikan keseragaman bentuk koloni pada agar cawan dari
penggoresan kedua, ambil koloni yang tipikal dan goreskan pada agar YEM (agar miring).
- Beri label, catat tanggal isolasi dan nomori berdasarkan asalnya (tempat,tanaman
inang,orang yang mengisolasi,tanggal isolasi).

52
 PRAKTIKUM 9
MIKROBA BERMANFAAT BAGI PERTANIAN
(MIKROORGANISME SELULOTIK)

Residu tanaman seperti leguminosa memiliki kandungan N yang tinggi, mudah

melapuk. Tanaman yang muda yang belum mengandung lignin mudah melapuk dibandingkan
tanaman tua. Contoh dari mikroorganisme sllulotik adalah Chaetomium, Trichoderma (jamur),
Cellulomonas, Clostridium, (bakteri), Nocardia dan Steptomyces (Aktinomisetes). Langkah
awal yang dilakukan mikroorganisme adalah menghidrolisis secara enzimatik dari polimer
glukosa pada kompleks selulosa mengubahnya menjadi glucosa monomer. Langkah kedua dari
perombakan selulose meliputi metabolisme dari gula sederhana menjadi CO2 (aerob) atau asam
organik dan alkohol diikuti dengan CH4 danCO2(anaerob) yang secara simultan bergabung
dengan elemen C masuk kedalam protoplasma mikrobia.

Tujuan praktikum :
1. Mahasiswa trampil mengisolasi mikroorganisme selulotik
2. Mahasiswa mampu melakukan pengujian potensi mikroorganisme selulotik melalui
pengukuran konsentrasi enzim selulose

ISOLASI MIKROORGANISME SELULOTIK

Bahan
Sumber mikroba: yaitu mikroba berasal dari residu organik / kotoran hewan yang setengah
melapuk. Lokasi, waktu pengambilan dan jenis residu harus dijelaskan dalam laporan.
Alat
- Petridish steril
- Pipet steril
- Erlenmeyer 250 mL
- Sentrifusi, Inkubator, Laminar air flow, autoklaf, dan Rotary shaker

53
Tabel 1. Media untuk isolasi jamur selulotik (Martin Rose Bengal)
Bahan Jumlah
Glucose 10.0 g
Peptone 5.0 g
KH2PO4 1.0 g
MgSO4.7H2O 0.5 g
Rose bengal 33 mg
Streptomycin sulphate (10% solution) 3 mL
Agar 15.0 g
Distilled water 1L

PROSEDUR

1. Bahan disterilisasi menggunakan autoclave selama 30 menit pada temperatur 1210C.

Sumber mikroorganisme selulotik sebaiknya diambil pada bagian bawah dari tumpukan residu
bahan yang mengandung selulosa yang tinggi, sebagai contoh di tumpukkan jerami, tumpukan
tongkol jagung dll. Tujuannya agar keberhasilan isolasi lebih tinggi. Kemudian dilakukan
pengenceran.
2. Masukkan 1 g sumber isolat dalam tabung reaksi yang berisi air steril. Guncang tabung reaksi
tersebut menggunakan vortex test tube shaker untuk beberapa saat, sampai larutan homogen
3. Dinginkan media sampai temperatur 350C sebelum dituangkan pada petridish. Jangan lakukan
penuangan pada media yang temperaturnya sangat panas.
4. Setelah 3 – 5 hari inkubasi, amati kultur. Jika mikroorganisme yang tumbuh pada media kultur
lebih dari satu jenis maka lakukan purifikasi
5. Pekerjaan melakukan purifikasi dilakukan di dalam laminar air flow. Sebelum melakukan
purifikasi, media untuk tumbuh dalam petridish harus disediakan terlebih dahulu. Sesuai dengan
mikroorganisme yang akan dipurifikasi.

54
55