Anda di halaman 1dari 19

PENGATURAN EKSPRESI GEN PADA EUKARIOTIK

RQA

Disusun untuk memenuhi tugas matakuliah Genetika 2


Yang dibimbing oleh Prof. Dr. agr. Moh Amin, M. Si.

Disusun oleh:
Offering K
Kelompok 9

Delia Wahyu Pangesti 170342615524

Fitriana Hadayani 170342615514

UNIVERSITAS NEGERI MALANG


FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
September 2019
PENGATURAN EKSPRESI GEN PADA EUKARIOTIK
Seperti pada prokariota, ekspresi gen pada eukariota melibatkan transkripsi DNA menjadi
RNA dan terjemahan selanjutnya dari RNA itu menjadi polipeptida. Namun, sebelum
penerjemahan, sebagian besar RNA eukariotik “diproses.” Selama pemrosesan, RNA dibatasi
pada ujungnya 5, polyadenylated pada ujungnya 3, dan diubah secara internal dengan kehilangan
urutan intron bukan pengkodeannya. RNA prokariotik biasanya tidak menjalani modifikasi
terminal dan internal.
Pembagian sel eukariotik menjadi organel secara fisik memisahkan peristiwa ekspresi gen.
Peristiwa utama, transkripsi DNA menjadi RNA, terjadi padanukleus. Transkrip RNA juga
dimodifikasi dalam nukleus dengan capping, polyadenylation, dan penghilangan intron. RNA
kurir yang dihasilkan kemudian diekspor ke sitoplasma di mana mereka terkait dengan ribosom,
banyak di antaranya terletak pada membran retikulum endoplasma. Setelah dikaitkan dengan
ribosom, mRNA ini diterjemahkan menjadi polipeptida. Pemisahan fisik dari peristiwa ekspresi
gen ini memungkinkan regulasi terjadi di tempat yang berbeda. Regulasi dapat terjadi pada nukleus
di baik tingkat DNA atau RNA, atau di sitoplasma di tingkat RNA atau polipeptida.

TRANSKRIPSI DNA YANG DIKENDALIKAN

Kontrol transkripsi lebih kompleks pada eukariota daripada prokariota. Salah satu
alasannya adalah bahwa gen diasingkan dalam nukleus. Seperti pada prokariota, regulasi
transkripsional eukariotik dimediasi oleh interaksi proteinDNA. Positif dan negatif protein
regulator mengikat daerah DNA tertentu dan merangsang atau menghambat transkripsi. Sebagai
kelompok, protein ini disebut faktor transkripsi. Banyak jenis yang berbeda telah diidentifikasi,
dan sebagian besar tampaknya memiliki domain karakteristik yang memungkinkan mereka
berinteraksi dengan DNA.

PENCARIAN ALTERNATIF RNA

Sebagian besar gen eukariotik memiliki intron, daerah nonkode yang mengganggu urutan
yang menentukan asam amino polipeptida. Setiap intron harus dihapus dari Transkrip RNA suatu
gen agar urutan pengkodean diekspresikan dengan benar, proses ini melibatkan penyatuan kode
yang tepat urutan, atau ekson, menjadi RNA messenger. Pembentukan mRNA dimediasi oleh
organel nuklir kecil yang disebut spliceosomes. Intron ini dapat dihilangkan secara terpisah atau
dalam kombinasi, tergantung tentang bagaimana mekanisme splicing berinteraksi dengan RNA.
Jika dua intron berturut-turut dihapus bersama, ekson di antara mereka juga akan dihapus. Dengan
demikian, splicing memiliki kesempatan untuk memodifikasi urutan pengkodean RNA dengan
menghapus beberapa eksonnya. Fenomena penyambungan transkrip RNA dengan cara yang
berbeda rupanya cara menghemat informasi genetik.

KONTROL SIKLOPLASMIK DARI STABILITAS RNA MESSENGER

RNA Messenger diekspor dari inti ke sitoplasma sebagai templat untuk sintesis
polipeptida. Setelah di sitoplasma, mRNA tertentu dapat diterjemahkan oleh beberapa ribosom
yang bergerak secara berurutan, Jalur perakitan translasi Ini berlanjut sampai mRNA terdegradasi.
Degradasi adalah titik kontrol lain dalam keseluruhan proses ekspresi gen. MRNA yang berumur
panjang dapat mendukung banyak putaran sintesis polipeptida, sedangkan mRNA yang berumur
pendek tidak bisa. MRNA yang terdegradasi dengan cepat harus diisi ulang dengan transkripsi
tambahan; jika tidak, polipeptida yang disandikannya akan berhenti disintesis. Degradasi mRNA
yang cepat akan mencegah sintesis polipeptida yang tidak diinginkan. RNA Messenger yang
berumur panjang dapat dipengaruhi oleh beberapa factor contohnya faktor kimia, seperti hormon,
juga dapat mempengaruhi stabilitas mRNA. Pada katak Xenopus laevis, vitellogenin gen secara
transkripsi diaktifkan oleh hormon steroid estrogen. Namun, dalam Selain menginduksi transkripsi
gen ini, estrogen juga meningkatkan umur panjang mRNA-nya.

INDUKSI KEGIATAN TRANSKRIPSI OLEH LINGKUNGAN DAN FAKTOR


BIOLOGIS

Gen eukariotik dapat diinduksi oleh faktor lingkungan seperti panas dan oleh molekul
pemberi sinyal seperti hormon dan faktor pertumbuhan. Dalam studi tentang operon laktosa di E.
coli, Yakub dan Monod menemukan bahwa gen untuk metabolisme laktosa secara khusus
ditranskripsi ketika laktosa diberikan kepada sel.

SUHU: GEN KEJUTAN-PANAS


Ketika organisme mengalami tekanan suhu tinggi, mereka merespons dengan mensintesis
sekelompok protein yang membantu menstabilkan lingkungan seluler internal. Protein kejutan-
panas ini, ditemukan pada prokariota dan eukariota, adalah salah satu polipeptida yang paling
terkonservasi yang dikenal.
Induksi Transkripsi dari Gen Drosophila Hsp70 oleh Heat-Shock. HSE Terletak di antara 40 dan
90 Pasangan Basa di Bagian Atas Situs Inisiasi Transkripsi (Panah Bengkok).
Ekspresi protein sengatan panas diatur pada tingkat transkripsional; yaitu, stres panas
secara khusus menginduksi transkripsi gen yang mengkode protein ini. Transkripsi yang diinduksi
oleh panas dari gen hsp70 ini dimediasi oleh polipeptida yang disebut faktor transkripsi kejutan-
panas, atau HSTF, yang terdapat dalam inti sel Drosophila. Ketika Drosophila mengalami stres
akibat panas, HSTF secara kimiawi diubah oleh fosforilasi. Dalam keadaan yang diubah ini, ia
berikatan secara spesifik dengan sekuens nukleotida di hulu gen hsp70 dan membuat gen lebih
mudah diakses oleh RNA polimerase II, enzim yang menyalin sebagian besar gen penyandi
protein. Transkripsi gen hsp70 kemudian distimulasi. Urutan yang mengikat HSTF terfosforilasi
disebut elemen respon sengatan panas (HSE).
SINYAL MOLEKUL: GEN-GEN YANG MERESPON HORMONE

Pada eukariota multiseluler, satu jenis sel dapat memberi sinyal yang lain dengan
mengeluarkan hormon. Hormon bersirkulasi melalui tubuh, melakukan kontak dengan sel target
mereka, dan kemudian memulai serangkaian peristiwa yang mengatur ekspresi gen tertentu. Pada
hewan ada dua kelas hormon umum. Kelas pertama, hormon steroid, adalah molekul kecil yang
larut dalam lemak yang berasal dari kolesterol. Karena sifat lipidnya, mereka memiliki sedikit
atau tanpa kesulitan melewati membran sel. Hormon kedua yaitu hormon peptida, adalah rantai
linier asam amino. Seperti semua polipeptida lainnya, molekul-molekul ini dikodekan oleh gen.
Aktivitas transkripsi dapat disebabkan oleh banyak jenis protein lain bukan hormon dalam
pengertian klasik — yaitu, tidak diproduksi oleh kelenjar tertentu atau organ. Ini termasuk berbagai
molekul yang beredar dan bersirkulasi seperti faktor pertumbuhan saraf, faktor pertumbuhan
epidermal, dan faktor pertumbuhan turunan trombosit, dan molekul non-sirkulasi lain yang terkait
dengan permukaan sel atau dengan matriks antar sel. Meskipun masing-masing protein ini
memiliki kekhasan masing-masing, mekanisme umumnya mereka menginduksi transkripsi
menyerupai hormon peptida. Interaksi antara protein pensinyalan dan reseptor yang terikat
membran memulai suatu rantai peristiwa di dalam sel yang menghasilkan faktor transkripsi
spesifik yang mengikat ke gen tertentu, yang kemudian ditranskripsi.
1. Transkripsi hsp70gen dalam menanggapi peningkatan suhu dimediasi oleh sebuah faktor
transkripsi heat-shock.
2. Hormon steroid dan protein reseptornya membentuk kompleks yang bertindak sebagai
faktor transkripsi untuk mengatur ekspresi gen tertentu.
3. Hormon peptida berinteraksi dengan protein reseptor yang terikat membran untuk
mengaktifkan pensinyalan sistem yang mengatur ekspresi gen tertentu.
KONTROL MOLEKULER TRANSKRIPSI DALAM EUKARIOTA
Transkripsi gen eukariotik diatur oleh interaksi antara protein dan sekuens DNA dalam
atau dekat gen. Banyak penelitian saat ini tentang ekspresi gen eukariotik berfokus pada faktor-
faktor yang mengontrol transkripsi. Kontrol transkripsi ini sebagian disebabkan oleh
pengembangan teknik eksperimental yang memungkinkan aspek ini boleh untuk dianalisis secara
sangat rinci. Dalam prokariota dan eukariota, transkripsi adalah peristiwa utama dalam ekspresi
gen; karena itu merupakan level paling mendasar di mana ekspresi gen dapat dikendalikan.

URUTAN DNA YANG TERLIBAT DALAM KONTROL TRANSKRIPSI

Transkripsi dimulai pada promotor gen, wilayah yang dikenali oleh RNA polimerase.
Inisiasi transkripsi yang akurat dari promotor gen eukariotik membutuhkan beberapa protein
tambahan, atau faktor transkripsi basal. Masing-masing protein ini berikatan dengan urutan dalam
promotor untuk memfasilitasi penyelarasan RNA polimerase pada untai cetakan DNA. Transkripsi
gen eukariotik juga dikendalikan oleh berbagai faktor transkripsi khusus, seperti yang terlibat
dalam regulasi gen dan hormon yang diinduksi. Faktor-faktor ini mengikat elemen respons, atau,
lebih umum, pada urutan yang disebut “peningkat” yang terletak di sekitar gen. Faktor transkripsi
khusus yang berikatan dengan peningkat ini dapat berinteraksi dengan faktor transkripsi basal dan
RNA polimerase, yang berikatan dengan promotor gen.

Peningkat (enhancers) menunjukkan tiga sifat yang cukup umum: (1) mereka bertindak
atas jarak yang relatif besar — hingga beberapa ribu pasangan basa dari gen yang teregulasi; (2)
pengaruhnya terhadap ekspresi gen tidak tergantung pada orientasi — mereka berfungsi sama
baiknya dalam orientasi normal atau terbalik dalam DNA; dan (3) efeknya tidak tergantung pada
posisi — mereka dapat ditempatkan di hulu, hilir, atau dalam intron gen dan masih memiliki efek
mendalam pada ekspresi gen. Ketiga karakteristik ini membedakan enhancer dari promotor, yang
biasanya terletak tepat di hulu gen dan yang berfungsi hanya dalam satu orientasi.

Sebagian besar enhancers berfungsi pada jaringan spesifik; yaitu, mereka merangsang
transkripsi hanya pada jaringan tertentu. Di jaringan lain mereka diabaikan begitu saja. Contoh
yang jelas dari spesifisitas jaringan ini berasal dari studi gen kuning pada Drosophila. Gen ini
bertanggung jawab untuk pigmentasi di banyak bagian tubuh — di sayap, kaki, dada, dan perut.
Dari hasil banyak penelitian menunjukkan bahwa protein yang berikatan dengan enhancher
mempengaruhi aktivitas protein yang berikatan dengan promotor, termasuk faktor transkripsi basal
dan RNA polimerase. Kedua jenis protein dibawa ke dalam kontak fisik oleh sebuah kompleks
multimerik yang terdiri setidaknya 20 protein yang berbeda. Kompleks mediator ini tampaknya
membengkokkan DNA dengan sedemikian rupa sehingga protein yang terikat pada enhancher
disandingkan dengan yang terikat pada promotor. Dengan cara ini, maka, protein yang terikat pada
enhancher melakukan kontrol atas transkripsi, yang dimulai pada promotor.

PROTEIN YANG TERLIBAT DALAM KONTROL TRANSKRIPSI: FAKTOR


TRANSKRIPSI
Transkripsi eukariotik memiliki struktur yang dihasilkan asam amino dalam rantai
polipeptida. Salah satu strukturnya adalah zinc finger yang
memainkan peran penting dalam pengikatan DNA (Gambar
1.A), lingkaran peptida pendek yang terbentuk ketika dua
sistein di satu bagian polipeptida dan dua histidin di bagian
lain di dekatnya bersama-sama mengikat ion zinc, segmen
peptida antara dua pasang asam amino akan menonjol keluar
dari tubuh utama protein sebagai sejenis finger. Selain zinc
finger yaitu helix-turnhelix (Gambar 1.B), tiga heliks pendek
asam amino dipisahkan satu sama lain secara bergantian.
Analisis genetik dan biokimia menunjukkan bahwa segmen
heliks yang paling dekat dengan ujung karboksi diperlukan
untuk pengikatan DNA; heliks lain tampaknya terlibat dalam
pembentukan dimer protein. Motif helix-turn-helix
Gambar 1. Motif struktural mengandung 60 asam amino yang disebut homeodomain,
dalam berbagai jenis faktor
transkripsi. (A) Motif zinc dinamakan demikian karena terjadi pada protein yang
finger dalam faktor transkripsi dikodekan oleh gen homeosis Drosophila. Analisis klasik
mamalia SP1. (B) motif heliks
turn-helix dalam faktor telah menunjukkan bahwa mutasi pada gen dapat mengubah
transkripsi homeodomain. (C) nasib kelompok sel, misalnya, mutasi pada gen Antennapedia
Motif ritsleting leusin yang
memungkinkan dua polipeptida dapat menyebabkan antena berkembang sebagai kaki.
untuk dimerisasi dan kemudian Motif struktural ketiga, yang ditemukan dalam faktor-
berikatan dengan DNA. (D)
Motif helixloop-helix yang faktor transkripsi adalah leucine zipper, bentangan asam
memungkinkan dua polipeptida amino dengan leusin pada setiap posisi ketujuh (Gambar
untuk dimerisasi dan kemudian
berikatan dengan DNA. 1.C). Polipeptida dengan fitur ini dapat membentuk dimer
oleh interaksi antara leusin di masing-masing zipper regions
mereka. Biasanya, urutan zipper berdekatan dengan asam amino yang bermuatan positif. Ketika
dua zipper berinteraksi, daerah bermuatan ini menyebar ke arah yang berlawanan, membentuk
permukaan yang dapat mengikat DNA bermuatan negatif. Motif struktural keempat yang
ditemukan dalam beberapa faktor transkripsi adalah helix-loop-helix, bentangan dua daerah heliks
dari asam amino yang dipisahkan oleh loop nonhelical (Gambar 1.D). Daerah heliks
memungkinkan dimerisasi antara dua polipeptida. Kadang-kadang motif helix-loop-helix
berbatasan dengan asam amino basa (bermuatan positif), sehingga ketika dimerisasi terjadi, asam
amino ini dapat mengikat DNA bermuatan negatif. Protein dengan fitur ini dilambangkan sebagai
protein dasar HLH, atau bHLH.
Faktor transkripsi dengan motif dimerisasi seperti leucine zipper atau helix-loop-helix pada
prinsipnya dapat bergabung dengan polipeptida seperti mereka untuk membentuk homodimer,
atau mereka dapat bergabung dengan polipeptida yang berbeda untuk membentuk heterodimer.
Pada intinya, enhancer memiliki beberapa poin penting:
- Enhancer bertindak dengan orientasi-independen pada jarak yang cukup jauh untuk diatur
transkripsi dari promotor gen.
- Faktor-faktor transkripsi mengenali dan mengikat urutan DNA spesifik dalam peningkat.
- Faktor transkripsi memiliki motif struktural yang khas seperti zinc finger, helix-turn-helix,
leucine zipper, dan helix-loop-helix.

PERATURAN POSTTRANSKRIPSIONAL
TENTANG EKSPRESI GEN OLEH RNA
INTERFERENCE
Biasa terjadi pada level transkripsi, penelitian
terbaru menunjukkan bahwa mekanisme
posttranskripsional juga memainkan peran penting
dalam mengatur ekspresi gen eukariotik. Beberapa
mekanisme ini melibatkan RNA kecil dan bukan
pengkodean. Dengan berpasangan dengan urutan
target dalam molekul mRNA, RNA kecil ini
mengganggu ekspresi gen. Oleh karena itu, jenis
regulasi gen posttranskripsi ini disebut interferensi
RNA, sering disingkat RNAi.

JALUR RNAi
Gambar 2: interferensi DNA Fenomena interferensi RNA, yang dirangkum
dalam Gambar 2, melibatkan molekul RNA kecil
yang disebut RNA interfering pendek (siRNAs) atau microRNAs (miRNAs). Molekul-molekul
ini, 21 hingga 28 pasangan basa panjang, dihasilkan dari molekul RNA yang lebih besar dan
beruntai ganda oleh aksi enzimatik protein yang merupakan endonuklease spesifik RNA yang
digandakan. Dalam sitoplasma, siRNA dan miRNA menjadi dimasukkan ke dalam partikel
ribonukleoprotein. SiRNA untai ganda atau miRNA dalam partikel-partikel ini tidak terurai, dan
salah satu untaiannya dihilangkan. Untai tunggal RNA yang masih hidup kemudian dapat
berinteraksi dengan molekul mRNA tertentu. Interaksi ini dimediasi oleh pasangan-basa antara
untai tunggal RNA dalam kompleks RNA-protein dan urutan pelengkap dalam molekul mRNA.
Karena interaksi ini mencegah ekspresi gen yang menghasilkan mRNA, partikel RNA-protein
disebut RNA-Induced Silencing Complex (RISC). RISC dari berbagai organisme bervariasi dalam
ukuran dan komposisi. Namun, mereka semua mengandung setidaknya satu molekul dari keluarga
protein Argonaute.

Sumber RNA Pendek Interferen Dan MicroRNA


Beberapa molekul RNA kecil yang menginduksi RNAi berasal dari transkrip gen microRNA.
Gen-gen ini, biasanya dilambangkan dengan simbol mir, ditemukan di genom berbagai jenis
eukariota; sekitar 100 gen mir hadir di Genom C. elegans dan Drosophila, dan sekitar 250 terdapat
dalam genom vertebrata. Awalnya, beberapa gen ini diidentifikasi melalui analisis mutasi itu
mengubah regulasi gen lain. Ketika gen mir ditentukan oleh mutasi ini dianalisis pada tingkat
molekuler, mereka ditemukan memiliki sedikit atau tidak ada proteincoding potensi. Sebaliknya,
mereka memiliki struktur yang aneh. Masing-masing berisi peregangan pendek nukleotida diulang
dalam orientasi berlawanan di sekitar intervensi pendek segmen DNA. Ketika ditranskripsi,
struktur pengulangan terbalik ini menghasilkan sebuah RNA yang dapat dilipat kembali pada
dirinya sendiri untuk membentuk batang untai ganda pendek di pangkalan dari loop beruntai
tunggal. Enzim yang disebut Drosha mengenali ini batang-loop wilayah dan mengeluarkannya dari
transkrip utama gen mir. Yang dibebaskan batang-loop kemudian diekspor ke sitoplasma di mana
ia dibelah oleh Dier untuk membentuk sebuah miRNA. Dalam C. elegans, di mana proses ini
ditemukan, Dicer menghapus loop dan memotong batang dengan panjang 22 nukleotida pada
masing-masing untaiannya. Setelah jatuh tempo dalam RISC, miRNA beruntai tunggal dapat
menargetkan urutan dalam mRNA diproduksi oleh gen lain.
Beberapa RNA yang menginduksi RNAi berasal dari transkripsi unsur-unsur lain dalam
genom seperti transposon dan transgen, dan mereka juga berasal dari virus RNA. Cara-cara di
mana jenis-jenis gangguan RNA ini terbentuk tidak sepenuhnya dipahami. Beberapa aspek dari
transposon, transgen, atau RNA virus menandainya sebagai tidak biasa. Pada tumbuhan dan
nematoda, RNA yang tidak biasa ini dapat disalin ke dalam molekul RNA komplementer oleh
enzim yang dikenal sebagai RNA polimerase (RRP). Jika untai RNA komplementer tetap
berpasangan dengan templat dari mana ia dibuat, molekul RNA untai ganda yang dihasilkan dapat
dipotong dadu menjadi siRNA oleh enzim Dicertype; kemudian, siRNA yang diproduksi oleh
Dicer dapat memasuki jalur RNAi dan menargetkan populasi RNA yang awalnya memunculkan
mereka. Dengan cara ini, RNA yang berpotensi menyusahkan yang berasal dari transposon,
transgen, atau virus dapat ditargetkan untuk represi atau degradasi.

GENE EXPRESSION DAN CHROMATIN ORGANIZATION

Kromosom eukariotik terdiri dari bagian yang hamper sama dari DNA dan protein, secara
kolektif materi ini kromatin, kromatin memiliki krakteristik yang bervariasi sepanjang kromosom.
Di beberapa tempat, misalnya histones, yang merupakan sebagian besar protein dalam kromatin,
diasetilasi, sebagian nukleotida dalam DNA dimetilasi.

EUKROMATIN DAN HETEROKROMATIN

Variasi kepadatan kromatin dalam inti sel enyebabkan pewarnaan diferensial bagian
kromosom. Heterokromatin merupakan material berwarna coklat sedangkan eukromatin
merupakan material berwarna cerah dan berpasangan. Sebagian besar gen eukarotik terletak di
euchromatin, ketigan gn euchromatin dialihkan ke lingkungan heterokromatik, cenderung
berfungsi tidak normal bahkan bias tidak berfungsi sama sekali, gangguan ini dapat menciptakan
karakteristik normal dan mutan pada individu yang sama (position effect variegation)variabilitas
dalam fenotipe disebabkan oleh perubahan posisi gen eukromatik, khususnya dengan
memindahkannya ke heterokromatin.
Contoh position effect variegation telah ditemukan di Drosophila,Alel white mottled
adalah contoh yang baik. Dalam hal ini, alel tipe-liar dari gen white telah dipindahkan dengan
inversi, dengan pemutusan di dekat lokus putih euchromatik dan yang lainnya dalam
heterokromatin basal dari kromosom X. Penataan ulang ini mengganggu ekspresi normal gen white
dan menyebabkan fenotipe mata berbintik seperti digambar Tampaknya, gen putih euchromatic
tidak dapat berfungsi dengan baik di lingkungan heterokromatik.
Perilaku gen white pada lalat dengan kromosom X menunjukan bahwa ekspresi gen dapat
dipengaruhi oleh kondisi yang tidak mengubah urutan nukleotida gen, gen white diekspresikan
dalam beberapa bercak mata (patched aye), tetapi tidak pada gen yang lain. Seperti yang kita
ketahui sekali kondisi ini terbentuk maka akan terwariskan, Karena kondisi ini ditumpangkan pada
struktur dasar gen white, kami mengatakan bahwa mereka bersifat epigenetik. Awalan bahasa
Yunani "epi" berarti "di atas," dan di sini digunakan untuk menyampaikan gagasan bahwa keadaan
diwariskan selain dari urutan gen yang sebenarnya mengatur ekspresi gen. Dalam hal ini, keadaan
epigenetik yang diwariskan melibatkan beberapa aspek organisasi kromatin di dekat gen white
yang direposisi.
ORGANISASI MOLEKULER DARI DNA YANG TETRANSKRIPSI SECARA AKTIF

Pada tahun 1976, Mark Groudine dan Harold Weintraub berdemonstrasi bahwa DNA aktif
transkripsi lebih sensitif terhadap DNase I daripada DNA yang tidak ditranskripsi. Groudine dan
Weintraub melakukan percobaan dengan sel darah ayam dan menemukan bahwa lebih dari 50
persen DNA -globin yang dimiliki telah dicerna oleh enzim DNase I, dibandingkan dengan hanya
10 persen dari ovalbumin DNA. Ini menunjukan bahwa gen yang ditranskripsi secara aktif lebih
"terbuka" untuk menyerang nuclease. Penelitian berikunya menunjukkan bahwa sensitivitas
nuclease transkripsigen aktif bergantung pada setidaknya dua protein non-histone kecil, HMG14
dan HMG17 (HMG untuk grup mobilitas tinggi, karena mereka memiliki mobilitas tinggi selama
dalam gel elektroforesis). Ketika protein ini dikeluarkan dari kromatin aktif, sensitivitas
hilang,ketika mereka ditambahkan lagi,maka disimpan.
Perawatan kromatin terisolasi dengan konsentrasi DNase I yang sangat rendah
menyebabkan DNA membelah di beberapa titik tertentu, tepat disebut titik DNase I hipersensitif .
Beberapa titik ini telah terbukti terletak di bagian hulu transkripsi gen aktif, baik di daerah
promotor atau yang lebih tinggi.
CHROMATIN REMODELING
Eksperimen yang menilai sensitivitas DNA terhadap pencernaan DNAse I telah
menetapkan bahwa DNA yang ditranskripsi lebih mudah diakses dari serangan nuklease daripada
DNA yang tidak ditranskripsi. Dalam DNA yang ditranskripsi, nukleosom diubah oleh kompleks
multiprotein yang pada akhirnya memfasilitasi aksi RNA polimerase. Perubahan nukleosom dalam
persiapan untuk transkripsi disebut remodeling kromatin. Dua tipe umum kompleks kromatin-
renovasi telah diidentifikasi. Satu jenis terdiri dari enzim yang mentransfer gugus asetil ke asam
amino lisin pada posisi tertentu di histone nukleosom. Sebagai kelas, enzim ini disebut histone
acetyl transferases (HATs).
Jenis lain dari kompleks pemodelan ulang kromatin mengganggu struktur nukleosom di
sekitar promotor gen. Kompleks yang paling banyak dipelajari dari kompleks ini adalah kompleks
SWI/SNF yang ditemukan di ragi roti. Kompleks ini dinamai untuk dua jenis mutasi (switching-
inhibited dan sukrosa nonfermenter) yang mengarah pada penemuan protein penyusunnya.
Kompleks SWI/SNF terdiri dari setidaknya delapan protein yang mengatur transkripsi dengan
menggeser octone histone sepanjang DNA terkait dalam nukleosom; itu juga dapat mentransfer
octamers ini ke lokasi lain pada molekul DNA.
METILASI DNA

Modifikasi kimia nukleotida juga tampaknya penting untuk regulasi gen pada beberapa
eukariota, terutama mamalia. Dari sekitar 3 miliar pasangan basa dalam genom mamalia yang
khas, sekitar 40 persen adalah pasangan basa G: C, dan sekitar 2 hingga 7 persen di antaranya
dimodifikasi dengan penambahan gugus metil ke sitosin. Sebagian besar sitosin teretilasi
ditemukan dalam pasangan-pasangan basa dengan struktur:
5’ mC pG 3’
3’ GpCm 5’
mC menunjukkan methylcytosine dan p antara C dan G menunjukkan ikatan fosfodiester
antara nukleotida yang berdekatan di setiap untai DNA. Struktur ini sering disingkat dengan
memberikan komposisi satu untai, dengan demikian, mCpG. Metukleat CpG dinukleotida dapat
dideteksi dengan mencerna DNA dengan enzim restriksi yang peka terhadap modifikasi kimiawi
dari situs pengenalan mereka. Sebagai contoh, enzim HpaII mengenali dan memotong urutan
CCGG; Namun, ketika sitosin kedua dalam urutan ini dimetilasi, HpaII tidak dapat memotong
urutan. Jadi, DNA teretilasi dan tidak termetilasi memberikan pola fragmen restriksi yang berbeda
ketika dicerna dengan enzim ini.
IMPRINTING

Analisis molekuler baru-baru ini telah menunjukkan bahwa tanda yang mengkondisikan
ekspresi suatu gen adalah metilasi satu atau lebih dinukleotida CpG di sekitar gen. Dinukleotida
teretilasi ini pada awalnya dibentuk pada germin orang tua. Misalnya, gen Igf 2 dimetilasi dalam
germ betina tetapi tidak pada garis kuman jantan. Pada saat pembuahan, gen Igf 2 yang termetilasi
secara maternal dikombinasikan dengan gen Igf 2 yang tidak termetilasi dari pihak ayah. Selama
embriogenesis, keadaan teretilasi dan tidak termetilasi dipertahankan setiap kali gen bereplikasi.
Karena gen yang dimetilasi diam, hanya gen Igf 2 yang dikontribusikan oleh ayah yang
diekspresikan pada hewan yang sedang berkembang. Fakta bahwa beberapa gen dimetilasi dalam
satu jenis kelamin tetapi tidak pada jenis lainnya menyiratkan bahwa faktor-faktor spesifik jenis
kelamin mengendalikan mesin metilasi.

Keterangan:
1. Alel gen Igf2 dicetak dalam garis induk germ —
dimetilasi dalam garis kuman betina dan tidak
termetilasi dalam garis kuman jantan.
2. Alel yang tercetak dari gen Igf2 dari masing-
masing orangtua digabungkan dalam zigot saat
pembuahan.
3. Selama perkembangan jaringan somatik, alel yang
berkontribusi maternal tetap dimetilasi sedangkan
alel yang berkontribusi paternal tetap tidak
termetilasi. Alel yang dimetilasi dan dikontribusikan
secara maternal diam.
Gambar 3: Etilasi dan pencetakan gen 4. Selama pengembangan garis germ, jejak metilasi
Igf2 pada tikus. Gen dimetilasi pada dihapus.
wanita tetapi tidak pada pria.
5. Metilasi dibangun kembali selama oogenesis,
tetapi tidak selama spermatogenesis.
PENGENDALIAN HORMON DARI EKSPRESI
Komunikasi antar seluler merupakan fenomena yang sangat penting pada tumbuhan dan
hewan tingkat tinggi. Sinyal yang berasal dari berbagai kelenjar dan / atau sel sekretori beberapa
cara merangsang jaringan target atau sel target untuk mengalami perubahan dramatis pada pola
metabolisme mereka. Perubahan-perubahan ini sering termasuk perubahan pola diferensiasi yang
mengubah pola ekspresi gen.
Hormon steroid adalah molekul yang relatif (berat molekul sekitar 300) dengan struktur
empat cincin terkonjugasi yang disintesis dari kolesterol. berbagai hormon steroid memiliki rantai
samping dan pola ikatan yang berbeda di dalam cincin. perbedaan ini memungkinkan mereka
untuk dikenali oleh berbagai protein reseptor yang ada dalam sitoplasma berbagai sel target.
Hormon peptida seperti insulin dan hormon steroid seperti estrogen dan mewakili dua jenis
sistem sinyal yang digunakan dalam komunikasi antar sel. Pada hewan yang lebih tinggi, hormon
disintesis dalam berbagai sekretori khusus yang bergantung, setidaknya dalam beberapa kasus sel
aktif dan dilepaskan ke dalam aliran darah. Hormon peptid biasanya tidak memasukkan sel karena
ukurannya yang mudah dirinci. Efek mereka tampaknya dimediasi oleh protein reseptor yang
terletak pada selaput selaras dan tingginya amps siklik intraselular. Hormon steroid, di sisi lain,
adalah molekul kecil yang mudah memasukkan sel melalui selapas plasma. Sel pada sel target
yang dapat diproses, hormon steroid menjadi terikat secara ketat untuk protein reseptor tertentu.
Hadir primin resin ini hadir hanya di sitoplasma sel target (contoh diferensiasi sel pada tingkat
molekuler.
AKTIVASI TRANSKRIPSI DENGAN HORMON STEROID
Studi autoradiografi menggunakan hormon steroid berlabel radioaktif telah menunjukkan
bahwa kompleks protein reseptor bormo dengan cepat menumpuk di inti sel target. Studi awal oleh
G. Tomkins dan rekan kerja pada tikus dan oleh B. W. Omalley dan rekan-rekan pada ayam telah
memberikan bukti bahwa kompleks protein hormon-heverton ini mengaktifkan transkripsi gen
tertentu atau gen, Studi berikutnya telah menunjukkan bahwa setidaknya beberapa kompleks
protein hormon reseptor hormon ini mengaktifkan transkripsi gen target dengan mengikat urutan
DNA spesifik yang ada di daerah pengatur cis dari gen. Hipotesis lain adalah bahwa kompleks
protein reseptor hormon berinteraksi dengan protein kromosom non-histone spesifik.
Bukti awal bahwa protein kromosom nonhistone dapat mengontrol keadaan transkripsi gen
tertentu diperoleh oleh J. Stein, G. Stein, dan L Kleinsmith. Histon disintesis, seperti DNA, selama
fase S dari siklus sel. Ketika kromatin dari sel fase-S (fase sintesis DNA) ditranskripsi in vitro,
MRNA bistone disintesis. Ketika kromatin dari fase Gi (periode setelah selesainya mitosis, tetapi
sebelum S) digunakan, tidak ada MRNA histone yang disintesis. Ketika nonhiston dihilangkan
dari Grphase chromatin dan diganti dengan protein kromosom nonhistone dari Sphase chromatin,
dan kromatin yang dilarutkan ini dititipkan secara in viro, histone MRNA disintesis. Di sisi lain,
dimana nonhistones dalam chromatin yang dilarutkan berasal dari sel fase G dan DNA dan histone
berasal dari sel fase S, tidak ada MRNA histone yang disintesis. Hasil ini menunjukkan bahwa
protein non-histone dalam chro-matin menentukan apakah gen yang mengkode nada untuk
transkripsi. Karena itu, nampaknya protein kromosom nonhistone berperan penting dalam regulasi
ekspresi gen pada otoma eukari. Regulasi transkripsi pada eukariota mungkin melibatkan interaksi
spesifik antara histone DNA, dan protein kromosom nonhistone. Bukti kuat yang mendukung
interaksi langsung antara sekuens pengatur kompleks dan cis-acting dari gen target tersedia untuk
glukokortikoid (yang mensimulasikan peningkatan kadar gula darah), estrogen (yang merangsang
pengembangan jenis kelamin wanita) phenocype), dan hormon thyrofd (yang mengontrol laju
metabolisme basal) pada hewan yang lebih tinggi.

HORMON GLUKORTIKOID BERTINDAK SEBAGAI ELEMEN PENAMBAH

Mamalia menghasilkan sejumlah besar hormon steroid berbeda menginduksi sejumlah


besar perubahan metabolisme pada sel yang berbeda dari berbagai jaringan. Seringkali, hormon
steroid yang diberikan akan memiliki efek berbeda pada tipe sel yang berbeda. Meskipun
mekanisme yang digunakan sebagian besar hormon steroid masih belum diketahui, hormon steroid
spesifik seperti glukokortikoid (Kortisol) dan estrogen (B-estradiol) telah terbukti mengaktifkan
gen target spesifik melalui interaksi yang dimediasi protein dengan urutan peraturan cis-acting.
Urutan cis-acting ini biasanya disebut enhancer meskipun berbeda dari enhancer klasik dalam hal
mereka mempengaruhi transkripsi dari promotor terdekat hanya ketika kompleks protein reseptor
hormon terikat padanya.
Hormon glukokortikoid memberikan contoh yang terdokumentasi terbaik dari ekspresi gen
yang diaktifkan hormon steroid. Efek hormon glukokortikoid telah dianalisis dengan
menggunakan hormon sintetis yang disebut dexamethasome. Ketersediaan hormon sintetis ini
telah memfasilitasi persiapan substrat hormon berlabel untuk studi lokalisasi dan mengikat dan
untuk studi in vitro pada transkripsi gen target yang dikloning. Hormon glukokortikoid bertindak
dengan pertama-tama mengikat protein reseptor yang ada dalam sitoplasma sel target. Kompleks
protein reseptor hormon kemudian terakumulasi dalam inti sel dan berikatan dengan sekuens DNA
spesifik yang disebut elemen respons glukokortikoid (GREs). Dengan tidak adanya hormon,
protein reseptor dikaitkan dengan protein sitoplasma lain dan memiliki afinitas rendah terhadap
DNA. Bukti yang ada menunjukkan bahwa protein sitoplasma yang terkait mencegah protein
reseptor dari membentuk dimer, yang diyakini sebagai bentuk aktif, pengikatan DNA dari reseptor.
Agaknya, pengikatan hormon menyebabkan perubahan konformasi allosterik pada protein reseptor
sehingga tidak lagi berikatan dengan protein sitoplasma. protein reseptor kemudian dapat
dimerisasi menjadi bentuk aktifnya.
Kompleks reseptor hormon glukokortikoid mengaktifkan transkripsi gen target dengan
mengikat urutan GRE dalam peningkat yang terletak di dekat masing-masing gen. Pengikatan
reseptor hormon ke penambah pada gilirannya mengaktifkan promotor gen target yang berdekatan.
Karena mekanisme yang digunakan peningkat untuk merangsang transkripsi gen yang merespons
masih belum pasti, tahap terakhir dalam aktivasi hormon ini dari ekspresi gen masih harus
dijelaskan. Jelas, pengikatan kompleks hormon-reseptor ke penambah harus entah bagaimana
menghasilkan promotor terbuka yang memfasilitasi pemuatan dan transkripsi RNA polimerase.
Kemungkinan besar ini melibatkan beberapa mekanisme peningkatan pelepasan dua untai DNA
di wilayah promotor, tetapi bagaimana tepatnya hal ini terjadi tidak diketahui.
ECDISONE DAN KROMOSOM “PUFFS” DI FLIESI

Pada awal larval negara bagian di D. melarogaster, the pulfts yang ada sebelum pengobatan
ecdy sone regress, dan sejumlah kecil gumpalan asap baru dalam 5 menit setelah perawatan ini
mulai memakan waktu beberapa jam dan sekitar 100 hingga 100 butir peluru baru muncul. Dengan
menggunakan inhibitor sintesis protein, seperti cyclohea ide, formasi Bentuk "akhir" gumpalan itu
telah ditunjukkan untuk membutuhkan sintesis protein setelah pengobatan eksterior, "mula-mula"
berbentuk pengisap debu dalam bentuk sintesis protein yang tidak ada. Ini menunjukkan bahwa
"akhir" ecdy. Pola yang diinduksi janin adalah dipicu oleh satu atau lebih protein yang dikodekan
oleh gen transkrip yang disintesis di "early" puffs Selain menggambarkan efek dari hormon steroid
pada ekspresi gen, pola-pola yang dihasilkan ecdysone-induced menunjukkan bukti adanya pola
yang telah diprogram dalam pernyataan jin di uekaryotes.

ECDYSONE DAN CHROMOSOME “PUFFS” PADA LALAT


Kromosom raksasa kelenjar ludah tertentu pada lalat dipteran, seperti spesies Drosophila
dan Chironous, pita-pita kromosom individu mengalamiperubahan morfologis yang mencolok
pada waktu tertentu selama perkembangan. Pita individual memperluas dalam difusi, pewarnaan
yang kurang disebut sebagai “puffs”; fenomena ini mengacu pada ”puffing”. Setiap puff mewakili
segmen kromosom dalam keadaan sangat luas untuk memfasilitasi transkripsi gen atau gen
residen. Dengan cara hibridisasi in situ dan autoradiografi puff telah ditunjukkan mengandung
sekuens DNA yang komplemen dengan sekuens RNA yang terapat dalam sisntesis baru mRNA
sitoplasmik.
Selama pengembangan lalat dipteran, steroid hormon ecdysone dilepaskan dan memicu
molting. Pola kromosom saliva yang sangat spesifik terjadi selama pergantian bulu ini. Jika larva
D. melanogaster dan C. tentans dirawat dengan ecdysone pada tahap perkembangan sebelum atau
di antara molting, terjadi pola puffing yang identik dengan yang terjadi pada molting alami. Pola
puffing berurutan yang diinduksi ecdysone ini memberikan demonstrasi meyakinkan tentang efek
hormon steroid terhadap ekspresi gen. Pola puffing yang diamati sangat spesifik dan sepenuhnya
dapat diulang dari eksperimen ke eksperimen.
Selama keadaan perkembangan larva awal pada D. melanogaster, puffs yang ada sebelum
regresi pengobatan ecdysone, dan sejumlah kecil puff baru terbentuk dalam waktu 5 menit setelah
perawatan. Puffs awal ini mengalami kemunduran dalam beberapa jam dan sekitar 100-125
embusan baru muncul. Dengan menggunakan penghambat sintesis protein, seperti sikloheksimida,
pembentukan puff "akhir" telah terbukti membutuhkan pembentukan puff "akhir" telah terbukti
membutuhkan sintesis protein setelah perawatan ecdysone. Namun, Puff "awal" terbentuk dengan
tidak adanya posstreatment sintesis protein. Ini menunjukkan bahwa pola puff yang diinduksi oleh
ecdysone "akhir" dipicu oleh satu atau lebih banyak protein yang dikodekan oleh transkrip gen
disintesis dalam pufis "awal". Selain menggambarkan efek steroid hormon pada ekspresi gen, yang
diinduksi ecdysone pola puff memberikan bukti keberadaan pola ekspresi gen terprogram pada
eukariot.
QNA
Delia Wahyu Pangesti (170342615524)
1. Jelaskan tentang transkripsi yang dikendalikan !?
Kontrol transkripsi lebih kompleks pada eukariota daripada prokariota. Salah satu
alasannya adalah bahwa gen diasingkan dalam nukleus. Seperti pada prokariota, regulasi
transkripsional eukariotik dimediasi oleh interaksi proteinDNA. Positif dan negatif protein
regulator mengikat daerah DNA tertentu dan merangsang atau menghambat transkripsi.
Sebagai kelompok, protein ini disebut faktor transkripsi. Banyak jenis yang berbeda telah
diidentifikasi, dan sebagian besar tampaknya memiliki domain karakteristik yang
memungkinkan mereka berinteraksi dengan DNA.
2. Sebutkan 3 sifat Peningkat (enhancers)!?
Peningkat (enhancers) menunjukkan tiga sifat yang cukup umum: (1) mereka bertindak
atas jarak yang relatif besar — hingga beberapa ribu pasangan basa dari gen yang
teregulasi; (2) pengaruhnya terhadap ekspresi gen tidak tergantung pada orientasi —
mereka berfungsi sama baiknya dalam orientasi normal atau terbalik dalam DNA; dan (3)
efeknya tidak tergantung pada posisi — mereka dapat ditempatkan di hulu, hilir, atau dalam
intron gen dan masih memiliki efek mendalam pada ekspresi gen. Ketiga karakteristik ini
membedakan enhancer dari promotor, yang biasanya terletak tepat di hulu gen dan yang
berfungsi hanya dalam satu orientasi.

Fitriana Hadayani (170342615514)

1. Sebutkan dan jelaskan macam motif terstruktur dalam berbagai jenis faktor transkripsi!
Jawab: (1) zinc finger, berperan dalam pengikatan DNA. Adanya lingkaran peptida
pendek yang terbentuk ketika dua sistein di satu bagian polipeptida dan dua histidin di
dekatnya mengikat ion zinc, segmen peptida antara dua pasang asam amino akan menonjol
keluar dari tubuh utama protein sebagai sejenis finger. (2) helix-turnhelix, analisis genetik
dan biokimia menunjukkan bahwa segmen heliks yang paling dekat dengan ujung karboksi
diperlukan untuk pengikatan DNA, pembentukan dimer protein. (3) leucine zipper,
membentuk dimer oleh interaksi antara leusin di setiap zipper regions. (4) helix-loop-helix,
bentangan dua daerah heliks dari asam amino yang dipisahkan oleh loop nonhelical, adanya
daerah heliks memungkinkan dimerisasi antara dua polipeptida. Terkadang motif helix-
loop-helix berbatasan dengan asam amino basa (bermuatan positif), sehingga ketika
dimerisasi terjadi, asam amino ini dapat mengikat DNA bermuatan negatif.

2. Mengapa dalam jalur RNAi dapat tidak terekspresinya gen yang menghasilkan mRNA?
Jawab: Karena adanya interaksi antara RNA single-helix dengan mRNA tertentu
yang dimediasi oleh pasangan-basa antara RNA single-helix dalam kompleks RNA-
protein dan urutan pelengkap dalam molekul mRNA, sehingga interaksi ini dapat
mencegah ekspresi gen yang menghasilkan mRNA, partikel RNA-protein yang disebut
RNA-Induced Silencing Complex (RISC).