Anda di halaman 1dari 12

REGULASI EKSPRESI GEN PADA PROKARIOT

Resume, Question and Answer


Untuk memenuhi tugas matakuliah Genetika 2
yang diampu oleh Bapak Prof. Dr. Mohamad Amin, S.Pd., M.Si. dan Bapak
Andik Wijayanto, S.Si, M.Si.

Disusun Oleh :
Kelompok 15 Offering C 2017
Diani Feralia Ramadhani 170341615038
Dorris Ningtyas Bidarsis 170341615113

UNIVERSITAS NEGERI MALANG


FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
PROGRAM STUDI S1 PENDIDIKAN BIOLOGI
Agustus 2019
REGULASI EKSPRESI GEN PADA PROKARIOT

Bakteria seperti bakteri Escheriscia coli ada di berbagai kondisi


lingkungan. Sebagai contoh, sel Escheriscia coli dapat tumbuh ketika kondisi
mereka berpindah dari saluran usus mamalia ke sistem saluran pembuangan
sungai yang tercemar, danau, kolam dan sebagainya. Masing-masing kekayaan
ekologi ini akan menyediakan molekul organik yang berbeda yang akan
digunakan sebagai sumber energi. Organisme telah berevolusi dengan beradaptasi
dengan berbagai lingkungan. Informasi yang tersedia menunjukkan bahwa
sebagian besar prokariota seperti Escheriscia coli memiliki kapasitas luar biasa
untuk beradaptasi.

Sampai taraf tertentu, kemampuan adaptasi bakteri dan prokariota lain


tergantung pada kemampuan mereka “menghidupkan” dan “mematikan” ekspresi
gen tertentu sebagai respon terhadap tuntutan lingkungan. Dengan kata lain,
organisme ini menunjukkan kemampuan yang mencolok untuk mengatur ekspresi
gen tertentu dalam menanggapi sinyal lingkungan. Ekspresi gen tertentu
“dihidupkan” ketika produk-produk gen diperlukan untuk pertumbuhan dalam
lingkungan tertentu. Ekspresi gen “dimatikan” ketika produk mereka tidak lagi
diperlukan untuk petumbuhan di lingkungan yang ada. Kemampuan suatu
organisme untuk mengatur ekspresi gen dengan cara ini akan meningkatkan
“ketahanan tubuh” secara keseluruhan (kemampuannya untuk tumbuh dan
berkembangbiak di berbagai kondisi lingkungan). Sintesis transkrip gen dan
produk transkripsi membutuhkan pengeluaran energi yang cukup besar. Dengan
mematikan ekspresi gen ketika produk mereka tidak diperlukan, suatu organisme
dapat menghindari pemborosan energi dan dapat memanfaatkan energi yang
dilestarikan untuk mensintesis produk yang memaksimalkan tingkat pertumbuhan
di lingkungan yang ada.

Gen-gen tertentu, misalnya gen yang menentukan RNAs, protein


ribosomal dan transfer RNAs, dapat diekspresikan pada suatu waktu di hampir
semua sel tanpa mempedulikan kondisi lingkungan. Produk dari gen-gen ini
diperlukan untuk pertumbuhan semua sel di semua lingkungan. Namun, produk
dari gen lain diperlukan untuk pertumbuhan hanya di lingkungan tertentu, dan
ekspresi gen ini diatur sedemikian rupa sehingga produk disintesis hanya ketika
diperlukan. Akibatnya, ekspresi gen-gen ini secara terus-menerus “dihidupkan”
dan “dimatikan” sebagai respons terhadap perubahan-perubahan di lingkungan.
Ternyata, ekspresi gen dapat diatur pada beberapa tingkatan berbeda, misalnya
traskripsi, pemrosesan RNA, pergantian mRNA, transisi dan fungsi enzim.
Namun, data menunjukkan bahwa transkripsi regulasi adalah mode yang paling
penting dari kontrol ekspresi gen, setidaknya dalam prokariota.

INDUKSI DAN REPRESI PADA PROKARIOT

Induksi adalah karakteristik jalur katabolik(degradatif). Represi adalah


karakteristik dari jalur metabolik(biosintesis). (a) Induksi sintesa enzim yang
diperlukan untuk pemanfaatan gula laktosa sebagai sumber energi dalam
Escheriscia coli diilustrasikan. Dengan tidak adanya laktosa di lingkungan, sel-sel
Escheriscia coli hanya mensintesis sejumlah kecil laktosa menggunakan enzim.
Ketika sel ersebut ditransfer ke lingkungan yang mengandung laktosa sebagai
satu-satunya sumber karbon (terjadi pada waktu yang ditunjukkan oleh panah
berlabel laktosa ditambahkan), sintesis enzim yang yang diperlukan untuk
katabolisme laktosa diinduksi dengan cepat (dihidupkan). (b) Represi sistesis
enzim yang diperlukan untuk biosintesis triptofan di Escheriscia coli
diilustrasikan. Ketika triptofan tidak ada di lingkungan, sel Escheriscia coli
mensintesis enzim yang diperlukan untuk biosintesis triptofan. Jika triptofan
ditambahkan ke lingkungan sel tersebut (misal pada waktu yang ditunjukkan oleh
panah berlabel triptofan ditambahkan), sintesis enzim biosintetik triptofan dengan
cepat ditekan (dimatikan).

MODEL OPERON

Regulasi gen yang mengkode enzim yang diperlukan untuk pemanfaatan


laktosa di Escheriscia coli, Jacob dan Monod mengusulkan bahwa transkripsi satu
atau satu set gen struktural yang bersebelahan (gen yang mengkode polipeptida)
diatur oleh dua elemen pengontrol (Gambar 14.2a). Salah satu elemen ini yang
disebut gen regulator (atau gen represi), kode untuk protein yang disebut penekan,
dibawah kondisi yang sesuai, represor mengikat kedua elemen operator (atau
urutan operator). Operator selalu terletak berdekatan dengan gen struktural atau
gen yang ekspresinya diatur.

Model operon untuk regulasi ekspresi gen. Diagram menunjukkan


komponen-komponen penting dari regulasi yang ditentukan oleh model operon.
Operon terdiri dari satu atau lebih gen struktural (tiga-SG1, SG2,dan SG3-
ditampilkan acak) dan operator yang bersebelahan dengan urutan promoter.
Promoter for the Operon (PO) adalah situs dimana RNA polimerase harus
mengikat untuk memulai transkripsi struktur. Operator (O) adalah situs dimana
protein represor yang merupakan produk dari regulator gen (atau gen represor)
yang terikat.

LAC, OPERON YANG DIINDUKSI

Operon lac berisi promoter, operator dan tiga gen struktural z, y dan a,
yang mengode enzim B-galaktosidase, B-galaktoside permease dan B-galaktoside
transacetylase. B-galaktosidase memungkinkan “memompa” laktosa ke dalam sel,
dimana B-galaktosidase membelahnya menjadi glukosa dan galaktosa. Fungsi
transetilase masih belum jelas. Gen pengatur lac, yang ditunjuk gen i, mengode
untuk penekanan yang panjangnya 360 asam amino.

Gambar : Operon lac Escheriscia coli, sebuah operon yang diinduksi.

Operon lac terdiri dari tiga gen struktural, z, y dan a, ditambah daerah
promoter (P) dan operator (O) yang berdampingan dengan gen z. Gen regulator (i)
berdekatan dengan operon dalam pelindung lac. Gen regulator dari operon lain
sering terletak pada jarak yang cukup jauh dari operon. (Gen regulator biasanya
tidak dianggap sebagai bagian dari operon, yang terdiri dari gen struktural
ditambah ditambah promoternya dan operator).

Bentuk aktif dari represor lac, tetramer berisi empat salinan gen (i).
Dengan tidak adanya induser, represor berikatan dengan urutan operator lac,
mencegah RNA polimerase dari pengikatan promoter dan mentransformasikan
gen struktural. Beberapa molekul z, y dan a produk gen disintesis dalam keadaan
tidak terinduksi, memberikan tingkat aktivitas enzim yang rendah.

TRP, OPERON YANG DAPAT DITEKAN

Operon trp (Tryptophan) dari Escheriscia coli mungkin adalah operon


yang dapat ditekan yang hanya diketahui leh Jest. Represor trp operon adalah
produk dari gen trp, yang tidak terikat erat dengan operon trp. Dengan tidak
adanya triptofan (co-represor), RNA polimerase mengikat ke daerah promoter dan
menyalin gen struktural dari operon. Di hadapan triptofan, kompleks co-represor /
represor mengikat ke wilayah operator dan mencegah pengikatan RNA
polimerase ke promoter (Gbr. 14.5). Laju transkripsi operon trp dalam keadaan
derepresi (tidak adanya triptofan) 70 kali laju yang terjadi dalam keadaan represi
(terdapat triptofan).
Gambar : Organisasi dari operon tryptophan (trp) dari Escheriscia coli
(Salmonella typhimurium trp operon pada dasarnya identik).

Operon berisi lima gen struktural yang menyandikan enzim yang terlibat
dalam biosintesis tryptophan. Gen trp yang mengode represor, bukan operon.
Operator (O) wilayah operon trp, terletak sepenuhnya didalam wilayah promoter
utama (P). Ada juga promoter yang lemah (P2), pada ujung operator distal gen
trpD, yang menghasilkan tingkat transkripsi konstitutif gen trpC, B dan A yang
agak meningkat. Ada dua urutan pemutusan transkripsi (t dan t’) hilir dari wilayah
trpL menentukan urutan utama RNA panjang 162 nukleotida. Berisi attenuator (a)
wilayah kontrol yang tersedia tingkat kedua dari ekspresi trp operon.

KONTROL POSITIF OPERON LAC OLEH CAP DAN SIKLIK AMP

Gambar : Pembentukan molekul pengatur siklik AMP (Adenosine-3’,5’-Phospat)


dari ATP oleh aksi enzim adenylcyclase.

Siklik AMP mengikat protein CAP; kompleks CAP-CAMP kemudian


berikatan dengan situs CAP dari promoter lac, menstimulasi pengikatan RNA
polimerase untuk mengikat promoter lac. Represi katabolit dari operon lac
sekarang diketahui dimediasi melalui kontrol transkripsi via kontrol positif oleh
proten regulator bernama CAP (Catabolite Activator Protein) dan molekul efektor
kecil yang disebut siklik AMP (Adenosine-3’,5’-Phospat). CAP juga terdang
disebut siklik protein reseptor AMP. (1) Satu untuk RNA polimerase dan (2) situs
kompleks CAP-CAMP.

Promoter terdiri dari dua komponen (1) Situs yang mengikat protein
aktivator katabolit (CAP) siklik AMP (cAMP) kompleks dan (2) Situs pengikatan
RNA polimerase. Titik antara sekuens rantai nukleotida (di situs penikatan CAP-
CAMP) menunjukkan pusat simetri dari sekuens pasangan nukleotida yang
terbaca hampir sama di kedua arah (ditunjukkan oleh bar pararel).

REGULASI KOMPLEKS DARI ara Operon

Sebagian besar mekanisme dari lac dan trp operon dalam proses
regulasinya didukung oleh badan ekstensif. Selain itu, operon seperti arabinose
(ara) operon dari E.coli menghasilkan pola yang kompleks dari sebuah system
regulasi yang belum sepenuhnya dimengerti. Arabinose (ara) operon dari E.coli
mengandung tiga gen structural yaitu araB, araA, dan araD yang mengkode tiga
enzim dalam proses katabolisme arabinose. Tiga gen tersebut ditranskripsikan
pada mRNA tunggal yang menginisiasi promoter yang diebut PBAD. Transport
aktif dari arabinose ke dalam sel dibawa oleh produk gen araE, araF, dan araG.
Ketiga gen tersebut berlokasi cukup jau dari araBAD operon.

Gambar: Komponen ara operon

Regulasi protein utama dari ara operon diproduksi dari transkrip yang
menginisiasi promoter yang disebut Pc yang letaknya lebih dari 100 nukleotida
dari PBAD, tetapi kedua promoter menginisiasi transkripsi dalam arah yang
berlawanan. araC protein bertindak sebagai negative regulator (penekan) pada
transkripsi dari araB, araA, dan araD gen structural dari promoter PBAD dalam
kondisi tidak adanya arabinose dan siklik AMP (CAMP). Dan bertindak sebagai
positif regulator dari transkripsi dari ketiga gen tersebut dari promoter PBAD dalam
kondisi adanya arabinose dan siklik AMP (CAMP).

Sejak ara operon menjadi subjek dalam proses penekanan katabolisme


seperti lac operon, induksi dari ara operon bergantung pada efek regulator positif
yaitu protein araC dan CAP. Binding sites untuk kedua protein dan RNA
polymerase tampak lokasinya pada daerah ara operon berasal yang dinamakan
araI (berlokasi di antara tiga gen structural yang operon dan gen regulator (araC).
Penemuan yang mengejutkan dari para ahli bahwa represi dari ara operon
bergantung pada pusat bersatunya protein araC pada lokasi yang disebut araO2.
Untuk saat ini, model yang diterima dari represi ara operon bahwa protein araC
harus membentuk ikatan sebagai dimer pada kedua lokasi baik araI maupun
araO2 yang kemudian protein tersebut membentuk ikatan bersama yang
membentuk DNA Loop. Represi normal tidak akan terjadi jika terjadi
penambahan atau pengurangan pasangan nukleotida. Saat struktur loop terbentuk,
struktur tersebut harus dijaga dengan cara binding dari RNA Polimerase pada
promoter berdekatan PBAD dari operon. Adanya arabinose dan cAMP membuat
ara operon terinduksi. Arabinose-araC kompleks protein dan cAMP CAP
kompleks harus membuka loop dengan mengikat pada araI site. Dan pada
gilirannya harus mengizinkan RNA polymerase untuk binding pada PBAD dan
menginisiasi transkripsi dari gen structural ara.

Gambar: Beberapa macam proses yang terjadi pada ara operon


Represi Lambda Prophage Selama Lisogeni

Gen C1 dari fag lambda dimana kode untuk repressor. Ada dua daerah
operator yaitu Ol (untuk transkripsi dengan arah ke kiri) dan OR (untuk
transkripsi dengan arah ke kanan) tumpang tindih dengan sekuen promotor pada
RNA polymerase dan menginisasi transkripsi dari gen yang mengontrol
pertumbuhan litik. Interaksi dari repressor lambda dengan sekuen DNA, O LPl dan
ORPR.

Delesi yang menghilangkan bagian dari trPl menghasilkan peningkata


dari ekspresi trp operon. Efek dari proses delesi ini berupa represi secara
independen, peningkatan terjadinya fase represi dan derepresi. Tingkatan kedua
dari regulasi trp operon disebut pelemahan dan sekuen dengan trPl yang
mengontrol fenomena ini disebut attenuator. Pelemahan terjadi dengan
mengontrol terminasi dari transkripsi pada lokasi dekat dengan ujung sekuen
mRNA yang pertama. Terminasi premature dari transkripsi trp operon hanya
terjadi ketika ada triptofan dan menghasilkan 140 nukleotida. Pada gambar 14.11a
signal terminasi mengandung GC diikuti dengan beberapa pasangan basa AT.
Transkripsi dari signal terminasi menghasilkan RNA baru dengan potensi
membentuk ikatan hydrogen struktur “hairpin”. Saat transkrip baru membentuk
struktur hairpin tersebut, dipercaya menyebabkan konformasi regulasi yang
berasosiasi dengan RNA polymerase. Bagaimana proses ini akan diregulasikan
dengan ada atau tidaknya tryptophan?

 Pertama, perlu diingat kembali bahwa proses transkripsi dan translasi


terjadi secara bersamaan pada prokariotik
 Kedua, perlu dicatat bahwa 162 nukleotida leader sekuens dari trp operon
mRNA mengandung sekuens yang dapat membentuk ikatan membentuk
struktur sekunder
 Ketiga, pada leader sekuen mengandung kodon inisiasi translasi AUG
diikuti dengan 13 kodon untuk asam aminoooo dan diikuti juga oleh
kodon terminasi tranlasi UGA
 Keempat, peptide leader mengandung dua residu tryptophan. Dua kodon
Trp di posisi tidak adanya tryptophan. Ribosom akan menjadi terhenti
sebelum memasuki pasangan basa yang dibentuk . Sedangkan adanya
tryptophan, ribosom dapat menerjemahkan sebelum kodon Trp ke leader
peptide pada kodon terminasi. Adanya tryptophan seringkali menjadikan
terminasi pada attenuator mengurangi jumlah dari mRNA untuk gen
structural trp.

INHIBISI UMPAN BALIK DAN ENZIM ALOSTERIK

Adanya konsentrasi produk akhir yang mencukupi (seperti histidin dan


tryptophan) pada jalur biosintesis yang akan menghasilkan penghambatan pada
enzim pertama di jalur biosintesis disebut feedback inhibition. Ikatan bagian atas
pada produk akhir yang dipercayai dapat melalui perubahan pada konformasi
disebut transisi alosterik.

SEKUEN SEMENTARA DARI EKSPRESI GEN SELAMA INFEKSI


PADA FAG

Regulasi ekspresi gen selama siklus hidup litik dari bakteriofag sedikit
berbeda dari karakteristik buka tutup pada operon bakteri. Seperangkat gen dari
fag biasanya disebut gen “early” yang diekspresikan seketika saat terjadi infeksi
pada seperangkat gen berikutnya. Pada sel fag T7 yang telah terinfeksi, gen “early”
ditranskripkan dari RNA Polimerase E.Coli. Salah satu gen “early” yang
mengkode untuk T7 RNA polymerase dimana kemudian ditranskripkan. Bacillus
subtilis fag SP01 memiliki lebih kompleks jalur dari sekuen ekspresi gen yang
melibatkan tiga set dari gen yang disebut gen “early”, middle, late yang merujuk
pada waktu yang mereka perlukan selama siklus reproduksi dari fag.

QUESTION AND ANSWER

1. Diani Feralia (170341615038)


Bagaimana mekanisme proses regulasi pada represor profag lambda ketika
ada tidaknya komponen tryptophan?
Jawaban :
 Dengan tidak adanya tryptophan dalam proses regulasi, maka ribosom
akan menjadi terhenti sebelum memasuki pasangan basa yang dibentuk .
Sedangkan adanya tryptophan, ribosom dapat menerjemahkan sebelum
kodon Trp ke leader peptide pada kodon terminasi. Adanya tryptophan
seringkali menjadikan terminasi pada attenuator mengurangi jumlah dari
mRNA untuk gen structural trp.
2. Diani Feralia (170341615038)
Bagaimanakah jika pada proses represi normal ara operon terjadi delesi
atau insersi pasangan nukleotida?
Jawaban :
Karena pada saat terjadi delesi atau insersi pasangan nukleotida akan
memutar salah satu protein araC pada binding site sehingga hal ini
menyebabkan kesulitan pada dimer araC untuk melakukan pengikatan
dengan araI maupun araO2 untuk berinteraksi membentuk loop yang
dibutuhkan untuk proses represi.
3. Dorris Ningtyas Bidarsis (170341615113)
Berapa kali laju transkripsi operon trp dalam keadaan derepresi? Mengapa
demikian?
Jawaban : Laju transkripsi operon trp dalam keadaan derepresi (tidak
adanya triptofan) 70 kali laju yang terjadi dalam keadaan represi (terdapat
triptofan). Dengan tidak adanya triptofan (co-represor), RNA polimerase
mengikat ke daerah promoter dan menyalin gen struktural dari operon. Di
hadapan triptofan, kompleks co-represor / represor mengikat ke wilayah
operator dan mencegah pengikatan RNA polimerase ke promoter.
4. Dorris Ningtyas Bidarsis (170341615113)
Apa fungsi dari operon trp dari Escheriscia coli?
Jawaban : Organisasi dari operon tryptophan (trp) dari Escheriscia coli
(Salmonella typhimurium trp operon pada dasarnya identik). Operon berisi
lima gen struktural yang menyandikan enzim yang terlibat dalam
biosintesis tryptophan. Gen trp yang mengode represor, bukan operon.
Operator (O) wilayah operon trp, terletak sepenuhnya didalam wilayah
promoter utama (P).