PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA

PBL BLOK 1.1 (BIOMEDIK)

ISOLASI DNA

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS ANDALAS
PADANG
2019
1
 DAFTAR NAMA DOSEN DAN TENDIK
BAGIAN BIOKIMIA

NO NAMA KETERANGAN
1 Prof. Dr. Eti Yerizel, MS Dosen
2 dr. Husnil Kadri, M.Kes Dosen
3 Dra. Yustini Alioes, Msi, Apt Dosen
4 dr. Hirowati Ali, PhD Dosen
5 dr. Rauza Sukma Rita, PhD Dosen
6 Dr. Dessy Arisanty, MSc Dosen
7 Prof.dr.H.Fadil Oenzil, PhD, SpGK Dosen LB
8 dr. Susila Sastri,M.Biomed Dosen LB
9 Yusniati Tendik (PLP)
10 Pitdawati Tendik (Administrasi)

2
 TATA TERTIB DALAM RUANGAN PRAKTIKUM

1. Dalam ruangan harus pakai baju jas praktikum dan dilarang

makan/minum/merokok dan HP harus dimatikan. Bila perlu HP dapat
digunakan diluar ruangan atas pembimbing

2. Selama Praktikum Ketua Group membagi tugas pada anggotanya.

3. Setiap Group didampingi oleh pembimbing dan setiap mahasiswa akan

ditanya tentang praktikum / teori yang terkait dengan materi praktikum
.
4. Kesulitan / ketidak pahaman penggunaan cara kerja alat-alat dsb.
Dapat ditanyakan pada analis . pembimbing

5. Dilarang mengisap cairan keras (Seperti as. Klorida, sulfat, nitrat,

asetat, amoniak, NaOH, dsb) dengan pipet. Gunakan pipet filter atau
yangsejenis. Hati-hati dengan bahan yang mudah terbakar

6. Buanglah sisa asam/basa keras kedalam westafel setelah diencerkan

dengan air. Sisa atau sampah buangan tidak boleh dibuang kedalam
westafel, buanglah kedalam tempat sampah yang telah disediakan.

7. Untuk menghindari bahan-bahan keras yang bersifat inhalasi, botol-

botol harus dalam keadaan tertutup kembali. Bila kontak dengan
bahan-bahan racun/bahaya/korosif, bilas saja dengan air sebanyak-
banyaknya dan lapor pada pembimbing

8. Selesai praktikum bersihkan lagi alat-alat dan meja praktikum

9. Semua prosedur/hasil praktikum/jawaban pertanyaan dibuat dalam

suatu laporan yang lengkap dan rapi per mahasiswa dan ditulis
dengan tangan sendiri.

Bagian Biokimia

3
 FORMAT LAPORAN PRAKTIKUM

Laporan Praktikum harus mencakup:

1. PRINSIP

2. TEORI

3. TUJUAN

4. ALAT DAN BAHAN

5. PROSEDUR / SKEMA KERJA

6. HASIL

7. KESIMPULAN

4
 Praktikum Isolasi DNA (Bagian Biokimia FK Unand)

DNA merupakan salah satu material genetik makluk hidup. Untuk

mempelajari DNA suatu organisme, maka DNA perlu diisolasi. Prinsip utama
dalam isolasi DNA yakni penghancuran (lisis), pemisahan DNA dari bahan
padat seperti selulosa pada tumbuhan atau protein (ekstraksi) dan pemurnian
(purifikasi). Untuk mengekstraksi maka dilakukan sentrifugasi. Sentrifugasi
merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul
komponen dari sampel yang akan diisolasi.

Tujuan :

1. Mahasiswa mengetahui cara mengisolasi DNA/RNA

2. Mahasiswa memahami bahwa DNA sebagai rantai ganda dan RNA

sebagai rantai tunggal, dan membawa gugus asam amino yang akan
menentukan jenis/sifat protein yang dihasilkannya

3. Mahasiswa memahami bahwa DNA yang didapat dari praktikum ini

mengandung berjuta gen sebagai pembawa materi genetik yang
berkaitan dengan kondisi fisiologi dan patofisiologis.

4. Mahasiswa memahami bahwa DNA sebagai pembawa materi genetik

dapat mengalami mutasi sehingga mengubah fungsi dari suatu protein
yang dihasilkannya

Alat dan bahan

- Darah - Mikropipet 1000 uL, 200 uL,

- Regent Trizol 10 uL
- Kloroform - Mikrotube
- Sodium Citrate 0.1 M - Tip 1000, 200 dan 10 uL
- NaOH 8 mM - Vaccutainer
- EtOH 100 %
- EtOH 75 %
- EtOH 10 %
- Sentrifuse

5
Prosedur kerja Isolasi DNA
1. Siapkan jaringan/darah/sel (kultur)
2. Sampel darah : 1 ml darah ditambahkan trizol 1 ml (1:1). Kemudian di
homogenize (dengan cara membolak balikkan tube perlahan).
3. Sentrifus 12.000xg selama 5 menit, suhu sentrifus 4-100C (tujuannya:
untuk disosiasi lemak dalam plasma)
4. Setelah sentrifus, inkubasi dalam suhu ruangan selama 5 menit
(tujuannya : disosiasi lemak yang lebih maksimal)
5. Tambahkan 200 µl (0,2 ml) kloroform. Inkubasi 2-3 menit.
6. Setelah inkubasi, sentrifuse 12.000xg selama 15 menit, pada suhu
40C.
7. Akan terlihat cairan terpisah dengan batas yang jelas : lapisan bawah:
berwarna merah dan lapisan atas jernih.
8. Setelah tahap No.7 : pada lapisan bawah tube (berwarna merah)
9. Tambahkan 100% etanol sebanyak 300 µl.
10. Dihomogenisasi, dengan membolak balik tube, supaya lysate merah
tercampur dengan 100% etanol tersebut.
11. Inkubasi dalam suhu ruangan selama 2-3 menit.
12. Kemudian sentrifus selama 5 menit pada 2.000 x g pada suhu 40C
13. 13.Setelah sentrifus, buang supernatant sehingga tinggal pellet saja.
14. Tambahkan 0,1M sodium citrate dalam 10% ethanol pH 8,5, sebanyak
1 ml.
15. Inkubasi selama 30 menit dalam suhu ruangan.
16. Sentrifus selama 5 menit pada 2000xg dengan suhu 40C
17. Kemudian, buang supernatant, hanya tinggal pellet.
18. Setelah itu pellet didilusi dengan 2 ml 75% etanol untuk purifikasi.
19. Sentrifuse selama 5 menit pada 2000xg dengan suhu 40C
20. Buang supernatant. Kemudian pellet dikeringkan(diangin-anginkan).
Kemudian didilusi dengan 8mM NAOH sebanyak 300 µl
21. Kemudian disentrifus selama 10 menit dengan 12000 x g suhu 40C
(tujuan: untuk membuang material yang tidak diinginkan) .
22. Setelah sentrifuse, pindahkan supernatant ke tube yang baru .
Supernatan ini mengandung DNA, jangan dibuang.
23. Hasil isolasi DNA dapat dilihat dengan elektroforesis dan mengetahui
konsentrasi hasil isolasi dengan menggunakan NanoDrop.

TOTAL WAKTU PENGERJAAN : 57 menit

6