Biologi Tanah PDF
Biologi Tanah PDF
Abstrak
Selulosa adalah polimer yang tersusun dari rantai monomer glukosa melalui ikatan
β(1→4). Rumput gajah (Pennisetum purpureum Schaum) mengandung 22% selulosa. Penelitian ini
bertujuan untuk mengisolasi, purifikasi dan karakterisasi bakteri aerob pendegradasi serasah
selulosa dari daun rumput gajah dengan mengikuti kunci Determinasi Bergeys Manual. Pada
penelitian ini diperoleh 5 isolat yang cenderung masuk ke 3 Genus yaitu Flavobacterium (PP 127-
A dan PP 141-A), Lampropedia (PP 146-A), dan Halomonas (PP 79-D dan PP 91-A). Dari uji
Hidrolysis Capacity (HC) dan degradsi in vivo (penurunan berat kering) maka diketahui bahwa
isolat PP127-A adalah isolat yang memiliki ratio HC tertinggi dan penurunsn berat kering
terbanyak, kemudian diikuti oleh isolat bakteri yang lain.
Tabel 2.3 Pembagian CMC berdasarkan kualitas dan pemanfaatannya (Heinze, 2005)
Kelompok kualitas
Contoh penggunaan Kandungan CMC (%) Kandungan garam (%)
dari CMC
Ditergents, mining
Technical < 75 > 25
flotation
Oil and gas drilling
Semi-purifed 75-85 15-25
muds
Paper coating, textile
sizing and printing,
Purired > 98 <2
ceramic glazing, oil
drilling muds
Food, toothpate,
Extra purified > 99,5 < 0.5
pharmaceuticals
Pada CMC ada 2 istilah yang sering dan 0,7) tidak efektif digunakan sebagai
digunakan yaitu Degree of Polimeritation CMC, sehingga disarankan menggunakan
(DP) dan Degree of Substitution (DS). DP CMC dengan DS 0,9 terutama pada
menunjukkan seberapa panjang atau berapa pengukuran aktifitas enzim selulase pada
monomer penyusun suatu rantai CMC. bakteri (Hankin and Anagnostakis, 1977).
Sedangkan DS menunjukkan seberapa Disarankan untuk menggunakan CMC
banyak gugus hidroksi pada selulosa yang dengan DS 1,2 untuk mendeteksi enzim
diganti dengan gugus lainya setiap 100 AGU selulase yang dihasilkan oleh
(anhydroglucopyranose unit(s)), range dari mikroorganisme yang diisolasi dari tanah dan
DS adalah 0-3. Semakin rendah DS maka air selokan (Hankin et al., 1974; Hankin and
akan semakin mudah mikroorganisme Sands, 1974 dalam Hankin and
mendegradasi CMC tersebut. Sehingga Anagnostakis, 1977). CMC dengan DS 0,4
semakin tinggi DS maka aktifitas enzim baik digunakan untuk mendeteksi enzim
hidrolisis seperti enzim selulase akan selulase pada beberapa fungi yang tidak
menunjukkan hasil yang semakin rendah. Hal dapat efektif mendegradasi CMC dengan DS
ini karena semakin tinggi DS maka terjadi 0,9. CMC dengan DS 0,9 dapat digunkan
resistensi CMC terhadap enzim untuk mendeteksi secara efektif enzim
selulase.Namun DS yang terlalu rendah (0,4 selulase pada semua mikroorganisme. Tidak
ada perbedaan yang nyata antara laju dan termofil. Fungi aerob yang dapat
degradasi CMC pada media padat dengan mendegradasi selulosa diantaranya adalah
media cair (Hankin and Anagnostakis, 1977). Trichoderma viride, Trichoderma reesi,
Hal ini dapat diduga karena enzim selulase Penicillium pinophilum, Sporotrichum
disekresikan pada lingkungan sekitar yang pulvelentum, Fusarium solani, Tolaromyces
mengandung selulosa. emersonii, dan Trichoderma koningii. Hanya
sedikit mikroorganisme yang digolongkan ke
2.5 Mikroorganisme Pendegradasi dalam kelompok seperti fungi termofilik
Selulosa (Bakteri Selulotik) aerobik ( Sporotrichum thermophile,
Bakteri pendegradasi karbohidrat Thermoascus aurantiacus, Chetomium
sering diisolasi dari tanah yang mengandung thermophile, Humicola insolens), fungi
seresah daun. Hal ini disebabkan karena mesofil anaerobik (Neocallimastix frontalis,
tanah mengandung bahan organik yang Piromonas communis, Sphaeromonas
relatif kaya dan terdapat seresah daun communis), bakteri mesofilik dan termofilik
mengandung polisakarida yang relatif aerobik (Cellumonas sp, celvibrio sp,
komplek. Kondisi tersebut menyebabkan Microbispora bispora, Thermomonospora
tanah dan seresah daun menjadi habitat yang sp),bakteri mesofilik dan termofilik
baik untuk berbagai mikroorganisme anaerobik (Acentivibrio cellulolyticus,
(William and Govind, 2003). Pada penelitian Bacteriodes cellulosolvent, Bacteriodes
yang dilakukan oleh Hatami et al., (2008) succinogenes, Ruminococcus albus,
diketahui bahwa jumlah bakteri yang berhasil Ruminococcus flavefaciens dan Clostridium
diisolasi pada tanah hutan lebih banyak termocellum). Bakteri pendegradasi selulosa
dibandingkan dengan yang berhasil diisolasi termofil dapat menghasilkan enzim selulase
pada lahan pertanian. Dari total bakteri yang yang relatif stabil (tahan pada kondisi asam
berhasil diisolasi juga diketahui bahwa atau basa dan pada suhu tinggi hingga 90°C)
jumlah total isolat bakteri pendegradasi (Bhat, and Bhat, 1997).
selulosa lebih banyak dibandingkan dengan Organisme dapat mendegradasi
yang diisolasi dari lahan pertanian. Hal ini selulosa dan menjadikan selulosa sebagai
terjadi karena terdapat perbedaan material sumber karbon tunggal yang secara ekologi
organik yang terdapat pada hutan dan lahan menjadi sangat penting, dan sebagian besar
pertanian. Hutan memiliki keanekaragaman proses degradasi selulosa terjadi dalam
material organik yang lebih tinggi keadaan aerob. Hanya 5-10% degrdasi yang
dibandingkan dengan lahan pertanian. berlansung secara anaerob. Bakteri selulotik
Pada penelitian yang dilakukan yang ditemukan terdapat pada filum
oleh Hatami et al., (2008) diketahui bahwa Thermotogae, Proteobacteria,
rata-rata pada ratio Hydrolisys Capacity (HC) Actinobacteria, Spirochaetes, Firmicutes,
isolat yang diisolasi pada lahan pertanian Fibrobacteres and Bacteroides. Diperkirakan
lebih besar dibandingkan dengan ratio HC 80% isolat yang diperoleh ditemukan pada
yang diisolat pada hutan. Ratio HC yang filum Firmicutes dan Actinobacteria dan
diperoleh pada hutan adalah 1,6 sedangkan mayoritas bakteri pendegradasi selulotik
pada lahan pertanian ratio HCnya adalah 2.1. Gram positif masuk ke dalam kelas
Hal ini menunjukkan bahwa isolat bakteri Clostridia dan genus Clostridium yang
pendegradasi selulosa pada lahan pertanian termasuk ke dalam Filum Firmicutes (Levin
memiliki potensi yang lebih besar et al., 2009).
dibandingkan dengan isolat bakteri yang Simbiosis antara hewan
diperoleh pada hutan untuk digunakan dalam (ruminansia) dan mikroorganisme adalah
mendegradasi material selulosa. hubungan yang saling menguntungkan.
Sellulosa adalah polimer Polimer karbohidrat tidak dapat dicerna oleh
karbohidrat yang terbanyak yang terdapat di kebanyakan hewan tetapi dapat dihidrolisis
alam (Han and Chen, 2007). Oleh karena itu dan difermentasi oleh mikroorganisme yang
mikroorganisme pendegradasi selulosa terdapat di rumen. Hasil akhir yang diperoleh
ditemukan di berbagai ekosistem. Enzim adalah asam lemak yang digunakan dalam
selulosa dapat dihasilkan oleh berbagai metabolisme rumennansia. Mikroorganisme
bakteri dan fungi, aerob dan anerob, mesofil pendegradasi selulosa yang terdapat pada
rumennasia antara lain adalah Butyrivibrio sp. E2, Piromyces rhizinflata, Prevotella
fibrisolvens, Fibrobacter succinogenes, ruminocola, Ruminococcus albus,
Neocallimastix frontalis, Neocallimastix Ruminococcus flavefaciens, dan Prevotella
patriciarum, Orpinomyces jayanii, albensis (Krause, et al. 2003).
Orpinomyces sp, Piromyces equi, Piromyces
Untuk mengokimalkan menghidrolisis secara acak ikatan pada serat
metabolisme bakteri pendegradasi selulosa selulosa (Wood, 1985). Hal ini
pada keadaan minimal nutrient, setiap bakteri mengakibatkan rantai polisakarida yang telah
mempunyai strategi yang berbeda-beda. terpotong (oligosakarida) mempunyai
Besar hasil akhir yang diperoleh pada proses panjang rantai yang berbeda-beda (Bhat,
degradasi tergantung kepada beberapa faktor 2000). Hasil dari hidrolisis serat sellulosa
yaitu pH, akses terhadap karbon (kecocokan adalah glukosa, cellobiose, cellotriose, dan
konformasi enzim dengan subtrat), reaksi oligosakarida yang lebih tinggi (Wood,
redok yang terjadi, konsentrasi produk. Dan 1985). Enzim endoselulase sangat aktif pada
untuk mengoktimalkan hasil yang diperoleh degradasi derivat selulosa seperti
maka diperlukan pengetahun tentang carboxymethylcellulose dan
genetika mikroorganisme yang digunakan, hydroxyethylcellulose, dalam degradasi ini
enzimatik, dan termodinamika dalam endoselulase bekerja sama dengan
mekanisme aliran karbon (karbon flow). exoselulase (Mattinen, 1998). Enzim
Detail pengetahuan mengenai hubungan eksoselllulase (EC 3.2.1.91) terdiri dari 1,4-
antara genome content, gen dan produk D-glucan glucanohydrolases (lebih dikenal
ekpresi gen, pathway utilization, dan hasil dengan cellodextrinases) dan1,4-D-glucan
akhir yang diperoleh akan sangat penting cellobiohydrolases (cellobiohydrolases).
untuk diketahui dalam degradasi selulosa Enzim eksoselulase adalah enzim yang aktif
(Levin et al., 2009). pada sisi crystalline selulosa (Mattinen,
1998). β-glucoside glucohydrolases lebih
2.6 Enzim Selulase dikenal sebagai β-glukosidase.
Di alam, enzim selulase ditemukan Cellobiohydrolyase, yang seing disebut
di berbagai ekosistem, terutama ditemukan dengan exoglucanse, adalah enzim
pada dekomposisi serasah daun pada tabah, pendegradasi selulosa yang ditemukan pada
hingga keadaan anaerobik pada rumenansia mayoritas fungi yang dapat mendegradasi
(Denman et al., 1996). selulosa (Wood, 1985). Cellobiohydrolyase
Sistem enzim sellulosa sangat dapat menghidrolisis microcrystalline namun
penting karena berperan dalam mengubah tidak dapat menghidrolisis CMC
sellulosa menjadi gula sederhana. Sellulosa (carboxymethylcellulose) (Kim and Kim,
relatif sulit diubah menjadi gula sederhana, 1995). β-glukosidase adalah enzim yang
namun jumlah sellulosa yang melimpah digunakan untuk menghidrolisis cellobiose
menjadikan sellulosa menjadi bahan yang dan pada beberapa kasus dapat
potensial untuk digunakan dalam produksi menghidrolisis cello-oligosakarida menjadi
bioetanol (Himmel et al.,1997 dalam glukosa. Enzim endogluconases dan β-
William and Govind, 2003). glukosidase dapat menghirolisis selulosa
Enzim sellulase terdiri dari enzim menjadi glukosa. β-glukosidase di butuhkan
Endosellulase , Eksosellulase, dan β- untuk menghidrolisis inhibitor cellobiose
glukosidase (tabel 2.1). Enzim selulase (Wood, 1985).
adalah enzim yang dapat mengkatalisis dan
menghidrolisis ikatan glukosidik pada
sellulosa (ikatan yang paling banyak di
sellulosa) (Bhat, 2000). Enzim endosellulase
(EC 3.2.1.4) terdiri dari satu jenis enzim
yaitu 1,4-D-glucan-4-glucanohydrolases
(Bhat dan Bhat, 1997 ; Wood, 1985).
Endoglucanases atau yang sering disebut
dengan CM-cellulases
(carboxymethylcellulose) atau Cx enzim,
Tabel 2.4 Jenis-jenis enzim selulase (Bhat dan Bhat, 1997) 3. Hidrolisis sellulosa
Jenis enzim Kode Sinonim Mekanisme 4. Transfer sellodextrins, glukosa dan
EC reaksi sellobiosa ke bulk aqueous phase
Endo-(1- EC Endoselulase -G-G-G-G- 5. Hidrolisis sellodextrins dan sellobiosa
4)-β-D- 3.2.1.4 atau menjadi glukosa
selulase endoglukanase Fase adsopsi dan pembentukan
Memutuskan komplek enzim-substrat adalah fase kritis di
ikatan secara dalam hidrolisis selulosa (Bledman et al, 1988).
acak Tahapan hidrolisis selulosa tergantung kepada
Ekso-(1-4)- EC Selobiohidrolas G-G-G-G- struktur selulosa, interaksi anatara enzim
β-D- 3.2.1.91 e atau selulase dan serat selulosa, mekanisme hidrolisis
selulase eksoselulase Melepaskan enzim tersebut di alam dan inhibitor yang
selobiosa baik terbentuk (Coughlan, 1985). Glukosa dan
yang reducing sellobiose adalah inhibitor enzim dalam
atau non- menghidrolisis selulosa. Sellobiosa
reducing end menghambat enzim sellobiohidrolase pada
Ekso-(1-4)- EC Eksoglukanase G-G-G-G komplek enzim selulase dan glukosa
β-D- 3.2.1.74 atau menghambat enzim penghidrolisis sellobiosa .
selulase glukohidrolase Melepaskan Sellobiose mempunyai potensi menjadi inhibitor
glukosa dari yang lebih kuat dibandingkan dengan glukosa
non-reducing pada mekanime hidrolisis selulosa (Marsden
end and Gray, 1986). Dua mekanisme inhibibisi
β- EC Selobiose G-G, G-G-G- yaitu inhibitor kompetitif dan inhibitor non
glukosidase 3.2.1.21 kompetitif (Lee and Fan, 1982). Laju hidrolisis
Melepaskan enzim selulase ditentukan oleh struktur enzim
glukosa dari dan struktur substrat (Mandels, 1985), dimana
selobiosa atau struktur Kristal dari selulosa relatif lebih sulit
rantai cello- dihidrolisis dibandingkan dengan struktur amorf
oligosakarida ( Coughlan, 1985). Karena struktur kristal lebih
pendek sulit didegradasi dibandingkan dengan struktur
amorf, maka enzim selulase (enzim
Luas permukaan adalah faktor yang endosellulase) menghidrolisis struktur amorf.
berprngaruh dalam proses degadasi serbuk Mekanisme skematis kerja enzim selulase
selulosa crystalline. Hal ini dapat dilihat bahwa seperti pada Gambar 2.3.
luas permuaan mempengaruhi kontak enzim
selulase dengan permukaan selulosa (Weimer et
al., 1993 dalam Rodrigues et al., 2003).
Degradasi selulosa dengan menggunakan
meadow hay (rumput-rumputan) menunjukkan
bahwa dalam degradasi selulosa perlekatan dari
bakteri memainkan peran yang penting dalam
mendegradasi selulosa (Sequeira and Sequiera,
1993)
Enzim selulase dapat menghidrolisis
subtrat selulosa melalui sistem reaksi komplek
yang terdiri dari beberapa tahapan (Lee and Fan,
1982). Tahapan reaksi tersebut adalah :
1. Transfer enzim dari bulk aqueous phase ke
permukaan substrat selulosa
2. Adsopsi enzim dan pembentukan komplek
enzim-substrat
memiliki komplek seperti cellulosome dengan
ukuran yang lebih besar (Fanutti et al., 1995;
Denman et al., 1996; Dijkerman et al., 1996).
Kedua tipe enzim dapat melepaskan ikatan β-
1,4-glukosida dengan menggunakan enzim endo
atau exoglukonase yang spesifik yang
didasarkan atas topologi dari sisi aktif.
Waktu
(Hari)
1 2,5 0,9 2,8 4,3 1,2 3,6 3,4 1,5 2,3 9 8 1,1 2,0 0,6 3,3
2 2,8 1 2,8 4,7 1,3 3,6 3,7 1,9 1,9 9 8 1,1 2,0 0,8 2,5
3 2,8 1 2,8 5 1,5 3,3 4,1 2 2 9 8 1,1 2,4 0,8 3
4 3,3 1,1 3 5,1 1,5 3,4 4,2 2,1 2 9 8 1,1 2,6 0,9 2,9
5 3,5 1,2 2,9 5,3 1,6 3,3 4,3 2,1 2 9 8 1,1 2,7 1,1 2,5
6 3,5 1,2 2,9 5,5 1,7 3,2 4,6 2,2 2 9 8 1,1 2,9 1,2 2,4
7 5,2 1,4 3,7 6 1,9 3,2 6,1 2,5 2,4 9 8 1,1 4,5 1,5 3
Berdasarkan ratio HC pada hari ke- Tidak semua isolat bakteri yang
7 masa inkubasi, isolat PP 127-A adalah ratio HC-nya tinggi juga menunjukkan uji
yang mempunyai kemampuan tertinggi in vivo yang tinggi seperti PP 141-A dan
dalam mendegradasi CMC dan filtrat PP 91-A. Hal ini diduga bahwa isolat
serbuk daun rumput gajah yang kemudian tersebut hanya dapat mendegradasi
diikuti oleh isolat PP 141-A, PP 91-A, dan material selulotik sederhana, seperti CMC.
PP 146-A (Tabel 4.3). Sedangkan untuk CMC adalah molekul selulotik sederhana
isolat PP 79-D, ratio HC stabil dan lebih bila dibandingkan dengan daun rumput
kecil daripada isolat yang lain. Hal ini gajah. Pada medium yang digunakan untuk
mungkin karena dari hasil pengamatan uji HC, kandungan CMC lebih banyak dari
koloni, diketahui bahwa sejak hari ke-1 pada serbuk rumput gajah (2:1). Perbedaan
isolat PP 79-D sudah memenuhi cawan hasil yang diperoleh bukan hanya
Petri sehingga tidak ada lagi tempat yang disebabkan oleh perbedaan panjang
dapat digunakan untuk pertumbuhan polimer selulosa saja tetapi lebih
bakteri sampai akhir masa inkubasi. Hal dipengaruhi oleh struktur selulosa tersebut
ini mengakibatkan hasil pengukuran (Hankin dan Anagnostakis, 1997).
diameter zona bening dan koloni adalah Material selulotik alami merupakan
tetap. Ratio HC menjadi stabil dan lebih struktur komplek yang tersusun atas
kecil dibandingkan dengan isolat yang selulosa, hemiselulosa, lignin dan
lain. Morfologi koloni bakteri PP 79-D beberapa kelompok senyawa lain yang
adalah rizoid (menyerupai akar). bukan merupakan penyususun yang
Selanjutnya uji yang kedua adalah predominan. Sanchez (2009) menyebutkan
uji kemampuan bakteri isolat rumput gajah (P. purpureum Schaum)
mendegradasi material selulotik dari daun mengandung 23,9% lignin, 24%
rumput gajah (P. purpureum Shaum) hemiselulosa, 22% selulosa dan 6% abu
secara in vivo selama 7 hari. Hasil dari uji (ash).
ini ada di Tabel 4.4 dan Lampiran 10. Dari Dari Tabel 4.4 ternyata pada
Tabel 4.4 terlihat bahwa isolat PP 79-D kontrol juga terjadi penurunan berat
yang berberbentuk rizoid dan tidak kering. Klemm et al., 1998 menyebutkan
terdeteksi kemampuan uji HC mampu bahwa degradasi selulosa dapat terjadi
mendegradasi selulosa secara in vivo. secara mekanik, kimia, panas dan radiasi.
Kemampuan isolat PP 79-D setara dengan Akumulasi dari mekanisme tersebut
isolat PP 127-A. Isolat PP 127-A diduga merupakan faktor adanya degradasi
menunjukkan hasil yang setara antar uji yang cukup besar pada kontrol.
HC dan uji in vivo. Hal ini diduga bahwa Mekanisme mekanik diduga terjadi karena
isolat PP 127-A mampu menghasilkan inkubasi dilakukan di shaking incubator
enzim selulase sama banyak dan aktif pada pada kecepatan 100 rpm. Mekanisme
pengujian di medium padat dan cair. degradasi kimiawi pada kontrol diduga
melalui hidrolisis dengan menggunakan
alkalin, karena Minimal Media (MM) yang 3. Bagaimana kemampuan isolat dalam
digunakan banyak mengandung garam dari mendegradasi selulosa pada daun rumput
golongan tersebut diantaranya adalah gajah setelah dilakukan delignifikasi.
NaCl, MgCl.6H2O, CaCl2.2H2O, Na2SO4, 4. Apakah isolat bakteri yang diperoleh
KH2PO4 dan KCl. Sedangkan penggunaan dapat mendegradasi lignin dan
hemiselulosa
MM sangatlah penting untuk pengujian
degradasi selulosa in vivo, karena
DAFTAR PUSTAKA
diharapkan sumber karbon dan energi
Ahmed, Z., Banu, H., Rahman, M. M.,
hanya berasal dari selulosa tersebut
Akhter F., and Haque M. S.
(Ljungdahl and Eriksson, 1985).Pada
2001. Microbial activity on the
penelitian ini inkubasi dilakukan pada
degradation of lignocellulosic
suhu 45°C untuk memicu ekpresi enzim
polysaccharides. Journal of
selulase. Untuk menciptakan kondisi suhu
biological sciences. 1(10):993-
45°C tersebut shaker ditutup rapat dengan
997.
kardus. Penggunaan lampu dop tersebut
Beguin, P. and Aubert, J. P. 1994. The
diduga dapat memberikan efek radiasi,
biological degradation of
walaupun gelas Erlenmeyer tempat proses
cellulose. FEMS Microbiology
degradasi sudah ditutup dengan kertas
Reviews, 13, 25-58.
karbon.
Benoit, L., Cailliez, C., Petitdemange, E.
PENUTUP
& Gitton, J. (1992).Isolation of
5.1 Kesimpulan cellulolytic mesophilic clostridia
1. Pada penelitian ini diperoleh 5 isolat yaitu from a municipal solid waste
PP 127-A, PP 141-A, PP 146-A, PP 79-D digestor. Microbia. Ecology.,
dan PP 91-A yang cenderung masuk ke 23, 117-25.
dalam genus Flavobacterium (PP 127-A Bhat, M. K. (2000). Cellulose and releted
dan PP 141-A), Lampropedia (PP 146-A), enzymes in biotechnology.
dan Halomonas (PP 79-D dan PP 91-A). Biotecnology advanteces, 18,
2. Berdasarkan uji HC, isolat PP127-A adalah 355-358.
isolat yang memiliki ratio HC tertinggi Bhat, M.K. and S., Bhat. 1997. Cellulose
kemudian berturut-turut diikuti oleh isolat degrading enzymes and their
PP 141-A, PP 91-A, dan PP 146-A.
potensial industrial applications.
3. Isolat PP 127-A juga menunjukkan
penurunan berat kering terbanyak pada uji
Biotechnology Advances, Vol.
in vivo, kemudian secara berturut-turut 15, Nos. 3/4, pp. 583~20, 1997.
diikuti oleh isolat PP 79-D, PP 146-A, PP Brock, T. D., Madigan, M. T., Martinko, J.
141-A,dan PP 91-A. M., Parker, J. 1994. Biology
of microorganisms.
5.2 Saran Prantice Hall, Englewood
Pada penelitian ini masih banyak Cliffs.
aspek yang masih bisa dijadikan bahan Brown, M. R. Jr. 1996. The biosynthesis
kajian pada penelitian yang lain. Aspek of cellulose. Journal macromol
yang dapat dijadikan bahan kajian antara science-pure applied chemistry.
lain: A33:1345-1373.
1. Seberapa besar isolat bakteri dapat C. Cailliez, C., Benoit, L., Gelhaye, E.,
mendegradasi selulosa crystalline (serbuk Petitdemange, H., and Raval, G.
selulosa, contoh avicel, sigmacel). 1993. Solubilization of cellulose
2. Apakah isolat yang diperoleh dapat by mesophilic cellulolytic
mendegradasi selobiosa, selotriosa dan clostridia isolated from a
oligoselulosa yang lain. municipal solid-waste digester.
Bioresource Technology, 43:77-
83
Cappuccino, J,G. dan Sherman, N. 2001. Dwijoseputro. (2005). Dasar-dasar
Microbiology A Laboratory Mikrobiologi. Djambatan :
Manual. San Fransisco, Malang
Benjamin Cummings. Eynde, H. A. D., Peer, Y. V. D. Perry, J.,
Claassen, P. A. M., et al. 1999. Utilisation and Wachter, R. D. 1990. 5s
of biomassa for the supply of rRNA sequences of
energy carrier. Applied representatives of the genera
microbiology and Chlorobium,Prosthecochloris,
biotechnology, 52, 741-755. Thermomicrobium, Cytophaga,
Colombatto, D. Mould, F. L., Bhat, M. K., Flavobacterium, Flexibacter
Morgavi, D. P., Beauchemin, K. and Saprospira and a discussion
A., and Owen, E. 2004. of the evolution of eubacteria in
Influence of fibrolytic enzymes general. Journal of General
on the hydrolysis and Microbiology.136: 11-18.
fermentation of pure cellulose Fanutti, C., Ponyi, T., Black, G.,
and xylan by mixed ruminal Hazlewood, G., and Gilbert, H.
microorganisms in vitro. 1995. The conserved
Ameciran society of animal noncatalytic 40-residue
science. 81:1040-1050. sequence in celluloses and
Coughlan, M. P. 1985. The properties of hemicelluloses from anaerobic
fungal and bacterial cellulases fungi functions as a protein
with comment on their docking domain. Journal
production and application. Biology Chemistry. 270:29314-
Biotechnology Genetic 29322.
Engginering. Review, 3, 39-109. Ferrera, I.R., Massana, R., Casamayor,
Davies, G., and Henrissat. 1995. Structures E.O., Balague´ , V., Pedro´ s-
and mechanism of glycosyl Alio´ , C., Mas, J., 2004. High
hydrolases. Structure. 3:853- diversity biofilm for the
859. oxidation of sulfidecontaining
Denman, S., Xue, G., and Patel, B. 1996. effluents. Applied Microbiology
Characterisation of and Biotechnology.64:726–734.
Neocallomastix patriciarum Glazer, A. N., and Nikaido, H. 2007.
cellulose cDNA (CelA) Microbial biotechnology:
homologus to Tricoderma reesei fundamentals of applied
cellobiohydrolase II. Applied. microbiology, second edition.
Environ. Microbiol, 62:1889- Cambridge:USA
1896. Gonggo, B. M., Hermawan, B., and
Dijkerman, R., Vervurem, M., Camp, H., Anggraeni, D. 2005. Pengaruh
and Drif, C. van der. 1996. jenis tanaman penutup dan
Adsorption characteristics of pengolakan tanah terhadap sifat
cellulolytic enzymes from the fisika tanah pada lahan alang-
anaerobic fungus Piromyces sp. alang. Jurnal ilmu-ilmu
Strain E2 on microcrystalline pertanian Indonesia. 7(1):44-55.
cellulose. Applied. Environ. Han, Ye Jun and H. Z., Chen. 2007.
Microbiol, 62:20-25 Synergism between corn stover
Dunca, S., Nimitan, E., Ailiesei, O., protein and cellulose. Enzyme
Stefan, M., Olteanu, Z. 2000. and microbial technology,
Reports of University Iasi, Iasi, 41,638-645.
Romania. Handayani, I. P. 2002. Laporan penelitian
pendayagunaan vegetasi invasi
dalam proses agradasi tanah Hendricks, C.W., J.D. Doyle and B.
untuk percepatan restorasi Hugley, 1995. A new solid
lahan kritis. Lembaga penelitian media for enumerating
Universitas Bengkulu, cellulose-utilizing Bacteria in
Bengkulu. soil. Environmental research
Hankin, L., and Anagnostakis, S. L. 1997. laboratory, u.s. Environmental
Solid media containing protection agency,1 and
carboxymethylcellulose to mantech environmental
detect Cx cellulase activity of technology, inc.,2 corvallis:
microorganisms. Journal of Oregon
general microbiology. 98:109- Hengstmann, U., Chin, K-J., Janssen, P.H.,
115. Liesack, W., 1999. Comparative
Hankin, L., Sands, D. C., and Hill, D. E. phylogenetic assignment of
(1974). Relation of land use to environmental sequences of
some degradative enzymatic genes encoding 16S rRNA and
activities of soil bacteria. Soil numerically abundant culturable
Science:118: 38-44. bacteria from an anoxic rice
Harley dan Prescott. 2002. Laboratory paddy soil. Applied and
Exercises in Microbiology. Environmental Microbiology.
McGraw-Hill Company. 65:5050–5058.
Haruta, S., Cui, Z., Huang Z., Li, M., Holt, J.G. 1994. Bergey’s Manual of
Ishii, M. and Igarashi, Y. 2002. Determinative Bacteriology
Construction of a stable microbial ninth ed. Williams and Wilkins:
community with high cellulose- USA
degradation ability. Applied Jeschu, L. 1995. Celulaze de origine
Microbiol Biotechnol, 59:529– microbiana. St. cerc. Biochim.
534 38:65-78.
Hatami, S., Alikhani, H. A., Besharati, H., Kim, C. H., and Kim, D. S., 1995.
Salehrastin, N., Afrousheh, M., Purification and specificity of a
and Jahromi, Y. Z. 2008. specific endo-β-D-glucanase
Investigation on aerobic (Avicelase II) resembling exo-
cellulolytic bacteria in some of cellobiohydrolase from Bacillus
north forest and farming soils. circulans. Enzyme and
American-Eurasian J. Agric. & Microbial Technology, 17: 248-
Environ. Sci. 3 (5): 713-716 254.
Hatfield, R. D. 1993. Cell wall Klemm, D., Philipp, B., Heinze, T.,
polysaccharide interactions and Heinze, U., Wagesknecht. 1998.
degradability. Pages 285-314 in Comprehensive cellulose
forage cell wall structure and chemistry, volume 1:
degesbility. H. G. Jung, D. R. fundamentals and analytical
Buxton, R. D. Hatfield, and J. methods. Germany:Wiley-VCH.
Ralph, (ed).ASA-CSSA- Krause, D. O., Denman S. E., Mackie R.
SSSA,Madison, WI. I., Morrison, M., Rae, A. L.,
Heinze, T. 2005. Carboxymethyl ethers of Attwood, G. T., and
cellulose and starch-a review. MacSweeney, S. C. 2003.
Center of excellence for Opportunities to improve fiber
polysaccharide research, degradation in rumen:
Friedrich Schiller University, microbiology, ecology, and
Germany. genomics. FEMS Microbiology
Reviews 27:663-696.
Landy, E. T., Mitchella, J. I., Hotchkissa, enzymes for cellulosic
S., and Eatona, R. A. 2008. biohydrogen production.
Bacterial diversity associated Enzyme and microbial
with archaeological waterlogged tehnology, 44:417–425
wood: Ribosomal RNA clone Lu, W.J., Wang, H., Yang, S., Wang, Z.
libraries and denaturing gradient and Nie, Y. 2005. Isolation and
gel electrophoresis (DGGE). Characterization of Mesophilic
International Biodeterioration Cellulose-Degrading Bacteria
& Biodegradation.61:106–116. From Flower Stalks- Vegetable
Lay, B. 1994. Analisis Mikroba di Waste Co-Composting System.
Laboratorium. Raja Grafindo J.Gen.Appl.Microbiol. 51: 353-
Persada. Jakarta. 360
Lee, Y.H., and L.T., Fan. 1982. Kinetic Mandels, M. 1985. Aplication of
studies of enzymatic hydrolysis cellulases. Biochem Society
of insoluble cellulose : (II). Trans., 13, 414-16.
Analysis of extended hydrolysis Matsui, H., Ushida, K., Miyazaki, K., and
time. Biotechnology Kojima, Y. 1998. Use of ratio of
Bioengginering, 25,939-66. digested xylan to digested
Lehninger, A. L. 1982. Dasar-dasar cellulose (X/C) as an index of
biokimia jilid 1. Jakarta: fiber digestion in plant cell-wall
Erlangga. material by ruminal
Levin, D. B., Carere C. R., Cicek R., and microorganisms. Animal feed
Sparling R. 2009. Challenges for science technology, 71:207–215.
biohydrogen production via Mattinen, M. L. 1998. Structural and
direct lignocellulose functional studies of fungal
fermentation. International cellulose binding domain by
journal of hydrogen energy, NMR spectroscopy. Academic
34:7390–7403. dissertation from University of
Linder, M., and Teeri, T. 1997. The role Helsinki, Finland.
and fungtion of cellulose- McCammon, S.A., and Bowman, J.P.,
binding domains. Journal 2000. Taxonomy of Antarctic
Biotechnology, 57:15-28. Flavobacterium species:
Ljungdahl, L. G. and Eriksson, K. E. 1985. description of Flavobacterium
Ecology of microbial cellulose gillisae sp. nov.,
degradation. In: Marshall (Ed). Flavobacterium tegetincola sp.
Advances in microbial ecology nov. and Flavobacterium
vol 8. xanthum sp. nov. mon. rev. and
Llobet-Brossa, E., Rosello´ -Mora, R., re-classification of
Amann, R., 1998. Microbial [Flavobacterium] salengens as
community composition of Salegentibacter salegens gen.
Wadden sea sediments as nov., comb. nov. International
revealed by fluorescence in situ Journal of Systematic
hybridisation. Applied and Bacteriology.50:1055–1063.
Environmental Moracci, M., Ponzano, B. C., Trincone,
Microbiology.64:2691–2696. A., Fusco S., De Rosa, M., Van
Lo, Y. C., Saralate, G. D., Chen, W. M., der Oost, J., Sense C. W.,
Bai, M. D., and Chang, J. S. Carlobois R. L., and Rossi, M.
2009. Isolation of cellulose- 2000. Identification and
hydrolytic bacteria and molekuler characterization of
applications of the cellulolytic the first alpha –Xylosidase from
an Archaeon. J. Biol. Chem. under varying osmotic pressure.
275:22082-22089. Anim feed science
Mulcahy. 1996. An investigation of technology,41:65-72.
cellulose Binding Domain in Sjostrom, E. 1995. Kimia kayu, dasar-
non-celululose binding domains dasar dan penggunaan. edisi
in non-cellulolytic enzymes. kedua. Yogyakarta: Gajah Mada
Final year project university of University Press.
Limerick. Srinivasan, M. C., 1992. Lignocelluloses
O’Sullivan, L.A., Weightman, A.J., Fry, biotechnology: Recent advance
J.C., 2002. New degenerate and technology prospects.
Cytophaga–Flexibacter- In:New trends abiotechnology.
Bacteroides-specific 16S R. N. S. Subba, C. Balagopalan
ribosomal DNA-targeted and S. V. Ramakrishna (Ed). Pp
oligonucleotide probes reveal 315-320. Oxford and IBH
high bacterial diversity in river publishing Co. Pvt. Ltd., New
Taff epilithon. Applied and Delhi, India.
Environmental Strezos, V., J. E. Tim, H., Cris. 2008.
Microbiology.68:201–210. Thermal conversion of elephant
Okaraonye, C. C., and Ikewuchi, J. C. grass (Pennisetum Purpureum
2009. Nutritional and Schum) to bio-gas, bio-oil and
antinutritional components of charcoal. Bioresource
Pennisetum purpureum Technology, 99 (2008) 8394–
Schumach. Pakistan journal of 8399.
nutritional 8(1): 32-34. Sudiana, I. M., Kanti, A., Rahmansyah,
Palonen, H. 2004. Role of lignin in the M., Widawati, S., Suliasih,
enzymatic hydrolysis of Rahayu R. W., and Imanuddin,
lignocelluloses. Disertation at H. 2002. Populasi dan
University of karakterisasi bakteri selulotik
Technology.Helsinki Finland. yang diisolasi berbegai
Rodrigues, M. A. M., Cone, J. W., van ketinggian lokasi di taman
Gelder, A. H., Sequieria, J. C., nasional gunung Halimun.
and Fonseca, A. M. 2003. The Laporan teknik proyek
effect of cellulose crystallinity inventarisasi dan karakterisasi
on the in vitro digestibility and sumberdaya hayati, Puslit
fermentation kinetics of biologi-LIPI, Indonesia.
meadow hay and barley, wheat Sun, Y., and J., Cheng. 2002. Hydrolysis
and rice straws. Journal of the of lignocelluloses material for
science of food and ethanol production: a review.
agriculture,83:652-657. Bioresource technology, 83, 1-
Sanderson, M. A. and R. A., Paul. 2008. 11.
Perennial forages as second Tjitrosoepomo, G. 2004. Taksonomi
generation bioenergy crops. tumbuhan (spermatophyta).
International Journal of Yogyakarta: Gajah Mada
Molecular Sciences, 9, 768-788. University Press.
Schlegel, H. G. 1994. Mikrobiologi Umum Tomme, P., Waren, R., Miller, R., Kilburn,
edisi keenam. Yogyakarta : D., and Gilkes, N. 1995.
Gajah Mada University Press. Cellulose binding domains:
Sequeira, C. A., and Sequeira, J. C. 1993. Clasification and properties. In:
Bacterial adhesion to fibre Saddler. J., and Penner M. (Ed).
during in vitro degradations Enzymatic degradation of
insoluble carbohydrates. pada 10 Juni 2010 pada pikul
American chemical society, 19.09 WIB
Washington DC, 618:143-163. Yang, C., Niu, Y., Su, H., Wang, Z., Tao,
Varnaite, R., Paskevicius, A., and F., Wang, X., Tang, H., Ma, C.,
Raudoniene, V. 2008. Cellulose and Xu, P. 2010. A novel
degradation in rye straw by microbial habitat of alkaline
micromycetes and their black liquor with very high
complexes. Ekologija 54 (1): pollution load: microbial
29-31. diversity and the key members
Walker, L. P., and D.B. Wilson. 1991. in application potentials.
Enzymatic hydrolysis of Bioresaouce technology.
cellulose: an overview. 101:1737-1744.
Bioresource Technology, 36 Yang, V. C., Linhardt, R. J., Bernstein, H.,
(1991) 3-14. Cooney, C. L. and Langer, R.
Widdel, F., and F. Bak. 1992. Gram- (1985) Purification and
negative mesophilic characterization of heparinase
sulfatereducing bacteria, p. from Flavobacterium
3352-3378. In A. Balows, H. G. heparinum. J. Biol. Chem.260,
Truper, M. Dworkin, and K.-H. 1849-1857.
Schleifer (ed.), The prokaryotes, Zhang Y. H. P., and Lynd, R. L. 2004.
2nd ed., vol. IV. Springer- Kinetics and relative importance
Verlag, New York. of posphorylytic and hydrolytic
William R. and N. S., Govind. 2003. cleave of cellodextrins and
Identification of carbohydrate cellobiose in cell extracts of
degrading bacteria in sub-tropical Clostridium thermocellum.
regions. Rev. Biol. Trop., 51, Appl. Environ. Microbiol. 70:
Supl. 4: 205-210. 1563-1569.
Wilson, J. R. and Mertens, D. R. 1995. Zverlova, V. V., Holl, W., and Schwarz,
Cell wall accessibility and cell H. 2003. Enzymes for digestion
structure limitations to microbial of cellulose and other
digestion of forage. Crop sci. polysaccharides in the gut of
35:251-259. longhorn beetle larvae, Rhagium
Wood, T. M. 1985. Properties of inquisitor L. (Col.,
cellulolytic enzyme systems. Cerambycidae). International
Biochem Society Trans, 13, 407- biodeterioration &
10. biodegradation. 51:175–179.
Woodard, K.R., and G.M., Prine, 1993.
Dry matter accumulation of
elephantgrass, energycane and
elephantmillet in a subtropical
climate. Crop Science, 33, 818–
824.
www. flickr.com Diakses pada tanggal 5
Januari 2009 pukul 21.13 WIB
www.astbury.leeds.ac.uk/history/astbury1
8.htm diakses pada 10 Juni 2010
pada pukul 18.15 WIB
www.biomassmagazine.com/images/uploa
d/20080403103622.jpg diakses