Rekombinasi Khusus (Site-specific Recombination)

Rekombinasi khusus terjadi pada tempat khusus di dalam segmen molekul DNA. Proses
rekombinas khusus tidak tergantung pada protein recA. Ciri-ciri rekombinasi khusus diantaranya yaitu
(i) proses rekombinasi terjadi di tempat khusus pada kedua fragmen DNA, (ii) rekombinasi berlangsung
timbal balik (reciprocal), artinya kedua hasil pertukaran genetic tersebut dapat diperoleh kembali, (iii)
rekombinasi terjadi secara konservatif, artinya proses pertukaran genetic tersebut dilakukan melalui
pemotongan dan penyambungan kembali bagian DNA yang berekombinasi tanpa ada sintesis
nukleotida baru, dan (iv) bagian yang mengalami rekombinasi tersebut mempunyai homologi dalam
hal urutan nukleotida. Proses rekombinasi khusu dimulai dengan terjadinya pemotongan bagian DNA
yang akan berekombinasi pada daerah yang mempunyai homologi sehingga dihasilkan ujung lekat
(stickyu end). Kedua ujung lekat pada kedua fragmen DNA yang berekombinasi tersebut kemudian
mengalami pertukaran untai DNA sehingga akan terbentuk konfigurasi rekombinan.

TRANSPOSISI

Transposisi adalah suatu proses perpindahan elemen genetic dari satu lokus dalam suatu
kromosom, plasmid, atau genom virus, ke bagian lain kromosom yang sama, atau bahkan ke suatu
lokus dalam kromosom lain. Elemen genetic yang berpindah tersebut dapat berupa satu gen atau
beberapa gen yang bertaut (linkage) dan dikenal sebagai elemen genetic yang dapat bertransposisi
(transposable genetic elements) atau sering disebut transpon. Elemen genetic yang dapat
bertransposisi tersebut ditemukan baik dalam prokariot, eukariot maupun bakteriofag. Semua
transpososn membawa kode genetic untuk satu atau lebih dari satu protein yang diperlukan untuk
transposisi. Didalam jasad prokariot (E.coli) diketahui ada tiga kelompok elemen genetic yang dapat
bertransposisi yaitu a) sekuen penyisisp, b) elemen penyisisp, dan c) bakteriofag Mu

Dalam beberapa hal proses transposisis mirip dengan rekombinasi khusus yaitu melibatkan
proses pemotongan untai DNA bail pada molekul DNA donor maupun DNA target pada tempat khusus.
Proses tersebut kemudian diikuti dengan penggabungan ujung-ujung transposon ke molekul DNA
target yang sudah terpotong. Namun terdapat perbedaan mendasar antara rekombinasi khusus
dengan transposisi, transposisi memiliki kharakteristik yaitu prosesnya tidak tergantung pada ada atau
tidaknya hubungan antara urutan nukelotida pada DNA donor dengan DNA target, baik hubungan
fungsional maupun, misalnya hubungan asal-usul. Dalam proses rekombinansi khusus , pemotngan
dan penyambungan molekul DNA donor dan DNA target tidak disertai dengan sintesis molekul DNA
baru. Sebaliknya proses transposisi melibatkan sintesis molekul DNA baru yang dikendalikan oleh
system reparasi atau replikasi. Disamping itu, selama transposisi molekul DNA donor tidak disusun
kembaliseperti bentuk tipe alami pretransposisi.

Transposisi dapat menyebabkan terjadinya penususnan kembali (rearrangement) genom suau

jasad. Hal ini dapat terjadi misalnya karena ada dua duplikat transporon yang sama pada lokasi
kromosom yang berbeda sehingga dapat menyebabkan terjadinya rekombinasi antar duplikat
transposon tersebut. Rekombinasi semacam ini dapat menyebabkan delesi, penyisipan, inversi, atau
translokasi. Trnaposisi mempunyai peranan dalam proses evolusi beberapa plasmid bakteri. Sebagai
contoh, integrase plasmid F yang berasal dari E.coli ke dalam kromosom bakteri seringkali terjadi
melalui proses rekombinasi antara suatu transporon yang ada di dalam plasmid dengan transporon
yang homolog di dalam kromosom bakteri.

1. Sekuen dan Elemen penyisip

Sekuen dan elemen penyisisp (Insertion Sequences/elements, IS) adalah transporon
paling sederhana dan merupakan elemen genetic yangbbiasanya ada pada kromosom
 bakteri dan plasmid. Di samping elemen IS yang hanya membawa fungsi transposisi,
terdapat tiga transporon lain yang juga membawa penanda genetic (genetic marker)
tertentu, misalnya ketahanan terhadap antibiotic. TRansporon yang demikian disebut
sebagai transposon komposit (Tn). Transposon komposit tersususn atas dua suplikat
elemen IS yang identic atau hamper identic yang mengapit bagian sentral. Bagian sentral
suatu transpososn komposit merupakan segmen DNA yang merupakan penanda genetic
tertentu. Elemen-elemen IS pada transposon komposit dapat berupa ururtan nukleotida
berulang dengan orientas yang sama (nukleotida berulang-langsung, direct repeats) atau
berupa urutan nukleotida berulang-balik (inverted repeats). Kemampuan untuk
transposisi ditentukan oleh elemen IS tersebut.

2. Bakteriofag Mu
Bakteriofag Mu (Mu : mutator) adalah virus temperate yang genomnya mempunyai
banyak kesamaan dengan elemen IS. DNA virus ini berupa molekul untai-ganda dengna
ukuran 36000 bp. Ukuran genom bakteriofag Mu jauh lebih besar daripada ukuran sebuah
elemen IS, namun DNA bakteriofag Mu dapat menyisip secara acak di dalam genom
bakteri maka akan terjadi mutase seperti apa yang terjadi jika elemen IS menyiaip ke
dalam suatu genom. Dalam keadaan normal mutase seperti ini tidak dapat dikembalikan/
dibalikkan ke struktur tipe alami (wild type). DNA bakteriofag Mu yang terdapat dalam
keadaan bebas (tidak berada di dalam inang) mengandung sepotong DNA dari inang
sebelumnya pada kedua ujungnya, namun DNA tambahan tersebut tidak akan disispkan
ke dalam genom jika bakteriofag Mu menginfeksi inang yang baru. Bakteriofag Mu juga
mempunyai kemampuan sebagai perantara untuk penyisipan DNA dari jasad lain ke dalam
suatu inang, misalnya penyisipan bakteriofag lambda ke dalam genom bakteri.

3. Transposon dalam Jasad Eukariyot

Transposon juga ditemukan di dalam