ASIMILASI

Metabolisme terdiri atas katabolisme dan anabolise. Katabolisme menghasilkan energi yang
kemudian akan dimanfaatkan untuk reaksi biosintesis (anabolisme). Produk bisitesis ini berupa
bahan organik kompleks seperti karbohidrat, protein, lipid yang digunakan untuk membangun
sel. Demikian pula hal nya yang terjadi pada mikroba. Baker (1936) menunjukan bahwa oksidasi
karbohidrat oleh organisme tertentu akan menghasilkan oksigen yang berlimpah, tidak semua
oksigen ini akan digunakan untuk proses penyelesaian (mengasilkan CO2 dan H2O) akan tetapi
sebagian digunakan untuk asimilasi oleh sel. Baker menampilan reaksi asimilasi asm asetat oleh
Prototheca zopfii:

Asam asetat dioksidasi dan menghasilkan CO2 dan H2O serta komponen yang memiliki rumus
empiris karbohidrat. Baker menyimpulkan bahwa proses asimilasi oleh Prototheca zopfii adalh
pelopor proses asiilasi oksidatif arbohidrat yang disimpan didalam sel. Clifton (1937) melakukan
penelitan dengan Pseudomonas calcoacetica dan memperoleh kesimpulan yang sama dengan
hasil yang disimpulkan oleh Baker

Bahan organik itu dapat dibentuk dengan melakukan asimilasi C atau fotosintesis dengan
mengubah bahan anorganik menjadi bahan organik menggunakan bantuan cahaya sebagai
sumber energi perubahnya. begitu pula pada bakteri yang berklorofil seperti ( bakterio purpurin
maupun bakterio khlorofil).

Dalam pembuatan energi dari bahan anorganik menjadi bahan organik itu ternyata tidak selalu
menggunakan energi matahari . ada kelompok organisme yang mampu membuat bahan organik
dari anorganik itu tanpa menggunakan cahaya tetapi menggunakan energi dari hasil reaksi kimia.
lebih mudahnya melakukan anabolisme tanpa energi matahari yaitu dengan menggunakan energi
yang berasal dan hasil dari reaksi-reaksi kimia, energi hasil reaksi kimia itu digunakan untuk
membentuk bahan anorganik menjadi bahan organik , peristiwa biologi tersebut dikenal dengan
Kemosintesis.Contoh khemosintesis misalnya dalam :
pembentukan sulfat oleh bakteri sulfur pembentukan nitrat oleh bakteri nitrat, bakteri nitrit,
bakteri NC.NS dan NB. Bakteri-bakteri tersebut memperoleh energi dari hasil oksidasi senyawa-
senyawa tertentu. Bakteri besi memperoleh energi kimia dengan cara oksidasi Fe2+ (ferro)
menjadi Fe3+ (ferri).

Pembentukan bahan organik nitrat dari bahan anorganik NH3 Bakteri Nitrosomonas dan
Nitrosococcus memperoleh energi dengan cara mengoksidasi NH3, tepatnya Amonium Karbonat
menjadi asam nitrit dengan reaksi: Organisme yang melakukannya disebut kemoautotrof. Bakteri
kemoautotrof ini akan mengoksidasi senyawa-senyawa tertentu dan energi yang dihasilkan
tersebut akan digunakan untuk asimilasi karbon. ( ingat Reaksi gelap energi dapat dari Reaksi
terang)

Contoh, bakteri nitrit : Nitrosomonas, Nitrosococcus , NitrosoBacter spt reaksi diatas

contoh lainnya : Bakteri belerang :
Thiobacillus, Bagiatoa
2S + 2H2 O + 3O2 2H2 SO4 + 284, 4 kal.

Sebagaimana telah Anda ketahui, bahwa sumber energi pada proses reaksi penyusunan (sintesis)
molekul gula (karbohidrat) dari molekul CO2 dan H2O yang berlangsung di dalam sel makhluk
hidup, adalah cahaya (foton) matahari, tetapi tidak semua makhluk hidup menggunakan cahaya
sebagaisumber energinya. Contohnya pada beberapa mikroorganisme seperti bakteribelerang,
bakteri nitrit, bakteri nitrat, dan bakteri besi memperoleh energi dengan cara mengoksidasi
senyawa kimia. Jadi, jika pada proses penyusunanbahan organik yang menggunakan sumber
energi dengan cara pengoksidasian (pemecahan) senyawa kimia disebut kemosintesis.
Beberapa bakteri kemosintesis ini mempunyai kemampuan seperti organism berklorofil, yaitu
mampu membuat karbohidrat dari bahan mentah anorganik, tetapi mereka tidak menggunakan
energi cahaya untuk melakukan hal itu. Pengubahan karbon dioksida menjadi karbohidrat dapat
pula terjadi dalam sel-sel hewan seperti pada sel-sel tumbuhan. Reaksi "gelap" yang menentukan
juga diketahui berlangsung dalam sel-sel bakteri kemoautotrop. Mereka memperoleh energi dan
elektron-elektron dengan melaksanakan oksidasi beberapa substansi tereduksi yang ada di alam
sekitarnya. Energi bebas tersedia oleh oksidasi ini kemudian digunakan untuk pembuatan
karbohidrat. Bakteri belerang yang kemoautotrop mengoksidasi H2S di tempat tinggalnya (mata
air belerang) sehingga menghasilkan energi. Reaksinya sebagai berikut.
2H2S + O2 → 2S + 2H2O ÄG = 100 kkal
Kemudian energi ini dapat mereka pakai untuk mereduksi karbondioksida menjadi karbohidrat
dengan cara yang sama seperti yang dilakukan bakteri belerang fotosintetik.

2H2S + CO2 → (CH2O) + H2O + 2S

Kelompok bakteri kemoautotrop lainnya ialah bakteri besi. (mereka bertanggung jawab atas sisik
kecoklat-coklatan yang terbentuk di dalam tangki air atau toilet kakus). Mereka menyelesaikan
oksidasi senyawa besi yang teroksidasi sebagian dan mampu merangkaikan energi yang
dihasilkan oksidasi ini untuk mensintesis karbohidrat. Bakteri nitrifikasi juga kemoautotrof,
mereka melakukan oksidasi NH3 yang dihasilkan dari protein oleh bakteri heterotrof dari hasil
perombakan menjadi nitrat. Oksidasi ini menghasilkan energi untuk mendorong reaksi sintesis
bakteri tersebut. Nitrat yang dihasilkan menyediakan keperluan nitrogen bagi tumbuhan.
(Anshori, 2011)

Ada dua macam energi yang digunakan oleh makhluk hidup:

1. Sinar matahari. Organismanya disebut dengan organisma fotosintesis atau di kenal juga
dengan organisma fototrofik.
2. Oksidasi senyawa kimia. Organismanya disebut dengan organisma kemosintesis kemotrofik
atau autotrofik Fotosintesis ada 2 macam, yaitu:

1. Fotosintesis tipe Cynobacteria. Fotosintesis tipe ini sama dengan fotosintesis yang terjadi
pada tanaman tingkat tinggi dengan keseluruhan reaksi adalah.
CO2 + 2H2O ……sinar matahari…… H2O + [ CH2o ]n + O2 klorofil

dimana pada sistem fotosintesis ini terdapat 2 fotosistem yaitu fotosistem (PS) I dan II.
Aliran elektron dari PS II ke PS I selanjutnya mengubah NADP+ menjadi NADPH. Aliran
eletktron yang demikian dikatakan noncyelic phosphorilation.
2. Fotosintesis tipe Noncyanobacteria. Kelompok bakteri ini tidak memiliki fotosistim II
untuk menfotolisis H2O. Dengan demi kian bakteri ini tidak pernah menggunakan air
sebagai reduktan sehingga oksigen tidak pernah di hasilkan dari fotosintesis. Fotosintesis
yang demikian berlangsung dalam keadaan anaerob, sehingga dikenal dengan fotosintesis
 anaerob. Jadi organisma ini memerlukan suplai senyawa organik sebagai donor
hidrogennya Persamaan reaksi secara umum adalah:

Sinar matahari
CO2 +2H2A……………………….H2O + [CH2O]n + 2A klorofil
Berdasarkan tipe pada reduktan dan pigmen fotosintesisnya kelompok bakteri ini dapat di
bagi menjadi 3 family yaitu Chlorobiceae,Ceomaticeae, dan rhodospirillaceae.

1. Chlorobiceae. Disebut juga dengan green-sulfur bacteria. Bacteri ini juga di gunakan
hidrogen dan beberapa senyawa mengandung sulfat sebagai reduktanya.

2. Chromaticeae. Pada prinsipnya sama dengan Chomaticeae tetapi pigmen yang

dimilikinya tidak hijau melainkan merah- jingga disebut dengan purle- surful- bacteria.

3. Rhodospirillaceae. Bakteri ini menggunakan hidrogen dan berbagai senyawa organik

sebagai reduktan . contoh: Rhodospirillum, Rhodopseudomonas.

Katabolisme : Respirasi dan Fermentasi

1. Respirasi
Respirasi merupakan proses terjadinya pembongkaran suatu zat makanan sehingga
menghasilkan energi yang diperlukan oleh mikroorganisme tersebut. Jika oksigen yang
diperlukan dalam proses respirasi maka disebut respirasi aerob. Ada juga spesies bakteri yang
mampu melakukan respirasi tanpa adanya oksigen, maka peristiwa itu disebut respirasi anaerob.
a. Respirasi aerob
Respirasi aerob merupakan serangkaian reaksi enzimatis yang mengubah glukosa secara
sempurna menjadi CO2, H2O dan menghasilkan energi. Menurut penyelidikan energi yang
terlepas sebagai hasil pembakaran 1 grammol glukosa adalah 675 Kkal. Dalam respirasi aerob,
glukosa dioksidasi oleh oksigen, dan reaksi kimianya dapat digambarkan sebagai berikut:
C6H12O6 + 6 O2 → 6 CO2 + 12 H2O + 675 Kkal
 Dalam kenyataan reaksi yang terjadi tidak sesederhan itu. Banyak tahap reaksi yang terjadi
dari awal hingga terbentuknya energi. Reaksi-reaksi tersebut dibedakan menjadi tiga tahap yakni
glikolisis, siklus kreb (the tricarboxylic acid cycle) dan transfer elektron.
1. Glikolisis
Glikolisis adalah serangkaian reaksi enzimatis yang memecah glukosa (terdiri dari 6 atom
C) menjadi dua molekul asam piruvat (terdiri dari 3 atom C). Glikolisis juga menghasilkan ATP
dan NADH + H+.
2. Tricarboxylic acid cycle (Siklus Krebs)
Merupakan serangkaian reaksi metabolisme yang mengubah asetil koA yang
direaksikan dengan asam oksaloasetat (4C) menjadi asam sitrat (6C). Selanjutnya asam
oksaloasetat memasuki daur menjadi berbagai macam zat yang akhirnya akan membentuk
oksaloasetat lagi.
3. Transfer Elektron
Setelah proses tricarboxylic acid maka yang terakhir adalah proses transfer elektron.
Transfer elektron merupakan reaksi pemindahan elektron melelui reaksi redoks (reduksi-
oksidasi). karena respirasi mebutuhkan jumlah ATP dari proses oksidasi NADH dan FADH.
Maka dibutuhkan senyawa senyawa yang memiliki potensial reduksi rendah sebagai akseptor
elektron, dan O2 sangat ideal sebagai akseptor. Elektron yang berasal dari oksidasi substrat
NADH atau FADH2, melalui serangkaian redoks atau reduksi-oksidasi reaksi, lalu ke terminal
akseptor. Dalam proses ini, energi dilepaskan selama aliran elektron digunakan untuk membuat
gradien proton.
Energi yang ditangkap dalam ikatan energi yang tinggi ketika P (fosfat) anorganik
bergabung dengan molekul ADP untuk membentuk ATP. Proses ini disebut fosforilasi
oksidatif. Energi (ATP) dalam sistem transpor elektron terbentuk melalui reaksi fosforilasi
oksidatif, Energi yang dihasilkan oleh oksidasi 1 mol NADH atau NADPH2 dapat digunakan
untuk membentuk 3 mol ATP. Reaksinya sebagai berikut.
NADH + H+ + 1/2 O2 + 3ADP + 3H3PO4 → NAD+ + 3ATP + 4H2O
Sementara itu, energi yang dihasilkan oleh oksidasi 1 mol FADH2 dapat menghasilkan 2
mol ATP. Beberapa jenis enzim yang terlibat dalam pengangkutan elektron seperti NADH
dehidrogenase, sitokrom reduktase, dan sitokrom oksidase.
 Pembawa elektron terdiri dari flavoprotein (contohnya FAD dan mononukleotida flavin,
FMN), besi sulfur (FeS), dan sitokrom, protein dengan cincin yang berisi besi yang disebut
heme. Gugus non-protein seperti lipid-soluble (larutan dalam lemak) yang lebih dikenal
dengan quinones.

b. Respirasi anaerob
Beberapa bakteri fakultatif anaerob dan obligatif anaerob melakukan respirasi anaerob.
Dengan melibatkan electron transport system (ETS), tetapi terminal akseptor elektron selain
oksigen.
Anaerob obligat adalah organisme yang mati bila terkena oksigen, seperti Clostridium tetani
dan Clostridium botulinum, yang masing-masing menyebabkan tetanus dan botulisme.
Bakteri anaerob fakultatif adalah bakteri yang dapat hidup dengan baik bila ada oksigen
maupun tidak ada oksigen. Contoh bakteri anaerob fakultatif antara lain Escherichia coli,
Streptococcus, Alcaligenes, Lactobacillus, dan Aerobacter aerogenes. Anaerob fakultatif dapat
hidup dengan adanya atau tidak adanya oksigen, tetapi lebih memilih untuk menggunakan
oksigen. Contoh jenis ini termasuk Escherichia coli.
Contoh respirasi anaerob berikut :
a) Respirasi Nitrat
Respirasi nitrat dilakukan oleh bakteri anaerob fakultatif. Potensi redoks nitrat adalah
+0.42 Volt, dibandingkan dengan oksigen yang potensial redoksnya +0,82 volt. Akibatnya, lebih
sedikit energi yang digunakan dibandingkan dengan oksigen sebagai terminal akseptor elektron
dan molekul lebih sedikit ATP yang terbentuk. Proses ini memiliki beberapa langkah, yang mana
nitrat direduksi menjadi nitrit dan nitrogen oksida menjadi dinitrogen, yang disebut
sebagai dissimilatory nitrate reduction atau denitrifikasi. Reaksi denitrifikasi sebagai berikut:
2NO3- + 12 e- + 12 H+ → N2 + 6 H2O
Denitrifikasi dilakukan oleh spesies Pseudomonas stutzeri, Pseudomonas aeruginosa,
Paracoccus denitrificans dan Thiobacillus denitrificans.
Bakteri ini adalah kelompok bakteri yang memiliki kemampuan untuk melakukan reaksi
reduksi senyawa nitrat (NO3-) menjadi senyawa nitrogen bebas (N2). Pada beberapa kelompok
bakeri denitrifikasi, dapat ditemukan senyawa nitrogen oksida (NO) sebagai hasil sampingan
 metabolisme. Proses ini pada umumnya berlangsung secara anaerobik (tanpa melibatkan
molekul oksigen, O2).
Proses denitrifikasi merupakan salah satu dari rangkaian siklus nitrogen yang berperan
dalam mengembalikan senyawa nitrat yang terakumulasi di wilayah perairan, terutama laut,
untuk kembali dipakai dalam bentuk bebas. Di samping itu, reaksi ini juga menghasilkan
nitrogen dalam bentuk lain, seperti dinitrogen oksida (N2O). Senyawa tersebut tidak hanya dapat
berperan penting bagi hidup berbagai organisme, tetapi juga dapat berperan dalam
fenomena hujan asam dan rusaknya ozon. Senyawa N2O akan dioksidasi menjadi senyawa NO
dan selanjutnya bereaksi dengan ozon (O3) membentuk NO2- yang akan kembali ke bumi dalam
bentuk hujan asam (HNO2).
Sedangkan bakteri fakultatif Anaerob seperi, E. coli dan sejenisnya, yang hanya
mereduksi nitrat menjadi nitrit, dan enzim.

b) Respirasi Sulfat
Respirasi sulfat dilakukan oleh sebagian kecil bakteri heterotrophic, yang semuanya
oligatif anaerob, seperti bakteri dari spesies Desulfovibrio. Bakteri ini membutuhkan sulfat
sebagai aseptor proton dan terduksi menjadi sulfit. Reaksi sulphate respiration sebagai berikut:
SO42- + 8 e- + 8 H+ → S2- + H2O

c) Respirasi Karbonat
Respirasi Karbonat dilakukan oleh bakteri seperti Methanococcus dan
Methanobacterium. Bakteri tersebut merupakan anaerob obligat yang mereduksi CO2, dan
kadang-kadang karbon monoksida, untuk menjadi metana. Bakteri metanogen yang biasa
menggunakan hidrogen sebagai sumber energi dan ditemukan di lingkungan yang rendah nitrat
dan sulfat, misalnya usus beberapa hewan, rawa, sawah dan digester limbah lumpur. Reaksi
respirasi karbonat hingga membentuk metan sebagai berikut:
CO2 + 4H2 →CH4 + 2H2O
Selain nitrat, sulfat dan karbon dioksida, besi besi (Fe3+), mangan (MN4+) dan beberapa
organik senyawa (sulfoksida dimetil, fumarat, glisin dan oksida trimetilamina) dapat berfungsi
sebagai terminal elektron akseptor untuk respirasi anaerob tertentu bakteri.
 2. Fermentasi
Bila respirasi tidak bisa dilakukan, organisme harus menggunakan mekanisme alternatif
untuk membentuk pasokan koenzim, selama oksidasi glukosa menjadi piruvat. Jika NAD (P) H
tidak teroksidasi kembali ke NAD (P)+, katabolisme akan berhenti. Akibatnya, akseptor terminal
elektron yang cocok harus ditemukan untuk mengambil elektron. Fermentasi adalah proses
perombakan senyawa organik dalam kondisi anaerob menghasilkan produk berupa asam-asam
organik, alkohol dan gas, yang kemudian dikeluarkan dari sel, sedangkan fermentasi itu
bermacam-macam seperti:
a. Fermentasi alkohol dilakukan oleh yeasts, jamur dan bakteri. Fermentasi alkohol merupakan
suatu reaksi pengubahan glukosa menjadi etanol (etil alkohol) dan karbondioksida. Organisme
yang berperan yaitu Saccharomyces cerevisiae (ragi) untuk pembuatan tape, roti atau minuman
keras.
Reaksi kimia:
C6H12O6→ 2 C2H5OH + 2 CO2 + 2 H2O + 2 ATP
b. Fermentasi asam laktat yang dilakukan oleh sejumlah bakteri, seperti Streptococcus,
Lactobacillus, Lactococcus dan Leuconostoc, serta beberapa jamur, alga dan protozoa. Turunan
piruvat, adalah akseptor elektron dan membentuk laktat. Ada dua bentuk fermentasi ini yakni:
a) Fermentasi homolaktis dilakukan oleh bakteri seperti Lactobacillus acidophilus dan
Lactobacillus casei, yang mereduksi semua piruvat yang dihasilkan pada proses glikolisis
menjadi asam laktat.
b) Fermentasi heterolaktis menghasilkan produk lainnya dan asam laktat. Organisme yang
melakukan ini seperti Leuconostoc mesenteroides dan Lactobacillus brevis.
c) Fermentasi asam campuran yang dilakukan oleh E. coli dan bakteri fakultatif anaerob.
Produknya meliputi laktat, asetat, dan etanol. Beberapa organisme memiliki kemampuan untuk
mereduksi piruvat menjadi hidrogen dan CO2.
d) Fermentasi 2,3-Butanediol dilakukan oleh Enterobacter, Erwinia, Klebsiella dan Serratia. Sama
seperti fermentasi campuran asam, namun menghasilkan butanadiol, netanol dan asam.
e) Fermentasi asam propionat dilakukan oleh beberapa bakteri d usus, seperti Propionibacterium
dan sejenisnya, beberapa terlibat dalam produk komersil Swiss-keju dan vitamin
B12 (cobalamin). Propionat yang terbentuk dari piruvat yang melalui jalur methylmalonyl CoA,
 dimana piruvat terkarboksilasi menjadi oksaloasetat, dan kemudian direduksi menjadi propionat
melalui malate, fumarate dan suksinate
f) Fermentasi asam butirat dilakukan oleh spesies Clostridium. Bakteri ini memproduksi aseton,
butanol, propanol, alkohol dan asam lainnya. Bakteri ini juga memfermentasi asam amino dan
senyawa nitrogen lainnya, serta karbohidrat.

BAB III
PENUTUP

A. Kesimpulan
Mikroorganisme mengalami proses kimia dalam tubuhnya yang meliputi proses
anabolisme dan katabolisme. Anabolisme misalnya pada fotosintesis, dan katabolisme contohnya
respirasi. Selain itu, ada pula mikroorganisme yang bergantung kepada reaksi oksidasi dan
reduksi akan zat anorganik atau organik sebagai sumber energi mereka, disebut mikroorganisme
kemotrof.

B. Saran
Makalah ini masih banyak terdapat kekurangan, misalnya masih ada kata-kata yang salah
dalam pengetikan, tidak mencantumkan kutipan atau catatan kaki. Hal itu disebabkan karena
keterbatasan waktu penulis dalam membuat makalah ini. Oleh sebab itu penulis berharap agar
pembaca dapat memakluminya.

DAFTAR PUSTAKA
Pelczar, Michael J. 2008. Dasar-Dasar Mikrobiolgi. Universitas Indonesia: Jakarta

Kusnadi. 2012. Metabolisme Mikroba. Website :

http://file.upi.edu/Direktori/FPMIPA/JUR._PEND._BIOLOGI/196805091994031-
KUSNADI/KULIAH,_METABOLISME_MIKROBA.ok.pdf. Diakses pada 11 November 2014 pukul 04.20 WIB.