Anda di halaman 1dari 2

Sistem Penanda Molekular Berbasis PCR

Oleh : Zadani Nabila Ashari (16620116)

azharinabila38@gmail.com

Teknologi rekayasa genetika semakin berkembang dengan adanya peralatan yang semakin
canggih dan modern. Rekayasa genetik tidak lepas dari alat yang dinamakan PCR (Polymerase
Chain Reaction). Penelitian menggunakan PCR yang berbasis DNA akan lebih mudah dengan
sistem penanda molekular. Sistem ini akan menunjukkan lokus spesifik DNA di dalam genom dan
digunakan untuk menandai posisi dari gen atau sifat tertentu yang membawa karakteristik khusus.
System penanda molecular dapat dibagi menjadi beberapa macam Teknik, yaitu; dengan Teknik
biokimia, Teknik berdasarkan morfologi dan Teknik molekular. Teknik molecular dapat dilakukan
dengan berbasis hibridisasi maupun berbasis PCR. Sistem penanda molekuler berbasis PCR telah
banyak dikembangkan. Beberapa diantaranya yaitu;

1. SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) adalah sebuah sistem penanda


molekular yang menggunakan fragmen DNA diamplifikasi dengan PCR dan primer
spesifik hasil desain dari sekuen nukleotida dari klon fragmen RAPD terutama terkait
dengan ciri. Caranya; dilakukan pemotongan dan pengkloningan pita/band yang
polimorfik kemudian disequence dengan primer spesifik (16-24 bp) untuk
mengamplifikasi pita yang diinginkan selanjutnya dilakukan Re-amplifikasi yang akan
menunjukkan dan memperjelas pola hasil sequence yang diinginkan. Variasi
polimorfisme dapat dideteksi dengan elektroforesis pada gel agarose atau oliakrilamid.
2. CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequence) dikenal juga dengan penanda PCR-
RFLP. Secara teknis dihasilkan dari 2 tahapan kegiatan. Pertama, DNA template
diamplifikasi dengan PCR menggunakan sepasang primer spesifik. Kedua, produk
PCR kemudian dipotong dengan enzim restriksi. Enzim restriksi biasanya
menggunakan empat basa yang memiliki tempat pemotongan spesifik. Hasil
pemotongan dengan enzim restriksi kemudian dipisahkan dengan gel agarose atau
poliakrilamid pada konsentrasi tertentu, sehingga akan diperoleh pola pita polimorfik
atau monomorfik.
3. ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) merupakan penanda molekuler yang umumnya
menggunakan primer tunggal untuk menargetkan daerah identik antara mikrosatelit
atau SSR. Primer ISSR terdiri atas 8 unit dinukleotida berulang atau unit 6 trinukleotida
berulang dan satu atau lebih jangkar nukleotida yang dirancang untuk menargetkan
akhir wilayah mikrosatelit dan mencegah dimerisasi primer. Primer ISSR
menghasilkan polimorfisme setiap kali pada salah satu genom yang kehilangan urutan
berulang atau ketika terjadi delesi, insersi atau translokasi yang mengubah jarak antara
urutan berulang.
4. Mikrosatelit atau SSR (Simple Sequence Repeat) adalah sistem penanda molekular
yang menghasilkan sekuen DNA berulang, dimana satu motif mengandung satu sampai
enam pasang basa yang diulang secara tandem atau berpasangan dalam sejumlah
waktu. Jika ulangan tersebut cukup panjang dan tidak terpotong-potong maka
menunjukkan tingkat polimorfisme yang tinggi.
5. SNP (Single Nucleotide Polymorphism) marker yang menunjukkan titik mutasi
sehingga ditemukan band/pita bersifat polimorfik berasal dari satu nukleotida yang
disubstitusi oleh nukleotida lain pada lokus tertentu. SNP pada umumnya, digunakan
untuk membedakan sekuen diantara alel, deteksi bersifat ko-dominan di alam dan
polimorfik dalam pemetaan genetik suatu karakter. Hasil sekuen dari penanda SCAR
kemudian diidentifikasi dengan penanda SNP.

Sistem penanda molekuler pada umumnya digunakan untuk tujuan identifikasi pemetaan
gen sehingga dapat diketahui asal terbentuknya variasi organisme. Allah SWT telah menunjukkan
kekuasaan-Nya dalam menciptakan makhluk hidup yang bervariasi yaitu Al-Qur’an yang
berbunyi:

“ Dan diantara tanda-tanda kekuasaan-Nya ialah menciptakan langit dan bumi


dan berlain-lainan bahasamu dan warna kulitmu. Sesungguhnya pada yang demikian itu
benar-benar terdapat tanda-tanda bagi orang-orang yang mengetahui” (Q.S. Ar-Ruum
: 22).