Anda di halaman 1dari 7

PLASMID DAN EPISOMES

Materi genetik pada bakteri disimpan dalam satu kromosom utama dan plasmid. Plasmid adal
ah replicon, bagian materi genetik yang dapat melakukan replikasi secara independen, yang s
elalu diturunkan sebagai kromosom tambahan. Plasmid tidak diperlukan untuk mempertahan
kan sel bakteri, namun diperlukan pada kondisi tertentu seperti pertahanan terhadap antibiotik.

Kegunaan plasmid baru diketahui sekitar dua dekade terakhir. Plasmid diidentifikasi pada ha
mpir semua strain bakteri yang diuji. Plasmid sendiri memiliki signifikansi pada dua area:

1. Ketahanan terhadap antibiotik dan obat-obatan pada bakteri yang diuji


2. Kestabilan pada mikroorganisme yang penting untuk industri

Pada Streptococcus lactis dan bakteri lain yang digunakan untuk pemrosesan keju, sejumlah p
lasmid sudah teridentifikasi dan menunjukkan bahwa plasmid tersebut membawa gen yang m
engode pembentukan enzim yang penting dalam pemrosesan keju.

Tiga macam plasmid yang sudah diketahui yaitu:

1. Plasmid F dan F’ adalah faktor yang berpengaruh pada proses konjugasi


2. Plasmid R (RTF / resitance transfer factor) adalah plasmid yang membawa gen yang
memiliki sifat tahan terhadap antibiotik atau obat-obatan antibakteri lainnya
3. Plasmid Col adalah plasmid yang mengode colicins, sejenis protein yang mematikan b
agi E. coli yang sensitif

Plasmid juga diketahui dapat mengode bacteriocin lain. Sebagai contoh plasmid yang diketah
ui mengode vibriocins, protein yang dapat mematikan bagi Vibrio cholera yang sensitif. Plas
mid-plasmid tersebut bersifat analog dengan plasmid Col.

Kromosom yang terdapat pada mitokondria dan kloroplas pada eukariot juga dapat dikategori
kan sebagai plasmid.

Plasmid bisa terbagi ke dalam dua kelompok berdasarkan keikutsertaannya dalam memperant
arai proses konjugasi. Yang pertama adalah conjugative atau transmissible plasmid, mempera
ntarai transfer DNA melalui konjugasi. Seluruh F dan F’ plasmid, kebanyakan R plasmid dan
beberapa Col plasmid merupakan plasmid jenis ini. Nonconjugative atau nontransmible plas
mid tidak memperantarai transfer DNA melalui konjugasi. Banyak dari R dan Col plasmid be
rsifat nonconjugative.
Beberapa plasmid seperti F factor juga dapat dikategorikan sebagai elemen genetic yang dise
but juga dengan episome. Episome adalah elemen genetic yang dapat bereplikasi dalam dua b
entuk yang berbeda.

1. Sebagai bagian yang terintegrasi pada kromosom utama


2. Sebagai elemen genetic yang independen terhadap kromosom utama

Plasmid dan episom bukan merupakan sinonim. Banyak ciri dari plasmid dan episom yang di
ketahui bergantung pada keberadaan dari sekuen DNA pendek yang disebut dengan IS eleme
nt atau insertion sequence element. IS element juga terdapat pada kromosom utama. Sekuen p
endek ini bersifat transposable yaitu dapat berpindah tempat dalam satu kromosom serta dari
satu kromosom ke kromosom lain. IS element memperantarai rekombinasi antara elemen gen
etic yang mereka tempati. IS element memperantarai integrase episom ke dalam kromosom in
ang. Hal ini dicontohkan dalam integrase plasmid F pada E. coli K12 selama pembentukan Hf
r.

Empat jenis IS element pertama yang terkarakterisasi adalah IS1, IS2, IS3, dan IS4. Kromoso
m E. coli K12 mengandung 8 kopi IS1, 5 kopi IS2, dan satu atau lebih kopian IS3 dan IS4. F
factor pada E. coli K12 mengandung 1 kopi IS 2 dan 2 kopi IS3. Posisi dari IS element pada
bermacam-macam F factor dan di dalam kromosom dari berbagai macam strain E. coli dapat
menentukan tempat integrase dari F factor selama pembentukan strain Hfr.
UNSUR GENETIK YANG DAPAT DITRANSPOR

TRANSPOSABEL GENETIKA ELEMENTS

A. Ada tiga jenis unsur berpindah dijelaskan dalam prokariota.

Penyisipan Urutan (IS elemen)

transposon komposit

elemen TN3

1. IS elemen:

a) IS elemen adalah unsur berpindah relatif kecil yang berbagai ukuran dari 760 sampai kuran
g dari 2.500 pasang basa (bp). Mereka dapat memasukkan di berbagai situs di kromosom bakt
eri dan virus dan plasmid dan episomes, dan mereka mengandung gen yang produknya terliba
t dalam mempromosikan dan mengatur transposisi. Salah satu gen adalah transposase yang be
rfungsi di eksisi elemen dari kromosom, plasmid, atau episom.

b) IS elemen biasanya menghasilkan mutan yang tidak stabil yang kembali ke tipe liar pada fr
ekuensi terdeteksi. Untuk itu, IS elemen awalnya disebut "bisa berubah" gen.

c) Semua IS elemen berisi terbalik mengulangi terminal yang berbagai ukuran (panjang) 9-40
pasangan basa. Di lokasi integrasi ada selalu merupakan duplikasi situs target 2-13 pasangan
basa.

Catatan: Inverted mengulangi terminal merupakan ciri khas dari sebagian besar (tetapi tidak s
emua)

transposon, sedangkan duplikasi situs target ditemukan di hampir semua

"Terintegrasi" molekul (misalnya, prophages).

d) Plasmid pelabuhan IS elemen, dan ketika plasmid dan kromosom pelabuhan yang sama IS
elemen bisa ada rekombinasi homolog antara kromosom dan plasmid. Dengan definisi, ini me
mbuat plasmid episom yang dapat mempromosikan pertukaran frekuensi tinggi atau rekombi
nasi (misalnya, Hfrs).
2. transposon Composite (dilambangkan dengan simbol Tn):

a) Tn elemen berasal dari dua IS elemen yang memasukkan dekat salah satu lainnya. Daerah
(urutan) antara dua elemen dapat "dimobilisasi" oleh aksi bersama dari dua IS elemen. Hal ini
penting dalam bahwa banyak elemen Tn memiliki gen yang resisten terhadap antibiotik antar
a dua IS elemen.

b) Tn transposisi diatur oleh "represor" yang muncul ada untuk menjaga elemen agak diam.

3. elemen TN3 hanya unsur berpindah besar yang tidak dihasilkan oleh mengapit IS elemen
(seperti dalam elemen Tn). Mereka umumnya ~ 5000 bp, memiliki ~ 386 bp mengulangi terb
alik di kedua ujungnya, dan membawa gen resisten antibiotik

4. signifikansi Medis:

a) Banyak transposon bakteri membawa gen-gen untuk resistensi antibiotik generik. Gen ini b
iasanya menghasilkan enzim yang memecah dan membuat antibiotik non-fungsional. Resiste
nsi terhadap beberapa antibiotik dalam kelas senyawa antibiotik, dan berbeda dari perlawanan
yang diberikan ketika metabolit sel dipengaruhi oleh antibiotik yang diubah (misalnya, resiste
nsi streptomisin pada E. coli.

b) Perlawanan semacam ini ketika dialihkan ke plasmid / episom [R plasmid conjugative] ke


mudian dapat ditransfer secara horizontal maupun vertikal.

c) Spesies patogen untuk manusia dan bahwa pelabuhan plasmid tersebut termasuk Staphloco
ccus, Neisseria, Shigella, dan Salmonella.

elemen B. transposabel pada eukariota terdiri dari dua jenis: mereka yang memiliki DNA seb
agai materi genetik mereka, dan mereka yang memiliki RNA sebagai materi genetik mereka.

1. unsur DNA transposabel yang dicontohkan oleh unsur P di Drosophila.

a) unsur P ditemukan ketika ditemukan bahwa strain tertentu dari Drosophila dipamerkan ber
bagai macam fenotipe menyimpang, termasuk mutasi tinggi (dan pengembalian), kerusakan k
romosom, dan sterilitas. Fenomena ini disebut "disgenesis hybrid" dan ternyata situasi di man
a transposabel P elemen telah diinduksi untuk "melompat." Fenomena ini disebut "disgenesis
hybrid" karena biasanya (dalam populasi) unsur P yang diam dan tidak "melompat . "Ketika"
hibrida "yang dibuat antara individu-individu dari populasi geografis yang berbeda, unsur-uns
ur" pindah "dan dipromosikan fenotip dysgenic.
b) unsur P bervariasi dalam ukuran (terbesar hampir 3.000 pasangan basa panjang). Lengkap
(utuh) unsur P memiliki gen untuk transposase a. Jumlah elemen P per individu bervariasi dar
i beberapa untuk hingga 50.

c) unsur P khas memiliki 31 bp terbalik berulang pada kedua ujungnya dan 8 bp sasaran-situs
duplikasi.

d) Ada dua kegunaan eksperimental elemen P.

(I) Transposon tagging, di mana gen bermutasi oleh penyisipan P elemen dapat diisolasi dan
"ditemukan" oleh menggunakan urutan P elemen sebagai "tag"; dan

(Ii) Transformasi vectoring, di mana gen atau urutan dari bunga "vektor" ke lokasi kromosom
dengan menempatkan gen / urutan bunga menjadi unsur P yang tidak lengkap (tidak ada trans
posase) dan melaksanakan infeksi campuran (transformasi atau elektroporasi) dengan P elem
en lengkap.

e) Kelompok lain unsur berpindah, awalnya ditemukan di Drosophila adalah elemen pelaut. e
lemen Mariner muncul menjadi transposon cukup luas sekitar 1.200 pasangan basa.

(I) elemen Mariner awalnya ditemukan di arthropoda, tapi sekarang telah diidentifikasi (oleh
kesamaan urutan) pada manusia dan tanaman

f) Menariknya, elemen pelaut ditemukan di spesies jauh terkait, menunjukkan kemungkinan b


ahwa unsur-unsur mariner dapat horizontal ditransfer, mungkin oleh virus yang memiliki berb
agai macam spesies inang.

2. retrotransposon unsur berpindah yang memiliki RNA sebagai materi genetik mereka. Ada d
ua jenis: elemen retrovirus seperti dan retroposons.

a) elemen Retrovirus seperti:

(I) Struktur dasar dari elemen retrovirus seperti merupakan wilayah coding tengah dua gen di
apit oleh mengulangi terminal lama [ltrs] yang berorientasi pada arah yang sama dan dibatasi
oleh mengulangi terbalik singkat. THE ltrs berperan dalam integrasi elemen ke dalam genom
inang. Kedua gen homolog dengan dua gen di retrovirus dan menyandikan protein struktural
dari kapsul virus dan enzim transcriptase / integrase terbalik.

(A) Minimal (aktif) retrovirus membawa gen ketiga yang kode untuk protein amplop virus. re
trovirus aktif mampu keluar sel dan menginfeksi sel-sel lain.
(Ii) Transposisi melibatkan transkripsi (sintesis RNA) dari urutan DNA terintegrasi dalam kro
mosom, reverse transkripsi RNA, sintesis DNA untai g

PLASMID DAN EPISOM

Pada bakteri, ada tiga perbedaan mekanisme untuk mentransformasi materi genetik dari satu s
el (sel pemberi) sel kedua (sel penerima). Selama 1) Transformasi, molekul donor DNA yang
telanjang yang diambil secara enzimatik oleh sel penerima yang kompeten. 2) Transduksi terj
adi ketika fragmen dari kromosom pemberi dibawa dan dimasukkan sel penerima dengan ba
kteri virus (bakteriofage). 3) Konjugasi membutuhkan sel secara langsung dengan melibatkan
DNA donor menuju sel penerima melewati tabung konjugasi yang terbentuk diantara kedua s
el.

Transduksi terjadi dengan dua cara: 1) transduksi umum, semua penanda genetik dari sel pem
beri mewakili populasi dari transduksi. 2) transduksi terbatas, hanya penanda genetic yang de
kat dengan profage (kromosom fage yang digabungkan).

Plasmid merupakan molekul DNA ekstrakromosomal atau “kromosom kecil” yang da


pat mereplikasi sendiri dengan sel kromosom induk. Terdapat tiga macam plasmid 1) Plasmid
F, faktor F bertanggung jawab dalam penyaluran DNA selama konjugasi. 2) Plasmid R, mole
kul DNA membawa gen untuk ketahanan berbagai antibiotok dan obat antibacterial dan 3) Pl
asmid Col, plasmid yang mengkode protein yang disebut colicins, yang sensitive membunuh
sel E. coli.

Episom merupakan unsur genetik yang dapat mereplikasi 1) Pada keadaan yang terpa
du, kovalen menyisipkan kromosom. 2) Pada autonomus atau keadaan ekstrakromosomal. Se
l membawa faktor F dalam keadaan autonomus yang disebut donor F+. Selama konjugasi ant
ara donor F+ dan donor F- replikasi hanya faktor F yang tersalurkan. Sel membawa faktor F m
enuju keadaan yang terpadu yang disebut Hfr (Frekuensi kombinasi tinggi). Selama konjugas
i antara sel Hfr dan sel F-, kromosom Hfr mengalami transfer linear menuju F-. Biasanya hany
a sebagian dari kromosom yang tersalurkan sebelum sel terpisah. Asal dan tujuan penyaluran
menentukan tempat dan orientasi dari faktor F dalam kromosom.

Adakalanya, pengeluaran faktor F menyimpang dari kromosom Hfr, pembuatan reko


mbinan faktor F disebut F’faktor yang membawa gen kromosom. Penyaluran konjugatif pem
bawa gen kromosom dibawa oleh F’ menuju penerima sel yang disebut sexduction.
Transformasi, transduksi dan konjugasi kebanyakan selalu memproduksi sel yang seb
agian zigot atau sebagian diploid yang disebut merozigot. Merozigot hanya mengandung bag
ian kromosom donor, (exogenote) dan seluruh kromosom penerima (endogenote). Pindah sila
ng merozigot harus selalu terjadi berpasangan, untuk menghasilkan kromosom yang utuh. Re
kombinasi pada bakteri terjadi perusakan dan penyatuan kromosom parental.

Integrasi kromosom dan evolusi plasmid, terutama plasmid R ditengahi DNA sekuens
pendek (800-1400 pasang nukleotida panjang) yang disebut insertion sequences atau IS ele
ments. IS elemen mudah berubah urutan yang dapat berpindah dari satu posisi menuju posisi
yang lain dalam genom sel. IS elemen juga dapat menengahi rekombinasi antara elemen gene
tik yang mereka sisipi.