Pengaruh Mutasi dan Latar Belakang Genetik terhadap

Resistensi Obat di Indonesia

Mycobacterium tuberculosis

Latar belakang
Faktor bakteri dapat berkontribusi pada kemunculan global dan penyebaran
tuberkulosis yang kebal obat (TB). Hanya beberapa penelitian
melaporkan interaksi antara berbagai faktor bakteri. Kami mempelajari isolat
Mycobacterium tuberculosis yang kebal obat
dari sebuah studi nasional yang dilakukan dari tahun 2000 hingga 2008 di Swiss.
Kami menentukan tingkat resistensi obat kuantitatif dari yang pertama.
obat lini dengan menggunakan Bactec MGIT-960 dan genotipe resistansi obat
dengan mengurutkan daerah hot-spot gen yang relevan. Kita
menentukan transmisi terbaru dengan metode molekuler dan mengumpulkan data
klinis. Secara keseluruhan, kami menganalisis 158 isolat yang ada
resisten terhadap isoniazid, rifampin, atau etambutol, 48 (30,4%) di antaranya
resisten multi-obat. Di antara 154 yang resisten terhadap isoniazid
strain, mutasi katG dikaitkan dengan mutasi promotor tingkat tinggi dan inhA
dengan resistansi obat tingkat rendah. Hanya
katG ( S315T ) (65,6% dari semua strain yang resisten isoniazid) dan promotor inhA
15C / T (22,7%) ditemukan dalam kelompok molekul. M.
TBC garis keturunan 2 (termasuk genotipe Beijing) dikaitkan dengan resistensi obat
apa pun (rasio odds yang disesuaikan [OR], 3,0; 95%
interval kepercayaan [CI], 1,7 hingga 5,6; P <0,0001). Lineage 1 dikaitkan dengan
mutasi promoter 15C / T inhA (OR, 6,4; 95%
CI, 2,0 hingga 20,7; P 0,002). Kami menemukan bahwa latar belakang strain genetik
mempengaruhi tingkat resistensi isoniazid yang disampaikan oleh
mutasi tertentu (tes interaksi mutasi resistansi obat di semua garis keturunan; P
<0,0001). Kesimpulannya, M. tuberculo-
sis mutasi resistensi obat dikaitkan dengan berbagai tingkat resistensi obat dan
transmisi, dan M. tuberculosis lin-
eages dikaitkan dengan mutasi yang memberi resistensi obat tertentu dan resistensi
obat fenotipik. Studi kami juga mendukung
port peran untuk interaksi epistatik antara mutasi resistansi obat yang berbeda dan
strain latar belakang genetik pada M.
resistensi obat TBC .

tensi permadani D memiliki dampak besar pada keberhasilan perawatan

TBC (TB). Sedangkan pengobatan lini pertama terstandarisasi adalah
sangat efektif dalam TB yang rentan terhadap obat, pengobatan multi
TB yang resistan terhadap obat membutuhkan penggunaan obat lini kedua
yang kurang efektif, lebih mahal, dan sering dikaitkan dengan
efek samping yang parah (20). Resistansi terhadap obat lini pertama adalah
muncul secara global, tetapi tingkat beban TB MDR bervariasi menurut
geografi. Beberapa daerah di China dan negara-negara bekas
Uni Soviet menunjukkan beban TB-MDR yang sangat tinggi (39).
Strategi untuk mengendalikan resistensi obat di Mycobacterium tu-
berculosis termasuk tes kerentanan obat (DST) dan surveilans
tombak, serta memastikan penyelesaian perawatan yang memadai
rejimen dan tindak lanjut pasien (39). Faktor bakteri juga dapat terjadi
berkontribusi pada kemunculan global dan penyebaran resistan terhadap obat
TB. Secara khusus, interaksi epistatik (di mana efeknya satu
gen dimodifikasi oleh satu atau beberapa gen lain) antara yang berbeda
saring latar belakang genetik dan memperoleh mutasi yang resistan terhadap obat
tions dapat berperan dalam konteks ini (4). Memang, di antara enam
garis keturunan M. tuberculosis utama (17), ada satu garis keturunan (garis 2,
termasuk strain Beijing) yang telah berulang kali dikaitkan
Atasi dengan resistensi obat, untuk alasan yang tidak dipahami dengan baik
(1 , 3 , 25). Beberapa garis keturunan M. tuberculosis mungkin menunjukkan
preferensi
hubungan dengan mutasi resistansi obat tertentu (1, 14). Fi-
akhirnya, mutasi yang memberi resistensi obat pada M. tuberculosis adalah
terkait dengan berbagai efek pada kebugaran ketegangan, dan ketegangan
latar belakang genetik dapat memodulasi efek ini (8 , 16 ) .
Hanya beberapa penelitian yang mengeksplorasi kemungkinan interaksi antara
tween faktor bakteri yang berbeda dalam satu studi. Disini kita
mempelajari isolat M. tuberculosis yang resistan terhadap obat yang dikumpulkan
sistemat-
ically selama 9 tahun di Swiss. Kami menilai interaksi
antara mutasi yang memberi resistensi obat dan strain genetik
latar belakang dan efek gabungannya pada tingkat resistensi obat
dan penularan M. tuberculosis.
Material dan Metode
Pengaturan studi. Isolat M. tuberculosis complex (MTBC) diperoleh oleh
studi Epidemiologi Molekul Tuberkulosis (SMET) Swiss menjadi
tween 2000 dan 2008. SMET adalah proyek kolaborasi (12) diantara
Swiss HIV Cohort Study (SHCS), Pusat Nasional untuk Mycobacteria,
laboratorium mikrobiologi diagnostik, departemen alat pernapasan
Cine dan kesehatan masyarakat, dan Kantor Federal Kesehatan Masyarakat (FOPH).
Tujuannya adalah untuk menguji struktur populasi genetik M. tuberkulosis.
losis dan hubungan antara variasi regangan, geografis pasien
asal, dan karakteristik klinis pada yang terinfeksi HIV dibandingkan dengan HIV-
pasien TB negatif di Swiss ( www.tb-network.ch ). Berpartisipasi
situs tercantum dalam Ucapan Terima Kasih.
Isolat studi dan pengumpulan data klinis. Selama 2000 hingga 2008, 256
Kasus TB dilaporkan ke National Surveillance Registry Registry (FOPH)
sebagai resistan terhadap salah satu dari tiga obat lini pertama isoniazid, rifampisin,
dan
etambutol yang merupakan bagian dari pengawasan resistansi obat rutin. Kita
mengecualikan 89 kasus karena tidak ada isolat MTBC yang tersedia. Sembilan lagi
strain dikeluarkan karena alasan teknis (misalnya, kesulitan dengan subk
turing). Sebanyak 158 isolat klinis (isolat pertama yang tersedia dari masing-masing
pasien pada saat diagnosis) dengan hasil DST semiquantitatif yang tersedia
(61,7% dari semua 256 kasus TB dilaporkan ke National TB Surveillance Reg-
istry) dengan demikian dimasukkan. Dari 3.965 kasus TB pansusceptible yang
diberitahukan kepada
FOPH selama periode waktu yang sama, 353 kasus TB pansus yang peka dari RSU
Studi SMET (12) untuk siapa MTBC mengisolasi dan data klinis tambahan
yang tersedia digunakan sebagai populasi kontrol. Data klinis diamati
Diisi oleh kuesioner standar yang dikirim ke dokter yang merawat selama
ing studi ini.
Pengujian kerentanan obat fenotipik. Kami menggunakan Bactec MGIT
960 sistem (Becton, Sistem Diagnostik Dickinson, Sparks, MD) untuk
DST semiquantitatif untuk obat lini pertama pada jenis yang dimasukkan sebagai
sering dijelaskan (5 , 33). Konsentrasi obat berikut diuji:
isoniazid pada 0,1, 1,0, 3,0, dan 10,0 g / ml; rifampin pada 1,0, 10,0, dan 50,0
g / ml; dan etambutol pada 5,0, 12,5, dan 50,0 g / ml. Mengisolasi dengan individu
hasil terminasi diuji kembali. Pekerjaan ini dilakukan di Na-
Pusat Nasional Mycobacteria, Institut Mikrobiologi Medis, Uni-
versitas Zurich, Swiss.
Genotipe resistensi obat. Ekstraksi kultur dan DNA dilakukan
dibentuk sesuai dengan prosedur laboratorium standar. Resistensi obat ge-
notypes ditentukan di antara strain yang resistan terhadap obat secara fenotipik
memperkuat dan mengurutkan daerah hot-spot gen ( katG , inhA ,
ahpC , rpoB , dan embB ) diketahui memberikan resistensi terhadap isoniazid,
rifampisin,
dan etambutol (14, 19 , 36). Mutasi dibandingkan dengan yang dilaporkan
dalam database Mutasi Resistansi Obat TB ( http: //www.tbdreamdb
.com ). Basis data ini berisi daftar lengkap ge-
polimorfisme netic yang terkait dengan resistansi obat lini pertama dan kedua
dalam isolasi klinis M. tuberculosis di seluruh dunia (29).
Penentuan garis keturunan M. tuberculosis dan molekul utama
kelompok. Garis keturunan filogenetik utama ditentukan menurut
single-nucleotide polymorphisms (SNPs) menggunakan PCR real-time multipleks
dengan probe berlabel fluoresensi (TaqMan, Applied Biosystems, United
Negara) seperti yang dijelaskan sebelumnya (13 , 15). SNP yang digunakan untuk
mendefinisikan garis keturunan 4 adalah
awalnya dijelaskan oleh Sreevatsan et al. (34) dan ditunjukkan khusus untuk
garis keturunan ini (15). Penghapusan Region of difference (RD) PCR dilakukan
dibentuk untuk RD702 dan RD711 yang mendefinisikan garis keturunan Afrika
Barat
(15). Silsilah dikategorikan sebagai “modern” secara filogenetik (garis 2,
3, dan 4) dan “kuno” (garis keturunan 1, 5, dan 6) seperti yang dijelaskan
sebelumnya (9 , 17,
26). Kami menggunakan spacer oligonucleotide typing (spoligotyping) dan 24-locus
mycobacterial diselingi unit berulang-variabel-nomor tandem-re
analisis gambut (MIRU-VNTR) untuk mengidentifikasi gugus molekul, seperti
sebelumnya
dijelaskan (12 , 35). Gugus molekul didefinisikan sebagai galur dengan 100%
identitas dalam spoligotyping dan MIRU-VNTR, serta geno- identik
pola resistensi obat tipik, untuk mengeksplorasi potensi penularan
mutasi resistansi obat tertentu (14).
Tabel 1 :
Analisis statistik. Kami menggunakan 2 tes atau uji eksak Fisher untuk menilai
perbedaan antara kelompok dalam variabel biner. Rasio peluang (OR) adalah
diperoleh dari regresi logistik univariat atau multivariat disesuaikan untuk
usia, jenis kelamin, dan dilahirkan di Swiss saat diindikasikan. Logistik yang tepat
model digunakan jika perlu. Interaksi antara status HIV dan
kategori garis turunan atau antara mutasi dan regangan yang resistan terhadap obat
kategori aliran dinilai dengan memasukkan istilah interaksi dalam logistik
model regresi atau dengan menggunakan prosedur Mantel-Haenszel. Semua analisis
dilakukan di Stata versi 11.1 (Stata Corporation, College Sta-
tion, TX).
Persetujuan etika. Penelitian ini disetujui oleh Komite Etika di Jakarta
Kanton Berne, Swiss. Informed consent diperoleh dari
semua pasien yang terdaftar di SHCS. Untuk semua pasien lain, informed consent
diperoleh oleh dokter yang merawat. Dalam beberapa kasus, informed consent
tidak dapat diperoleh dari pasien karena dia tidak mungkin
ditemukan atau diketahui telah meninggal. Untuk kasus-kasus ini, kami memperoleh
izin
sion dari Komisi Ahli Federal tentang Kerahasiaan di Medis
Penelitian untuk menggunakan data yang disediakan oleh dokter yang merawat.
Hasil
Karakteristik pasien. Usia rata-rata dari 158 yang resistan terhadap obat
Kasus TB yang termasuk dalam penelitian ini adalah 33 tahun (rentang interkuartil,
27 hingga 42); 74 (46,8%) adalah laki-laki (lihat Tabel S1 dalam suplemen
bahan); dan 21 (13,3%) terinfeksi HIV. Dua puluh tujuh
(17,1%) dari kasus memiliki riwayat TB sebelumnya. Kasus TB
dengan resistensi obat paling sering lahir di Asia (54 kasus,
34,2%), diikuti oleh Afrika sub-Sahara (43 kasus, 27,2%); hanya 24
kasus (15,2%) lahir di Swiss. Di antara kasus TB MDR, hanya 4
(8,3%) lahir di Swiss.
Resistensi obat fenotipik. Profil resistensi adalah ringkasan
tertera pada Tabel 1. Empat puluh delapan dari 158 isolat adalah residrug multidrug
tant. Di antara 154 isolat yang resisten terhadap isoniazid, 83 (53,9%) memiliki a
hasil DST semiquantitatif dari
10,0 g / ml, dan 30 isolat
(19,5%) memiliki hasil 1,0 g / ml (lihat Tabel S2 dalam
materi mental). Semua kecuali dua isolat yang tahan rifampisin (94,1%)
memiliki tingkat resistensi obat yang tinggi (50,0 g / ml) (lihat Tabel S2). Itu
25 strain yang resisten etambutol memiliki hasil DST semiquantitatif
12,5 g / ml (lihat Tabel S2 dalam bahan tambahan).
Mutasi yang memberi resistensi obat. Yang paling sering
mutasi yang memberi resistansi obat terhadap isoniazid adalah katG ( S315T )
(101 isolat, 65,6%) dan inhA promoter 15C / T (35 isolat,
22,7%); tidak ada mutasi ditemukan pada 9 isolat (5,8%). Semua obat
mutasi resistansi berunding tercantum dalam Tabel S3 dan S4 pada
bahan tambahan. Saat membandingkan MDR dan non-
Isolat MDR, kami menemukan bahwa katG ( S315T ) lebih sering
di antara isolat MDR (85,4% berbanding 56,6%, P
0,0001). Di

Gambar 1 Asosiasi antara tingkat resistensi obat dan pemberian resistensi obat mutasi cincin di
antara Mycobacterium tuberculosis yang resistan terhadap obat isoniazid strain. Setiap kategori
mutasi dibandingkan dengan semua kategori lainnya; level rendah resistensi obat (1g / ml)
adalah referensi. Nilai P dari uji linier untuk tren adalah ditampilkan. Kategori " mutasi katG
315" termasuk campuran katG / inhA pro-mutan moter (10 strain) dan mutan ganda katG (3
strain)

Selain itu, kami menemukan enam mutasi katG baru [ katG ( A256T ),
katG ( G269S ), katG ( P280S ), katG ( M296T ), katG ( G297L ), dan
katG ( D329A )] dan dua Inha mutasi promotor [ Inha pro
moter 113A / C dan inhA promoter 47G / C] sebelumnya tidak
porting dalam database Mutasi Resistansi Obat TB (29) ( http:
//www.tbdreamdb.com ).
Pada 52 strain yang resistan terhadap rifampisin, rpoB ( S531L ) adalah yang paling
banyak
mutasi resistansi pemberian rifampisin yang sering (30 isolat,
57,7%), diikuti oleh rpoB ( H526D ) (9 isolat, 17,3%) (lihat Ta-
Ble S5 dalam bahan tambahan). Kami juga menemukan yang baru
mutasi rpoB (I572M) yang belum pernah dijelaskan sebelumnya.
Di antara empat strain monoresistant rifampisin, kami mendeteksi
mutasi rpoB H526D, Q513K, S531W, dan L533P, masing-masing
secara aktif (lihat Tabel S5 dalam materi tambahan). Di antara 25
strain yang tahan etambutol, mutasi yang paling sering adalah
embB ( M306V ) (44,0%) (lihat Tabel S6); dalam 7 strain, tanpa mutasi
tion ditemukan (28,0%).
Efek fenotipik dari mutasi yang memberikan resistensi obat.
Kami mengeksplorasi apakah pemberian obat itu berbeda
mutasi dikaitkan dengan fenotip bakteri atau pasien.
Di antara strain yang resisten terhadap isoniazid, kami menemukan bahwa M.
tuberculosis
isolat dengan mutasi katG 315 (termasuk isolat dengan ad-
ditional Inha promotor mutasi [ n
101]) sangat terkait
dirawat dengan resistensi obat tingkat tinggi. Sebaliknya, mengisolasi dengan
hanya mutasi promoter 15 inhA ( n
31) dipamerkan tingkat rendah
perlawanan. Mengisolasi dengan mutasi lain atau tidak terdeteksi ( n
22)
juga dikaitkan dengan resistansi isoniazid tingkat rendah (Fig. 1).
Di antara strain yang resistan terhadap rifampisin, tidak ada yang signifikan secara
statistik.
hubungan yang kuat antara mutasi rpoB yang berbeda dan
tingkat resistensi rifampisin.
Di antara isolat yang resisten terhadap isoniazid, katG 315 dan inhA pro-
moter 15 mutasi adalah satu-satunya mutasi yang ditemukan di molekul
cluster, yang menunjukkan keberhasilan transmisi (Meja 2; sabar
rinciannya tercantum pada Tabel S7 dalam bahan tambahan). Swiss-
kasus terlahir lebih sering terjadi pada kasus yang berkerumun (4/7 Swiss
terlahir di antara kelompok yang dibandingkan dengan 20/147 di antara yang tidak
tersentuh
kasus, P
0,01) (Meja 2).
Hubungan antara garis keturunan M. tuberculosis utama dan obat
perlawanan. Untuk menguji apakah latar belakang genetik strain bisa
mempengaruhi resistansi obat pada M. tuberculosis , kami mengelompokkan semua
isolat
menjadi salah satu dari enam garis keturunan filogenetik utama M. tuberculosis
(17). Ketika membandingkan representasi garis keturunan di antara obat-
strain resisten dengan sekelompok 353 isolat pansus yang dapat dipulihkan
ered selama studi yang sama (12), kami menemukan bahwa garis keturunan 2
(termasuk
Strain Beijing) dikaitkan dengan resistensi fenotipik:
disesuaikan ATAU membandingkan garis keturunan 2 dengan garis keturunan 4
adalah 3.0 (95%
interval kepercayaan [CI], 1,7 hingga 5,6; P
0,0001). Asosiasi ini
lebih kuat untuk resistensi multi-obat (OR yang disesuaikan, 7,3; 95% CI,
3.4 hingga 15.8; P 0,0001) dan juga terlihat ketika dikelompokkan berdasarkan HIV
status (Tabel 3).
Untuk menguji apakah latar belakang genetik strain dapat mempengaruhi
jalur evolusi untuk resistensi isoniazid, kami membandingkan
distribusi muta- yang memberikan resistensi isoniazid yang berbeda
tions melintasi garis keturunan M. tuberculosis utama . Saat membandingkan
inhA promoter 15C / T mutasi dengan semua kation mutasi lainnya
gories, kami menemukan bahwa promotor inha
15C / T mutasi adalah
sangat terkait dengan garis keturunan 1 (OR, 6,4; 95% CI, 2,0 hingga 20,7; P
0,002) (Tabel 4 ) .
Interaksi antara mutasi dan ketegangan resistansi obat
latar belakang genetik. DST semiotantitatif fenotipik kami
menunjukkan bahwa strain yang menahan pemberian obat yang sama
mutasi cincin menunjukkan tingkat resistensi obat yang berbeda. Ini
khususnya benar dalam kasus resistensi terhadap isoniazid (Fig. 1). Kita
dengan demikian dihipotesiskan bahwa interaksi epistatik antara strain
latar belakang genetik dan pemberian obat yang resistan terhadap obat tertentu
mutasi dapat mempengaruhi tingkat resistansi obat isoniazid di
M. tuberculosis . Saat membandingkan tingkat resistensi obat isoniazid
Tabel 2 :
Tabel 3 :
(dikategorikan sebagai 3,0 atau 3,0 g / ml) dalam strain yang mengandung baik
yang katG ( S315T ) atau Inha promotor 15 C / T mutasi, kami menemukan
efek signifikan secara statistik dari garis turunan regangan. Seperti yang ditunjukkan
pada Gambar. 2,
garis keturunan MTBC utama tidak terdistribusi secara merata
pada tingkat resistensi obat dan mutasi resistansi obat. Strain
menyembunyikan mutasi katG 315 dan hasil DST semiquantitatif
di bawah 3.0g lebih sering dimiliki oleh garis keturunan 1 (60.0% di antaranya
strain dengan hasil DST semiquantitatif di bawah 3,0 g dibandingkan
hingga 2,1% di antara strain dengan hasil DST semiquantitatif di atas
3.0 g) dan lebih jarang ke garis keturunan 4 (40.0% di antara strain dengan
hasil DST semiquantitatif di bawah 3,0 g dibandingkan dengan 67,7%
di antara strain dengan hasil DST semiquantitatif di atas 3,0 g,
P
0,004 dengan uji pasti Fisher) (Fig. 2). Strain menyimpan apa pun
mutasi promotor inhA dan hasil DST semiquantitatif di atas
3.0 g dimiliki secara eksklusif oleh garis keturunan 1 dan 2 ( P 0,01 oleh Fish-
er tes yang tepat). Karena isolat ini diperoleh dari pasien dari
berbagai negara di Asia dan Afrika, kami tidak dapat menjelaskan hal ini
menemukan dengan sifat regangan spesifik individu.
Akhirnya, kami menguji interaksi menggunakan regresi logistik dengan
istilah interaksi antara mutasi resistansi obat dan genetik
latar belakang regangan (dikategorikan secara filogenetik "modern" dan
Alunan “kuno” [17 , 26] dan di semua garis silsilah). Kombinasi
dari Inha mutasi promotor dengan latar belakang genetik “modern”
dikaitkan dengan tingkat resistensi obat isoniazid yang lebih rendah (3,0
g) daripada yang ditemukan dalam galur dengan mutasi katG 315 (interaksi
tion P value adalah 0,0001) (lihat Tabel S8 di mate- tambahan
rial). Tes interaksi mutasi resistansi obat di semua lini
eages sangat signifikan ( P
0,0001 dari Mantel-Haenszel
perhitungan), sekali lagi menunjukkan bahwa interaksi epistatik antara
mutasi yang memberi resistansi terhadap obat dan ketegangan genetik
tanah dapat mempengaruhi tingkat resistensi obat.
Diskusi
Kami mempelajari efek gabungan dari pemberian resistensi obat
mutasi dan saring latar belakang genetik pada TB yang resistan terhadap obat di
sebuah studi berbasis populasi 9 tahun di Swiss. Kami mengamati sinyal
efek yang signifikan dari interaksi antara efek resistensi obat
mutasi tance-conferring dan saring latar belakang genetik
tingkat resistensi obat.
Konsisten dengan temuan di wilayah geografis lain (1 , 6 , 16,
19), kami menemukan rpoB ( S531L ) (memberikan resistensi terhadap rifam-
pin) dan katG ( S315T ) (memberikan resistensi terhadap isoniazid)
mutasi paling sering di Swiss (6 , 16). Kami menemukan
sedikit bukti untuk perbedaan tingkat resistensi spesifik mutasi
untuk rifampisin dan etambutol, mungkin karena sampel kecil
ukuran. Namun, untuk isoniazid, mutasi katG 315 dikaitkan
dengan resistansi obat tingkat tinggi, sedangkan strain menyimpan inhA
mutasi promoter 15 hanya memiliki resistansi tingkat rendah (5 , 7 , 22,
32). Lebih lanjut, kami menemukan mutasi tak dikenal lainnya
juga dikaitkan dengan resistansi tingkat rendah terhadap isoniazid. Ini
perbedaan tingkat resistansi isoniazid mendukung peningkatan
plementasi DST kuantitatif untuk mendeteksi isoniazid spesifik
mutasi yang memberi resistensi pada TB, ketika pasien terinfeksi
strain yang menunjukkan resistensi tingkat rendah bisa mendapat manfaat dari
dosis berkerut (2 , 21). Mirip dengan penelitian sebelumnya ( 18 , 23), kita
menemukan bahwa isolat MDR lebih mungkin membawa katG ( S315T )
dari strain non-MDR. Ini mungkin mencerminkan seleksi untuk peningkatan
tingkat resistensi isoniazid selama pengobatan. Atau, sebagai
Tabel 4 :

Gambar 2 Distribusi garis keturunan Mycobacterium tuberculosis utama dan hasil uji kerentanan
obat semikuantitatif (g / ml) di antara M. yang resistan terhadap isoniazid .strain TB oleh mutasi
yang memberi resistensi obat. Angka dalam bilah menunjukkan jumlah galur yang absolut. Silsilah
1, silsilah Indo-Oseanik; garis keturunan 2,Garis keturunan Asia Timur (termasuk strain Beijing);
garis keturunan 3, CAS / Delhi; garis keturunan 4, garis keturunan Eropa-Amerika; garis keturunan
lainnya, garis keturunan lainnya termasuk Afrika Barat garis keturunan.
katG ( S315T ) telah dikaitkan dengan efek terbatas pada regangan
kebugaran (27), asosiasi ini mungkin mengindikasikan pemilihan
biaya mutasi kebugaran pada strain MDR.
Kami menemukan bahwa garis keturunan 2 (garis keturunan Asia Timur), yang
termasuk
Strain Beijing, dikaitkan dengan resistensi obat dan MDR
ketika membandingkan dengan populasi kontrol pansusceptible. Garis keturunan
2 strain paling sering diisolasi di Asia Timur dan Tenggara, di Indonesia
negara-negara bekas Uni Soviet, dan di Afrika Selatan (17 , 25,
37). Alasan mengapa strain Beijing sering (tetapi tidak selalu)
terkait dengan resistensi obat tidak diketahui (3). Strain Beijing
dapat memiliki tingkat mutasi keseluruhan yang lebih tinggi, yang dapat
menyebabkan
percepatan akuisisi mutasi resistansi obat (3 , 11). Mengubah-
secara asli, latar belakang strain Beijing bisa lebih efisien
mengimbangi efek kebugaran negatif dari resistensi obat (3).
Kami juga menemukan bahwa mutasi promotor 15C / T inhA adalah
sangat terkait dengan garis keturunan 1 (garis keturunan Indo-Oceanic). Antibiotik
mutasi yang memberikan resistensi otik sering dikaitkan dengan a
biaya kebugaran: strain yang resistan terhadap obat kurang kompetitif dibandingkan
obat-
strain yang rentan (8 , 16 , 28 ) . Karena ada bukti bahwa garis keturunan 1 adalah
kurang ganas dari jenis lainnya (24), akuisisi tambahan
mutasi yang memberikan resistansi terhadap obat yang berbiaya rendah atau tinggi
dapat menyebabkan
Ada penurunan kebugaran keseluruhan dari garis 1 strain ke tingkat itu
menghambat propagasi mereka. Karena itu, garis keturunan yang resistan terhadap
obat 1
strain dengan mutasi tanpa biaya, seperti inhA promoter 15C / T
mutasi, akan memiliki keunggulan seleksi lebih dari 1 garis keturunan
dengan mutasi berbiaya rendah atau tinggi (misalnya, mutasi katG ). Memang, a
laporan terbaru dari India menunjukkan bahwa resistansi mono dan multidrug
tans kurang umum di antara isolat lineage 1 daripada di antara yang lain
garis keturunan (30). Di sisi lain, masih belum jelas mengapa
mekanisme hukuman (10 , 31) tidak akan mengembalikan kebugaran bakteri
pada garis 1 strain dengan mutasi berbiaya rendah atau tinggi. Mirip dengan
studi dari San Francisco dan Belanda (14 , 38), kita
menemukan bahwa hanya promotor katG 315 dan inhA yang murah dan tanpa biaya
mutasi dikelompokkan secara genetik, menunjukkan penularan baru
Sion dari jenis yang resistan terhadap obat. Oleh karena itu, M.
strain berculosis dengan mutasi seperti itu lebih cenderung
Terperangkap. Secara bersama-sama, dengan demikian tampaknya tidak mungkin
asosiasi
antara mutasi line 1 dan inhA promoter15C / T adalah karena
kesempatan, terutama karena fenomena tersebut sekarang telah diamati
melayani secara independen dalam tiga populasi pasien yang berbeda (1 , 14).
Akhirnya, kami menemukan bahwa tingkat resistensi terhadap isoniazid adalah a
fungsi dari kedua pemberian resistensi isoniazid tertentu
mutasi dan strain latar belakang genetik seperti yang didefinisikan oleh
garis keturunan filogenetik utama. Menariknya, di antara strain harbour-
ing katG mutasi dengan tingkat resistensi obat tiba-tiba rendah,
garis 1 lebih umum. Hal yang sama juga berlaku untuk strain
membosankan mutasi promotor inhA dengan obat yang sangat tinggi
tingkat resistensi. Temuan ini menunjukkan bahwa bukan hanya obat
mutasi yang memberi perlawanan (7 , 22 , 32) tetapi juga genetik
latar belakang regangan di mana muta-
Reaksi dapat memodulasi tingkat resistensi obat.
Salah satu kekuatan penelitian kami adalah kami mampu melakukannya
bandingkan resistansi obat fenotipik dan genotipik dengan yang utama
M. tuberkulosis garis keturunan dan fenotip klinis secara nasional
studi berbasis populasi selama 9 tahun. Namun, penelitian kami adalah
dibatasi oleh desain retrospektifnya, yang tidak memungkinkan pengumpulan
semua data klinis yang relevan, dan berdasarkan ukuran sampel, yang hanya
analisis rendah dari kategori yang lebih besar. Selain itu, karena tingginya
proporsi TB yang resistan terhadap obat dari pasien yang lahir di luar Swit Di
Belanda, hasil kami dipengaruhi oleh situasi resistensi obat
di negara Lain.
Sebagai kesimpulan, mutasi global yang paling sering memberi
resistensi obat berdering terhadap obat lini pertama juga merupakan yang paling
bebas
cepat terlihat di Swiss, dan mutasi ini terkait
dengan berbagai tingkat resistensi dan transmisi obat. Belajar kita
memberikan bukti bahwa latar belakang pengaruh strain genetik
tingkat resistensi terhadap isoniazid yang disampaikan oleh obat tertentu
mutasi yang memberi perlawanan. Temuan-temuan ini dapat menyebabkan
pemahaman tentang munculnya resistansi obat pada populasi
tingkat ulasi. Diperlukan studi eksperimental lebih lanjut untuk menentukan
menambang mekanisme yang mendasari dan interaksi antara obat
mutasi resistansi dengan biaya kebugaran yang berbeda, M. tuberculosis
garis keturunan, dan fenotipe resistensi obat.
Ucapan terima kasih
Kami berterima kasih kepada semua pasien TB yang berpartisipasi dalam penelitian
ini. Kita
berterima kasih kepada Swiss HIV Cohort Study dan klinik yang berpartisipasi,
untuk
merawat dokter untuk memberikan informasi klinis, dan kepada Mikro-
Laboratorium biologi untuk menyediakan strain. Kami berhutang budi kepada
Registry Pengawasan TB Nasional di Kantor Federal Kesehatan Masyarakat,
sebagaimana
juga untuk Christa Butz dan Yvonne Bongni dari Bernese Lung Asso-
ciation. Kami juga berterima kasih kepada Claudia Ritter atas bantuan teknis dengan
obat-obatan
pengujian kerentanan dan Hans L. Rieder untuk diskusi bermanfaat sebelumnya
versi naskah.
Pekerjaan ini didukung oleh Yayasan Sains Nasional Swiss
(nomor hibah 324730-12544), Swiss HIV Cohort Study (jumlah hibah)
ber 588), dan Kantor Federal Kesehatan Masyarakat (nomor hibah
09.007368). LF dan ME juga didukung oleh National Institute of
Alergi dan Penyakit Menular (IeDEA Afrika Selatan, nomor hibah
U01AI069924) dan SG oleh National Institutes of Health (hibah nomor
ber R01-AI090928-01 dan HHSN266200700022C) dan Swiss
Yayasan Sains Nasional (nomor hibah PP00A-119205). ECB adalah
didukung oleh Universitas Zürich, Komunitas Eropa (PAR,
FP7-HEALTH-2009241476) dan Kantor Federal Kesehatan Masyarakat
(Pusat Nasional untuk Mycobacteria). Swiss Cohort Study Swiss didukung
diangkut oleh Yayasan Sains Nasional Swiss (nomor hibah 33CS30-
134277).
Para penyandang dana tidak memiliki peran dalam desain studi, pengumpulan dan
analisis data,
keputusan untuk menerbitkan, atau persiapan naskah.
Anggota Epidemiologi Molekul Swiss Tuberkulosis
Kelompok Studi adalah sebagai berikut. Tim koordinasi pusat: Lukas Fenner dan
Matthias Egger, Institut Kedokteran Sosial dan Pencegahan, Bern; Se-
bastien Gagneux dan Marcel Tanner, Kesehatan Tropis dan Masyarakat Swiss
Institut, Basel; dan Hansjakob Furrer, Inselspital Bern. Pusat Nasional
untuk Mycobacteria: Erik C. Böttger, Institute of Medical Microbiology,
Universitas Zürich, Swiss. Laboratorium mikrobiologi: Reno Frei,
Mikrobiologi Klinik, Rumah Sakit Universitas Basel; Thomas Bodmer, Insti-
tute for Infectious Diseases, University of Bern; Beatrice Ninet dan
Jacques Schrenzel, Laboratorium Pusat Bakteriologi, Universitas Hospi-
tal Jenewa; Katia Jaton dan Amalio Telenti, Institut Mikrobiologi,
Rumah Sakit Universitas Lausanne; Hans Siegrist, Mikrobiologi ADMed, La
Chaux-de-Fonds; Gaby E. Pfyffer, Departemen Mikrobiologi Medis,
Luzerner Kantonsspital, Luzern; Thomas Bruderer, Pusat Laboratorium
Kedokteran, St. Gallen; Marisa Dolina, Institut Mikrobiologi Kanton,
Bakteriologi Medis, Bellinzona; dan Olivier Dubuis, Viollier AG Swit-
zerland, Allschwil. Studi Kelompok HIV Swiss: Manuel Battegay, Universitas
Rumah Sakit Basel; Enos Bernasconi dan Andrea Parini Lugano; Matthias
Hoffmann, St. Gallen; Hansjakob Furrer, Inselspital Bern; Matthias Ca-
vassini, Rumah Sakit Universitas Lausanne; Bernard Hirschel, Alexandra
Calmy, Rumah Sakit Universitas Jenewa; dan Jan Fehr, Rumah Sakit Universitas
dari Zurich. Klinik pernapasan: Jean-Paul Janssens, University Hospital of
Jenewa, dan Jesica Mazza Stalder, Rumah Sakit Universitas Lausanne. Fed-
eral Kantor Kesehatan Masyarakat: Peter Helbling dan Ekkehardt Altpeter, Divi-
Sesi Penyakit Menular. Persatuan: Hans L. Rieder, Institute of
Kedokteran Sosial dan Pencegahan, Universitas Zürich, Swiss; Itu
Union, Paris, Prancis.
Anggota Swiss Cohort Study Swiss adalah J. Barth, M. Battegay,
E. Bernasconi, J. Böni, HC Bucher, C. Burton-Jeangros, A. Calmy, M.
Cavassini, C. Cellerai, M. Egger, L. Elzi, J. Fehr, J. Fellay, M. Flepp, P.
Francioli (Presiden SHCS), H. Furrer (Ketua Klinik)
dan Komite Laboratorium), CA Fux, M. Gorgievski, H. Günthard
(Ketua Dewan Ilmiah), D. Haerry (Deputi Positif
Dewan), B. Hasse, HH Hirsch, B. Hirschel, I. Hösli, C. Kahlert, L.
Kaiser, O. Keizer, C. Kind, T. Klimkait, H. Kovari, B. Ledergerber, G.
Martinetti, B. Martinez de Tejada, K. Metzner, N. Müller, D. Nadal, G.
Pantaleo, A. Rauch, S. Regenass, M. Rickenbach (Kepala Pusat Data)
ter), C. Rudin (Ketua Substudy Ibu & Anak), P. Schmid, D.
Schultze, F. Schöni-Affolter, J. Schüpbach, R. Speck, P. Taffé, P. Tarr, A.
Telenti, A. Trkola, P. Vernazza, R. Weber, dan S. Yerly.
Referensi
1. Baker L, Brown T, Maiden MC, Drobniewski F. 2004. Nukleotida diam
polimorfisme dan filogeni untuk Mycobacterium tuberculosis . Muncul.
Menulari. Dis. 10 : 1568 –1577.
2. Blumberg HM, et al. 2003. American Thoracic Society / Centers for Dis-
kemudahan Kontrol dan Pencegahan / Penyakit Menular Society of America:
pengobatan TBC. Saya. J. Respir. Crit. Peduli Med. 167 : 603- 662.
3. Borrell S, Gagneux S. 2009. Infeksi, kebugaran reproduksi dan evo-
lution Mycobacterium tuberculosis yang kebal obat . Int. J. Tuberc. Paru-paru
Dis. 13 : 1456 –1466.
4. Borrell S, Gagneux S. 2011. Keanekaragaman strain, epistasis dan evolusi
resistensi obat pada Mycobacterium tuberculosis . Clin. Mikrobiol. Menulari. 17 :
815–820.
5. Böttger EC. 2011. Seluk beluk obat Mycobacterium tuberculosis
pengujian kerentanan. Clin. Mikrobiol. Menulari. 17 : 1128 –1134.
6. Böttger EC, Pletschette M, Andersson D. 2005. Resistansi terhadap obat dan
kebugaran pada infeksi Mycobacterium tuberculosis . J. Menginfeksi. Dis. 191 :
823–
824.
7. Böttger EC, Springer B. 2008. Tuberkulosis: resistensi obat, kebugaran, dan
strategi untuk kontrol global. Eur. J. Pediatr. 167 : 141–148.
8. Böttger EC, Springer B, Pletschette M, Sander P. 1998. Kebugaran
mikroorganisme yang kebal antibiotik dan mutasi kompensasi. Nat.
Med. 4 : 1343–1344.
9. Brosch R, et al. 2002. Skenario evolusi baru untuk Mycobacterium
kompleks tuberkulosis . Proc Natl. Acad. Sci. AS 99 : 3684 –3689.
10. Koma I, dkk. 2012. Pengurutan seluruh genom yang resistan terhadap rifampisin
Strain Mycobacterium tuberculosis mengidentifikasi mutasi kompensasi pada
Gen RNA polimerase. Nat. Genet. 44 : 106 –110.
11. Dos Vultos T, dkk. 2008. Evolusi dan keanekaragaman bakteri klon:
paradigma Mycobacterium tuberculosis . PLoS One 3 : e1538.
12. Fenner L, dkk. 2012. Penularan Mycobacterium tuberculosis di suatu negara
coba dengan insiden TB yang rendah: peran imigrasi dan infeksi HIV
tion. J. Clin. Mikrobiol. 50 : 388 –395.
13. Fenner L, dkk. 2011. "Pseudo-Beijing": bukti untuk evolusi konvergen
tion di daerah pengulangan langsung Mycobacterium tuberculosis . PLoS Satu
6 : e24737.
14. Gagneux S, et al. 2006. Dampak genetika bakteri pada penularan
isoniazid-resisten Mycobacterium tuberculosis . PLoS Pathog. 2 : e61.
15. Gagneux S, et al. 2006. Kompatibilitas host-patogen variabel dalam Myco-
bakteri TBC . Proc Natl. Acad. Sci. AS 103 : 2869 –2873.
16. Gagneux S, et al. 2006. Biaya kompetitif resistensi antibiotik di Indonesia
Mycobacterium tuberculosis . Sains 312 : 1944 –1946.
17. Gagneux S, PM Kecil. 2007. Filogeografi global Mycobacterium
TBC dan implikasi untuk pengembangan produk TBC. Lan-
cet Infect. Dis. 7 : 328–337.
18. Hazbon MH, et al. 2006. Studi genetika populasi resistensi isoniazid
mutasi dan evolusi Mycobacterium tubercu- yang resisten multi -obat
losis . Antimicrob. Agen Chemother. 50 : 2640 –2649.
19. Johnson R, et al. 2006. Pengujian resistensi etambutol dengan deteksi mutasi
tion. Int. J. Tuberc. Dis paru-paru. 10 : 68 –73.
20. Johnston JC, Shahidi NC, Sadatsafavi M, FitzGerald JM. 2009. Perlakukan-
hasil akhir dari TB yang resistan terhadap beberapa obat: tinjauan sistematis
dan meta-analisis. PLoS One 4 : e6914.
21. Katiyar SK, Bihari S, Prakash S, Mamtani M, Kulkarni H. 2008. A
Fenner et al.
3052 aac.asm.org
Agen Antimikroba dan Kemoterapi
pada 5 Oktober 2019 oleh tamu
http://aac.asm.org/
Diunduh dari

uji coba terkontrol secara acak dari terapi adjuvant isoniazid dosis tinggi untuk
TBC yang resistan terhadap beberapa obat. Int. J. Tuberc. Dis paru-paru. 12 : 129 –
145.
22. Kim SJ. 2005. Tes kerentanan obat dalam TB: metode dan
keandalan hasil. Eur. Respir. J. 25 : 564 –569.
23. Lipin MY, Stepanshina VN, Shemyakin IG, Shinnick TM. 2007. Juga
hubungan mutasi spesifik pada gen katG , rpoB , rpsL dan rrs dengan spoli-
Gotypes dari isolat Mycobacterium tuberculosis tuberculosis yang resistan terhadap
beberapa obat di Rusia
sia. Clin. Mikrobiol. Menulari. 13 : 620 - 626.
24. Mitchison DA, et al. 1960. Perbandingan virulensi pada marmut
basil tuberkel India Selatan dan Inggris. Tubercle 41 : 1–22.
25. Parwati I, van Crevel R, Van Soolingen D. 2010. Kemungkinan mendasarinya
mekanisme untuk keberhasilan kemunculan Mycobacterium tuberculosis
strain genotipe. Lancet Menginfeksi. Dis. 10 : 103–111.
26. Portevin D, Gagneux S, Komas I, Young D. 2011. Makrofag manusia
tanggapan terhadap isolat klinis dari kompleks Mycobacterium tuberculosis
membedakan antara garis keturunan kuno dan modern. PLoS Pathog.
7 : e1001307.
27. Pym AS, Saint-Joanis B, Cole ST. 2002. Pengaruh mutasi katG pada
virulensi Mycobacterium tuberculosis dan implikasi untuk penularan
Sion pada manusia. Menulari. Imun. 70 : 4955–4960.
28. Sander P, et al. 2002. Biaya kebugaran resistensi obat kromosom-
memberi mutasi. Antimicrob. Agen Chemother. 46 : 1204 –1211.
29. Sandgren A, et al. 2009. Database mutasi resistansi obat tuberkulosis.
PLoS Med. 6 : e2.
30. Shanmugam S, Selvakumar N, Narayanan S. 2011. Resistensi terhadap obat
di antara berbagai genotipe Mycobacterium tuberculosis yang diisolasi dari
pasien dari Tiruvallur, India Selatan. Menulari. Genet. Evol. 11 : 980–986.
31. Sherman DR, et al. 1996. Ekspresi gen ahpC kompensasi dalam isoni-
Mycobacterium tuberculosis yang resisten terhadap azid . Sains 272 : 1641–1643.
32. Springer B, Calligaris-Maibach RC, Ritter C, Böttger EC. 2008. Umbi-
resistensi obat culosis di daerah dengan endemisitas rendah pada tahun 2004 hingga
2006: semi
uji kerentanan obat kuantitatif dan genotip. J. Clin. Mikrobiol.
46 : 4064 - 4067.
33. Springer B, Lucke K, Calligaris-Maibach R, Ritter C, Böttger EC. 2009
Pengujian kerentanan kuantitatif Mycobacterium tuberculosis dengan menggunakan
MGIT 960 dan instrumentasi EpiCenter. J. Clin. Mikrobiol. 47 : 1773–1780.
34. Sreevatsan S, et al. 1997. Polimorfisme gen struktural terbatas dalam
Kompleks Mycobacterium tuberculosis menunjukkan global baru yang evolusioner
penyebaran. Proc Natl. Acad. Sci. AS 94 : 9869–9874.
35. Pasokan P, dkk. 2006. Proposal untuk standardisasi my- dioptimalkan
unit berulang variabel-variabel-nomor tandem cobacterial diselingi
mengetik gambut Mycobacterium tuberculosis . J. Clin. Mikrobiol. 44 : 4498 -
4510.
36. Telenti A, et al. 1993. Deteksi mutasi resistansi rifampisin pada
Mycobacterium tuberculosis . Lancet 341 : 647- 650.
37. Tsolaki AG, et al. 2005. Penghapusan genom mengklasifikasikan strain Beijing
/W
sebagai garis keturunan genetik yang berbeda dari Mycobacterium tuberculosis . J.
Clin. Mikro-
biol. 43 : 3185–3191.
38. van Soolingen D, et al. 2000. Mutasi pada posisi asam amino 315 dari
gen katG dikaitkan dengan resistensi tingkat tinggi terhadap isoniazid, obat lain
resistensi, dan keberhasilan penularan Mycobacterium tuberculosis di Indonesia
Belanda. J. Menginfeksi. Dis. 182 : 1788 –1790.
39. Wright A, et al. 2009. Epidemiologi resistensi obat antituberkulosis
2002-07: analisis terkini dari Proyek Global Anti-Tuberkulosis
Pengawasan Resistansi Narkoba. Lancet 373 : 1861–1873.