Digital Droplet PCR
Digital Droplet PCR
Sukma Nuswantara@2017 1
JENIS-JENIS PCR
GENERASI 1
GENERASI 2
GENERASI 3
COMBINATION :
DD-PCR END POINT &
FLUORESCENT
Sukma Nuswantara@2017 2
DROPLET DIGITAL PCR (DD-PCR)
- Amplifikasi dengan PCR biasa
- Hasil PCR dibuat droplet berukuran nano dalam bentuk emulsi air-minyak
sejumlah ± 20.000 nanodroplets = 20.000 PCR dalam satu tabung
- Setiap droplet dilalukan dalam microchannel dan dianalisis dengan sinar
laser
Pembuatan
nanodroplet
Sukma Nuswantara@2017 3
PERANGKAT KERAS DIGITAL PCR
1. PCR biasa
2. Droplet maker
3. Processor/reader
4. Monitor display
1 2 3 4
Sukma Nuswantara@2017 4
Sukma Nuswantara@2017 5
Sukma Nuswantara@2017 6
Sukma Nuswantara@2017 7
• Kuantifikasi absolut: Tidak tergantung standar kalibrasi
kuantitatif dan referensi (mis. Ct)
• Lebih presisi : pengulangan PCR dalam 20.000 droplets/20 uL
(target langka terdeteksi)
• Signal-to-noise ratio: lebih tinggi, error lebih rendah
• Toleransi lebih tinggi terhadap inhibitor
• Mampu menganalisa campuran yang kompleks dan mendeteksi
kontaminasi
• Mendeteksi perubahan kecil secara linier
Sukma Nuswantara@2017 8
Sukma Nuswantara@2017 9
Positive
Threshold
Negative
Sukma Nuswantara@2017 10
KONTAMINASI PADA
SAMPEL : QC
Sukma Nuswantara@2017 11
KUANTIFIKASI ABSOLUT
Sukma Nuswantara@2017 12
APPLICATION OF DD PCR
•Liquid biopsy
•Copy number variation (CNV)
•Rare sequence detection
•Gene expression and miRNA analysis
•Single-cell analysis
•Pathogen detection
•Next-generation sequencing (NGS) library
analysis
Sukma Nuswantara@2017 13
DETEKSI TARGET LANGKA
(RARE EVENT DETECTION)
Sukma Nuswantara@2017 14
PRINSIP RARE-EVENT DETECTION
Reaksi PCR = 20uL
Sukma Nuswantara@2017 15
Catatan: Optimasi temperature (gradient) untuk panjang produk yang berbeda
(mis. pada multipleks PCR) lebih mudah terlihat dibandingkan PCR biasa
Sukma Nuswantara@2017 16
Sukma Nuswantara@2017 17
Sukma Nuswantara@2017 18
Sukma Nuswantara@2017 19
1. Studi biomarka dan CNV (Copy Number Variations)
2. Pembuatan standar absolut molekuler
3. Deteksi sekuen dan mutasi langka
4. Deteksi Patogen
5. Next Generation Sequencing
6. Analisis ekspresi gen
7. Analisis lingkungan
8. Food testing
9. dll
Sukma Nuswantara@2017 20
nuswantara@gmail.com
Sukma Nuswantara@2017 21