BAB 1.

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Gen merupakan unit molekul DNA atau RNA dengan panjang molekul
tertentu yang membawa informasi mengenai urutan asam amino yang lengkap suatu
protein atau yang menentukan struktur lengkap suatu molekul rRNA atau tRNA
(Yuwono, 2005 : 79). Gen dapat diwariskan dan diekspresikan. Ekspresi gen
merupakan rangkaian proses penerjemahan informasi genetik dalam bentuk
urutan basa pada DNA atau RNA menjadi protein (Moran, 634). Ekspresi gen
adalah suatu rangkaian kompleks yang melibatkan banyak faktor. Salah satu ciri
penting pada sistem jasad hidup adalah keteraturan sistem. Oleh karena itu dalam
ekspresi gen proses pengendalian (regulasi) sistem menjadi bagian mendasar dan
penting. Secara umum dapat dikatakan bahwa proses ekspresi genetik dimulai dan
diatur sejak pra inisiasi transkripsi. Mekanisme pengaturan ekspresi gen ini disebut
dengan regulasi ekspresi gen.
Regulasi ekspresi gen merupakan aspek yang sangat penting bagi jasad
hidup. Tanpa sistem pengendali yang efisien, sel akan kehilangan banyak energi
yang akan merugikan jasad hidup. Dalam sistem molekuler ada banyak sistem
pengendali ekspresi gen yang menentukan kapan suatu gen tertentu diaktifkan dan
diekspresikan untuk menghasilkan suatu produk ekspresi. Regulasi ekspresi gen
paling banyak dimengerti melalui mekanisme yang dipelajari pada bakteri.
Bakteri Escheria coli merupakan salah satu jasad hidup prokariotik yang paling
banyak dipelajari aspek fisiologi dan molekulernya. Bakteri ini mempunyai lebih
dari 4.000 gen yang berbeda dan sekarang jasad ini telah selesai dipetakan dan
diketahui urutan nukleotidanya secara lengkap. Jasad ini memiliki DNA yang lebih
sederhana dan lebih sedikit mengandung pasangan basa nukleotida, berbentuk
sirkuler. Jasad ini juga memiliki operon yang nantinya berperan dalam regulasi
ekspresi gen.
Masih termasuk dalam regulasi ekspresi gen adalah proses diferensial sel
pada eukariotik multiseluler. Semua makhluk hidup termasuk manusia berasal dari
satu sel, sehingga semua sel yang berasal dari sel awal ini akan mempunyai
kandungan genetik yang sama. Melalui proses diferansial sel akan dihasilkan
berbagai jaringan dan organ. Dalam suatu organ disintesis suatu produk, sedangkan
pada organ lain disintesis produk yang lain. Jadi walaupun semua sel tersenut
mempunyai kandungan genetik yang sama, ternyata terdapat gen-gen yang
diekspresikan hanya pada organ tertentu.
 BAB 2. PEMBAHASAN

2.1 Ekspresi Gen

Ekspresi gen merupakan rangkaian proses penerjemahan informasi genetik,
dalam bentuk urutan basa pada DNA atau RNA, menjadi protein. Ekspresi genetik
adalah suatu rangkaian proses kompleks yang melibatkan banyak faktor. Salah satu
ciri penting pada jasad hidup adalah keteraturan sistem (Lehninger, 2004:1084).
Ekspresi gen di dalam sel memerlukan dua proses yaitu transkripsi dan translasi.
Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada urutan
DNA menjadi RNA. Transkripsi adalah proses yang mengawali ekspresi sifat-sifat
genetik (Yuwono, 2010:133). Urutan nukleotida pada salah satu untaian molekul
DNA digunakan sebagai cetakan (template) untuk sintesis molekul RNA. Molekul
RNA yang disintesis adalah mRNA (messenger RNA), tRNA (transfer RNA) dan
rRNA (ribosomal RNA). Molekul mRNA adalah RNA yang merupakan salinan
kode-kode genetik pada DNA yang dalam proses selanjutnya (pada proses translasi)
akan diterjemahkan menjadi urutan asam-asam amino yang menyusun suatu
polipeptida atau protein tertentu. tRNA adalah RNA yang berperan membawa
asam-asam amino spesifik yang akan digabungkan dalam sisntesis protein
(translasi). Molekul rRNA adalah RNA yang digunakan untuk menyusun ribosom,
yaitu partikel sel yang digunakan sebagai tempat untuk sintesis protein.
Dalam transkripsi beberapa komponen utama yang terlibat adalah : (1)
urutan DNA yang akan ditranskripsi, (2) enzim RNA polimerase, (3) faktor-faktor
yang ditranskripsi dan (4) prekursor untuk sintesis RNA. Urutan DNA yang
ditranskripsi adalah gen yang yang diekspresikan. Secara garis besar gen
merupakan suatu urutan DNA yang mengkode urutan lengkap asam amino suatu
polipeptida atau molekul RNA tertentu. Secara umum gen prokatiotik tersusun atas
atas tiga bagian utama yaitu ; daerah pengendali yang disebut promoter, bagian
struktural dan terminator. Promoter adalah bagian gen yang berperan dalam
mengendalikan proses transkripsi dan terletak pada ujung. Bagian struktural adalah
bagian yang terletak pada hilir dari promoter. Bagian inilah yang mengandung
urutan DNA spesifik yang akan ditranskripsi. Terminator adalah bagian gen yang
terletak di sebelah hilir dari bagian struktural yang berperan dalam pengakhiran
proses transkripsi. Secara umum struktur gen digambarkan sebagai berikut :

Gen-gen yang bertanggung jawab dalam jalur kimia tertentu biasanya

diorganisasikan dalam struktur operon. Operon adalah organisasi beberapa gen
struktural yang ekspresinya dikendalikan satu promoter yang sama. Dalam operon
terdapat operator, yaitu urutan nukleotida yang terletak diantara promoter dan
bagian struktural dan merupakan tempat pelekatan protein represor. Gen struktural
mengkode protein yang berbeda, tetapi protein tersebut digunakan untuk rangkaian
proses metabolime yang sama. Salah satu contoh adalah operon lac.
Operon lac terdiri atas tiga macam gen struktural yang mengkode
tiga macam enzim yaitu, gen Z (mengkode β–galaktosidase), gen Y (mengkode
permease) dan gen A (mengkode trans-asetilase). Ketiga macam gen tersebut diatur
ekspresinya oleh satu promoter yang sama. Aktivitas promoter diatur oleh gen
represor yang mengkode protein represor. Struktur operon lac pada
bakteri E.Coli digambarkan sebagai berikut :

Pada waktu ditranskripsi operon lac akan menghasilkan satu untaian mRNA
yang membawa kode-kode genetik untuk tiga macam polipeptida berbeda. Oleh
karena itu mRNA disebut juga sebagai mRNA polisistronik. Selanjutnya mRNA
yang polisistronik tersebut akan ditranslasi menghasilkan tiga macam protein yang
mempunyai fungsi yang berbeda dalam proses metabolisme laktosa.

2.2 Regulasi Ekspresi Gen

Regulasi ekspresi gen merupakan proses pengaturan dalam penterjemahan
informasi genetik. Regulasi ekspresi gen adalah suatu pengendalian gen yang
berfungsi untuk memunculkan fenotipe dari genotipe. Proses pengaturan ini
dilakukan dengan cara menghentikan produksi enzim, melalui penghentian gen
penyandinya. Regulasi ekspresi gen pada bakteri dimulai dari proses transkripsi. Ini
artinya jika suatu protein (yang dikodekan oleh gen) diperlukan, protein akan
ditranskripsi. Sedangkan jika suatu protein (yang dikodekan oleh gen) tidak
diperlukan, maka protein tidak akan ditranskripsi. Pengendalian ekspresi gen
merupakan aspek penting bagi jasad hidup. Tanpa sistem pengendalian yang
efisien, sel akan kehilangan banyak energi yang justru merugikan jasad hidup.
Bakteri E.coli merupakan salah satu contoh jasad hidup prokariotik yang paling
banyak dipelajari aspek fisiologi dan molekulernya. Dalam sistem molekulernya
bakteri ini mempunyai banyak sistem pengendalian ekspresi genetik yang
menentukan kapan suatu gen tertentu diaktifkan dan diekspresikan untuk
menghasilkan suatu produk ekspresi.
Pengendalian suatu gen melibatkan aktivitas gen regulator (Lehninger,
2004: 1082). Secara umum dikenal dua sistem pengendalian ekspresi gen, yaitu:
pengendalian positif dan negatif. Pengendalian positif pada suatu operon artinya
operon diaktifkan oleh produk gen regulator. Sebaliknya, pengendalian negatif
berarti operon tersebut dinonaktifkan oleh produk ekspresi gen regulator.
Pengendalian positif membutuhkan protein untuk terjadinya transkripsi, sedangkan
pengendalian negatif membutuhkan protein untuk menghambar terjadinya
transkripsi. Produk gen regulator ada dua macam yaitu : aktivator dan represor.
Aktivator berperan dalam pengendalian secara positif, dan represor berperan dalam
pengendalian secara negatif. Produk gen regulator bekerja dengan cara menempel
pada sisi pengikatan protein regulator pada daerah promoter gen yang diaturnya.
Pengikatan aktivator atau represor pada promoter ditentukan oleh keberadaan
molekul efektor yang biasanya berupa molekul kecil seperti asam amino, gula dan
metabolit serupa lainnya. Molekul efektor yang mengaktifkan ekspresi gen disebut
induser. Sedangkan yang bersifat menekan ekspresi gen disebut represor. Lebih
jauh pengendalian positif dan negatif dapat dibedakan menjadi dua sistem yaitu
sistem yang dapat diinduksi (inducible system) dan sistem yang dapat ditekan
(repressible system).

2.3 Induksi Dan Represi Operon

Pengendalian secara negatif pada operon artinya operon dinoaktifkan oleh
produk gen regulator (represor), sehingga bila represor ini menempel pada operator
akan dapat menghambat transkripsi. Operon dapat diaktifkan dengan cara
diinduksi. Induksi operon terjadi apabila ada molekul efektor dalam sel. Molekul
efektor merupakan molekul yang mengikat protein dan dapat merubah aktivitas
protein. Molekul efektor yang dapat meningkatkan aktivitas protein disebut dengan
induser. Dalam hal ini induser akan berikatan dengan represor, untuk kemudian
mengubah struktur dari represor. Hal ini mengakibatkan represor tidak dapat lagi
berikatan dengan operator. Dengan demikian transkripsi dapat berjalan. Secara
skematis sistem pengendalian negatif dapat digambarkan sebagai berikut :

Dari gambar dapat dijelaskan bahwa pada pengendalian negatif dilakukan

oleh protein represor yang dihasilkan oleh gen regulator. Pada gambar satu, represor
ini menempel pada operator. Penempelan menyebabkan RNA polimerase tidak
dapat melakukan transkripsi gen-gen struktural, sehingga operon mengalami
represi (penekanan). Proses ini akan terjadi secara terus menerus selama tidak ada
induser di dalam sel. Ini disebut dengan mekanisme efisiensi seluler karena sel tidak
perlu mengaktifkan operon jika memang tidak ada induser sehingga energi seluler
dapat dihemat. Pada gambar dua, menjelaskan jika ada induser maka, induser
melekat pada bagian represor dan mengubah struktur dari represor, sehingga
mengubah allosterik konformasi molekul represor. Hal ini mengakibatkan represor
tidak dapat menempel lagi pada operator dan represor tidak mampu menghambat
transkripsi, sehingga RNA polimerase akan terus berjalan. Pada gambar ketiga,
represor yang dihasilkan pada gen regulator tidak berikatan dengan ko-represor
akan menjadi tidak aktif dan transkripsi pun akan tetap berjalan. Terakhir pada
gambar ke empat represor yang berikatan dengan ko-represor pada sisi
allosteriknya akan menghambat transkripsi.
Pada sistem pengendalian positif pada gen operon, operon diaktifkan oleh
produk gen regulator, yaitu aktivator. Aktivator dapat bekerja (diaktifkan) bila ada
induser. Kemudian aktivator yang telah berikatan dengan induser akan menempel
pada operator. Dengan demikian transkripsi dapat berjalan. Transkripsi dapat
dihentikan kembali bila ada ko-represor. Ko-represor dapat berikatan dengan
aktivator dan menonaktifkan kerja aktivator. Secara skematis pengendalian positif
operon dapat digambarkan sebagai berikut :
 Berdasarkan gambar dapat dijelaskan bahwa pengendalian positif operon
diaktifkan oleh produk ekspresi gen regulator. Pada gambar pertama menjelaskan
bahwa gen regulator menghasilkan suatu aktivator yang belum aktif, sehingga
transkripsi tidak bisa berjalan. Pada gambar kedua menjelaskan bahwa aktivator
yang dihasilkan oleh gen berikatan dengan protein induser sehingga aktivator akan
mengalami reaktivasi dan transkripsi pun berjalan. Pada gambar ketiga gen
regulator yang menghasilkan aktivator yang sudah aktif dan transkripsi pun
berjalan. Pada gambar ke empat menjelaskan bahwa aktivator akan berikatan
dengan ko-represor sehinggan menjadi tidak aktif, sehingga tidak akan terjadi
transkripsi