Rangkuman Biomol

Bab 1. Komunikasi sel

 Sel berkomunikasi untuk menyampaikan informasi
 Bentuk komunikasi sel – sel unisel dan sel – sel multiseluler berbeda
 Pd organisme unisel  semua kegiatan yg menunjang kehidupan sel dilakukan sendiri oleh
sel yang bersangkutan
 Pd organisme multisel  semua kegiatan tdk dilakukan sendiri  ada kerjasama diantara
sel2 tsb
 Komunikasi sel menjadi hal yang sangat penting bagi organisme multisel
 Organisme multisel berkomunikasi dan bekerjasama untuk menjaga homeostasis
 Komunikasi sel dilakukan dengan signaling

 Metode Sel berkomunikasi / signaling

 Sel signaling menggunakan messenger kimiawi (protein atau steroid)
 Komunikasi sel jarak dekat (local signaling)
 Komunikasi sel jarak jauh (long distance signaling)
 Komunikasi Antar Sel
 Komunikasi antar sel diperlukan utk :
 mengatur pengembangan & peng-organisasian sel menjadi suatu jaringan
 mengawasi pertumbuhan dan pembelahan
 mengkoordinasi aktivitas
 Komunikasi sel akan melibatkan 2 pihak yaitu:
- pihak yg memberikan pesan dan
- pihak yg menerima pesan  utk dpt menerima pesan maka sel sasaran hrs memiliki
reseptor yg akan meneruskan utk melakukan respon
 Cara Sel Melakukan Komunikasi
 Sel hewan dan sel tumbuhan
dapat berkomunikasi dengan cara
kontak langsung  memiliki cell
junctions yang secara langsung
menghubungkan sitoplasma
dengan sel sebelahnya
 Cara Sel Melakukan Komunikasi (sel Hewan)
 Pada signaling lokal : dapat berkomunikasi melalui
interaksi antara molekul-molekul yang menonjol dari
permukaan sel
 KOMUNIKASI SEL PADA YEAST
1. Pertukaran faktor kawin.
Setiap jenis sel
mengeluarkan a
faktor kawin
yang mengikat
reseptor aktif
sel lainnya
mengetik.
2. Perkawinan. Mengikat
faktor untukreseptor
menginduksi perubahandalam sel itu
mengarah ke mereka
fusi.
3. baru. Sel /
Inti dari
sel yang menyatu
termasuk semua
gen dari
a dan sel.

 Cara Komunikasi Sel Multisel

Sel berkomunikasi dengan cara melepas mesenger
(pembawa pesan)

 Komunikasi antar sel melalui

molekul signaling:
 Sel yang menghasilkan molekul signaling
disebut Signaling cells
 Sel yang menrima molekul signaling disebut Target cells
 Molekul signaling dapat berupa protein, peptide pendek, asam amino, nukleotida, steroid,
retinoid, turunan asam lemak, nitric oxide, carbon monoxide
 Molekul signaling dapat berupa molekul yang disekresikan sel signaling atau berupa molekul
yang menempel di permukaan sel
Signal ekstraseluler berikatan dengan
reseptor spesifik
 Apapun bentuk signal, sel target akan
merespon dengan suatu reseptor spesifik
terhadap molekul signal tersebut dan
menginisiasi serangkaian respon

Empat bentuk signaling komunikasi antar sel

 Signaling jarak dekat

1. Parakrin
 Molekul signal (senyawa kimia) dikeluarkan oleh sebuah sel dan bekerja pada sel
target di dekatnya.
 Molekul pengatur lokal dilepas ke cairan ekstraseluler (contoh: nitric oxide,
histamine, prostaglandin)
Mediator Parakrin
Sifatnya :
 tdk stabil, cepat rusak
 mudah diterima oleh sel sasaran
 Contoh mediator : sitokin
 Jika mediator diterima oleh sel penghasil media-tor maka disebut autokrin
2. Sinaptik
 Sel saraf melepaskan molekul kimia neurotransmiter ke dalam sinapsis.
 Neurotransmitter berdiffusi di daerah sinaps, hingga sel target terstimulasi

Neurotransmitter dan sinaps

 Sinaps adalah celah pada neuron dg neuron atau dg sel lain
 Neurotransmitter (NT) : senyawa kimia pembawa pesan pada celah sinaps
 Mediator ini akan dikeluarkan oleh akson  terdifusi dalam matrik di celah sinaps  akan ditangkap
oleh reseptor pd membran sel target
 Respon : akan mengubah membran sel target pd kegiatan potensial/merubah voltase membran (sinyal
kimia  sinyal listrik)
Signalin Jarak Jauh
1. Endokrin
 Hormonal  Sel endokrin mensekresi hormon ke cairan tubuh seringkali ke
dalam darah
 Hal tersebut memungkinkan hormon mencapai seluruh bagian sel tubuh.
Mediator melalui peredaran darah
 Mediator nya dikenal sbg hormon
 Macam hormon : golongan protein atau steroid
 Hormon Steroid : mudah dalam menyampaikan pesan karena mudah melalui lapisan lipid dari membran
bilayer shg TIDAK PERLU RESEPTOR khusus di permukaan sel. Tetapi mediator steroid mengalami
kesulitan dalam pengangkutannya melalui darah
 Hormon protein : mudah diangkut dalam darah, NAMUN perlu reseptor di permukaan sel target utk
mengenalinya.
 Sbg first messenger
Hormon Protein
 Reseptor utk hormon protein pd membran sel target bertindak sbg transducer dg cara
meng-atur enzim atau pembukaan gerbang ion
 Reseptor hormon protein berada di permukaan sel target
 Sebagai first messenger  setelah ada ikatan antara Hormon dg Receptor maka pesan akan diteruskan
oleh second messenger
 Second messenger bekerja dalam sel yang akan mengubah perilaku sel sebagai bentuk dari respon
 Ada 3 jenis reseptor pd sel target yang dapat membangkitkan
sinyal intraseluler (=second messenger)
Macam Reseptor
 Terdapat tiga tipe reseptor membran yang membantu proses
komunikasi sel
1. Reseptor yang berkaitan dengan Protein G
2. Reseptor yang berkaitan dengan Tyrosine kinases
3. Reseptor yang berkaitan dengan Ion channel
1.Reseptor yang berkaitan dengan Protein G
 nama lain : G-protein linked receptor (GPLR)
 G-protein pd reseptor sebagai molekul intermediat
 Ketika ligan berikatan dg reseptor akan membentuk reseptor

kompleks
 G - protein kemudian diaktifkan dan selanjutnya
berikatan dengan efektor (enzim) yg ada dalam sel
2.Reseptor tirosin kinase
 Reseptor tirosine kinase merupakan reseptor untuk
faktor pertumbuhan
 Reseptor kinase juga merupakan reseptor membran
yang melekatkan fosfat ke tirosin protein
3. Reseptor yang berkaitan dengan Ion
channel
 Reseptor permukaan yg akan membuka/ menutup
pintu gerbang ion dalam membran sel yang akan membangkitkan
sinyal intraseluler

 Membuka atau menutup secara singkat sebagai respon atas

pengikatan suatu neurotransmitter

Hormon steroid
 dpt masuk sel dg ca-ra difusi sederhana.
 Terikat pada reseptor intraseluler (berada dlm sitoplasma)

Proses Komunikasi seluler

 Terdiri dari 3 tahap
1. Penerimaan yaitu pendeteksian sinyal yang datang dari luar sel oleh sel target
2. Transduksi
 Pengikatan molekul sinyal akan mengubah protein reseptor  mengawali proses transduksi
 Reseptor bersifat sangat spesifik
  Intracellular receptors  sitoplasma atau protein nukleus
Molekul sinyal yg menggunakan reseptor ini ada-lah yg kecil atau hidrofobik & dapat
langsung melewati plasma membran
 Reseptor pada membran plasma
3. Respon
 Sinyal yang ditransduksi memicu respon selular spesifik
Lintasan Transduksi Sinyal
1. Kemampuan suatu sel
2. Sinyal kimia akan dikonversi dari satu tipe sinyal menjadi sinyal lain untuk menghasilkan
respon molekular
3. Perubahan sinyal membutuhkan langkah enzimatik
A  B  C dst
 All organisms require signaling pathways to live
KOMPONEN KOMUNIKASI SEL
1. Sinyal (ligan) = molekul kimia (organik/anorganik) yang ada di lingkungan sel
2. Reseptor = bagian sel yang berfungsi untuk mengenal sinyal & menerima sinyal
3. Isyarat molekul internal = mengubah (transduk-si) isyarat asli ke dalam perilaku seluler
4. Target protein : nukleus dan sitoplasma
5. Respon : dapat berupa gerakan, sintesa protein dan pembelahan
SECOND MESANGGER
 Ligan yg terikat pd reseptor (R)  first messenger (berada di luar sel)
 Akibat aktivasi dari Reseptor akan dihasilkan molekul sinyal lain yg dpt terdifusi di
dalam sel yg akan memicu aktivitas dalam sel  second messenger
 PENYIMPANAN SINYAL OLEH SECOND MESANGGER
 Komunikasi yg menggunakan sinyal mediator yg bersifat hidrofilik hanya
dapat mencapai reseptor permukaan sel & tidak dapat mencapai
langsung subtansi genetik shg belum dapat mengubah perilaku sel
target  sehingga diperlukan second messenger
 Perilaku sel target : metabolisme / pembelahan sel / lainnya
 Untuk melanjutkan sinyal first messenger dapat berlangsung serangkaian proses yang akan
sampai pd second masseger
 Rangkaian proses tsb adalah aktivasi enzim adenilil siklase
 Second messenger
1. Protein G
2. Ion Ca++
 Molekul kecil dan ion sebagai ion mesangger
 Second messengers : mediator intraseluler yg berukuran kecil, non-protein, molekul larut
dalam air atau berupa ion, dapat berdifusi kedalam sitosol

 Mediator intraseluler yg berukuran besar disebut protein intraseluler signaling 

meneruskan signal dg mengaktifkan protein target atau menghasilkan mediator lain dalam
sel

 Ion Ca ++ sebagai second messenger

 Ion Ca 2+ dpt mjd second messenger utk molekul sinyal tertentu
  Peran ion Ca 2+ :
o Kontraksi otot
o Sekresi hormon
o Sekresi enzim pencernaan
o Pelepasan Neurotransmitter
o Pengangkutan garam dan air melintasi epitel usus
o Pengaturan metabolisme glikogen dalam hati
 Sel akan memiliki seperangkat mekanisme utk mengatur kadar ion Ca++ dlm sel yaitu
mengatur gerakan ion Ca++ melewati 3 membran yi membran sel, inner membran pd
mitokondria dan membran yg membatasi ruangan utk persediaan ion Ca++
 Perputaran ion Ca++ melintasi membran plasma diperlukan utk membangkitkan respon yg
terpeli-hara oleh sel terhadap rangsangan (co : sekresi insulin, kontraksi otot polos pd
dinding pembuluh darah)
 Kadar ion Ca++ dlm sel sgt kecil  sel akan sgt peka thd perubahan kadar ion Ca++ yg sgt
kecil  utk mempertahankan perbedaan kadar antara dalam dan luar sel maka membran
sel akan mengandalkan permeabilitas yg rendah thd ion Ca++ dan “pompa” yg mendorong
ion Ca++ keluar sel, co :
o Pd pelepasan neurotransmiter  kadar ion dalam sitosol yg tinggi menyebabkan terjadi
ikatan ion dg protein reseptor dlm sitosol (mengawali proses)  protein reseptor akan
berinteraksi dg protein lain utk melakukan reaksi berikutnya
o Bila kadar ion Ca++ turun  maka ion Ca++ akan lepas dr protein reseptor  mengakhiri
proses
Sinyal dan tanggapan sel target

 Setiap sel diprogram utk menanggapi sinyal yg berikatan dg resptor

 Sel yg mendapat sinyal akan menanggapi secara selektif
 Sel yg berbeda jenisnya dapat memberikan tanggapan yg berbeda thd sinyal kimia yg sama,
co :
 asetilkolin pd otot rangka  kontraksi
 asetilkolin pd otot jantung  mengurangi kekuatan kontraksi
 Asetilkolin pd kelenjar  merangsang sekresi
SINYAL TRANSDUKSI
 signal transduction adalah proses suatu sel untuk mengubah satu jenis signal atau
stimulus (rangsang) menjadi signal yang lain, seringkali melibatkan sekuens yang berurutan
dari suatu reaksi biokimia di dalam sel yang dilakukan oleh enzim, diaktivasi oleh mesenger
kedua sehingga menghasilkan suatu pathway yang dikenal sebagai "signal trandusction
pathway".
 Proses ST terjadi secara cepat, bahkan dalam tingkat seperseribu detik (milliseconds)
misalnya pada ion flux; atau dalam hitungan menit misalnya pada aktivasi enzim kinase yang
dimediasi protein dan lemak ; atau dalam waktu jam dan hari misalnya pada ekspresi gen.
 Pada proses ST jumlah protein dan molekul lain yang terlibat akan meningkat sejalan dengan
meningkatnya stimulus, sehingga menimbulkan suatu "signal cascade“.
 Seringkali kejadian itu disebabkan oleh suatu stimulus yang kecil namun menghasilkan
respon yang besar. Ini yang disebut sebagai Amplifikasi signal.
  Pada bakteri dan organisme satu sel lainnya, terjadinya ST dapat bermacam-macam
tergantung pada stimulus yang diterima dari lingkungannya.
 Pada organisme multiseluler, multitude dari ST yang berbeda diperlukan untuk
mengkoordinasikan behavior dari sel untuk mendukung fungsinya pada organisme tersebut
 Semakin kompleks organisme, semakin kompleks pula sistem ST yang harus dimilikinya
 Penyakit yang timbul akibat ST yang rusak (gagal) adalah diabetes, penyakit jantung,
autoimmunity and kanker..

BAB 2. KLONING
 Klon berasal dari bahasa Latin yang berarti cabang atau batang
 Klon didefinisikan sebagai organisme yang identik secara genetik
 Kloning dalam Biologi : proses perbanyakan individu yang secara genetik identik (scr alamiah
tjd pd bakteri, insekta, tanaman)
 Proses memproduksi dalam jumlah banyak fragmen DNA yang identik
 Tujuan:
 Memperbanyak fragmen DNA yang identik
 Mengisolasi fragmen DNA yang dikehendaki
 Melokalisasi DNA (Gen) dari kromosom
 Mentransfer DNA dari satu individu ke individu lain
 Teknik :
 Kloning bakteria (DNA Bacterial Cloning)
 Amplifikasi PCR (DNA PCR amplification)
Kloning DNA
 Kloning DNA menggunakan jasa Bakteri sebagai HOST (inang) untuk menggandakan DNA
yang diinginkan melalui proses Replikasi
 Kloning DNA Bakterial memerlukan :
 Fragmen DNA atau Gen
 Enzim Restriksi
 Vektor Kloning DNA
 Enzim Ligase
 Sel Bakteri Kompeten
 Medium Kultur Bakteri Seleksi
1.FRAGMEN DNA ATAU GEN

 Genom
 Kromosom bakteri
 Gen spesifik pada virus, bakteri
 Gen spesifik pada organisme eukariot
 cDNA (complementary DNA)
2. Enzim retriksi

 Enzim restriksi = enzim DNA endonuklease

 Berfungsi memotong DNA pada situs dengan sekuens basa tertentu (situs restriksi)
 Sekuens basa yang dikenali oleh enzim DNA endonuklease bersifat palindrom
 Enzim restriksi digunakan untuk :
 Memotong DNA/gen yang dikehendaki
 Memotong plasmid sirkuler menjadi linier
 Dua macam DNA endonuklease:
 Memotong lancip (stagered end, flanking end, sticky end)
 Memotong tumpul (blunt end)
 EcoRI - from Escherichia coli
BamHI - from Bacillus amyloliquefaciens
HindIII - from Haemophilus influenzae
PstI - from Providencia stuartii
Sau3AI - from Staphylococcus aureus
AvaI - from Anabaena variabilis
Enzim retriksi
Source microorganism Enzyme Recognition Site Ends produced

Arthrobacter luteus Alu I AGØCT Blunt

Bacillus amyloiquefaciens H Bam HI GØGATCC Sticky

Escherichia coli Eco RI GØAATTC Sticky

Haemophilus gallinarum Hga I GACGC(N)5Ø Sticky

Haemophilus infulenzae Hind III AØAGCTT Sticky

Providencia stuartii 164 Pst I CTGCAØG Sticky

Nocardia otitiscaviaruns Not I GCØGGCCGC Sticky

Staphylococcus aureus 3A Sau 3A ØGATC Sticky

Serratia marcesans Sma I CCCØGGG Blunt

Thermus aquaticus Taq I TØCGA Sticky

3.Vektor Kloning
 Suatu segmen kecil DNA yang digunakan untuk membawa segmen DNA lain ke dalam suatu
sel
 Suatu molekul DNA sirkuler yang dapat membawa segmen DNA asing ke dalam sel,
mereplikasikannya di dalam sel bakteri (atau yeast) dan menghasilkan jumlah yang sangat
banyak
Tipe vektor kloning DNA
Maksimum panjang DNA yang
Tipe Vektor dapat diklon (kb)

Plasmid 20

λ Phage 25

Cosmid 45

P1 phage 100

BAC (bacterial artificial chromosome) 100 – 500

YAC (yeast artificial chromosome) 250 – 1000

VEKTOR KLONING DNA

 Vektor Kloning adalah molekul DNA yang digunakan untuk "transport" fragmen/sekuens
DNA ke dalam sel inang.
 Vektor umumnya mempunyai 4 sifat umum:
1. Kemampuan ber replikasi sendiri (otonom) di dalam sel inang.
2. Mengandung suatu genetic marker yang berguna untuk seleksi.
3. Mempunyai situs restriksi yang unik untuk memfasilitasi kloning insert DNA.
4. Sejumlah nonessential DNA minimum yang berguna untuk optimasi proses kloning DNA.
4. Enzim Ligase
 Enzim DNA ligase = ditemukan pada semua sel (prokariot & eukariot) saat terjadi replikasi
DNA
 Merupakan enzim yang spesifik untuk menfasilitasi penyambungan fragmen DNA dengan
mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester
 Berfungsi menyambungkan potongan DNA hasil pemotongan oleh enzim restriksi
 Hasil penyambungan :
 Plasmid rekombinan
 Plasmid religasi
 Fragmen DNA/gen religasi
5.Sel inang bakteri
 Sel inang yang umum digunakan untuk rekayasa genetika adalah Escherichia coli, karena
keseluruhan genomnya sudah diketahui
 Sel inang harus dijadikan SEL KOMPETEN
 Sel Kompeten adalah kondisi sel inang yang siap untuk ditransformasi oleh potongan DNA
atau plasmid rekombinan hasil ligasi
 Menjadikan kompeten dengan cara ditambahkan CaCl2 dan ditempatkan pada suhu 0 - 4oC
5 Langkah Strategi Kloning DNA
1. Enzyme restriction digest of DNA sample.
2. Enzyme restriction digest of DNA plasmid vector.
3. Ligation of DNA sample products and plasmid vector.
Proses penyambungan dua fragmen DNA menjadi satu fragmen yang dikatalisis oleh enzim
DNA ligase
Proses ligasi memerlukan:
 Enzim DNA Ligase
Suatu reaksi yang menyambungkan potongan fragmen DNA ke dalam plasmid kloni
 Fragmen DNA
Potongan DNA dari proses restriksi baik yang bersifat ujung tumpul (blunt end) maupun
yang ujung lancip (sticky end).
 ATP
Donor posfat untuk membentuk ikatan fosfodiester

4. Transformation of E. coli with the ligation products.

5. Cloned Selection by growth on agar plates with selection for antibiotic resistance
Bab 3. Polymerase Chain Reaction (PCR)
Reaksi polimerase berantai
 PCR adalah suatu reaksi amplifikasi (perbanyakan) fragmen DNA pada

suatu tabung berdasar prinsip replikasi DNA pada sel bakteri.

No Replikasi DNA PCR

1 Enzim Helikase Pemanasan suhu 90 – 95oC

2 Origin of Replication Sepasang Primer spesifik komplemen dgn

basa template

3 Enzim Primase Penurunan suhu mjd 50 – 60oC

4 Enzim DNA Polimerase Enzim DNA Polimerase termostabil

5 Proses Elongasi Suhu dipertahankan 60 – 70oC

6 Satu siklus = 1 pembelahan sel bakteri Jumlah siklus 20 – 40 x

 Kloning DNA dengan menggunakan teknik reaksi

polimerase berantai (Polymerase Chain Reaction) yang
dilakukan dalam sebuah tabung reaksi pada sebuah
mesin PCR.
 Prinsipnya adalah meniru (artificial) proses replikasi yang
terjadi pada sel Bakteri

Reaktan PCR
1. Fragmen DNA
 DNA sel prokariot (tidak punya inti)
 DNA sel eukariot (di dalam inti sel)
 DNA mitokondria
 DNA Virus
 Proses isolasi DNA dari sel hidup
 Fragmen DNA yang masih terdapat dalam bahan atau produk (highly processed animal
derived products atau highly processed plant derived products)
 Fragmen DNA dari plasmid vector GMO atau produk rekombinan

2. Sepasang Primer : oligonukleotida DNA pendek dengan sekuens basa berkomplemen

(homolog) dengan awal dan akhir fragmen DNA yang akan diamplifikasi
 Primer adalah oligonukleotida DNA ranti tunggal pendek 18–30 basa DNA yang
berkomplemen dengan sekuens basa template DNA yang akan diamplifikasi.
 Primer menentukan spesifitas rekasi PCR.
 Jarak primer binding sites antara sepasang primer akan menentukan ukuran produk PCR
  Kegagalan PCR dapat dihindari dengan perancangan primer yang baik.
 Idealnya sepasang primer yang digunakan pada PCR mempunyai melting temperatures
(Tm) dan GC content yang sama. Biasanya kisaran Tm primer yang baik adalah 45–70°C
dengan GC content mendekati 50%.
 Primer dirancang menggunakan Software komputer
3. Enzim DNA polymerase termostabil
 Enzim yang dapat mensintesis pita DNA baru dengan menggunakan cetakan DNA lama
 Enzim polymerase yang pertama kali digunakan (Taq polymerase) berasal dari mikroba
thermofilik, Thermophilus aquaticus.
 Saat ini telah sering digunakan enzim polymerase lain- Pfu DNA polymerase, yang berasal
dari mikroba Pyrococcus furiosus)
4. Deoksinukleotida triposfat dNTP (dATP, dTTP, dGTP, dCTP)
o Polimerisasi yang diperankan oleh ensim DNA polymerase adalah menggabungkan
nukleotida-nukleotida (dGTP, dCTP, dATP, dTTP) secara komplemen dengan basa
DNA pada pita DNA template.
5. Larutan Buffer
 Dikarenakan PCR merupakan teknik untuk sintesis DNA secara in vitro  diperlukan
buffer  tercipta kondisi lingkungan yang optimal bagi enzim polymerase
 Komponen yang terdapat dalam buffer PCR :
o 100 mM Tris-HCl (pH 8,8)  mempetahankan kondisi pH antara 8-9
o 50 mM KCl  memfasilitasi penempelan primer saat PCR
o 15 mM MgCl2  co-factor bagi enzim polymerase
Aplikasi PCR
 Isolasi Gen
 Pemetaan sifat keturunan
 Taksonomi Molekuler (identifikasi spesies menggunakan penanda gen)
 DNA Forensik
 Diagnosis Penyakit
Jenis PCR
 Conventional (qualitative) PCR
 Multiplex PCR
 Nested-PCR
 RT-PCR dan qRT-PCR
 Quantitative PCR
 Hot-Start PCR
 Touchdown PCR
 Inverse PCR
 Assembly PCR
 Degenerate PCR
 Thermal assymetric interlaced-PCR
 Meta PCR
 Ligation-mediated PCR
 Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP assay)
Bab 4. REKOMBINASI DNA & REKAYASA GENETIKA
Rekombinasi DNA
 Rekombinasi : proses penambahan fragmen DNA asing ke dalam genom sel, sehingga
mendapatkan sifat/karakter baru
 Rekombinan : istilah yang menggambarkan sifat yang baru akibat penambahan fragmen DNA
asing dalam genomnya
 Rekombinasi terjadi secara alami, melalui:
1. Reproduksi sexual
2. Rekayasa manusia (pada tanaman)
3. Transformasi (pada bakteri)
4. Transduksi via bakteriophaga (pada bakteri)
5. Infeksi bakteri / virus (pada tanaman, hewan)
 Rekombinasi DNA dilakukan:
1. Memanfaatkan jasa bakteri
2. Memanfaatkan jasa virus
3. PCR
PRINSIP REKOMBINASI DNA
 Rekombinasi : proses penambahan fragmen DNA asing ke dalam genom sel, sehingga
mendapatkan sifat/karakter baru
 Rekombinan : istilah yang menggambarkan sifat yang baru akibat penambahan fragmen DNA
asing dalam genomnya
 Rekombinasi terjadi secara alami, melalui:
1. Reproduksi sexual
2. Rekayasa manusia (pada tanaman)
3. Transformasi (pada bakteri)
4. Transduksi via bakteriophaga (pada bakteri)
5. Infeksi bakteri / virus (pada tanaman, hewan)
 Rekombinasi DNA dilakukan:
1. Memanfaatkan jasa bakteri
2. Memanfaatkan jasa virus
3. PCR
Aplikasi rekombinasi DNA
• Produksi bahan kimia pada bakteri/fungi (GM microbes)
– Over expresi pada bakteri
– Produksi insulin pada bakteri atau yeast
– Modifikasi virus
– Produksi enzim, antibiotik, vitamin, bahan kimia adi lainnya
• Produksi GM crops
– Tanaman tahan hama
– Tanaman tahan kondisi lingkungan ekstrim
– Over expresi pada tanaman
– Produksi bahan kimia adi pada tanaman (molecular farming)
– Fortifikasi gizi pada bahan makanan
 • Produksi GM catle
– Bibit hewan unggul (tumbuh cepat, tahan penyakit)
– Produksi protein rekombinan pada air susu
– Fortifikasi gizi pada daging dan telur
• Produksi GM animal
– Glowing fish / glowing pig
– Produksi kucing.anjing dan kuda unggul
– Hibridisasi
TAHAPAN REKOMBINASI DNA
1. Ekstraksi DNA
2. Pemotongan DNA / Gen
3. Pemotongan Plasmid
4. Penggabungan Potongan DNA/Gen dengan Plasmid
5. Transformasi Hasil Penggabungan DNA – Plasmid ke dalam bakteri inang
6. Seleksi Bakteri Rekombinan
7. Ekspresi Gen
Tahapan Kloning DNA Bakterial :
1. Restriksi
a. Pemotongan fragmen DNA atau gen
b. Pemotongan vektor DNA
2. Ligasi  Penyambungan fragmen DNA pada Vektor DNA
3. Penyiapan sel inang yang kompeten
4. Transfeksi  memasukkan ke dalam sel inang
5. Seleksi / skrining bakteri rekombinan

BAB 5. HUMAN GENOM

GENOM...?
 Genom adalah keseluruhan informasi genetik dari satu individu atau organisme yang
dikodekan dalam DNA
 Genom adalah Keseluruhan DNA di dalam sel.
 Seluruh DNA yg terdapat dalam seluruh kromosom, termasuk gen, sekuens intergenik,
sekuens berulang
 Eukaryot dapat mempunyai 2-3 genom:
 Genom Inti (Nuclear genome)
 Genom mitokondria (Mitochondrial genome)
 Genom plastida (Plastid genome)
 Jika tidak spesifik, maka istilah “Genom” dipakai untuk genom inti
 Genomik adalah studi terhadap genom, mencakup segmen kromosomal yang besar yang
mengandung banyak gen.
 Initial phase of genomics bertujuan untuk memetakan dan me sekuens suatu initial set dari
keseluruhan genom.
  Genomik fungsional (Functional genomics) bertujuan untuk mengurai informasi tentang
fungsi sekuens DNA.
 Riset genomik mewarnai bioteknologi sebagai teknologi abad 21
 Dalam waktu seperempat abad terakhir: diperoleh urutan nukleotida 599 virus dan virion,
205 plasmid alami, 185 organel, 31 eubakteria, tujuh archea, satu jamur, tiga binatang, dan
dua tanaman
 Beberapa genom penting lainnya: genom padi (April 2002), genom parasit dan nyamuk
malaria (Oktober 2002), genom lalat buah (Maret 2000), dan genom bakteri TBC (Nop 1998)
 Yang terpenting: urutan nukleotida genom manusia (Lander dkk. -Nature, 15 Peb 2001- dan
Venter dkk. -Science, 16 Peb 2001-)

Genom vs Genetika
Genetika: mempelajari fenotip yang diturunkaN (inherited phenotypes)
Komponen human genom
 Jumlah DNA pada Human genome adalah 3.2 miliar pasang basa
 Sekitar 3% mengkodekan protein
 Antara 40-50% merupakan sekuens yang berulang (repetitive), yang terjadi karena proses
(retro)transposition
 Apa fungsi 50% lainnya

Tujuan Human genom Project

 Menentukan secara lengkap sekuens nukleotida genom manusia
 Identifikasi gen-gen dalam DNA manusia
 Menyimpan informasi dalam database
 Menyempurnakan perangkat untuk analisis data sekuens DNA
 Transfer teknologi pada sektor swasta
 Mengakomodasi Ethical, Legal and Social Issues (ELSI) yang timbul akibat HGP

Bab 6. PRODUK REKOMBINAN BIDANG FARMASI

Produk rekombinan bidang farmasi
 Protein Pengganti (Human Protein Replacement)
 Protein Terapeutik
 Vaksin Rekombinan

1.Human Protein Replacement

 Dikenal sebagai terapi protein pengganti: pengobatan medis yang dilakukan dengan
mengganti atau menambah protein pada pasien yang mengalami kekurangan atau
defisiensi protein tersebut.
 Pertama kali dikenal pada 1922: penambahan insulin pada pasien diabetes melitus.
 Contoh :
 Insulin
 Diproduksi oleh sel Langerhans pankreas
  Terdiri dari 51 asam amino yang dipecah menjadi 2 rantai polipeptida: rantai
A memiliki 21 asam amino, rantai B memiliki 30 asam amino
 Digunakan untuk terapi diabetes
melitus
Tahap produksi insulin rekombinan
o Insulin dari DNA rekombinan mulai dibuat pada
1970
o Terapi dicoba pada tahun 1980 kepada 17
volunter  pasien diabetes melitus di Guy
Hospital, London  worked well
o Approval 1982, kemudian 1986  Eli Lilly
company memasarkan secara komersial.

 hGH (human growth hormone)

o hGH: human Growth Hormone, diproduksi oleh
kelenjar pituitari
o Kekurangan hGH bisa menyebabkan kekerdilan (dwarfism)
o Pasien yang mengalami kekerdilan dapat diterapi dengan penambahan hGH
o hGH terdiri dari 26 asam amino
Tahap produksi HGH

PROTEIN FAKTOR KOAGULASI VIII

 Digunakan untuk proses menutup luka

 Terapi protein faktor koagulasi VIII digunakan untuk pengobatan Haemophilia A
 Produksi rekombinan faktor protein koagulasi VIII: menyelipkan gen pengkode faktor
koagulasi VIII yang memiliki ukuran 186 kB ke plasmid E coli
2.Protein terapeutik
 Protein terapeutik merupakan molekul protein yang memiliki aktivitas sebagai obat sehingga
dapat digunakan untuk keperluan klinis.
  Sejak penemuan insulin pada tahun 1920, perkembangan penelitian dan produksi protein
terapeutik mengalami kemajuan yang sangat pesat. Saat ini lebih dari 130 protein atau
peptida telah disetujui oleh Food and Drug Administration untuk digunakan dalam
kepentingan klinis dan sebanyak 95 protein diantaranya diproduksi menggunakan teknologi
DNA rekombinan.

 Beberapa faktor yang harus diperhatikan dalam melakukan produksi protein rekombinan
adalah : pengetahuan mengenai pemilihan sistem ekspresi untuk memperoleh protein
terapeutik dengan sifat dan aktivitas sesuai harapan; penyesuaian dengan regulasi dari
badan berwenang untuk tujuan komersialisasi; penguasaan berbagai metode untuk
karakterisasi dan purifikasi protein serta pengetahuan mengenai status permasalahan
terkini dari protein terapeutik dan pemecahannya untuk melakukan pengembangan
melalui modifikasi protein.

Contoh produk prdouk terapeutik

1. Erythropoietin
o EPO disintesis oleh ginjal, digunakan untuk terapi anemia CKD (chronic kidney disease).
o Pertama kali diproduksi oleh Amgen 1989  rekombinan EPO disebut Epogen.
o Ortho-Biotech memproduksi rekombinan EPO 1997  Procrit. Procrit jarang digunakan
karena harganya cukup mahal.
2. Interferon
Interferon: antiviral substansi  IFN-α, IFN-β dan IFN-γ
3. Albumin serum manusia
4. Aktivator plasminogen jaringan,
5. Antithrombin
6. Limfokin
7. Faktor nekrosis tumor (TNF)
8. Dismutase superoksida
9. Gonadotropin manusia
Dnase I
 Enzim DNase I: menghidrolisis rantai DNA yang panjang menjadi oligonukleotida.
 DNase I biasa digunakan untuk terapi Cystic Fibrosis (CF).
 Pasien CF biasanya mengalami infeksi bakteri pada paru-paru. Paru-paru pasien CF
memiliki akumulasi mukus  akibat adanya bakterial DNA  menghalangi
pernapasan.
 Gen pengkode DNase I diisolasi kemudian diekspresikan pada E coli  Produk
rekombinan DNase I
3. VAKSIN REKOMBINAN