Makalah Biokimia II
Makalah Biokimia II
DOSEN PENGAMPU :
Dr. Yatno
DISUSUN OLEH :
UNIVERSITAS JAMBI
2015
Kata Pengantar
Akhir kata semoga makalah ini bisa bermanfaat bagi pembaca pada umumnya
dan penulis pada khususnya, penulis menyadari bahwa dalam pembuatan makalah ini
masih jauh dari sempurna untuk itu penulis menerima saran dan kritik yang bersifat
membangun demi perbaikan kearah kesempurnaan. Akhir kata penulis sampaikan
terimakasih.
Penulis
i
Daftar Isi
ii
BAB V BIOSINTESA PROTEIN .............................................................................. 26
1. DNA ................................................................................................................. 26
2. RNA ................................................................................................................. 26
3. Biosintesa Protein ............................................................................................ 27
4. Transkripsi ....................................................................................................... 28
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................................. 30
iii
BAB I
EKSTRAKSI PROTEIN
Metode pemisahan merupakan suatu cara yang digunakan untuk memisahkan
atau memurnikan suatu senyawa atau skelompok senyawa yang mempunyai susunan
kimia yang berkaitan dari suatu bahan, baik dalam skala laboratorium maupun skala
industri. Metode pemisahan bertujuan untuk mendapatkan zat murni atau beberapa
zat murni dari suatu campuran, sering disebut sebagai pemurnian dan juga untuk
mengetahui keberadaan suatu zat dalam suatu sampel (analisis laboratorium).
1. Ekstraksi
Ekstraksi adalah suatu proses pemisahan dari bahan padat maupun cair
dengan bantuan pelarut. Pelarut yang digunakan harus dapat mengekstrak substansi
yang diinginkan tanpa melarutkan material lainnya. Ekstraksi padat cair atau leaching
adalah transfer difusi komponen terlarut dari padatan inert kedalam pelarutnya.
Proses ini merupakan proses yang bersifat fisik karena komponen terlarut kemudian
dikembalikan lagi ke keadaan semula tanpa mengalami perubahan kimiawi. Ekstraksi
dari bahan padat dapat dilakukan jika bahan yang diinginkan dapat larut dalam solven
pengekstraksi. Ekstraksi berkelanjutan diperlukan apabila padatan hanya sedikit larut
dalam pelarut. Ekstraksi sendiri merupakan suatu kegiatan yang bertujuan untuk
memisahkan suatu komponen atau senyawa tertentu yang berada didalam campuran
agar dapat terpisahkan dan dapat digunakan secara efisien sesuai fungsinya. Ekstraksi
terdiri dari dasar metode berikut :
a. Ekstraksi Fisika
Ekstraksi Fisika adalah pemisahan suatu senyawa campuran dengan
memanfaatkan sifat fisika dari suatu zat atau komponen yang ingin diekstrak. Sifat
fisika tersebut meliputi : Titik didih, Titik leleh, Kelarutan, Wujud zat, Warna,
Kemagnetan dan Daya hantar listrik
b. Ekstraksi Kimia
1
Ekstraksi kimia adalah pemisahan suatu senyawa campuran dengan
memanfaatkan sifat kimia dari suatu senyawa atau zat yang ingin diekstrak. Sifat
kimia tersebut meliputi : Sifat benda yang tampak melalui reaksi kimia, mudah
terbakar, mudah meledak.
c. Ekstraksi biologi
Ekstraksi biologi adalah pemisahan suatu senyawa campuran dengan
memanfaatkan makhluk hidup. Ekstraksi ini umumnya menggunakan mikroba,
bakteri dan fungi (mikrobiologi).
d. Ekstraksi kombinasi
Ekstraksi kombinasi adalah ekstraksi yang memanfaatkan penggabungan
sifat-sifat diatas, Contoh : Ekstraksi Kimia-Fisika, Ekstraksi Biologi-Fisika.
Sifat asam amino dalam larutan, maka ia akam terionisasi dan dapat bersifat
sebagai asam atau basa. Sifat-sifat asam dan basa ini sangat penting didalam
2
pengertian pengetahuan mengenai sifat protein. Hal ini sangat penting diterapkan
dalam seni pemisahan, identifikasi, dan kuatifikasi asam amino yang berbeda, yaitu
dalam hal menentukan komposisi dan urutan asam amino dari molekul protein, yang
didasarkan atas tingkah laku asam basa yang khas. Dan bila protein dilarutkan ke
dalam larutan asam atau basa kuat, maka unit pembangun asam amino dibebaskan
dari ikatan kovalen yang menghubungkan molekul-molekul ini menjadi rantai. Asam
amino yang bebas yang terbentuk merupakan molekul yang relatif kecil, dan struktur
masing-masing telah diketahui. Protein umumnya memiliki sifat terdenaturasi pada
suhu tinggi, pH ekstrim, dan tekanan tinggi.
3
e. Prolamin (gliadin) adalah Protein larut dalam alkohol 70-80% dan tidak
larut dalam air maupun alkohol absolut. Contohnya adalah prolamin (dalam
gandum), gliadin (dalam jagung), zein (dalam jagung).
f. Protamin adalah Protein larut dalam air dan tidak terkoagulasi dalam
panas.
g. Histon adalah Protein larut dalam air dan tidak larut dalam amonia
encer, dapat mengendap dalam pelarut protein lainnya, dan apabila terkoagulasi oleh
panas dapat larut kembali dalam asam encer. Contohnya adalah globin (dalam
hemoglobin).
4. Ekstraksi Protein
Dalam proses ekstraksi protein, informasi mengenai sifat dari protein yang
akan diekstrak sangat dibutuhkan. Misalnya apakah protein berada didalam sel
ataupun diluar sel, pH spesifik protein.
Ekstraksi atau pemurnian protein dilakukan untuk mempelajari sifat dan
fungsi protein. Pemisahan dilakukan berdasarkan ukuran, kelarutan, muatan dan
afinitas ikatan. Pemurnian protein dapat dilakukan dengan cara :
4
C. Cara Kromatografi Pertukaran Ion : Pemisahan berdasarkan muatannya. Bila
sebuah protein mempunyai muatan positif pada pH 7, ia akan terikat pada kolom
penukar ion yang berisi gugus yang bermuatan negative. Sedangkan protein yang
bermuatan negative tidak. Protein bermuatan positif yang terikat dalam kolom dapat
dielusi dengan penambahan garam NaCl atau garam lain pada larutan buffer yang
digunakan untuk elusi. Ion Na+ akan berkompetensi dengan protein untuk berikatan
dengan gugus pada kolom dan secara bertahap ion Na+ akan menggantikan
kedudukan protein.
5. Isolasi Protein
Isolasi protein adalah suatu proses atau kegiatan untuk memisahkan senyawa
yang bercampur sehingga kita dapat menghasilkan senyawa tunggal yang murni.
Misalkan isolasi protein pada ikan. Pada ikan protein berada didalam sel, atau dapat
dikatakan protein tersebut merupakan protein intraseluler, isolasi protein pada ikan
dapat dilakukan dengan cara :
1. Daging ikan yang segar dikeringkan pada temperature yang tidak terlalu
tinggi, kemudian digerus hingga halus.
2. Daging ikan yang sudah digerus ditimbang sebanyak 15 gram, kemudian
dimasukan kedalam labu Erlenmeyer 250 mL dan ditambahkan 60 mL
aquadest dan 30 mL KOH 5%. Kemudian labu ditutup dan dikocok selama 45
menit.
3. Larutan disaring dengan kain, kedalam filtrat tersebut ditambahkan tetes demi
tetes larutan HCl hingga pH larutan menjadi 4,3.
Setelah itu filtrate dipanaskan selama 10 menit. Kemudian disaring dengan corong
Buchner. Setelah itu endapan dipindahkan kedalam gelas arloji yang telah ditimbang.
Endapan kemudian dikeringkan didalam oven pada 100 untuk menghilangkan air.
Setelah itu endapan ditimbang. Isolasi protein pada daging ikan merupakan analisis
kuantitatif untuk mengetahui perbandingan jumlah protein dalam sampel. Pertama-
tama sampel dikeringkan bertujuan agar kadar air dalam sampel berkurang karena air
5
dalam sampel dapat mengencerkan preaksi yang digunakan sehingga preaksi tidak
sesuai dengan yang seharusnya (terencerkan oleh air yang terdapat dalam sampel).
Setelah dikeringkan sampel ditambahkan air, dan basa alkali. Bila suatu protein
dihidrolisis dengan asam, alkali atau enzim akan dihasilkan campuran asam-asam
amino. Kemudian didiamkan selama 45 menit berfungsi mengoptimalkan proses
hidrolisis sehingga asam amino pecah dan terpisah dari sampel.
Karena protein yang telah terhidroslisis strukturnya berubah maka ikatan rantai
polipeptida pada protein mengalami kerusakan inilah yang dinamakan proses
denaturasi. Denaturasi dapat diartikan suatu perubahan atau modifikasi terhadap
stuktur sekunder,tersier dan kuartener tehadap molekul protein tanpa terjadinya
pemecahan ikatan kovalen. Penambahan basa alkali kemudian penambahan asam
hingga pH berada pada pH 5 ini berfungsi untuk melarutkan ekstrak selain protein,
dan juga berfungsi untuk pemekaran dan pengembangan molekul protein yang
terdenaturasi akan membuka gugus reaktif yang ada pada rantai polipeptida
selanjutnya akan terjadi pengikatan kembali pada gugus reaktif yang sama atau
berdekatan, dan bila unit tersebut banyak protein tidak terdispersi lagi sebagai koloid
maka protein tersebut mengalami koagulasi.
6. Identifikasi Protein
Identifikasi protein merupakan proses untuk mengetahui apakah suatu
senyawa yang diidentifikasi merupakan suatu senyawa protein. Umumnya
identifikasi protein yang dilakukan adalah:
6
Masukkan 1 mL albumin telur ke dalam cawan porselen lalu tutup dengan
kaca obyek di atasnya
Amati permukaan kaca obyek tersebut, jika ada pengembunan
menunjukkan adanya atom H dan O
Periksalah apakah tercium bau rambut terbakar, jika tercium berarti
menunjukkan adanya atom
Periksalah apakah ada arang, jika ada berarti menunjukkan adanya atom C
Protein bersifat amfoter, yaitu dapat bereaksi dengan asam dan basa.
Kelarutan protein dalam air, asam dan basa berbeda-beda, ada yang mudah larut dan
ada juga yang sukar larut. Namun, semua protein tidak larut dalam pelarut lemak
seperti eter atau khloroform. Prosedur pengujian kelarutan protein sebagai berikut:
7
Masukan ke dalam 5 tabung reaksi berturut-turut air suling, HCl 10%, NaOH
40%, alkohol 96% dan kloroform masing-masing sebanyak 1 mL
Tambahkan ke dalam masing-masing tabung reaksi tersebut 2 mL albumin
telur
Kocoklah dengan kuat dan amati kelarutannya
8
Masing-masing tabung berturut-turut ditambahkan 10 tetes larutan asam
trikloroasetat 10%, asam sulfosalisilat 5%, CuSO4 5%, HgCl2 5% dan Pb-
asetat 5%
Kocoklah setiap tabung dan amati perubahan yang terjadi
5. Uji Biuret
Uji biuret dilakukan untuk mengetahui adanya ikatan peptida dari protein.
Reaksi biuret positif terhadap dua buah ikatan peptida atau lebih tetapi negatif untuk
asam amino bebas. Reaksi biuret juga positif terhadap senyawa yang mengandung
gugus -CH2NH2, -CSNH2, -C(NH)NH2 dan -CONH2. Uji biuret positif ditandai
dengan terbentuknya senyawa kompleks yang berwarna ungu (violet) akibat dari
reaksi ion Cu2+ (dari pereaksi biuret) dalam suasana basa dengan polipeptida atau
ikatan-ikatan peptida penyusun protein. Prosedur Uji Biuret sebagai berikut:
Masukan zat yang diuji sebanyak 2 mL lalu tambahkan 1 mL NaOH 10% dan
3 tetes CuSO4 0,2%
Campurlah dengan baik dan amati perubahan warna yang terjadi
6. Uji Ninhidrin
Uji Ninhidrin dilakukan untuk mengetahui adanya asam amino bebas dalam
protein. Uji ninhidrin positif jika terbentuk senyawa kompleks berwarna biru tetapi
prolin dan hidroksiprolin menghasilkan senyawa berwarna kuning. Prosedur Uji
Ninhidrin sebagai berikut:
7. Uji Xantoproteat
9
Uji xantoprotein dilakukan untuk membuktikan adanya inti benzena dalam
protein. Asam amino yang mempunyai cincin benzena yaitu asam amino tirosin,
triptofan dan fenilalanin. Uji ini positif jika membentuk endapan putih ketika
ditambahkan asam nitrat pekat dan berubah menjadi kuning sewaktu dipanaskan.
Senyawa nitro yang terbentuk dalam suasana basa akan terionisasi dan warnanya
berubah menjadi jingga. Prosedur Uji Xantoproteat:
10
BAB II
FOTOSINTESIS
Fotosintesis berasal dari kata foto yang artinya cahaya dan sintesis yang artinya
penyusunan. Fotosintesis umumnya terjadi pada tumbuhan hijau, Berikut uraian
materi tentang fotosintesis:
a. Pengertian Fotosintesis
Fotosintesis adalah salah satu cara tumbuhan untuk menghasilkan makanan
dan energi. Fotosintesis merupakan pembuatan makanan oleh tumbuhan hijau melalui
suatu proses biokimia pada klorofil dengan bantuan sinar matahari. Karena
kemampuannya membuat makanan sendiri, tumbuhan hijau dikenal sebagai
organisme autotrof. Fotosintesis berasal dari kata foto yang artinya cahaya dan
sintesis yang artinya penyusunan. Dengan kata lain, fotosintesis merupakan proses
penyusunan bahan organik (karbohidrat) dari H2O dan CO2 dengan bantuan energi
cahaya. Karena selain menghasilkan energi, proses fotosintesis juga akan
menghasilkan oksigen untuk kehidupan manusia dan makhluk hidup lainnya.
b. Fungsi Fotosintesis
11
dalam tanah melalui rambut-rambut akar yang terdapat pada epidermis akar. Pada
dasarnya, pengangkutan air dan mineral dari tanah ke dalam tumbuhan melibatkan
tiga proses yaitu Proses osmosis, Proses difusi, Proses transpor aktif.
c. Proses Fotosintesis
Sebelum memulai penjelasan, silahkan diperhatikan bagan di bawah terlebih dahulu.
Berdasarkan bagan tersebut maka secara singkat proses fotosintesis dapat dijelaskan
sebagai berikut, Dalam proses fotosintesis ada 4 bahan yang harus dimiliki, yaitu :
Karbondikoksida (CO2)
Air
Cahaya Matahari
Klorofil
Karbondikosida akan diambil oleh Stomata (mulut daun) pada daun tumbuhan
dari udara bebas, kemudian air diambil melalui akar tumbuhan dan diangkut
komponen pengangkut pada tumbuhan, kemudian Cahaya matahari akan
diambil dalam bentuk energi oleh klorofil (zat hijau daun). Semua proses ini
akan berlangsung membentuk suatu reaksi dan menghasilkan Oksigen serta
12
Glukosa. Setelah terdapat glukosa pada tumbuhan, nutrisi ini akan diubah
menjadi lemak, protein, dan nutrisi lainnya. Pada Proses fotosintesis terjadi
reaksi yang sangat kompleks.
Air dan garam-garam mineral diserap oleh tumbuhan dari dalam tanah melalui
rambut-rambut akar yang terdapat pada epidermis akar. Pada dasarnya, pengangkutan
air dan mineral dari tanah ke dalam tumbuhan melibatkan tiga proses yaitu Proses
osmosis, Proses difusi, Proses transpor aktif.
Tumbuhan mengambil karbon dioksida dari lingkungan atau udara sekitar melalui
daun dengan cara difusi, osmosis, dan transpor aktif.
Udara yang mengandung karbon dioksida masuk ke dalam daun melalui stomata.
Selanjutnya, karbon dioksida tersebut menyebar di antara sel-sel daun.
Karbon dioksida berreaksi dengan air dan dihasilkan zat makanan berupa karbohidrat
atau glukosa dan oksigen.
Zat makanan hasil fotosintesis kemudian ditimbun sementara pada daun. Namun,
banyak tumbuhan yang mempunyai organ penyimpanan misalnya umbi akar.
Selanjutnya, zat makanan ini mengalami pengangkutan ke bagian-bagian tumbuhan
lain melalui pembuluh tapis (floem).
Pembuluh tapis berfungsi mengangkut hasil fotosintesis untuk dua arah, yaitu dari
daun ke tempat penyimpanan makanan cadangan dan ke bagian-bagian yang aktif
tumbuh.
Proses ini hanya dapat terjadi pada tumbuhan yang mempunyai klorofil, yaitu pigmen
yang berfungsi sebagai penangkap energi cahaya matahari. Jadi, fotosintesis
merupakan transformasi energi dari energi cahaya matahari dikonversi menjadi energi
kimia yang terikat dalam molekul karbohidrat.
13
Pada beberapa aspek, proses fotosintesis dapat dikatakan sebagai kebalikan proses
respirasi seluler. Fotosintesis membentuk glukosa dan menggunakan energi matahari,
sedangkan respirasi memecah glukosa untuk menghasilkan energi.
Stroma mengandung enzim yang berfungsi sebagai penangkap dan reduktor gas CO2.
Sistem membran di dalam stroma membentuk kantung-kantung datar yang disebut
sebagai tilakoid. Pada beberapa tempat tilakoid bertumpuk membentuk grana.
Sedangkan Klorofil dan pigmen lainnya terdapat pada membran tilakoid.
Pigmen yang terdapat pada kloroplas, yaitu klorofil a (memberikan warna hijau),
klorofil b (memberikan warna hijau tua), dan karoten (berwarna kuning sampai
jingga). Pigmen tersebut mengelompok dalam membran tilakoid membentuk
perangkat pigmen yang penting dalam fotosintesis.
Fotosintesis berlangsung dalam dua tahap reaksi, yaitu reaksi terang atau light-
dependent reaction dan reaksi gelap atau light-independent reaction. Reaksi terang
hanya berlangsung ketika ada cahaya, sedangkan reaksi gelap dapat terjadi tanpa
memerlukan bantuan cahaya.
a. Reaksi Terang
Pada Reaksi terang terjadi reaksi penangkapan atau penyerapan energi cahaya. Energi
cahaya yang diserap oleh membran tilakoid akan menaikkan elektron berenergi
rendah yang berasal dari H2O.
14
Elektron-elektron bergerak dari klorofil a menuju sistem transpor elektron yang
menghasilkan ATP (hasil dari ADP + P). Elektron-elektron berenergi ini juga
ditangkap oleh NADP+. Setelah menerima elektron, NADP+ segera berubah menjadi
NADPH. Molekul ATP dan NADPH menyimpan energi untuk sementara waktu
dalam bentuk elektron berenergi yang kemudian berperan sebagai reduktor yang
digunakan untuk mereduksi CO2. Reaksi ini disebut sebagai fotolisis, dan dapat
digambarkan dengan reaksi berikut.
b. Reaksi Gelap
Sesuai dengan namanya reaksi gelap merupakan reaksi yang tidak bergantung
pada cahaya. Inti dari proses reaksi gelap merupakan pengubahan Karbondioksida
(CO2) menjadi glukosa. Reaksi gelap ini terjadi pada bagian stroma kloroplas. Reaksi
gelap hanya akan terjadi sesudah terjadinya reaksi terang, dan proses reaksi gelap
sangat kompleks, karena pengubahan Karbondioksida (CO2).
Reaksi gelap merupakan reaksi tahap kedua dari fotosintesis. Disebut sebagai
reaksi gelap karena reaksi ini tidak memerlukan cahaya. Reaksi gelap ini terjadi di
dalam stroma kloroplas. Reaksi gelap pertama kali ditemukan oleh ilmuwan bernama
Malvin Calvin dan Andrew Benson. Oleh karena itu, reaksi gelap fotosintesis sering
disebut sebagai siklus Calvin-Benson atau siklus Calvin. Siklus Calvin berlangsung
dalam tiga tahap yag terdiri dari fase fiksasi, fase reduksi, dan fase regenerasi.
Pada fase fiksasi terjadi penambatan CO2 oleh ribulose bifosfat atau Ribulose
biphosphat = RuBP menjadi 3-fosfogliserat atau 3-phosphoglycerate = PGA. Reaksi
ini dikatalisis oleh enzim ribulose bifosfat karboksilase atau Rubisco.
15
BAB III
VITAMIN
Vitamin (bahasa Inggris: vital amine, vitamin) adalah sekelompok senyawa
organik berbobot molekul kecil yang memiliki fungsi vital dalam metabolisme setiap
organisme, yang tidak dapat dihasilkan oleh tubuh.
1. Pengertian Vitamin
Vitamin adalah sekelompok senyawa organik yang memiliki BM (berat
molekul kecil), dan memiliki fungsi vital dalam metabolisme setiap organisme. Nama
Vitamin berasal dari gabungan kata bahasa Latin vita yang artinya "hidup" dan amina
(amine) yang mengacu pada suatu gugus organik yang memiliki atom nitrogen (N),
karena pada awalnya vitamin dianggap demikian. Kelak diketahui bahwa banyak
vitamin yang sama sekali tidak memiliki atom N. Dipandang dari sisi enzimologi
(ilmu tentang enzim), vitamin adalah kofaktor dalam reaksi kimia yang dikatalisasi
oleh enzim. Pada dasarnya, senyawa vitamin ini digunakan tubuh untuk dapat
bertumbuh dan berkembang secara normal.
2. Penggolongan Vitamin
Terdapat 13 jenis vitamin yang dibutuhkan oleh tubuh untuk dapat bertumbuh
dan berkembang dengan baik. Vitamin tersebut antara lain vitamin A, C, D, E, K, dan
B (tiamin, riboflavin, niasin, asam pantotenat, biotin, vitamin B6, vitamin B12, dan
folat). Walau memiliki peranan yang sangat penting, tubuh hanya dapat memproduksi
vitamin D dan vitamin K dalam bentuk provitamin yang tidak aktif. Sumber berbagai
vitamin ini dapat berasal dari makanan, seperti buah-buahan, sayuran, dan suplemen
makanan. Vitamin berdasarkan kelarutannya didalam air terbagi menjadi dua, yaitu :
16
3. Macam – macam Vitamin
Vitamin umumnya banyak terdapat dalam buah-buahan. Berikut uraian
macam-macam vitamin, sumbernya, serta dampak jika kekurangan vitamin:
a. Vitamin A
Vitamin A merupakan vitamin yang dapat larut dalam lemak dan
hanya sedikit larut dalam air. Sumber vitamin A : susu, ikan, sayuran berwarna hijau
dan kuning, hati, buah-buahan warna merah dan kuning (cabe merah, wortel, pisang,
pepaya, dan lain-lain). Penyakit kekurangan vitamin A : rabun senja, katarak, infeksi
saluran pernapasan, menurunnya daya tahan tubuh, kulit yang tidak sehat, dan lain-
lain.
b. Vitamin B1
Vitamin B1 merupakan vitamin yang dapat larut dalam air dan hanya
sedikit larut dalam lemak. Sumber vitamin B1 : gandum, daging, susu, kacang hijau,
ragi, beras, telur, dan sebagainya. Penyakit kekurangan vitamin B1 : kulit kering,
daya tahan tubuh berkurang.
c. Vitamin B2
Vitamin B2 merupakan vitamin yang dapat larut dalam air dan hanya
sedikit larut dalam lemak. Sumber vitamin B2 : sayur-sayuran segar, kacang kedelai,
kuning telur, susu, dan banyak lagi lainnya. Penyakit kekurangan vitamin B2 :
turunnya daya tahan tubuh, kilit kering bersisik, mulut kering, bibir pecah-pecah,
sariawan, dan sebagainya.
d. Vitamin B6
Vitamin B6 merupakan vitamin yang dapat larut dalam air dan hanya
sedikit larut dalam lemak. Sumber vitamin B6 : kacang-kacangan, jagung, beras, hati,
ikan, beras tumbuk, ragi, daging, dan lain-lain. Penyakit kekurangan vitamin B6 :
pelagra alias kulit pecah-pecah, keram pada otot, insomnia atau sulit tidur, dan
banyak lagi lainnya.
e. Vitamin B12
Vitamin B12 merupakan vitamin yang dapat larut dalam air dan
hanya sedikit larut dalam lemak. sumber yang mengandung vitamin B12 : telur, hati,
17
daging, dan lainnya. Penyakit kekurangan vitamin B12 : kurang darah atau anemia,
gampang capek/lelah/lesu/lemes/lemas, penyakit pada kulit, dan sebagainya
f. Vitamin C
Vitamin C merupakan vitamin yang dapat larut dalam air dan hanya
sedikit larut dalam lemak. Sumber vitamin C : jambu klutuk atau jambu batu, jeruk,
tomat, nanas, sayur segar, dan lain sebagainya. Penyakit kekurangan vitamin C :
mudah infeksi pada luka, gusi berdarah, rasa nyeri pada persendian, dan lain-lain
g. Vitamin D
h. Vitamin E
Vitamin E merupakan vitamin yang dapat larut dalam lemak dan hanya
sedikit larut dalam air. Sumber vitamin E : ikan, ayam, kuning telur, kecambah, ragi,
minyak tumbuh-tumbuhan, havermut, dsb. Penyakit yang ditimbulkan akibat
kekurangan vitamin E : bisa mandul baik pria maupun wanita, gangguan syaraf dan
otot, dll
i. Vitamin K
18
4. Fungsi Vitamin
Kofaktor adalah substansi non protein yang berperan dalam reaksi enzimatis.
Beberapa vitamin berfungsi langsung dalam metabolisme penghasilan energi, contoh
: Vitamin B1 penting sebagai koenzim pyruvate and a-ketoglutarate dehydrogenase
sehingga jika defisiensi : kapasitas sel dlm menghasilkan energi mjd sangat
berkurang. Juga diperlukan untuk reaksi fermentasi glukosa menjadi etanol, di dalam
yeast.
19
BAB IV
ENZIM
Enzim adalah biomolekul berupa protein yang berfungsi sebagai katalis
(senyawa yang mempercepat proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam suatu reaksi
kimia organik.
1. Pengertian Enzim
Enzim adalah protein yang berperan sebagai katalis dalam metabolisme makhluk
hidup. Enzim berperan untuk mempercepat reaksi kimia yang terjadi di dalam tubuh
makhluk hidup, tetapi enzim itu sendiri tidak ikut bereaksi.
Enzim berperan secara lebih spesifik dalam hal menentukan reaksi mana yang akan
dipacu dibandingkan dengan katalisator anorganik sehingga ribuan reaksi dapat
berlangsung dengan tidak menghasilkan produk sampingan yang beracun.
Enzim terdiri dari apoenzim dan gugus prostetik. Apoenzim adalah bagian enzim
yang tersusun atas protein. Gugus prostetik adalah bagian enzim yang tidak tersusun
atas protein. Gugus prostetik dapat dikelompokkan menjadi dua yaitu koenzim
(tersusun dari bahan organik) dan kofaktor (tersusun dari bahan anorganik). Molekul
awal yang disebut substrat akan dipercepat perubahannya menjadi molekul lain yang
disebut produk. Jenis produk yang akan dihasilkan bergantung pada suatu kondisi/zat,
yang disebut promoter. Semua proses biologis sel memerlukan enzim agar dapat
berlangsung dengan cukup cepat dalam suatu arah lintasan metabolisme yang
ditentukan oleh hormon sebagai promoter. Enzim bekerja dengan cara bereaksi
dengan molekul substrat untuk menghasilkan senyawa intermediat melalui suatu
reaksi kimia organik yang membutuhkan energi aktivasi lebih rendah, sehingga
percepatan reaksi kimia terjadi karena reaksi kimia dengan energi aktivasi lebih tinggi
membutuhkan waktu lebih lama.
2. Sifat-sifat Enzim
Enzim adalah katalis reaksi-reaksi sistem biologi. Sebagian besar enzim
adalah protein. Seperti halnya protein lain, enzim memiliki BM antara 12,000 – 1
juta. Karakteristik dari enzim adalah catalitic power dan spesifisitas. Sifat enzim:
20
a. Biokatalisator, mempercepat jalannya reaksi tanpa ikut bereaksi.
b. Thermolabil; mudah rusak, bila dipanasi lebih dari suhu 60º C, karena
enzim tersusun dari protein yang mempunyai sifat thermolabil.
c. Merupakan senyawa protein sehingga sifat protein tetap melekat pada
enzim. Contoh : Denaturasi
d. Dibutuhkan dalam jumlah sedikit, sebagai biokatalisator, reaksinya sangat
cepat dan dapat digunakan berulang-ulang.
e. Bekerjanya ada yang di dalam sel (endoenzim) dan di luar sel (ektoenzim),
contoh ektoenzim: amilase,maltase. Umumnya enzim bekerja
mengkatalisis reaksi satu arah, meskipun ada juga yang mengkatalisis
reaksi dua arah, contoh : lipase, meng-katalisis pembentukan dan
penguraian lemak.
Sebagian besar enzim merupakan protein, sehingga layaknya protein enzim
memiliki BM (Berat Molekul) yang besar.
3. Klasifikasi Enzim
21
beberapa sub-subkelas, antara lain sub-subkelas (1) yaitu yang bekerja dengan
NAD or NADP sebagai akseptor dan sub-subkelas (2) yaitu yang bekerja dengan
sitokrom sebagai akseptor. Masing-masing sub-subkelas ini beranggotakan
beberapa enzim yang memenuhi kriteria dalam pengelompokannya.
22
berturut-turut menunjukkan kelas, subkelas, sub-subkelas, dan nomor
individual pengenal masing-masing enzim.
Penamaan Enzim :
Enzim ini umumnya dikenal dengan Heksokinase dengan penomoran E.C. 2.7.1.2.
Pada penamaan enzim haruslah memberikan informasi yang jelas, serta penomoran
berguna mempermudah dalam pembacaan karakter enzim.
23
5. Jenis-Jenis Enzim dan Fungsinya dalam Sistem Pencernaan
Didalam sistem pencernaan manusia enzim sangat dibutuhkan, Karena
beberapa reaksi kimia terjadi sangat lambat tanpa enzim, berikut penjabaran jenis-
jenis enzim pada sistem pencernaan dan fungsinya:
Suhu (temperatur)
Enzim tersusun oleh protein, sehingga sangat peka terhadap suhu. Peningkatan suhu
menyebabkan energi kinetik pada molekul substrat dan enzim meningkat, sehingga
kecepatan reaksi juga meningkat. Namun suhu yang terlalu tinggi dapat menyebabkan
rusaknya enzim yang disebut denaturasi, sedangkan suhu yang terlalu rendah dapat
24
menghambat kerja enzim. Pada umumnya enzim akan bekerja baik pada suhu
optimum, yaitu antara 300 - 400C.
Perubahan pH dapat mempengaruhi perubahan asam amino kunci pada sisi aktif
enzim, sehingga menghalangi sisi aktif bergabung dengan substratnya. Setiap enzim
dapat bekerja baik pada pH optimum, masing-masing enzim memiliki pH optimum
yang berbeda. Sebagai contoh : enzim amilase bekerja baik pada pH 7,5 (agak basa),
sedangkan pepsin bekerja baik pada pH 2 (asam kuat/sangat asam).
a. Inhibitor kompetitif :
Molekul penghambat yang strukturnya mirip substrat, sehingga molekul
tersebut berkompetisi dengan substrat untuk bergabung pada sisi aktif enzim.
b. Inhibitor Unkompetitif:
Molekul penghambat yang bekerja ketika sudah tebentuk kompleks enzim
substrat, dengan cara melekatkan diri pada bagian bukan sisi aktif.
c. Inhibitor nonkompetitif :
Molekul penghambat yang bekerja dengan cara melekatkan diri pada bagian
bukan sisi aktif enzim. Inhibitor ini menyebabkan sisi aktif berubah sehingga
tidak dapat berikatan dengan substrat. Inhibitor nonkompetitif tidak dapat
dipengaruhi oleh konsentrasi substrat.
Konsentrasi Enzim
Kecepatan reaksi dipengaruhi oleh konsentrasi enzim, makin besar konsentrasi enzim
makin tinggi pula kecepatan reaksi, dengan kata lain konsentrasi enzim berbanding
lurus dengan kecepatan reaksi.
Konsentrasi Substrat
Peningkatan konsentransi substrat dapat meningkatkan kecepatan reaksi bila jumlah
enzim tetap. Namun pada saat sisi aktif semua enzim berikatan dengan substrat,
penambahan substrat tidak dapat meningkatkan kecepatan reaksi enzim selanjutnya
25
BAB V
BIOSINTESA PROTEIN
Pengertian biosintesis protein adalah rangkaian langkah yang dilakukan untuk
membentuk protein yang dimulai dari basa-basa DNA yang ada kemudian ke RNA
lalu ke bentuk protein itu sendiri.
1. DNA
2. RNA
26
molekular, RNA menjadi perantara antara informasi yang dibawa DNA dan ekspresi
fenotipik yang diwujudkan dalam bentuk protein.
Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. RNA merupakan polimer yang tersusun dari
sejumlah nukleotida. Perbedaan RNA dengan DNA terletak pada satu gugus hidroksil
cincin gula pentosa, sehingga dinamakan ribosa, sedangkan gugus pentosa pada DNA
disebut deoksiribosa. Basa nitrogen pada RNA sama dengan DNA, kecuali basa
timina pada DNA diganti dengan urasil pada RNA. Jadi tetap ada empat pilihan:
adenina, guanina, sitosina, atau urasil untuk suatu nukleotida. Selain itu, bentuk
konformasi RNA tidak berupa pilin ganda sebagaimana DNA, tetapi bervariasi sesuai
dengan tipe dan fungsinya. Sebagai bahan genetik, RNA berwujud sepasang pita
(Inggris double-stranded RNA, dsRNA). Genetika molekular klasik mengajarkan,
pada eukariota terdapat tiga tipe RNA yang terlibat dalam proses sintesis protein:
3. Biosintesa Protein
Sintesis protein atau bisa disebut juga biosintesis protein adalah proses
pembentukan partikel protein dalam bahasan biologi molekuler yang didalamnya
melibatkan sistesis RNA yang dipengaruhi oleh DNA. Dalam proses sintesis protein,
molekul DNA adalah sumber pengkodean asam nukleat untuk menjadi asam amino
yang menyusun protein tetapi tidak terlibat secara langsung dalam prosesnya.
Molekul DNA pada suatu sel ditranskripsi menjadi molekul RNA. Molekul RNA
inilah yang ditranslasi menjadi asam amino sebagai penyusun protein. Dengan
demikian molekul RNA lah yang terlibat secara langsung dalam proses sintesis
protein. Hubungan antara molekul DNA, RNA, dan asam amino dalam proses
27
pembentukan protein dikenal dengan istilah "Dogma sentral biologi” yang dijabarkan
dengan rangkaian proses DNA membuat DNA dan RNA, RNA membuat protein,
yang dinyatakan dalam persamaan DNA >> RNA >> Protein. Seperti kebanyakan
dogma, terdapat pengecualian pada proses pembentukan protein berdasarkan bukti-
bukti yang ditemukan setelahnya, sehingga dogma ini akhirnya disebut sebagai
aturan.
4. Transkripsi
DNA
3 T-A-C-A-A-G-C-A-G-T-T-G-G-T-C-G….5
Seperti contoh diatas, bagian dari DNA yang dimulai dari ujung-3 akan
ditranskripsikan. Hal yang harus diketahui dan diperhatikan adalah RNA mengganti
nukleotida T (timin) dengan Urasil (T) dan pasangan basa terbentuk dengan posisi
berlawanan sehingga hasilnya akan selalu berbeda (terbalik).
Maka hasilnya seperti ini :
5- A-U-G-U-U-C-G-U-C-A-A-C-C-A-G-C-3 (mRNA)
Translasi RNA mesengger kemudian berikatan dengan ribosom. Pada organel ini
RNA messenger akan ditranslasikan menjadi asam amino. Rangkaian asam amino
kemudian digabungkan dengan RNA transfer (tRNA). Pada sitoplasma terdapat
sedikitnya 60 jenis RNA transfer, yang sedikit berbeda pada strukturnya pada tiap sel.
Pada salah satu ujung RNA transfer dapat berikatan dengan 3 nukleotida yang dikode
28
berdasarkan RNA messenger pada ribosom yang nantinya akan disambung menjadi
rantai asam amino (polipeptida).
29
DAFTAR PUSTAKA
Houston, M.E. 1995. Biochemistry Primer For Exercise Science. Human Kinetics.
Champaign.USA.
Stryer, L. 2000. Biokimia. Vol 2. Edisi 4. Penerbit Buku Kedokteran EGC. Jakarta.
30