1.

Explica y esquematiza de forma concisa la modificación por señales

nutricionales e iónicas en la regulación de expresión génica.
2. ¿Por qué los genes para rRNA y tRNA se encuentran en general en
agrupamientos, pero los genes que codifican proteínas no?
3. Describa la regulación del operón lac y el AMP cíclico.

Proteína activadora de catabolitos (CAP)

Cuando la lactosa está presente, el represor lac pierde su capacidad de unirse al
ADN. Esto deja libre el camino para que la ARN polimerasa se una al promotor y se
transcriba el operón lac. Sin embargo, la ARN polimerasa sola no se une muy bien
al promotor del operón lac. Puede que haga algunos transcritos, pero no hará
mucho más a menos que consiga ayuda adicional de la proteína activadora de
catabolitos (CAP). CAP se une a una región del ADN justo antes del promotor del
operón lac y ayuda a que la ARN polimerasa se una al promotor, lo que promueve
altos niveles de transcripción.
Panel superior: glucosa baja. Cuando los niveles de glucosa son bajos, se produce
AMPc. AMPc se une a CAP, lo que le permite unirse al ADN. CAP ayuda que la
ARN polimerasa se una al promotor, y da por resultado altos niveles de
transcripción.
Panel inferior: glucosa alta. Cuando los niveles de glucosa son altos, no se hace
AMPc. CAP no se puede unir al ADN sin AMPc, así que la transcripción ocurre
solamente en un nivel bajo.
CAP no siempre es activa (capaz de unirse al ADN). Su actividad la regula una
molécula pequeña llamada AMP cíclico (AMPc). AMPc es una “señal de hambre”
que fabrica E. coli cuando los niveles de glucosa son bajos. AMPc se une a CAP,
cambia su forma y la hace capaz de unirse al ADN y promover la transcripción. Sin
AMPc, CAP no puede unirse al ADN y es inactiva.
CAP solamente está activa cuando los niveles de glucosa son bajos (los niveles de
AMPc son altos). Así, el operón lac solo puede transcribirse en altos niveles cuando
no hay glucosa. Esta estrategia asegura que las bacterias solamente enciendan el
operón lac y empiecen a usar la lactosa después de que hayan utilizado toda la
fuente de energía preferida (glucosa).
El represor lac actúa como un sensor de la lactosa. Normalmente bloquea la
transcripción del operón, pero deja de actuar como represor cuando la lactosa está
presente. El represor lac detecta la lactosa indirectamente, a través de su
isómero alolactosa
El operón lac se expresará en niveles altos si se cumplen dos condiciones:
 La glucosa no debe estar disponible: cuando la glucosa no está disponible,
AMPc se une a CAP, lo que permite que CAP pueda unirse al ADN. Al estar
unida CAP, ayuda a que la ARN polimerasa se pegue al promotor del
operón lac.
 La lactosa debe estar disponible: si la lactosa está disponible, el
represor lac será liberado del operador (por unión de la alolactosa). Esto
permite que la ARN polimerasa avance sobre el ADN y transcriba el operón.
Estos dos eventos en combinación –la unión del activador y la liberación del
represor– permiten que la ARN polimerasa se una fuertemente al promotor y le dé
una trayectoria clara para la transcripción. Juntos llevan a una fuerte transcripción
del operón lac y a la producción de las enzimas necesarias para la utilización de la
lactosa.
Armar el rompecabezas
Ahora que hemos visto todas las partes del operón lac en acción, juntemos lo que
hemos aprendido para ver cómo reacciona el operón a una variedad de diferentes
condiciones (presencia o ausencia de glucosa y de lactosa).
Glucosa presente, lactosa ausente: no ocurre la transcripción del operón lac. Eso
es porque el represor lac permanece unido al operador y previene la transcripción
por la ARN polimerasa. Además, los niveles de AMPc son bajos porque los niveles
de glucosa son altos, así que CAP está inactiva y no puede unirse al ADN.
Glucosa presente, lactosa presente: se da la transcripción del operón lac a un
nivel bajo. El represor lac es liberado del operador porque el inductor (alolactosa)
está presente. Los niveles de AMPc, sin embargo, son bajos porque hay glucosa.
Entonces, CAP permanece inactiva y no puede unirse al ADN, así que la
transcripción solo ocurre a un nivel bajo o pobre.

Glucosa ausente, lactosa ausente: no ocurre transcripción del operón lac. Los
niveles de AMPc son altos porque los niveles de glucosa son bajos, así que CAP
está activa y estará unida al ADN. Sin embargo, el represor lac también estará unido
al operador (debido a la ausencia de alolactosa), y actúa como barrera a la ARN
polimerasa y previene la transcripción.

Glucosa ausente, lactosa presente: ocurre una fuerte transcripción del

operón lac. El represor lac es liberado del operador porque el inductor (alolactosa)
está presente. Los niveles de AMPc son altos porque no hay glucosa, así que CAP
está activa y unida al ADN. CAP ayuda a que la ARN polimerasa se una al promotor,
lo que permite altos niveles de transcripción.
Resumen de las respuesta del operón lac

Se une Se une el
Glucosa Lactosa CAP represor Nivel de transcripción

+ - - + Sin transcripción

Nivel bajo de
+ + - - transcripción

- - + + Sin transcripción

- + + - Transcripción fuerte

4. Regulación del modelo de Operón Triptófano

Encendido y apagado del operón

¿Qué es lo que hace el operador? Este tramo de ADN es reconocido
por una proteína reguladora llamada represor trp. Cuando el
represor se une al ADN del operador, estorba físicamente a la ARN
polimerasa, la enzima de transcripción, y evita que el operon se
transcriba.
El represor trp no siempre se une al ADN; solo se une y bloquea la
transcripción cuando el triptófano está presente. Cuando el
triptófano está por ahí, se une a las moléculas del represor y cambia
su forma para que se activen. Una molécula pequeña como el
triptófano, que cambia a un represor a su estado activo, se le
llama correpresor.

Triptófano alto: el triptófano se fija al represor trp y hace que cambie

de forma; como consecuencia, se convierte a su forma activa (que se
une al ADN). El represor trp unido al triptófano se adhiere al
operador y así bloquea la unión de la ARN polimerasa al promotor y
previene la transcripción del operón.

Por el contrario, cuando hay poco triptófano en la célula, el

represor trp está inactivo (porque no hay triptófano disponible para
unirse y activarlo). No se adhiere al ADN ni bloquea la transcripción,
y esto permite que la ARN polimerasa transcriba el operón trp.
 Triptófano bajo: el represor trp no está unido al triptófano (puesto
que no hay triptófano) y, por lo tanto, está en su estado inactivo (no
se une al ADN del operador). Esto permite que la ARN polimerasa se
una al promotor y transcriba el operón.

En este sistema, el represor trp actúa como un sensor y como un

interruptor. Detecta si triptófano ya está presente en niveles altos, y
si es así, "apaga" al operón, para prevenir que se produzcan enzimas
biosintéticas innecesarias.

Más de la regulación del operón trp:

atenuación
Según la clase que estés tomando, o tus propios intereses, también
puedes haber oído hablar sobre otra forma de regulación del
operón trp llamada atenuación.

Al igual que la regulación por el represor trp, la atenuación es un

mecanismo para reducir la expresión del operón trp cuando los
niveles de triptófano son altos. Sin embargo, en lugar de bloquear
la iniciación de la transcripción, la atenuación impide
la terminación de la transcripción.

Cuando los niveles de triptófano son altos, la atenuación provoca que

la ARN polimerasa se detenga prematuramente cuando está
transcribiendo el operón trp. Solo se hace un ARNm corto que no
codifica ninguna enzima de la biosíntesis del triptófano. La
atenuación funciona a través de un mecanismo que depende del
acoplamiento (la traducción de un ARNm que está todavía en el
proceso de ser transcrito).
5. ¿Cómo regula la conformación del mRNA la expresión génica por
atenuación?

La atenuación es un mecanismo de control que se da en ciertos

operones de rutas biosintéticas (sobre todo de aminoácidos), por el cual
una onda de transcripción recién iniciada puede terminar
prematuramente en una zona denominada atenuador, antes de alcanzar
al primer gen estructural de ese operón. A nivel de ADN, el atenuador
está situado entre el promotor y el inicio del primer gen estructural, dentro
de la porción que a nivel de ARN representa al “líder”. A diferencia de los
mecanismos de regulación que hemos visto en la sección anterior, la
atenuación no depende de proteínas reguladoras.

La atenuación se produce por un control ejercido por la

traducción, que a su vez responde al nivel intracelular del ARNt cargado
con el aminoácido de la ruta biosintética en cuestión:

si existe suficiente nivel de ese aa-ARNt, habrá atenuación de la transcripción;

si no existe suficiente de ese aa-ARNt, no habrá atenuación, y por lo tanto la
transcripción continuará hasta el final.

La presencia o ausencia del aa-ARNt concreto determina si el

ribosoma puede traducir, o no, una zona temprana del ARNm (dentro de
la porción del líder): si el ribosoma puede traducir esa zona (porque
existe nivel de ese aa-ARNt), el avance del ribosoma detrás de la ARN
polimerasa impide ciertos emparejamientos intracatenarios dentro del
ARNm naciente, pero permite otros emparejamientos alternativos de
modo que se forma una estructura secundaria de tipo terminador simple
(independiente de ). Por lo tanto la ARN- polimerasa se atranca en esta
horquilla y finalmente se separa, deteniéndose así la transcripción antes
de que la onda de transcripción haya alcanzado al primer gen estructural.

Mecanismo molecular de la atenuación: lo estudiaremos con el caso

del operón de la biosíntesis del triptófano (trp), el primero en investigarse
(por Yanofsky).

Descripción del operón trp (consultar figura): observa la zona del

promotor-operador (sobre la que ya vimos en un apartado anterior que se
ejerce un mecanismo de control negativo por represión); observa
la secuencia líder, al comienzo del ARNm, antes de la porción
codificadora del primer gen (trpE). Este líder consta de 162 bases, y en
su interior alberga una corta región con capacidad potencial de ser
traducida por ribosomas (es decir, un marco abierto de lectura u ORF
según sus iniciales inglesas): nótese que el péptido que se sintetizaría a
partir de esta porción es rico en trp, es decir, tiene una alta proporción
del mismo aminoácido objeto de la síntesis dependiente del
operón trp.

Como ya dijimos antes, la clave de la regulación estriba precisamente en

el líder (incluyendo la porción del péptido rico en triptófano). La porción
de ARNm correspondiente al líder forma parte de una zona que puede
adoptar estructuras secundarias distintas y alternativas, debido a la
posibilidad de establecer emparejamientos intracatenarios:

bien se emparejan la zona 1:2 y la 3:4;

o bien se empareja la 2:3, quedando la 1 y la 4 sin emparejar.

Pues bien, la estructura en horquilla formada por el

emparejamiento de 3:4 constituye un típico terminador de la transcripción
independiente de .

Pasemos, pues, al funcionamiento del mecanismo de atenuación:

Si existe suficiente
triptófano en el medio: la
bacteria capta triptófano, y
sintetiza el triptofanil-ARNt
(ARNttrp); habrá reserva
suficiente de este
ARNttrp como para poder ser
usado normalmente en la
síntesis de proteínas. La ARN
polimerasa va transcribiendo
el operón trp, y detrás de ella
los ribosomas comienzan a
cubrir la zona del péptido
dentro de líder del ARNm.
Tras traducir la porción 1 del
líder, el ribosoma cubre
enseguida y traduce la
porción 2. Mientras tanto, la
ARN-polimerasa acaba de
transcribir las porciones 3 y 4.
La porción 3 se empareja
espontáneamente con la 4.
(Observa que a la porción 3
no le queda más remedio, ya
que la porción 2, con la que
teóricamente también puede
emparejarse no está
disponible, ya que está
“oculta” -cubierta- por el
ribosoma). Consecuencia: al
formarse la horquilla 3:4,
seguida por la ristra de
uracilos (U), se constituye un
típico terminador de
transcripción independiente
de : se termina
prematuramente la
transcripción (antes de que la
onda de transcripción haya
alcanzado al primer gen
estructural, trpE): este es
precisamente el fenómeno de
atenuación.
Si el triptófano es limitante
en el medio: la bacteria
dispondrá de pocos ARNt
cargados on el aminoácido
triptófano (o sea, el “pool”
intracelular de ARNttrp estará
a bajos niveles). El ribosoma,
al llegar a los codones de
triptófano dentro de la porción
codificadora del líder, se
quedará “atrancado”, debido
a que no encuentra el
ARNttrp que introduzca el
triptófano frente a dos
codones seguidos para ese
aminoácido. El ribosoma se
queda, pues, detenido en la
porción 1. Mientras tanto, la
ARN polimerasa “le va
sacando ventaja” al
ribosoma, de modo que
transcribe la porción 2, luego
la porción 3... pero antes de
terminar con la porción 4, la 2
y la 3 se emparejan entre sí
(de modo que es ahora la 4 la
que se queda sin
emparejarse). Esto implica
que ya no se puede formar la
estructura secundaria 3:4
seguida de varios U: por lo
tanto, no hay terminación de
la transcripción, sino que ésta
continúa y abarca a todo el
operón trp, y finalmente se
sintetizan las enzimas
biosintéticas que conducirán
a la síntesis del aminoácido
triptófano.

Otros casos de atenuación:

La atenuación es un sistema de control genético de una amplia variedad de operones

biosintéticos, especialmente de aminoácidos. Otros ejemplos descubiertos después del
sistema trp:

operón his: síntesis de histidina

operón phe: síntesis de fenilalanina;
operón leu: síntesis de leucina;
operón thr: síntesis de treonina;
operón ilv: síntesis de isoleucina y de valina.

Algunos de estos operones (como el his) sólo poseen atenuación como mecanismo de
control, mientras que otros gozan, además de regulación por represión.

Los ARNm de cada uno de estos operones posee en su inicio una porción líder más o
menos larga, pero con las características que ya hemos visto:

contiene un marco de lectura abierta

(ORF=open reading frame) con capacidad
potencial de codificar un péptido rico en el
aminoácido que la ruta correspondiente debe
sintetizar. Por ejemplo: La ORF del líder del
operón his codifica un péptido de 17 aa., de
los cuales 7 son histidina. La ORF del líder
del operón leu codifica un péptido de 28 aa.,
de los cuales 4 son leucinas.

el líder del ARNm puede formar estructuras secundarias alternativas, incluyendo un

atenuador (es decir, una estructura en horquilla seguida de ristra de uracilos, que actúa
como un poderoso terminador prematuro de la transcripción).
En resumen: La atenuación es un mecanismo que permite detectar los
bajos niveles intracelulares del aminoácido en cuestión (bajo la forma de
aminoacil-ARNt), los cuales dependen a su vez de bajos niveles del
aminoácido en el medio, de modo que la bacteria responde a las
necesidades inmediatas de ese aminoácido (que se requiere para la
síntesis proteica). El mecanismo estriba en la capacidad o incapacidad
del ribosoma para atravesar la región líder, lo que a su vez determina la
formación de estructuras secundarias alternativas en el líder. Como se
puede constatar, la atenuación es un mecanismo que depende
totalmente del estrecho acoplamiento que existe en bacterias entre
transcripción y traducción.

6. Identifique qué tipo de control de expresión de los genes eucariotas

corresponde a cada uno de los siguientes ejemplos:
a) modificaciones covalentes de las proteínas
b) acetilación de histonas
c) unión de diferentes conjuntos de exones
d) metilación de citosina
7. ¿Por qué es variable el espacio entre potenciadores y promotores?

8. Describa los pasos de la interferencia del RNA.

Figura 1. Modelo general de la interferencia por ARN en organismos eucariontes. El “gatillo”
principal que dispara la interferencia por ARN es el ARN de doble cadena, el cual es reconocido y
segmentado a ARN interferentes pequeños por la ARNasa Dicer. Los ARN interferentes pequeños
se incorporan al complejo silenciador y se separan sus dos hebras por medio de una actividad de
helicasa. El complejo silenciador reconoce al ARN mensajero blanco y pueden suceder dos
eventos. En el primero, el complejo silenciador reconoce al ARN mensajero tomando como guía a
la cadena negativa del ARN interferentes pequeños (en rojo) y el ARN mensajero se corta por la
mitad de la doble cadena de ARN interferentes pequeño-ARN mensajero. El ARN cortado es
degradado completamente por una actividad de exonucleasa. En el segundo caso la hebra
antisentido (en rojo) puede servir como iniciador para la síntesis de la cadena complementaria por
una ARN-polimerasa dependiente de ARN, lo que genera un nuevo ARN de doble cadena, el que se
convierte en ARN interferentes pequeños secundarios. Los ARN interferentes pequeños
secundarios entran nuevamente en la ruta interferencia por ARN amplificando la señal
interferente. En ambos casos se inactiva el ARN mensajero evitando su traducción. Se señalan las
actividades enzimáticas del complejo silenciador RISC en cada paso

¿CÓMO FUNCIONA LA INTERFERENCIA POR ARN? El proceso de interferencia por ARN se inicia
cuando una ribonucleasa (ARNasa; enzima que degrada ARN) de tipo III, llamada “Dicer”, convierte
al ARN de doble cadena en fragmentos de 21 a 26 pares de bases con dos nucleótidos
sobresalientes en cada uno de los extremos 3’ (figura 1), los cuales se conocen como ARN
interferentes pequeños. Los ARN interferentes pequeños así generados son incorporados en un
complejo proteico conocido como complejo silenciador inducido por ARN (en inglés RISC, ARN-
induced silencing complex), en el que se piensa son convertidos a ARN de cadena sencilla por
acción de otra enzima, una helicasa. El segundo paso es el reconocimiento del ARN mensajero
blanco (de cadena sencilla) por la cadena complementaria del ARN interferente pequeño asociada
al complejo silenciador (RISC), la cual sirve como guía para establecer interacciones tipo Watson-
Crick con el ARN mensajero. Este proceso de reconocimiento es dependiente de energía en forma
de trifosfato de adenosina (ATP; figura 1). El ARN mensajero blanco apareado con el ARN
interferente pequeño puede seguir dos caminos. En uno, el ARN mensajero se usa como molde
para amplificar la señal interferente al ser convertido en ARN de doble cadena por una ARN
polimerasa dependiente de ARN, la cual usa al ARN interferente pequeño “primario” como
iniciador para sintetizar la cadena complementaria, y así generar nuevamente un ARN de doble
cadena de mayor tamaño. Este ARN de doble cadena es degradado nuevamente por la enzima
Dicer, generando así ARN interferentes pequeños “secundarios”, y amplificándose el fenómeno de
interferencia, lo que aumenta la efectividad del sistema. Los ARN interferentes pequeños
secundarios pueden reconocer al ARN mensajero en diferentes posiciones (hacia el extremo 5’ ó 3’
del ARN mensajero en relación con la secuencia reconocida por el ARN interferente pequeño
primario), fenómeno que se conoce como “interferencia por ARN de carácter transitivo”. El
término “transitivo” se refiere al movimiento de la señal de silenciamiento a lo largo de un gen
particular, que en las plantas es en ambas direcciones (5’ y 3’, esto es, hacia el inicio y el final del
ARN mensajero, respectivamente), mientras que en C. elegans es sólo en la dirección 5’. Por otra
parte, en Drosophila y en mamíferos no parece suceder tal amplificación.

En el segundo camino posible, el ARN blanco apareado con la hebra complementaria del ARN
interferente pequeño sufre un corte aproximadamente a la mitad del dúplex formado por el ARN
blanco y el ARN interferente pequeño, el cual es aparentemente generado por una
endorribonucleasa diferente a Dicer. El ARN cortado puede ser entonces degradado por completo
por exorribonucleasas a fin de que el ARN mensajero no pueda ser traducido. Por lo expuesto
anteriormente se infiere que este proceso impide que un ARN potencialmente nocivo para la
célula, o que requiere mantenerse regulado a niveles bajos (ver ejemplos más adelante), se
replique o permanezca demasiado tiempo activo en la célula, y por lo tanto lo degrada; esto evita
también que tal ARN se disemine hacia otras células del organismo. Por otro lado, la amplificación
del ARN blanco por medio del efecto transitivo de la interferencia por ARN genera una mayor
concentración de nuevos complejos silenciadores que ahora reconocen y degradan al ARN blanco
en otras regiones del mismo, lo que aumenta la potencia de la interferencia por ARN sobre un ARN
mensajero determinado.

9. Explique el mecanismo de reparación CRISP-Cas9.

El sistema CRISPR-Cas es un mecanismo de defensa empleado por algunas bacterias para eliminar virus
o plásmidos invasivos. Dicho sistema consta de un componente proteico Cas9 con actividad de
nucleasa, que corta el ADN, y un ARN, conocido como ARN guía, que dirige al anterior dominio catalítico
hacia la secuencia de ADN que se quiere editar. El proceso de edición genómica con CRISPR-Cas9
incluye dos pasos. En una primera etapa, el ARN guía, complementario a la región del ADN que se
quiere modificar y sintetizado previamente, se asocia con la enzima Cas9. Además, gracias a las reglas
de complementariedad de nucleótidos, el ARN hibrida con la secuencia de interés presente en el
genoma, dirigiendo a la endonucleasa Cas9 a cortar el ADN en la región concreta. En la segunda etapa se
activan los mecanismos naturales de reparación del ADN fragmentado. Esta reparación resulta en
algunos casos, en la aparición de mutaciones de inserción o deleción, que si están localizadas dentro de
un gen pueden dar lugar a la pérdida de producción de la proteína que codifica. Así, una posible
aplicación es la de inhabilitar genes. Si se proporciona a la célula una molécula de ADN que sirva como
molde durante la reparación, a la que se ha añadido un cambio, la célula lo copiará y el cambio quedará
incorporado en el ADN. Esta otra aplicación, la introducción de cambios específicos en posiciones
concretas supone uno de los aspectos más prometedores de la técnica, ya que permitiría corregir
errores en los genes responsables de causar enfermedades. Además, el sistema también puede ser
utilizado para regular la expresión génica, o incluso para introducir modificaciones epigenéticas,
inactivando la actividad nucleasa de Cas9 e incorporándole un módulos que interaccionen con
elementos reguladores de la expresión génica o capaces de llevar a cabo cambios en metilación o
modificaciones de las histonas.
Fin de la conversación
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10. Los mecanismos por los que la luz influye sobre la expresión de los genes
de las plantas se denomina fotomorfogénesis. Debido a problemas técnicos
serios con los cultivos de células vegetales, se conoce relativamente poco
sobre la expresión de los genes de los vegetales. Sin embargo, se han
identificado determinadas secuencias de ADN, que se denominan elementos
de respuesta a la luz (LER). De acuerdo con los patrones de expresión de los
genes que se observan en los animales. ¿Puede sugerir en términos generales
un mecanismo por el que la luz induzca la expresión de los genes?
(Pista: recuerde que el fitocromo es un componente importante de la
expresión de los genes inducido por la luz.)
Las condiciones de luz controlan la ubicación subcelular