Mengkuantifikasi Variasi Genetik

Para ahli biokimia telah mengetahui sejak awal 1950-an cara mendapatkan sekuens asam amino
protein. Oleh karena itu, satu cara yang mungkin untuk mengukur variasi genetik dalam populasi alami
adalah dengan memilih sejumlah protein yang adil, 20, tanpa mengetahui apakah mereka variabel atau
tidak dalam populasi, sehingga mereka akan mewakili sampel yang tidak bias. Kemudian, masing-masing
dari 20 protein dapat diurutkan dalam sejumlah individu, katakanlah, 100 (dipilih secara acak), untuk
mengetahui berapa banyak variasi, jika ada, untuk masing-masing protein. Jumlah rata-rata variasi per
protein yang ditemukan pada 100 individu untuk 20 protein akan menjadi perkiraan jumlah variasi dalam
genom populasi. Sayangnya, memperoleh urutan asam amino dari satu protein sangat menuntut tugas
yang beberapa bulan, atau bahkan bertahun-tahun biasanya diperlukan untuk melakukannya. Oleh
karena itu hampir tidak praktis untuk mengurutkan 2000 spesimen protein untuk memperkirakan variasi
genetik pada setiap populasi yang ingin kita pelajari. Untungnya, ada teknik, gel elektroforesis, yang
memungkinkan studi variasi protein dengan hanya investasi waktu yang moderat dan uang. Sejak akhir
1960-an, perkiraan variasi genetik telah diperoleh untuk populasi alami dari banyak organisme dengan
menggunakan elektroforesis gel (lihat Kotak 22.1). Teknik elektroforesis menunjukkan apa genotipe
individu dalam sampel adalah: berapa banyak yang homozigot, berapa banyak heterozigot dan untuk
apa alel. Untuk mendapatkan perkiraan jumlah variasi dalam suatu populasi, sekitar 20 atau lebih lokus
gen biasanya dipelajari. Sangat diinginkan untuk merangkum informasi yang diperoleh untuk semua
lokus dengan cara sederhana yang akan mengungkapkan tingkat variabilitas suatu populasi dan yang
akan memungkinkan membandingkan satu populasi dengan populasi lainnya. Ini dapat dicapai dengan
berbagai cara, tetapi dua ukuran variasi genetik umumnya digunakan: polimorfisme dan heterozigositas.
Polimorfisme dan Heterozygosity Salah satu ukuran variasi genetik adalah pToportion lokus polimorfik,
atau sekadar polimorfisme (P), dalam suatu populasi. Asumsikan bahwa, dengan menggunakan teknik
elektroforesis, kami memeriksa 30 lokus gen di Phoronopsis viridis, sejenis cacing laut yang hidup di
pantai California, dan berasumsi bahwa kami tidak menemukan variasi apa pun di 12 lokus, tetapi ada
beberapa variasi di 18 lainnya. lokus Kita dapat mengatakan bahwa 18/30 0,60 lokus adalah polimorfik
dalam populasi itu, atau Peralatan dan prosedur yang digunakan dalam elektroforesis gel untuk
mempelajari variasi genetik dalam populasi alami ditunjukkan pada Gambar 22.7. Sampel jaringan dari
organisme secara individual dihomogenisasi (ditimbun) untuk melepaskan enzim dan protein lain dari
sel. Supernatan homogen (fraksi cair) ditempatkan dalam gel yang terbuat dari pati, agar.
poliakrilamida, atau zat seperti jeli lainnya. Gel kemudian dikenakan, biasanya untuk beberapa jam,
untuk arus listrik langsung. Setiap protein dalam gel bermigrasi ke arah dan pada tingkat yang
tergantung pada muatan listrik bersih protein dan ukuran molekul. Setelah gel dikeluarkan dari medan
listrik, gel tersebut diolah dengan larutan kimia yang mengandung substrat yang spesifik untuk enzim
yang akan diuji, dan garam yang bereaksi dengan produk dari reaksi yang dikatalisis oleh enzim. Pada
posisi di dalam gel di mana enzim spesifik bermigrasi, terjadi reaksi yang dapat dituliskan sebagai
berikut.

Gambar 22.7 Teknik uji enzim elektroforesis gel yang digunakan untuk mengukur variasi genetik pada
populasi alami. (a) Fraksi cair dari sampel jaringan yang dihomogenisasi ditempatkan dalam gel dan
dikenai arus listrik langsung. Enzim dan protein lain dalam sampel bermigrasi dari medan listrik, itu
diperlakukan dengan larutan kimia spesifik untuk mengungkapkan posisi dimana enzim yang diuji telah
bermigrasi. Genotipe pada gen lokus yang mengkode enzim dapat ditentukan untuk setiap individu dari
pola st di dalam gel.

Kegunaan dari metode ini adalah fakta bahwa genotipe pada kode lokus gen untuk enzim dapat
disimpulkan untuk setiap individu dalam sampel dari jumlah dan posisi bintik-bintik yang diamati dalam
gel. Gambar 22.8 menunjukkan gel yang telah dirawat untuk mengungkapkan posisi enzim
phosphoglucomutase; gel mengandung homogenat dari 12 lalat Drosophila. Pengkodean lokus gen
untuk enzim ini dapat direpresentasikan sebagai Pgm. Individu pertama dan ketiga dalam gel, mulai dari
kiri, memiliki enzim dengan mobilitas elektroforesis yang berbeda, dan dengan demikian berbeda urutan
asam amino; ini pada gilirannya menyiratkan bahwa mereka diberi kode b alel yang berbeda. Mari kita
mewakili alel yang mengkode enzim pada individu pertama dan ketiga sebagai Pgm dan Pgm.
(Superskrip menunjukkan bahwa enzim yang dikode oleh alel Pgm bermigrasi 8 mm lebih jauh dalam gel
daripada enzim yang dikode oleh Pgm00 ini adalah cara umum yang mewakili alel dalam studi
elektroforetik, meskipun huruf-seperti S, M, dan F lambat, sedang, dan cepat, atau a, b, c dll-kadang-
kadang digunakan.) Karena individu pertama dan ketiga dalam Gambar 22.8 masing-masing hanya
menunjukkan satu titik berwarna, kami menyimpulkan bahwa mereka homozigot, dengan genotipe
Pgm000 dan Pgm0 / 108 masing-masing. Individu kedua menunjukkan dua bintik berwarna. Salah satu
tempat ini menunjukkan migrasi yang sama dengan individu pertama dan dengan demikian dikodekan
oleh alel Pgm0, sedangkan tempat lain menunjukkan migrasi yang sama dengan individu ketiga dan
dengan demikian dikodekan oleh alel Pgm. Kami menyimpulkan bahwa individu kedua adalah
heterozigot, dengan genotipe Pgm Beberapa protein, seperti enzim malate dehydrogenase, ditunjukkan
pada Gambar 22.9, terdiri dari dua polipeptida; heterozigot kemudian menunjukkan tiga bintik
berwarna. Mari kita mewakili pengkodean lokus untuk dehidrogenase malat sebagai Mdh. Ini sesuai
dengan tiga bintik berwarna yang kita lihat pada individu keempat pada Gambar 22.9. Individu kedua
pada Gambar 22.9 hanya menunjukkan satu tempat dan dengan demikian disimpulkan sebagai
homozigot, dengan genotipe Mdh. individu pertama juga homozigot, dengan genotipe. Ada protein yang
terdiri dari empat atau bahkan lebih banyak subunit; pola elektroforesis individu heterozigot kemudian
akan menunjukkan lima atau lebih titik berwarna, tetapi prinsip yang digunakan untuk menyimpulkan
genotipe dari pola adalah Mdh104 / 10. Seorang individu heterozigot memiliki dua jenis polipeptida,
yang dapat kita wakili sebagai kode A dan R oleh alel Mdh dan Mdh 104 geis adanya dua alel di setiap
lokus. Lokus invarian akan dimanifestasikan oleh tempat berwarna yang sama untuk semua individu. Di
sisi lain, lebih dari dua alel sering ditemukan, seperti pada Gambar 22.10, yang menunjukkan pola enzim
asam fosfatase dalam elektroforesis disebut alozim, atau elektromorf. Electromorphs dengan migrasi
identik dalam gel mungkin merupakan produk lebih dari satu alel, karena (1) kode kembar tiga identik
untuk asam amino yang sama dan (2) beberapa substitusi asam amino tidak mengubah mobilitas
elektroforesis protein Oleh karena itu, gel elektroforesis meremehkan jumlah variasi genetik, meskipun
saat ini tidak diketahui persis berapa banyak. Varian Drosophila Protein dikendalikan oleh varian alelik
pada lokus gen tunggal dan dapat dideteksi oleh.

bahwa tingkat polimorfisme dalam populasi adalah 0,60. Asumsikan bahwa kita memeriksa tiga populasi
P. viridis lainnya dan bahwa jumlah lokus morf morfik, dari lokus yang diteliti, adalah 15, 16, dan 14.
Tingkat polimorfisme pada ketiga populasi ini adalah 0,50, 0,53, dan 0,47, masing-masing. Kami
kemudian dapat menghitung polimorfisme rata-rata dalam empat populasi P. viridis sebagai (0,60 + 0,50
+0,53 +0,474 = 0,525 (Tabel 22,7). Jumlah polimorfisme merupakan ukuran variasi yang berguna untuk
keperluan tertentu, tetapi ia menderita dua cacat. : kesewenang-wenangan dan ketidaktepatan. Jumlah
lokus variabel yang diamati tergantung pada berapa banyak individu yang diperiksa. Asumsikan,
misalnya, bahwa kami memeriksa 100 orang dalam populasi Phoronopsis pertama. Jika kami telah
memeriksakan lebih banyak orang, kami mungkin telah menemukan variasi di beberapa 12 lokus yang
muncul invarian, jika kita telah memeriksa lebih sedikit individu, beberapa dari 18 lokus polimorfik
mungkin muncul invarian. Untuk menghindari efek ukuran sampel, perlu mengadopsi kriteria
polimorfisme. Salah satu kriteria yang sering digunakan adalah bahwa lokus dianggap polimorfik hanya
ketika alel paling umum memiliki frekuensi tidak lebih besar dari 0,95. Kemudian, karena lebih banyak
individu diperiksa, variabel tambahan dapat ditemukan, tetapi rata-rata oporsi lokus polimorfik tidak
akan berubah. Namun, agak sewenang-wenang untuk memutuskan kriteria polimorfisme apa yang
digunakan. Nilai polimorfisme yang berbeda diperoleh ketika kriteria yang berbeda digunakan.
Misalnya, jika kriteria poli morfisme adalah bahwa frekuensi alel paling umum tidak lebih besar dari 0,98,
ada kemungkinan bahwa beberapa lokus tambahan akan dianggap polimorfik yang tidak demikian
dengan kriteria 0,95 (misalnya, lokus dengan dua alel dengan frekuensi 0,97 dan 0,03). Polimorfisme
suatu populasi, apalagi, merupakan ukuran variasi genetik yang tidak tepat. Ini karena lokus yang sedikit
polimorfik sama banyaknya dengan lokus yang sangat polimorfik. Asumsikan bahwa pada lokus tertentu
ada dua alel dengan frekuensi 0,95 dan 0,05, sedangkan di lokus lain ada 20 alel, masing-masing dengan
frekuensi 0,05. Jelas bahwa lebih banyak variasi genetik ada di lokus kedua daripada di yang pertama,
namun keduanya akan dihitung secara merata di bawah kriteria 0,95 polimorfisme Ukuran yang lebih
baik dari variasi genetik (karena tidak sewenang-wenang dan tepat) adalah kebebasan rata-rata
heternuonue indiaduale nar. heterozigositas (H) dari populasi. Ini dihitung dengan terlebih dahulu
mendapatkan frekuensi individu heterozigot di setiap lokus dan kemudian rata-rata frekuensi ini di
semua lokus. Asumsikan bahwa kita mempelajari empat lokus dalam populasi dan menemukan bahwa
frekuensi heterozigot di lokus ini adalah 0,25, 0,42, 0,09, dan 0. Heterozigositas populasi, berdasarkan
pada keempat lokus ini, adalah (0,25 0,420,09 0 / 4 0,19 (Tabel 22.8) .Kami menyimpulkan bahwa
heterozigositas populasi adalah 19%. Tentu saja, agar estimasi heterozigositas valid, harus didasarkan
pada sampel lebih dari empat lokus, tetapi prosedur sama. Jika beberapa populasi dari spesies yang
sama diperiksa, pertama dapat menghitung heterozigositas dalam setiap populasi dan kemudian
mendapatkan rata-rata dari berbagai populasi. Jika heterozigositas dalam empat populasi adalah 0,19,
0,15, 0,13, dan 0,17, heterozigositas rata-rata untuk keempat populasi adalah (0.190.150.13 0.17) / 4
0.16 Heterozigositas suatu populasi adalah ukuran variasi genetik yang disukai oleh sebagian besar ahli
genetika populasi. Ini merupakan ukuran variasi yang baik karena memperkirakan kemungkinan dua alel
diambil pada rand om dari populasi berbeda. (Setiap gamet dari individu yang berbeda membawa alel
di setiap lokus yang dapat dianggap sebagai sampel acak dari populasi.) Namun, heterozigositas yang
diamati tidak mencerminkan dengan baik jumlah variasi genetik dalam populasi. organisme yang
bereproduksi dengan pemupukan sendiri, seperti beberapa tanaman, atau organisme di mana
perkawinan antara kerabat adalah umum. Dalam suatu populasi yang selalu bereproduksi dengan
pemupukan ser, kebanyakan individu akan homozigot, meskipun individu yang berbeda dapat membawa
alel yang berbeda jika lokus variabel dalam populasi. Mengingat frekuensi alelik yang sama dalam dua
populasi, akan ada lebih banyak homozigot dalam suatu populasi di mana perkawinan antar kerabat
adalah umum daripada dalam populasi di mana mereka tidak terjadi. Kesulitan ini dapat diatasi dengan
menghitung hetero yang diharapkan di tha aa. zygositas, dihitung dari frekuensi alel seolah-olah individu
dalam populasi saling kawin secara acak. Asumsikan bahwa, di lokus ada empat alel dengan frekuensi fi,
f f dan f. Seperti yang akan kita lihat di Bab 23, frekuensi yang diharapkan dari empat homozigot jika ada
kawin acak adalah fi. fifi, dan fi Karena itu heterozigositas yang diharapkan pada lokus akan Hepected 1
(fi ff + f). Sebagai contoh, jika frekuensi frekuensi pada lokus yang diberikan adalah 0,50, 0,30, 0,10, dan
0,10, heterozigositas yang diharapkan akan Hepected 1- (0,500,302 0,10 0,10) 1 (0,25 0,09 0,01 0,00
0,01) 0,64. Estimasi Variasi Elektroforesis Teknik elektroforesis pertama kali diterapkan pada estimasi
variasi genetik pada populasi alami pada tahun 1966, ketika tiga studi diterbitkan, satu berurusan dengan
manusia dan dua lainnya dengan lalat Drosophila. Banyak populasi dari banyak organisme telah disurvei
sejak saat itu, dan banyak lagi dipelajari setiap tahun. Dua studi akan ditinjau di sini. Tabel 22.9
mencantumkan 20 lokus variabel dari 71 lokus sampel dalam populasi orang Eropa. Simbol yang
digunakan untuk mewakili lokus, enzim yang dikodekan oleh lokus, dan frekuensi individu heterozigot di
lokus diberikan untuk masing-masing dari 20 lokus variabel. Heterozygositas populasi adalah jumlah dari
heterozygositas yang ditemukan pada 20 lokus variabel dibagi dengan jumlah lokus yang dijadikan
sampel: 4.78,71 0,067. Sebanyak 39 lokus kode gen untuk enzim dipelajari dalam populasi cacing laut
(filum Phoronida) Phoronopsis viridis, dari Bodega Bay, California. Tabel 22.10 memberikan simbol yang
digunakan untuk mewakili 27 lokus di mana setidaknya dua alel ditemukan. Tabel ini menunjukkan
heterozigositas yang diamati dan yang diharapkan, serta lokus yang polimorfik ketika Kriteria
polimorfisme adalah bahwa frekuensi alel yang paling umum tidak lebih besar dari 0,95. Dengan kriteria
ini, 28,2% dari 39 lokus yang diteliti adalah polimorfik. Namun, menggunakan kriteria 0,99 polimorfisme,
20 dari 39 lokus, atau 51,2%, adalah polimorfik. Heterozygositas yang diamati adalah 7,2%, lebih kecil
dari heterozygositas yang diharapkan, 9,4%. Perbedaan ini mungkin disebabkan oleh terjadinya fertilisasi
sendiri dalam jumlah tertentu, karena P. viridis adalah hewan hermafrodit. Tabel 22.10 juga memberikan
frekuensi alelik di 27 lokus variabel. Jumlah alel per lokus berkisar dari hanya satu (pada 12 lokus
invarian) hingga enam (pada lokus Acph-2 dan G3pd-1). Lokus dengan jumlah alel yang lebih besar tidak
selalu memiliki heterozigositas yang lebih besar daripada lokus dengan alel yang lebih sedikit. contoh,
heterozigositas yang diamati dan yang diharapkan di lokus Acph-2 masing-masing adalah 0,160 dan
0,217, sedangkan pada lokus Adk-1, yang hanya memiliki dua alel, heterozigositas ini adalah 0,224 dan
0,496 Pentingnya pengambilan sampel dalam jumlah lokus yang cukup besar terlihat dalam Tabel 22.9
dan 22.10. Sebagai contoh, jika hanya sangat sedikit lokus yang telah disurvei dalam populasi orang
Eropa, sampel tersebut mungkin termasuk jumlah lokus yang sangat bervariasi secara proporsional
(seperti ACP1, PGM1, PGM2 dan PEPA). Perkiraan heterozygositas yang terdistorsi akan diperoleh.
Gambar 22.11 menunjukkan distribusi heterozigositas di antara 180 lokus yang diteliti pada enam
spesies Drosophila yang terkait erat. Secara karakteristik, distribusi tersebar luas (H berkisar dari 0
hingga 0,68) dan sama sekali tidak seperti distribusi normal. Pengalaman dengan studi elektroforesis
menunjukkan bahwa sampel sekitar 20 lokus gen biasanya cukup; perkiraan heterozigositas biasanya
berubah dengan sendirinya karena jumlah lokus sampel melebihi 20. Sebagai contoh, nilai H 0,072
diperoleh untuk manusia, menggunakan sampel 26 lokus gen. Ketika sampel diperluas hingga total 71
lokus, estimasi menjadi H 0,067 (lihat Tabel 22.9).
Variasi Genetik pada Populasi Alami Variasi genetik yang cukup besar terdapat pada sebagian besar
populasi alami. Tabel 22.11 merangkum hasil survei elektroforesis yang diperoleh untuk 69 spesies
tanaman dan 125 spesies hewan di mana cukup banyak lokus diambil sampelnya. Di antara hewan-
hewan tampaknya, secara umum, invertebrata memiliki lebih banyak variasi genetik daripada vertebrata,
meskipun ada pengecualian. Untuk spesies Tabel 22.11, heterozigositas rata-rata adalah 13,4% untuk
invertebrata dan 6,0% untuk vertebrata. Tumbuhan menunjukkan heterozigositas rata-rata 12,1%,
dengan tanaman bersilang menunjukkan variasi genetik lebih banyak daripada yang bereproduksi
terutama dengan selfing. Salah satu cara untuk menghargai sejumlah besar variasi genetik yang
ditemukan dalam populasi alami adalah sebagai berikut. Pertimbangkan manusia, dengan
heterozigositas 6,7% yang dapat dideteksi oleh elektroforesis. Jika kita berasumsi bahwa ada 30.000
lokus gen struktural dalam manusia, yang mungkin terlalu rendah, seseorang akan heterozigot pada
30.000 x 0,067 = 2010 lokus. Individu seperti itu secara teoritis dapat menghasilkan berbagai jenis gamet
201010-an. (Seorang individu heterozigot pada satu lokus dapat menghasilkan dua jenis gamet berbeda,
satu dengan setiap alel; individu heterozigot pada lokus n gen memiliki potensi menghasilkan 2 "gamet
berbeda.) Jumlah gamet ini tidak akan pernah diproduksi oleh individu mana pun, namun demikian,
tidak juga oleh keseluruhan jenis manusia, perkiraan jumlah total proton dan neutron di alam semesta,
1076 sangat kecil jika dibandingkan. Meskipun tidak semua kemungkinan kombinasi gametis sama-sama
memungkinkan, perhitungan menunjukkan bahwa tidak ada dua gamet manusia independen yang
cenderung identik dan bahwa tidak ada dua individu manusia (kecuali yang berasal dari zigot yang sama,
seperti kembar identik) yang ada sekarang, yang pernah ada di masa lalu, atau akan pernah ada di masa
depan cenderung identik secara genetik Dan hal yang sama dapat dikatakan , secara umum, organisme
yang bereproduksi secara seksual: tidak ada dua individu yang dikembangkan dari zigot yang terpisah
yang cenderung identik secara genetik. Teknik elektroforesis telah membuatnya mungkin untuk
mendapatkan estimasi variasi genetik dalam populasi alami. Seberapa andal perkiraan ini? Diperlukan
dua kondisi untuk membuat estimasi variasi genetik yang baik: (1) diperoleh sampel acak dari semua
lokus gen dan (2) agar semua alel terdeteksi di setiap lokus. Lokus gen yang diteliti harus mewakili
sampel acak genom berkenaan dengan variasi karena jika tidak estimasi akan bias. Gen dipelajari
dengan kode elektroforesis gel untuk enzim dan protein terlarut lainnya. Gen tersebut mewakili
sebagian besar genom, tetapi ada jenis lokus gen lain, seperti gen pengatur dan gen yang mengkode
protein yang tidak larut. Tidak diketahui apakah gen-gen ini sama variabelnya dengan gen struktural
yang mengkode protein terlarut. Perkiraan heterozigositas mungkin bias karena alasan ini, meskipun kita
tidak tahu apakah mereka melebih-lebihkan atau meremehkan variahon genetik dalam hal ini.

Elektroforesis memisahkan protein berdasarkan diferensial mereka dalam medan listrik. Migrasi
diferensial ini disebabkan oleh perbedaan dalam konfigurasi molekul dan perbedaan dalam muatan
listrik bersih. Tetapi penggantian asam amino dapat terjadi yang tidak mengubah muatan listrik bersih
protein atau secara substansial mengubah konfigurasinya. Oleh karena itu, elektroforesis hanya
mendeteksi sebagian kecil dari semua perbedaan dalam urutan asam amino. Beberapa metode telah
digunakan untuk mendeteksi perbedaan protein cryptic yang tidak dapat dibedakan dengan teknik
elektroforesis standar. Salah satu metode adalah elektroforesis sekuensial, yang terdiri dari melakukan
elektroforesis sampel yang sama di bawah kondisi yang beragam-misalnya, dengan menggunakan buffer
yang berbeda atau konsentrasi gel yang berbeda (Gambar 22.12). Metode lain menunjukkan sampel
jaringan atau enzim pada suhu tinggi atau agen denaturasi lain seperti urea. Dua protein dengan
mobilitas elektroforetik yang identik dapat dibedakan karena satu tetapi tidak yang lain ditentukan oleh
pengobatan. Masih ada lagi cara lain adalah peptida mappne.

"sidik jari," dari protein setelah pencernaan mereka dengan trypsin atau enzim lain yang menghidrolisis
polipeptida menjadi sejumlah peptida kecil, yang kemudian dikenai kromatografi dua dimensi atau
kromatografi dalam satu dimensi dan elektroforesis di dimensi lain (Gambar ure 22.13). Metode yang
paling efektif tentu saja adalah untuk memperoleh urutan asam amino lengkap, tetapi ini sangat
melelahkan. Tabel 22.12 merangkum hasil yang diperoleh dengan elektroforesis berurutan dan dua
metode denaturasi. Selain H, tabel menggunakan ukuran lain variasi genetik, n, jumlah alel efektif, yang
hanya terkait dengan H (Kotak 22.2). Peningkatan rata-rata heterozigositas adalah 0,04 dengan
elektroforesis sekuensial dan sekitar 0,08 dengan metode denaturasi, atau peningkatan jumlah variasi
(nn) antara 12 dan 25%. Metode yang digunakan cenderung untuk mengungkap lebih banyak variasi
samar ketika loci sampel lebih heterozigot untuk memulai. Tetapi rata-rata H dari sampel lokus adalah
0,181 hingga 0,410, jauh lebih besar dari rata-rata 0,150 yang diamati pada populasi Drosophila ketika
sampel acak lokus diuji (lihat Tabel 22.11). Oleh karena itu, peningkatan variasi yang terdeteksi oleh
metode ini pada sampel acak dari lokus mungkin agak lebih kecil dari nilai-nilai yang ditunjukkan pada
Tabel 22.12 Jumlah variasi samar yang terdeteksi di lokus Adh dari Drosophila melanogaster dengan tiga
metode berbeda ditampilkan pada Tabel 22.13. Seperti mungkin diharapkan, pemetaan peptida
mendeteksi lebih banyak crypticvariation daripada melakukan dua teknik lainnya. Namun peningkatan
variasi, 20%, tidak terlalu besar. Jika kita mengasumsikan bahwa nilai ini, sebagai rata-rata, adalah
perkiraan perkiraan jumlah variasi protein cryptic, kita dapat menghitung jumlah total variasi protein
yang ditentukan secara genetik dalam populasi alami (Tabel 22.14). Dengan elektroforesis standar, H
0,134 untuk invertebrata; Oleh karena itu n1 / (1 0,134) 1,15 dan n; = 1,20 x 1,15 1,38, yang
menghasilkan H '0,28. Untuk vertebrata, n, = 1,28 dan H '0,22; dan untuk tanaman n1.37 dan H '0.27.
Heterozigositas rata-rata menjadi hampir dua kali lipat untuk invertebrata dan tanaman, dan lebih dari
tiga kali lipat untuk krat vertikal Dua ukuran variasi genetik telah diperkenalkan sebelumnya dalam bab
ini: P, frekuensi lokus polimorfik per populasi, atau polimorfisme; dan H, frekuensi rata-rata lokus
heterozigot per individu, atau heterozigositas. Parameter lain yang digunakan untuk mengukur variasi
genetik adalah jumlah efektif alel, n, yang terkait dengan H secara sederhana. Jadi, jika n, 1, maka H 0;
jika n = 2, maka H 0,50 (dua alel dalam frekuensi yang sama menghasilkan tiga genotipe-A, A, AzA, dan
AjA-dengan frekuensi 0,25, 0,25, dan 0,50); dan seterusnya. Peningkatan variasi genetik diukur lebih
baik oleh n, daripada oleh H. Pertimbangkan perubahan dari dua alel, masing-masing dengan frekuensi
0,5, menjadi empat alel, masing-masing dengan frekuensi 0,25. Peningkatan heterozigositas adalah dari
0,50 menjadi 0,75, dan perbedaannya adalah H '- H 0,25, atau 50% peningkatan dari nilai aslinya (juga,
H'IH 0,75 / 0,50 1,50). Tetapi beralih dari dua alel dengan frekuensi yang sama ke empat alel dengan
frekuensi yang sama adalah penggandaan variasi genetc. Penggandaan ini tercermin dalam rasio antara
jumlah efektif alel: n / n, 4/2 2. hubungan n1 / (1 H) Artinya,, adalah kebalikan dari frekuensi homozigot.
Salah satu cara berpikir tentang n, adalah dengan mempertimbangkannya sebagai jumlah alel yang, jika
mereka terjadi dalam frekuensi yang sama, akan memberikan nilai heterozigositas di bawah perkawinan
acak.